You are on page 1of 13

pengatur yang sering dijumpai pada gen khamir dan penghilangan UAS biasanya akan menghilangkan sistem pengaturan

transkripsi. Suatu gen dapat mempunyai lebih dari satu UAS, misalnya gen cYCl pada khamir yang diperlukan untuk sinyal fisiologis yang berbeda. Dalam beberapa kasus, orientasi sekuens UAS yang tepat sangat penting dalam aktivasi transkripsi. Sebagai contoh, UAS pada promoter ADH2 pada khamir tidak akan ber"fungsi jika ditempatkan di bagian intron pada sisi 3' di sebelah hilir dari titik awal transkripsi. Berkebalikan dari sekuens UAS, gen teftentu pada khamir ada yang mempunyai sekuens yang justru menekan transkripsi. Sekuens tersebut dikenal sebagai silencer, misalnya sekuens HMRE pada lokus gen penentu tipe kawin (moting type). Sekuens HMRE diketahui dapar menurunkan aktivitas promoter meskipun terletak pada posisi sekitar 2,5 kb dari promoter, baik di sebelah hulu maupun hilir dari titik awal transkripsi. Sekuens semacam ini seringkali juga disebut sebagai URS (upstreom repressing seguences). Sisi penekan transkripsi semacam ini dapat berfungsi secara dua arah (bidireaiono[) dan terletak pada daerah yang bervariasi di sebelah hulu sekuens TATA. Penekanan transkripsi oleh elemen semacam ini biasanya akan lebih efekif jika elemen penekan transkripsi tersebut terletak di antara UAS dan TATA, daripada bila elemen tersebur terletak di sebelah hulu dari UAS.

Elemen Enhancer dan Silencer Elemen pengatur lain yang terletak di daerah hulu adalah enhoncer,yaitu suatu elemen pengatur transkripsi yang dapat bekerla tanpa tergantung pada orientasi, bahkan dapat bekerja di daerah hilir suatu gen. salah satu contoh enhoncer adalah sekuens berulang sepanjang 72pb pada SV40 yang dapar memicu transkripsi gen globin beberapa ratus kali lipat, tanpa memperhatikan orientasi sekuennya. Enhoncer sering dijumpai pada banyak gen virus dan gen-gen serular, misalnya

gen imunoglobulin, gen tirosin aminotransferase, dan antithrombin lll. Sekuens konsensus pada enhoncer yang diketahui adalah TGTGGAATTAG. Daerah yang mengandung enhoncer terletak sampai beberapa kbp (kilo bose poirs) dari promoter. Penelitian menunjukkan bahwa enhancer tersusun atas modul-modul yang lebih kecil. Modul penyusun daerah enhoncer tersusun atas sekuens-sekuens DNA berukuran pendek yang disebut enhonson yang merupakan unit-unit dasar suatu enhoncer. Secara skematis, organisasi suatu daerah enhoncer ditunjukkan pada Gambar 10.2.

Gambar 10.2 ) Struktur suatu daerah enhancer. Suatu unit enhanson dapat terdiri atas satu kopi sekuens (kiri), dua kopi sekuens yang tersusun secara berurutan/ tandem (tengah), atau tersusun atas dua sekuens yang tidak identik (kanan). (Digambar lagi berdasarkan atas Dynan, 1989.)

Enhancer pada umumnya dijumpai pada daerah hulu dari daerah promoter yang dipengaruhinya. Meskipun demikian, ada perkecualian karena pada gen .. (yang mengkode imunoglobulin pada mencit), enhancer-nya terletak di dalom gen strukturalnya. Hal ini diungkapkan oleh Susumu Tonegawa dan kawan-kawan pada tahun 1983. Enhoncer dan silencer merupakan elemen DNA yang dapat memengaruhi transkripsi dengan cara menstimulasi (enhancer) atau menekan (silencer) suatu gen dan kemampuannya tidak tergantung pada orientasinya. Enhancer dapat menstimulasi ekspresi suatu gen melalui protein yang melekat

