Biyokimya I 5.

Proteinler

F. Zihnioğlu

Proteinler
Amino asitlerin kopolimerleri

• 20 farklı amino asit: birçok kombinasyon • Proteinler Ribozom’larda sentezlenirler.

Proteinler
Kataliz Yapı Hareket Savunma Regülasyon Transport Depo Strese Yanıt

PROTEİNLER
FİBRİLER PROTEINLER: Yapı Destek Kollagen (kemik) Elastin (bağ doku) Proteoglikanlar(kemik) Keratin (saç, deri) Gerilme direnci Elastik direnç Elastik direnç Eksternal koruma

GLOBULER PROTEINLER: Enzimler Tripsin (ince barsak) protein hidrolizi Lizozim (göz yaşı) Antibactericidal Transporterlar Hemoglobin (kan) Oksijen transport Transferrin (kan) Demir transportu Koruma Immunoglobulinler(kan) İmmun cevap Hormonlar Insulin (pankreas) Glukoz düzenleyici Ve DNA-bağlama, Depo, Toksinler, Hücre Sinyal Mek. , vb…… HİBRiD (Karışık) FİBRİLER-GLOBULER PROTEINLER: Kasılma Aktin (kas) İnce filament Miyosin (kas) Kalın filament Koruma Fibrinojen (kan) Pıhtılaşma

“Protein”
Bir veya daha fazla polipeptid zinciri; Bir polipeptid zinciri - monomerik protein Birden fazla - multimerik protein Homomultimer – tek tip zincir Heteromultimer – iki veya daha fazla farklı zincir. Örn:Hemoglobin, heterotetramer iki alfa zinciri iki beta zinciri

Proteinler
SINIFLANDIRMA :
* Farklı tipteki proteinlerin karakterizasyonu * tam olarak doğru tek bir sistem yok

Fiziksel; çözünürlük (tuz çözeltilerinde) Kimyasal Yapılarına Göre;
-Basit proteinler – sadece amino asitleri içeren -Konjuge proteinler – protein olmayan kısımlar içeren; “proteid”

Proteinlerin yapısında yer alan diğer kimyasal gruplar
Konjüge Proteinler
Eğer protein olmayan kısım protein fonksiyonunda önemli ise prostetik grup olarak tanımlanır. Glikoprotein, lipoprotein, nükleoprotein, fosfoprotein, metalloprotein, hemoprotein, flavoprotein.

Proteinler
Fonksiyonel Proteinler – Biyolojik aktivite a) Pasif – Yapısal Proteinler b) Dinamik - enzimler (katalizörler), reseptörler, membran kanalları, transkripsiyon faktörleri, aktivite

Biyolojik fonksiyonlarına göre proteinler;
• Membranların yapısında • Kas ve bağ dokunun yapısında(aktin, miyosin) • Transport mekanizmasında(hemoglobin, miyoglobin) • Kan dolaşımında(antikorlar, fibrinojen) • Enzimler ve hormonlar (insulin, glukagon)olarak
metabolik olayların düzenlenmesinde

• Nükleoproteinler olarak genetik yapıda • Vücut savunma mekanizmasında • Besin ve depo proteinleri olarak(ovalbumin, kazein)

Proteinin Şekline Göre Proteinler
1. Skleroproteinler: Suda çözünmezler, ipliksi ve lifsi yapıdadırlar. Destek ve iskelet materyalidirler. (örn: keratin (tırnak, saç vb.) 2. Globüler proteinler: Nötral tuz çözeltisinde çözünürler, küresel yapılıdırlar. Saf suda çözünen globuler proteinler ALBUMİN olarak adlandırılırlar.
Hücrelerdeki kimyasal işin(sentez, transport ve metabolizma) çoğunu küresel yapılı globüler proteinler gerçekleştirir. Çoğu, proteine kovalent veya nonkovalent olarak bağlanan bir prostetik grup taşır.

HÜCRE VE DOKULARIN YAPISAL MATERYALİ OLARAK FİBRÖZ (SKLERO)PROTEİNLER
Fibriler proteinler hayvan hücre ve dokularında yapısal öneme sahiptir. Polipeptid zinciri bir eksen boyunca helezonlar yaparak ya da tabakalar oluşturarak uzun fibriler bir yapı meydana getirir. Suda ve seyreltik tuz çözeltilerinde çözünmezler. Genelde bağ dokunun temel yapısal elementidirler. Fibroin, keratin, kollojen ve elastin örnek verilebilir. Aminoasit içerikleri farklılıklar gösterir.

Protein Yapısının Organizasyonu
Primer Yapı (1º); Amino asitlerin dizilimi Sekonder Yapı (2º) R-grupları dikkate alınmaksızın zincirin uzaydaki yönelimi Tersiyer Yapı (3º) R-grupları da dikkate alınarak zincirin uzaydaki üç boyutlu yapısı Kuarter Yapı (4º) Birden fazla polipeptid zincirinin bir arada bulunmasıyla oluşan yapı (alt birim / subunit)

Primer Yapı

Sekonder Yapı

Tersiyer Yapı

Kuarter Yapı

Amino asitler

α Helix

Polipeptid zinciri

Altbirimlerin biraraya gelmesi

Proteinlerin Primer Yapısı
Protein Dizileri
+H N 3 Val Glu Ala Phe COOis not the same as +H N 3 Phe Ala Glu Val COO-

• 20 farklı amino asit: bir çok kombinasyon

n sayıda AA içeren bir protein; 20n mümkün olan dizi!
100 AA’lik protein; 20100 olasılık = 1.3 X 10130!

İnsan genomu yaklaşık 30,000-40,000 dizi
Farklı kurallar olmalı!

Protein Dizileri - Uzunluk
*Genelde 100-1000 amino asit
Minimum uzunluk; bir fonksiyon yerine getirmek yeteneğine bağlıdır: ~40 AA Maksimum uzunluk; kompleksliğe bağlıdır: DNA kodunun dönüşümü ve protein üretimindeki moleküler mekanizmalar mükemmel değildir. Eğer dizi çok uzun ise katlanmada bir çok hatanın oluşması söz konusu olabilmektedir.

Bir proteindeki Amino Asit Dizisi
Her bir protein için karakteristiktir. DNA’nın nükleotid dizisi ile şifrelenmiştir. Bu nedenle Genetik informasyonun formudur- “gen ürünleri” Amino terminalden başlıyarak karboksi terminale doğru dizi okunur.

Protein Dizilerinin Tabiatı
Dizi ve kompozisyon; protein fonksiyonu hakkında bilgi verir Membran proteinleri hidrofobik amino asitlerce zengindir, fibröz proteinler ise atipik dizilere sahiptir. Farklı organizmalardaki Homolog proteinler homolog dizilere sahiptir.

Protein Dizileri - Homoloji
İnsan Hemoglobininin b-Zinciri normal VAL-HIS-LEU-THR-PRO-GLU anemik VAL-HIS-LEU-THR-PRO-VAL GLU ve VAL arasındaki fark GLU negatif yük VAL non-polar (su ile bağ yapamaz) Farklı yük, proteine farklı yapı kazandırır. Hemoglobin kolloid aynı oksijen bağlama kapasitesine sahip olamaz. (Orak Hücre Anemisi)

Proteinlerin Sekonder Yapısı
Polipeptid iskeletinin uzaydaki düzenlenmesi Sekonder yapıda başlıca iki tip tekrarlayan yapı vardır. α-heliks ve β-tabaka. İskelet atomları arasındaki hidrojen bağları sekonder yapıdan birincil derecede sorumludur.

Proteinlerin Sekonder Yapısı
AA zincirinin uzayda düzenlenmesi En kararlı yapı - düşük enerji: tüm -NH grupları, hidrojen bağı ile -COgruplarına bağlanırlar
Tek bir zincirde: α--helix Tek bir zincirde: α helix İki zincir arasında: β-pleated sheet İki zincir arasında: β-pleated sheet o paralel o paralel o antiparalel o antiparalel

Hidrofobik etkileşimler de sekonder yapının oluşumunda etkindir.

Proteinlerin Sekonder Yapısı
Linus Pauling 20 amino asidin kristal yapılarının sistematik analzi sonucu protein yapısında uyulması gereken aşağıdaki prensipleri kabullenmişlerdir.
• Bağ uzunlukları ve açıları; amino asit ve peptidlerin X-ışınları difraksiyon çalışmalarında bulunan değerlerden mümkün olduğunca az sapmalıdır. İki atom birbirine van der Waals çaplarının izin verdiği kadar yaklaşabilir. Amid grubu düzlemsel ve trans konfugurasyonunda olmalıdır. Bazı kovalent olmayan bağlanma türleri düzenli bir katlanmaya kararlı kılmak için gereklidir. En belirgin olasılık amid protonları ve karbonil oksijenleri arasındaki hidrojen bağlarıdır.

• • •

Buna göre mümkün olalan yapılar: α-heliks ve β-tabaka

Sekonder Yapı Tipleri
Heliks Beta Tabaka
Paralel Anti-paralel α-heliks 310 heliks

Düzensiz sarmal Beta Döngü

α - heliks
Şekil; iskeletteki C=O ve N-H grupları arasındaki hidrojen bağları ile sağlanır R grupları sarmalın dışına doğru yönlenirler.

α - heliks

Hidrojen bağları heliks yapısının kararlılığında önemlidir.

Helikal Yapı
α - heliks
• AA/döngü: 3.6 • Yükseklik/AA: 1.5 Å(0.15 nm) • Yükseklik/döngü: 5.4 Å(0.54 nm) • (φ , ψ)= ~(-60º,-45º)

n = döngüde yer alan AA sayısı p = heliks döngü yüksekliği = nh α heliks yüksekliği = 0.15 nm/AA p = 3.6(AA/dönme) x (0.15 nm/AA) = 0.54 nm

Sağa ve Sola Dönen Heliksler
L-AA lerden oluşan tüm α heliksler sağa dönen helikslerdir. D-AA lerden oluşan tüm α heliksler sola dönen helikslerdir. D- ve L- AA karışımları heliks yapılarını oluşturmazlar.

Heliks Yapıları

n = döngüde yer alan AA sayısı, p = heliks döngü yüksekliği = nh
Döngü başına düşen amino asit artıklarının sayısı azaldıkça, yapı derece derece geniş heliksten düz kurdele(flat ribbon) formuna dönüşür. İleri aşamada aynı yöndeki aşamalı değişim helikslerin ters dönmesine neden olur. Aynı zıt dönme döngü başına 5 amino asit artığı söz konusu olduğu polipeptid helikslerinden de görülmektedir. Heliks kapalı bir halka oluşturmak için genişler. Bu yapıların hepsi polipeptidlerde bulunmaz. Örneğin; tek-zincir n=2 yapısı doğal olarak rastlanan bir yapı formu değildir.

Diğer Heliksler
Hidrojen bağlama modelleri

27 kurdele

310 heliks

α heliks

π heliks

Normal heliks modeli incelenirse, her bir karbonil oksijeninin, heliks üzerindeki dördüncü amino asit artığı üzerindeki amido protonu ile hidrojen bağı yaptığı görülür. Her bir heliks tipi bu gibi bir hidrojen bağlı haznede farklı sayıda atomları içerir ve bu sayı N olarak ifade edilir. Polipeptid heliksini tanımlamada en hızlı yol, nN değerinin bulunmasıdır. (n; amino asit artığı/dönme). 310 heliks bu tanımlamaya uymaktadır; dönme başına 3 amino asit artığı ve 10 üyeli hidrojen bağlı hazne bulunmaktadır. α-heliks yapısı; 3.613 ve π-heliks ise 4,416 heliks olarak bu şekilde ifade edilebilir.

310 zayıf α kuvvetli π zayıf

Alfa heliks...

Heliks Kararlılığı
Heliks oluşturma yeteneği polipeptiddeki amino asitlerin(yan zincirler) kısmi gerginliğine bağlıdır. Poliamino asitler ile yapılan çalışmalarda; (poli L, poli K, poli A, poli D) heliks oluşturma yetisinin amino asit yan zincir yüküne bağlı olduğu bulunmuştur. Poli L ve poli A; kuvvetli heliks oluşturuculardır. Poli D ve poli E form pH 7.0 da negatif yükleri nedeni ile birbirlerini iterler ve düzensiz yapılar oluştururlar. Düşük pH da, heliksler oluştururlar. Poly K ise sadece pH 11’in üstünde heliks oluşturur;bu pH da yan zincir nötral dir.

