Professional Documents
Culture Documents
Tabla de Contenidos
0 Introduccin.................................................................................................... 1
01.1 Qu es ACD/ChemSketch.......................................................................................1 11.2 Mdulos Adicionales...............................................................................................1 21.3 Qu hay Nuevo en 5.0.............................................................................................2
01.3.1 Funciones Generales ACD/Labs.......................................................................................2 11.3.2 Funciones Especficas de ChemSketch ..........................................................................3
31.4 Qu haba en 4.5......................................................................................................3 41.5 Acerca de esta Gua.................................................................................................5 51.6 Definiciones Usadas.................................................................................................7 61.7 Versiones Demo.......................................................................................................7 71.8 Versin Libre............................................................................................................7 81.9 Para ms Informacin..........................................................................................8
21.9.1 Sitio Web...........................................................................................................................8 31.9.2 Cmo contactarnos...........................................................................................................9 41.9.3 Actualizaciones en LneaNuevo en 5.0!........................................................................9
1 Lo Bsico de ACD/ChemSketch................................................................... 10
91.10 Objetivos...............................................................................................................10 101.11 Iniciando ACD/ChemSketch..............................................................................10 111.12 Instalando Asociaciones de ArchivosNuevo en 5.0!......................................11
51.12.1 Cambiando Asociaciones de Archivos..........................................................................11
171.18 Girando Estructuras...........................................................................................22 181.19 Seleccionar, Rotar, y Rotar en 3D.....................................................................24 191.20 Salir.....................................................................................................................24
191.20.1 Guardando un archivo ChemSketch (SK2).................................................................24 201.20.2 Salvando una Estructura como un archivo Mol de MDL.............................................25 211.20.3 Imprimir.......................................................................................................................25 221.20.4 Encajar la Estructura en un Documento.....................................................................26
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
Tabla de Contenidos
272.7 Registrarse...........................................................................................................33 282.8 Activando su Cuenta I-Lab...................................................................................35 292.9 Entrar Usuario-Registrarse (Logging In)..............................................................35
343.5 Remplazando Atomos..........................................................................................39 353.6 Hacer Dobles y Triples Enlaces...........................................................................41 363.7 Hacer Cargas y Definir Aniones y Cationes........................................................41 373.8 Cambiando Propiedades de Atomos...................................................................45
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
ii
Tabla de Contenidos
543.25 Dibujar una Trenza de dos Cadenas de ADN...................................................92 553.26 Dibujando Lpidos y Micelas..............................................................................96
473.26.1 Dibujando el lpido.......................................................................................................96
614.4 Aplicar Estilos Existentes...................................................................................106 624.5 Haciendo un Estilo para usarlo por Defecto......................................................107
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
iii
Tabla de Contenidos
12 Goodies...................................................................................................... 127
776.9 Qu son los utilitarios Goodies?......................................................................127 786.10 Dnde puedo encontrarlos?.............................................................................127 796.11 Goodies............................................................................................................127
13 Conclusin................................................................................................. 132
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
iv
Introduccin
1.1 Qu es ACD/ChemSketch
ACD/ChemSketch es un software para dibujo en Qumica de Dibujo Avanzado en Qumica (Advanced Chemistry Development, Inc). designado para ser usado solo o integrado con otras aplicaciones. ChemSketch es usado para dibujar estructuras qumicas, reacciones y esquemas. Puede usarse para desarrollar reportes y presentaciones. ACD/ChemSketch tiene las siguientes capacidades: Modo Estructura (Structure Mode) para dibujar estructuras qumicas y calcular sus propiedades. Modo Dibujo (Draw Mode) para texto y procesamiento de grficos. Propiedades Moleculares (Molecular Properties) clculos para estimacin automtica de: Peso formula; Composicin en porcentaje; Refractividad molar; Volmen molar; parachor; indice de refraccin; tension superficial; densidad; constante dielctrica; polarizabildad; masa monoistopica, nominal y promedio. ACD/ChemSketch puede soportarse solo como un paquete de dibujo o actuar como el referente para otro software ACD tal como el Predictor RMN.
1.2
Mdulos Adicionales
Hay partes de software ACD adicionales que estn accesibles a travs de la interfase ChemSketch, con un simple clic en un botn. Estas partes, se estn incrementando en nmero con cada mejora, estn disponibles como opciones adicionales y podran considerarse como componentes separados. Por favor contctenos o consulte nuestra pgina web para ms detalles sobre precio y disponibilidad. ChemBasicel lenguaje de programacin especial que habilita su uso para abonados del software ACD (puede bajarse de http://www.acdlabs.com). ChemBasic esta disponible en nuestro sitio web. Mire el captulo 13, Goodies, para ms ejemplos de como ChemBasic puede usarse con ChemSketch.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
Introduccin
ACD/I-Label servicio basado en internet que permite acceder instantneamente a las bases de datos qumicas y a los programas de prediccin. Se puede obtener una cuenta de Interactive Lab en http://www.acdlabs.com/ilab. Desde la primavera del 2000, se dispuso de un demo de 15 das. ChemSketch 4.0 y posteriores pueden acceder a I-Lab automticamente, si se corre con un PC que tenga conexin a Internet. Refirase al captulo 4 para ms detalles. ACD/Tautomerschequea y genera las formas tautmeras ms razonables de estructuras orgnicas (incluidas en las versiones libre y comercial de ChemSketch). Refirase a la Seccin 12.2 para ms detalles. ACD/Dictionary consulta la estructura molecular de nombres de drogas comunes. ACD/Diccionario contiene ms de 85,000 nombres sistemticos y no sistemticos del rea teraputica usados frecuentemente como agentes qumicos y biolgicos. Las entradas cubren ms de 200 reas teraputicas, y los inhibidores para ms de 500 enzimas diferentes (se incluyen en la versin comercial nicamente). Refirase a la Seccin 12.3 para ms detalles. Nuevo! ACD/Free Name (Nombre gratis)genera un nombre de acuerdo a las recomendaciones de la IUPAC sobre Nomenclatura Orgnica, Bioqumica e Inorgnica. Esta herramienta se distribuye como una adicin libre del ChemSketch. Refirase a la Seccin 12.4 para ms detalles. Los siguientes botones son funcionales si se compran como complemento al ACD/ChemSketch: ACD/Boiling Point and Vaporization calcula los puntos de ebullicin a cualquier presin desde 0.001 mm Hg hasta 10 atm, en muchos casos hasta 10 grados o mejor, para una estructura dibujada en la ventana de ChemSketch. Esta opcin se describe en una gua de usuario separada ACD/Boiling Point & Vapor Pressure Calculator. ACD/Sigma muestra los parmetros tipo Hammett o relacionados para diferentes grupos substituyentes tal como se dibujan en la ventana de ChemSketch. Esta opcin se describe en una gua de usuario separada ACD/Sigma. ACD/Name to Structure genera la estructura molecular para el nombre de cualquier sustancia que se teclee. ACD/Name to Structure trata muchos nombres de compuestos orgnicos generales y muchos productos naturales derivados de acuerdo a las recomendaciones de la IUPAC en nomenclatura para orgnica, bioqumica e inorgnica. Esta opcin se describe en una gua de usuario separada en ACD/Name to Structure.
1.3
Si usted es Nuevo en este software, le recomendamos que trabaje con los ejemplos descritos en los siguientes captulos. Sin embargo, si ha comprado (o esta pensando comprar) este software como una mejora, rpidamente se har familiar con las caractersticas bsicas de ChemSketch. En esta seccin se enumeran solamente las nuevas caractersticas.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
Introduccin
Todos los programas del software ACD que corren en PCs son controlados por ACD/Host el cual permite acceder a un conjunto de parmetros descargables temporizados y recargables. Todas las versiones PC del software ACD (excepto para Series PhysChem, Simulador LC y Simulador GC) incluyen una nueva caracterstica que automticamente detecta el archivo asociado por defecto para ciertas extensiones que son especiales para el software ACD (p.ej. .sk2, .esp, .lud). En la versin 5.0 liberada, hay una ventana ACD que contiene comandos de Asociacin de Archivos... (men File). Todas las versiones PC de software ACD tienen una nueva lista de comandos bajo el men Help: Bug Report / Feature Request. Si usted tiene un PC con conexin a Internet, al seleccionar este comando lo llevar automticamente a la pgina web de ACD para dificultades en reportes y nuevas caractersticas requeridas. Una nueva caracterstica conveniente para todos los dilogos de entrada/salida en todas las ventanas de la versin 5.0 es que la caja de dialogo de Seleccionar Archivo pueden cambiar de tamao (esquina de dialogo inferior derecha). As, las manipulaciones de carpetas y archivos, como creacin de nueva carpeta, limpiar escritorio y mostrar los detalles de los archivos pueden hacerse una vez que se salga de la caja de dialogo. Todo el software ACD para PC puede ser actualizado a travs de Internet, usando la facilidad del trabajo en lnea. Refirase a la seccin 1.9.3.
1.4
Los botones Ms de Reaccin
Qu haba en 4.5
estn disponibles
y Flechas de Reaccin
directamente en el modo Estructura. Usted no tiene que escoger el modo Dibujo para dibujar estos objetos. El Nuevo tabulador Reaccin en la caja de dialogo Preferencia (men Opciones) permite escoger varias opciones para los signos + y flechas de reaccin. Los Objetos Grficos (los creados en el modo Dibujo) pueden seleccionarse y moverse en el modo Estructura. Esto facilita el dibujo de reportes complejos. Para habilitar esta caracterstica, asegrese de escoger Seleccionar Grficos en el tabulador Estructura de la caja de dialogo Preferencias (men Opciones).
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
Introduccin
La configuracin Estreo puede controlarse cuando se aplican las herramientas Depurar y Girar. Del men Opciones seleccionar Preferencias y referirse a la parte inferior del tabulador Estructura. Pueden importarse nuevos formatos de archivos: archivos ChemDraw CDX (*.cdx) y REACCS RXN (*.rxn). Los formatos de Exportacin RXN son tambin nuevos. Un modulo adicional Nuevo se puede comprar para integrarse en la ventana de ChemSketch ACD/Name to Structure (refirase a la Seccin 1.2 para ms detalles). La adicin de ACD/I-Lab permite acceder a nuestros mdulos de prediccin y a varias bases de datos va Internet. Inscrbase para una cuenta en Interactive Lab en http://www.acdlabs.com/ilab. Desde la primavera del 2001, se dispone de un demo de 15 das de I-Lab. El I-Lab puede accederse automticamente, si se dispone de un PC con conexin a Internet. Refirase al Captulo 4 para usar muestras de I-Lab con la interfase ChemSketch.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
Introduccin
1.5
Para empezar a usar ACD/ChemSketch en su potencia total no tiene que leer el manual, este programa es intuitivo y simple de usar. Esto es porque esta gua no provee descripciones comprensivas de todas las opciones disponibles en el programa; as que, usted puede comenzar. Despus de revisar estos ejercicios, estar en capacidad de usar usted mismo el ACD/ChemSketch, sin ninguna asistencia y con mxima velocidad y eficiencia. Usted ser capaz de ver de cerca cada seccin de esta gua en forma animada en la pelculas basadas en LotusCam-, descargables de nuestro sitio web. (Estas pelculas estn presentes tanto en nuestro CD demo como en el CD de instalacin.) Esta gua de usuario se provee en forma electrnica, la cual se puede leer en los procesadores de texto disponibles comnmente. Si no puede localizar algo especfico en el ndice, escriba una frase que contenga la palabra o frase buscada, o en su defecto palabras relacionadas. Los pantallazos mostrados a lo largo de esta gua han sido tomados con tamaos relativamente pequeos. La pantalla por defecto es una ventana que cubre toda la pantalla. Haga clic sobre el botn minimizar (lado superior derecho de la ventana) para obtener un rea pequea de trabajo; haga clic sobre el botn maximizar para regresar a pantalla completa. Los pantallazos han sido tomados de las ltimas versiones del software. Hemos hecho cada esfuerzo para lograr que se vea el ACD/ChemSketch tal y como se muestra en la gua, pero hay algunas pequeas discrepancias. Esta gua asume que usted esta familiarizado con el uso del ratn y la manipulacin de Microsoft Windows.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
Introduccin
Una vez que usted ha usado esta gua, nos gustara su concepto. Cmo podemos mejorar la documentacin para este producto?. Tenemos un pequeo cuestionario que esperamos usted complete. Todos los que respondan el dibujo formarn parte para un premio de ACD/ChemFolder (o descuento equivalente en la compra de cualquier software ACD). Por favor use MS Word 6.0 o posterior para abrir el archivo survey.doc o use Adobe Acrobat Reader para abrir survey.pdf en la documentacin del CD que usted ha recibido con este software, o visite la pgina Feedback en nuestro sitio Web, http://www.acdlabs.com/feedback/guides.html. los ganadores del dibujo son anunciados al final de cada ao calendario.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
Introduccin
1.6
Puntero (Point) significa mover el puntero del ratn
Definiciones Usadas
hacia un elemento.
En este tutorial se usarn los siguientes trminos para describir diferentes acciones: Clic (Click) significa mover el puntero del ratn, y presionar el botn izquierdo. Clic derecho (Right-click) significa mover el puntero del ratn hacia un elemento, y presionar el botn derecho. Doble clic (Double-click) significa mover el puntero del ratn hacia un elemento, y rpidamente presionar dos veces el botn izquierdo. Arrastrar (Drag) significa presionar el botn izquierdo del ratn y mantenerlo presionado mientras se mueve el ratn.
Nota
En Windows el lado izquierdo del ratn se usa por defecto. Para cambiarlo al lado derecho por defecto, desde el Panel de Control de Windows seleccione Mouse y haga los cambios que quiera. (esto tambin permite cambiar la velocidad y los atributos de movimiento del ratn.)
1.7
Versiones Demo
Cuando la versin demo se ejecuta, se ver un mensaje que se desplaza para informarlo que es un software ACD de Demostracin. Tambin ver este mensaje a lo largo del curso normal cuando usa el software de demostracin. Las versiones de los programas Demo de ACD/Labs tienen algunos comandos restringidos como Guardar, Copiar, Cortar, Pegar y caractersticas de impresin. Si usted trata de llevar a cabo una operacin restringida en la versin demo, aparecer una caja de dialogo para informarle que esa operacin no esta permitida. Si desea conocer ms acerca de una restriccin especfica en la versin completa del programa, por favor contctenos. De todas formas, muchos de los ejercicios y ejemplos en esta gua estn diseados para que los pueda ejecutar con la versin demo del programa ACD/Labs.
1.8
Versin Libre
Desde Abril de 1999, Advanced Chemistry Development ha estado ofreciendo de forma libre el ChemSketch, a travs del vnculo Free Stuff en nuestro sitio Web.
Importante
El software libre ACD/ChemSketch puede instalarse en una carpeta separada. Esta carpeta puede contener otro software ACD libre corrientemente disponible, tal como el visor ACD/Spec, el visor ACD/CNMR, el visor ACD/HNMR, etc. pero no debe contener ningn software ACD comprado.
La versin libre 5.0 de ACD/ChemSketch tiene varias mejoras, comparadas con la versin anterior. Esta versin contiene ms, pero no todas, las funcionalidades de la versin comercial 5.0. la siguiente tabla totaliza las diferencias entre las versiones libre y comercial del ChemSketch 5.0:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
Introduccin
Opcin
ACD/Tautmeros ACD/Nombre Libre ACD/Visor 3D ACD/I-Lab adiciones Instrucciones de Autores Exportar a Adobe PDF ACD/Diccionario Soporte Tcnico
Nota
Libre
Comercial
Aunque el ACD/ChemSketch libre no le permite soporte tcnico, nosotros lo invitamos a visitar el Nuevo grupo ChemSketch en la direccin mencionada en la prxima seccin donde usted puede poner sus preguntas o compartir sugerencias.
1.9
1.9.1 Sitio Web
Para ms Informacin
Para ver lo ultimo en software ACD y servicios, visite nuestro sitio web en http://www.acdlabs.com Nuestro sitio Web es accedido diariamente unas diez mil veces. Hay una razn para esto: mucho se ofrece a travs de nuestro sitio Web. Ya que desde la primavera del 2001, nosotros ofrecimos la versin 4.5 de ChemSketch libre, una adicin libre de ISIS 3D, ChemDraw y extensiones libres y un demo libre de 15 das de Interactive Lab donde usted puede realizar clculos usando applets de java sin comprar el software. Tenemos pelculas basadas en Lotus Cam las cuales muestran la operacin de muchos paquetes nuestros (especialmente ChemSketch) disponible para bajarse.