pada elemen tersebut. Enhancer dapat bekerja tanpa tergantung posisi atau orientasi, artinya bahwa jika lokasi orientasi enhancer tersebut dibalik maka sekuens enhancer tersebut masih tetap berfungsi untuk menstimulasi ekpresi suatu gen. Selain enhancer, elemen pengatur lain yang dapat memengaruhi ekspresi suatu gen adalah silencer yang dapat menghambat ekspresi suatu gen. Salah satu contoh silencer yang diketahui adalah pada sistem pengaturan tipe kawin (moting type) pada khamir Socchoromyces cerevisioe. Tipe kawin pada khamir ini ditentukan oleh tiga lokus yaitu MAT, HMI- dan HffR. MAf merupakan lokus yang aktif, sedangkan HML dan HA4R bersifat tidak aktif. Ketidakaktifan HML dan HMR tersebut disebabkan oleh adanya suatu sekuens si/encer yang terletak kurang lebih satu kbp dari lokus tersebut. Bukti yang ada menunjukkan bahwa silencer dapat bekerja karena elemen ini menyebabkan kromatin menggulung menjadi suatu bentuk yang terkondensasi sehingga tidak dapat diakses dan mencegah terjadinya transkripsi pada gen-gen yang terletak di dekatnya.

Suatu elemen dapat bersifat sebagai enhoncer maupun sebagai silencer, tergantung pada protein yang menempel. Hal ini dapat dilihat misalnya pada sistem hormon tiroid. Elemen yang menentukan tanggapan hormon tiroid akan bersifat sebagai silencer jika reseptor hormon tiroid terikat pada elemen tersebut tanpa bersama-sama dengan ligan-nya, yaitu hormon tiroid. Sebaliknya, jika elemen tersebut berikatan dengan reseptor hormon tiroid bersama-sama dengan hormon tiroid, maka elemen tersebut akan ber{ungsi sebagai enhancer. Beberapa promoter gen kelas ll juga mempunyai sekuens lestari (conserved secjuences) di sektar daerah titik awal transkripsi yang diperlukan untuk transkripsi yang optimal. Sekuens tersebut disebut sebagai inisiator yang mempunyai sekuens konsensus PyPyANT/APyPy (fu adalah singkatan dari pirimidin [C atau T], N adalah basa nukleotida apa pun, A adalah titik awd transkripsi). Salah satu contoh promoter gen yang mempunyai inisiator adalah lote promoter pada

adenovirus, dan gen yang mengkode deokinukleotidil transferase terminal (gen TdT) pada mamalia. Pada mencit, promoter gen TdT tidak mempunyai kotak TATA tetapi mempunyai sekuens inisiator sepanjang 17 pasangan basa. Penambahan kotakTATA atau kotak GC yang berasal dari promoter SV40 dapat meningkatkan transkripsi dari sekuens inisiator. Hal ini menunjukkan bahwa sekuens inisiator sendiri dapat berfungsi sebagai promoter yang sangat sederhana yang dapat ditingkatkan efisiensinya dengan elemen promoter lain. Selain inisiator, seringkali juga ditemukan elemen-elemen yang terletak di daerah hilir (downstreom elements) dari titik awal transkripsi. Sampai saat ini sekuens konsensus elemen hilir semacam ini belum diketahui secara pasti. Gen Struktural Kelas II Gen kelas ll bersifat monosistronik, artinya bagian strukturalnya hanya mengkode satu macam polipeptida. Oleh karena itu, pada eukaryot, satu bagian struktural gen kelas ll diatur oleh satu promoter. Hal ini berbeda dari gen pada prokaryot yang bagian strukturalnya dapat mengkode lebih dari satu macam polipeptida yang ekspresinya diatur oleh satu promoter yang sama. Pada bagian struktural gen kelas ll umum dijumpai adanya urutan nukleotida yang tidak akan ditranslasi dalam bentuk urutan asam amino. Sekuens semacam ini disebut sebagai intron (intervening seguences). Sebaliknya, urutan nukleotida pada bagian struktural yang ditranslasi menjadi urutan asam-asam amino disebut sebagai ekson (berasal dari kata expressed). Ukuran intron sangat bervariasi antara suatu gen dengan gen lain. Dalam proses ekspresi genetik, RNA polimerase ll tidak dapat membedakan antara sekuens intron dan ekson sehingga dalam proses transkripsi semua sekuens gen struktural akan ditranskripsi menjadi transkrip primer. Transkrip (mRNA) yang mengandung sekuens intron selanjutnya akan diproses sehingga sekuens intron akan dihilangkan. Potongan-potongan ekson selanjutnya akan digabungkan lagi dalam proses yang disebut sebagai splicing sehingga dihasilkan mRNA yang siap ditranslasi (mature tronscript). Dengan demikian urutan

nukleotida pada intron tidak akan ikut ditranslasi karena sudah dipotong dari transkrip primer.

lntron tidak hanya terdapat pada struktur gen kelas ll yang mengkode protein, melainkan juga terdapat pada gen kelas I (beberapa 8en rRNA) dan gen kelas lll (beberapa gen IRNA). lntron juga diketahui terdapat pada gen-gen mitokondria pada eukaryot tingkat rendah, pada kloroplas, bahkan iug terdapat pada suatu archaebacteria dan suatu bakteriofag yang menginfeksi bakeri E coli. Di sebelah hilir gen struktural kelas ll terdapat urutan nukleotida yang merupakan sinyal poliadenilasi (Qolyodenylotion signol) yaitu AATAAA. Transkrip (mRNA) eukaryot yang sudah 'matang' (moture mRNA) akan mengalami poliadenilasi, yaitu penambahan serangkaian nukleotida A pada ujung 3'. Secara skematis struktur gen kelas ll disajikan pada Gambar 10.3.

Gambar 10.3 ) Struktur dan organisasi gen kelas II.

Sampai saat ini mekanisme pengakhiran transkripsi pada eukaryot masih belum jelas dipahami. Bukti-bukti yang ada menunjukkan bahwa pengakhiran transkripsi terjadi pada daerah beberapa ratus atau bahkan beberapa ribu nukleotida dari ujung 3' mRNA. Posisi ini kurang-lebih terletak pada 35 nukleotida di sebelah hilir dari sisi sinyal poliadenilasi (AAUnnn;. Sinyal khusus yang menandai pengakhiran transkripsi pada eukaryot sampai saat ini belum diketahui secara jelas, kecuali pada khamir S. cerevisioe yang diduga mempunyai sekuens sinyal pengakhiran transkripsiberupa sekuensTAG...TAGT... (daerah kayaAT) ...TTT.

Struktur Gen Kelas III Gen kelos lll mengkode IRNA,55 rRNA, don beberopo molekul RNA kecil yong ado dolam nukleus. Gen kelas lll ditranskripsi oleh RNA polimerase lll. Sebagian besar gen kelas lll terletak dalam suatu kelompokan dan berulang, misalnya gen pengkode rRNA 55 pada Xenopus loevis yang terdapat sebanyak 20.000 kopi per genom haploid. Gen kelas lll mempunyai struktur yang unik karena berbeda dari struktur.gen kelas I dan ll, khususnya dalam hal letak bagian promoternya. Pada gen kelas I dan ll, promoter terletak pada daerah hulu dari bagian strukturalnya. Sebaliknya, podo gen l<elas lll, promoter terletok podo bogion dolom (internof) gen strukturolnyo. Secara umum ada dua kelompok gen kelas lll yaitu: (1 ) gen kelas lll "klasik" yang mempunyai promoter pada bagian dalam gen struktural nya, dan (2) gen kelas lll "nonklasik" yang promoternya mirip dengan gen kelas ll, tetapi masih ada promoter yang terletak di bagian dalam gen struktural meskipun promoter itu lemah sifatnya. Salah satu contoh gen kelas lll "klasik" adalah gen yang mengkode rRNA 55 pada Xenopus loevis. Promoter.gen ini terletak secara internal pada posisi +45 dan +83 sedangkan bagian struktural rRNA terbagi menjadi dua bagian (bagian yang satu terletak pada posisi antara +8 dan +30, sedangkan bagian kedua terletak pada posisi antara +51 dan +7?).Pada gen rRNA 55 juga terdapat

