BİYOKİMYA I Giriş ve Genel Bakış: 2.

Sulu Ortamda Zayıf Etkileşimler Biyolojik Proseslerde Suyun Rolü ve Biyoenerjetik

F. Zihnioğlu

SU VE SULU ORTAMDAKİ ZAYIF ETKİLEŞİMLER
Hayatın fonksiyonel ve yapısal matriksini oluşturan makro-moleküller kuvvetli kovalent bağlar ile bir arada tutulur ve yapılanırlar. Fakat moleküllerin kompleksliğini açıklamada tek başına kovalent bağlar yeterli olmaz. Komplekslik için daha zayıf etkileşimler ve kuvvetler, non-kovalent etkileşimler önemlidir. Non-kovalent bağlar kovalent bağlardan 10-100 kat zayıf olmalarına rağmen esansiyeldir, yaşamın devamlılığı için sürekli yıkılır ve tekrar oluşturulurlar.

Bağ enerjileri skalası

Moleküllerin Polaritesi
* Bir molekülün şekli ve bağlarının polaritesi moleküldeki yük dağılımını tayin eder. * Bir molekülün pozitif ve negatif merkezleri çakışmadığı zaman polar olarak adlandırılır. * Bir polar molekülün bir ucu bir parça negatif yüklü, diğer ucu da bir parça pazitif yüklüdür. * Polar olmayan molekül apolar olarak adlandırılır.
“δ+” ve “δ-” polar bir moleküldeki kısmi pozitif ve negatif yükleri gösterir.

Moleküllerin Polaritesi (devam)
* Polar moleküller elektrik alanda belli bir düzene girerler. * Bir polar molekülün negatif ucu ile diğer polar molekülün pozitif ucu birbirini çeker. * Polar moleküller aynı şekilde iyonları da çeker. Polar bir molekülün negatif ucu pozitif iyon tarafından çekilir ve pozitif uç da negatif bir iyon tarafından çekilir. * Aynı büyüklükteki iki zıt yük belli bir mesafe ile ayrıldığı zaman bir dipol oluşur. Dipolün büyüklüğü dipol moment ile ölçülür ve μ ile gösterilir.

Non-kovalent etkileşim tipleri
Etkileşim Tipi Model Örnek

Dipol: Tek bir molekül içindeki yüklerin ayırımı

Non-kovalent etkileşim tipleri
Etkileşim Tipi Model Örnek

KİMYASAL BAĞLAR
Elementlerin atomları diğer atomlara bağlanarak daha kompleks ve yeni moleküller oluşturabilirler. İki veya daha fazla atomu bir arada tutan çekim kuvvetine kimyasal bağ denir. Kimyasal Bağlar: ♣ İyonik bağlar ♣ Kovalent bağlar ♣ Hidrojen bağları ♣ Molekül veya Van der Waals bağları

Hidrojen bağı: Donör grupta(-O-H yada N-H gibi) kovalent bağlı bir H atomu ve bir akseptör grup üzerindeki (O=C- yada N≡ gibi) bağ yapmayan bir çift elektron arasında oluşur.

Elektronegatif atom

İyonik bağ: Atomların kararlı bir yapıya ulaşmaları için dış elektron tabakasındaki elektronlarını tamamlaması gerekir. Bir veya birkaç elektronun bir atomdan ayrılıp diğer atoma geçmesi ile pozitif ve negatif yüklü iyonlar arasında elektrik yüklü taneciklerin birbirini çekmesi ile iyonik bağ oluşur.

Yüklü Gruplar Biyolojik Tanıma için esansiyeldir.
Proteinler: amino asitler Membranlar: yağ asitleri Yüklü gruplar ; 1. protein ve membran yapılarının kararlılığı 2. Proteinlerin suda çözünürlüğü 3. Enzim-substrat veya protein-protein tanınması ….açısından esansiyeldir.

Kovalent bağ: İyonik bağdakinin aksine, birçok durumda elektron transfer edilmeyip iki atom arasında ortaklaşa kullanılır ve oluşan bağa kovalent bağ denir.

Van der Waals bağları: Moleküller veya atomlar birbirlerine yaklaştıklarında dış elektron orbitalleri çakışır ve aralarında bir itme olur. Bu itme merkezler arasındaki uzaklık azaldıkça çok hızlı olarak artar.

Biyomakromoleküllerdeki Tipik Non-kovalent Etkileşimler

HİDROJEN BAĞLARI
♣ Hidrojen bağları biyokimyada oldukça önemlidir. ♣ Tek bir H atomunun O veya N gibi iki elektronegatif atom arasında ortaklaşa kullanılmasıyla oluşur. ♣ H; bir O veya N atomuna kovalent bağlanabilir. Polariteden dolayı elektronlar O ve N atomuna H den daha yakın bulunurlar. ♣ Elektropozitif hale gelen H başka bir elektronegatif atom tarafından çekilir ve bağ oluşur.

Hidrojenin kovalent olarak bağlandığı atoma hidrojen bağı donörü, bağ yapmamış elektron çifti içeren atoma hidrojen bağı akseptörü denir.

Biyolojik moleküllerde bulunan önemli hidrojen bağı tipleri.

Hidrojen Bağına Örnekler

ÇÖZGEN OLARAK SU
Su, üniversal bir intraselüler ve ekstraselüler ortam yaratan polar bir çözgendir. İki önemli özelliği; H bağı yapma eğilimi ve dipolar karakteridir. Kimyasal Formül; H2O

Suyun Yapısı ve Özellikleri
• Biyokimyasal reaksiyonların hemen hemen hepsi sulu ortamda gerçekleşir. • H2O: Basit bir molekül olmasına rağmen değişik özelliklere sahiptir.
– – – – – Yüksek Vizkozite Yüksek Kaynama Noktası Yüksek Buharlaşma Isısı Büyük sıcaklık aralığında sıvı Polar ve yüklü maddelerin çözünmesine uygun, non-polar maddelerin çözünmesinde uygun değil.

Su Molekülünün Yapısı

Tetrahedral Hidrojen atomları kısmi pozitif yüke sahiptir. Oksijen; 2 bağlanmamış elektron çifti içerir.

Suyun Özellikleri
• Şekli (veya yapısı), fonksiyonunu belirler. • Su; iyonik maddeler(tuz) non-iyonik fakat polar (şekerler, alkoller, aminler, aldehitler ve ketonlar) için iyi bir çözücüdür. • Dielektrik Sabiti D: Suyun; iyonları dipol etkileşimleri ile sararak, elektrostatik çekimleri azaltma yeteneği dielektrik sabitinin bir ölçüsü olarak kabul edilir.

* Hidrojen bağları polar gruplar arasında oluşur. * Sudaki oksijen iyi bir H-bağı akseptörüdür ve hidrojenler Hbağı donörüdürler. * Böylece su; bir çok polar grup ile H-bağı oluşturabilir. (Örn: C=O, NH3, OH); * İnternal H bağları içeren moleküller suda çözündüğünde bu bağların bir kısmı yada çoğu su ile H bağı yapma eğiliminde olurlar.

İki su molekülü arasındaki Hidrojen Bağı

Bir su molekülünün kısmi pozitif yüklü Hidrojen atomu, kısmi negatif bağlanmamış elektron çifti içeren oksijeni çekerek bir hidrojen bağı oluşturur.

Su Molekülü ile Hidrojen Bağı
* Bir su molekülü aynı zamanda 4 hidrojen bağı oluşturabilir. * Su molekülünün oksijen atomu 2 hidrojen atomu için hidrojen bağı akseptörüdür. * Her bir O-H groubu hidrojen bağı donörüdür.

Suyun Özellikleri Yapısı ile İlişkilidir.
İnternal H bağları yapan moleküller (hidroksil bileşikleri, aminler, sülfidril bileşikleri, esterler, ketonlar) suda çözünürler ve hidrofilik olarak adlandırılırlar.

Fonksiyonel grupları H-bağı yapabilen moleküller Hidrofiliktir.
“hydrophilic”

Hidrojen bağı; istemli entalpiye katkıda bulunur.

Hidrofobik Etki
* Polar olmayan moleküller su içinde su molekülleri ile sarılarak kafes benzeri (clathrate) bir yapı oluştururlar. Bu koşullar altında non-polar moleküller birbiri ile etkileşime girer ve buna hidrofobik etkileşim adı verilir. Diğer bir deyişle iki non-polar molekül su içinde birbirine yakın olma eğilimindedirler. * Hidrofilik maddelerin çözünürlüğü su molekülü ile olan etkileşimin enerjetik olarak istemli olmasına bağlı olduğundan hidrokarbonlar gibi non-polar ve non-iyonik maddeler H bağı yapamazlar ve dolayısı ile hidrofobik olarak adlandırılırlar.

Hidrofobik Etki
• Polar olmayan bir madde suya eklendiğinde ne olur?
– Non-polar moleküller: zayıf hydrogen bağı – Non-polar moleküller: saf suyun hidrojen bağı ağlarını bozar – Su molekülleri yeni H-bağlarının sayısını maksimize etmek için yeniden yapılanırlar: (entropi-istemsiz)

Hidrofobik Etki

* Non-polar moleküllerin su içinde birbirleri ile etkileşim eğilimleri hidrofobik etki olarak tanımlanır. * Buradaki etkin kuvvet artan çözgen entropisidir. * Protein katlanması ve membran kararlığı açısından son derece önemlidir.

Buzun moleküler yapısı

* Buz formundaki su molekülleri her bir su molekülünün 4 hidrojen bağı yaptığı bir ağ yapısındadır. * Hidrojen bağlarının geometrik düzeni buz kristalinin dayanıklılığına katkıda bulunur.

* Su iyonik bileşikler için de mükemmel bir çözücüdür. * Bu suyun dipolar özelliğindendir. Su dipolleri sulu ortamda katyon ve anyonlarla etkileşerek iyonlar hidrate olur ve su molekülleri iyonların etrafında bir hidrasyon tabakası oluşturur. * NaCl suda kolay çözünür. * Na+ ve Cl- iyonları kristal yapıdan ayrılırken, bu iyonlar ile dipolar su molekülleri arasındaki non-kovalent etkileşim her bir iyonun etrafında bir hidrasyon tabakası oluşumu ile sonuçlanır.

İyonik bileşiklerin suda iyi çözünmesi iki faktör ile açıklanabilir: a) Hidrasyon tabakasının oluşumu enerjetik olarak istemlidir. b) Suyun yüksek dielektrik sabiti zıt yüklü iyonlar arasındaki elektrostatik gücü azaltır.

Amfipatik moleküller ise hem hidrofobik hem de hidrofilik özellik gösteren maddelerdir. Sulu ortamda bu moleküller tek tabaka, misel veya veziküller oluşturur.

Amfipatik moleküller

• Asit-baz davranışı
– Kuvvetli asitler/bazlar – Zayıf asitler/bazlar
• pKa • pH ve pKa arasındaki ilişki

SUYUN İYONİZASYONU ve pH SKALASI
Su esansiyel nötral bir moleküldür ve iyonize olma eğilimindedir: H2O + H2O <=> H3O+ + OHHem zayıf asit hem de zayıf baz gibi davranır. Bir su molekülü diğerine bir proton transfer edip hidronyum iyonu ve hidroksil grubu oluşturabilir ve bu nedenle su hem proton donörü hem de akseptörüdür.

Asit-Baz Davranışı
Asit = proton donörü; Baz = proton akseptorü AH + H2O BH+ + H2O A- + H3O+ B + H3O+ pH = 7

pH = -log [H3O+] Bu durumda; [H3O+] = 10-7 M,

H2O <=> H+ + OHSuyun 25oC’deki iyonizasyon sabiti;Kw = [H+][OH-] = 1 x 10-14 M

[H+] pH olarak ifade edilirse;

pH = -log[H+]

Suda Asit-Baz Davranışı
Kuvvetli asitler suda tamamen dissosiye olurlar: HCl + H2O NaOH H3O+ + ClNa+ + OH-

Zayıf asitler ise sadece kısmi olarak dissosiye olurlar; CH3COOH + H2O
(asit) (baz) (konjuge baz) (konjuge asit)

CH3COO- + H3O+

HA gibi bir zayıf asit için;
HA HA; A- ; H+ + A-

proton donörü proton akseptörü

HA/A- ; Konjuge asit/ konjuge baz
Zayıf asitler tamamen dissosiye olmazlar. Çözeltide konjuge bazları ile bir arada bulunurlar.