Resaltamos que podra ser ms conveniente ofrecer todo el paquete en un solo descargable para ciertos usuarios, pero otros usuarios tienen dificultades al bajar un archivo grande. As que nosotros los proveemos por partes.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
Introduccin
Estamos continuamente actualizando la informacin en nuestro sitio web. El sitio web le dir qu conferencia cientfica puede visitar en la casilla. Puede buscar las preguntas frecuentes en la pgina y entrar a conversar en nuestro grupo de noticias, el cual puede tambin alcanzar mediante nuestra pgina web. Si usted quiere estar informado de los ltimos desarrollos en software qumico de ACD, por favor asegrese de inscribirse en el correo de nuestro sitio web: http://www.acdlabs.com/feedback/mailing.html si desea compartir o hacer parte de nuestro grupo de noticias ChemSketch, por favor acceda a: news://news.acdlabs.com/acd.public.chemsketch
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
Lo Bsico de ACD/ChemSketch
1.10 Objetivos
Este captulo lo familiarizar con: Cmo comenzar el programa; Cmo instalar y cambiar las asociaciones de archivos; Cmo instalar los directorios por defecto; Las bases de la interfase ChemSketch, es decir, los modos Estructura y Dibujo; y Como salir de ChemSketch.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
10
Lo Bsico de ACD/ChemSketch
2. Esta caja contiene una lista seleccionable de extensiones y tipos de archivosCS ChemDraw(*.CHM), REACCS Rxnfiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC) y posiblemente otras que usted puede querer abrir automticamente con el software ACD desde ahora. Si es as, haga clic en la caja de chequeo para los formatos que quiere adicionar y luego escoja el botn Si. 3. si no quiere que ChemSketch abra automticamente los archivos de la extensiones mostradas, o no esta seguro, deje las cajas en blanco y escoja el botn No. 4. Entonces usted ver el Consejo del Da, que podr cerrarlo despus de leerlo.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
11
Lo Bsico de ACD/ChemSketch
En la caja Privada usted puede escoger el directorio para grabar la configuracin del programa ChemSketch (por ejemplo., archivos template.cfg y qrstyles.stl). 1. Hacer clic en OK.
Nota
en el modo Estructura usted dibuja estructuras y esquemas de reaccin mientras que el modo Dibujo le presenta herramientas para entrar texto y dibujar diferentes objetos grficos.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
12
Lo Bsico de ACD/ChemSketch
Atoms toolbar
Reference toolbar
Workspace
Color Palette Status bar La barra Titulo muestra el nombre del programa y el nombre del archivo abierto. El nombre por defecto del archivo es NONAMExx.SK2, donde xx es un contador. Barra Men contiene una serie de palabras. Cada una vincula a una lista (menu) de comandos relacionados para trabajar en la ventana de ChemSketch en el modo Estructura. Barra de Herramientas General localizada al lado derecho debajo de la barra men, incluye herramientas que estn presentes en los dos modos y le ayudarn con tareas relevantes para los dos modos tal como: guardar y abrir archivos, deshacer/rehacer operaciones, copiar y pegar, acercarse y alejarse, como tambin insertar diferentes plantillas. Barra de Herramientas ChemBasic localizada debajo de la barra de herramientas General es opcional y contiene utilitarios (Goodies) u otras aplicaciones ChemBasics. Para ms detalles referirse al captulo 13. Barra de herramientas Estructura ubicada al lado derecho arriba de la zona de trabajo y solamente esta presente en el modo Estructura. Contiene herramientas para dibujar y manipular estructuras qumicas. Barra de herramientas tomos desplazada verticalmente al lado izquierdo de la pantalla en la esquina izquierda, contiene botones que representan tomos y herramientas para cambiar propiedades de los tomos (carga, valencia, numeracin, etc.). Barra de herramientas Referencia localizada al lado derecho de la ventana, contiene la Tabla de Radicales y diferentes botones que representan radicales ya hechos que usted puede tomar de la tabla. Usted puede adems acceder al Diccionario desde esta barra de herramientas. Espacio de trabajo es el rea abierta en el centro donde se dibujan las estructuras. (Ejemplo mostrado.)
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
13
Lo Bsico de ACD/ChemSketch
Paleta de Colores al final de la zona de trabajo le permite acceder rpidamente a los colores de los tomos y los enlaces en la estructura qumica seleccionada (presionando con el botn derecho del ratn sobre el color). Barra de Estado contiene informacin que puede usarse al momento: nombre del archivo SK2 que usted esta trabajando, nmero de fragmentos en la zona de trabajo, frmula molecular de la estructura seleccionada y otras propiedades disponibles para esa estructura. Esta barra tambin contiene un botn para acceso automtico a I-Lab.
Drawing toolbar
Workspace
Barra Titulo muestra el nombre del programa y el nombre del archivo activo. Por defecto el nombre del archivo es NONAMExx.SK2, donde xx es un contador. Barra Men contiene una serie de palabras. Cada una vincula a una lista (menu) de comandos relacionados para trabajar en el modo Dibujo de la ventana de ChemSketch. Barra de herramientas General localizada al lado derecho debajo de la barra men e incluye herramientas que estn presentes en los dos modos y le ayudarn en las tareas generales como guardar y abrir archivos, rehacer/deshacer operaciones, copiar y pegar, alejar y acercar e insertar diferentes plantillas. Barra de herramientas ChemBasic localizada debajo de la barra de herramientas General es opcional y contiene ayudas para otras aplicaciones ChemBasic. Para ms detalles referirse al captulo 13. Barra de herramientas Edicin ubicada debajo de la barra de herramientas General, solo est presente en el modo Dibujo, incorpora herramientas para edicin y manipulacin de objetos grficos. Barra de herramientas Dibujo desplazada verticalmente al lado izquierdo de la pantalla, contiene botones para dibujar objetos grficos y texto.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
14
Lo Bsico de ACD/ChemSketch
Zona de trabajo es el rea abierta en el centro donde se dibujan los objetos grficos y se teclea texto. Paleta de Colores en la parte inferior de la zona de trabajo, permite colorear rpidamente objetos seleccionados (haciendo clic con el botn derecho sobre los colores). Barra de Estado contiene informacin que puede usarse al instante: nombre del archivo, estado del documento y nmero de pgina.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
15
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
16
1.16 Objetivos
En este captulo se consideran las bases para el dibujo de estructuras, las cuales solo se permiten en el modo Estructura. El objeto de este captulo es dar un panorama de las caractersticas del dibujo en qumica de ChemSketch. En esta seccin aprender a: Dibujar tomos, enlaces (simples, dobles, triples; acuados, coordenados, indefinidos) y etiquetas; Girar una estructura molecular dibujada; seleccionar, rotar y redimensionar estructuras dibujadas; enviar la estructura a un archivo, documento o impresora; y limpiar la pantalla. Dibujar enlaces y tomos es la actividad bsica en el espacio de trabajo de ChemSketch. Asegrese que est en el modo Estructura para las siguientes acciones:
herramientas Estructura y que el tomo de Carbono tomos. 2. Haga Clic en un espacio vaco para dibujar CH4 3. Haga Clic sobre el
CH4
CH3-CH3
de enlace estndar. Haga Clic dos veces ms sobre el mismo Carbono para dibujar
4. Haga Clic en el botn Colocar los Enlaces Verticalmente (Set Bond Vertically) sobre la barra Estructura y haga clic en cualquier enlace de la estructura para rotarlo en esta orientacin:
H3C CH3 CH3
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
17
3. Haga Clic sobre el triple enlace para hacer de Nuevo un enlace sencillo.
exactamente en donde se hizo el ltimo cambio. Tan pronto como el botn Deshacer es oprimido, el botn Rehacer (Redo) (al lado de este) se activar. 2. Haga Clic varias veces en el botn Deshacer hasta que retorne a la siguiente estructura:
H3C CH3 CH3
Nota
El comando Deshacer puede repetirse hasta 50 veces. Cuando usted comienza a dibujar molculas ms complejas u objetos grficos, se recomienda que adquiera el hbito de guardar su trabajo en un archivo despus de hacer varios cambios.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
18
Nota
Cuando se seleccionan nuevos elementos de la Tabla Peridica de Elementos, los correspondientes botones se adicionan automticamente a la barra de tomos. Para remover estos botones, haga doble clic en cualquiera de ellos o doble clic en la barra tomos y escoja Si. Esta accin remover todo excepto los botones de los tomos por defecto.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
19
3. Haga clic en el carbono que esta ms a la derecha para seleccionarlo. Haga clic otra vez para generar un flor en el carbono seleccionado. Haga Clic dos veces sobre el mismo carbono para generar un Segundo tomo de flor:
F F F CH3
Nota
el comando Depurar no solo estandariza todas las longitudes de enlace sino los ngulos para hacer la estructura ms agradable hace que la estructura dibujada se cierre para hacerla qumicamente correcta. Para fragmentos aciclicos, por ejemplo, ubica los enlaces cerca de los carbonos sp2 a un ngulo de 120o y los enlaces cercanos a los carbonos sp a 180o (lineales). Si dibuja ismeros geomtricos y estreo ismeros, el comando "depurar" estandariza sus longitudes de enlace y ngulos mientras retiene todos sus significados estructurales.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
20
Seleccione una de estas herramientas y haga clic sobre cualquier enlace en la estructura dibujada. Haga clic repetidamente sobre un enlace estreo o coordinado para cambiar su direccin.
1.17.10
terminales con abreviaturas cortas. 1. Haga Clic en el botn Editar Etiquetas de tomos desde la barra tomos en el tomo de flor que esta ms a la derecha de la estructura dibujada. 2. en el dialogo Editar Etiqueta, teclee (CH2)3Ph y haga clic en Insertar. Note que la etiqueta es insertada en la posicin escogida y los ndices se colocan automticamente:
F F (CH2)3Ph
Ph(H 2C) 3
Si usted hace clic sobre la etiqueta con la herramienta Cambio de Posicin (Change Position) activa mientras mantiene presionada la tecla SHIFT, el punto de conexin de la etiqueta se cambiar. 4. Con la herramienta Editar Etiquetas de tomos activa haga clic sobre la abreviatura obtenida para abrir el dialogo Editar Etiquetas de nuevo. Entonces haga clic sobre el botn Expandir para obtener la siguiente estructura:
Importante
F F
1.17.11
1. Haga Clic en el botn Dibujar Cadenas ratn hacia el tomo indicado por la flecha:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
21
F F
2. Presione el botn del ratn y arrstrelo sobre el lado izquierdo. Tan pronto como mueva el ratn desde la estructura, se crea una cadena de carbonos. Note que el contador de carbonos (C #) localizado al lado de la flecha del ratn cambia con cada carbono adicionado o removido. Contine hasta que el contador alcance C 8, entonces libere el botn del ratn para finalizar la cadena:
F F
H3C
desde la barra
tomos y haga clic en el grupo CH3 de la izquierda tres veces para generar tres tomos de flor. Entonces haga clic en el botn Depurar (Clean) en la barra Estructura para obtener la siguiente estructura:
F F
F F F
Intente las dos ltimas operaciones sobre la molcula, una vez que ha sido seleccionada.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
22
Botn
Funcin
Seleccione este botn y haga clic sobre el enlace para ubicarlo horizontalmente, rotando el resto de la estructura consecuentemente.
Resultado
O N H3C N O CH3
N
O
CH3
CH3 N
Seleccione este botn y haga clic sobre el enlace para girarlo verticalmente, rotando as el resto de la molcula.
H3C
N CH3
CH3 N O
N N H3C O
N N N N H 3C O
CH 3
Seleccione primero toda la molcula (o fragmento). Este botn gira la estructura o fragmento seleccionado (o si nada esta seleccionado toda la estructura dibujada) desde arriba hacia abajo.
H 3C
CH3
O CH3 Seleccione primero toda la molcula (o N fragmento). Este botn gira el fragmento H3C O o la estructura seleccionada (o si no hay N N nada seleccionado, se toma todas las N estructura dibujadas) de izquierda a CH3 derecha. Importante Al aplicar la herramienta Girar puede cambiar la configuracin estreo. Para controlar esto, desde el men Opciones seleccione Preferencias y escoja la opcin Estructura. Al final del panel est el rea de guardar estreo configuracin (Keep Stereo Configuration on):
estos controles harn que el programa recuerde como cierto los arreglos 3D de la molcula. Recomendamos que se seleccione Girar (Flips). En este caso, la molcula anterior es la misma que la molcula despus del giro, aunque su representacin ha cambiado:
CH3 Br H Cl
s
H Cl
CH3
Br
Para el caso de No, las molculas antes y despus del giro son enantimeros:
CH3 Br H Cl
o
H Cl
CH3
Br
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
23
Una vez que el o los fragmento(s) han sido seleccionados, hay tres caminos para hacer movimientos: Mover , , ,
Optimizacin 2D (o Depurar)
1.20 Salir
Tan pronto como usted haya dibujado una o ms estructuras puede guardarlas en un archive o imprimirlas o insertarlas en otras aplicaciones tal como MS Word, Excel, etc. Usted puede tambin usar la(s) estructura(s) dibujada(s) para intentar llevarlas a los servicios de I-Lab (referirse al Captulo 4).
Los detalles para el formato de archivo SK2 se encuentran en el Formato de documento disponible en http://www.acdlabs.com/download/#misc.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
24
3. Especifique el nombre del archivo y el directorio para guardar el archivo y haga clic en OK.
Nota
La versin 5.0 de ACD/ChemSketch puede exportar en los siguientes formatos: ISIS/ Sketch (*.skc), REACCS Rxnfiles (*.rxn), CS ChemDraw CHM-file (*.chm), CML file (*.cml) - Nuevo!, Adobe Acrobat (*.pdf) - Nuevo!, Windows Metafiles (*.wmf), Windows Bitmap (*.bmp, *dib), Paintbrush (*.pcx), TIFF Bitmaps (*.tif), GIF Bitmaps (*.gif), MDL MOL-File (*.mol).
1.20.3 Imprimir
1. Antes de comenzar a imprimir usted puede desear verificar los arreglos del escenario de la pgina. Desde el men Archivo escoja Disposicin de Pgina (Page Setup) para mostrar la caja de dialogo donde usted puede especificar el tamao del papel, orientacin, mrgenes para la pgina y las opciones para el cartel (ms detalles sobre la creacin de carteles pueden encontrarse en la seccin 8.7):
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
25
2. Haga clic en OK para guardar los cambios. 3. Haga clic en el botn Pgina Completa imprimirse. 4. Si es necesario mueva los objetos sobre la pgina y arrglelos apropiadamente. 5. Desde el men Archivo escoja Imprimir o haga clic para mostrar la caja de dialogo Imprimir donde usted puede especificar el nmero de copias a imprimir. Haga clic en OK para comenzar la impresin. para observar cmo se ver la pgina al
Cuando pegue estructuras copiadas desde ChemSketch en otras aplicaciones (por ejemplo, Microsoft Excel), la estructura puede ser representada como un conjunto de nmeros y figuras (como un archivo MDL mol). Para ubicar un cuadro de la estructura, use la caracterstica Pegado especial en la aplicacin en la cual se esta haciendo el pegado. Para la cantidad de opciones de pegado escoja una de las dos opciones ACD ChemSketch 2.0 Objeto o Cuadro. El formador inserta la estructura como un objeto OLE as que le permite editar la estructura va ChemSketch haciendo doble clic en la figura.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
26
Escoja el botn Pgina Nueva desde el conjunto de botones de la parte superior izquierda para insertar una pgina nueva en blanco. Desde el men Editar escoja el comando Seleccionar Todo y seleccione el comando Borrar. Haga clic en el botn Borrar de la barra General. Haga clic en un espacio vaco lejos de la estructura dibujada para seleccionar todas las estructuras, entonces haga clic en cualquier estructura para borrar todo lo que hay en la pantalla.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
27
2.
Ahora que usted ha aprendido como dibujar molculas en ChemSketch, queremos que haga una prueba de lo que puede hacer con todo ello! Este captulo le dar las bases para trabajar con I-Lab (cosas para Laboratorio Interactivo) mediante la interfase de ChemSketch. No se provee una descripcin completa de todas las opciones y funciones; es el momento que usted comience. Usted aprender: Qu es el ACD/I-Lab y qu requiere para usar este servicio; Como escoger las opciones en el caso de que este conectado a Internet por una lnea o por un proxy; Cmo acceder a I-Lab como invitado; Cul es la clave demo y cmo se obtiene; Cmo registrarse a I-Lab; Cmo activar su cuenta; Cmo identificarse; y Cmo calcular una propiedad. Nosotros usamos el servicio Libre de Nombres de la IUPAC como un ejemplo.
