OKSİDATİF DEKARBOKSİLASYON VE SİTRAT ÇEVRİMİ (TCA, Kreps Çevrimi

)

F. Zihnioğlu; Biyokimya II;5

Oksijenli solunum;
1. Metabolik proseslerden gelen karbonun asetil-CoA’ya dönüşümü
(oksidatif dekarboksilasyon)

2. Sitrat çevrimi; Karbonun tamamen okside olması ile CO2, indirgenmiş etaşıyıcıları ve az miktarda ATP oluşumu 3. İndirgenmiş etaşıyılarının tekrar oksitlenerek ATP sentezlenmesi(oksidatif fosforilasyon)

1

Pruvat organizmada farklı kaynaklardan elde edilir ve farklı metabolik kadere sahiptir.

2

Asetil-CoA
Kaynakları
Karbohidrat-pruvat Yağ asitleri Protein-Amino asitler

Kaderi
Sitrat Çevrimi-Oksidasyon Yağ asiti ve sterol biyosentezi Keton cisimleri üretimi

Oksidatif Dekarboksilasyon
Pruvat → Asetil-CoA
Pruvatın asetil-CoA’ya oksidasyonu ökaryotik hücrelerde mitokondrial matrikste, prokaryotlarda ise sitoplazmada gerçekleşir. Bu dönüşüm glikoliz ve sitrat çevrimi arasındaki bağlantıdır. Pruvatın asetil-CoA’ya oksidasyonu bir “enzim kompleksi” tarafından katalizlenir.

3

Pruvatın Oksidatif Dekarboksilasyonu
• Pruvat mitokondriye girer
Pruvat + CoA + NAD+ asetil-CoA + CO2 + NADH + H+

Pruvat Dehidrogenaz Kompleksi (PDC) • 3 farklı enzim ve 5 farklı kofaktör

4

Pruvat Dehidrogenaz Kompleksi için 5 Kofaktör gerekli:
Kofaktör
Koenzim A (CoA-SH) Nikotinamid Adenin Dinükleotid (NAD+) Flavin Adenin Dinükleotid (FAD) Tiamin Pirofosfat (TPP) Lipoik asit

Vitamin
pantothenic acid niacin B2 (riboflavin) B1

Pruvat Dehidrogenaz Kompleksi 3 Enzim içerir.
Enzim
Pruvat Dehidrogenaz (E1) Dihidrolipoil Transasetilaz (E2) Dihidrolipoil Dehidrogenaz (E3)

Kofaktör
TPP lipoik asit, CoA FAD, NAD+

5

Lipoik Asit

dihidrolipoamid

6

Nikotinamid Adenin Dinükleotid(NAD)

Flavin Adenin Dinükleotid(FAD)

7

Koenzim A

Tiyol grupları karboksilik asitler ile reaksiyona girerek tiyoesterleri oluşturur.

Tiyoesterler, CoA-SH ve bir asetat grubundan oluşur, son derece reaktif bileşiklerdir; büyük negatif hidroliz serbest enerjisine sahiptir.

Bu yüksek reaktiflik asetat gruplarını diğer moleküllere transfer edebilecekleri anlamına gelir. Tiyoesterler yüksek açil grubu transfer potansiyeline sahiptir.

8

Pruvat Dehidrogenaz
Pruvat Dehidrogenaz (E1) Dihidrolipoil Transasetilaz (E2) Dihidrolipoil Dehidrogenaz (E3

1

1. E1’in pruvatın 2C lu aldehid grubunu TPP üzerine bağlaması ile hidroksietilTPP oluşumu 2. E1’in aldehit grubunu E2 üzerindeki lipoamid kolu üzerine transfer etmesi 3. Asetil grubunun 2. sallanan kola transferi ile CoA-SH transferi için pozisyon oluşturulması

2

3

Asetil-CoA

9

4. Asetil grubunun CoA-SH’a transferi ile Asetil-CoA oluşumu
1

2 6

5. E3’ün indirgenmiş lipoamid kolunu FAD üzerine 2 etransferi ile oksitlemesi 6. İndirgenmiş flavin(FADH2)’in NAD+ ile oksitlenmesi

5

3 4

Asetil-CoA

1. Adım Pruvatın, pruvat Dehidrogenaz(E1) ile Dekarboksilasyonu
Pruvat Dehidrogenaz (E1) TPP

Mayalardaki pruvat dekarboksilaz reaksiyon mekanizmasına benzer şekilde gerçekleşir. Fark; 2-karbon parçasının asetaldehit şeklinde salınmaması ve bir tiyol grubuna transferidir.
2. Adım için reaktif ara ürün

10

Pruvat Dehidrogenaz

2. Adım Hidroksietil grubunun E2 ye transferi ile tiyoester oluşumu
Dihidrolipoil Transasetilaz(E2) lipoik asit, CoA

3. Adım
E2 asetat grubunun CoA ya transferini katalizler; Asetil CoA ve indirgenmiş lipoik asit oluşumu

tiyoester

11

Bu tip açil transfer reaksiyonları “transesterifikasyon” olarak adlandırılır.

Pruvat Dehidrogenaz

12

4. ve 5. Adım
Son iki adımda enzim kompleksinin okside kofaktörler ile rejenerasyonu gerçekleşir.
indirgenmiş lipoillizin + FAD → oksitlenmiş lipoillizin + FADH2

FADH2 + NAD+ + → FAD + NADH + H+

Pruvat Dehidrogenaz kompleksince oluşturulan Asetil CoA ileri aşamada Sitrat Çevrimine katılarak okside olur.

Pruvat Dehidrogenaz

13

Pruvat DH Regülasyonu

Pruvat DH Kompleksinin Aktivitesini Kontrol eden faktörler.
Ürün İnhibisyonu

14

Pruvat DH Regülasyonu:Allosterik Effektörler
• Asetil-CoA ve NADH’ın artan seviyeleri, E2, E3’ü inhibe eder(memeli ve E. coli)

Pruvat DH Regülasyonu
Kovalent Modifikasyon(ökaryotlar): E1
Fosforilasyon(=inaktivasyon)/defosforilasyon(= aktivaston)

15

Pruvat DH Kompleksinin Aktivitesini Kontrol eden faktörler.
Kovalent Modifikasyon(ökaryotlar)

H. Krebs

Sitrat Çevrimi(Döngüsü) (TCA, Krebs)
1953 Nobel Ödülü(Tıp-Fizyoloji)

F. Lipmann

16

Sitrat Çevrimi
(Trikarboksilik Asit:TCA, Krebs)
• Sitrat Çevrimi amfiboliktir. (katabolik ve anabolik) • Amino asitler, karbohidratlar ve lipidlerin aerobik katabolizmasında yer alır. • Çevrimin ara ürünleri bir çok biyosentetik reaksiyon için çıkış noktasıdır. • Çevrimde görev alan enzimler ökaryotlarda mitokondri veya bakteride ise sitozoldedir.

Sitrat Çevrimi
• • • • Pruvat (asetat); CO2 ‘e yıkılır. ATP oluşur. Fazlaca NADH oluşur. NADH; ATP ye çevrilmek üzere elektron transport zinciri ve oksidatif fosforilasyona katılır.

17

Sitrat Çevriminin Kimyasal Mantığı
• Sitrat çevrimi, asetat ünitelerinin CO2 ünitelerine oksidasyonu için karmaşık bir döngüdür. • C-C bağlarının parçalanmasındaki normal yollar ve oksidasyon CO2 oluşumu için kullanılamaz.
Asetatta β-karbon veya hidroksil grubu yok:
Pruvat

C-C bağını parçalamanın iki yolu:

Asetat Asetil-CoA β-parçalanma Örn; aldolaz α-parçalanma Örn; transketolaz

Bu durumda sitrat çevriminde asetat ve okzalasetat kondanse olarak β -parçalanma – oksidasyon ile CO2, oluşur ve okzalasetat rejenere olarak enerji NADH ve ATP formunda açığa çıkar.

Sitrat “prokiral” dir.

Prokiral; Akiral formdan kiral forma tek adımda dönüşen moleküller. Molekül içi çevrilme reaksiyonu

18

Sitrat Çevrimi; Özet
1. Asetil(2C) ve okzalasetat(4C) sitratı(6C) oluşturmak üzere bağlanması 2. Oksidasyon ve dekarboksilasyon sonucu sitratın okzalasetata dönüşümü 3. Okzalasetatın diğer bir asetil grubu ile birleşerek döngünün tekrarlanması
Süksinil-CoA Asetil-CoA Okzalasetat Sitrat

α-ketoglutarat

19

1. Adım
Okzalasetat-asetil-CoA Kondenzasyonu; “Sitrat Sentaz”
Alpha sübstitüsyon reaksiyonu: Karbon-karbon bağı oluşum reaksiyonuna örnek.

“Sitrat Sentaz”
• Reaksiyon 2 adımlı bir proses
– Birinci adımda aldol kondenzasyonu (aldolaz aldol kondenzasyonunun tersi) ile sitril CoA oluşumu – İkinci adımda sitril-CoA’nın su ile hidrolizlenmesi ile sitrat oluşumu

20

2. Adım
Sitrattan İzositrat Oluşumu; Akonitaz
• Sitrat ileri düzeyde oksidasyon için zayıf bir bileşen; • Tersiyer alkolün sekonder alkole çevrilmesi; • Akonitaz(Fe-S kümesi, stereospesifik) • İki adımlı; dehidratasyon/hidratasyon

Akonitaz; sitratın izositrata izomerizasyonunu katalizler, reaksiyon geri dönüşümlüdür ve cisakonitat ara ürün oluşumu üzerinden yürür.

21

22

3. Adım
İzositrat’ın α-Ketoglutarat’a Oksidasyonu
Izositrat Dehidrogenaz: İlk Dekarboksilasyon
İzositrat Dehidrogenaz izositrat’ın α-ketoglutarat’a oksidatif dekarboksilasyon reaksiyonunu katalizler. İlk CO2 ve NADH oluşum adımı.

İzositrat Dehidrogenaz

23

4. Adım
α-Ketoglutarat’ın Oksidatif Dekarboksilasyonu α-Ketoglutarat Dehidrogenaz: 2. Dekarboksilasyon
α-Ketoglutarat Dehidrogenaz enzim kompleksi pruvat dehidrogenaz enzim kompleksinin çalışma mekanizması ile aynı.

İkinci CO2 ve NADH oluşumu.

5. Adım
Süksinil-CoA’nın Süksinat’a Dönüşümü
Süksinil-CoA Sentetaz; Substrat Düzeyinde Fosforilasyon Süksinil-CoA reaktif bir bileşiktir. Süksinil-CoA’nın tiyoesterinin hidroliz serbest enerjisi GTP sentezinde kullanılır. (GTP= 1 ATP) GTP + ADP
Nükleozid Difosfat Kinaz

GDP + ATP

24

6. Adım
Süksinat’ın Fumarat’a Oksidasyonu
Süksinat Dehidrogenaz
FADH2 nin üretildiği ilk adım. FADH2 ise FAD’ye oksidatif fosforilasyon yolunda okside olarak ATP üretiminde kullanılır.

Genelde, FAD biyokimyasal olarak alkanların alkenlere oksidasyon(dehidrogenasyon) reaksiyonlarını katalizler ve NAD+ alkolleri aldehid ve ketonlara oksitler.

Süksinat Dehidrogenaz; FAD Oksidasyonu
Süksinat fumarata okside olurken, FAD, FADH2 ye indirgenir.(net iki elektron transferi). Süksinat Dehidrogenaz aynı zamanda süksinat-koenzim Q redüktaz olarak bilinir. Bu adım elektron transport zincirinin de bir parçasıdır. FAD enzime kovalent bağlıdır.

25

7. Adım
Fumarat’ın Malat’a Hidrasyonu
Fumaraz
Bu hidrasyon trans-çift bağ için spesifiktir. Fumaraz; fumaratın (maleat) cis-formunu bağlayamaz. Ayrıca, 2 mümkün olan stereoizomerden sadece L-malat oluşur.

Fumaratın Trans-hidrasyonu
Sterospesifik hidrasyon; akonitaz’a benzer

26

8. Adım
Malat’ın Okzalasetat’a Oksidasyonu
Malat Dehidrogenaz
Sitrat çevrimindeki son adım;NAD+ ile bir alkolün ketona oksidasyonu. L-Malat, okzalasetat’a okside olur; NAD, NADH’a indirgenir Endergonik bir reaksiyon, fakat sitrat sentez reaksiyonu ile birleşim! Sitrat çevrimindeki 3. NADH oluşumu.

Standart serbest enerji değişimi reaksiyonu son derece istemsiz yapar. Ancak reaksiyon; izleyen reaksiyon adımının yüksek negatif serbest enerjisi ve okzalasetat’ın asetil-CoA ile birleşerek sürekli ortamdan çekilmesi ile ileri doğru kayar

27

Sitrat Çevrimi Reaksiyonlarının Standart Serbest Enerji(∆G°′) ve Fizyolojik Serbest Enerji(∆G) Değişimleri

28

Çevrimdeki Karbon Atomlarının Kaderi
Asetil-CoA’dan gelen karbon atomları ilk döngüde uzaklaşmaz.

Asetat Karboksil Karbonunun Kaderi
Karboksil karbonları ancak ikinci döngüde CO2’e dönüşebilir.

29

Asetat Metil Karbonunun Kaderi
Asetatın metil karbonu 2 döngü süresince sistemde kalır. Fakat her seferinde kalanın yarısı döngüde devamlılığı sağlar.

Sitrat Çevrimi Nasıl Kolay Öğrenilir?
• Döngü hakkında bilgi edinmek • Çevrimi bir oyun olarak düşünmek
– Bir oyun önce başlamalı – Oynanmalı – Eğer ikinci bir round gerekli ise tekrar başlatılmalı.

30

Re-Set

Setup

Enerji Eldesi II
1. Adım * 8 reaksiyonluk bir daire çizin * 4 parçaya bölün * Her bir parçayı rolüne göre işaretleyin

Enerji Eldesi I

• Setup = besleme maddesi (asetil-CoA) ve çevrim maddesinin(okzalasetat) birleşmesi; CoASH nın uzaklaşması, enerji eldesi için metabolit hazırlanması • Enerji Üretimi I = oksidatif dekarboksilasyon = CO2 kaybı ; NADH üretimi • Enerji Üretimi II = döngü için CoASH salınımı; GTP ve FADH2 üretimi • Re-Set = okzalasetat’a geri dönüş;

