Ácidos nucleicos Los ácidos nucleicos son macromoléculas construidas en forma de cadena larga (hebra) de monómeros llamados nucleótidos

. La función principal de los ácidos nucleicos es almacenar y transmitir información genética, pero también pueden desempeñar funciones estructurales o catalíticas. Hay dos tipos de ácidos nucleicos en los organismos vivos, ácido desoxirribonucleico (DNA) y ácido ribonucleico (RNA). Como se mencionó en el capítulo 1, el DNA es el material genético de todos los organismos celulares y el RNA efectúa este papel para muchos virus. En las células, la información almacenada en la plantilla de DNA se emplea para dirigir las actividades celulares durante la formación de mensajes de RNA. En el presente análisis describiremos la estructura básicí. de los ácidos nucleicos empleando el RNA como molécula representativa. En el capítulo 10 se describirá la estructura más compleja de la doble cadena
CAPITULO 2 • Bases químicas de la vida 67
Fosfato

N-H (a) OH OH
Azúcar

Esqueleto de fosfato de azúcar Base

(b)
FIGURA 2-46. Nucleótidos y fibras de nucleótido. a) Los núcleoticlos son los monómeros a partir de los cuales se construyen las cadenas de ácidos nucleicos. Un nucleótido consta de tres partes: un azúcar, una base nitrogenada y un fosfato. Los nucleótidos de RNA contienen el azúcar ribosa que posee un grupo hidroxilo enlazado al segundo átomo de carbono. En contraste, los nucleótidos de DNA contienen el azúcar desoxirribosa, que tiene un átomo de hidrógeno en vez de un grupo hidroxilo fijado al segundo átomo de carbono. Cada nucleótido está polarizado, tiene un extremo 5' (correspondiente al lado 5' del azúcar) y un extremo 3'. b) Los nucleótidos se reúnen para formar cadenas mediante enlaces covalentes que unen al grupo hidroxilo 3' de un azúcar con el grupo fosfato 5' del azúcar adyacente.

2) un grupo fosfato, y 3) una base nitrogenada (así llamada porque en los anillos de su molécula se encuentran átomos de nitrógeno). El fosfato está unido al carbono 5' del azúcar y la base nitrogenada se junta al carbono 1' de los azúcares. Durante el ensamblado de una cadena de ácido nucleico, el grupo hidroxilo fijado al carbono 3' del azúcar de un nucleótido queda unido mediante una unión éster al grupo fosfato unido al carbono 5' del siguiente nucleótido de la cadena. Así, los nucleótidos de una cadena de RNA (o DNA) están conectados por enlaces azúcar-fosfato (fig. 2-46, b), que se describen como enlaces 3 '-5'-fosfodiéster debido a que el átomo de fosfato está esterificado con los dos átomos de oxígeno, uno de cada azúcar adyacente. Una cadena de RNA (o de DNA) contiene cuatro tipos diferentes de nucleótido que se distinguen por su base nitrogenada. Dos tipos de bases se encuentran en los ácidos nucleicos; pirimidinas y purinas (fig. 2-47). Las pirimidinas son moléculas más pequeñas que constan de un solo anillo; las purinas son más grandes y poseen dos anillos. El RNA contiene dos diferentes purinas, adenina y guanina, y dos pirimidinas diferentes, citosina y uracilo. En el DNA, el