Heliks Kararlılığı
Prolin heliks kırıcıdır; Cα–N–C etrafındaki sınırlanmış rotasyon. φ açısı, tipik α-heliks yapıları ile örtüşmez. Bu nedenle prolin α-heliks kararlılığını bozan etki gösterir. Glisin; α-heliks yapılarında nadir rastlanan Amino asitlerdendir. R grubunun yokluğu nedeniyle peptid bağlarında daha fazla esneklik söz konusudur. Bu esneklik heliksi glisin artıklarının olduğu bölgelerde daha az rijit bir yapıda olmasını sağlayarak heliksin kırılmasına neden olur.

Beta-Tabaka(Katlanmış Yaprak)
β-tabaka yapısı; Pauling ve Corey (1951) tarafından α-helikslere alternatif yapılar olarak tanımlanmıştır. Doğal proteinlerin yapısında bulunmaktadır. α-heliks yapılarının aksine, β-tabakadaki peptid iskeleti yayılmış formdadır. Ayrıca, α-heliks yapılarının aksine hidrojen bağları zincirler arasındadır. Ancak Hidrojen bağlarının iskelet amid protonları ve karbonil oksijenleri arasında da oluşabileceği dikkate alınmalıdır. Alfa karbon atomunun tedrahedral tabiatı ve peptid bağının planar olması nedeni ile yayılmış yapı tabakalı(katlanmış)dır.

β-Tabaka
İki veya daha fazla yayılmış zincir yapısından oluşur. Her bir AA diğerine göre 180° rotasyona sahiptir.

R Gruplarının peptid iskelet tabakasına dikey konumda olduğu ve iskeletin üstüne ve altına yönlendiği; yüzeyden yüzeye farklanabileceği dikkate alınmalıdır.

β-Tabaka Tipleri
Zincirler; linear hidrojen bağlarının optimizasyonu için düzenlenirler. Bu düzenlenme, birbirlerine göre yönlenmeleri Paralel veya Antiparalel olabilir.
Paralel

Antiparalel

Antiparalel: Hidrojen bağları ile bağlı zincirler zıt yöndedir. Biri C → N yönünde iken diğeri N → C yönündedir. Paralel: Zincirler aynı yöndedir.

Amid hidrojenleri ve karbonil oksijenleri arasındaki hidrojen bağları ile kararlılık sağlanır.

Amid hidrojenleri ve karbonil oksijenleri arasındaki hidrojen bağları ile kararlılık sağlanır.
H-bağı: Paralel: beta-zincirler (0.325 nm iki amino asit arasında) Anti-paralel: beta-zincirler (0.347 nm iki amino asit arasında)
C H N O H N O R3 N H C R2 R3 N H O R2 H N O N O H N O R1 N H R0 N R1 N H O R0 O

C H N O H N R0 R3 N H O N H
N

N O H N R2 R1 O H N O R2
C

R1 N H O

O

R0 R3 N H O

β-Döngü(β-Turn)

Heliksler ve β- tabakalar tek yönelimli sekonder yapılardır. Globular proteinlerde yönelimin değişmesi yapılanma için gereklidir. Bu ise genelde β- döngüler ile gerçekleşir. Bir β-döngüde sıkı(gergin) bir hazne(loop); peptid iskeleti karbonil ksijeni ve zincir üzerindeki 3 AA artığının amid protonu arasında oluşan hidrojen bağı ile oluşur. Bu durumda 180° lik bir dönme meydana gelir.

β-Döngü(β-Turn)
Prolin ve glisin β- döngülerde sıklıkla görülen AA lerdir. lerdir Prolin; sabit φ açısı nedeni ile β- döngü oluşumunu gerçekleştirebilmektedir. Bu özellikle antiparalel yapıların oluşumunu destekler.
Glisin; yan grubu H olması nedeni ile bir çok yapıya kolaylıkla katılabilir. Prolin içermeyen bir çok peptid grubu trans konfigürasyonundadır (>99.95%). Prolin içeren peptid bağlarında yaklaşık 6% cis konfigürasyonu hakimdir ve bu 6%’nın çoğu da β-döngülerdir.

