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BIOMOLECULAS

PROTEÍNAS, ENZIMAS Y ÁCIDOS NUCLEICOS PROTEÍNAS
Las proteínas son esenciales en la química de la vida. Estas macromoléculas se emplean como componentes estructurales de las células y tejidos, así que el crecimiento, la restauración y el mantenimiento del organismo dependen del abastecimiento adecuado de esas sustancias. Algunas son enzimas, moléculas especiales que regulan miles de reacciones químicas distintas que ocurren en los seres vivos. Los elementos proteínicos constitutivos de cada célula son la clave de su estilo de vida. Cada tipo celular posee una distribución, cantidad y especie de proteínas que determina el funcionamiento y la apariencia de la célula. Una célula muscular difiere de otras en virtud de su gran contenido de proteínas contráctiles, como la miosina y la actina, a las que se debe, en gran parte su apariencia y su capacidad de contracción. La proteína llamada hemoglobina, que se encuentra en los glóbulos rojos o eritrocitos, se ocupa de la especializada función de transportar oxígeno. La mayor parte de las proteínas son específicas de cada especie; es decir, las proteínas varían un poco de una especie a otra, de manera que el complemento de cada una de ellas (determinado por las instrucciones de los genes) es el principal factor de las diferencias que median entre una especie y otra. Así, las proteínas en las células de un perro varían un poco con respecto a las de un zorro o a las de un coyote. Se cree que el grado de diferencia depende de las relaciones evolutivas. Los organismos vagamente relacionados tienen proteínas que difieren en forma más marcada, que las de aquellos entre los cuales se establece una relación evolutiva más estrecha. Algunas proteínas apenas son diferentes aún entre individuos de una misma especie, por lo que se considera que cada organismo es único, desde el punto de vista bioquímico. Sólo individuos genéticamente idénticos (gemelos idénticos o cepas de organismos cultivados en relación muy estrecha) presentan proteínas idénticas. Funciones biológicas de las proteínas Gracias a su gran hetereogeneidad estructural, las proteínas asumen funciones muy variadas. Describir las funciones de las proteínas equivale a describir en términos moleculares todos los fenómenos biológicos. Podemos destacar las siguientes:  Función enzimática. La gran mayoría de las reacciones metabólicas tienen lugar gracias a la presencia de un catalizador de naturaleza proteica específico para cada reacción. Estos biocatalizadores reciben el nombre de enzimas. La gran mayoría de las proteínas son enzimas.  Función hormonal. Las hormonas son sustancias producidas por una célula y que una vez secretadas ejercen su acción sobre otras células dotadas de un receptor adecuado. Algunas hormonas son de naturaleza proteica, como la insulina y el glucagón (que regulan los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas segregadas por la hipófisis como la hormona del crecimiento, o la calcitonina (que regula el

metabolismo del calcio).  Reconocimiento de señales químicas. La superficie celular alberga un gran número de proteínas encargadas del reconocimiento de señales químicas de muy diverso tipo (figura de la izquierda). Existen receptores hormonales, de neurotransmisores, de anticuerpos, de virus, de bacterias, etc. En muchos casos, los ligandos que reconoce el receptor ( hormonas y neurotransmisores) son, a su vez, de naturaleza proteica.  Función de transporte. En los seres vivos son esenciales los fenómenos de transporte, bien para llevar una molécula hidrofóbica a través de un medio acuoso (transporte de oxígeno o lípidos a través de la sangre) o bien para transportar moléculas polares a través de barreras hidrofóbicas (transporte a través de la membrana plasmática). Los transportadores biológicos son siempre proteínas.  Función estructural. Las células poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica que constituye un armazón alrededor del cual se organizan todos sus componentes, y que dirige fenómenos tan importantes como el transporte intracelular o la división celular. En los tejidos de sostén (conjuntivo, óseo, cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de colágeno forman parte importante de la matriz extracelular y son las encargadas de conferir resistencia mecánica tanto a la tracción como a la compresión  Función de defensa. La propiedad fundamental de los mecanismos de defensa es la de discriminar lo propio de lo extraño. En bacterias, una serie de proteínas llamadas endonucleasas de restricción se encargan de identificar y destruir aquellas moléculas de DNA que no identifica como propias (en color blanco en la figura de la derecha). En los vertebrados superiores, las inmunoglobulinas se encargan de reconocer moléculas u organismos extraños y se unen a ellos para facilitar su destrucción por las células del sistema inmunitario  Función de movimiento. Todas las funciones de motilidad de los seres vivos están relacionadas con las proteínas. Así, la contracción del músculo resulta de la interacción entre dos proteínas, la actina y la miosina. El movimiento de la célula mediante cilios y flagelos está relacionado con las proteínas que forman los microtúbulos  Funciones de reserva. La ovoalbúmina de la clara de huevo, la lactoalbúmina de la leche, la gliadina del grano de trigo y la hordeína de la cebada, constituyen una reserva de aminoácidos para el futuro desarrollo del embrión.  Funciones reguladoras. Muchas proteínas se unen al DNA y de esta forma controlan la transcripción génica. De esta forma el organismo se asegura de que la célula, en todo momento, tenga todas las proteínas necesarias para desempeñar normalmente sus funciones. Las distintas fases del ciclo celular son el resultado de un complejo mecanismo de regulación desempeñado por proteínas como la ciclina  Otras funciones. Los fenómenos de transducción (cambio en la naturaleza físicoquímica de señales) están mediados por proteínas. Así, durante el proceso de la visión, la rodopsina de la retina convierte (o mejor dicho, transduce) un fotón luminoso (una señal física) en un impulso nervioso (una señal eléctrica) y un receptor hormonal convierte una señal química (una hormona) en una serie de modificaciones en el estado funcional de la célula.

Las proteínas se componen de carbono. llamado carbono alfa. Los aminoácidos difieren en su grupo R o cadena lateral unida al carbono alfa.disociado. Los aminoácidos puestos en una solución de pH neutro se comportan como iones dipolares.Aminoácidos Es esencial tener un conocimiento básico acerca de la química de las proteínas. Los veinte tipos distintos de aminoácidos que se encuentran en condiciones normales en las proteínas contienen un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH) unidos al mismo átomo de carbono. Los átomos de estos elementos suelen formar subunidades moleculares denominadas aminoácidos. para entender la nutrición y otros conceptos del metabolismo. el aminoácido más simple presenta un hidrógeno como grupo R o cadena lateral. Gracias a los grupos amino y carboxilo de una proteína. Según se mencionó. azufre. Por tanto. cada aminoácido puede presentarse en dos enantiómeros distintos. Sin embargo los de los seres vivos son casi exclusivamente L-isómeros. oxígeno. El carbono alfa de un aminoácido es un carbono asimétrico. o imágenes en espejo. por lo tanto. hidrógeno. Esta es la forma en que se comportan en el pH celular. Una excepción serían los pocos aminoácidos D presentes en los antibióticos producidos por los hongos. Los aminoácidos se agrupan en la figura según las propiedades de sus cadenas . desempeña las funciones de un importante amortiguador biológico. la alanina un grupo metilo (CH3). nitrógeno y a veces. resiste cambios en la acidez o alcalinidad y. Ambas imágenes se Ilaman L-isómero y D-isómero. La glicina. Cuando se sintetiza un aminoácido en el laboratorio se produce una mezcla de isómeros L y D. al encontrarse ésta en una solución. El grupo amino (NH2) acepta un protón hasta convertirse en -NH3+ y el grupo carboxilo dona un protón convirtiéndose en -COO. la solución de un ácido y su base conjugada sirve de amortiguador y resiste cambios en el pH cuando se agrega un ácido o una base.

Los aminoácidos básicos tienen carga positiva debido a la disociación del grupo amino en su cadena lateral. Estos se producen por la modificación de aquéllos. Los aminoácidos con cadenas laterales no polares son hidrófobos. del hueso y de otros tejidos conectivos. las plantas sintetizan todos sus aminoácidos a partir de sustancias más simples. al formar parte de una proteína. Los aminoácidos ácidos tienen cadenas laterales con un grupo carboxilo. en tanto que aquéllos con cadenas laterales polares son hidrófilos. Las cadenas laterales ácidas o básicas son iónicas y por tanto. algunas proteínas contienen otros aminoácidos menos comunes. Las células humanas y animales fabrican algunos de importancia biológica. la lisina y la prolina pueden convertirse en hidroxilisina e hidroxiprolina respectivamente después de incorporarse al colágeno. aunque no todos. que es uno de los principales componentes del cartílago. el grupo carboxilo se disocia de manera que el grupo R tiene una carga negativa.laterales. Estos aminoácidos dan origen a enlaces cruzados entre las cadenas peptídicas del colágeno. Dichos enlaces aportan la firmeza y la fuerza de las moléculas del colágeno. Por ejemplo. Cuando . Las cadenas de polipéptidos se forman a partir de aminoácidos Los aminoácidos se combinan por medios químicos unos con otros enlazando el carbono del grupo carboxilo de una molécula con el nitrógeno del grupo amino de otra. En el pH celular. Los animales tienen distintas capacidades de biosíntesis. deben obtenerlos en la dieta: éstos son los llamados aminoácidos esenciales. El enlace covalente que une dos aminoácidos se denomina enlace peptídico. Con excepciones. lo que para un animal es un aminoácido esencial. Aquellos que los animales no pueden sintetizar. Además de los veinte aminoácidos conocidos. si cuentan con la materia prima necesaria. para otro puede no serlo. son hidrófilas.

Los veinte tipos que se encuentran en las proteínas biológicas podrían considerarse como letras de un alfabeto de proteínas. tipo y secuencia de los aminoácidos que la conforman. Puede formarse una variedad casi infinita de moléculas proteínicas. Una proteína se forma por una o varias cadenas de polipéptidos.dos aminoácidos se combinan. Un polipéptido contendrá cientos de aminoácidos unidos en un orden lineal específico. . se forma un dipéptido. de manera que cada proteína sería una palabra formada por distintas letras. Estructura de las proteínas: niveles de organización Las cadenas de polipéptidos que forman una proteína se encuentran enrolladas o plegadas de modo que forman una macromolécula con una conformación específica. una cadena más larga recibe el nombre polipéptido. El elaborado proceso por medio del cual se sintetizan polipéptidos se tratará más adelante. Debe aclararse que una proteína difiere de otra en cuanto al número.

hormona secretada por el páncreas. Por ejemplo. las cadenas de polipéptidos están dispuestas en láminas largas. La forma de una proteína hormonal le permite combinarse con su receptor en el sitio de la célula blanco. Estructura primaria La secuencia de aminoácidos en una cadena de polipéptidos determina su estructura primaria. En las proteínas fibrosas. La insulina.) Las proteínas se clasifican en fibrosas o globulares. La mayor parte de las enzimas son proteínas globulares. algunos investigadores determinaron la secuencia exacta de los aminoácidos que constituyen una molécula de proteína. se especifica por la información genética. en las proteínas globulares las cadenas de polipéptidos se encuentran plegadas en forma estrecha a fin de producir una molécula compacta. La insulina contiene 51 unidades de aminoácidos unidos en dos cadenas enlazadas. (La célula sobre la cual la hormona está diseñada para actuar. Hay varios niveles de organización en una molécula proteínica: primario. Esta conformación determina la función de la proteína. Esta secuencia.tridimensional. secundario. Estructura secundaria . sustancia que dicha enzima regula. la conformación única de una enzima le permite "identificar" y actuar sobre su sustrato. Utilizando métodos analíticos ideados al inicio del decenio de 1950. terciario y cuaternario. que se utiliza en el tratamiento de la diabetes. fue la primera proteína cuya secuencia de aminoácidos en la cadena polipeptídica pudo determinarse. de forma esférica.

La estructura secundaria de las proteínas implica que las cadenas se pliegan y forman un hélice u otra estructura regular. Esta uniformidad se debe a las interacciones entre los átomos del esqueleto regular de la cadena peptídica. En éstas los puentes de hidrógeno pueden ocurrir entre diferentes cadenas polipeptídicas (lámina intercatenaria). En la estructura alfahelicoidal. Las fibras son elásticas porque los enlaces de hidrógeno pueden reformarse. Este es el motivo por el cual el cabello humano puede estirarse hasta cierto largo y luego recupera su longitud. está caracterizada por una estructura de lámina plegada beta. piel y uñas. Esto abarca la formación de espirales de una cadena peptídica. La hélice alfa es una estructura geométrica muy uniforme y en cada giro se encuentran 3. Esta estructura es más flexible que elástica. .La hélice alfa es la unidad estructural básica de las proteínas fibrosas como la lana. Otro tipo de estructura secundaria es el denominado lámina plegada beta. el núcleo de muchas proteínas globulares tambien está formado por láminas beta. cada cadena en forma de zigzag está completamente extendida y los enlaces de hidrógeno ocasionan la formación de la estructura en forma de lámina. Los grupos funcionales no intervienen en la formación de enlaces de la estructura secundaria. La estructura helicoidal se determina y mantiene mediante puentes de hidrógeno entre los aminoácidos en los giros sucesivos de la espiral. la proteína de la seda. Pero también se pueden formar láminas plegadas entre regiones diferentes de una misma cadena peptídica (lámina intracatenaria). cabello. Una estructura secundaria que se observa con frecuencia en las moléculas de proteína es la llamada hélice alfa. La fibroína. los puentes de hidrógeno ocurren entre átomos de una misma cadena peptídica. Las cadenas peptidicas no suelen encontrarse aplanadas ni se pliegan al azar sino que se pliegan y dan lugar a una estructura tridimensional específica.6 aminoácidos.

Estructura terciaria La estructura terciana de una molécula de proteína está determinada por la forma que adopta cada cadena polipeptídica. En una molécula de proteína puede haber más de un dominio y este hecho está relacionado con la función de la misma. que corresponde a una zona de la molécula que tiene características estructurales definidas. Puentes de hidrógeno entre los grupos R de las subunidades de aminoácidos en asas adyacentes de la misma cadena de polipéptidos. bacterias. plantas y animales tienen una estructura compuesta de dos dominios entre los cuales se ubica el sitio activo de la enzima.a C-terminal. en tanto que las intercatenarias entre las fibrosas. en tanto que si están alineados en sentido opuesto.) la disposición es una lámina beta paralela. . totalmente aleatorias o una mezcla variable de partes de ordenamiento helicoidal. Si bien ambos casos ocurren en la naturaleza.Las estructuras laminares intracatenarias ocurren sobre todo en proteínas globulares. Esta estructura tridimensional está determinada por cuatro factores que se deben a interacciones entre los grupos R: 1. En ambos casos son posibles dos formas laminares. según el alineamiento de las diferentes cadenas o segmentos: si éstos se alinean en la misma dirección (de extremo N. laminar y aleatorio. la lámina es beta antiparalela. por ej. Un concepto muy utilizado en la estructura tridimensional de una proteína es el dominio. estas proteínas pueden ser parcialmente helicoidales y aleatorias. la estructura antiparalela es más estable porque los dipolos C=O y N-H están mejor orientados para una interacción óptima. Los dominios suelen ser muy conservados a lo largo de la evolución: las proteasas “tipo papaína” de virus. En las proteínas fibrosas la estructura es exclusivamente helicoidal (colágeno) o exclusivamente laminar. parcialmente laminares y aleatorias. denominada aleatoria (zonas de conexión). pero en las proteínas globulares la estructura secundaria siempre tiene una porción que no es ni helicoidal ni laminar.

Este desdoblamiento se . su estructura terciaria se distorsiona y la cadena peptídica en espiral se desdobla para dar lugar a una conformación más al azar. La actividad biológica de una proteína puede ser afectada por cambios en la secuencia de aminoácidos o en la conformación de la proteína. en vez de ácido glutámico en la posición 6. Esta conformación caso se dice que la proteína se encuentra en actividad biológica de éstas. La hemoglobina está compuesta por 574 aminoácidos dispuestos en cuatro cadenas polipeptídicas: dos cadenas alfa idénticas y dos cadenas beta idénticas entre sí. Su fórmula química es C3032H48160872S8Fe4 La estructura de las proteínas determina su función La estructura de las proteínas determina la innumerables conformaciones teóricamente hay una que predomina. proteína de los glóbulos rojos encargada del transporte de oxígeno. lejos del Iíquido que los rodea. generalmente es generalmente la más estable y en ese estado nativo (proteína nativa). 4. secundaria y terciaria y forma una molécula proteínica biológicamente activa.2. Las moléculas de hemoglobina en una persona con anemia de células falciformes tienen el aminoácido valina. Los enlaces disulfuro. Cuando una proteína se calienta o se trata con algunas sustancias químicas. De entre las posibles de una proteína. Cuando ocurre una mutación (cambio químico en un gen) que ocasiona un cambio en la secuencia de aminoácidos de la hemoglobina. es decir. Atracción iónica entre los grupos R con cargas positivas y aquéllos con cargas negativas. Interacciones hidrófobas derivadas de la tendencia de los grupos R no polares para asociarse hacia el centro de la estructura globular. Los cambios en la estructura tridimensional de una proteína también alteran su actividad biológica. La sustitución de la valina con una cadena lateral sin carga por glutamato con una cadena lateral con carga hace que la hemoglobina sea menos soluble y más propensa a formar estructuras en forma de cristal. es un ejemplo de proteína globular con estructura cuaternaria. La hemoglobina. Estos enlaces pueden unir dos porciones de una misma cadena o dos cadenas distintas. 3. unen los átomos de azufre de dos subunidades de cisteína. lo que provoca un cambio en la forma de los glóbulos rojos. Estructura cuaternaria Las proteínas compuestas de dos o más cadenas de polipéptidos adquieren una estructura cuaternaria: cada cadena muestra estructuras primaria. puede producirse un trastorno: anemia de céIulas falciformes. que son covalentes (-S-S-). el sexto aminoácido del extremo terminal de la cadena beta.

A través de la acción de las enzimas reguladoras los sistemas enzimáticos están altamente coordinados. La medición de la actividad enzimática en el plasma sanguíneo. algunas proteínas que han sido desnaturalizadas recuperan su forma original y su actividad biológica cuando se restauran las condiciones normales del medio. La degradación de una proteína es llevada a cabo por proteasas o peptidasas que hidrolizan algunas o todas las uniones peptídicas. que son incorporadas a los detergentes). proporcionando una armoniosa influencia recíproca entre la multitud de actividades metabólicas diferentes que son necesarias para la vida. de una o más enzimas en los tejidos. juegan un papel incluso en las actividades domésticas diarias tales como la preparación de alimentos (enzimas tiernizantes de la carne como la papaína) o en la limpieza (proteasas y lipasas que degradan proteínas y grasas. Las enzimas constituyen una de las claves para conocer de qué modo sobreviven y proliferan las células. Algunas de las enzimas que participan en el metabolismo son enzimas reguladores que pueden responder a diversas señales metabólicas cambiando adecuadamente su actividad catalítica. El estudio de las enzimas también tiene una importancia práctica inmensa. los aminoácidos. Las proteínas no son eternas y en las células es frecuente que las moléculas de proteína se sinteticen y se degraden de acuerdo a las necesidades celulares. Son los catalizadores de las reacciones de los sistemas biológicos. El proceso de hidróliisis destruye la estructura primaria y en el laboratorio puede ser llevado a cabo por la acción de enzimas o por ácidos o álcalis concentrados y a elevadas temperaturas. Actuando en secuencias organizadas catalizan cientos de reacciones consecutivas en las rutas metabólicas mediante las que se degradan nutrientes. la desnaturalización no puede revertirse. Este cambio en la forma de la proteína y la pérdida de su actividad biológica se Ilama desnaturalización.acompaña de una pérdida de su actividad biológica. especialmente en las que son genéticamente heredables. En general. puede haber una deficiencia. en determinadas condiciones. se conserva y transforma la energía química y se fabrican las macromoléculas biológicas a partir de precursores sencillos. Tienen un gran poder catalítico. o incluso una ausencia total. por ejemplo de su capacidad de actuar como enzima. con lo que la proteína puede quedar reducida a sus unidades constitutivas. que pueden luego ser utilizados para construir moléculas de la misma o de otra proteína. no sólo en medicina sino también en la industria química. Poseen un elevado grado de especificidad respecto a sus sustratos. a menudo muy superior al de los catalizadores sintéticos. Hay pocos catalizadores no biológicos que tengan todas estas propiedades. También se pueden producir situaciones anormales por la actividad excesiva de un enzima específico. respectivamente. eritrocitos o muestras de tejido es importante en el diagnóstico de enfermedades. En algunas enfermedades. LAS ENZIMAS. Las enzimas se han convertido en herramientas prácticas importantes. las enzimas. . sin embargo. UN TIPO ESPECIAL DE PROTEÍNAS Llegamos ahora a las proteínas más notables y altamente especializadas. aceleran reacciones químicas específicas y funcionan en soluciones acuosas en condiciones muy suaves de temperatura y pH. en el tratamiento de los alimentos y en la agricultura.

Otros requieren un componente químico adicional Ilamado cofactor. son precursoras de coenzimas. dando formas isoméricas . o dos enzimas diferentes tienen el mismo nombre. Finalmente. Si se desnaturaliza o disocia un enzima en sus subunidades. tienen nombres que no se refieren a sus sustratos. Número Clase Tipo de reacción catalizada 1 Oxidorreductasas Transferencia de electrones (iones hidruro o átomos de hidrógeno) 2 Transferasas Reacciones de transferencia de grupos 3 Hidrolasas Reacciones de hidrólisis (transferencia de grupos funcionales al agua) 4 Liasas Adición de grupos a dobles enlaces. Este sistema distribuye las enzimas en seis clases principales. Las coenzimas actúan como transportadores transitorios de grupos funcionales específicos. Algunos enzimas no requieren para su actividad más grupos químicos que residuos aminoacídicos. según el tipo de reacción catalizada. secundaria. terciaria y cuaternaria de las proteínas enzimáticas son esenciales para su actividad catalítica. siempre se destruye su actividad catalítica. se pierde normalmente la actividad catalítica. que son nutrientes orgánicos requeridos en pequeñas cantidades en la dieta. al igual que otras proteínas. Mn2+ o Zn2+ o un complejo orgánico o metaloorgánico denominado coenzima. Las enzimas se clasifican según la reacción catalizada Muchas enzimas se han bautizado añadiendo el sufijo “asa” al nombre del sustrato sobre el que actúan (como la ureasa. tienen masas moleculares relativas que van desde unos doce mil hasta más de un millón de daltons (12 a 1000 kDa). Si se descompone un enzima en sus aminoácidos constituyentes. Algunos enzimas requieren tanto una coenzima como uno o más iones metálicos para su actividad. las estructuras primaria. Mg2+. que cataliza la síntesis de ADN en el proceso de duplicación o replicación del ADN). tales como la pepsina y la tripsina (enzimas digestivas). El cofactor puede ser uno o varios iones inorgánicos tales como Fe 2+. algunos enzimas son modificados por fosforilación. que cataliza la hidrólisis de la urea) o utilizando una palabra o frase que describe su actividad (como la ADN polimerasa. todos las enzimas son proteínas.La mayoría de las enzimas son proteínas Con la excepción de un pequeño grupo de moléculas de ARN catalítico (“ribozimas”). Debido a tales ambigüedades y al número siempre creciente de enzimas descubiertas. glucosilación y otros procesos. Las enzimas. o formación de dobles enlaces por eliminación de grupos 5 Isomerasas Transferencia de grupos dentro de moléculas. Una coenzima o ion metálico unido covalentemente a la proteína enzimática se denomina grupo prostético. Gran parte de estas alteraciones intervienen en la regulación de la actividad enzimática. Muchas vitaminas. A veces la misma enzima tiene dos o más nombres. Otros enzimas. La parte proteica de tal enzima se denomina apoenzima o apoproteína. Una enzima completa catalíticamente activa junto con su coenzima y/o iones metálicos se denomina holoenzima. Así. Su actividad catalítica depende de la integridad de su conformación proteica nativa. cada una de ellas con diferentes subclases. se ha adoptado por acuerdo internacional un sistema de nomenclatura y clasificación de las enzimas.

Cuando el nombre sistemático es largo. C-O y C-N mediante reacciones de condensación acopladas a la ruptura de la molécula de ATP A cada enzima se le asigna un número clasificatorio de cuatro dígitos y un nombre sistemático. El rasgo distintivo de una reacción catalizada enzimáticamente es que tiene lugar dentro de un hueco de la molécula de la enzima denominada sitio activo o centro activo. Para tomar un ejemplo contundente. la temperatura suave y el ambiente acuoso que existe en el interior de las células. el nombre sistemático formal de la enzima que cataliza la reacción ATP + D-Glucosa ADP + D-Glucosa-6-fosfato es ATP:glucosa fosfotransferasa. puede utilizarse un nombre trivial (en este caso hexoquinasa). las reacciones sin catalizar tienden a ser lentas. S y P representan enzima. respectivamente.1. El número de clasificación de esta enzima (número EC) [1] es 2.1. Muchas reacciones comunes del metabolismo de los seres vivos resultarían poco probables en el ambiente celular. ¿Cómo funcionan las enzimas? La catálisis enzimática de las reacciones químicas es esencial para los sistemas vivos. enviar señales nerviosas o contraer el músculo no se dan a una velocidad útil sin catálisis. respectivamente. el tercer dígito (1) indica que es una fosfotransferasa con un grupo hidroxilo como aceptor y el cuarto dígito (1) precisa que el otro sustrato es la D-glucosa. o demasiado complicado. que actuará como aceptora del grupo fosfato. Se puede escribir una reacción enzimática sencilla como E+S ES EP E+P (1) donde E. donde el primer dígito (2) denota el nombre de la clase de enzima de la que se trata (es una transferasa). Por ejemplo. C-S. sustrato y producto. En las condiciones que predominan en los sistemas biológicos. El complejo enzima-sustrato es de importancia central en la acción de las enzimas Las enzimas alteran las velocidades de reacción pero no los equilibrios Un análisis de una reacción catalizada por un enzima nos servirá para introducir algunos conceptos y definiciones importantes. el segundo dígito (7) hace referencia a la subclase (se trata de una fosfotransferasa).7. digamos que las reacciones necesarias para digerir los alimentos. . ES y EP son complejos del enzima con el sustrato y con el producto. Una enzima soluciona estos problemas al proporcionar un ambiente dentro del cual una reacción determinada es energéticamente más favorable. tales como la formación transitoria de intermedios cargados inestables o la colisión de dos o más moléculas con la orientación precisa requerida para la reacción.6 Ligasas Formación de enlaces C-C. que indica que cataliza la transferencia de un grupo fosfato desde el ATP a la glucosa. La mayoría de moléculas biológicas son muy estables al pH neutro. el cual identifica la reacción catalizada. La molécula sobre la que actúa la enzima y que queda fijada en el sitio activo se denomina sustrato.

la energía del estado basal de P es inferior al de S. hemos de apreciar en primer lugar la importante distinción entre equilibrios de reacción y velocidades de reacción. simplemente. Los catalizadores no modifican los equilibrios de reacción. La velocidad de reacción es dependiente de un parámetro totalmente diferente. formación de cargas inestables transitorias. El estado de transición no es una especie química con estabilidad significativa por lo que no se ha de confundir con un intermedio de reacción. reordenamientos de enlaces y otras transformaciones que se requieren para que la reacción tenga lugar en cualquiera de las dos direcciones. en consecuencia. No obstante. formación de enlace y desarrollo de carga han llegado al preciso instante en el que la vuelta al estado inicial del sustrato o la generación de un producto son igualmente probables. En el ejemplo que se muestra en la figura. Este equilibrio no es afectado por ningún catalizador. cualquier molécula (tal como S o P) contiene una cantidad característica de energía. Para que haya reacción las moléculas han de superar esta barrera por lo que se deben llevar a un nivel energético superior. un equilibrio favorable no indica que la conversión S P sea rápida. La diferencia entre los niveles de energía del estado basal y del estado de transición se denomina energía de activación. que es una descripción gráfica del camino energético de la reacción. Es. Es lo que se denomina el estado de transición. En su forma normal estable. puede describirse mediante un diagrama de la coordenada de reacción. o estado basal. con lo que el equilibrio favorece la degradación de S y la formación de P. El equilibrio entre S y P refleja la diferencia de la energía ( G) de sus estados basales.Para entender la catálisis. En la cumbre de la colina energética existe un punto en el que la caída hacia el estado S o P es igualmente probable (en cualquier caso es de bajada). donde S es el sustrato y P es el producto. de una enzima) es aumentar la velocidad de una reacción. ya que si la energía de . Cualquier reacción. La velocidad de una reacción refleja esta energía de activación. Esto viene representado por la “colina” energética de la figura. La función de un catalizador (y. por ejemplo S P. un momento molecular fugaz en el que acontecimientos tales como rotura de enlace. Existe una barrera energética entre S y P que representa la energía requerida para el alineamiento de los grupos reactivos.

¿Cómo se pueden explicar estos incrementos enormes y altamente selectivos? ¿De dónde viene la energía que proporciona un descenso espectacular de las energías de . Su única misión es acelerar la interconversión de S y P. No podrían existir ni las estructuras complejas y altamente ordenadas ni los procesos metabólicos que tienen lugar en cada célula. la reacción alcanza el equilibrio de una manera mucho más rápida cuando está presente el enzima adecuado. las moléculas complejas (como por ejemplo las proteínas o los ácidos nucleicos) revertirían espontáneamente a formas moleculares mucho más sencillas. La estabilidad de una molécula aumenta con la altura de su barrera de activación. A pesar de que la variación de energía libre es favorable para que la reacción tenga lugar. por lo que en el equilibrio la cantidad de glucosa presente es insignificante.activación es más elevada la reacción es más lenta. Las enzimas son también muy específicas. mediante la que se aumenta el número de moléculas con energía suficiente para superar la barrera energética. Las enzimas no constituyen una excepción a la regla de que los catalizadores no modifican el equilibrio de reacción. Las flechas bidireccionales de la Ecuación (1) ilustran este punto: cualquier enzima que catalice la reacción S P también cataliza la reacción P S. Sin tales barreras energéticas. la glucosa es un compuesto estable y puede combinarse con O2 en un recipiente de manera casi indefinida sin que reaccionen. No obstante. Se puede ilustrar este principio general considerando la reacción de la glucosa con el oxígeno para formar CO2 y H2O. Las velocidades de reacción pueden aumentarse incrementando la temperatura. Unos pocos principios explican el poder catalítico y la especificidad de las enzimas Las enzimas son catalizadores extraordinarios. Las energías de activación son barreras energéticas para las reacciones químicas. Las enzimas han evolucionado para disminuir selectivamente las energías de activación de las reacciones necesarias para la supervivencia celular. Los catalizadores (como las enzimas) aumentan las velocidades de reacción disminuyendo las energías de activación. ya que incrementa la velocidad de la reacción. en las células la glucosa es degradada en presencia de O 2 a CO2 y H2O en una ruta de reacciones catalizada por enzimas. Estas enzimas no sólo aceleran las reacciones sino que las organizan y controlan de tal manera que gran parte de la energía liberada en este proceso se recupera en otras formas que pueden ser utilizadas por la célula para realizar todas sus funciones. No se gasta enzima en el proceso y no queda afectado el punto de equilibrio. su estabilidad es reflejo de una elevada energía de activación para la reacción. discriminando fácilmente entre sustratos con estructuras muy similares. estas barreras son cruciales para la propia vida. Sin embargo. Los aumentos de velocidad conseguidos por las enzimas son de 7 a 14 órdenes de magnitud. que representa los estados inicial y final del proceso de respiración que veremos más adelante. No obstante. puede disminuirse la energía de activación añadiendo un catalizador. Esta es la ruta primaria de formación de energía para las células y las enzimas que actúan en ella permiten que el proceso tenga lugar en una escala de tiempo útil para las células. Esta reacción tiene una variación de energía libre muy grande (el contenido de energía libre de la glucosa es notoriamente mayor que el de los productos). De modo alternativo.

puentes de hidrógeno y otras interacciones y ha de posicionar estos grupos de forma precisa para que la energía de fijación en el estado de transición pueda ser óptima. Los grupos funcionales catalíticos de las enzimas pueden interaccionar de manera transitoria con un sustrato. En muchos casos. El enzima ha de aportar grupos funcionales para interacciones iónicas. de modo que se acoplaban del mismo modo que una llave y una cerradura). Al generarse el complejo ES se forman algunas interacciones débiles. Las interacciones débiles formadas en el estado de transición son las que más contribuyen a la catálisis. Sin embargo. Las interacciones débiles entre enzima y sustrato (energía de fijación) son óptimas en el estado de transición ¿Cómo utiliza un enzima la energía de fijación para disminuir la energía de activación de la reacción? La formación del complejo enzima-sustrato (ES) no es por sí misma la explicación. cualquier molécula que carezca de este grupo hidroxilo concreto será. Los grupos del sustrato que intervienen en estas interacciones débiles pueden estar situados a cierta distancia de los enlaces que se rompen o modifican. activándolo para la reacción. hidrofóbicas y de van der Waals) que se denomina energía de fijación. la reacción catalizada por el enzima es mucho más rápida que en el proceso sin catalizar. Esto significa que las interacciones óptimas (mediante enlaces débiles) entre sustrato y enzima se producen en el estado de transición. El principio importante es que las interacciones de fijación débiles entre el enzima y el sustrato proporcionan la fuerza motriz principal de la catálisis enzimática. pero el complemento total de las interacciones débiles posibles entre sustrato y enzima sólo se forma cuando el sustrato alcanza el estado de transición. cualquier molécula con un grupo funcional extra para el que el enzima no contiene una bolsa o sitio de fijación será muy probablemente excluido del . La energía libre (energía de fijación) liberada por la formación de esas interacciones equilibra parcialmente la energía requerida para llegar a la cima de la colina energética (la energía de activación). La noción moderna de la catálisis enzimática considera que para que una enzima catalice una reacción ha de ser complementaria al estado de transición de la reacción.activación de reacciones específicas? Parte de la explicación de la acción enzimática proviene de acciones químicas bien estudiadas que tienen lugar entre un sustrato y grupos funcionales de las enzimas (cadenas laterales de aminoácidos específicos. si bien algunas de las primeras consideraciones sobre los mecanismos de reacción empezaron con esta idea (se pensaba que las enzimas eran estructuralmente complementarios de sus sustratos. La misma energía de fijación que aporta energía para la catálisis también hace que el enzima sea específico. en general. La energía requerida para disminuir la energía de activación proviene generalmente de interacciones débiles no covalentes entre el sustrato y la enzima (puentes de hidrógeno e interacciones iónicas. porque por lo dicho la colina es mucho más baja. iones metálicos y coenzimas). si el sustrato tiene un grupo hidroxilo que forma un puente de hidrógeno específico con un residuo Glu del enzima. Por ejemplo. un peor sustrato para el enzima. estos grupos disminuyen la energía de activación (acelerando de este modo la reacción) al proporcionar una ruta de reacción de menor energía. La necesidad de múltiples interacciones débiles para impulsar la catálisis es una de las razones de que las enzimas (y algunas coenzimas) sean tan grandes. Además.

Los sustratos se pueden alinear sobre el enzima de forma precisa. El etanol compite con el metanol por la enzima. La aspirina inhibe el primer paso de la síntesis de las prostaglandinas al bloquear irreversiblemente la acción de la prostaglandina peróxido sintasa (un tipo de prostaglandinas que eleva la temperatura corporal produciendo inflamación y dolor). en especial los ojos. de su molécula de sustrato específica. se puede desplazar el equilibrio agregando más sustrato. o todas. por lo que no es sorprendente que los inhibidores enzimáticos se encuentren entre los principales medicamentos. Una multitud de interacciones débiles entre cada sustrato y grupos localizados de manera estratégica en el enzima mantienen juntas las moléculas de sustrato en las posiciones adecuadas. que se convierte en formaldehido por la enzima alcohol deshidrogenasa. Esto es debido a que las cadenas laterales que intervienen en la actividad catalítica presentan diferentes grados de ionización a diferentes valores de pH.enzima. Los inhibidores reversibles pueden ser de distintos tipos. de modo que la terapia para el envenenamiento con metanol es la aplicación endovenosa de etanol. Las enzimas están sujetas a inhibición reversible e irreversible Las enzimas catalizan virtualmente todos los procesos celulares. incluido el SIDA. La farmacoterapia moderna hace uso de variados inhibidores competitivos para el tratamiento de algunas enfermedades. lo que es una contribución muy importante a la catálisis ya que las colisiones productivas entre moléculas en solución pueden ser extremadamente raras. Los inhibidores irreversibles son los que se combinan con (o destruyen) un sitio esencial para la actividad de la enzima. La energía de fijación mantiene los sustratos en la orientación correcta para reaccionar. pero al llegar a determinados valores de temperatura la enzima comienza a . las enzimas son sensibles a la acción de la temperatura. Cuando se ha fijado el inhibidor la reacción catalizada por la enzima no tiene lugar. La actividad enzimática es afectada por diversos factores Las enzimas tienen un pH óptimo o un intervalo de pH en el que la actividad es máxima. debido a la posible interacción de grupos cargados con los sitios activos de la enzima. lo cual hace que la formación de formaldehido sea lo suficientemente lenta como para que el metanol se pueda eliminar inocuamente en la orina. que son generalmente sustancias que se parecen al sustrato y que compiten con el sustrato por el sitio activo de la enzima. Por el hecho de ser proteínas. pero los más comunes son los inhibidores competitivos. Los inhibidores irreversibles son muy útiles para estudiar el mecanismo de acción enzimático: los aminoácidos con funciones catalíticas clave pueden ser identificados determinando cuál es el aminoácido al que se ha unido covalentemente el inhibidor después de la inactivación de la enzima. Existen dos tipos de inhibidores enzimáticos: reversibles e irreversibles. En general. El incremento de la temperatura produce un incremento de la actividad enzimática. la especificidad proviene asimismo de la formación de múltiples interacciones débiles entre el enzima y muchas partes. La inhibición competitiva se utiliza en el tratamiento de envenenamiento con metanol. La fuerza iónica del medio también afecta significativamente la actividad enzimática. pero como la reacción es reversible. el formaldehido lesiona muchos tejidos.

y así sucesivamente. ARN de transferencia (ARNt) y ARN ribosómico (ARNr). En tales sistemas enzimáticos. los monómeros de los ácidos nucleicos son los nucleótidos. su nombre se origina del hecho de que la primera vez que se identificaron se observó que eran ácidos. . El ARN está asociado a la transmisión de la información genética desde el núcleo hacia el citoplasma. De todos modos debe tenerse en cuenta que en la mayoría de los organismos la temperatura celular es relativamente constante. Estas enzimas reguladoras muestran una actividad catalítica mayor o menor en respuesta a la acción de ciertas sustancias (moduladores) que se unen a la enzima en forma reversible. tripsinógeno. Nucleótidos: subunidades de los ácidos nucleicos Los ácidos nucleicos son biopolímeros. Fueron aisladas por primera vez por Miescher en 1870. Al igual que las proteínas. que es la que limita la velocidad de la reacción total.desnaturalizarse y se produce el efecto inverso. y contiene instrucciones para la producción de todas las proteínas que el organismo necesita. respectivamente). además de que fueron identificados por primera vez en el núcleo celular. el material hereditario de las células. porque cataliza la reacción más lenta. en ambos casos proteasas específicas liberan restos polipeptídicos innecesarios y producen la proteína activa. En cada sistema hay al menos una enzima que fija la velocidad global.o la ßglucosa. proceso al cual está estrechamente relacionado. el producto de la reacción catalizada por la primer enzima se convierte en el reactivo (sustrato) de la siguiente. los ácidos nucleicos son moléculas grandes y complejas. Un mecanismo diferente de regulación enzimática lo constituyen los precursores inactivos de algunas enzimas (zimógenos). a partir del núcleo de las células del pus. ACIDOS NUCLEICOS En las células se encuentran dos variedades de ácidos nucleicos: el ácido ribonucleico (ARN) y el ácido desoxirribonucleico (ADN). Hay tres tipos de ARN: ARN mensajero (ARNm). en los que el monómero es una molécula simple (la . pero a diferencia de los polisacáridos como el almidón o el glucógeno. con lo que se obtiene la enzima activa. con lo que la velocidad de cada secuencia metabólica se ajusta constantemente a la necesidad de la célula. quimotripsinógeno) que requieren la acción de una proteasa específica que libera un residuo polipeptídico. El ADN forma genes. Enzimas reguladoras En el metabolismo celular es muy frecuente que haya grupos de enzimas que funcionan conjuntamente en rutas secuenciales que parten de un reactivo inicial y llegan a un producto final luego de varios pasos. que actúan en el proceso de síntesis de proteínas. Muchas proteasas del estómago (pepsina) y del páncreas (tripsina y quimotripsina) se sintetizan en forma de proenzimas inactivas (pepsinógeno. El sistema de formación de precursores inactivos se da no sólo en las enzimas: la hormona insulina se sintetiza como proinsulina y la proteína fibrosa colágeno se sintetiza como procolágeno. donde tiene lugar la síntesis de proteínas.

2) un grupo fosfato y. ya sea ribosa en el caso del ADN o desoxirribosa en el caso del ARN.unidades moleculares que constan de: 1) un azúcar de cinco carbonos. Estos enlaces son Ilamados uniones o puentes fosfodiéster. junto con el azúcar desoxirribosa y el fosfato. . 3) una base nitrogenada. que a su vez está unido al carbono 5´de la pentosa. cada uno de ellos unido al siguiente por enlaces covalentes entre la molécula de azúcar de una cadena (el carbono 3´de la ribosa o de la desoxirribosa) y la molécula de fosfato de la otra cadena. El ADN contiene las bases púricas Adenina (A) y Guanina (G) y las bases pirimídicas Citosina (C) y Timina (T). El ARN contiene las mismas bases púricas (A y G). pero en cuanto a las bases pirimídicas el Uracilo (U) reemplaza a la timina. Las moléculas de los ácidos nucleicos están formadas por cadenas de nucleótidos. porque el fosfato está unido por una unión éster fosfato al azúcar del nucleótido y por otra unión equivalente al azúcar del nucleótido que lo precede. ya sea una purina de doble anillo o una pirimidina de anillo simple.

la tendencia moderna es llamar cromosoma al ADN nuclear. de transferencia y ribosómico) están asociados con el . ya que cada una de las cadenas sirve de molde para que se produzca la cadena complementaria respectiva. ya que están constituidas por dos cadenas que son complementarias entre sí. En realidad no existen diferencias estructurales entre la cromatina nuclear y los cromosomas. las moléculas de ADN en el núcleo poseen carga negativa. Este hecho es fundamental para permitir la duplicación (“replicación”) del ADN. Si bien el término cromatina se sigue utilizando (proviene de la época de las primeras observaciones microscópicas de núcleos coloreados: cromatos = color). pero sufre una gran condensación (superenrrollamiento) en el momento de la división celular. La diferencia esencial entre ADN y ARN.Las moléculas de ADN son considerablemente más grandes que las de ARN. pero además poseen una estructura doble. El ADN (y las histonas asociadas) se dispone en forma helicoidal y parcialmente enrollada mientras la célula está en actividad normal. Las dos cadenas se enfrentan por las bases. pero la complementariedad proviene de que siempre una base púrica (de mayor dimensión) se enfrenta con una base pirimídica y que el acoplamiento siempre enfrenta a A con T y a G con C. además del reemplazo de la desoxirribosa por la ribosa y de T por U. dando lugar a los cromosomas. es que el ARN está constituido por una cadena única y que sus dimensiones son considerablemente más reducidas que las del ADN. que se mantienen unidas por la existencia de puentes de hidrógeno. independientemente del grado de condensación que exhiba. que aparentemente juegan un rol protector y que en conjunto con el ADN constituyen la cromatina nuclear. Este hecho favorece su asociación con proteínas básicas (las histonas). Los tres tipos principales de ARN (mensajero. Como consecuencia de su elevado contenido en ácido fosfórico y a raíz del pH cercano a la neutralidad del medio celular. sino que se trata de distintos grados de condensación de la molécula de ADN.

a través del cual una enzima específica (ARN polimerasa) copia la información contenida en un sector (un gen) de una de las dos cadenas del ADN. La secuencia de bases del ARNm (que como se dijo es complementaria de la secuencia de bases de un sector de ADN) contiene la información sobre la posición que deben ocupar los aminoácidos en la proteína. El ARNm contiene generalmente la información de la secuencia de aminoácidos de una única proteína y obtiene dicha información por el proceso de transcripción. el dinucleótido de adenina . El trifosfato de adenosina (ATP). que se señalan por el símbolo ~P. Las células contienen varios dinucleótidos de importancia especial en los procesos metabólicos. Los dos fosfatos terminales se unen al nucleótido mediante enlaces "ricos en energía". Por ejemplo. pero el ARNm pasa al citoplasma a través de los poros nucleares y se encuentra con los ribosomas. Otros nucleótidos importantes Aparte de su importancia como subunidades de los ácidos nucleicos. Este proceso ocurre naturalmente en el núcleo. La energía que se libera es biológicamente utilizable y puede transferirse a otras moléculas. Un nucleótido puede convertirse en una forma cíclica por medio de enzimas Ilamadas ciclasas.proceso de síntesis de proteínas. ribosa y tres fosfatos tiene una importancia destacada como fuente de energía para las células. estructuras que contienen ARN y proteínas y que constituyen el lugar físico en el que se desarrolla la síntesis de las moléculas proteicas. los nucleótidos intervienen en otras importantes funciones de las células. lista para liberarse cuando el grupo fosfato se transfiere a otra molécula. que tiene lugar en los ribosomas. Esta codificación recibe el nombre de código genético. La mayor parte de la energía química de las células se almacenan en enlaces de fosfato (ATP) ricos en energía. De esta manera la adenilatociclasa convierte al ATP en adenosín monofosfato cíclico (AMP cíclico). Los nucleótidos cíclicos juegan un papel importante en la mediación de los efectos hormonales y en la regulación de varios aspectos de la función celular. Estos enlaces reciben tal nombre porque liberan una gran cantidad de energía cuando se someten a hidrólisis. Por su parte distintos ADNt son los encargados de reconocer a cada uno de los aminoácidos y ubicarlos en el lugar señalado por el código genético en un proceso conocido como traducción. compuesto de adenina. como se discutirá en el capítulo 7.

y nicotinamida (NAD) es muy importante como receptor y donador de hidrógeno y electrones en funciones biológicas de oxidación y reducción en las células .