Aula de Bioqumica I

Tema:

Protenas
Prof. Dr. Jlio Csar Borges
Depto. de Qumica e Fsica Molecular DQFM Instituto de Qumica de So Carlos IQSC Universidade de So Paulo USP E-mail: borgesjc@iqsc.usp.br

Dogma central da Biologia

A Informao : Armazenada DNA
Transcrio

Decodificada RNA
Cdigo Gentico

Executada Protenas

Traduo

Protenas.
Importncia e Funo
Catlise enzimtica; Transporte e estoque; Movimento; Suporte mecnico; Proteo imune; Sinalizao intra e extracelular; etc.

Variedade Funcional Diferentes Estruturas Tridimensionais

Estrutura 3D Estrutura Estvel em funo do tempo

Estabilidade versus flexibilidade

Funo e conformao.

Protenas: Composio
Repertrio de 20 unidades bsicas: Aminocidos

Diferem entre si pelo grupo R.

Aminocidos: Propriedades 20 Aminocidos naturais diferem no seu grupo R considerando: 1) Tamanho 4) Carga 2) Formato 3) Reatividade 5) Formao de ligaes de Hidrognio

Protenas: Composio Carbono alfa opticamente ativo (exceto glicina)

Interao espacial especfica Em protenas: somente ismero L Nomenclatura dos aminocidos naturais
Cdigo de 3 Letras: 1 letra maiscula e duas minsculas Cdigo de 1 Letra ex: Alanina: Ala ex: Alanina: A

Aminocidos de cadeia Lateral aliftica

Glicina Gly G Alanina Leucina Leu L Isoleucina Ile I

Ala
A Valina Val V Iminocido Metionina Met Prolina Pro P

Aminocidos de cadeia Lateral Aromtica

Fenilalanina Tirosina Triptofano

Phe
F

Tyr
Y

Trp
W

Os Aminocidos Trp e Tyr absorvem luz UV Permite monitoramento e quantificao

Aminocidos de cadeia Lateral hidroflica

So aminocidos polares no carregados
Serina Ser S Glutamina Gln Q

Treonina Thr T Asparagina Asn Cistena Cys C N

Aminocidos de cadeia Lateral Carregada

Lisina Arginina Arg R Histidina His H

Carga Positiva
Bsicos

Lys K

Carga Negativa
cidos

Aspartato Asp D (c. Asprtico)

Glutamato Glu E (c. Glutmico)

Aminocidos
Curva de ionizao de aminocidos

Aminocidos so ons dipolares ou Zwitterions Anfteros ou Anflitos.

Aminocidos
Curva de ionizao de aminocidos

Ponto Isoeltrico: pI pH no qual o somatrio das cargas de uma molcula inica dipolar igual a ZERO

Quanto mais distante o pH da soluo do pI da molcula, maior ser a carga desta

Aminocidos
A acidez de um aminocido maior do que o cido correspondente

1- Repulso entre o grupo NH3+ e o H+ do grupo COOH

2- As cargas opostas dos grupos carregados estabiliza a espcie inica dipolar

Aminocidos Cadeia Lateral Ionizvel

Aminocidos

Cadeia Lateral Ionizvel

A capacidade de ionizao influencia a reatividade qumica do aminocido.

As Cargas eltricas das cadeias laterais dos aminocidos nas protenas geram protenas carregadas e portanto com pI

Aminocidos: Outras modificaes

Fosforilao, Acetilao Hidroxilao, Glicolizao, Carboxilao, Pontes Dissulfeto

Aminocidos: Outras modificaes

Fosforilao, Acetilao Hidroxilao, Glicolizao, Carboxilao, Pontes Dissulfeto

Aminocidos moldam as propriedades das protenas

Diferentes cadeias laterais tamanhos, formas, cargas; Capacidade de preencher o interior da protena; Capacidade de formao de estruturas secundria; Capacidade de ionizao e reatividade qumica; Capacidade de interao com ons; Capacidade de formar ligaes de Hidrognio.

INTERAO COM A GUA!!!!!

Observao
As funes das protenas derivam da diversidade e versatilidade dos 20 aminocidos naturais e suas variaes

Protenas: Cadeias de aminocidos

A priori: maiores que 50 aminocidos Peptdeos e Polipeptdios

Ligao Peptdica
Equilbrio: hidrlise Resduo Unidade Repetitiva
Aminocido 1 Aminocido 2

Nomenclatura:

NH2------------------COOH
Seqncia de aminocidos XYZ # XZY

Mutaes versus evoluo molecular

Ligao peptdica
Rgida e Planar
- Ressonncia -Caracterstica de ligao dupla

Restrio conformacional angulao Phi e Psi Estrutura tridimensional

Conformao Trans favorecida por reduzir choques estricos entre os grupos R

- Exceto para a Prolina, choques ocorrem em ambas conformaes

Ligao peptdica Rgida e Planar

ngulos Phi e Psi em 0o Impedimento estrico devido sobreposio entre: 1) Hidrognio alfa-Amino do Aminocido n e o Oxignio alfa-carboxil n + 1 2) Grupos R Plot de Ramachandram Mostra os ngulos e permitidos

Protenas: Nveis estruturais

Estrutura Primria
Cadeia Principal
Cadeia Lateral

Linus Pauling 19011994

Hlice Alfa

Robert Corey 18971971

Estrutura helicoidal direita Estabilizao por ligaes de H entre

AA prximos
CC=O----HNC n + 4 paralelas direo da cadeia

n+1

n+2

n+3

n+4

n+5

Distncia entre resduos adjacentes = 1,5 Rotao de 100o entre AA adjacentes = 3,6 resduos por volta = passo 1 Passo = 5,4

Volta de hlice

Hlice Alfa
Interaes entre os grupos R adjacentes podem estabilizar ou desestabilizar a Hlice Alfa Gly e Pro Plot de Ramachandram de Hlice Alfa - Angulao Phi e Psi restrita

Folha beta pregueada

Estrutura distendida em ziguezague Estabilizada por ligaes de H pela CC=O e HNC da cadeia principal de AA distantes na seqncia de aminocidos

Distncia entre os Carbono alfa de AA adjacentes de 3,5

Ligaes de H perpendiculares direo da cadeia

3,5

Estrutura distendida da cadeia peptdica em folha beta

Folha beta pregueada

Plot de Ramachandram de Folha Beta - Angulao Phi e Psi mais flexvel

Voltas
Conectam os segmentos de Hlices Alfa e Folhas beta Mudam a direo da cadeia

So estruturas estabilizadas por ligaes

de H entre os grupos CC=O e HNC da cadeia principal do AA n e n + 3.

Alas
So segmentos maiores de 8 a 16 resduos de AA

Estrutura Secundria

Plot de Ramachandram dos diferentes tipos de Estruturas secundrias

Plot de Ramachandram da Piruvato Kinase - Cada ponto representa 1 resduo (Exceto Gly)

Ferramenta de anlise da qualidade de

estruturas de protenas

Estrutura Secundria
Preferncia relativa de estrutura Secundria pelos diferentes AA Depende da seqncia de AA estrutura primria

possvel predizer a estrutura secundria de uma seqncia por Bioinformtica

Preferncia relativa dos diferentes aminocidos em assumir estrutura secundria tipo: Hlice Folha Voltas

Estrutura Supersecundria
Combinaes entre diferentes arranjos de estrutura secundria Formam domnios caractersticos de famlias de protenas Unidade Meandro

Chave grega Unidade alfa-alfa (Barril )

Estrutura terciria
Relacionamento espacial entre todos os aminocidos de um polipeptdio Estrutura tridimensional

Estabilizada por interaes diversas entre as cadeias laterais e pontes dissufeto

Ligaes de H tm pequena contribuio devido competio com a gua
Coordenao por on metlico Interaes hidrofbicas Atrao eletrosttica

Hlice

Folha

Pontes dissulfeto

Ligaes de H entre grupos R

Relao Estrutura Funo Biolgica

Ausncia de estrutura nativa Ausncia de funo

Mioglobina

Lisozima

BSA: ~600 AA

Tripsina

Enovelamento de protenas
As protenas desnaturadas podem renaturar in vitro Agentes desnaturantes de

protenas freqentemente
utilizados no Lab de Bioqumica:

- Acidez - Temperatura - Detergentes

Enovelamento de protenas
A protena pode ser renaturada pela dilise na presena de um agente redutor - Agente redutor catalisa o enovelamento correto

Reenovelamento
Incorreto

At= 100%

At= 0%

At= ~1%

Atividade relativa= At
RNase A possui 4 pontes dissulfeto

At= 100%

Enovelamento de protenas
-Cristian Anfinsen As informaes necessrias para uma protena obter sua estrutura nativa esto na seqncia de aminocidos da protena. Dogma de Anfinsen Anfinsen escreveu em 1964:
Me ocorreu recentemente que algum deveria considerar a SEQNCIA de uma molcula PROTICA, enovelada em uma forma GEOMTRICA precisa, como uma linha de uma MELODIA escrita de forma cannica e ento desenhada pela NATUREZA para enovelar SOZINHA, criando acordes HARMNICOS de interao consistente com a FUNO
Cristian Anfisen 1926-1995 Nobel Prize in Chemistry in 1972

BIOLGICA....

Dogma central da Biologia

A Informao : Armazenada Decodificada Executada

= MSICA

= VIDA

Enovelamento de protenas
Paradoxo de Levinthal
1 protena de 100 resduos - Cada resduo experimentando 3 posies 3100 - Tempo de teste para cada posio 10-13 seg Tempo total = 3100 x 1e-13 seg = 5e37seg = 1,6e27 anos o tempo necessrio para uma protena de 100 aminocidos enovelar-se testando todas as possibilidades conformacionais possveis, ou seja randomicamente, seria maior do que o tempo do Universo In vitro O enovelamento ocorre em menos de 1 segundo In vivo Ns estamos aqui!!!!

Enovelamento protico
O efeito ou colapso hidrfobo
A introduo de um composto hidrofbico perturba a rede de gua; A gua tende em minimizar seu contato com as molculas hidrofbicas;

A organizao de camadas ou gaiolasde gua entorno de compostos apolares

Alto custo entrpico. Excluso do composto apolar da fase aquosa Interaes hidrofbicas (H < 0) Formao de aglomerados apolares reduz a rea de contato com a gua Liberao de molculas de H20 das gaiolas Menor perda total de Entropia

Gaiola de H20

14 H20 presas na gaiola

9 H20 presas na gaiola 5 H20 livres no meio

Enovelamento protico
O efeito ou colapso hidrfobo
Ex: Mioglobina - Polipeptdio de 153 resduos - 8 hlices alfas (70%) - 45 x 35 x 25 muito compacta - Algumas Hlices so anfipticas

- Azul: Aminocidos Hidrofbicos enterrados no interior Excludos da gua - Resduos polares no interior esto interagindo com o Ferro e Oxignio

Enovelamento protico
O efeito ou colapso hidrfobo
Existem excees regra protenas de membrana

Linguagem de 20 aminocidos permitem a diversidade estrutural das protenas

O Enovelamento de Protenas em termos da G

Um conjunto de protenas no-enoveladas no meio aquoso enovelam-se, espontaneamente (G < 0), para atingirem um estrutura organizada com baixa S.

G H System TS System 0

Enovelamento de protenas
O enovelamento cooperativo O enovelamento ocorre de maneira hierrquica pores locais enovelam primeiro e sucessivamente

Intermedirios do enovelamento so observados

Falhas no enovelamento ocorrem doenas

O Enovelamento de Protenas Hierrquico

Segue vias ou rotas sem testar todas as possibilidades!!
Controle termodinmico Controle Cintico

Vias de Enovelamento

Teoria do Funil

Enovelamento de protenas
Segue vias ou rotas sem testar todas as possibilidades!
1) Segmentos locais de estrutura secundria < 5 ms Formao de cernes hidrofbicos locais

Colapso hidrofbico molten globule ou glbulo fundido

2) Estabilizao da estrutura secundria formao da estrutura terciria 5 a 1000 ms Estruturas domain-like 3) Organizao sutil e rgida das interaes Direcionamento das ligaes de H Expulso da gua do cerne hidrofbico

Enovelamento de protenas
O enovelamento auxiliado ou assistido

Chaperones moleculares
15 a 20 % das protenas bacterianas em
condies no estresse necessitam de auxlio para o enovelamento

As chaperones moleculares auxiliam o

enovelamento e previnem a agregao de protenas em condies de estresse Elas no interferem na estrutura final das protenas O Princpio de Anfinsen respeitado A estrutura de uma protena codificada pela seqncia de aminocidos

Enovelamento de protenas
O enovelamento auxiliado ou assistido Pontes dissulfeto errneas Protena inativa

Foldases

Prolil-peptidil-cis-trans isomerases Isomerizao de cis-trans de prolinas

Protena Dissulfeto isomerase Isomerizao de pontes dissulfeto Reaes de oxidoreduo

Pontes dissulfeto corretas Protena ativa

Dinmica de protenas
As protenas Pulsam ou respiram Medidas termodinmicas mostram que as protenas so marginalmente estveis - Protenas de termfilos - Mutaes stio-dirigidas - Colgeno de diferentes espcies tm diferentes estabilidades

A estabilidade das protenas controlada para manter suas funes

Mudanas conformacionais e flexibilidade maior estabilidade faria a protena pouco flexvel Permitir regulao por ligantes diversos Alosteria ativao e inativao regulada Permitir rpida degradao quanto maior a estabilidade mais difcil seria a degradao Permitir transporte por membranas os poros e canais so pequenos Permitir o escape de armadilhas nas vias de enovelamento

Estrutura Quaternria
Reunio de diferentes subunidades

Interaes entre grupos laterais de cadeias diferentes

Mesmas interaes que na estrutura terciria Possuem diversos eixos de simetria cristalina

Holohemoglobina

Protenas Globulares
Protenas assume uma forma aproximadamente esfrica A cadeia se enovela entorno de si mesma formando uma estrutura compacta

Geralmente solveis em gua

Mioglobina e Triose fosfato isomerase

Protenas Fibrosas
Protenas filamentosas com a cadeia distendida ao longo de um eixo Funo estrutural e de sustentao Insolveis em gua Colgeno e Queratina helicoidal

Fibrona (seda) Folha anteparalela

Protenas Fibrosas
Colgeno Principal protena de sustentao 30 genes 19 tipos diferentes de colgeno ~ 1000 residuos 35%= Gly 11%= Ala 21% = Pro ou Hyp Repetio do tripeptdeo Gly-X-Y X= Pro

Y= Hyp
Forma uma tripla-hlice a direita Somente Gly pode ser acomodada entre

Baixo valor nutricional: gelatina

as cadeias

Protenas Fibrosas
Hlice esquerda Colgeno

Tripla-hlice com giro sutil direita 3 aminocidos por volta: Gly no interior

Protenas Fibrosas
Colgeno A Conformao do C gama da Pro e HyPro interferem no enovelamento da cadeia G-PHyP

Resistncia trmica Sem HyPro Tm 41oC Com HyPro Tm 69oC

A hidroxilao da Pro independente de Vitamina C

- Entretanto, a mesma enzima participa de outra reao que gera Fe3+ sem atividade HyPro - A Vitamina C regenera o Fe2+

Protenas Fibrosas
Colgeno O entrelaamento do colgeno suporta a presso Pontes covalentes entre Lys-HyLys

Protenas Fibrosas
Queratina : protena do cabelo Forma uma hlice alfa a direita em um Coiled-coil: duas hlices alfa entrelaadas

Classificao de protenas
Protenas simples
Compostas apenas por aminocidos naturais

Protenas Conjugadas
Contm aminocidos modificados ou outros grupos ligados Grupo prosttico (ex: grupo heme) Holoprotenas protena + grupo prosttico (ex: holomioglobina) Apoprotenas protena sem o grupo prosttico (ex: apomioglobina)

Protenas monomricas
Formada por apenas uma cadeia polipeptdica Desprovidas de estrutura quaternria

Classificao de protenas
Protenas oligomricas Formadas por associaes de subunidades polipeptdicas

Homo = associao de cadeias idnticas

Hetero = associao de diferentes cadeias Protenas Estruturais Do forma e sustentao ao organismo Ex: colgeno Protenas Funcionais Desempenham funes diversas Ex: Catlise enzimtica; transporte, defesa, etc.