Düzensiz Sarmal
Tam olarak gerçek bir düzensiz yapı değil, sadece tekrarlanmayan yapılar. ‘Düzensiz’ sarmal herhangi bir proteinde sabit olarak bulunabilir.
Genelde ‘bağlayıcı hazne bölgesi olarak tanımlanır’ Yapı yan zincirlerin bağlanma türleri ile belirlenir(örn; hidrojen bağları gerekli değil)

Bazı polipeptid sekonder yapılarındaki parametreler

a)Bağlanma

polipeptid zincirleri arasında b)Sterik olarak mümkün,ancak protein yapılarında gözlenmez

α-Heliks

β-tabaka

Amino asitlerin proteinlerin sekonder yapılarında görülme sıklığı(%)

Süpersekonder Yapı (2° ve 3° Yapı Arası)
Protein Motifleri ve Domainleri
Protein motifleri α-helikslerin ve/veya β zincirlerin tekrar organize olmaları ile oluşan yapılardır (genelde sekonder yapıların olası agregatları) Protein domainleri büyük proteinlerdeki farklanan bölgelerdir ve birbirlerinden bağımsız olarak katlanırlar(Yapıdan bağımsız üniteler)

Genel Protein Motifleri

Protein Domainleri

Proteinlerin Tersiyer Yapısı
R-grupları da dikkate alınarak zincirin uzaydaki üç boyutlu yapısı
Sekonder yapıların/ motiflerin/domainlerin organizasyonu (Sekonder yapıların katlanması ve
paketlenmesi: genelde globular şekil)

AA lerin R grupları arasındaki etkileşimler ve bağlar ile stabilitesini korur optimizasyonu Spesifik 3 boyutlu yapılar

Proteinlerin Tersiyer Yapısı
Kararlılığı etkileyen faktörler
Hidrojen bağları İyonik etkileşimler; İyon çifti / tuz köprüleri Van der Waals etkileşimleri: fiks veya
indüklenmiş dipoller arasındaki zayıf, geçici elektrostatik etkileşimler.

Hidrofobik etkileşimler: non-polar R-gruplarının,
molekülün iç kısımlarına yönlenmesi ile su entropisinin artması

Disülfit bağları: kovalent etkileşimler-dönüşümlü

Hidrojen Bağları
Donör grupta(-O-H yada N-H gibi) kovalent bağlı bir H atomu ve bir akseptör grup üzerindeki bağ yapmayan bir çift elektron arasında oluşur.
1. Peptid bağını oluşturan –C=O ve H-N- grupları arasındaki hidrojen bağları; α-heliks veya beta konfigürasyonun oluşumunda etkindirler. 2. –C=O grupları ile serin ve treonindeki H-O- grupları arasındaki hidrojen bağları protein yapısının stabilizasyonunda önemli rol oynar. 3. Hidrojen köprü bağları kovalent bağın ancak % 5’i kadar kuvvetlidir. Ama iki protein molekülü(veya aynı molekülün farklı bölgeleri) arasında çok sayıda hidrojen bağı oluştuğundan çok etkilidirler. 4. 20 doğal amino asitten 11’i hidrojen bağı oluşumuna katılır.

Hidrojen Bağı
Peptid bağındaki karbonil ve Tirozin’in fenolik –OH grubu arasındaki H bağı

Peptid bağını oluşturan –C=O ve H-N- grupları arasındaki hidrojen bağları;

Hidrojen Bağı
Hidrojen bağı donörü olan amino asitler
Triptofan ve Arginin

Hidrojen Bağı
Hidrojen bağı donörü ve akseptörü olan amino asitler

Yan zinciri hem hidrojen bağı donörü hem de akseptörü olabilen amino asitler: Serin, treonin, asparagin ve glutamin Lizin, aspartik asit, glutamik asit, tirozin, histidin, N-terminal amino grubu ve C-terminal karboksil grubunun hidrojen bağı yapma kapasiteleri pH ile çok değişir. Bu gruplar pH ya bağımlı olarak akseptör veya donör olabilirler

İyonik Etkileşimler
“elektrostatik etkileşimler”
Negatif yüklü asidik amino asitler ile pozitif yüklü bazik amino asitler arasında Coulomb çekmesi sonucu bir etkileşim gerçekleşir.

R grupları iyonik olan AA ler tuz köprüleri üzerinden iyonik bağlar oluştururlar.

İyonik Etkileşimler
“elektrostatik etkileşimler”
Zıt yüklü Amino asitler arasında çekim örn; Aspartik asit ve Lizin

van der Waals Etkileşimleri
İki atom arasındaki elektron yük dağılımının bir sonucu olarak oluşur. permanent dipoleleri olan atomlar için: Dipol-dipol etkileşimleri (potensiyel enerji ~r-3) Dipole-indüklenmiş dipol etkileşimleri (potensiyel enerji ~r-5) permanent dipolleri olmayan atomlar için: Geçici yük dağılımı tamamlayıcı yük dağılımını indükler (dispersiyon veya London dispersiyon kuvvetleri) (potensiyel enerji ~r-6)
δ+ δ+
geçici dipol geçici dipol

δδδ+ δ-

δ+ δ+

geçici dipol geçici dipol

δδδ+ δ-

İki atom arasındaki itme ancak elektron blutlarının birbirine çakışacak kadar yaklaştığında söz konusudur.(potensiyel enerji ~r-12)

van der Waals Etkileşimleri
r0 = iki atomun van der Waals yarıçapları toplamı. Van der Waals Kuvvetleri; r> r0 olduğunda çekici r< r0 olduğund itici
Van der Waals potansiyeli Van der Waals Kuvvetleri

Bazı atomların Van der waals yarı çapları (nm) H 0.1 nm C 0.17 nm N 0.15 nm O 0.14 nm P 0.19 nm S 0.185 nm

r0

r0

r

Hidrofobik Etkileşimler
Polar olmayan R-gruplarının dispersiyon kuvvetleri ile birbirlerini çekmesi ile oluşur. Çok zayıf, ancak büyük alanda kollektif etkileşimler yapıyı kararlı kılar. Polar ve yüklü molekülleri /partikülleri iter pH dan etkilenmez

“İki hidrofobik grubun etkileşimi”

Hidrofobik Etkileşimler
Non-polar AA artıklarının solvent ile etkileşimlerini minimuma indirir. Böylece biyolojik makromoleküllerdeki non-polar bölgeler genelde molekül içine doğru yönlenirler(gömülürler). Ancak, polar olmayan AA ler proteinin yüzeyinde de bulunabilir. Bunlar; proteinprotein etkileşimlerinde rol oynarlar.

Hidrofobik bölge

Hidrofobik Etkileşimler

Disülfit Bağı: Kovalent Etkileşim
İki sistein amino asidindeki sülfür atomları arasındaki kovalent bağ Spesifik enzimler veya oksidasyon ajanları ile katalizlenir. Proteinin esnekliğini sağlar.
sistein sistein (oksidasyon)

moleküler çapraz bağlar inter ve intra
Polimerizasyon Siklizasyon
Disülfit bağı sistin

Amino Asitler Arasındaki Etkileşim Tipleri

Protein Katlanması - Chaperones
Proteinlerin sentez sırasında stabilizasyonları Protein katlanmasına yardımcı; doğru katlanma
Düzgün katlanmamış proteinler bazı hastalıklara neden olur; deli dana hastalığı, alzheimer vb.

Protein Katlanmasında Enerjetik
Bir globüler proteinin yapı stabilitesinde üç faktör rol oynar: 1) İstemsiz konformasyonel entropi 2) İntramoleküler yan grup etkileşimlerinden kaynaklanan entalpi 3) Molekül içindeki hidrofobik gruplaradan kaynaklanan istemli entropi

İstemli
Internal Etkileşimler

İstemsiz

ΔH
-TΔSconf

-TΔSsolvent (hidrofobik etki)

ΔGkatlanma

ΔG=ΔH-TΔS
Net ΔGkatlanma : Negatif; istemli

Denaturasyon
Peptid bağları koparılmadan proteinin doğal yapısının bozulması, biyolojik özelliklerinin kaybolması, fiziksel ve kimyasal özelliklerinin değişmesine Denaturasyon denir. Denaturasyon ile sekonder/tersiyer yapı bozulur. Denaturasyona neden olan faktörler:Denaturantlar
1. Kuvvetli asit veya baz 2. Organik çözgenler 3. Deterjanlar 4. İndirgeyici ajanlar 5. Tuz konsantrasyonları 6. Ağır metal İyonları 7. Aşırı T ve pH 8. Mekanik stres