2.2
Resumen
ACD/I-Lab es un servicio basado en Internet que le permite acceder instantneamente a la base de datos qumica de ACD y a programas de prediccin de propiedades. El ILab incluye dos servicios, libre y con pago. El registro y la asociacin son libres. Para el uso de los recursos de ACD/I-Lab con ChemSketch, usted debe tener: Una conexin directa a Internet (acceder a las direcciones http://www.acdlabs.com y http://www2.acdlabs.com ) desde el PC donde usted tenga instalado el programa ChemSketch, Una direccin de correo electrnico, ChemSketch ver. 4.0 o posterior con la adicin I-Lab instalado. Si la adicin I-Lab ya esta instalada, cuando usted comience ChemSketch, ver la interfase estndar con el men adicional I-Lab sobre la barra de men:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
28
y el botn adicional I-Lab Login (remplazado por el botn I-Lab tan pronto como usted se registre) en la parte izquierda de la barra de estado:
Si usted ha comprado ACD/ChemSketch 5.0, la adicin I-Lab estar presente (este ser el conjunto que se instalar durante la instalacin regular del software). Si no ve el men I-Lab, por ejemplo, si tiene la versin libre de ChemSketch, o desactiv esta opcin durante la instalacin de su copia comprada, puede bajarla en forma libre desde http://www.acdlabs.com/download/ilab_addon.html. Instale la Adicin en el mismo directorio donde se instal ChemSketch.
2.3
Opciones de Coneccin
Si su computador tiene acceso libre a Internet, por favor salte esta seccin. Si su computador es un computador de un grupo de trabajo protegido por una lnea o por un servidor proxy, entonces hay algunas situaciones requeridas antes de que pueda usar ChemSketch para acceder al I-Lab. 1. desde el men I-Lab mostrado arriba, escoja Opciones
2. llene los datos en las cajas Host Name of HTTP Proxy: y Port: de su red. Esta informacin puede obtenerse de su administrador de red. Si encuentra un mensaje de error con fallo de Requerimiento (403) o fallo de Requerimiento (407), esto significa que usted no puede acceder a I-Lab por la seguridad de su servidor proxy. El servidor proxy requiere autenticacin de usuario (entrando un usuario/contrasea). Desafortunadamente, la versin corriente de la adicin I-Lab para ChemSketch no tiene ninguna caracterstica para manejar este mtodo de autenticacin. En esta situacin slo podr acceder al I-Lab mediante un buscador Web. Muchos de los buscadores proveen las caractersticas necesarias. Esperamos tener la autenticacin propia del proxy en la prxima versin de ChemSketch.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
29
2.4
El camino rpido para mirar como trabaja I-Lab es usar el Acceso como Invitado. En este caso, usted no tiene que registrarse. Como un Usuario Invitado, puede ver la lista de servicios disponibles pero slo puede usar el servicio de Nombres Libres de la IUPAC. 1. escoja el comando Usuario del men I-Lab O haga clic en el botn Usuario I-Lab en la barra de estado (ver arriba). 2. en la caja de dialogo que aparece, haga clic en el botn Usuario Invitado. 3. espere durante un tiempo (dependiendo de la velocidad de su conexin a Internet) hasta que aparezca el mensaje de Bienvenida. 4. Haga clic en OK para cerrar la caja de dialogo (o puede hacer clic en el botn Noticias para ver la pgina Web con las ltimas noticias de I-Lab). Ahora puede ver los servicios disponibles (haga clic en el botn I-Lab de la barra de estado o escoja el men I-Lab) y use servicio libre de nombres de la IUPAC.
2.5
Clculos Permitidos
Tan pronto como usted sea invitado (como usuario o como invitado), puede comenzar a hacer clculos. En esta versin describiremos como usar el servicio libre de los nombres de laIUPAC. Primero, debe dibujar una estructura de la que quiere generar el nombre. 1. Asegrese de que esta en el modo Estructura y usando las herramientas de ChemSketch introducidas en el Captulo 3, dibuje la estructura de inters. Por ejemplo:
O F N CH3 OH O
2. si hay varias estructuras dibujadas en la pgina, seleccione la que quiera nombrar. 3. Asegrese que usted esta inscrito. Verifique la parte izquierda de la barra de estado. Esta debe contener el botn I-Lab y las luces de trfico aparecer oscurecidas: Before Login: After Login:
Nota
La caja muestra la cantidad de dinero que usted tiene en su cuenta (si se muestra en negro) la cantidad que usted debe (en amarillo) si esta conectado por un Sitio Licenciado o es un Usuario Invitado.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
30
4. Haga clic en el botn I-Lab y en el men panel que aparece escoja Nombrar > nombre libre IUPAC:
5. Aparece una caja de dialogo informndole que no se necesitan parmetros adicionales. (Para otras propiedades, esta caja de dialogo puede contener otra informacin u otras opciones.) Haga clic en OK y en la siguiente caja muvase para confirmar su requerimiento y para informarlo de la cuota (libre en este caso).
6. Haga clic en Si. Tan pronto como su requerimiento sea procesado, aparece la caja de dialogo con los resultados:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
31
Si los Resultados mostrados en la recepcin no se seleccionaron en la caja de dialogo de Opciones ACD/I-Lab (men I-Lab > Opciones), los resultados de la caja de dialogo no se mostrarn, pero puede ver los resultados en el Administrador de Tareas (men I-Lab). 8. Para crear el reporte del nombre generado, escoja el botn Insertar. La estructura dibujada, el nombre generado y la informacin de los clculos I-Lab se sacan en una hoja separada en la ventana ChemSketch:
Nota
Para referirlo como clculo I-Lab en un artculo, se sugiere escribir una frase en la pgina de salida. 9. Para regresar a la pgina de estructura, use el botn de flechas de la barra de estado (abajo).
Nota
2.6
Claves Demo
Si usted quiere aparecer durante el acceso como Invitado y tener los clculos de la oferta Nombre Gratis IUPAC, considere realizar los siguientes pasos: una clave demo. Las claves Demo le permiten obtener los servicios de I-Lab por un periodo limitado de tiempo. Durante este periodo de demostracin, tendr acceso a todos los servicios de I-Lab de forma gratuita. Despus de que el periodo demo expire, su cuenta I-Lab ser cargada por una transaccin bsica. Las claves Demo duran dos semanas (14 das). Puede requerirle a un distribuidor o representante de ventas una clave de un cliente para periodos ms largos de uso. Por favor contctese directamente con el Administrador I-Lab. Las claves Demo son generadas por el Administrador de I-Lab. Cuando una clave demo se solicita, esta requiere intervencin humana. No es un proceso automtico como la activacin de una cuenta. Slo una clave demo es generada anualmente por cuenta. Tpicamente las claves demo se dan a cuentas recientemente abiertas. Las claves demo deben solicitarse, ellas no se aplican automticamente. La claves Demo se deben aplicar solo una vez! Ellas no deben entrarse cada vez que se acceda al demo. Una vez que esta ha sido aplicada a la cuenta, el usuario tiene un acceso normal. Si hay problemas aplicando la clave demo para una cuenta I-Lab, el administrador puede manualmente colocar el periodo de demostracin para la cuenta.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
32
2.7
Registrarse
Para poder trabajar con los servicios comerciales de I-Lab y para poder usar la Clave Demo, primero debe registrarse y obtener su propia cuenta. 1. Si ya esta registrado como un Invitado, desde el men I-Lab escoja Log Out. 2. Desde el men I-Lab escoja el comando Registrarse en I-Lab. Aparecer la siguiente caja de dialogo:
3. Si no tiene una Clave Demo disponible (refirase a la Seccin 4.6 para ms detalles), limpie la caja de chequeo Quiero usar mi Clave Demo y haga clic en OK. Si quiere usar su Clave Demo, seleccione la correspondiente caja de chequeo. En este caso el procedimiento de registro descrito abajo no ser diferente: algunas cajas de dialogo adicionales le harn preguntas para proveer la Clave Demo. 4. Lea el acuerdo de licencia que aparece al final y si esta de acuerdo con los trminos, escoja De acuerdo.
Nota
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
33
5. La siguiente caja de dialogo le preguntar si ya esta registrado en el sitio web de ACD. Si va a usar el servicio comercial, se recomienda escoger No igual si esta registrado en el sitio, los detalles que proporcion en el sitio web no sern suficientes. Haga clic en OK.
6. La forma de Registro de la Cuenta ACD/I-aparece para que usted especifique sus detalles. Los elementos marcados con puntos rojos son obligatorios:
7. Especifique sus datos personales y cuando haga clic en OK, se le preguntar para reescribir su contrasea y se muestra la informacin que ha entrado. Chequear los detalles y si todo es correcto, haga clic en OK.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
34
8. Un correo se enviar automticamente a la direccin de correo que usted envi. El mensaje tendr el asunto Su clave de activacin de ACD/I-Lab que debe contener la clave, como recordarle su usuario y contrasea.
2.8
Una vez que se ha registrado y recibido la clave de activacin puede activar su cuenta. 1. Desde el men I-Lab escoja Activar Cuenta para que se desplace la siguiente caja de dialogo:
2. Teclee el usuario y la clave de activacin que recibi en el mensaje de correo. Haga clic en OK para comenzar la activacin. Usted puede copiar y pegar la clave desde su mensaje de coreo directamente en la caja de dialogo usando CTRL+C y CTRL+V. 3. Recibir una confirmacin de que su clave fue aplicada exitosamente. Su cuenta I-Lab esta lista para ser usada. Esta es la nica vez que necesita usar la clave.
Importante
2.9
Tan pronto como se registra y activa su cuenta usted puede entrar como usuario. 1. Desde el men I-Lab escoja el comando Login o haga clic en el botn I-Lab Login en la barra de estado. 2. En la caja de dialogo que aparece teclee su usuario y contrasea. En el caso de que quiera inscribirse como un invitado, simplemente haga clic en el correspondiente botn sin proveer usuario y contrasea. 3. Haga clic en OK. La caja de dialogo de confirmacin aparecer cuando usted sea inscrito exitosamente en I-Lab.
Nota
Si no es posible la conexin, aparecer un mensaje de error en la caja de dilogo. Debe tratar de nuevo posteriormente. 4. Vaya a la Seccin 4.5 y, si quiere, haga clculos para otro nombre de la IUPAC gratis.
Nota
5. Ahora esta listo para seleccionar cualquiera de las opciones disponibles. Desde el men ILab escoja el servicio que desee. Recuerde que aparecer una caja de dialogo para confirmar su solicitud, en la cual debe seleccionar No, si decide no continuar.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
35
3.
Ahora que usted ha estudiado las bases del dibujo de estructuras descrito en el captulo 3, y ha visto como puede usarse la estructura como entrada para los clculos basados en la web del captulo 4, puede desear dibujar estructuras ms complejas usando herramientas avanzadas de ChemSketch. En este captulo aprender como hacer: Uso de la Tabla de Radicales para dibujar fragmentos qumicos tpicos; Rpidamente dibujar Anillos. borrar y remplazar tomos; hacer dobles y triples enlaces; hacer la carga de un tomo, dibujar cationes y aniones; y cambiar varias propiedades atmicas
3.2
La Tabla de Radicales incluye estructuras prediseadas de amino cidos, sus grupos protegidos, como los nucletidos y otros radicales frecuentemente usados. 1. Limpie la pantalla usando las directrices dadas en la seccin anterior. 2. Haga clic en el botn Tabla de Radicales los radicales: de la barra Referencias para desplazar
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
36
en la Tabla de Radicales.
4. Un botn Ciclohexano se localiza ahora en la barra Referencias al lado derecho de la pantalla. 5. Repita estos pasos para el botn Ciclopentano
Nota
. Cuando usted selecciona nuevos radicales de la Tabla de Radicales, el correspondiente botn se adiciona automticamente a la barra de Referencias. Para remover estos botones de la barra Referencias, haga doble clic en cualquiera de ellos o doble clic en la barra Referencias y escoja SI.
3.3
1. Seleccione el botn ciclopentano seleccionarlo de la Tabla de Radicales. 2. Haga clic en la pantalla para crear un anillo de cinco miembros. 3. En la barra de herramientas, seleccione el botn ciclohexano del ratn en la flecha para resaltar el enlace indicado, siguiente estructura:
Usando Anillos
haciendo clic en el
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
37
O OH HO O
O HO HO HO O
OH O O
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
38
3.4
O HO
para dibujar
Usted puede hacer esto de dos formas: borrar cada uno de los tomos individualmente (tratado en la Seccin 3.2.3) o borre simultneamente varios tomos.
2. Arrastre para incluir todos los tomos especificados en la lnea Laso cerrada para seleccionarlos:
O HO O HO O HO HO O OH O OH O
Nota
La ruta punteada en este cuadro muestra la ruta sugerida incluyendo los escogidos y que no aparecern en su espacio de trabajo. Se seleccionan los tomos enlazados en la curva. en la barra de Herramientas General.
4. Haga clic en todos los tomos resaltados simultneamente para borrarlos al mismo tiempo. Usted puede seleccionar tomos, enlaces y fragmentos de dos formas, usando el selector Laso o el selector Rectngulo . Para deseleccionar el fragmento(s), haga clic en cualquier espacio vaco.
3.5
Remplazando Atomos
CH3 CH3
para dibujar
NH N O
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
39
1. Haga clic en el botn Nitrgeno al lado izquierdo de la barra Atomos, luego haga clic sobre todos los carbonos sealados por una flecha de cabeza abierta en la estructura de arriba. 2. Haga clic en el botn Oxgeno en la barra Atomos y luego haga clic sobre los tres Carbonos marcados con una flecha slida.
Nota
Usted no puede remplazar tomos con la herramienta Dibujo Continuo (ver Seccin 3.2.6).
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
40
3.6
de Cadenas
N O HO N OH NH N OH
o Dibujo
la apariencia
de la estructura puede refinarse (fine-tuned). Seleccione este botn y haga clic en los hidrgenos y dobles enlaces indicados. Note el movimiento del hidrgeno alrededor del nitrgeno y del oxgeno, y el doble enlace alrededor del simple:
N N O HO N
+
NH2 HN NH2 OH
OH
3.7
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
41
H3C
+ NH2
H3C N
-
CH3
CH3 H3C N N
catin
anin
Radical libre
H3C CH3
H3C NH CH3
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
42
In radical positivo
in radical negativo
birradical singulete
birradical triplete
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
43
esta activa. Haga clic tres veces en un lugar para dibujar la siguiente
H3C CH3
3. Haga clic en la esquina del botn Incrementar (+) Carga barra tomos para expandir los siguientes grupos: Incrementar (+) Carga; Disminuir (-) Carga; Radical; In Radical Positivo; In Radical Negativo. 4. Haga clic en el botn Disminuir (-) Carga anin:
en la parte izquierda de la
H3C N
-
CH3
desde el grupo de
5. Con el botn derecho escoja Incrementar (+) Carga (o escoja botones) y haga clic dos veces para hacer un catin: H3C
NH2 CH3
Nota
un no metal, el correspondiente nmero de tomos de hidrgeno se adiciona automticamente, o se remueve de este para conservar la valencia qumica adecuada. Si cambia la carga de un metal, la carga es cambiada en aumentos o disminuciones de acuerdo con la siguiente carga qumica valida del correspondiente in. (Usted puede ver valencias comunes en la Tabla Peridica de Elementos.) 6. Escoja el botn Radical desde el grupo de botones mostrado en el paso 3 y haga clic sobre el grupo NH2 para dibujar un radical libre: H3C
CH3
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
44
7. Con el botn derecho en una zona de la hoja haga clic para escoger la herramienta In Radical positivo o escoja el botn correspondiente radical H3C y hacer clic para dibujar el in positivo:
NH
Radical Negativo y hacer H3C
CH3
para dibujar el in radical negativo:
8. Con el botn derecho en una zona de la hoja haga clic para escoger la herramienta In clic
NH
9. Escoja el botn Borrar
CH3
CH3 de la derecha para borrarlo. 10.Desde el grupo de botones en el paso 3 escoja la herramienta Radical el grupo NH varias veces hasta que se obtenga el siguiente birradical singulete: H3C
N
11.Contine hacienda clic con la herramienta radical hasta que el birradical triplete aparezca: H3C
3.8
Si quiere mostrar la valencia o la masa isotpica de un tomo en una estructura ChemSketch o igual cambiar el aspecto o el tamao del tomodebe usar el panel Propiedades. 1. Haga clic en el botn Seleccionar/Mover .
2. Haga doble clic en el tomo que quiere mostrar y cambiar las propiedades. Esto hace que la caja de dialogo Propiedades aparezca. Escoja el tabulador Propiedades de tomos:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
45
C smbolo tomo, H hidrgenos relacionados, n ndice de Hidrgenos relacionados, q carga, V valencia, I masa isotpica, N numeracin de tomos en toda la molcula. 4. Cuando escoja los valores, haga clic en Aplicar para que el cambio aparezca inmediatamente en el tomo seleccionado.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
46
Este captulo es el prximo paso para dibujar estructuras ms sofisticadas. Se cubren dos clases de optimizaciones: optimizar para mostrar propsitos (2D) y optimizacin de acuerdo a modelos simples de campos de fuerza (3D). si es la primera vez que esta usando ChemSketch se recomienda que haga los ejercicios descritos aqu slo despus de completar los captulos previos. En este captulo aprender a: Dibujar estructuras cclicas de alcanos y Pptidos usando la herramienta optimizacin 2D (depurar estructura); convertir estructuras a formato SMILES y vice versa; use la herramienta Optimizacin 3D para dibujar espectaculares estructuras 3D del Biciclo[2.2.2]octano, del tripticeno, del cubano y del dodecahedrano; dibujar esquemas de reaccin.
3.10 Optimizacin 2D
La opcin depurar (Clean) puede considerarse una optimizacin-2D de la estructura dibujada, por ejemplo, redibujar y redimensionar para estandarizar todas las longitudes de enlace y los ngulos. Con esta opcin puede fcilmente dibujar estructuras perfectas. Algunos ejemplos:
y borre todas las estructuras presionando CTRL+A y y arrastre sobre la zona de trabajo para
dibujar una cadena de 9 miembros. Note que el cursor le muestra el nmero de tomos en la cadena.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
47
3. Con el botn derecho escoja la herramienta Dibujo Normal un tomo a otro para conectarlos con el enlace.
CC
Esta seccin se basa en la pelcula pept.exe que puede bajarse de nuestro sitio web o encontrarla en la carpeta pelculas. Dibujemos el ciclo Tyr-Ala-Trp. De nuevo encontramos que se usa el botn Depurar Estructura (Clean Structure).
3. Desde la serie de aminocidos, haga clic en Tirosina y luego en el espacio de trabajo para copiarla. 4. En la Tabla de Radicales , escoja secuencialmente Alanina y Triptfano
Nota
Necesitar girar la plantilla sombreada antes de localizarla en la zona de trabajo presionando la tecla TAB.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
48
5. Con el botn derecho escoja la herramienta Seleccionar/Mover NH2 hacia el grupo OH como se muestra:
y arrastre el grupo
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
49
2. Del men Herramientas escoja el comando Generar Nota SMILES. La hilera generada aparece en la estructura de abajo:
CH3 O HO HN NH O
N H O N H
C4(=O)C(Cc1ccc(cc1)O)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc2cnc3c2cccc3)N4)C
3. Puede copiar el texto seleccionndolo y presionando CTRL+C para copiarla en el portapapeles de Windows. Luego pegar en cualquier editor de texto externo como un texto usando el comando men o CTRL+V.
Nota
Si tiene varias estructuras dibujadas en una pgina y quiere generar la hilera SMILES para todas ellas, no tiene que seleccionarlas todassolo quite la seleccin (desactive) y escoja el comando Generar Nota SMILES. La notacin SMILES aparece para todas las estructuras dibujadas como un hilera donde cada notacin se separa por un punto.
2. Del men Herramientas escoja el comando Generar Estructura desde SMILES. La estructura generada se ubica abajo del texto hilera. Como puede ver, esta es la misma estructura que se gener desde la notacin SMILES en la seccin previa:
C4(=O)C(Cc1ccc(cc1)O)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc2cnc3c2cccc3)N4)C
O NH NH O NH N H
H3C
HO
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
50
3. Si no tiene el texto hilera insertado en la zona de trabajo o no esta seleccionado, seleccionando el comando Generar Estructura desde SMILES desplazar la siguiente caja de dialogo donde usted puede teclear la hilera manualmente:
4. Haga clic en OK y la estructura generada aparece como una plantilla adjunta en el cursor:
3.12 Optimizacin 3D
Esta seccin explica como crear estructuras que tengan ngulos y longitudes de enlace reales. No es necesario explicar que tan difcil es dibujar molculas proporcionalmente. Las opciones Optimizacin y la Rotacin 3D le ayudarn rpidamente a cumplir esta tarea. Estas opciones permiten crear estructuras complejas con facilidad en ACD/ChemSketch. El algoritmo de la optimizacin 3D es propiedad de la versin de mecnica molecular con campos de fuerza inicialmente basada en la parametrizacin CHARMM3. Las modificaciones envuelven algunas simplificaciones y fueron proyectadas para incrementar la estabilidad y velocidad de cmputo. Note que el optimizador 3D no es un artefacto de mecnica molecular completo. Su diseo apunta confiablemente a reproducir conformaciones razonables (posiblemente nada razonables) de dibujos en 2D, ms que precisamente optimizar estructuras en 3D. Si el optimizador 3D produce una conformacin diferente a la que usted esperaba, no se sorprenda. Es que en esencia en el anlisis conformacional de las molculas, estas tpicamente tienen muchas conformaciones. El optimizador muestra solo una, y puede no ser la esperada. Por ejemplo, probablemente esperaba un fragmento de ciclohexano en silla, pero el optimizador lo gener en bote, el cual es una de sus conformaciones propias (realmente, en muchas estructuras este fragmento existe en una forma retorcida). En tal caso, puede intentar corregir la conformacin (por ejemplo, moviendo manualmente los tomos en la direccin deseada y optimizando en 3D de nuevo la estructura). Puede desear hacer el anlisis conformacional de su molcula usando un paquete de mecnica molecular especial o un paquete de optimizacin de qumica cuntica. La estructura ChemSketch optimizada en 3D servir como dato de entada.
B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus. CHARMM: Un programa para energa macromolecular, minimizacin y clculos dinmicos. J. Comput. Chem. 4 187-217 (1983).
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
51
Nota
Las Estructuras nicamente pueden ser modeladas de esta forma si contiene tomos de C (IV), H(I), F(I), CI(I), Br (I), I (I), N (III, IV), O (II), S (II, IV, VI) con estados de valencia estndar y estados enlazantes. Las Estructuras con tomos cargados (excepto azidas y grupos nitro) no pueden optimizarse.
1. Del men Opciones seleccione Preferencias y escoja el tabulador Estructura. 2. Limpie la caja de chequeo Adicionar Hidrgenos y haga clic en OK. 3. Escoja de la Tabla de Radicales trabajo para ubicar el anillo de ciclohexano. 4. Haga clic en la herramienta Dibujo Normal como se muestra en el siguiente esquema: y dibuje el Puente de carbonos arrastrando Ciclohexano . Haga clic en la hoja de
Si hay ms de una estructura en la zona de trabajo debera seleccionar la estructura que quiere optimizar en 3D utilizando cualquiera de las herramientas de seleccin (Seleccionar/Mover o Rotacin 3D ). , Seleccionar/Mover/Redimensionar
6. Si se selecciona la caja de chequeo del Interruptor para el modo de Rotacin 3D en el tabulador Estructura de la caja de dialogo Preferencias (men Opciones), usted estar automticamente apto para el modo de rotacin 3D despus que la optimizacin 3D se complete. Si no se ha seleccionado, escoja la herramienta Rotacin 3D . Ubique el cursor del ratn sobre cualquier tomo o enlace en la estructura y arrastre el ratn sobre la hoja de trabajo para rotar la estructura hasta que esta se localice como se muestra
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
52
Nota
Del men Opciones, seleccione Preferencias y haga clic en el tabulador Estructura de la caja de dialogo. Puede escoger si el enlace del fondo debera estar suelto o no, seleccionando o depurando en la caja de chequeo Habilitar en la seccin Interseccin de Enlaces. Puede cambiar la posicin de los enlaces cruzados aplicando los comandos Traer Enlace al Frente (CTRL+F) o Enviar Enlace al Fondo (CTRL+K) (men Herramientas) para el enlace seleccionado. Puede tambin traer el enlace del fondo al frente haciendo clic sobre este con la herramienta Cambiar Posicin la tecla SHIFT. activa mientras mantiene presionada
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
53
Intente dibujar las siguientes estructuras usted mismo usando las tcnicas anteriores
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
54
Biciclo[2.2.1]heptano
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
55
Biciclo[4.2.1]nonano
1. Dibuje la estructura del biciclo[2.2.2]octano como se describi arriba O haga clic en el botn Ventana Plantilla Biciclos 2. Escoja de la Tabla de Radicales en la barra Estructura, luego haga clic en el tabulador , y seleccione la estructura apropiada. Benceno .
3. Posicione el cursor sobre el enlace a y haga clic para unir el benceno a este enlace:
4. Repita los pasos 2--3 para los enlaces b y c para obtener la siguiente estructura:
5. Si hay ms de una estructura en la zona de trabajo, Seleccione la estructura que quiere optimizar en 3D usando cualquiera de las herramientas de seleccin (Seleccionar/Mover , Seleccionar/Rotar/Redimensionar 6. Haga clic en el botn Optimizacin 3D dibujada: o Rotacin 3D ).
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
56
7. Si se selecciona el interruptor Modo de Rotacin 3D en el tabulador Estructura de la caja de dialogo Preferencias (men Opciones), el programa automticamente activar el modo Rotacin 3D despus que se haya completa la optimizacin 3D; si no esta seleccionado, seleccione la herramienta Rotacin 3D . Ubique el cursor del ratn sobre cualquier tomo o enlace de la estructura y arrastre el ratn sobre la zona de trabajo para obtener la proyeccin que quiera. 8. Escoja del men Herramientas Mostrar Aromaticidad para mostrar los anillos aromticos:
y borre cualquier estructura o muvala a una pgina nueva. escoja Ciclobutano . Haga clic dos veces en la zona
de trabajo para ubicar dos Anillos de cuatro miembros uno bajo el otro. Escoja la herramienta Dibujo Normal y conecte las esquinas de la molcula de ciclobutano con enlaces arrastrando desde un tomo al otro como se muestra en la figura:
4. Ponga el cursor del ratn sobre cualquier tomo o enlace de la estructura y arrastre el ratn sobre la zona de trabajo para obtener la proyeccin que quiera:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
57
Nota
Del men Opciones, seleccione Preferencias y haga clic en el tabulador Estructura de la caja de dialogo. Puede seleccionar si el enlace de fondo esta separado o no seleccionando o depurando en la caja de chequeo Habilitar de la seccin Interseccin de Enlaces. Puede cambiar la posicin de los enlaces cruzados aplicando los comandos Traer Enlace al Frente (CTRL+ F) o Enviar Enlace al Fondo (CTRL+ K) (men Herramientas) para el enlace seleccionado. Puede traer el enlace del fondo al frente haciendo clic sobre este con la herramienta Cambiar Posicin SHIFT. activa mientras mantiene presionada la tecla
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
58
Prismano
Hexaciclo[4.2.0.02,5.03,9.04,8.07,10]decano
Seleccione el modo
y borre cualquier dibujo previo o muvalo a una pgina nueva. escoja Ciclopentano . Haga clic en la zona de
1. De la Tabla de Radicales
trabajo para ubicar el anillo de ciclopentano. 2. Consecuentemente posicione el puntero del ratn sobre cualquier enlace del anillo y haga clic para unir otros cinco anillos:
4. Arrastre moviendo los tomos a, c, e, g, i hacia los tomos b, d, f, h, j de acuerdo a como se muestra en el siguiente esquema para combinarlos:
5. Seleccione el botn Carbono sobre la barra tomos y haga clic directamente sobre los puntos indicados por flechas para adicionar ms tomos y enlaces:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
59
6. Conecte el grupo metilo adyacente con un enlace simple arrastrando desde un tomo terminal a otro para obtener la siguiente estructura:
Si la optimizacin produce una estructura Moebius en lugar de una estructura tipo fulereno
la optimizacin ha convergido a un valor no usual. Use el botn Deshacer para regresar a su estructura pre-optimizada. Luego, apliqu la herramienta Depurar Estructura o, usando la herramienta Seleccionar/Mover, mueva alguno de los tomos ligeramente y optimice de nuevo. 8. Seleccione la herramienta Rotacin 3D . Ubique el cursor del ratn sobre cualquier tomo o enlace en la estructura u arrastre el ratn sobre la zona de trabajo para obtener la proyeccin que quiera.
Nota
Desde el men Opciones, seleccione Preferencias y haga clic en el tabulador Estructura de la caja de dialogo. Puede seleccionar si el enlace de fondo esta separado o no seleccionando o depurando en la caja de chequeo Habilitar de la seccin Interseccin de Enlaces. Puede cambiar la posicin de los enlaces cruzados aplicando los comandos Traer Enlace al Frente (CTRL+F) o Enviar Enlace al Fondo (CTRL+K) (men Herramientas) para el enlace seleccionado. Puede traer el enlace del fondo al frente haciendo clic sobre este con la herramienta Cambiar Posicin SHIFT. activa mientras mantiene presionada la tecla
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
60
[4,6]FullereneC24
[5,6]Fullerene-C24
CC
Esta seccin se basa en la pelcula reaction.exe que puede bajarse de nuestro sitio web o encontrarla en la carpeta pelculas. En esta seccin dibujaremos el siguiente esquema de reaccin:
+
1. De la Tabla de Radicales escoja Benceno (si previamente ha usado esta plantilla, puede encontrarla al lado derecho de la barra Referencia). 2. Presione la tecla TAB para girar la plantilla sombreada y dibuje la siguiente estructura haciendo clic en la zona de trabajo varias veces:
Para dibujar Anillos fusionados, ubique el cursor directamente sobre el enlace de un anillo y haga clic. 3. Presione TAB para girar la imagen de Nuevo y luego haga clic al lado de la estructura dibujada para posicionar un anillo separado. Con el botn derecho oculte la plantilla.
Nota
4. Haga clic en la herramienta Dibujo Normal en la parte superior de la barra Estructura y haga clic sobre el enlace del anillo para generar un triple enlace:
5. Dibuje la estructura del Tripticeno como se describi en la Seccin 6.3.2 y pngalo al lado de la otra estructura dibujada:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
61
6. De la barra Estructura escoja la herramienta Ms de Reaccin primera y segunda estructura para colocarla:
+
7. Haga clic en la herramienta Flecha de Reaccin posicionarla donde se quiera: y luego haga clic o arrastre para
+
Nota
Haciendo clic en la esquina del botn Flecha de Reaccin puede escoger una variedad de flechas. Algunas flechas son tratadas como objetos Grficos, sin embargo, pueden no exportarse adecuadamente. , con el
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
62
3.15 Resumen
ACD/ChemSketch incluye 3 herramientas de plantillas para estructuras: Tabla de Radicales Plantilla Instantnea Ventana Plantilla ; ;y ;
Mientras que el punto de enlace de cualquier plantilla en la Tabla de Radicales es fija (invariable), la Ventana Plantilla y la herramienta Plantilla Instantnea le permite especificar cualquier tomo o enlace para enlazarlo a un punto simplemente con un clic sobre este. Sin embargo, no importa cual sea la fuente de la plantilla, los principios de asociacin son los mismos. Hay varios caminos para asociar las plantillas con la estructura dibujada: Usando los enlaces de la estructura y la plantilla: ponga el puntero del ratn sobre el enlace as que los correspondientes enlaces y la plantilla se unan, entonces haga clic Ligando o uniendo la plantilla a la estructura: ponga el puntero del ratn sobre el correspondiente tomo de la estructura as que los enlaces conectados aparezcan y entonces haga un clic Haciendo una conexin cclica entre la plantilla y la estructura: ponga el puntero del ratn sobre el tomo que quiere enlazar y mantenga presionada la tecla SHIFT. Nota Usted puede girar la plantilla sombreada antes de fijarla presionando la tecla TAB.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
63
Dibujo Avanzado:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
64
Dibujo Avanzado:
La Tabla de Radicales es un conjunto de radicales qumicos para dibujar estructuras. Sus nombres y en algunos casos abreviaturas se listan para ayudarlo a trasladar rpidamente taquigrafa qumica dentro de una molcula significativa.
CC
Esta seccin esta basada en la pelcula fluor.exe la cual puede bajarse de nuestro sitio web o encontrarla en la carpeta pelculas.
O
O O O
3. Haga Clic en la zona de trabajo de ChemSketch para copiar el anillo. 4. Haga clic en el tomo indicado mientras mantiene presionada la tecla SHIFT para obtener la conexin cclica con el segundo anillo de ciclopentano:
escoja Benceno
enlace indicado para unir el anillo de benceno, entonces haga clic sobre el tomo indicado para conectar el radical fenilo:
automticamente se habilita). Haga clic sobre los tomos indicados para remplazarlos
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
65
Dibujo Avanzado:
7. Oprima el botn derecho para seleccionar rpidamente la herramienta Dibujo Continuo Haga doble clic sobre los tomos indicados para unir los grupos OH a ellos:
8. Haga clic sobre el enlace simple indicado para remplazarlo por un doble enlace:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
66
Dibujo Avanzado:
y borre todas las estructuras presionando CTRL+A y escoja Benceno . Ponga el cursor en la mitad
superior de la zona de trabajo y haga clic para localizar el anillo de benceno. 3. Desde la Tabla de Radicales escoja Etinilo la flecha para unirlo al anillo: y haga clic sobre el tomo indicado con
6. Haga clic
de Nuevo y clic sobre el tomo para crear la plantilla del fragmento completo:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
67
Dibujo Avanzado:
7. Haga clic sobre los tomos para unir la plantilla como se muestra. Para ocultar la plantilla haga clic con el botn derecho despus de finalizar el dibujo:
CC
Un breve tour de plantillas ChemSketch disponibles se muestran en la pelcula templ_st.exe que puede bajarse de nuestro sitio web o hallarse en la carpeta pelculas.
CC
Esta seccin se basa en la pelcula dna_st.exe que puede bajarse desde nuestro sitio web o encontrarla en la carpeta pelculas.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
68
Dibujo Avanzado:
Escoja el modo
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
69
Dibujo Avanzado:
3.18.1.1
escoja
Click
OH
2-Deoxyriboso-5-phosphate 2. Haga clic en la zona de trabajo para pegar la plantilla escogida. 3. Posicione el puntero del ratn sobre el tomo indicado y mientras mantiene presionada la tecla SHIFT una el siguiente fragmento 2-Desoxirribosa-5-fosfato:
Click + Shift
O HO P O OH O OH HO O O O P OH OH O O P O OH O OH
OH
OH
5. Seleccione la parte indicada de la estructura arrastrando la seleccin rectngulo alrededor de este. Arrastre el centro de accin sobre el tomo de oxgeno indicado por la flecha. Entonces mantenga presionada la tecla SHIFT y arrastre la parte de la estructura seleccionada para girarla 90o en el sentido de las manecillas del reloj:
O HO P O OH HO O O O P OH OH O O P O OH O OH HO O O OH O P OH OH O O P O OH O OH O HO P O O O OH O OH
OH
OH
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
70
Dibujo Avanzado:
3.18.1.2
1. Abra la Ventana Plantilla . Desde el tabulador
base que usted necesita hacienda clic sobre el tomo que ser el punto de enlace. Por ejemplo, escoja uracilo, haga clic sobre el tomo de N mostrado que ser el punto de enlace:
2. Posicione el puntero del ratn sobre el tomo indicado abajo y haga clic mientras mantiene presionada la tecla SHIFT:
Importante
Usted puede girar la plantilla sombreada antes de fijarla presionando la tecla TAB.
3. Repita los pasos 1 y 2 para adicionar bases a otros nucletidos tal como la adenina:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
71
Dibujo Avanzado:
1. Escoja el modo
y borre cualquier estructura previamente dibujada. seleccione el tabulador viendo en la pgina la y Haworth :
frmula
de
. Si no, haga clic sobre la flecha de la derecha de la caja de texto y escoja la correcta. 3. Haga clic una vez sobre -D-Glucopiranosa para seleccionarla y haga clic en la zona de trabajo para copiarla. 4. Repita los pasos 1-3, pero esta vez seleccione la beta-D-piranosa y escoja -D-Glucopiranosa 5. Haga clic en la ventana ChemSketch para ubicarla a la derecha de la primera estructura.
6. Escoja el botn Carbono . Haga clic en el tomo indicado en la estructura de la -DGlucopiranosa para remplazarla con un grupo CH3 y entonces arrastre desde el grupo CH3 hacia la derecha mientras mantiene presionada la tecla SHIFT para dibujar el enlace con un ngulo recto:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
72
Dibujo Avanzado:
la anterior pero no tocando la -D-Glucopiranosa para seleccionarla. Ponga el cursor del ratn sobre cualquier tomo o enlace de la estructura seleccionada y arrstrelo hacia la izquierda hasta que los correspondientes grupos OH y CH3 se traslapen el uno al otro:
10.Si decide, oculte los hidrgenos en la estructura seleccionada escogiendo el comando Remover Hidrgenos Explcitos del men Herramientas:
Nota
Aunque los tomos de carbono enlazados al oxgeno central estn ocultos, ellos estn presentes. Si el significado qumico es importante para su tarea (por ejemplo, en el clculo del peso frmula) usted puede remover estos tomos de la siguiente forma. Con la herramienta Seleccionar/Mover activa haga doble clic sobre los tomos ocultos. Cuando el panel Propiedades aparece, haga clic sobre el tabulador botn Smbolo de tomo escoja Vaco . Haga clic sobre Aplicar. luego sobre el y desde la caja Valor en la lista desplegable
-Celobiosa
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
73
Dibujo Avanzado:
Es fcil asignar archivos ChemSketch como una plantilla. Desde la primavera de 1998, nosotros estamos ofreciendo plantillas libres, excepto aquellas incluidas con el paquete de instalacin de ChemSketch, estas pueden bajarse desde nuestro sitio web.4 Esta es una pgina que intercambia plantillas, as que si usted tiene un conjunto de estructuras o dibujos que puedan ayudarle a la comunidad ChemSketch considere compartirlas! Para designar un archivo ChemSketch como una plantilla, recomendamos que usted: 1. Guarde las estructuras que ha dibujado como archivos SK2 en la carpeta Plantillas O abra el archivo SK2 de inters en ChemSketch. 2. Desde el men Plantillas escoja el comando Salvar Plantilla de Usuario. 3. En la caja de dialogo Salvar Plantilla de Usuario escriba el nombre para su plantilla, tal como Alcaloides, y busque para obtener el camino para guardar su archivo, tal como C:\ACD45\Plantillas\alcaloides.sk2. Clic en OK.
Nota
Si usted entra cualquier nombre para su documento (por ejemplo, para el documento b_d_fur.sk2 el siguiente nombre -Azucares: beta-D-Furanosa debera ser ms apropiado).
Una vez que su documento esta guardado como una plantilla de usuario, el nombre que le puso se adiciona automticamente a la lista de plantillas en la Ventana Plantillas (accesible desde el men Plantillas). Nota Usted puede crear una plantilla de usuario de cualquier documento an si este esta cerrado. Desde el men Plantillas, seleccione Organizador de Plantillas. Haga clic en el botn Nuevo... , encuentre el documento necesario y asgnele su nombre.
Verifique primero en la carpeta Plantillas del software libre ACD/ChemSketch para la plantilla escogida. Si no la encuentra, vaya a, http://www.acdlabs.com/download/download_templates.html.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
74
Dibujo Avanzado:
Usted puede hacer las siguientes tareas con la Plantilla de Usuario: Modificar la plantilla. Escoja desde la Lista de Plantillas (Organizador de Plantillas) la plantilla que necesita y haga clic en el botn Abrir Documento. Haga los cambios necesarios y guarde. Copiar alguna parte de su plantilla en la zona de trabajo (Modos Estructura o Dibujo) sin abrir el documento completo. Para hacer esto, encuentre su plantilla en la Lista de Plantillas (Ventana Plantillas) y haga clic sobre el elemento para ubicarlo en la zona de trabajo.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
75
Dibujo Avanzado:
Contenidos
Alcaloides
Nombre de Archivo
alkaloid.sk2
Comentarios
11 pginas, alfabticamente nombre comn. listadas por el
Muestra
N CH3
H N H
Amino Acidos
aminacid.sk2
2 pginas, con nombres de molculas y C-radicales, y con abreviaturas de 3 letras. 2 pginas, de aniones inorgnicos y orgnicos con nombres y frmulas moleculares. 1 pgina, principalmente con anillos de 5- y 6miembros con sus nombres. 2 pginas de flechas largas, curvas, coloreadas y complejas. 1 pgina con estructuras de dos o ms ciclos, muchos de ellos con nombres. 3 pginas con proyecciones de Haworth, Fisher, con nombres. (Ver tambin Azucares abajo.)
O H3C NH2
OH
Aniones Nuevo!
anions.sk2
O O S O
-
O O S O
y O OC
COO
Aromaticos
aromatic.sk2
Flechas
arrows.sk2
Biciclos
bicycles.sk2
Carbohidratos
sugars.sk2
H H
OH OH
HO OH
OH
y
CH3
OH
Carbonilos
carbonyl.sk2
1 pgina de fragmentos estructurales que contienen el enlace C=O; sin nombres. 5 pginas de alquenos conjugados con nombres. 1 pgina de fragmentos estructurales con formula.
CH3
CH3
Carotenos
carotene.sk2
H3C
CH3
CH3
CH3
H3C
CH3
CH3
CH3
H3C
CH3
Groups C
c_groups.sk2
O CH3 CH3
CH3 CH3 CH3 CH3 H3C CH3 CH3 CH3 CH3 CH3
H3C
Cadenas
chains.sk2
2 pginas de cadenas saturadas (con nombre) y de insaturadas (sin nombre). 2 pginas de texto y figuras, que muestran varias preguntas ejemplo dibujadas de otras plantillas.
Exmen Chem
chemquiz.sk2
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
76
Dibujo Avanzado:
Contenidos
Eteres Corona
Nombre de Archivo
crowns.sk2
Comentarios
1 pgina de teres cclicos, con nombre y solamente en 2D.
Muestra
O O
O O
Kit ADN/ARN
nucleo.sk2
2 pginas de componentes estructurales ADN. Ver tambin el constructor de Utilidades(Goodies) (Seccin 13.3). 1 pgina de elementos ordenados como lazos de ADN, micelas y espirales.
O HO P OH O
O P OH O OH O
OH
OH
Figuras
set.sk2
y
Fulerenos fuller.sk2 1 pgina de fulerenos saturados e insaturados.
kit.sk2
Etiquetas
labels.sk2
Rejillas
lattice.sk2
Estructuras de Lewis
lewistr.sk2
cycloalk.sk2
1 pgina que describe como dibujar diagramas de Lewis y una pgina con diagramas de Lewis. 1 pgina de anillos de carbono, entre 3-20 tomos. 3 pginas de bloques construidos de polmeros comunes, sin nombre. 1 pgina de fragmentos estructurales que contienen Nitrgeno.
monomers.sk2
CH3 O CH3 O
n_groups.sk2
H3C N H3C
CH3
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
77
Dibujo Avanzado:
Contenidos
Proyecciones de Newman
Nombre de Archivo
newmans.sk2
Comentarios
2 pginas de conformaciones anti, gauche, eclipsadas y alternadas. 3 pginas de anillos mono-, bi- y triciclicos que contienen nitrgeno. 1 pgina de anillos mono-, bi- y triciclicos que contienen oxgeno y azufre. 2 pginas de orbitales s, p, d, sigma y pi grandes y pequeos. 1 pgina de estructuras con nombre que contienen fsforo. 1 pgina de puentes saturados y/o estructuras fundidas, con nombres. 1 pgina de slidos geomtricos.
Muestra
HH H H HH
Anillos con N
n_rings.sk2
N H
NH
os_rings.sk2
O S
orbitals.sk2
phosphor.sk2
O O
-
P O
-
Policiclos
polycycl.sk2
Poligonos
polygons.sk2
y
Polilineas polyline.sk2 1 pgina con otros slidos geomtricos. 1 pgina de smbolos comunes. 1 pgina con anillos de 5- y 6-miembros. 1 pgina de fragmentos de resinas con nombre, todas unidas en fase slida. 1 pgina de dibujos (no estructuras) para mostrar conformaciones estreo. 3 pginas de esteroides, con nombre trivial
CH3 H H H H
H O H H OH OH OH H H OH CH 2OH
O R N H O Cl
G
y
conform.sk2
Esteroides
steroid.sk2
Azcares: alfaD-Fur
a_d_fur.sk2
3 pginas de azcares de 5-miembros, con proyecciones de Haworth, estreo y Fisher, con nombre.
HO H H
O HO H
OH OH
OH
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
78
Dibujo Avanzado:
Contenidos
Azcares: alfaD-Pyr
Nombre de Archivo
a_d_pyr.sk2
Comentarios
4 pginas de azcares de 6 miembros, con proyecciones de Haworth, estreo, silla y Fisher , con nombres. 3 pginas con azcares de 5-miembros, con proyecciones de Haworth, estreo y Fisher, con nombres. 4 pginas de azcares de 6 miembros, con proyecciones de Haworth, estreo, silla y Fisher , con nombres. 5 pginas de terpenos comunes, con nombres.
Muestra
H H HO OH
HO H H H
O H H OH H
OH H OH
HO H HO
OH H O OH H OH H
y
HO
Azcares: betaD-Fur
b_d_fur.sk2
HO
OH O OH HO OH
OH OH
HO
Azcares: betaD-Pyr
b_d_pyr.sk2
H H HO OH OH HH H O OH OH
O
HO H H H H
y
CH3
CH2 OH OH OH OH H
Terpenoides
terpen.sk2
tipped.sk2
1 pgina de Anillos mostrados en perspectiva. 3 pgina de vitaminas desde la A hasta la U con nombres.
vitamins.sk2
NH2 N
Vitamina B3
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
79
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
80
horizontally
horizontally
7. Repita los pasos anteriores para dibujar los dos segmentos siguientes. 8. Haga clic con el botn derecho para finalizar la curva.
Importante
Cuando se dibuja con la herramienta poli lnea, esta le ayuda a recordar que debe hacer un clic que crear un punto final, una cspide, o un ngulo agudo, y un arrastre crear una curva:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
81
1. Si la curva no esta seleccionada, haga clic en la herramienta Seleccionar/Mover entonces haga clic sobre la curva. 2. Haga clic en la herramienta Editar Nodos lnea que pueden ser modificados:
3. Haga clic en el tercer nodo y ver el nodo seleccionado y aparecen las lneas de control:
4. Mueva las lneas de control y seleccione y modifique otros nodos hasta que la curva muestre el camino que usted quiere.
Importante
Cuando se usa la herramienta Editar Nodo, usted puede manipular nodos usando los botones sobre la barra Nodos que aparece. Por ejemplo, usted puede seleccionar varios nodos hacienda clic sobre ellos con SHIFT y entonces alinearlos escogiendo el correspondiente botn sobre la barra de herramientas.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
82
Puede fcilmente dibujar los ejes en ngulo recto escogiendo previamente el comando Escoger (Snap) sobre Rejilla y/o Mostrar Rejilla (men Opciones). y Rotando 90 .
Aqu tiene un reto. Use la herramienta Texto para imprimir una palabra en la zona de trabajo. Seleccinela y cambie el tamao de fuente a 36 puntos y de color Amarillo. Ahora use la herramienta Poli lnea para escribir la palabra encima. (Sugerencia: escriba la palabra como mejor pueda, entonces utilice la herramienta Editar Nodos libremente.)
C
ACD/ChemSketch
h e m
Gua de Usuario 83
1. Arrastre horizontalmente hacia la derecha del punto de inicio del orbital para extender la lnea control. 2. Libere el botn del ratn. 3. Mueva el ratn hacia abajo para dibujar el cuerpo del orbital. 4. Haga clic para fijar el orbital.
Nota
Si la forma de la curva no es la que usted quiere, use la herramienta Editar Nodos . . Posicione el cursor
5. Haga clic dos veces con el botn derecho para finalizar el dibujo del orbital y para escoger rpidamente la herramienta Seleccionar/Mover/Redimensionar sobre el orbital seleccionado; mientras mantiene presionada la tecla CTRL arrastre hacia abajo para hacer una copia del orbital dibujado. 6. Escoja el botn Girar de Arriba Hacia Abajo (Flip Top to Bottom) segmento inferior del orbital. Alinie los segmentos movindolos. para girar el
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
84
7. Escoja el botn del color gris en la Paleta Colores (en la parte inferior de la zona de trabajo) haga clic con el botn izquierdo para cambiar el color de relleno del segmento de orbital.
Importante
8. Seleccione los dos segmentos del orbital y haga clic en el botn Agrupar herramienta Seleccionar/Mover/Rotar .
puede manipular los segmentos como un simple objeto, por ejemplo, rotarlo usando la
1. Arrastre horizontalmente hacia la derecha desde el punto de inicio del orbital para extender la lnea de control. 2. Libere el botn del ratn. 3. Mueva el ratn hacia abajo para dibujar el cuerpo del orbital. 4. Arrastre horizontalmente hacia la derecha para extender las lneas de control. Note que para hacer los dos segmentos del orbital idnticos, debe hacer las lneas de control iguales. 5. Libere el botn del ratn. 6. Con el botn derecho finalice el dibujo del orbital y escoja la herramienta Seleccionar/Mover/Redimensionar .
Usted puede dibujar el orbital simtrico fcilmente escogiendo previamente el comando Escoger sobre Rejilla (men Opciones). 7. Seleccione el orbital y mantenga presionada la tecla CTRL arrastre para hacer una copia.
Importante
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
85
10.Escoja el botn color gris de la Paleta de Colores y haga clic con el botn izquierdo para cambiar el color del orbital:
Importante
Para centrar rpidamente los orbtales, seleccinelos y haga clic . . Ahora usted puede
11.Seleccione los dos orbtales y haga clic en el botn Agrupar herramienta Seleccionar/Mover/Rotar .
manipular los orbtales como un simple objeto grfico, por ejemplo, rotar usando la
2. Desde el men Objetos escoja el comando Convertir a Poli lnea. 3. Seleccione la herramienta Editar Nodos 4. Arrastre el nodo inferior hacia arriba. .
selecciones el orbital sobre su contorno y manteniendo presionada la tecla CTRL arrastre para hacer una copia de este. 6. Escoja el botn Girar de Arriba hacia Abajo para girar el orbital inferior.
7. Active el botn color gris en la Paleta de Colores y haga clic con el botn izquierdo del ratn para cambiar el color del orbital.
Importante
Para centrar rpidamente los orbtales, seleccinelos y haga clic . . Ahora usted puede
8. Seleccione ambos orbtales y haga clic en el botn Agrupar manipularlos como un objeto simple.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
86
Active el modo Dibujo y seleccione una ampliacin de 50%. En la Ventana Plantillas escoja el tabulador Kit de Laboratorio desde la Lista de Plantillas. 1. Seleccione el baln de fondo Redondo haciendo clic en l. Haga clic en la zona de trabajo para posicionar la plantilla seleccionada. Luego con el botn derecho oculte la plantilla usada . 2. Abra la Ventana Plantillas. Seleccione el adaptador de tres vas (Columna de destilacin Vigreux con adaptador de conexin). Conctelo al baln y con el botn derecho oculte la plantilla sombreada. 3. Desde la Ventana Plantillas escoja termmetro y conctelo hacienda clic como se muestra. Oculte la plantilla sombreada. 4. Desde la Ventana Plantillas escoja el condensador de Liebig y ubquelo en la zona de trabajo cerca del aparato haciendo un clic. Con el botn derecho oculte la plantilla sombreada y escoja la herramienta Seleccionar/Mover/Redimensionar para escoger rpidamente la herramienta Seleccionar/Mover/Rotar
0
. . Rote el objeto
5. Haga clic tocando en cualquier parte (un cuadro negro aparece alrededor de la columna) seleccionado cerca de 73 hacia la derecha arrastrando y tocando la seleccin. El cursor le informa el ngulo de rotacin (si la opcin correspondiente ha sido seleccionada en el tabulador General de la caja de dialogo Preferencias (men Opciones). 6. Mueva la columna arrastrndola para unirla al aparato. 7. Desde la Ventana Plantillas seleccione el adaptador de destilacin al vaco y nalo al aparato. 8. Complete el dibujo conectando el baln de recepcin (baln de fondo redondo).
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
87
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
88
W V i g r e u x c o l u m n
a t e r W
u t e s t c o n d e n s e r V a c u u m a d a p t e r
a t e r
I n R I m e c e i v i n g m e r s e i n f l a s k . i c e b a t h .
2 0 0 m l r o u n d - b o t t o m f l a s k . I m m e r s e i n h e a t b a t h .
3.24.1.1
1. Primero, hay que escoger la fuente para el texto que ser usado. Desde el men Herramientas escoja Panel Fuente y Panel Prrafo. Especifique el siguiente escenario y cierre el panel:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
89
izquierda del termmetro. Sealado desde el instructor. Para estrechar la caja de texto, arrstrelo hacia el borde derecho:
Importante
barra superior de Edicin. El texto seleccionado estar ubicado dentro de la caja de texto. Si el no ha sido seleccionado, simplemente haga clic sobre el texto con esta herramienta activa. 3. Haga clic fuera del texto para salir del modo Texto y fijar la captura. 4. Repita los pasos 2 y 3 para adicionar otros textos. 5. Si es necesario mover las capturas parra arreglarlas alrededor del aparato:
T h e r m o m e t e r . S i g n o u t f r o m i n s t r u c t o r .
W V i g r e u x c o l u m n
a t e r W
u t e s t c o n d e n s e r V a c u u m a d a p t e r
a t e r
I n R I m e c e i v i n g m e r s e i n f l a s k . i c e b a t h .
2 0 0 m l r o u n d - b o t t o m f l a s k . I m m e r s e i n h e a t b a t h .
3.24.1.2
Ahora incluiremos las capturas dentro de las llamadas.
Insertar Llamadas
1. En el lado izquierdo de la barra Dibujo, haga clic al lado derecho del botn Llamadas para expandir los otros botones (por ejemplo el triangulo blanco pequeo). De los estilos disponibles, escoja la llamada tipo cuadro:
2. Si usted mueve alrededor de este el cursor, ver que aparece la llamada sombreada alrededor de cualquier objeto que este puntuando. Apunte el prximo texto capturado as que la llamada sombreada aparezca alrededor de este y haga clic para fijarlo:
3. Subsecuentemente seale las otras capturas y haga clic para fijar las llamadas. Para salir del modo llamada, con el botn derecho haga clic en la zona de trabajo.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
90
3.24.1.3
Reformar Llamadas
Ahora modificaremos las llamadas de tal forma que las puntadas finales estn dirigidas a los objetos requeridos. 1. Seleccione cualquiera de las llamadas dibujadas haciendo clic sobre ella y escoja la herramienta Editar Nodos llamadas: de la barra superior Edicin. Los nodos aparecern en la
2. Arrastre el nodo inferior a una nueva ubicacin de tal forma que el final del puntero apunte al objeto que usted quiere decir o hacerle algo:
Importante
3. Sin salir del modo Editar Nodos haga clic en otra llamada y repita los dos pasos las veces que sea necesario. 4. Tan pronto como la llamada sea redireccionada, haga clic con el botn derecho en la zona de trabajo para salir del modo Editar Nodos. 5. Usando la herramienta Dibujar Flecha de agua. 6. Seleccione ambas flechas y haga doble clic para desplegar el Panel Objetos. Seleccione el color de lpiz a rojo y haga clic en Aplicar. , adicione flechas para indicar la salida y entrada
3.24.1.4
Agrupar/Desagrupar Elementos
Para ser capaz de manipular estos dibujos como simples objetos, seleccione todos sus componentes presionando CTRL+A y haga clic en el botn Agrupar en la Barra Edicin. Ahora puede mover y /o redimensionar los dibujos como uno solo sin el riesgo de perder o dejar de lado cualquier elemento. Si ms tarde decide editar cualquiera de los componentes del dibujo, seleccione la figura y libere el botn Desagrupar .
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
91
Escoja el modo
1. Arrastre verticalmente hacia abajo desde el punto de inicio de la curva para generar la lnea de control. 2. Libere el botn del ratn. 3. Mueva el ratn hacia la derecha para dibujar la curva. 4. Arrastre verticalmente hacia abajo para generar las lneas de control. Cambiando la longitud de las lneas de control puede modificar la forma de la curva. 5. Libere el botn del ratn y haga clic dos veces con el botn derecho para finalizar el dibujo de la curva, entonces escoja la herramienta Seleccionar/Mover/Redimensionar .
6. Ubique el puntero del ratn sobre la curva seleccionada y mientras mantiene presionadas las teclas CTRL+SHIFT arrastre hacia abajo (manteniendo presionada la tecla CTRL mientras se arrastra deja al lado una copia del objeto y manteniendo presionada la tecla SHIFT fuerza al objeto a moverse estrictamente en forma horizontal o vertical). 7. Seleccione ambas curvas arrastrando la seleccin rectngulo alrededor de ellos o haciendo clic en cada una de las curvas mientras se presiona la tecla SHIFT, entonces escoja Conectar Lneas (en el men Objeto) para conectar la parte derecha de las curvas.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
92
8. Escoja la herramienta Editar Nodos a) Haga clic en el botn Conectar Vrtices lnea.
de la Barra Edicin (arriba en el lugar de trabajo). para conectar el final de los nodos con una
b) Seleccione los dos nodos de la derecha arrastrando la seleccin rectngulo alrededor de ellos y haga clic en el botn Convertir a Lnea Seleccionar/Mover/Redimensionar . . c) Haga clic con el botn derecho para salir del modo Editar Nodos y escoja la herramienta
9. Haga una copia del segmento obtenido arrastrndolo con CTRL+SHIFT como se describi en el paso 6. haga clic en el botn Girar de Izquierda a Derecha segmento y luego haga clic en el botn Enviar Atrs para girar el para enviar el segmento al fondo.
Importante
Esto puede tomar algn tiempo cuando se quiere corregir la posicin de los segmentos manualmente. Para alinear esta posicin automticamente, seleccione los dos segmentos y aplique el botn Centrar Horizontalmente a los segmentos.
10.Seleccione los dos segmentos arrastrando o haciendo clic mientras mantiene presionada la tecla SHIFT y haga una copia de ellos (CTRL+ arrastre). Corrija la posicin usando las directrices del paso anterior:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
93
11.Seleccione los segmentos marcados con gris en el cuadro de abajo haciendo clic sobre ellos mientras mantiene presionada la tecla SHIFT. Haga doble clic en cualquiera de ellos para abrir el panel Objetos. En el tabulador especifique la siguiente situacin: Estilo - Sombreado Color - blanco; Patrn Matiz Y haga clic en Aplicar: ; ;
12.Seleccione los otros dos segmentos (ellos estn marcados con cruces en la figura de abajo) y especifique el siguiente escenario en el panel Objetos: Estilo - Sombreado Color - blanco; Patrn Matiz Y haga clic en Aplicar para obtener el siguiente espiral: ; ;
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
94
13.Seleccione todo el espiral arrastrando con la seleccin rectngulo para que se incluyan todos los segmentos y haga una copia arrastrando + CTRL. Haga clic en Girar de Izquierda a Derecha y luego en el botn Girar de Arriba hacia Abajo :
14.Seleccione los segmentos marcados con gris en el cuadro de abajo haciendo clic y presionando SHIFT; luego seleccione el botn Enviar Atrs .
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
95
Asegrese de escoger el modo 1. Seleccione la herramienta Elipse tecla SHIFT para dibujar un crculo.
del crculo para dibujar la cola de carbonos y clic con el derecho para finalizar.
Importante
Para dibujar fcilmente la lnea asimtrica en zigzag, puede escoger previamente el comando Morder en la Rejilla y/o Mostrar Rejilla (men Opciones).
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
96
a) Seleccione todos los nodos de la poli lnea dibujada arrastrando con la seleccin rectngulo alrededor de esta. Note que los nodos seleccionados se ponen negros. b) Haga clic en el botn Convertir a Curva y luego en el botn Suavizar . .
5. Posicione el puntero del ratn sobre la curva y arrastre presionando CTRL para finalizar la copia de la curva. 6. Arregle las colas como se muestra arrastrndolas.
Importante
Si selecciona todos los elementos del fosfolpido y hace clic en el , podr manipularlo como un simple objeto, por .
botn Agrupar
Intente dibujar la micela del cuadro usando la caracterstica de copiado (CTRL + arrastre), Agrupar, Rotar 90, Seleccionar/Mover/Rotar como las herramientas de alineacin y giro:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
97
CC
4. En el tabulador Mrgenes escoja las mrgenes de la hoja y haga clic en OK. 5. Dibuje su cartel usando las herramientas de los modos Estructura y Dibujo. Use el botn Pgina Completa (Full Page)
Importante
Usted puede usar los comandos Pegar y Pegado especial desde el men Editar para insertar los objetos (texto, cuadros y etc.) creados en otras aplicaciones Windows. Puede editar estos objetos usando OLE. 6. En la caja de dialogo Preferencias (men Opciones) del tabulador General, seleccione Area de Impresin luego chequee en la seccin Bordes si quiere ver como se divide su cartel en pginas individuales mientras se esta imprimiendo. 7. Escoja el comando Opciones de Impresin desde el men Archivo. 8. De la caja de dialogo Seleccione Impresora escoja el botn Ajustes (Set Up) y el tabulador Fuente seleccione la opcin Imprimir Fuentes como Grficos. Note que este paso puede ser diferente para cada impresora. Haga clic en OK.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
98
9. Escoja el comando Imprimir del men Archivo o haga clic en el botn Imprimir barra General para imprimir su cartel y unir sus pginas.
en la
3. Teclee el nombre, por ejemplo, Captulo8.pdf y haga clic en OK. 4. En el momento de finalizar la conversin, encuentre el archivo recientemente creado y bralo con Adobe Acrobat Reader para ver los resultados.
Nota
Algunos Objetos insertados por el servidor OLE (men Editar > comando Insertar Objeto ) pueden no ser convertidos a PDF. En este caso, aparece la caja de mensajes informndole sobre ello.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
99
4.
Si a menudo muestra sus estructuras con un conjunto particular de atributos, tales como tamao de fuente, estilo de fuente, grosor de lneas de enlace, etc, usted puede hacer que ChemSketch recuerde estas caractersticas guardndolas todas como un Estilo. Esta es una ayuda especial si quiere mostrar molculas de una forma cuando esta trabajando con ellas, y para hacerlas de acuerdo a una forma particular de estilo diario cuando enve un artculo para publicacin. En este captulo aprender cmo hacer: Cambios en el estilo de estructuras; Guardar su estilo; Aplicar un estilo existente; y Escoger un estilo por defecto.
4.2
Un estilo es una coleccin de atributos para mostrar (tomos y enlaces para estructuras; lpiz, flechas, relleno, fuente, prrafo para objetos y texto) a los cuales les puede asignar un nombre y guardarlos. Usando la tcnica descrita en el Captulo 7 dibuje la siguiente estructura que representa un fragmento de la molcula de ADN. Gurdela como dnafrag.sk2. Importante Esta estructura puede dibujarse con la ayuda de la Ventana Plantilla > Kit ADN/ARN. Use los compuestos 2-desoxirribosa-5-fosfato, uracilo y guanina. Cuando utilice una plantilla, use SHIFT + clic para usarla sin crear un enlace adicional. Para ms detalles sobre cmo usar la Ventana Plantilla referirse a la seccin 7.5
O OH HO P O O N O O O HO P O O N O N NH2 N O
NH
NH
OH
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
100
2. Mueva el cursor sobre uno de los marcadores de seleccin para que pasen de cuadritos a cuadrados slidos negros. Haga doble clic en la caja de dialogo Propiedades que aparece. 3. Haga clic en la flechita al lado de los estilos y displace el men que aparece. Seleccione JOC Style (1996) de la lista:
4. Haga clic en Aplicar y ver los cambios de la molcula en el estilo diario. Haga clic al lado de la molcula para deseleccionarla, de tal forma que la pueda ver ms claramente: O
OH HO P O O NH O N O O O HO P O O N O N N NH NH2
OH
5. Desde el men Archivo, seleccione Guardar como y gurdela como dnafrag2.sk2. 6. Seleccione toda la molcula de Nuevo y desde el men Estilo en la caja de dialogo Propiedades seleccione Normal. 7. Haga clic en el botn Aplicar para que la molcula aparezca como antes.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
101
No todas las revistas tienen instrucciones explcitas para dibujo de estructuras de tal forma que no aparecen como estilos definidos en la caja de dialogo Propiedades de Estructuras.
4.3
Si quiere hacer una presentacin en la cual quiera distinguir con colores entre grupos azcar, fosfato y amino cidos de la porcin de AND, usted deber. 1. Abrir el archivo dnafrag.sk2 (o dibujar el fragmento ADN mostrado en la Seccin 9.2) y confirmar que esta en el Modo Estructura. 2. Escoja la herramienta Lazo y Seleccione la herramienta Seleccionar/Mover .