Un RNA ribosórrúco de subunidad grande actúa como catalizador en la reacción para unir aminoácidos mediante enlaces covalentes durante la síntesis de proteínas. pero a menudo se pliega para formar moléculas con extensos segmentos de doble cadena. más bien sirven como armazones estructurales sobre las cuales pueden unirse ¡as proteínas del ribosoma y como elementos que se fijan a diferentes componentes solubles requeridos para la síntesis de proteínas. Por lo contrario. 68 CAPITULO 2 • Bases químicas de la vida FIGURA 2-48. Los RNA ribosómicos son moléculas que no contienen información genética. Los nucleótidos no sólo son elementos importantes para construir ácidos nucleicos. y N=< NH CH. Bases nitrogenadas en los ácidos nucleicos. adenina y guanina son purinas y uracilo y citosina son pirimidinas. un intermediario del flujo de información genética procedente del DNA (a través del RNA) hacia las proteínas. 2-46. Este concepto cambió en los últimos años cuando se supo que en el ribosoma el RNA se encarga de unir aminoácidos para formar . Esto lo ilustra el RNA presente dentro de una subunidad pequeña del ribosoma bacteriano (fig. Un inunde de RNA En los últimos 50 años los estudios de investigación han revelado notables avances en diferentes tipos de proteínas. una pirimidina con un grupo metilo extra pegado al anillo (fig. el cual es un componente integral de la subunidad ribosómica más pequeña. «). O H-fNH HO H Adenina HO Tirnina HO Uracilo de DNA. En el DNA. 1) un azúcar de cinco carbonos. y la importancia del DNA como almacén y para controlar la actividad de las células. La cadena de RNA se pliega sobre sí misma en un patrón muy ordenado. La estructura del ATP y su papel clave en el metabolismo celular se estudian en el siguiente capítulo. que difieren del uraciio por un grupo metilo unido al anillo. En condiciones típicas el RNA consta de una sola cadena. Los RNA catalizadores se denominan ribosomas. La mayor parte de la energía utilizable por todo organismo viviente en cualquier momento se deriva del nucleótido trifosfato de adenosina (ATP). sino que también tienen funciones significativas por sí mismos. el RNA ha sido relegado principalmente a un papel de mensajero. como la ilustrada en el RNA ribosómico aquí mostrado. de modo que la mayor parte de la molécula forma una doble cadena. en La vía experimental del capítulo 11 se estudian en detalle su estructura y función. De Jas cuatro bases estándar que se encuentran en el RNA. 2-47). las pirimidinas son citosina y timina. FIGURA 2-47. Las sombras de color naranja indican regiones donde dos porciones de la cadena se enlazan entre sí por un enlace de hidrógeno. 2-48). En una cadena de RNA cada nucleótido consta de tres partes {fig. donde se puede vincular con su papel central en las bases químicas de la vida. ribosa. El RNA puede asumir formas complejas.uracilo se sustituye por timina.

ribosomas y elementos citoesqueléticos que constan de diferentes tipos de subunidades. En vez de ellos. En sus experimentos purificaron proteínas del VMT y de RNA por separado. ¿también pueden ensamblarse por sí solas? ¿Hasta qué punto se puede explicar la organización subcelular simplemente colocando pedazos unidos para formar el arreglo más estable? El ensamblado de los organelos celulares todavía es mal comprendido. pero de los siguientes ejemplos se puede concluir que diferentes tipos de subunidades son capaces de autoensamblarse para formar arreglos de orden más elevado. los . la secuencia de aminoácidos de una proteína es el determinante primario de la forma tridimensional final de la proteína. demostraron que las partículas del VMT. ¿Hasta qué grado se pueden aplicar los conocimientos adquiridos del estudio de la arquitectura de proteínas a estructuras más complejas en la célula? Estructuras como membranas. Ensamblado de las partículas virales del mosaico del tabaco y de sus subunidades ribosómicas La prueba más convincente de que un proceso particular de ensamblado puede ser autodirigido es demostrar que bajo condiciones fisiológicas puede ocurrir fuera de la célula (in vitro) cuando las únicas macromoléculas presentes son aquellas que constituyen la estructura final. que constan de una molécula de RNA larga (unos 6 600 nucleótidos) arrollados dentro de una cápsula helicoidal formada por 2 130 subunidades proteínicas idénticas tenían capacidad de autoensamblarse. no existían sobre el planeta ni DNA ni proteínas. 2-6 Formación de estructuras macromoleculares complejas Como se describe en La vía experimental al final de este capítulo. se forman de RNA y proteínas. como las partículas del VMT. Sólo en una etapa posterior de ia evolución se "encargaron" estas actividades al DNA y a las proteínas (véase sección 11-3). Por lo tanto.un polipéptido y es también el RNA de las partículas nucleares el que probablemente se encargue de cortar y unir los mensajes genéticos. Aunque la secuencia de hechos que conducen al ensamblado del VMT fue motivo de controversia en años recientes. hay poco desacuerdo acerca de que los dos componentes contienen toda la información necesaria para la formación de partículas. en las primeras etapas de la evolución biológica. Los ribosomas. A diferencia del VMT más simple. En 1955. Estos datos llevaron a especular que en algún momento. de la Universidad de California en Berkeley. las moléculas de RNA efectuaban una doble tarea. las mezclaron bajo condiciones adecuadas y recuperaron partículas infecciosas maduras luego de un breve periodo de incubación. mediante varios estudios se ha establecido que la compleja estructura tridimensional de una proteína puede formarse en forma espontánea por autoensamblado o con ayuda de un pequeño número de "chaperones" inespecíficos presentes en la célula. Heinz Fraenkel-Conrat y Robley Williams. servían como material genético y catalizaban las reacciones enzimáticas necesarias.

(Cortesía de H. cuando Masayasu Nornura y sus colaboradores. Por ejemplo. muy parecido al proceso in vivo. G.ribosomas contienen varios tipos diferentes de RNA y un conjunto considerable de diferentes proteínas. Aunque los ribosomas en general se consideran estructuras simétricas. coli contiene dos moléculas de RNA y 32 proteínas diferentes. Wittmann. Cuando menos una de las proteínas de la subunidad pequeña (516) parece funcionar exclusivamente en el ensamblado del ribosoma. Las dos subunidades no se muestran en la misma escala. se componen de dos subunidades de diferente tamaño. Formas aparentes de las subunidades ribosómicas. El análisis de los intermediarios que se forman en diferentes etapas de la reconstrucción in vitro indica que el ensamblado de la subunidad ocurre de manera secuencial.) 19 11 tienen una forma muy irregular. En realidad. la formación de ribosomas dentro de una célula encañóla implica la asociación . la bacteria puede ensamblar la misma estructura en unos pocos minutos a temperaturas tan bajas corno 10°C Puede ser que la bacteria utilice "trucos" especiales no disponibles al investigador que inicia con componentes purificados. Muchas otras proteínas de la subunidad pequeña funcionan principalmente para estabilizar la estructura ensamblada. coli mostrando la ubicación de algunas proteínas ribosómicas. de la Universidad de Wisconsin. como se indica en la figura 2-49. Al parecer. la formación del ribosoma dentro de la célula puede incluir la participación de factores accesorios que funcionan en el plegamiento de la proteína como los chaperones descritos en la página 72. Este ensamblado del VMT sugiere que la incorporación de proteínas individuales parece modificar la conformación de la partícula en crecimiento haciéndola más reactiva a la fijación de proteínas adicionales. Todos los ribosomas. La reconstitución de una subunidad grande del ribosoma bacteriano se logró en el decenio siguiente. en realidad CAPITULO 2 • Bases químicas de la vida 69 FIGURA 2-19. La unidad ribosómica grande (o SOS) de E. Debe recordarse que en tanto la reconstitución in vitro del ribosoma tarda aproximadamente dos horas a 50°C. Uno de los acontecimientos fundamentales en el estudio de los ribosomas ocurrió a mediados del decenio de 1960. paso a paso. los componentes de la subunidad pequeña contienen completa la información necesaria para ensamblar toda la partícula. pero no bloquea la formación de los ribosomas funcionales completos. La subunidad ribosómica pequeña (o SOS) contiene una molécula de RNA y 21 proteínas diferentes. lograron reconstituir subunidades 30S completas y totalmente funcionales mezclando las 21 proteínas purificadas de la subunidad pequeña con RNA ribosómico purificado del mismo tipo de subunidad. cualquiera que sea su origen. la delección de esta proteína en la mezcla de reconstitución disminuye mucho la tasa del proceso de ensamblado. Modelos de las subunidades ribosómicas pequeña (305) y grande (SOS) de la bacteria E.

La ribonucleasa A es una pequeña enzima que consta de una sola cadena de polipéptidos de 124 aminoácidos con cuatro enlaces disutfuro que unen varias partes de la cadena (fig. 70 CAPITULO 2 • Bases químicas de la vida LAVIAEXPERIMENTAL Construcción de la estructura de una proteína A fines del decenio de 1950 se dilucidó la estructura terciaria de la mioglobina al demostrar la complejidad de la arquitectura de las proteínas. Juntos estos agentes pueden desorganizar por completo la proteína. una vez que se sintetiza un polipéptido a partir de una secuencia particular de aminoácidos codificados en el DNA. el polipéptido se pliega espontáneamente en su organización tridimensional apropiada. agente reductor que rompe los puentes disulfuro y los convierte en grupos sulfhidrilo (—SH) de cisterna. plegada y retorcida.2 Anfinsen concluyó que la secuencia de aminoácidos de un polipéptido contiene toda la información requerida para ensamblar la conformación tridimensional de las proteínas. moléculas estructural y funcionalmente indistinguibles de las presentes al principio del experimento. la estructura terciaria particular que adopta un polipéptido es la que posee la menor energía y confiere a la estructura la mayor estabilidad. VE 2-1). El desplegarniento o desorganización de una proteína se denomina desnaturalización y se puede efectuar mediante varios agentes. Como se analiza en el siguiente capítulo. Anfinsen tuvo que seguir el siguiente método. La primera prueba de esta hipótesis fue realizada por Christian Anfinsen y sus colegas en los National Institutes of Health al usar la proteinrribonucleasa A. solventes orgánicos. La conclusión de que el replegamiento de la ribonucleasa . a continuación trató la proteína con agentes capaces de destruir las estructuras secundaria y terciaria del polipéptido. Francis Crick sugirió que "el plegamiento simplemente es una función del orden de los aminoácidos". Según la hipótesis de Crick. radiaciones. Como era imposible aislar cadenas de ribonucleasa antes que sufriera su plegamiento dentro de la célula. Para desnaturalizar la ribonucleasa Anfinsen trató primero la molécula con/?-mercaptoetanol. los acontecimientos tienden a progresar hacia estados de menor energía. y por lo tanto el proceso de plegamiento ocurre por autoensamblado. Anfinsen observó que las moléculas activas de la enzima se reconstruyeron (fig. calor y compuestos como la urea y el cloruro de guanidina. Purificó la enzima activa a partir de células. Como resultado. y con urea concentrada capaz de romper enlaces no covalentes. los cuales bloquean diferentes interacciones que estabilizan la estructura terciaria de una proteína. y luego estudió la capacidad de la proteína para restablecer su conformación activa (nativa). VE 2-1}. Una vez eliminados el mercaptoetanol y la urea. los componentes del ribosoma eucariota maduro ya no poseen la información para reconstituirse por sí mismos in vitro.transitoria de varias proteínas que no terminan en la partícula final y también la eliminación de casi la mitad de los nucleótidos del precursor de RNA ribosómico grande (sección 11-3).1 En otras palabras. organizarse en la célula? En 1958. De inmediato se originó una pregunta importante: ¿cómo puede una estructura tan compleja. incluyendo detergentes.

Posteriormente se confirmó la capacidad de la ribonucleasa para autoensamblarse con la demostración de que la ribonucleasa se puede sintetizar en el laboratorio. otros no. en la Universidad de Duke. 1981. Las primeras etapas del plegamiento generan. Cold Spring Harbor Symp.) que la estructura terciaría de un polipéptido puede originarse de manera espontánea a partir de su estructura primaria. En un polipéptido determinado de 100 aminoácidos hay más de 1 000 enlaces que pueden girar y los cálculos indican que si el plegamiento ocurre de manera totalmente al azar. VE 2-2) con formación de intermediarios bien definidos.5 Una vez que se logra un intermediario plegado aparecen guías que dirigen el proceso hacia la siguiente etapa intermedia y por lo tanto eliminan la necesidad de probar muchas conformaciones inestables. el autoensamblado ocurrió mucho más extensamente cuando la proteína estaba presente en concentración mucho menor (0. que forman una armazón estable para los pasos subsecuentes. Richardson. Además. Biol. 34:326. Anfinsen. Anfinsen concluyó que la concentración y temperatura menores reducían la probabilidad de formación de agregados moleculares interactivos. Chem. en condiciones típicas. Aunque el plegamiento de los polipéptidos fue menos eficaz en el tubo de ensaye que en ¡a célula./. Quant. las hélices a y las láminas/?. R. lo cual es imposible de verificar. Prot.) orden en presencia de la urea. Incluso las proteínas que se autoensarnblaron. y de otros indican que el proceso de plegamiento ocurre en pasos ordenados (fig. y que el producto sintetizado todavía tiene capacidad para plegarse sobre sí mismo y producir una molécula de enzima activa. Los segmentos enrollados representan una hélice a y las flechas representan fibras /f. Si el polipéptido retiene un mínimo de Desplegamiento (urea + mercaptoeíanol) KICUKA VE 2-1 . debe haber alguna dirección ("abreviaturas" moleculares) para el proceso. Goldberger y C.ocurre por autoensamblado se apoya en la presunción de que la urea provoca desorganización total de la protema. En los últimos 30 años se han publicado cientos de trabajos acerca de las vías de plegamiento de proteínas.01 a 0. podría argüirse que eso facilita el replegamiento de la molécula después de quitar el agente desnaturalizador. podría requerirse mayor tiempo que la edad del universo en la búsqueda de todas las conformaciones posibles. (Según Jane S. Claramente. Los estudios de Jane Richardson y sus colegas. Epstein.F. A cada paso la persona busca una roca plana o un apoyo firme que lo guíe hacia el siguiente sitio.B. Se piensa que durante . Adv.4 Algunos polipéptidos desnaturalizados se volvieron a plegar a sus conformaciones nativas. 1963. Luego de eliminar estos reactivos la proteína sufre replegamiento espontáneo. (Tomado de C. Etapas propuestas en el proceso de plegamíento de una proteína.3 Cuando Anfinsen y otros investigadores intentaron ampliar sus observaciones a otras proteínas lograron resultados mixtos. los resultados de estos estudios sugieren fuertemente CAPITULO 2 • Bases químicas de la vida 71 FIGURA VE 2-2.1 mg/ml) y temperaturas más bajas que las observadas en la célula. gran parte de la estructura secundaria de la proteína. aminoácido por aminoácido. 23:439. El proceso puede compararse a caminar por una playa rocosa o subir una cuesta empinada.Una molécula nativa de ribonucleasa (con enlaces disulfuro intramoleculares) es reducida y desplegada con /3-mercaptoetanol y urea M8. lo hicieron mucho más lentamente de lo que ocurre dentro de la célula.