31

O

C

SCoA

CH3

+

COO C CH2 COO O

8

1

7

2. Adım * Reaksiyonlara numara verin * Başlangıç reaktantları yerleştirin * Tam yarım parça ürününü yerleştirin

2

3 6

O

C

SCoA

5

CH2 CH2 COO

4

O

3. Adım Reaksiyona giren ve çıkanları yerleştirin

C

SCoA

NADH

CH3

+ COO
C O CH2 COO

CoASH

8
NAD+

1

7

2

NAD+

3
FADH2

6

NADH

FAD

Pi

CO2
NAD+ CoASH
O C SCoA

+
GDP

5
GTP
CoASH

4
CO2 NADH

CH2 CH2 COO

32

O

4. Adım Reaksiyona giren ara metabolitleri yerleştirin

C

SCoA

NADH

CH3

+ COO
C O CH2 COO

CoASH

8
NAD+

1

7

2

NAD+

3
FADH2

6

NADH

FAD

Pi

CO2
NAD+ CoASH
O C SCoA

+
GDP

5
GTP
CoASH

4
CO2 NADH

CH2 CH2 COO

O

4. Adım Reaksiyona giren ara metabolitleri yerleştirin

C

SCoA

NADH

CH3

+ COO
C O CH2 COO

CoASH

COO HC CH2 COO OH

8
NAD+

1

7

2

Malat’ın eklenmesi
NAD+

3
FADH2

6

NADH

FAD

Pi

CO2
NAD+ CoASH
O C SCoA

+
GDP

5
GTP
CoASH

4
CO2 NADH

CH2 CH2 COO

33

O

4. Adım Reaksiyona giren ara metabolitleri yerleştirin

C

SCoA

NADH

CH3

+ COO
C O CH2 COO

CoASH

COO HC CH2 COO OH

8
NAD+

1

7

2

Süksinat’ın eklenmesi
NAD+

3
FADH2

6

NADH

FAD

CO2
COO CH2 CH2 COO

Pi

+
GDP
O

NAD+ CoASH
C SCoA

5
GTP
CoASH

4
CO2 NADH

CH2 CH2 COO

O

4. Adım Reaksiyona giren ara metabolitleri yerleştirin

C

SCoA

NADH

CH3

+ COO
C O CH2 COO

CoASH

COO HC CH2 COO OH

8
NAD+

1

7
COO HC CH COO

2

Fumarat’ın eklenmesi
NAD+

3
FADH2

6

NADH

FAD

CO2
COO CH2 CH2 COO

Pi

+
GDP
O

NAD+ CoASH
C SCoA

5
GTP
CoASH

4
CO2 NADH

CH2 CH2 COO

34

O

4. Adım Reaksiyona giren ara metabolitleri yerleştirin

C

SCoA

NADH

CH3

+ COO
C O CH2 COO

CoASH

COO HC CH2 COO OH

8
NAD+

1

7
COO HC CH COO

2
H2O

Fumaraz için su eklenmesi
NAD+

3
FADH2

6

NADH

FAD

CO2
COO CH2 CH2 COO

GDP

+

Pi
O C SCoA

NAD+ CoASH

5
GTP
CoASH

4
CO2 NADH

CH2 CH2 COO

O

4. Adım Reaksiyona giren ara metabolitleri yerleştirin

C

SCoA

NADH

CH3

+ COO
C O CH2 COO

CoASH

COO HC CH2 COO OH

8
NAD+

1

COO CH2 HO C CH2

COO

-

COO-

7
COO HC CH COO

2

H2O

Sitrat eklenmesi
NAD+

3
FADH2

6

NADH

FAD

CO2
COO CH2 CH2 COO

GDP

+

Pi
O C SCoA

NAD+ CoASH

5
GTP
CoASH

4
CO2 NADH

CH2 CH2 COO

35

O

4. Adım Reaksiyona giren ara metabolitleri yerleştirin

C

SCoA

NADH

CH3

+ COO
C O CH2 COO

CoASH

COO HC CH2 COO OH

8
NAD+

1

COO CH2 HO C CH2

COO

-

COO-

7
COO HC CH COO

2

H2O

Okzalasetat eklenmesi
NAD+

3
FADH2

6

FAD
COO CH2 CH2 COO

O

C

COO

NADH

CH2

CO2

GDP

+

Pi
O C SCoA

NAD+ CoASH

CH2 COO

5
GTP
CoASH

4
CO2 NADH

CH2 CH2 COO

O

4. Adım Reaksiyona giren ara metabolitleri yerleştirin

C

SCoA

NADH

CH3

+ COO
C O CH2 COO

CoASH

COO HC CH2 COO OH

8
NAD+

1

COO CH2 HO C CH2

COO

-

COO-

7
COO HC CH COO

2
COO HO CH HC COO

H2O

İzositrat eklenmesi
NAD+

-

COO-

CH2

3
FADH2

6

FAD
COO CH2 CH2 COO

O

C

COO

NADH

CH2

CO2

GDP

+

Pi
O C SCoA

NAD+ CoASH

CH2 COO

5
GTP
CoASH

4
CO2 NADH

CH2 CH2 COO

36

Sitrat Çevriminin Enerji Bilançosu
Acetyl CoA + 3NAD+ + FAD + GDP + Pi + H2O →2CO2 + 3NADH + 3H+ + FADH2 + GTP + 2H+ + CoA

Asetil-CoA sitrat çevrimin oksidasyon

2 3 1 1

CO2 NADHs FADH2 GTP.

Sitrat Çevriminin Enerji Bilançosu
1 mol asetil-CoA için net ATP kazancı;
1 GTP → 1 ATP
Substrat Düzeyinde Fosforilasyon

+
1 NADH → ~ 2.5 - 3 ATP Oksidatif Fosforilasyon 3 NADH → 3 ATP X 3 = 9

+

1 FADH2 → ~ 1.5 - 2 ATP Oksidatif Fosforilasyon 1 FADH2 → 2 ATP

Toplam = 12 ATP

37

“3 Reaksiyon (yüksek – ∆G; ekzergonik) kilit nokta”
– Sitrat Sentaz – İzositrat DH – α-ketoglutarat DH • PDH kompleksi allosterik ve kovalent mekanizmalarca kontrol edilir. • İnhibisyon: ATP, NADH, suksinil-CoA • Aktivasyon: ADP ve Ca++

Sitrat Çevriminin Regülasyonu

38

Genelde bu 3 enzim: allosterik olarak NADH, ATP, Süksinil-CoA ve Sitrat ile inhibe olurlar.
Bunların yüksek konsantrasyonda olması organizmanın enerji ihtiyaçlarının karşılandığını gösterir. Süksinil-CoA ve Sitrat’ın da yüksek seviyeleri biyosentetik prekürsör ihtiyacının karşılandığını gösterir.

Bu enzimler ADP ve Ca2+ ile aktive olurlar.
Ca2+ kas kasılmasında önemlidir. Yüksek seviyeleri artan kas kasılması ve böylece ATP ihtiyacının olduğunu gösterir.

39

Sitrat Çevriminin Amfibolik Karakteri
“Katabolik-Anabolik”
Sitrat çevrimi katabolik ve anabolik proseslerde ana metabolik havuz olarak hizmet verir. Bir çok biyosentetik metabolik yol(anabolizma) sitrat çevrimi ara ürünlerini başlangıç materyali olarak kullanır. Biyosentetik proseslerde kullanılan metabolitler anaplerotik reaksiyonlar ile yerine konur.

Anaplerotik Reaksiyonlar
“siphoned off” “replenished”

40

Anaplerotik Reaksiyonlar

Pruvat karboksilaz; karaciğer, böbrek PEP Karboksikinaz; Kalp, iskelet kası PEP Karboksilaz; Yüksek bitkiler, maya, bakteri Malik enzim: Ökaryot ve prokaryotlar(yaygın)

Anaplerotik (Filling up) Reaksiyonlar
Glikoliz TCA

41

Anaplerotik (Filling up) Reaksiyonlar
Fosfoenolpruvat (PEP) karboksikinaz reaksiyonu

42

43

Hücrenin Metabolik Durumu ve ATP/ADP , NADH/NAD+ Oranları Arasındaki İlişki Metabolik Durum: Dinlenme
Enerji kullanımı ve ihtiyacı az ↑ ATP, ↓ ADP seviyeleri: yüksek ATP/ADP oranı ↑ NADH, ↓ NAD+ seviyeleri: yüksek NADH/NAD+ oranı

Metabolik Durum: Aktif
Enerji kullanımı ve ihtiyacı fazla ↓ ATP, ↑ ADP seviyeleri: düşük ATP/ADP oranı ↓ NADH, ↑ NAD+ seviyeleri: düşük NADH/NAD+ oranı

44

Katabolik Reaksiyonlar
Sitrat Çevrimine Giriş

Anabolik Reaksiyonlar
Karbohidrat Sentezi

45

Anabolik Reaksiyonlar
Yağ Asidi Sentezi

Amfibolik
Anabolik-Katabolik

46

Glioksilat Yolu(Çevrimi)
Yağ Asitleri asetil-CoA ünitelerine dönüşürler. Omurgalılarda, asetil-CoA glukoz sentezi(glukoneojenez) için pruvat’a ve sonrasında fosfoenolpruvat’a dönüşemez, Bunun anlamı yağ asitlerinin glukoza dönüşememesidir. Bitkilerde ve diğer bazı organizmalarda glioksilat çevrimi ile yağ asitlerinden karbohidrat sentezi mümkün olabilmektedir. Glioksilat çevrimi çimlenen(henüz fotosentetik değil) bitkiler için önemlidir. Bu sayede lipidler karbohidratlara dönüşür.

Glioksilat Yolu(Çevrimi)
TCA Varyantı; özellikle bitki tohumlarında
• Bitkiler ve bazı bakteri, algler ve fungi asetil- CoA’yı okzalasetat’a dönüştürebilirler. (hayvanlar -). • Bitkilerde membrana bağlı organel olan glioksozomlarda, diğerlerinde ise sitoplazmada gerçekleşir. Glioksilat çevriminde oluşan süksinat, sitrat çevriminde oxzalasetat’a dönüşür. Okzalasetat daha sonra fosfoenolpruvat’a çevrilerek glikoneojenez ile karbohidrat sentezi gerçekleşir.

47

Glioksilat çevriminde; Asetil-CoA(2C) giren ve TCA ürünü süksinat(4C) çıkan moleküldür. 2 Asetil-CoA

1 Süksinat

Glikoneojenez

Sitrat Sentaz

Malat Dehidrogenaz

Akonitaz
Malat Sentaz İzositrat Liyaz

3-5 adımlar atlanır (CO2 çıkış adımları)

48

49