Kdiss ve Keq
Kdiss : asit dissosiyasyonu için denge sabiti Kdiss = [CH3COO-][H3O+]/[CH3COOH][H2O] = 3.17 x 10-7 M asetik asit için Ka = Kdiss[H2O] = [CH3COO-][H3O+]/[CH3COOH] = 1.76 x 10-5 M

pKa = -log Ka = 4.75

(Henderson-Hasselbach Eşitliği)
HA + H2O • • • • A- + H3O+ Ka = [A-][H3O+ ]/ [HA] log Ka =log[H3O+] + log([A-] / [HA]) -log[H3O+ ]= -logKa + log([A-] / [HA]) pH = pKa + log([A-] / [HA])

pKa ve pH Arasındaki ilişki

Henderson-Hasselbach Eşitliği
pH = pKa + log([A-] / [HA])

pH = pKa, pH >> pKa, pH << pKa,

[A-] = [HA] [A-] >> [HA] [HA] >> [A-]

TAMPON SİSTEMLERİ
Tamponlar; ortama çok az miktarda asit(H+) veya baz(OH-) ilave edildiğinde, pH’daki değişimlere karşı koyan sulu sistemlerdir. Bir tampon sistemi, zayıf bir asit ve onun konjuge bazından oluşur ve sistem H.Hasselbach eşitliği ile açıklanır

İYONİK DENGE
Asitler ve Bazlar

pH: acid < 7, base > 7

pH: acid < 7, base > 7

To maintain the pH near neutrality, buffers typically are present in media.

Vücut sıvılarının çoğunun pH’sı 6.5-8.0 aralığında olup fizyolojik pH sınırı olarak bilinir.

Zayıf Asitlerin Sulu Solüsyonlarda 25oC de Disosiyasyon Sabitleri ve pKa Değerleri
Ka = (H+) (A-) / (HA) pKa = -logKa

Fosforik asit (H3PO4) Titrasyon Eğrisi
Ka = (H+) (A-) / (HA) & pKa = -logKa

Asetik asitin (CH3COOH) sulu baz (OH-) ile titrasyonu

[CH3COOH] = [CH3COO-] ve pH=pKa
Bir solüsyonun pH değişimine direnç göstermesi tamponlama kapasitesi olarak tanımlanır.

Karbonik asit ve konjuge bazlarının pH’ya göre değerlendirilmesi

pH 7.4 deki sulu bir solüsyonda(kan pH’sı), Karbonik asit(H2CO3) ve bikarbonat (HCO3-) konsantrasyonları belirli bir düzeydedir, ancak karbonat (CO3-2) konsantrasyonu ihmal edilebilir.

Memelilerde Kan pH sının düzenlenmesi

ÇOKLU İYONİZE OLABİLEN GRUP İÇEREN; AMFOLİTLER, POLİAMFOLİTLER VE POLİELEKTROLİTLER
Amfolitler hem asidik hem de bazik gruplar içeren moleküllerdir. Örn; proteinlerdeki aminoasitler amfolit özelliktedir. Çünkü, bir asit gibi davranan bir karboksil ve bir baz gibi davranan amino grubu taşırlar.

.

Proteinler gibi büyük moleküller bir çok asidik ve bazik grup içerdiklerinden poliamfolit olarak tanımlanırlar. Çok sayıda sadece pozitif yada sadece negatif yük içeren bazı makromoleküllerde polielektrolit denir.
(Örn:Negatif yüklü nükleik asitler ve pozitif yüklü polilizin vb.)

ÇÖZELTİDEKİ MAKROİYONLAR ARASINDAKİ ETKİLEŞİMLER
Nükleik asit gibi büyük polielektrolitler ve proteinler gibi poli-amfolitler makroiyonlar olarak sınıflandırılırlar. Böyle yüklü partiküller arasındaki itme-çekme elektrostatik kuvvetleri bunların çözeltideki davranışlarını belirlemede rol oynar.

Makroiyonlar arası elektrostatik etkileşimler

BİYOENERJETİK
Yaşayan hücre büyür, hareket eder, kompleks makromolekülleri sentezler ve kompartmanlar arası transferi sağlar ve bunlar içinde enerjiye gerek duyar. Biyoenerjetik organizmaların enerjiyi nasıl kazandıkları ve kullandıkları ile miktarsal olarak ilgilenen, ayrıca termodinamik ile de ilişkili olan bir alandır.

BİYOENERJETİK
• Biyokimyasal bir proses ısı oluşturabilir veya ısıyı çevresinden absorblayabilir. • Bir reaksiyonun sürekliliği toplam serbest enerji değişimine bağlıdır. Serbest enerji;
sıcaklık

ΔG = ΔH – T ΔS
Serbest enerji entalpi

entropi

Termodinamik Sabitler ve Birimler
Boltzman sabiti Avagadro sayısı Faraday sabiti Gaz sabiti ΔG ve ΔH birimleri ΔS birimi Sıcaklık(T) k = 1.381 x 10-23 J/K N = 6.022 x 10-23 mol-1 J = 96.480 J/V.mol R = 8.315 J/mol.K J/mol (cal/mol) J/mol (cal/mol.K) Kelvin(K) (25oC = 298 K)

ENERJİ, ISI VE İŞ
Bir kimyasal reaksiyonda oluşan enerji değişimlerini tanımlayan üç termodinamik miktar mevcuttur: 1) Gibbs serbest enerjisi(G) 2) Entalpi(H) 3) Entropi(S) Gibbs serbest enerjisi(G): Sabit basınç ve sıcaklıktaki reaksiyonda iş yapabilme gücünün enerjisidir. Bir reaksiyonda; ♣ Sistemden serbest enerji salınırsa serbest enerji değişimi(ΔG) negatif ve reaksiyon ekzergonik, ♣ Sistem serbest enerji kazanırsa serbest enerji değişimi(ΔG) pozitif ve reaksiyon endergoniktir.

• ATP hidrolizi gibi bir ekzergonik reaksiyon bir
endergonik reaksiyonun yürütülmesinde kullanılabilir.

• Diğer ekzergonik reaksiyonlar yada prosesler ATP
sentezinde(endergonik) kullanılabilir.

Entalpi(H): Reaksiyon sisteminin ısı miktarıdır. Bir reaksiyon;
♣ Isı salar ise entalpi değişimi(ΔH) negatif ve

reaksiyon ekzotermik,
♣ Çevreden ısı alır ise entalpi değişimi(ΔH)

pozitif ve reaksiyon endotermiktir. Entropi(S): Sistemdeki düzensizliğin bir ölçüsüdür. Reaksiyon ürünü reaktantlardan daha düşük komplekslikte ve daha düzensiz ise reaksiyon entropi kazanır.

ΔG = ΔH – T. ΔS

İÇ ENERJİ (E): Sistemin durumunun bir fonksiyonudur. Termodinamik hal üç değişkenden ikisinin değişebilir olması ile tanımlanır: Sıcaklık(T), basınç(P) ve hacim(V). Sistem izole değilse enerji değişimi çevresel faktörlerden etkilenir ve iç enerji değişir. Bu da iki yol ile olur: 1) Isı sistemden veya sisteme transfer edilir 2) Sistem çevreyle ilişkili çalışabilir veya sistemde çalışabilir. ISI(q): q(+) ise sistemin çevreden ısıyı absorbladığını, q(-) ise ısının sistemden çevreye aktığını gösterir. İŞ(W): W(+) ise işin sistem tarafından yapıldığını, W(-) ise çevrenin sistem üzerinde çalıştığını gösterir.

YÜKSEK ENERJİLİ FOSFAT BİLEŞİKLERİ (Biyolojik sistemlerdeki serbest enerji kaynakları)
Hücre içerisinde yüksek negatif serbest enerji değişimlerine sebep olan bileşiklere hücrenin serbest enerji depoları denir. Bunların hidroliz serbest enerjileri negatif çok yüksek bir değerdir.

Fosfoenolpiruvat + ADP + H+ → Piruvat + ATP

Kreatin + ATP → Kreatinfosfat + ADP

NDP + ATP → NTP + ADP

Biyokimyasal olarak önemli bazı fosfat bileşiklerinin hidroliz reaksiyonları

SERBEST ENERJİ KAYNAĞI OLARAK ATP

ATP hidrolizi iki yolla olur: Terminal fosfat grubu ayrılır ve ADP ile Pi oluşur, yada ayrılma ikinci fosfodiester bağından olur ve AMP ile PPİ oluşur. ATP hidrolizi oldukça ekzergoniktir (ΔG o’ = -30kj/mol). Hücrelerdeki ATP’nin çoğu Mg-kompleksi halinde (MgATP-2) bulunur.

Serbest enerji değişimlerinin büyüklüğüne etki eden faktörler: 1) Fosfat ürünlerinin rezonans stabilizasyonları 2) Hidroliz ürünlerinin ilave hidratasyonu 3) Yüklü ürünler arasındaki elektrostatik itme 4) Ürün moleküllerinin zenginleştirilmiş rezonans stabilizasyonu 5) Tamponlanmış çözeltilerde proton ayrılması