ISOLASI DNA BUAH

Oleh: Nama NIM Kelompok Rombongan Asisten : Siti Nur Azizah : B1J011086 :3 : II : Puspa Dwi

LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS BIOLOGI PURWOKERTO 2013

struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular. karena memiliki nukleus dimana terdapat DNA didalamnya. . Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon. yaitu gula pentosa (deoksiribosa). fasilitas. dan kloroplas. PENDAHULUAN A. sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki protein histon. Penemuan teknik dalam memperoleh gen atau disebut dengan teknik molekuler yang mengendalikan suatu karakter sebagai penanda atau marker molekuler. DNA juga dapat diisolasi. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. gugus fosfat dan pasangan basa. ketersediaan sumber daya manusia. Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas. DNA terdapat pada nukleus. baik pada manusia maupun tumbuhan. DNA manusia dapat diisolasi melalui darah. Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih. mitikondria. sangat membantu efektifitas maupun efisiensi dari pelaksanaan proses seleksi yang akan dilakukan. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua. Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimilikimsuatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler.I. dan dana. DNA memiliki struktur pilinan untai ganda yang anti pararel dengan komponen-komponennya. sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. Teknik molekuler bervariasi dalam cara pelaksanaan untuk mendapatkan data. yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Dilihat dari organismenya. baik tekniknya maupun tingkatan target data yang diinginkan sesuai kemudahan pelaksanaan. diantaranya adalah perkembangan teknik biologi molekuler yang memungkinkan diperolehnya suatu marka gen yang mengendalikan karakter target perbaikan dalam program pemuliaan tanaman. Latar Belakang Dewasa ini perkembangan ilmu pengetahuan dalam ilmu biologi sangat pesat.

Tujuan Praktikum kali ini bertujuan untuk mengisolasi DNA kromosom serta mengetahui prinsip dan proses isolasi DNA kromosom. .Pengetahuan tentang DNA dan cara mengisolasinya akan dibahas dengan menggunakan alat dan bahan yang sederhana. dibahas B.

Masukkan buah ke dalam kantung plastik. kain kasa. tenderizer. . NaCl (garam dapur). deterjen. tabung eppendorf. sarung tangan dan kamera digital. Alat-alat yang digunakan adalah kantung plastik. etanol absolut dan akuades. pipet plastik. MATERI DAN METODE A. buah pepaya. buah alpukat. Metode 1. Materi Bahan yang digunakan dalam praktikum kali ini adalah buah strawberry. beaker glass. corong plastik. 3. Tambahkan tenderizer secukupnya dan tambahkan etanol absolut sebanyak 2 ml. 5. Masukkan detergen cair lalu disaring saat dimasukkan ke dalam tabung falcon. B. buah mangga. Tambahkan 1 sendok NaCl dan akuades lalu dihancurkan. 4.II. tabung falcon. Amati kabut putih yang terbentuk. 2. buah naga.

Kelompok Tabung Eppendorf 1 1 2 3 4 5 Strawberry Alpokat Pepaya Mangga Buah Naga + + + + Tabung Eppendorf II + + _ + + Gambar 1. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil Tabel 1. Hasil Isolasi DNA Buah Kabut Putih No. Hasil Isolasi DNA Buah Mangga .III. Hasil Isolasi DNA Buah Pepaya Gambar 2.

DNA plasmid mempunyai ukuran yang jauh lebih kecil daripada DNA kromosom. sehingga saat ini muncul berbagai teknik ekstraksi dan purifikasi DNA. Oleh sebab itu dalam pelaksanaannya harus dilakukan dengan baik dan bebas kontaminasi. terutama mRNA merupakan materi genetik yang mengkode suatu protein. Ekstraksi DNA dari organisme eukariot (manusia. RNA. DNA + protein + potasium yang mengendap dipisahkan dengan cara sentrifugasi. Berbagai teknik ekstraksi DNA telah dikembangkan dari prinsip dasar tersebut. DNA plasmid. Akhirnya DNA plasmid dapat dipresipitasi menggunakan etanol. RNA. 2004). DNA kromosom dan protein diendapkan dengan penambahan potasium. Bedanya. RNA dan protein yang tersisa dipisahkan. Jumlah populasi mRNA akan lebih banyak dibanding dengan DNA. 2009). Pembahasan Isolasi DNA merupakan suatu teknik dalam biologi molekuler yang digunakan untuk memisahkan DNA dengan campurannya. untuk memisahkan DNA plasmid. mRNA eukariot dapat dipisahkan dari DNA dengan menggunakan oligonukleotida dT. penghilangan protein dan RNA (cell digestion) dan pengendapan DNA (precipitation of DNA) dan pemanenan. Atau RNA total juga dapat diisolasi dari sel dengan menambahkan enzim DNase yang berfungsi untuk mendegradasi DNA (Zubaidah. hewan dan tumbuhan) dilakukan melalui proses penghancuran dinding sel (lysis of cell walls). Hasil ekstraksi tersebut merupakan tahapan penting untuk langkah berikutnya. Prinsip dasar ekstraksi DNA adalah serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. Proses ini membebaskan DNA kromosom. Supernatan yang mengandung DNA plasmid. Sebagai contoh. maka memerlukan perlakuan yang sedikit berbeda dengan prosedur di atas. DNA plasmid merupakan wadah yang digunakan untuk kloning gen. sehingga didapat DNA murni yang dapat digunakan untuk perkembangan teknik biologi molekuler lainnya sperti vektor kloning (Medina. sehingga DNA plasmid harus di pisahkan dari DNA kromosom. protein dan komponen lain. membran sel dilisis dengan penambahan detergen (Fatih.B. 2011). Pertama. Kemudian ditambahkan RNase dan protese untuk mendegradasi RNA dan protein. isolasi DNA kromosom lebih banyak menyerap .

pengekstraksian dalam larutan. Enzim proteinase K dapat digunakan untuk menghancurkan protein. yaitu: isolasi jaringan. Secara kimiawi penghancuran sel dilakukan dengan memanfaatkan senyawa kimia seperti EDTA (Ethylene Diamine Tetra Acetic). dan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate). ada 5 tahap untuk melakukan isolasi DNA. purifikasi. Proses sentrifugasi dengan kecepatan tinggi akan mengendapkan tepung berwarna putih (DNA) dan menempel di dasar tabung ependorf (Mustahib. Kemudian molekul nuleotida (DNA dan RNA) yang telah dipisahkan dibersihkan dari protein yang masih ada dengan menggunakan phenol (Mustahib. 2012). Pemurnian atau purifikasi DNA dapat dilakukan dengan mencampur larutan DNA tersebut dengan NaCl yang berfungsi memekatkan. Kotoran akibat lisis sel dipisahkan dengan cara sentrifugasi.zat warna daripada isolasi DNA biasa. pelisisan dinding dan membran sel. 2012). EDTA berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion magnesium (ion ini berfungsi untuk mempertahankan integritas sel maupun mempertahankan aktivitas enzim nuclease yang merusak asam nukleat). dan presipitasi. Pelisisan dinding dan membran sel Tahap selanjutnya yaitu melisiskan dinding dan membran sel dengan cara penggerusan (homogenasi). Selain itu.000 rpm atau dengan menggunakan larutan pelisis sel atau buffer. memisahkan DNA dari larutan. 2. sentrifugasi dengan kecepatan lebih dari 10. DNA kromosom juga diproduksi didalam sel (Cespedes. Enzim RNAase digunakan untuk menghancurkan RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh. Secara umum. dan mengendapkan DNA sewaktu dicampur dengan ethanol. 2010). SDS merupakan sejenis deterjen yang berfungsi merusak membrane sel. Sedangkan choloform digunakan untuk membersihkan sisa-sisa protein dan polisakarida dari larutan. Penambahan larutan pelisis sel ini bertujuan untuk melisiskan sel yang tidak mengandung DNA agar sel yang mengandung inti sel dapat . Proses ini sebagian kecil RNA juga dapat dibersihkan. ada didalamnya. 1. Isolasi jaringan Tahap pertama yaitu mengisolasi jaringan yang akan digunakan.

Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar. Hal tersebut bertujuan untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur. Tahap presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan larutan presipitasi protein dan kemudian divortex yang bertujuan untuk menghomogenkan larutan. Penambahan etanol. terjadi pelepasan senyawa polifenol dan polisakarida.000 rpm. 2010). sehingga menyebabkan protein mengendap. Hal tersebut bertujuan agar didapat ekstrak. Detergen mengandung sodium dodesil sulfat (SDA) yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membranakan rusak dan melisiskan isi sel (Jamilah.diisolasi atau dipisahkan dari komponen-komponen sel lainnya yang tidak berfungsi (Davis. Larutan tersebut kemudian disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan kecepatan 13. detergen berfungsi menggantikan senyawasenyawa kimia. Pengekstrasikan dalam larutan Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang dan kemudian dilakukan ekstraksi di dalam larutan. . 5. Pada larutan tersebut kemudian diberikan RNAse dan diinkubasi selama 10 menit pada suhu 65°C. yaitu presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon. 2005). Penambahan NaCl berfungsi sebagai buffer atau penyeimbang pH. Penambahan RNAse berguna untuk menyingkirkan kontaminasi RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh. 1994). sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas (Calista. yang menyebabkan DNA menjadi terlihat. sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon. 3. Penghancuran jaringa jaringan sampel pada awal proses isolasi DNA. Larutan presipitasi protein terdiri atas amonium asetat yang jika berikatan dengan protein mengakibatkan terbentuknya senyawa baru dengan kelarutan lebih rendah. Purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan hasil ekstrak dari zat-zat lainnya. Presipitasi Tahap terakhir. 4.

penambahan detergen untuk membantu kerja NaCl untuk melisiskan sel. 2005). penambahan Tenderizer untuk menghidrolisis atau menghancurkan protein. akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda. penyaringan untuk memisahkan serat buah dan DNA. DNA tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa. supaya DNA tidak rusak. memisahkan DNA dari bahan lain. selain itu juga sebagai pelarut lemak. dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sample buah. basa nitrogen. Menurut Jamilah (2005). pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. 2005). tidak melarutkan DNA yang dapat menyebabakan DNA melayang. Proses peremasan merupakan perlakuan untuk mensederhanakan tekstur dan merusak dinding sel secara mekanis (Jamilah. sementara filtrat berada dibagian dasar tabung karena ethanol memiliki kerapatan yang lebih kecil dibandingkan air (Jamilah. Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel. dan pada akhirnya ethanol akan berada di bagian atas tabung. selain itu juga etanol absolut dapat mengikat air dan memiliki suhu yang rendah. maka kadar air pada masing-masing buah berbeda.larutan akan tampak terbalik untuk beberapa saat. menyebabkan DNA stabil dan bias disimpan untuk keperluan yang lain misalnya untuk keperluan elektroforesis. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara. etanol absolut memiliki berat jenis yang ringan. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup yang sangat berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan stuktur protein dan proses metabolisme lain. mengubah larutan dari isotonis menjadi hipertonis. penambahan alkohol 96% atau etanol absolut atau bisa juga dengan isopropanol untuk pemurnian DNA. penambahan akuades sebagai pengencer atau pelarut. dapat memberi hasil yang . Tujuan setiap tahapan isolasi DNA buah yang pertama adalah penghancuran buah secara mekanik dengan cara di remas-remas bertujuan untuk perusakan dinding sel selanjutnya penambahan NaCl 1 sendok bertujuan sebagai buffer.

Pemberian isoamil alkohol saat memisahkan natan dengan supernatan lebih kepada membantu penisahan fase. dalam penelitiannya. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membran sel. rata-rata menghasilkan DNA berkisar antara 5. Semakin tinggi kadar air. melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa “lipid proteindeterjen kompleks”. daun buram tua tua dan layu. Menurut Wane (2011) penggunaan kemikalia seperti garam dan fenol memiliki tujuan dan fungsi yang berbeda pada isolasi DNA.25 M NaCl sebagai yang paling efisien protokol untuk menghapus polisakarida yang sangat terkonsentrasi dari DNA genomik tanaman buah berkayu. tiga jenis DNA tanaman protokol ekstraksi dipelajari dan target adalah mendirikan eter jenuh air (WSE) dengan metode 1. DNA diekstraksi dari sampel dari 60 genotipe mangga. dan deterjen Sodium Dodesil Sulfat (SDS) untuk merusak membran sel. 2005). ditemukan bahwa Metode WSE dengan NaCl memiliki nilai tertinggi dari persentase rata-rata (85. Pemberian garam (NaCl) bertujuan untuk presipitasi alkohol. tua. dewasa. Dibandingkan dengan tiga protokol DNA dipelajari ekstraksi mangga. Metode ini melibatkan yang CTAB yang dimodifikasi atau prosedur SDS menggunakan langkah pemurnian untuk menghilangkan polisakarida menggunakan metode WSE. Menurut Majumder (2011). menurunkan jumlah material yang ikut . sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik.28 ug / uL. Setelah dicuci dengan etil alkohol 70%. maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit. Pemberian fenol untuk pendenaturasi protein sedangkan rasio pemberian fenol dan kloroform (1:1) yang berfungsi deproteinasi supaya lebih efektif. (Jamilah. mendenaturasi protein. sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit. termasuk muda. pengendapan dengan volume yang sama isopropanol menyebabkan pelet DNA terbentuk. Dengan menggunakan tiga metode. menghambat aktivitas nuklease.05 ug / uL to11. DNA cocok untuk analisis PCR dan RAPD dan penyimpanan jangka panjang untuk digunakan lebih lanjut. pelet menjadi mudah dilarutkan dalam buffer TE. demikian juga dengan deterjen.berbeda-beda pula.44%) pada DNA content genotipe mangga.

etanol dapat menggumpal dengan polisakarida. 2. Ekstrak tadi membentuk EtOH yang akan terpisah menjadi aseton dan etil-asetat. Kelompok menggunakan buah papaya sebagai sumber DNA untuk diisolasi.1% HCl). dan metabolit lain yang dapat menghambat isolasi DNA. ditambahkan akuades agar hancur lebih mudah kemudian ditambahkan l dan 15 sendok NaCl dan ditambahkan deterjen. Kelompok 1. Analisis genetik pada tanaman membutuhkan DNA sampel yang benar-benar murni. . buah harus dipisahkan antara daging buah dan bijinya. kemudian dari penyaringan tadi ditambahkan alkohol 96% kemudian. Jadi. Kabut diduga mengandung DNA setelah dielektroforesis. Fungsi tenderizer (pengempuk daging hewan) dalam isolasi buah atau bagian lain dari tumbuhan juga memiliki fungsi yang sama untuk mengempukkan buah sehingga lebih mudah didapatkan ekstrak buahnya. 2009). 4 dan 5 terlihat adanya kabut setelah diisolasi. 2010). Isolasi DNA pada tanaman berkayu lebih sulit dilakukan karena tanaman berkayu mengandung polisakarida. Hasilnya tidak terlihat adanya kabut putih yang kemudian dimasukkan kedalam tabung eppendorf. dan hal ini dapat mempersulit pemurnian DNA tumbuhan berkayu itu sendiri (Sahasrabudhe. Langkah pertama yaitu potongan buah naga dimasukkan kedalam plastik dan diremas-remas. Menurut Cespedes et al (2009) dalam melakukan isolasi dengan bahan buah. Isolasi DNA juga dapat diaplikasikan pada DNA tanaman. polifenol. dagingnya dihancurkan dan diekstraksi dengan menggunakan etanol (dengan penambahan 0. alkaloid.terkontaminan dalam fase cair dan interfase serta membantu menurunkan busa. Pada tahapan presipitasi. tanin. diambil 2 ml untuk dimasukkan kedalam tabung eppendorf. fungsi fenol ialah dapat memutus urutan reaksi metabolisme dan fenol sendiri merupakan senyawa aktif yang berada di alam (Wahyuni. Antioksidan dalam konsentrasi rendah akan mudah teroksidasi oleh senyawa ROS maupun fenol. disaring dan ditambah tenderizer. Penggunaan etanol biasanya dilakukan pada isolasi buah yang mengandung antioksidan.

strawberry dan buah naga. 2. hendaknya tidak hanya memakai preparat buahbuahan. Ada 5 (lima) tahapan untuk melakukan isolasi DNA. Buah yang memiliki kadar air rendah menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik daripada buah yang kadar airnya tinggi. Bawang bombay menunjukkan kualitas DNA terbaik selanjutnya berturut-turut buah alpukat.IV. pelisisan dinding dan membran sel. . KESIMPULAN DAN SARAN A. alangkah baiknya mengisolasi DNA dari jaringan hewan. mangga. purifikasi. Kesimpulan 1. B. yaitu isolasi jaringan. dan presipitasi. pengekstraksian dalam larutan. Isolasi DNA kromosom prinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari komponen-komponen sel lain. Saran Praktikum isolasi DNA.

DAFTAR REFERENSI Calista. Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya. 1. al. Alacron. Vol.15:872– 882. Avila. Isolasi DNA metode “Kitchen Preparation”. Mustahib.com/2011/06/ pengertian-dna-dan-isolasi-dna-kromosom. Pengertian DNA dan Isolasi DNA kromosom. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi. Battey. coli (AIEC) in Crohn’s Disease. M. 2010. Basic methods: Molecular biology. Sahasrabudhe. . Universitas Negeri Malang. International Journal of Botani 6 (3): 293-298. Penambahan Enzim. M.L. Zubaidah.com/2012/02/11/isolasi-dna-metode-kitchenpreparation/. Phytochemical profile and the antioxidant activity of Chilean wild black berry fruits. Isolasi RNA Available on http://wanenoor. 2009. 2005. M. Wane. Variasi Genetik. Moralea. Norwol. Malang. No. Cespedes.M. 2010. O. Identifikasi. Hafidi. Standardization of DNA Extraction and Optimization of RAPD-PCR Conditions in Garcinia indica. Mukhlissul. Appleton & Lange. 2nd ed..umm.V. Medina. Pengaruh Berbagai Macam Detergen. 2009.id/download-aspdf/umm_blog_article_57. Distribusi dan Upaya Eliminasi Bakteri Penyebab CVPD (Citrus Vein Phloem). L. Inflamm Bowel Dis 2009. Teknik isolasi genom tanaman pepaya dan jeruk dengan menggunakan modifikasi buher CTAB. Aristotelia chilensis (Mol) Stuntz (Elaeocarpaceae). Diakses tanggal 20 Mei 2013. http://carladc.P.pdf. J. C. Siti.. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Fatih. Food Chemistry 119 (2010) 886–895. 2010. et. Asian Network for Scientific Information Wahyuni.blogspot.html. & J. Jamilah. J. Lopez. Diakses tanggal 20 Mei 2013. 2012. 2011.G.E. 1994. Davis. dan Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah. 2011. Molecular Diversity of Escherichia coli in the Human Gut: New Ecological Evidence Supporting the Role of Adherent-Invasive E. C. 2009: 61 – 67. Dwi A. Kuehl. M. Available on http:// biologi. Malang. Diakses pada tanggal 20 Mei 2013.ac.D. 10.blogsome. Isolasi DNA plasmid.student. 2004.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful