Transkripsi DNA Eukaryotic Nukleolus dalam Eukaryotes Eukaryotes memiliki empat segmen ribosomal RNA dalam ribisosome dibandingkan

dengan tiga segmen dalam prokaroytes. Subunit ribosomal yang lebih kecil memiliki 188 buah RNA dan subunit yang lebih besar memiliki 58,5S dan 288 segmen. Semua selain 5S bagian ribosomal RNA diproduksi sebagai bagian dari potongan RNA yang sama. Akan tetapi, sel eukaryotic memiliki banyak tiruand ari gen ribosomal RNA ini tergantung dengan spesiesnya. Sebagai contoh, lalat buah, Drosophila melanogaster memiliki sekitar 130 kopi area DNA dimana disana segmen ribosomal RNA yang lebih besar dikopi. Daerah ini muncul bersamaan dengan kromosom seks (X dan Y) dan secara bersaman dikenal sebagai organisatornukleolar (lihat Bab 3). Subunit RNA yang terkecil juga dihasilkan dari gen yang dikopi tetapi pada poin yang berbeda dalam genome. Sebagai contoh, pada D. melanogaster, subunit 5S diproduksi oleh kromosom 2. Eukaryotes- tidak seperti prokaryotes, yang hanya memiliki satu RNA polymerasememiliki tiga RNA polymerase. Euckaryotic RNA polymerase I (atau polymerase A) hanya mengkopi DNA organisatornukleolar. RNA polymerase II (atau polymerase B) mentranskrip (mengkopi) kebanyakan gen. RNA polymerase III (atau polymerase C) mentranskrip gen kecil terutama 58 gen ribosomal RNA dan mentransfer gen RNA (Tabel 10.3). Selain itu, mitokondria, kloroplas, dan beberapa mikroba memiliki RNA polymerase lainnya. Pada organisator nukleolar, nukleolus membentuk gumpalan gelap yang sama dalam nuklei eukaryotic. Nukleolus adalah tempat dimana ribosom terbentuk. Berbagai macam protein ribosomal yang diproduksi dalam sitoplasma akan berpindah ke nukleus dan pada akhirnya ke nukleolus dimana dengan bentuk akhir ribosomal RNA mereka akan diubah menjadi ribosom. Dalam organisator nukleolar, daerah spacer DNA yang tidak tertranskrip (terkopi) akan memisahkan setiap pengulangan gen ribosomal yang besar. Ini seperti yang ditunjukkan di gambar 10.20 dan dibuatkan diagramnya pada gambar 10.21. Pada mikrograf elektron di gambar 10.20, polaritas transkripsi terlihat jelas dari RNA pendek