3. Seleccione los componentes de azcares arrastrando alrededor de ellos (presionando la tecla SHIFT cuando seleccione componentes separados):
+Shift
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
102
4. Mueva el cursor sobre cualquier parte del fragmento seleccionado para que el cuadrado de seleccin se ponga negro. Hacer doble clic para mostrar el panel Propiedades:
Las unidades de medida usadas en muchos de los paneles diferentes a ChemSketch corresponden al conjunto de la caja de dialogo Preferencias (men Opciones). Puede escoger valores para el ancho, longitud, etc, en puntos/pulgadas/centmetros. Teclee los valores y adicione la unidad que quiera (pt/in/mm/cm), por ejemplo, 5 pt. Los valores sern recalculados en las correspondientes unidades de medida. 2. Haga clic en Aplicar. Como ve los segmentos seleccionados estn coloreados con rojo:
Nota
O OH HO P O O N
O
NH O
O O HO P O O N
O
NH
NH2
OH
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
103
3. Para guardar este estilo para usos futuros, en la caja de Listas de Estilos de la caja Propiedades, teclee Azcar y Guarde:
4. Usted ser avisado si quiere guardarlo como estilo definido por el usuario. Haga clic en Si.
NH
NH
OH
OH
NH
HO
P O
O
N O
O
O
O HO P O O O
NH
NH2
OH
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
104
2. Haga doble clic en cualquiera de los tomos seleccionados y en el panel Propiedades, escoja el tabulador Atomo. 3. Para cambiar el color y el tamao de los tomos (oxgeno en este caso) e hidrgeno, haga SHIFT+clic en los correspondientes botones en la lnea inferior del rea Previsualizacin:
Puede cambiar tambin otros atributos de tomos (hidrgeno ndice, carga, valencia, istopo, numero) haciendo clic en los correspondientes tomos. 4. Cambie el color, tamao y otros atributos, por ejemplo, haciendo las siguientes configuraciones:
Nota
Nota
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
105
OH
HO P O
N
NH
O
O
O
HO P O
NH
NH2
OH
4.4
Para practicar con los estilos que usted ha creado, abra dnafrag2.sk2. 1. Use la herramienta Lazo para seleccionar el anillo de azcar de cinco miembros como se mostr en la Seccin 9.3. 2. Haga Doble clic en esos fragmentos O escoja el comando Propiedades de Estructuras desde el men Herramientas. 3. En el panel Propiedades que aparece, desde la lista de despliegue (el rea superior del panel) escoja Azcar (Sugar):
4. Haga clic en Aplicar. Escoja el estilo que ser aplicado a la estructura o fragmento seleccionado. 5. Escoja el grupo fosfato. Escoja Phosphate de la lista de estilos. Haga clic en Aplicar. 6. Similarmente, seleccione las dos bases en el fragmento de ADN y escoja Aplicar para el estilo Base. La informacin acerca del estilo definido por el usuario es almacenada en su disco duro en el directorio de Windows o en el directorio WinNT, con el archivo llamado USERSTL.SK. Si quiere compartir el Estilo a sus amigos y colegas, dgales para ubicar una copia de su USERSTL.SK en su directorio Windows (o WinNT).
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
106
4.5
1. En el panel Propiedades de la lista de estilos escoja el estilo requerido. 2. Haga clic en Usar por Defecto (Set Default) para que el estilo seleccionado quede por defecto y cualquier estructura dibujada asuma ese estilo.
Nota
Para seleccionar por defecto, no tiene que guardar su estilo. Puede especificar los atributos requeridos en el panel tabuladores haciendo clic en Usar por Defecto. Sus atributos quedarn por defecto.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
107
5.
En el Modo Dibujo, pueden incluirse a uno o varios Objetos los atributos: lpiz, relleno, flecha, fuente y prrafo. Esto le permitir crear diferentes estilos para texto, Relleno de Objetos, flechas y lneas. En este captulo aprender cmo hacer: Cambios en el estilo de un objeto; Guardar un estilo; y Escoger el estilo por defecto.
5.2
En el captulo 8, el cual describe cmo dibujar una cadena de ADN y orbtales, hay una breve introduccin para cambiar los estilos de objetos. En esta seccin daremos un procedimiento general. 1. Seleccione el objeto (o los objetos) a los cuales les quiere cambiar el estilo. 2. Haga doble clic sobre la seleccin para mostrar el panel Objetos. Dependiendo de la clase de objeto seleccionado (forma, objeto lineal, flecha, texto, espectro, tabla o estructura) el panel Objeto puede contener diferentes botones:
3. Combine sus elecciones desde el tabulador y de la lista emergente para crear sus estilos y haga clic en Aplicar para aceptar los cambios.
Nota
El escenario desde la seccin Comn se aplicar a todos los objetos. Por ejemplo, cambiando color del lpiz a rojo afectar las formas, lneas y estructuras. Si cambia cualquier atributo en la seccin Formas nicamente, esto afectar solamente las formas.
5.3
Guardando un Estilo
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
108
1. Para guardar las condiciones especificadas, haga clic en Guardar como Nuevo Estilo en el panel Objetos. 2. En la caja de dialogo Salvar Estilo de Usuario que aparece, Seleccione el atributo que ser incluido en su estilo. Por ejemplo si quiere crear un estilo especial para texto, escoja y seleccione Estilo de Fuente y Estilo Prrafo. 3. Teclee el nombre de su estilo y haga clic en OK. El estilo se adicionar a la lista de estilos y puede entonces cargarlo en el panel Objetos y aplicarlo a objetos seleccionados o condiciones por defecto.
5.4
Puede aplicar los estilos guardados (si estn construidos o definidos por el usuario) a cualquier objeto seleccionado. 1. Seleccione el objeto(s) para el cual quiere cambiarle el estilo. 2. Haga doble clic en la seleccin para abrir el panel Objetos. 3. Haga clic para Cargar y desde la lista de estilos escoja el estilo requerido. Los atributos del estilo sern cargados dentro del panel. 4. Haga clic en Aplicar.
5.5
Las configuraciones por defecto pueden especificarse en un estilo especial de paneles desde el men Herramientas: Panel Estilo de lpiz (Pen Style Panel) Panel Estilo de relleno (Fill Style Panel) Panel Estilo de flecha (Arrow Style Panel) Panel Fuente (Font Panel) Panel Prrafo (Paragraph Panel) Las configuraciones especificadas en cualquiera de estos paneles se tomarn inmediatamente por defecto. Puede cargar cualquier estilo existente de cualquiera de estos paneles haciendo clic en Cargar. Los estilos cargados automticamente en los paneles de estilo se tomarn por defecto. Puede tambin cargar atributos de estilo de Objetos dibujados en cualquiera de los Paneles de Estilos. Haga clic en Actualizar desde (Update From) y luego haga clic en el objeto. Los atributos de los estilos de objetos son cargados en todos los paneles de estilos y se toman automticamente por defecto. Nota Si quiere cambiar el estilo de un objeto especifico dibujado sin efectuar estilos predefinidos, use el panel Objetos (ver Seccin 12.2).
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
109
5.6
Manejando Estilos
Para manejar estilos (guardar, aplicar, renombrar, borrar o configuraciones predefinidas), puede usar el Panel Estilo que puede abrirse con el comando Panel Organizador de Estilos el men Herramientas:
Accin Deseada
Ver los estilos que contiene un atributo especfico (lpiz, flechas, relleno, fuente, prrafo). Ver toda la lista de estilos. Aplicar el estilo al objeto seleccionado(s). Configuracin de estilos predefinidos. Crear un Nuevo estilo basado en la actual configuracin. Renombrar el estilo.
Borrar el estilo.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
110
6.
ACD/ChemSketch es tan verstil en sus capacidades de dibujo que es posible dominar las predicciones de propiedades macroscpicas que se construyen aqu. Se incluyen predicciones de Peso frmula; Porcentaje de composicin; refractividad molar; volumen molar; parachor; indice de refraccin; tension superficial; densidad; constante dielctrica; polarizabilidad; y masa monoistopica, nominal y promedio. En este captulo, se describe un significado simple para calcular las propiedades que se enuncian. Los algoritmos para calcular estas propiedades estn descritas brevemente. Se muestra un resumen de acuerdos entre valores calculados y experimentales para varios cientos de compuestos. Note que en este captulo, propiedades se usan para significar valores fisicoqumicos, en contraste al uso general de propiedades en los documentos ChemSketch, donde las caractersticas de la pantalla grfica estn referidas. Por ejemplo, en el men Herramientas, el comando Propiedades de Estructura permite escoger tamao de fuente, grosor de enlaces, color, etc. En el mismo men Herramientas, usted tambin hallar Calcular > Todas las Propiedades.
6.2
6.2.1 Comando Men
Para determinar una o todas las siguientes propiedades moleculares. 1. Cuando este en el modo Estructura, dibuje una estructura. 2. Desde el men Herramientas seleccione Calcular y entonces desde el sub men escoja Todas las Propiedades o una de las propiedades mencionadas arriba.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
111
Calculando Propiedades
3. Una vez escogidas, el clculo de Propiedades se muestra en la caja de dialogo Resultados del Clculo. Por ejemplo, escoja Herramientas>Calcular>Todas las Propiedades para el cido Benzoco mostrar el siguiente dialogo:
4. El contenido del texto puede ser pegado en la pantalla de ChemSketch si se decide haciendo clic en el botn Copiar al Editor.
Haga clic al lado derecho de la caja en la barra de estado y escoja la propiedad decidida. Por defecto, esta en la configuracin del peso frmula. En el ejemplo mostrado, la constante dielctrica, 20, se ha especificado.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
112
Calculando Propiedades
6.3
Para el centro del agregado constitutivo de los algoritmos de todas las Propiedades fisicoqumicas en ChemSketch se permite la presuncin de que estas propiedades pueden estimarse usando agregados atmicos o grupos de incrementos. Aparte del peso molecular (WM), el cual es elemental para calcular, los algoritmos pueden dividirse en tres grupos generales: propiedades macroscpicas bsicas: Volumen Molar (VM), Refractividad Molar (RM) y Parachor (Pr); propiedades Macroscpicas derivadas: densidad (d) , ndice de refraccin (n), tensin superficial ( ); y la constante dielctrica (Permitividad). Las Propiedades Macroscpicas Bsicas como Volumen Molar (VM), Refractividad Molar (RM) y el Parachor (Pr) (no hay un trmino adecuado en espaol para esta propiedad) son calculados primero para la estructura que se entra. El agregado atmico se incrementa tal como un algoritmo dependiente de los enlaces (simple, doble, aromtico, etc.) de sus tomos y de los tomos vecinos. ChemSketch rpidamente analiza la estructura entrante para determinar la clase de cada uno de los tomos, por ejemplo., si es cclico, aromtico, aliftico, etc. El algoritmo de prediccin para la densidad (d) , ndice de refraccin (n) y tensin superficial ( ) se hayan de frmulas fisicoqumicas bien conocidas las cuales pueden encontrarse en muchos textos de fsico qumica. Estas expresiones d, n y como funciones de VM, RM o Pr. Una vez que el VM, RM o Pr, han sido predecidos por agregados, estn aptos para predecirse la d, el n y la usando esta frmula. La determinacin de los constitutivos de agregados de incrementos atmicos para VM, RM y Pr fueron obtenidos internamente por ACD usando grandes bases de datos experimentales que relacionan la estructura a la densidad, al ndice de refraccin y a la tensin superficial. El VM, la RM y el Pr fueron recalculados desde la d, el n y la . Estos parmetros son informaciones de propiedad de Advanced Chemistry Development. La prediccin de la constante dielctrica (permitividad) se asemeja de forma muy cercana a la prediccin del Punto de Ebullicin, el cual es un producto separado de ACD ChemSketch. Cientficos mayores de ACD descubrieron una funcin agregada, la cual relaciona la constante dielctrica a otras Propiedades Macroscpicas que pueden ser tratadas sumativamente, como el VM. Desde que esta relacin fue descubierta, el incremento del agregado atmico para esta funcin se obtuvo usando grandes bases de datos de estructuras moleculares y sus constantes dielctricas observadas. Usando la funcin y el VM estimado para una estructura, su constante dielctrica puede predecirse rpidamente.
MV =
MW . d
ChemSketch calcula el volumen molar desde los incrementos aditivos. Los incrementos atmicos aditivos fueron obtenidos usando una base de datos de densidad y pesos moleculares calculados (WM).
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
113
Calculando Propiedades
MR =
n 2 1 MW n2 + 2 d
ChemSketch calcula la refractividad molar desde incrementos aditivos. Los incrementos atmicos aditivos fueron obtenidos usando bases de datos de densidad, ndice de refraccin y pesos moleculares calculados (WM).
6.3.3 Parachor, Pr
Por definicin,
MW Pr = d
ChemSketch calcula el parachor con incrementos aditivos. Los incrementos atmicos aditivos fueron obtenidos usando bases de datos de densidad, tensin superficial y peso molecular (WM).
6.3.4 Densidad, d
Por definicin,
d=
MW MV
ChemSketch calcula la densidad con el peso molecular y el volumen molar calculados (ver arriba).
n=
2 MR + MV MV MR
ChemSketch calcula el ndice de refraccin con el volumen molar y la refractividad molar, las dos calculadas como se muestra arriba.
P = r MV
ChemSketch calcula la tensin superficial desde el VM calculado (ver arriba) y el parmetro Pr (ver arriba).
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
114
Calculando Propiedades
6.3.8 Polarizabilidad
Esta propiedad es calculada con la Refractividad Molar (RM) (ver Seccin 11.3.2) como sigue:
6.4
Nmero de Estructuras Examinadas Estimacin del error ACD de la Refractividad Molar 592 R=0.999867, StD=0.23
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
115
Calculando Propiedades
Nmero de Estructuras examinadas Estimacin del error del ACD/Volumen Molar 671 R=0.998626, StD=2.74
Nmero de Estructuras examinadas Estimacin del error ACD/Parachor 377 R=0.99958, StD=3.11
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
116
Calculando Propiedades
Nmero de estructuras examinadas Estimacin del error del Indice de Refraccin 665 R=0.982, StD=0.012
Nmero de estructuras examinadas Estimacin del error ACD/Densidad 671 R=0.995683, StD=0.028
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
117
Calculando Propiedades
Nmero de estructuras examinadas Estimacin del error de la Tensin Superficial 432 R=0.934720, StD=2.84
Nmero de estructuras examinadas Constante Dielctrica Estimacin del Error 85 Nota: Derivado solo para hidrocarburos exp = 1.005(0.033)exp 0.013(0.072) R=0.9588, StD=0.079
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
118
La ventana ChemSketch es un editor de estructuras moleculares extremadamente verstil. Por esta razn, varios elementos del software ACD son accequibles con un simple botn desde su interfase. Este captulo describe dos mdulos de adicin especiales que pueden accederse desde la interfase ChemSketch. Los Tautmeros/ACD ahora se incluyen con las dos versiones de ACD/ChemSketch la comercial y la gratuita; y el Diccionario/ACD est disponible solamente con la versin comercial de ACD/ChemSketch.
6.6
Tautmeros
Para ciertos compuestos, hay una mezcla de dos o ms estructuras distintas que pueden existir en equilibrios rpidos en solucin. En muchos casos los tautmeros resultan de una forma de transferencia de protones. Los Tautmeros/ACD se designan para generar las ms razonables formas tautmeras de estructuras orgnicas dibujadas. Esta disponible con el comando Chequear Forma Tautmerica a travs del men Herramientas o con el botn . La posibilidad de las formas tautmericas alternativas deberan considerarse siempre con mucho cuidado, si la estructura orgnica dibujada contiene dos o ms dobles o triples enlaces conjugados con o unidos a oxgeno, nitrgeno, azufre u otro heteroatomo. El presente algoritmo de Tautmeros/ACD provee solamente las formas tautmeras sugeridas, pero no necesariamente son las correctas. Consulte otras Fuentes de informacin para tomar una decisin final. Los algoritmos de Tautmeros/ACD no proceden con las siguientes clases de estructuras qumicas: estructuras que contienen tomos metlicos; estructuras que contienen tomos cargados, otros en donde el derivado no inico del nitrgeno de valencia IV (+) esta enlazado al oxgeno (-); estructuras que contienen elementos en sus valencias atpicas; estructuras con enlaces coordinados; y estructuras que contienen ms de 255 tomos. Ahora intentaremos esta opcin sobre el ejemplo ilustrado: 1. Usando la tcnica anterior dibujar la siguiente estructura:
N O HN N
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
119
), haga clic en el
El programa comienza a generar y a verificar formas tautmeras de la estructura dibujada y cuando el proceso ha finalizado, se desplaza la siguiente caja de dialogo:
3. Para navegar a travs de todas las estructuras generadas, haga clic en los botones Prximo (Next >>) o << Anterior (Prev.). 4. Para remplazar la estructura dibujada con la estructura mostrada, haga clic en el botn Remplazar.
6.6.1 Ejemplos
Aqu hay unos cuantos tipos de tautmerismos clsicos los cuales puede intentar hacerlos con el botn Tautmeros en la Ventana de ChemSketch. Tautmerismo Ceto-Enlico
CH3 CH3 CH3 CH3
H3C H O
H3C OH
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
120
OH
N H
H3C N
+ -
H HO
H3C N
+ -
H3C
H3C
Tautomerismo Nitroso-oxima
H N N O H3C CH3 OH
H3C
CH3
Tautomerismo Imina-Enamina
CH3 CH3 H CH3 CH3 CH3 CH3 N CH3 NH CH3
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
121
SH H N
OH
HO
NH2 N
HN
N N N H
HO
N OH
H2N
NH2 N
SH
H2N H2N N HS N N NH
O
CH3
SH
I
N HO OH
N N O OH
N
Cl
N NH HO
N
N S H2N
OH
HO
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
122
OH
OH
N F
S OH O
N NH NH NH2
NH2
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
123
6.7
Diccionario
El ACD/Diccionario es un modulo adicional, ahora incluido con la versin comercial de ACD/ChemSketch. Es extraordinariamente usado para buscar qumicos por su nombre comn. El ACD/Diccionario encuentra estructuras qumicas de acuerdo a su nombre qumico. Contiene unos 48,000 nombres sistemticos y no sistemticos y sus correspondientes estructuras moleculares. En el diccionario las bsquedas se hacen por el nombre qumico completo o por el nombre de fragmentos. Aunque las diferentes caractersticas del ACD/Diccionario estn cubiertas en la ACD/Dictionary Users Guide, nosotros introducimos esta breve gua: En la derecha de la barra Referencias, haga clic en el botn Diccionario ver la caja de dialogo ACD/Diccionario: para
Nota
en la ventana ChemSketch cuando esta en el modo Estructura, verifique que ha entrado correctamente los DOS nmeros de registro en el momento de la instalacinuno para ACD/ChemSketch, y el otro para la adicin ACD/Diccionario. Refirase a la Gua de Usuario (ACD/Dictionary Users Guide) para ms informacin!
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
124
6.8
En la versin 5.0 ahora es posible usar gratuitamente la adicin ACD/Nombre en la Interfase de ChemSketch. Esta funcionalidad extra esta disponible como un botn arriba en la barra general:
Esta herramienta es fcil de usar: dibuje la(s) estructura(s) para ser nombradas, haga clic en el botn y el nombre para una estructura o una mezcla se insertar como un texto en hilera en la zona de trabajo. Intente nombrar algunos ejemplos. 1. Usando las herramientas ChemSketch, dibuje la siguiente estructura:
N O HO
2. Si hay ms de una estructura dibujada en el espacio de trabajo, Seleccione solamente la estructura anterior. 3. Haga clic en el botn Generar Nombre desde Estructura o desde el men Herramientas escoja Generar Nombre desde Estructura. El nombre aparece debajo de la estructura dibujada:
4. Mueva el nombre tipo hilera un poco hacia abajo arrastrndolo. 5. Seleccione el botn tomo de cloro dibujar HCl. y haga clic una vez cerca de la estructura para
6. Seleccione las dos estructuras y haga clic de nuevo en Generar Nombre desde Estructura . Esta vez el nombre para la mezcla se ubica en la caja de texto:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
125
Para ms informacin sobre la versin comercial del ACD/Nombre, que no tiene estas limitaciones, visite nuestro sitio web en: http://www.acdlabs.com/products/name_lab/iupac/.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
126
Goodies
6.9 Qu son los utilitarios Goodies?
Qu son los "goodies"?. Ellos son botones adicionales que extienden la funcionalidad de ChemSketch. Estn actualmente implementados como programas ACD/ChemBasic asociados con 22 nuevos botones ChemSketch. El ACD/ChemBasic es un lenguaje de programacin especial que lo habilita para adecuar el software ACD, y pensamos que esta es una Buena opcin para mostrarle cual es su utilidady al mismo tiempo hacer que su ChemSketch sea ms verstil! Note que no necesita conocer nada acerca de ACD/ChemBasic (aunque, si desea, puede aprenderlo usando los cdigos Goodies como ejemplo).
6.11 Goodies
Abajo encuentra una lista de botones Goodies que estn disponibles en este momento en nuestro sitio web:
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
127
Goodies
Botn
Insertar Pgina
Funcin
Inserte pginas en blanco en cualquier lugar dentro de su documento ChemSketch. Note que la forma usuales a travs de pgina/nueva en el men adicione una pgina al final del documento. Clone la pgina actual (adems de su contenido) un nmero de veceses muy usada para llenar el documento con plantillas, tablas, ttulos, etc. Las nuevas pginas se adicionan al final del documento. Mueva y copie pginasp.ej. cambia el orden de la pgina en su documento.
Cmo usarlos
Vaya a donde quiera insertar una pgina en blanco
y haga clic en el botn Insertar Pgina.
Clonar Pgina
1. Active la pgina que quiere clonar. 2. Haga clic en el botn Clonar Pgina.
3. En la caja de dialogo que aparece especifique el nmero de veces a clonar y haga clic en OK.
Borrar Pginas
Anotar en Documento
Anotar en sus documentos el contenido en la zona superior izquierda de cada pgina. Esto es muy conveniente para manejar documentos y presentaciones largas. Exporta todas las molculas a una pgina dentro de un archivo VRML 2.0, que puede verse con Cosmo, GLView, o cualquier otro visualizador VRML.
1. Vaya a la pgina que desea mover o copiar. 2. Haga clic en el botn Mover/Copiar Pgina. 3. En la caja de dialogo que aparece teclee el nmero de pginas que quiere colocar despus de la pgina actual y haga clic en OK. 4. Seleccione Si en el mensaje que aparece si quiere copiarla en la pgina actual. Seleccione No si solamente quiere moverla. Haga clic en Cancelar para detener la ejecucin del programa. 1. Haga clic en el botn Borrar Pginas. 2. En la caja de dialogo que aparece teclee la secuencia de las pgina a borrar. 3. Se le avisar acerca de inhabilitar la accin Deshacer despus de la ejecucin del programa. Escoja OK si desea borrar las pginas. Haga clic en Cancelar para abortar la ejecucin del programa. 1. Abra o cree un documento. 2. Haga clic en el botn Anotar en Documento. 3. Despus de la ejecucin del programa haga clic en el contador de pginas al final en la barra de estado para ver nombres de pginas. 1. Dibuje las estructuras que desee para exportarlas a una pgina. 2. Haga clic en el botn Sketch-To-VRML Converter. 3. Seleccione OK en el mensaje Listo para exportar... que aparece (o Cancelar para abortar el programa). 4. Teclee el nombre del archivo y la ruta y haga clic en OK. Note que si ha tecleado solo el nombre, el programa ubicar el archivo WRL en el mismo directorio como sk2vrml.bas. 5. Especifique la presentacin de la estructura escogida tecleando la correspondiente letra en la siguiente caja de dialogo y haga clic en OK.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
128
Goodies
Botn
SDF-para Convertir a Sketch
Funcin
Importe los datos (molculas, textos, etc.) desde un archivo en formato MDL SDF a un documento ChemSketch. Cada registro en el archivo SDF se traslada a la pgina. LIMITACION: no se pueden importar ms de 100 registros (los documentos ChemSketch pueden contener hasta 100 pginas). Si el archivo SDF contiene ms de 100 registros entonces se le avisar acerca de la conversin parcial (y del nmero de registros exitosamente importados).
Cmo usarlos
1. Haga clic en el botn SDF-To-Sketch Converter. 2. En la caja de dialogo teclee la ruta completa y el nombre (los signos* y ? se aceptan en el archivo mascara) del archivo SDF que quiere importar y haga clic en OK. Si teclea el nombre del archivo sin especificar la ruta completa, el programa buscar su archive SDF en el directorio del programa ChemBasic. As, que si ubica el archive SDF que necesita en el mismo directorio con el sdf2sk.bas entonces simplemente especifique el nombre sin la ruta. Si ubica el archivo SDF en un sub directorio del programa ChemBasics entonces usted necesita solamente teclear el nombre del sub directorio.
3. Si busca los resultados contenidos en ms de un archivo, el programa le sugiere que Seleccione uno, entonces le pregunta por el campo de datos que contiene el texto que quiere mostrar a lo largo de la molcula. Especifique el nombre del campo y haga clic
en OK. Haga clic en este botn y siga las instrucciones que aparecen en los mensajes. Esta es una herramienta muy utilizada para bsqueda y Previsualizacin de documentos ChemSketch. Para crear una tabla y colocar el objeto dibujado en esta: 1. Haga clic en el botn Tabla Mgica. 2. Se le avisar sobre el nmero de Objetos en la pgina y algunas sugerencias sobre como alinearlos. Seleccione Si. 3. Especifique el nmero de filas y columnas en la tabla. 4. Escoja entonces si quiere crearle bordes a la tabla. Para crear una tabla Vaca: Corra la Tabla Mgica en una pgina en blanco. O
Mire a travs de los directorios y encuentre el documento ChemSketch especificado as como se buscan documentos para el texto hilera sin abrirlos. Cree tablas y/o Objetos alineados de acuerdo al nmero especificado de filas y columnas
Remplazar Elementos
Remplace una clase de tomo con otro. Esta accin es muy utilizada, por ejemplo, para estructuras perfluoradas.
Note que esto solo `puede hacerse con estructuras simples en una pgina. 1. Dibuje o saque solo una estructura en la hoja y haga clic en este botn. 2. En la caja de dialogo que aparece especifique el elemento que quiere emplazar y haga clic en OK. 3. En el siguiente dialogo escoja el elemento con el que va a hacer el reemplazo y haga clic en OK. Note que la ejecucin del programa es posible solo con una estructura simple en la pgina. 1. Dibuje o saque una estructura en la pgina y haga clic en este botn. 2. Especifique la concentracin molar requerida y el volumen de solucin en la caja de dialogo. 3. Vea los resultados en la caja de mensaje que aparece.
Solucin Calculadora
Calcular los pesos de un compuesto para preparar una solucin de volumen y concentracin molar definida por el usuario.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
129
Goodies
Botn
Imprimir etiquetas
Funcin
Rpidamente cree rtulos o etiquetas para reactivos qumicos e imprmalos en los Formatos Estndar (Avery Standard) (se incluyen 45 hojas de plantillas) o imprmalos en sus propias hojas
Cmo usarlos
1. Dibuje las estructuras a las que quiere crearles las etiquetas y haga clic en el botn Imprimir Etiqueta. 2. Puede crear etiquetas para estructuras desde el archivo SDF si esta corriendo este programa en una pgina vaca. 3. Para ms informacin vea lprinter.txt provista en el directorio Goodies.
Constructor de Pptidos
Construya estructuras de pptidos en 3D para las secuencias de amino cidos. Construya un carbohidrato con el nombre abreviado.
Para informacin acerca de cmo trabajar con este botn referirse al archivo sugarsk.txt que puede encontrar en el directorio Goodies. 1. Abra el documento al que quiere reordenar las pginas. 2. Haga clic en este botn y siga las instrucciones en los mensajes. 1. Abra el documento. 2. Haga clic en este botn. 3. Teclee el nmero de pgina que usted quiere renombrar y haga clic en OK. 4. Teclee el nombre y haga clic en OK. 5. Los nombres de las pginas se muestran cuando usted hace clic en la pgina Pgina 1/1 en la parte inferior de su ventana ChemSketch.
Le permite cortar y pegar o copiar y pegar secuencias de pginas dentro del mismo documento.
Renombrar Pginas
Inserte nmeros de pgina o notas complejas en su documento. Observe que la nota ser insertada en la parte inferior izquierda de la pgina.
1. Abra o cree un documento 2. Haga clic en el botn Notas de Pgina 3. Teclee en la caja de dialogo que aparece que es una plantilla para notas de pgina y haga clic en OK. Claves de la Plantilla Notas: $Pinserta nmeros de pgina $Ninserta nombres de pginas (que pueden insertarse usando la utilidad Renombrar Pgina o usando el comando Renombrar/Pginas Puede tambin incluir cualquier texto fijo en su plantilla notas. Por ejemplo: La Plantilla $P insertar nmeros de pgina La Plantilla $N ubicar nombres de pginas en la esquina izquierda de cada pgina La Plantilla Page $P insertar las notas Pgina 1, Pgina 2, etc. La Plantilla: Page $P: $N insertar las notas Pgina 1: Nombre de Pgina. La Plantilla que no contiene ninguna clave insertar textos fijos para cada pgina- usted puede, por ejemplo, sealar todas las pginas con su nombre.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
130
Goodies
Botn
Crear HTML
Funcin
Exporta todas las pginas especificadas de un documento actual en un archivo HTML, el cual podr ver en su explorador. Nota: Requiere ChemSketch 4.01 o posterior. Exporte todas las estructuras de la pgina actual o desde todo el documento a un archivo SDF.
Cmo usarlos
Todos los de talles pueden encontrarse en el archivo
FillTmpHelp.doc provisto en el directorio Goodies.
Convertidor Sketch-aSDF
1. Abra la pgina con las estructuras que quiere exportar. 2. Escoja este botn y Seleccione que quiere importar la pgina actual o todo el documento. Haga clic en OK. 3. Especifique el nombre y la ruta para el archivo SDF. Observe que si usted teclea nicamente el nombre del archivo, el programa pondr los archivos SDF resultantes en el mismo directorio con el archivo expsdf.bas.
Mostrar Hidrgenos
botn. Nota: usted puede usar el comando estndar ChemSketch Herramientas/Remover Hidrgenos Explcitospara reversar la accin. 1.Especifique el nombre y la ruta para el archivo SDF. Note que si teclea solamente el nombre del archivo, el programa lo direccionar en el directorio Goodies. 2. Luego defina un criterio para partes pequeas: masas o tomos. 3. El archivo SDF resultante se guardar en el mismo directorio con el nombre que especific bajo el nombre newfile.sdf . Un archivo muestra especial, salts.sdf con 5 sales en este se encuentra en el directorio Goodies para pruebas. SUGERENCIA: use la utilidad Importar SDF para revisar el Newfile.sdf. Haga clic en este botn y siga las instrucciones de los mensajes.
Un archivo SDF que contiene uno o ms estructuras Salinas pueden cambiarse a una molcula por ingreso archivos SDF. Este botn remueve los iones pequeos ya sea por FW o por nmero de tomos. Por ejemplo, el acetato de sodio tendr el tomo de sodio removido y el cido actico lo mantendr. (Nota: la molcula anterior se coloca en su forma neutral.) Construya un cido Nucleico en 3D (ADN, ARN) (una o dos cadenas) para su secuencia de entrada.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
131
Conclusin
Gracias por haber escogido ACD/ChemSketch. Estamos esforzndonos para producir lo ms fcil de usar, dentro de los ms potentes programas de dibujo para qumica disponibles en este momento. Desde mayo del 2001, unas 100,000 copias de ACD/ChemSketch estn en circulacin y pensamos que hay razones para su creciente popularidad! El Complemento del captulo 3 de esta gua debera haberle dado las herramientas necesarias para comenzar a trabajar con este programa. El complemento del captulo 4 de esta gua debera haberlo habituado con una nueva dimensin de ACD/ChemSketch, el I-Lab. El complemento de los captulos restantes de esta gua lo ha hecho altamente eficiente como usuario ChemSketch y de hecho le damos la bienvenida al club de expertos ChemSketch. Este resumen, combinado con una ayuda en lnea debera ser suficiente para ejecutar muchas cosas con este potente e intuitivo paquete. Para cualquier ocasin posterior en la que se requiera asistencia o si nos retroalimenta sobre este manual o cualquier otro aspecto del software, estaramos contentos de escucharlo. Esperamos que se contacte por alguna de las formas descritas en el captulo 1.8. Y adems Una vez que ha usado esta gua, esperaramos su comentario. Cmo podemos mejorar la documentacin para este producto? Tenemos un pequeo cuestionario que nos gustara que respondiera. Todas los remitentes de los dibujos se almacenarn para poder recibir un premio de ACD/ChemFolder (o equivalente descuento para comprar cualquier software ACD). Por favor use MS Word 6.0 o posterior para abrir el archivo survey.doc o use Adobe Acrobat Reader para abrir survey.pdf en la documentacin del CD que ha recibido con este software, o visite la pgina Feedback en nuestro sitio web, http://www.acdlabs.com/feedback/guides.html. el ganador del dibujo ser anunciado al final de cada calendario anual.
ACD/ChemSketch
Gua de Usuario
132