Ribonuclease A’nın Denaturasyonu ve Renaturasyonu

Proteinlerin Kuarter Yapı
Çoklu tersiyer yapıların tek bir fonksiyonel kompleks oluşturmak için düzenlenmeleri

Birden fazla polipeptid zincirinin tersiyer yapıyı kararlı kılan etkileşimler (iyonik etkileşimler, hidrojen bağları, van der Waals etkileşimleri, hidrofobik etkileşimler ve disülfit bağları) ile bir arada bulunması ile kuarter yapılı proteinler oluşur. Böyle proteinlerdeki her bir peptid zincirine alt birim(subunit) denir.

Kuarter Yapı
Protein-protein etkileşimleri
Multimerler Homomultimerler/ heteromultimerler

Alt birimler arasındaki etkileşimler kooperatif çalışmaya olanak sağlar (domino etkisi)

Kuarter Yapı
Hemoglobin - 4 alt birim. İki identik "alpha" ve "beta" zincirleri (α2β2).

Kuarter Yapı
Hemoglobin: α2β2 veya (αβ)2

+
Tetramer Her bir alt birim: protomer

αβ dimerlerinin dimeri

Kuarter Yapı: Multimerik Yapılar
Bir çok farklı olasılık mümkün.

homotetramer α4 hekzamer α3β3 ; (αβαβαβ)

hekzamer α2β2γ2 Homodimerlerin trimeri

Heterodimerlerin trimeri (αβ)3

Kuarter Yapı: Multimerik Yapılar

Glutamine sentetaz Homododecamer (α12) Multimer başına 12 aktif bölge

Kuarter Yapı: Multimerik Yapılar

Bacteriophage phiX174) 120-mer (!)

α-Keratin
α-Keratinler; saç, yün, tırnak, pençe, tüy,boynuz, hooves, ve derinin dış tabakasında bulunur.
α-Keratin’in merkez yapısı: α-heliks çift-sarmal motifi 7 non-polar amino asit segmentinin tekrarlanması(hidrofobik yüzey)

1 zincir 2 zincir

4 zincir

Saç
~32 zincir

Bazı keratinler farklı zincirlerde Siteince zengindirler. Bu nedenle disülfit bağları içerirler. Saç ta disülfid bağlarının durumu saçın kıvırcık yada düz olmasını belirler.

İpek: Fibroin
Antiparalel β-tabaka yapısı Hidrofobik yan zincirler tabakanın bir yüzeyinde, hidrofilik olanlar ise diğer yüzeyde yer alırlar. Gerilmeye karşı dirençli İpek fibroininde küçük R gruplara sahip (Ala ve Gly) AA lerin tekrarlanması söz konusudur.

KOLLOJEN
Rijit, fibriler protein Bağ dokunun (kemikteki kement materyali, deri, tendon, kıkırdak doku, diş ve kan damarlarının) önemli bir bileşenidir. α- heliks yapıdadır. Ana birimi tropo-kollojendir. Üç peptid zinciri 3 lü heliks yapı oluşturmak üzere sarılır.

Kollajendeki temel amino asitler
Glisin(1/3), prolin ve modifiye amino asitler (4-hidroksi-prolin, 3-hidroksi prolin ve 5-hidroksilizin)
4-hidroksiprolin, 3-hidroksiprolin, ve 5-hidroksilizin

Bu amino asitler translasyon sonrası enzimatik olarak sentezlenirler; post-translasyonel modifikasyon

Üçlü Heliks

KOLLOJEN
Kollajen fiberleri Lys-lys çapraz bağları ile yapılarını korurlar.
O H2N CH C OH (CH2)4 NH3 Lysine oxidase H H O H2N CH C OH (CH2)3 C O O Aldehyde derivatives O H2N CH C OH (CH2)3 CH C C (CH2)2 O O H aldol cross-link

NH3 (CH2)4 H2N CH C OH O

C

(CH2)3 H2N CH C OH O

H2N CH C OH

ELASTİN
Yüksek oranda elastikiyete sahiptir, bağ dokunun çoğunda ve eklemlerde bulunur. Gly , Val ve Ala’ ce zengindir. Sıklıkla Lys yan zincirleri içerir ki bunların dördü birleşip desmozin çapraz bağı oluşturur.