You are on page 1of 15


CHAPTER    3  &  7;    ICC  1,  2  ,3,  13  &  14   OCHEM  

  Functional  Groups     Carbonyl  
O C R O C R O H   R  


  O  wants  e-­‐,  making  carbon   electrophilic  


H  attached  adjacent  to  carbon   is  acidic  (resonance)  





Acid  Halide   X=  halogen  

Of  all  Carbonyl  derivatives   acid  halide  most  reactive  


Carboxylic  Acid  

The  proton  on  the  OH  is  acidic  

R NH2  


  Amine   Amide  

    we  see  these  in  Amino  Acids   They  are  stable  (we  want   proteins  stable)     Resonance,  double  bond   character  


O H2C CH2  



Ring  strain,  not  stable  




   ICC  1.3.  13  &  14   OCHEM     Alkyl  Fragments   CH3 Commonly  seen  on  MCAT   Methyl   Ethyl         CH2CH3 CH2CH2CH3 N-­‐propyl  (normal)   Iso-­‐propyl   H3C CH H3C     CH2CH2CH2CH3 N-­‐butyl   Tert-­‐butyl   CH3 H3C C CH3 O H3C C   Acetyl  (Ac)       Hydrocarbons   Boiling  point   Increase  MW   Increase  BP   Branching   Increase   Branching   Decrease  BP   *Shorter  alkanes  usually   are  seen  in  the  form  of   gas  (think   methane/ethane)     *Hexane/octane  usually   liquid  (think  gasoline  in   your  car)   *20+  are  solids   In  mixture  low   branching  will  react   closer    harder  to   separate.  2  .         vs       2   .LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.

LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.3.  2  .    ICC  1.  Hal)           2     Hybridization   -­‐Count  #  grps  around  atom  &  put  into  orbital     TRUE  sp3  vs  not  true  sp3   True  sp3  is  4  single  bonds   Not  True  sp3  is  when  you  have  long  pairs     Inductive  Effect   -­‐used  to  spread  out  charge  and  stabilize  molecules   Radicals     Carbocation  (also  referred  to  on  MCAT  as  carbonium  ion)     Carbanion         Which  is  most  stable  is  important  to  know  for  MCAT       Carbocation  Series   formed  by  heterolytic  cleavage       one  atoms  takes  off  with  both  e-­‐.     Units  of  unsat=  (2n+2)-­‐x    n=  #  carbons.  X=  #  hydrogens  +  mono  val  atoms  (N.  reduced.  the  other  is  left  deficient   > > >>>   Radical  Series:       Formed  by  homolytic  cleavage     one  atom  takes  one  electron     Carbocation  and  radicals  behave  the  same  due  to  inductive  effect     more  substituted  (3o)  the  more  stable       3   .  13  &  14   OCHEM   Degrees  unsaturation     *formula  to  know*   -­‐usually  seen  in  rings  &  alkenes   -­‐Saturated=  fully  bonded.

3.    ICC  1.LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.  2  .  13  &  14   OCHEM   Carbanion  Series     < < <     3o  least  stable  anion     CH3    too  many  electrons!!!  Via  inductive  effect       Resonance   -­‐ share  e-­‐  via  double  bond     -­‐ delocalize  into  system=  conjugation     example:     NO2 NO2 NO2 NO2 H3C C CH3 Br   MCAT  likes  to  ask  how  MANY  of  something   -­‐ resonance=  #db  in  conjugated  system  +1   -­‐ =3     only non sp2 carbon   Br Br Br     4   .

   This   particular  arrangement   has  resonance!   Ring  form  of  allylic   Steric   hindrance       Torsional   Strain     Ring  strain   Stability   most strain < 60o 90o < Happiest e-­‐  clouds  form  non-­‐ covalent  bond  of  atoms   interacting     Larger  groups  have  larger   clouds  making  it  harder   for  something  to  come  in   and  bond     *Think  of  enzyme  and   active  site  that  is   phosphorolyated   e-­‐  clouds  on  same   molecule  colliding.5o     5   .e.  13  &  14   OCHEM   Terms  to  point  out  on  MCAT   H Allylic   H2C C CH2   Benzylic   CH2 Carbocation  is  one  step   away  from  double  bond   allowing  delocalization     Even  though  the   carbocation  series  just   said  1o  is  less  stable  than   3o.  this  one  is  more  stable   than  3o  carbocation.  2  .    ICC  1.LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.  protein  folding   certain  residues  don’t  like   to  interact       109.3.       i.

3.  in  general.    ICC  1.  13  &  14   OCHEM   Isomers  &  Chirality     Isomer:  Same  molecular  formula     Structural  Isomer:  Do  not  have  same  connectivity     Another  name  on  MCAT:  constitutional  isomers  (different  constit)       CH3 Cl Cl CH3 Br Br     Confirmational  Isomers:  Same  connectivity         -­‐  different  in  rotation  around  single  bond     H H H CH3 H3C H Take grp rotate forward into board Left out of board Right With Carb in front   Newman  Projection         rotate 60o rotate 60o Eclipsed Anti/Staggered Guache     MCAT  loves  stability  questions.         Which  is  most  stable  confirmation?   -­‐ANTI/STAGGERED   -­‐biggest  groups  furthers  apart   -­‐think  e-­‐  cloud     6   .LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.  2  .

3.LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.  just  reverse  configuration     3       To  note  for  Absolute  Configuration:     *Double  bond  counts  as  if  attached  to   two  atoms   *H  vs  D  atomic  mass   1   7   .  2  .  same  connectivity  but  different  spatial   arrangement  of  atoms     chiral  (can’t  superimpose)     4  different  substituent  groups  attached     rotate  light  (polarized  light)     *If  you  have  a  chiral  center.  13  &  14   OCHEM   Configurational  Isomers:  same  form.  you  can  assign  absolute  configuration     CH2OH     C H CH2CH3 determine  that  you  have  4  different  grps   OH   2 CH2OH C OH 3 CH2CH3 H 4     Rank  according  to  atomic  number       1         1 H H3CH2C C OH CH2OH 2  Lowest  priority  grp  in  back     **  if  not.    ICC  1.

   ICC  1.LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.3.  13  &  14   OCHEM     Enantiomers:  non  superimposable  mirror  images   -­‐ look  for  chiral  centers     O 2 C OH HO 2 C O H 4H 1 Br 4 C 3 CH2CH3 3 H3CH2C C Br 1     Due  to  chiral  centers  –  the  molecules  will  have  opposite  configuration!   -­‐50/50  mix  racemate/racemic  mixture     Unless  optical  activity  value  is  given.  you  don’t  know  any  information     This  is  the  only  time  on  MCAT  know  about  optical  activity     0-­‐  they  counter-­‐act.    Equal  and  opposite     Diasteriomers:  stereoisomers  that  are  not  enantiomers.       two  or  more  stereoisomers  of  a  compound  have  different  configurations  at   one  or  more  (but  not  all)  of  the  equivalent  stereocenters     (see  in  sugars  a  lot)   MCAT  tries  to  confuse  you  with  these!     S CHO H HO H H OH H OH OH CH2OH H H H H CHO OH OH OH OH CH2OH R All carbons not on end are chiral centers     1  stereocenter  differs  so  we  have  diastereomers       Can  separate  Enantiomers?     do  differ  in  any  physical  properties?    NO     polarimitry  is  not  a  separation  tech     Can  you  separate  Diastereomers?  YES     slightly  different  properties       fractional  distillation  is  viable  (intramolecular  forces  differ  slightly)   D-Glucose D-Allose   8   .  2  .

 13  &  14   OCHEM     Meso  Compound:  plane  of  symmetry       Mirror  image  of  self     CH3 H H CH3 OH OH Fischer Projection up= back side= out       9   .  2  .LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.3.    ICC  1.

 13  &  14   OCHEM   Lab  Techniques   -­‐always  show  up  in  organic  section   -­‐most  common  is  H1  NMR  and  TLC   -­‐others  show  up  commonly  as  answer  choices     -­‐  so  just  know  what  they  are  and  property  it  is  assessing     We  can  break  Lab  techniques  into  2  categories   1) Ways  to  identify   2) Ways  to  separate  (different  lecture)     1) Identification   -­‐Most  Common  on  MCAT       a)  Infrared  Spectroscopy:  IR     -­‐Identify  fn’al  groups  on  molecule     -­‐Essentially  covalent  bonds.  2  .  vibrating-­‐  generating  dipoles  picked  up  by   transmittance/absorbance       -­‐  if  group  has  no  dipole  (diatomic  molecule  such  as  N2)  IR  will  not         pick  up  anything     -­‐used  when  running  reaction  to  see  if  it  has  gone  to  completion  or  any   change       -­‐  MCAT  focuses  on  did  I  get  a  new  bond  or  group  does  the  test  taker         know  what  is  going  on  here?     IR  Frequencies  (cm-­1)   Single  bonds  to  H   3700-­‐2500   Double  Bonds   Triple  Bonds   *OH   *C=O   C=C   C=C   C=N       10   1900-­‐1500   2300-­‐2000   3600-­‐3200   1760-­‐1670   1680-­‐1640   2260-­‐2100   2260-­‐2220   .3.LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.    ICC  1.

 2  .3.LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.  13  &  14   OCHEM     -­‐ranges  b/c  type  of  molecule  can  change  the  properties  of  frequency     *two  most  common-­‐  you  would  be  safe  to  go  into  MCAT  knowing  just  these  two  and   knowing  properties  to  gauge  others     11   .    ICC  1.

 13  &  14   OCHEM   correlates to fn'al groups Plot   broad peak sm (% ittan ) ce tra n sharp peak 4.3.    ICC  1.5δ -­‐Protons  on  benzene  ring  ~6-­‐9δ   -­‐Protons  attached  to  aldehyde  or  carboxylic  acids  ~10-­‐13δ       12   .  2  .LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.000 wave numbers (cm-1) 400   For  MCAT  know:     carbonyl  1760-­‐1670  sharp  band       OH  3600-­‐3200  broad  band   If  the  MCAT  gets  nitty  gritty  they  give  a  table  one  in  a  HW  passage       b)  Nuclear  Magnetic  Resonance:  H1  NMR     -­‐4  properties  to  be  familiar  with  and  be  able  to  asses         -­‐chemical  equivalency       -­‐integration  (how  many  contribute  to  particular  peak)       -­‐splitting  (H  on  neighboring  atom?)       -­‐chemical  shift  (how  far  move  peak  down  spectrum)     -­‐Protons  spinning-­‐  hit  with  radio-­‐waves  to  spin  synchronously       -­‐towards  TMS  =  more  shielded  (upfield)       -­‐TMS  is  standard  usually  ~1     -­‐shield  surrounded  by  e-­‐  clouds  (such  as  R  groups)       -­‐deshielded  e-­‐  hogged  (e-­‐  neg  atoms)  (such  as  aldehyde  ~10)   CH3 H3C C CH3 CH3   completely shielded       Chemical  Shifts  (δ )     -­‐CH3  have  lower  shift  than  CH2   -­‐Protons  attached  to  C=C  ~5-­‐7.

   ICC  1.3.  2  .2 dichloroethane #2     13   .  13  &  14   OCHEM   Plot   downfield deshielded upfield shielded I ity ns e t n TMS Tetramethyl siline 5 14 4 3 PPM 2 1 0   Example  1:     Hb Hb C Hb Cl C Cl Ha Cl H C H H C H Cl   1.1 dichloroethane #1   Sometimes  MCAT  asks  how  many  different  peaks  will  you  get?     -­‐how  many  different  H?     Equivalency:       #1-­‐  2  different  H  all  3Hb  rotate  around  C  single  bond     #2-­‐  1  H  symmetry     Integration:     #1-­‐  Ha  1H  contributes       Hb  3H  contribute     #2-­‐  4H  contribute   -­‐ more  area  under  curve  since  more  H  contribute     Splitting:       Spin-­‐spin  coupling  uses  n+1  rule       #  H  on  neighboring  atom  +  1=  how  many  peaks  split     #1-­‐  Ha  how  many  H  on  neighboring  atoms?    3  3+1=  4  Quartet       Hb  how  many  H  on  neighboring  atoms?  1  1+1=  2  Doublet     #2-­‐  2+1=  2  Triplet     1.LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.

 2  .LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.3.    ICC  1.  13  &  14   OCHEM   Overall:           Shift:       #1-­‐  Ha  1H  Quartet     Hb  3H  Doublet   #2-­‐  4H  Triplet     #1-­‐  Ha  shift  further  b/c  attached  to  C  attached  to  electroneg  atom     -­‐Cl  pulls  e-­‐  away  from  C  deshielding  H   Ha  downfield     Hb  upfield        Example  2  (if  time):     Ha Cl C Ha Hb C Hb Ha C Ha Cl     Do  we  have  symmetry?  Yes  chemical  equivalence   How  many  peaks  do  we  expect?    2     Types  of  peaks:   Ha:  4H  Triplet  downfield     Integration=  4H     splitting=  triplet  (2  neighbors)     shift=  downfield  (attached  to  C  attached  to  electroneg  atom)   Hb:  2H  Quintet  upfield     Integration=  2H     Splitting=  quintet  (4  neighbors)     Shift=  upfield     TMS 4H Quartet 2H Quintet   Upfield/downfield  is  fair  game  on  MCAT-­‐  has  been  seen   -­‐ which  is  more  desheilded?    A  closest  to  electroneg  atoms   More  often  questions  arise  such  as:     -­‐how  many  different  peaks     -­‐what  is  the  integration     -­‐how  many  H  contribute  to  splitting     14   10ppm 0ppm .

LECTURE  1   CHAPTER    3  &  7.  13  &  14   OCHEM       Examples:       c)  Nuclear  Magnetic  Resonance:  C13NMR       -­‐measure  how  many  non  equivalent  carbons       -­‐seen  1  question  on  practice  ask  about  shifting         -­‐  not  very  likely  so  don’t  waste  time  on  memorizing  shifts   CH3 O 1 peak 5 peaks symmetry   usually  see  the  following  as  answer  choices:   d)  Mass  Spectrum     -­‐Measures  Mass/charge  ratio   e)  UV  Spec   -­‐used  for  molecules  that  are  conjugated     -­‐lot  of  resonance  e-­‐  movement                     -­‐similar  to  Infrared   f)  Visible  Light  Spectrum   -­‐transition  metal  ions  utilizing  color  “rays”   4 peaks no symmetry         15   .3.    ICC  1.  2  .