tiga daerah sensitif yang jika diubah akan mengurangi secara nyata fungsi promoter. Daerah sensitif tersebut disebut sebagai: kotak A, elemen antara, dan kotak C (tidak ada kotak B sebab kotak B ditemukan pada gen kelas lll lain yang tidak mempunyai kemiripan dengan promoter gen rRNA 5S). Gen kelas. lll yang lain,yaitu IRNA dan RNAVA (virus-cssocioted) adenovirus, mempunyai kotakA dan kotak B. Pengakhiran transkripsi pada gen 55 dilakukan dengan adanya rangkaian sekuens A di antara dua daerah yang kaya akan GC. Gen kelas lll "nonklasik" yang mempunyai promoter yang mirip dengan promoter gen kelas ll adalah gen RNA 7SL (terlibat dalam proses pengenalan sinyal peptida dalam proses sintesis protein yang disekresikan). Pada gen ini terdapat suatu daerah pengapit pada sisi 5' yang diperlukan untuk transkripsi pada aras yang tinggi. Tanpa adanya daerah ini transkripsi akan berkurang 50-100 kali lipat. Fenomena ini diamati pertama kali oleh Elisabeaa Ullu dan Alan Weiner pada tahun 1985. Ullu dan Weiner berkesimpulan bahwa bagian paling penting dalam transkripsi gen RNA 7SL terletak pada daerah hulu dari bagian struktural sehingga mirip dengan promoter pada gen kelas ll. Meskipun demikian, penelitian juga menunjukkan bahwa gen RNA 7SL yang tidak mempunyai daerah hulu tersebut masih dapat ditranskripsi sehingga memberikan gambaran bahwa gen ini juga mempunyai promoter internal. Sebaliknya, pada gen RNA 7SK (RNA berukuran kecil yang terdapat pada nukleus tetapi tidak diketahui fungsinya) tidak ditemukan adanya promoter internal sehingga gen ini hanya mempunyai promoter eksternal. Promoter eksternal pada gen RNA 7SK tersebut diketahui juga mempunyai kotak TATA yang diperlukan untuk transkripsi. Meskipun terdapat kotak TATA pada bagian promoternya,gen kelas lll tersebut ditranskripsi oleh RNA polimerase lll. Gen kelas lll "nonklasik" yang lain, yaitu gen RNA U6 (yang terlibat dalam proses splicing RNA) dan gen EBER2 (pada virus Epstein-Barr), juga mempunyai perilaku seperti gen RNA 7SK karena ditranskripsi oleh RNA polimerase lll

meskipun struktur promoternya mirip dengan promoter gen kelas ll. Hal ini dapat terjadi karena protein yang terikat pada TATA (TATA-binding protein,TP&) juga diperlukan dalam transkripsi gen kelas lll. Secara umum srruktur gen kelas lll dapat dilihat pada Gambar 10.4.

Struktur RNA polimerase pada eukaryot. RNA polimerase yang mengkatalisis proses sintesis RNA (transkripsi) pada eukaryot ada tiga macam, yaitu RNA polimerase l, RNA polimerase ll, dan RNA polimerase lll. Ketiga macam enzim tersebut digunakan dalam proses sintesis molekul RNA yang berbeda, seperti telah dijelaskan pada bagian sebelumnya. Secara enzimologis, ketiga enzim tersebut juga menunjukkan sifatsifat yang berbeda. RNA polimerase l, ll, dan lll masing-masing mempunyai berat molekul sebesar 630 kDa, 567 kDa, dan 697 kDa. Ketiga macam enzim itu mempunyai banyak subunit yang masing-masing ukurannya bervariasi. Sebagai contoh, RNA polimerase pada khamir Socchoromyces cerevisioe mempunyai jumlah subunit masing-masing sebanyak 13 subunit (RNA polimerase l), I2 subunit (RNA polimerase ll), dan 14 subunit (RNA polimerase lll). Perbedaan fungsi ketiga macam RNA polimerase pada eukaryot diketahui dengan mengamati pengaruh tokin c.amanitin (yang dihasilkan oleh jamur Amonito pholoides dan A. bisporigero) terhadap aktivitas masing-masing enzim dalam

proses transkripsi. RNA polimerase I bersifat tahan sepenuhnya terhadap amanitin (aktivitasnya tidak terpengaruh meskipun diperlakukan dengan amanitin pada konsentrasi 200 pg/ml), RNA polimerase ll bersifat sangat peka (mengalami hambatan aktivitas pada konsentrasi amanitin < 0,1 pg/ml), sedangkan RNA polimerase lll bersifat cukup tahan dan baru akan mengalami hambatan aktivitas sebesar 50% pada konsentrasi amanitin sebesar 20 pg/ml. Pada saat nukleus sel mencit diperlakukan dengan amanitin pada konsentrasi bervariasi, transkrip yang dihasilkan memberikan gambaran tentang molekul RNA polimerase yang menyintesis molekul RNA tertentu. Pada waktu nukleus diperlakukan dengan amanitin pada konsentrasi yang menghambat aktivitas RNA polimerase lll, RNA yang dihambat sintesisnya adalah 55 rRNA dan prekursor 4,5S IRNA. Sebaliknya, fungsi RNA polimerase I dan ll tidak mudah ditentukan hanya dengan analisis menggunakan amanitin sehingga harus dikonfirmasi dengan kaiian in vitro yang lain. Secara umum, perbedaan antara ketiga macam RNA polimerase pada eukaryot (khamir Socchoromyces cerevisioe) disaiikan pada Tabel 10.1.

Tabel 10.1 ) Perbedaan sifat antara RNA polimerase I, II, dan III.

Ketiga macam RNA polimerase pada eukaryot mempunyai dua subunit utama yang berukuran masing-masing 190 kDa dan 135 kDa (RNA polimerase l), 220 kDa dan 150 kDa (RNA polimerase ll), dan 160 kDa dan 128 kDa (RNA polimerase lll), ditambah beberapa subunit yang lebih kecil. Struktur semacam itu mempunyai kemiripan dengan struktur subunit utama (core) RNA polimerase pada prokaryot yang terdiri atas dua subunit utama (B dan p') yang berukuran besar ditambah dengan dua subunit yang lebih kecil (ar). Penelitian lebih laniut menunjukkan bahwa memang terdapat hubungan evolusioner antara subunit utama RNA polimerase pada prokaryot dengan subunit utama pada ketiga subunit RNA polimerase eukaryot. Di antara subunit pada ketiga macam enzim tersebut ada beberapa subunit yang ada pada setiap macam RNA polimerase, yaitu subunit RPB5, RPB6, RPB8, RPB10, dan RPB12. Gen-gen yang mengkode subunit RNA polimerase ll pada khamir Socchoromyces cerevisioe telah berhasil diklon dan ditentukan urutan nukleotidanya. Masing-masing subunit dikode oleh satu gen tunggal yang tersebar pada sembilan kromosom yang berbeda (Tabel 10.2).

Di antara 12 subunit RNA polimerase ll pada khamir tersebut, 10 subunit diketahui bersifat mutlak diperlukan untuk aktivitas polimerase, sedangkan 2 subunit (yaitu RPB4 dan RPBS) diperlukan dalam keadaan tertentu. Delesi pada kesepuluh gen pengkode subunit yang mutlak diperlukan dalam aktivitas polimerase tersebut bersifat mematikan (tethot) terhadap iasadnya. Secara umum' dari ke-l 2 subunit RNA polimerase ll pada S. cerevisioe tersebut dapat dibedakan beberapa kelompok yaitu: (1) subunit utama, (2) subunit umum, dan (3) subunit tidak penting. Subunit utama, yaitu RPB1 , RPB2, dan RPB3, merupakan subunit yang mutlak diperlukan untuk aktivitas enzim. Subunit RPBI iuga merupakan subunit yang menyebabkan kepekaan atau kerentanan RNA polimerase ll terhadap cr-amanitin. Ketiga subunit tersebut masing-masing memPunyai kemiripan dengan subunit p, p', dan a pada RNA polimerase E coli. Subunit umum' yaitu RPB5' RPB6, RPB8, RPB10, dan RPBl2, terdaPat pada ketiga macam RNA polimerase sehingga diduga mempunyai peranan sangat penting dalam Proses transkripsi.

Subunit ketiga, yaitu RPM dan RPB9, tidak secara mutlak diperlukan untuk aktivitas enzim karena mutasi pada kedua gen yang mengkode subunit tersebut tidak menyebabkan kematian sel pada suhu normal. Mutasi tersebut hanya bersifat mematikan jika sel ditumbuhkan pada suhu rendah atau tinggi. Subunit yang paling besar (RPB1) diketahui mempunyai fungsi dalam pengikatan DNA sedangkan RPB2 berperanan dalam Pengikatan nukleotida dan RPB3 berfungsi dalam penyusunan enzim. Subunit yang paling besar mempunyai domain pada ujung karboksi (corboxy-terminol domoia CTD) yang tersusun atas perulangan urutan nukleotida dengan urutan konsensus Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-ProSer. Urutan semacam ini hanya terdapat pada RNA polimerase ll. Pada khamir terdapat sekitar 26 perulangan sedangkan pada mamalia terdapat sekitar 50 perulangan urutan asam amino semacam ini. CTD diketahui berperanan dalam proses inisiasi reaksi polimerasi. Subunit RPB1 dapat mengalami fosforilasi pada residu serin atau threonin. Enzim RNA polimerase ll yang mengalami fosforilasi pada subunitnya dinamakan llo, sedangkan yang tidak mengalami fosforilasi disebut lla. Diketahui bahwa di dalam sel terdapat dua bentuk RNA polimerase ll karena \eentuk-bentuk\ adanya perbedaan dalam fosforilasi subunit RPB1 , yaitu ada bentuk RNA polimerase llO dan RNA polimerase llA, sedangkan bentuk nonfisiologisnya [ disebut RNA polimerase llB. Bentuk lla dapat diubah menjadi bentuk llb dengan cara menghilangkan CTD menggunakan enzim protease. Bukti-bukti menunjukkan bahwa bentuk llA (tidak mengalami fosforilasi) adalah bentuk RNA polimerase ll yang pertama kali menempel pa{a promoter, sedangkan bentuk llO (yang mengalami fosforilasi pada CTD) adalah bentuk yang melakukan proses pemanjangan transkrip. Hal ini memberikan gambaran bahwa perubahan status dari proses inisiasi menjadi proses pemanjangan transkrip diikuti oleh proses fosforilasi CTD. Mekanisme Transkripsi pada Eukaryot Secara umum, mekanisme transkripsi pada eukaryot serupa dengan yang terjadi pada prokaryot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan

faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pada daerah promoter. Berbeda halnya dengan yang terjadi pada prokaryot, RNA polimerose eukoryot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah prornoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain yang disebut sebagai faktor transkripsi (tronscription factor, TF). Faktor transkripsi dibedakan menjadi dua kelompok, yaitu: (1) faktor transkripsi umum, dan (2) faktor transkripsi yang khusus untuk suatu gen. Faktor transkripsi umum mengarahkan RNA polimerase ke promoter. Penempelan RNA polimerase pada promoter oleh faktor transkripsi

You might also like