1

Proses ini terkjadi berulang-ulang seperti yang ditunjukkan jelas oleh mikrograf elektron (gambar 10. (pemisahan wilayah kerja ini tidak ditemukan dalam E. RNA disebut sebagai partikel ribonukleoprotein nukelolar kecil (snoRNP). pada eukaryotes RNA pembawa pesan tersintesis dalam nukelus tetapi sintesis protein terjadi dalam sitoplasma.pada satu ujung segmen transkripsi dan RNA panjang di ujung lainnya dengan gradasi (tahapan) yang sama diantaranya. Sebelum RNA pembawa pesan eukaryotic meninggalkan nukleus. Perubahan ini terjadi di nukleolus disertai dengan partikel-partikel yang terdiri dari segmen-segmen RNA dan protein yang kecil. 2 .22). Perbedaan Antara Transkripsi Eukaryotik dan Prokaryotik Meskipun semua aspek transkripsi berbeda dalam beberapa hal antara prokaryotes dan eukaryotes. bakterium tidak memiliki nukleus). tempat modifikasi dipilih berdasarkan sifat melengkapi dari snoRNA yang akan mengarahkan tempat terjadinya modifikasi. Pada E. RNA ini akan dimodifikasi oleh proses yang umumnya tidak terjadi dalam prokaryotes. Sehingga. Daerah antara segmen DNA yang tertranskripsi adalah daerah spacer DNA. Perhatikan bahwa banyak RNA polymerase mentranskripsi (mengkopi/menduplikat) setiap daerah pada waktu yang bersamaan.22b). Setiap snoRNP yang berbeda memiliki snoRNA yang melengkapi daerah yang mengelilingi nucleotide yang termodifikasi. kita akan melihat dua perbedaan utama. RNA pembawa pesan tersintesiskan dengan arah 5’ → 3’ dan translasi mulai didekat ujung 5’.coli karena diantara alasan-alasan lainnya.Coli translasi (pemindahan) RNA pembawa pesan yang abru tertranskripsikan kedalam sebuah protein dapat terjadi sebelum transkripsi selesai (gambar 10. ribosome dapat melekat ke RNA pembawa pesan dan bergerak sepanjang arah 5’ → 3’ yang akan memperpanjang polypeptide yang sedang tumbuh ektika dia bergerak. Ketika ribosome pertama bergerak menjauh dari ujung 5’dari transkrip. beberapa uridinei diubah menjadi pseudouridine dan beberapa gula ribose juga akan termetalasikan. ribosome kedua dapat melekat dan mulai pemindahan (translasi). ribosomal RNA juga akan dimodofikasi (diubah). Seperti ransfer RNA. gabungan transkripsi dan translasi yang mungkin muncul dalam prokaryotes dan modifikasi pascatranskripsional yang muncul secara ekstensif dalam RNA pembawa pesan eukaryoptic. Jika sudah ada ujung 5’ RNA. Meskipun demikian.

Meskipun demikian dalam eukaryotes. Kita akan membahas proses pengendalian (kontrol) ini pada eukaroytes di bab 16. pada 1 transkrip (dekat dengan tempat awal transkripsi) disertai dengan elemen promotor bawah (downstream promoter element/DPE) pada seitar +28 sampai +34 transkrip. RNA polymerase II harus ebrinterkasi dengan beberapa protein yang dinamakan dengan faktor transkripsi umum.II dan III) menunjukkan tujuh urutan. Karena RNA polymerase II mentranskrip (mengkopi/menduplikat) gen dalam eukaryotes. Enzim ini tidak dapat meletakan promotor atau terikat pada DNA secara stabil. Ini sama dengan urutan –10 dalam prokaryotes dan dinamakan dengan kotak TATA (atau kotak Hogness setelah dia ditemukan disekitarnya. kedua-duanya adalah area DNA pada awal gen dengan sinyal yang memungkinkan pelekatan polymerase RNA dan pemulaian transkripsi. Diantara sejumlah besar promotor yang telah disusun (diurutkan). Dalam promoter yang memiliki sedikit TATA. faktor transkripsi umum dinamakan berdasarkan polymerase dimana mereka berfungsi. Kita akan berkonsentrasi pada gen RNA polymerase II dengan kotak TATA. TATAAAA yang terdapat di sekitar –25 pada DNA promotor. Dalam eukaryotes. Agar terikat pada permulaan gen. protein yang bernama TFIID membutuhkan elemen-elemen ini untuk melakukan pengikatan. Sehingga faktor transkripsi yang menunjukkan adanya kotak TATA untuk gen polymerase II dinamakan dengan TFIID (D adalah huruf keempat di alfabet yang menandakan faktor transkripsi keempat). RNA Polymerase II pada ragi adalah protein dengan dua belas subunit. TFIID terdiri dari satu sub-uniot yang menunjukkan adanya susunan TAT yang dinamakan oleh D.Promotor Promotor eukaryotic agak sama dengan promotor prokaryotic. sedikit promotor kekurangan kotak TATA dan tetap saja di transkripkan (dikpoikan). Semua tiga polymerase RNA eukaryotic (I. maka pembahasan kita akan berkisar 3 . Permulaan transkripsi dalam promotor ini tampaknya dikontrol oleh area yang kaya akan CT yang diberinama elemen awal (initiator element/Inr). Elemen awal memiliki susunan konsesus TCA(G atau T)T(T atau C) dan elemen promotor bawah memiliki susunan konsesus (A atau G)G(A atau T)CGTG.Hogness). lebih banyak protein terlibat dalam upaya untuk mengenali promotor dan lebih banyak protein terlibat dalam pengendalian transkripsi yang menunjukkan ribuan basis yang terpisah-pisah.

TPIIH juga memiliki peran.24a). dan IIF seperti halnya juga RNA polymerase II dalam kondisi takterfosforilasi yang akan membentuk preinisiasi kompleks (PIC) yang sama dengan holoenzim pada E. Perhatikan bahwa banyak dari informasi ini dikumpulkan dari catatan kaki. TFIID sama dengan faktor sigma pada prokaryotic RNA polymerase. mungkin oleh TFIIH. sebuah penelitian imunologis untuk mengisolasi berbagai amcam komponen dengan antibodi dan studi photocrosslinking untuk menentukan moitas mana yang saling berhubungan satu sama lain. Agar muncul transkripsi aktif. Akan muncul pengikatan faktor transkripsi IIA. Materi penguat seringkali terdiri dari ratusan atau ribuan pasangan atas dasar dari promotor (gamabr 10.24b).dengan protein pengikat TATA (TATA binding protein /TBP) dan sampai lusinan protein yang dinamakan dengan faktor yang ada hubungannya dengan TBP (TBP-associated factors/TAF) yang menunjukkan adanya elemen awal yang ada dan membantu penyusunan transkripsi. Tabel 10. wilayah yang dapat menunjukkan adanya protein yang berhubungan dengan polymerase (faktor transkripsi umum) dan 4 . Studi ini dikombinasikan dengan penelitian kinetis untuk menentukan susunan mana yang stabil. Satu aspek pengikatan TBP yang menarik adalah bahwa pengikatan itu akan mengakibatkan pengikatan dan pembukaan DNA yang signifikan (gambar 10.4 meringkas perkiraan peran dari faktor transkripsi umum. Pengikatan mungkina dalah sinyal penting untuk protein pengikat lainnya. level transkripsi yang tinggi. Faktor-faktor lain ini adalah akifator atau faktor transkripsi tertentu yang mengikat susunan DNA yang dinamakan dengan materi penguat. faktor lainnya diperlukan masuk dalam pengendalian dimana promoter ditranskrip (dikopi) dengan aktif. Ketika TFIID mengikatkan dirinya pada kotak TATA.25).23). IIB. kloning dan pengisolasian gen dan protein yang terlibat didalamnya dan jemudian menghubungkan kembali berbagai macam kombinasi dalam tabung uji. yang merupakan sebuah kinase: pada poin ini kebanyakan faktor transkripsi akan jatuh dan menyisakan elongasi kompleks yang menjadi penghitungan dasar transkripsi (gambar 10.coli (gambar 10. studi mutasional. Aktifator transkripsional tertentu ini memiliki wilayah yang menunjukkan adanya susunan materi penguat (enhancer) tertentu mereka. RNA Polymerase II kemudian terfosforilasi. akan muncul proses pengikatan faktor transkripsi lainnya.

ada beberapa poin lainnya yang butuh kita bahas.26). (Transkrip dari beberapa gen ditemukan dalam beberapa eukaryoptes yang lebih rendah 5 . tidak seperti prokaryotik RNA polymerase. Mikrograf elektron dengan jelas menunjukkan DNA yang melipat dirinya dan menekuk membentuk semacam kurva (gambar. Selain itu. lebih mirip transkripsi dalam eukaryotes daripada prokaryotes. mungkin ribuan pasangan dasar yang terpisah. Studi tentang detail proses transkripsi. Pertama. Koordinasi awal transkripsi yang kompleks pada eukaryotes ini diberi nama dengan kontrol kombinatoerial: proses awal yang sangat kompleks mungkin bisa terdiri dari 85 atau lebih polypeptide berbeda. penghentian transkripsi gen RNA polymerase II lebih kompleks dengan disertai proses mRNA yang lebih lanjut. transkripsi dalam archaea. penekan (represor) dapat terikat ke wilayah silencer DNA pada arus jauh promotor untuk menekan transkripsi. Agar faktor transkripsi tertentu dapat terikat pada penguat dan mesin polymerase. Sehingga. semua transkrip dari eukaryoptes yang lebih tinggi terdiri dari informasi dari hanya satu gen. kontrol dan penghentian-nyaadalah satu dari area dalam ilmu genetika modern yang menarik. Kedua.proses awal. seperti yang kita bahas di bab 15. Berbeda dengan kebanyakan transkrip prokaryotik yang terdiri dari informasi dari beberapa gen.wilayah yang memungkinkan terbentuknya pengikatan faktor transkripsi lainnya (gambar 10. RNA polymerase II kompleks terdiri dari protein yang berperan sebagai perantara antara aktifator dan polymerase holoenzim. 10. bagian dari RNA polymerase II kompleks terbuatd ari protein yang dapat mengganggu histon yang terikat pada DNA.24b). Meskipun RNA polymerase I dan III tampaknya memiliki sinyal penghentian yang sama dengan promotor rho-independen dalam prokaryotes. eukoryotic RNA polymerase betulbetul dapat terlihat jelas (menunjukan aktifitas eksonuklease 3’ → 5’ ). DNA harus melipat dirinya agar mereka menjadi susunan polymerase. banyak gen berhubungan dengan berbagai macam susunan faktor transkripsi yang kompleks yang memunculkan kontrol transkripsi yang rumit (lihat bab 16). Tutup dan Ekor Transkripsi eukaryotik menghasilkan transkrip primer (utama). meskipun dibawah kontrol yang lebih sederhana daripada dalam eukaryotes. Pada akhirnya. Sebelum kita bergerak terus. Sebaliknya. Sama halnya dengan aktifator dan penguat (enhancer). eukaryotik DNA semakin rumit karena adanya protein histone yang dapat mengganggu jalannya ranskripsi.

seperti cacing nematoda). Mereka adalah RNA pra-pembawa pesan. P.28).27). Contoh gen dengan nitron muncul pada gambar 10. Kita menyebut perubahan ini sebagai modifikasi pascatranskripsional. Ketika RNA pembawa pesan pertama kali dipelajari pada cukaryotes. DNA akan membentuk struktur dengan jenis ganda dengan exon didalam RNA sehingga mereka membentuk lingkaran 6 .29.30). RNA yang tidak memiliki modifikasi pascatranskripsional utama.Sharp dan temannya di MIT dan R. Polyadenylation akan muncul setelah ujung 3’ transkrip dipindahkan oleh nukleus yang memotong sekitar dua puluh nukeotitel kebawah menuju ke molekul dan membantu pemindahannya dari nukleus. Segmen gen antara nitron yang ditranskripkan dan diubah. L.Broker. Sekarang terlihat inilah transkrip utamanya. 5’ → 5’ (Gambar 10. Tiga perubahan utama terjadi dalam trnaskrip utama pada RNA polymerase II sebelum pemindahan ke sitoplasma: modifikasi ke ujung 5’ dan 3’ dan pembuangan susunan yang mengganggu. Pada ujung 5’ transkrip polymerase II. Di ujung lainnya. (Sharp dan Roberts diberi penghargaan Nobel pada tahun 1993). T. 7-metil guanosine ditambahkan kedalam arah yang “salah”. sebuah susunan yang terdiri dari dua puluh sampai dua ratus nukleotide yang mengandung adenin yang disebut dengan ekor poli-A ditambahkan dari enzim poli-A polymerase. Hasil dari pemindahan intron terlihat jelas ketika RNA pembawa pesan terhibidrasi dengan gen yanga sli (gamabr 10. Intron Eukaryotes memiliki segmen DNA didalam gen yang ditranskripkan kedalam RNA tetapi tidka pernah dipindahkan (atau diubah) menjadi susunan protein. Tutup (cap) ini memungkunkan ribosom untuk menunjukan munculnya RNA pembawa pesan. Susunan yang masuk ditengah-tengah proses atau intron dipindahkan dari RNA dalam nukelus sebelum pemindahannya kedalam sitoplasma (gamabr 10.dan dipindahkan ke sitoplasma dan ditampilkan dinamakan dengan exon. ujung 3’ transkrip polymerase II. Roberts. Chow dan teman-temannya di Universitas Cold Spring Harbor menemukan intron di tahun 1977. RNA pembawa pesan dalam nukleus ditemukan jauh lebih besar daripada yang ditemukan di sitoplasma dan dinamakan dengan mRNA inti heterogen atau hnRNA.

Setidaknya ada dua tipe penyambungan meskipun mereka berhubungan: penyambungan sendiri dan penyambungan dengan bantuan protein. (Cech dan Altman diberi hadiah Nobel dalam bidang Kimia). Agar intron dapat dipindahkan. reaksi yang dikatalisasikan oleh ribosim berisfat transesterifikasi dan reaksi hidrolisis yang akan memecahkan molekul RNA menjadi dua bagian. Penyambungan sendiri Di tahun 1982. Tetrahymena. Intron bertindak sebagai enzim. Karena semua ikatan dapat dipindahkan secara terbalik (transesterifikasi) dan bukanlah ikatan baru.32). U yang tidak terikat akan memindahkan RNA dengan hubungan U-U dan melepaskan intron (gambar 10. Saat ini setidaknya ada tujuh kelas ribosim yang berbeda berdasarkan apda sifat enzimatis mereka. Cech dan teman-temannya menemukan bahwa mereka dapat memunculkan pmindahan intron secara in vitro tanpa ada protein. tidak ada sumber energi eksternal yang kita butuhkan. Thomas Cech dan temannya termasuk Sidney Altman yang mengatakan bahwa RNA dapat memiliki sifat katalis menemukan penyambungan RNA sendiri. Struktur sekunder (RNA lingkaran-batang) juga merupakan pemindahan intron yang penting. Karena molekul RNA ini ukurannya kecil 7 . Selama penyambungan sendiri.31 menunjukkan diagram terjadinya penyambungan sendiri.dengan satu jenis. GDP atau GTP) harus ada. struktur sekundernya setelah pemindahan memberikannya kemampuan untuk melakukan katalisasi reaksi lebih lanjut (gambar 10. ikatan U-A di sisi kiri (5’) intron dipindahkan ke GTP. Ribosim juga dapat melakukan fungsi lainnya termasuk pembentukan formasi ikatan peptide yang dibahas di bab 11. gambar 10. Dengan meneliti intron dalam 355 RNA ribosomal awal pada protozoa tersiliasi. kita sebut dengan RNA dengan properti enzimatis sebuah ribosom. Nucleotide yang mengandung guanine (GMP. ujung exon harus dikumpulkan dan dihubungkan dalam proses yang dinamakan dengan proses penyambungan. Intron penyambung sendiri tipe ini dinamakan dengan intron grup I.. Sebuah ribosim dapat memecah RNA lainnya dan yang muncul di patogen tanaman kecil dinamakan dengan hammerhead ribozyme (gamabr 10. Smeskipun aktifitas enziamtis ribosim adalah pemindahannya sendiri. Intron juga muncul dalam RNA pemindahan eukaryotic dan gen ribosomal.31).33) karena bentuknya.

35). ikatan pertama dipindahkan didalam intron ke adenosine sehingga membentuk struktur lariate (gambar 10. 8 .34).mereka memiliki potensi untuk dimodifikasi dalam laboratorium untuk tujuan tertentu yang berhubungan dengan perawatan klinis dan studi proses RNA selanjutnya. Agar terbentuk lariate. Justru. Intron ini disebut dengan Intron grup II karena mereka menggunakan mekanisme penyambungan yang berbeda yang tidak membutuhkan nukleotide eksternal. Penyambungan diri juga dapat ditemukan di gen di mitokondria ragi. ribose adenosine harus membuat tiga ikatan fosfodiester (gambar 10.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful