Scp2

Autores: Cruz Bonilla Erika Viridiana, Ibarra Arellano Miguel Ángel, González Avalos Edahí, Manzano Vargas Karla

4 DICIEMBRE 2012

Bioinformática I

Licenciatura en Ciencias Genómicas Novena Generación

Scp2 Grupo 1

TITULO

“Scp2”
AUTORES
 Cruz Bonilla Erika Viridiana  González Avalos Edahí

 Ibarra Arellano Miguel Angel  Manzano Vargas Karla

HISTORIAL DE REVISIONES
Fecha/hora 16/08/2012 02:06 Cambio(s) Se agregó información a las secciones: objetivos, descripción del proyecto, especificaciones, y premisas y necesidades del proyecto Se agregó información a los campos alcance y necesidades del proyecto Se agregó información, se cambiaron necesidades del proyecto, se cambió el nombre del proyecto, Se modificaron las fechas del Cronograma, y se modifica la descripción biológica del sistema. Autor Todos Estado/Versión 0.2

02/09/2012 21:20 14/11/2012 21:11 3/12/12

Miguel Ibarra Miguel Ibarra, Edahi Gonzalez Karla Manzano

0.3 1.0 2.0

CONTENIDO
“Scp2”.............................................................................................................................................2 HISTORIAL DE REVISIONES ..............................................................................................................2 CONTENIDO ....................................................................................................................................2 DESCRIPCIÓN DEL PROYECTO .........................................................................................................3 OBJETIVOS ......................................................................................................................................3 ESPECIFICACIONES ..........................................................................................................................4 ALCANCE.........................................................................................................................................4 NECESIDADES DEL PROYECTO .........................................................................................................4 PREMISAS Y SUPUESTOS .................................................................................................................5 ETAPAS ..........................................................................................................................................5

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Licenciatura en Ciencias Genómicas Novena Generación

Scp2 Grupo 1

CRONOGRAMA...............................................................................................................................6 INGENIERIA DE SOFTWARE…………………………………………………………………………………………………………6 Documento Descripción del Problema...................................................................................6 Estándar Codificación ............................................................................................................6 Configuración del proyecto ...................................................................................................6 Especificacion de requisitos...................................................................................................6 Analisis y diseño ....................................................................................................................6 Diagrama de Clases y Ontología. ...........................................................................................7 Diagrama del Modelo Conceptual .........................................................................................7 Diseño de Tablas Físicas y DER Normalizado ..........................................................................7 MODELADO DE BD MySQL………………………………………………………………………………………………………….7 1ra revisión Proyecto Final. ...................................................................................................7 Perl ………………………………………………………………………………………………………………………………………… 8 Parseo de datos……………………………………………………………………………………………………………………8 PHP…………………………………………………………………………………………………………………………………………. 8 Index del Proyecto………………………………………………………………………………………………………………8 EVALUACION DEL PROYECTO……………………………………………………………………………………………………. 8 Presentación final del proyecto…………………………………………………………………………………………...8

DESCRIPCIÓN DEL PROYECTO
La creciente producción de datos biológicos y en especial aquellos relacionados con el campo de la genómica, han llevado a la necesidad de crear entidades capaces de organizar y procesar toda esta información en forma lógica y comprensible, y presentarla en un formato agradable, con el fin de que otras personas puedan hacer uso de toda esta información de una forma más sencilla. Por otro lado la información sobre como interaccionan todos estos elementos, ha ido exponencialmente creciendo de la mano con la producción de estos, es por eso que la creación de bases de datos que muestran de una forma organizada y lógica todas estas interacciones es más que necesaria en rublo de las ciencias biológicas. Teniendo esto en mente el equipo de Scp2 concibe una base de datos como un modelo del mundo biologico, y en este sentido Scp2 es un

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Scp2 Grupo 1

modelo de la compleja regulación del inicio de la transcripción y de la red de regulación celular. Por otra parte, Scp2 también es un modelo de la organización de los genes en unidades de transcripción, operones y regulones complejos, los elementos regulatorios que los afectan y las condiciones en las que lo hacen. A partir de Scp2, el usuario tendrá disponible el acceso a los siguientes elementos: product, gene, promoter, organism, terminator, atenuator, transcription unit, transcriptional factor, small molecule, riboswitch, regulation, synonym, así como las interacciones entre estas entidades. El sistema permitirá buscar y acezar a la información a través de una interfaz web de los elementos mencionados anteriormente de los organismos: Escherichia coli K12, Salmonella typhimurium LT2, salmonella typhi y Pseudomonas aeruginosa, por medio de una base de datos.

OBJETIVOS
         Crear una base de datos. Permitir realizar búsquedas por Gene, Producto, TU, TF. Permitir seleccionar el organismo a consultar. El menú de búsqueda deberá estar siempre disponible. Cada búsqueda mostrará el resultado incluyendo propiedades del objeto que se busca, y otros elementos relacionados. Las páginas de resultados contendrán ligas a las otras páginas de tal forma que permita la navegación entre los distintos elementos. La información de cada página de resultados no deberá contener información que se encuentre en otra página, pero la necesaria para poder hacer la liga. La página deberá tener un tutorial de uso del sitio. Toda la interfaz irá en inglés.

ESPECIFICACIONES
    Contamos con un servidor. El proyecto deberá contar con la documentación respectiva. Se necesita que se use software libre. Se requerirán cenas para las jornadas nocturnas de trabajo.

ALCANCE
      Finalizar la totalidad del proyecto una semana antes. Finalizar las entregas parciales a mar tardar la fecha de entrega. Realizar toda la programación y manejo de datos (salvo documentos con extensiones .doc) en una distribución Linux. Realizar un tutorial en video acerca del uso de la base de datos. Se realizaran conexiones directas a otras bases de datos de los integrantes de la novena generación de la licenciatura de ciencias genómicas. Se realizaran conexiones a información más específica de los elementos.

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Licenciatura en Ciencias Genómicas Novena Generación    

Scp2 Grupo 1

Se realizaran conexiones a bases de datos establecidas. Los algoritmos usados para programar deberán ser eficientes y bien documentados. La página deberá de cargar en el menor tiempo posible, esto con el fin de agilizar la navegación. La interfaz web se agilizará para el navegador Google Chrome.

NECESIDADES DEL PROYECTO
 SOFTWARE:
    Se requerirá un sistema en base Linux como sistema operativo principal. Se requerirá usar MySQL como servidor para la base de datos. Se requerirá PERL como lenguaje de programación para la realización de scripts. Se usara Dreamweaver para el diseño de la interfaz web.

 HARDWARE
 Se requerirá un servidor donde alojar los datos de la base de datos.

 OTROS
 Se solicitara de 20 minutos a la semana (miembros del equipo) para discutir avances y problemas  Se requerirán de asesorías cuando la situación lo requiera.  Se requerirá dinero para las cenas en las jornadas nocturnas de trabajo.

PREMISAS Y SUPUESTOS
  Se nos facilitaran los datos de los 4 organismos con los que se llenará la base de datos (Archivos Fuente). Suponemos que el usuario es inexperto y por lo tanto se utilizarán conexiones encriptadas y escapeshellcmd.

ETAPAS
ETAPAS FASE DE DEFINICION FASE DE ANALISIS Y DISEÑO DESCRIPCION Se determinarán los límites que abarcará el proyecto. Se determinarán los fundamentos para la creación de archivos de trabajo. Se curarán los archivos para generar las tablas con la FECHA 9/Agosto/2012 21/Agosto/2012

FASE DE CONSTRUCCION

27/Septiembre/2012

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Licenciatura en Ciencias Genómicas Novena Generación información que alimentará la base de datos. Los datos generados pasarán por filtros de cada uno de los integrantes para aprobarlos y se harán pruebas para estimar su confiabilidad. La base de datos se desplegará en web por medio de comandos en php y html. Agentes externos evaluarán la base de datos generada para aportar su observación constructiva.

Scp2 Grupo 1

FASE DE DEPURACION

18/Octubre/2012

FASE DE INTEGRACIÓN

23/Octubre/2012

FASE DE CIERRE

4/Diciembre/2012

CRONOGRAMA
MODULO INGENIERIA DE SOFTWARE FECHA 15 DE AGOSTO TAREAS A ENTREGAR DESCRIPCION
El objetivo de esta tarea es crear la plantilla y llenarla con la descripción del Problema.

Documento Descripción del Problema
15 DE AGOSTO

Estándar Codificación

16 DE AGOSTO

Configuración del proyecto
21 DE AGOSTO

El objetivo de esta tarea es que el grupo establezca el estándar de codificación que seguirán en el desarrollo del proyecto. El objetivo de esta tarea es que el grupo establezca una primera versión de la estructura de directorios o configuración del proyecto.
El objetivo de esta tarea es llenar el documento de especificación de requisitos con la información proporcionada y con la respuesta a dudas de los alumnos. El objetivo de esta tarea es llenar el documento de análisis y diseño preliminary, conteniendo al menos un

Especificacion de requisitos

21 DE AGOSTO

Analisis y diseño

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Scp2 Grupo 1
diagrama general de lo que hará el sistema. El resto de versiones del documento las irán incorporando conforme se vayan abordando los siguientes módulos de la material. Elaboré un digrama de clases para definir un ontología de inicios de trancripción (promotores). Subir la imagen que contenga 1. Las entidades representadas con cuadrados de puntas redondeadas. 2. Cada entidad tiene su nombre en mayusculas y singular 3. Los atributos estan indicados como : a) Llave primaria, b) obligatorios y/o c) opcionales 4. Estan indicadas las relaciones entre entidades, con enfasis en : a) cardinalidad (1 a muchos, muchos a muchos o uno a uno) b) obligatoriedad (deben o pueden) 5. Todas las entidades deben tener una llave primaria.

23 DE AGOSTO

Diagrama de Clases y Ontología.
29 DE AGOSTO

Diagrama del Modelo Conceptual

3 SEPTIEMBRE

Diseño de Tablas Físicas y DER Normalizado
MODELADO DE BD MySQL 11 OCTUBRE

1ra revisión Proyecto Final.

Un documento con la descripcion de cada tabla (sus columnas, sus restricciones, sus tipos de datos y almenos un par de ejemplos de sus registros). Un diagrama Entidad Relación Normalizado. 1. El nombre de la base de datos creada en palenque, que tiene todas las tablas descritas en su Diagrama Entidad Relación. 2. El path donde esta el script de creación de sus tablas, o pueden anexarlo a esta tarea. 3. Pueden subir a esta tarea el archivo PDF con su Diagrama Entidad Relación Normalizado, o el path en Palenque donde lo puedo ver. 4. Un archivo con la descripcion de las tablas. 5. La estructura de subidrectorios donde ira quedando todo su proyecto y el path en palenque donde lo crearon

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Scp2 Grupo 1

PERL

6 NOVIEMBRE

Parseo de los Datos

PHP

29 NOVIEMBRE

Index del Proyecto

EVALUACION DEL PROYECTO

4 DICICIEMBRE

Presentación final del proyecto.

Una vez provistos de los datos, se espera que se extraiga la información correspondiente de estos por medio de la realizacion de scripts de Perl. Se creara el home de la pagina, en la cual deben existir ligas a las Búsquedas, tanto Simples como Avanzadas, a la Documentación, a una página de Quienes Somos? y una página que contenga el mapa de sitio. Se entregara la documentación final de todo el proyecto, y se verificara que la base de datos este creada, y con datos mínimos por tabla. El código documentado, sin errores y que sea claro. Se verificara el funcionamiento de la pagina Web, que existan links entre las paginas y que se puedan realizar búsquedas avanzadas. Así como también que el sistema permita cargas un nuevo genoma.

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