una ligera elevación de temperatura puede iniciar el desdoblamiento de estas proteínas. desde bacterias hasta plantas y mamíferos. Igual que las moléculas de grasa en un plato de sopa se reúnen en gotas. Durante el decenio de 1980 se lograron nuevos conocimientos en el proceso de plegamiento dependientes de los resultados obtenidos a partir de una línea de investigación inesperada. es la formación de puentes disulfuro. cuando se requiere.7 Pronto se observó que esta respuesta.M. Los resultados sugieren que el incremento de temperatura induce la expresión de nuevos genes. Un tipo de chaperón se une a un polípéptido conforme se sintetiza sobre el ribosoma. se activaban algunos sitios nuevos en los cromosomas gigantes de las larvas. denominada respuesta al choque de calor. no se limita a la mosca de la fruta.10 Se han descrito diferentes tipos de chaperones moleculares. ¿Cuál es la función de estas proteínas por choque de calor? La estructura de muchas proteínas es muy sensible a la temperatura.la evolución se seleccionaron secuencias de aminoácidos que forman con mayor rapidez a estos intermediaros relativamente estables. el biólogo italiano F. luego el polipéptido pasa a otro tipo de chaperón que lo protege durante . las proteínas solubles tienden a desnaturalizarse y formar agregados. sino también en concentración menor en células bajo condiciones normales. y se ha demostrado que actúan en secuencias muy parecidas a un equipo de relevos. En 1985 se publicó un trabajo donde se demostraba que luego de la elevación de la temperatura penetraba al núcleo de las células afectadas un tipo de proteínas de choque de calor y se enlazaban a los agre72 CAPITULO 2 • Bases químicas de la vida gados de proteínas nucleares. Debido al papel auxiliar de estas proteínas en el proceso de plegamiento para evitar interacciones indeseables. donde actuaban como "pata de cabra molecular" que favorece la disgregación. Ritossa estudiaba el desarrollo de la mosca de la fruta Drosophüa y publicó un dato curioso. En 1962. Este desdoblamiento expone residuos hidrofóbicos previamente ocultos en el núcleo de la proteína. se les denominó chapetones moleculares. Como veremos en el capítulo 10. los cromosomas gigantes de las larvas de estos insectos suministran una manera de visualizar la expresión del gen.6 Cuando la temperatura a la cual se desarrollaban las larvas de la mosca de la fruta se elevaba de los 25°C normales a 32°C.8 Un examen más detenido reveló que las proteínas caracterizadas no sólo se encontraban en las células sometidas al choque de calor. sino que también puede iniciarse en muchas otras células diferentes de prácticamente cualquier tipo de organismo. evitando su agregación.9 Estudios adicionales indican que las proteínas producidas por el choque de calor funcionan durante e! proceso normal de plegamiento enlazándose a las placas hidrofóbicajs expuestas sobre la superficie de intermediarios parcialmente plegados. El plegamiento subsecuente de la mayor parte de las proteínas solubles se guía por interacciones hidrofóbicas que obligan a los residuos no polares a juntarse en el núcleo central de la proteína formando una molécula compacta estabilizada por fuerzas de van der Waals. Cuando se somete una célula al choque de calor. dato que se confirmó 10 años más tarde con la caracterización de varias proteínas nuevas presentes en la larva luego de elevar la termperatura. El último paso. lo mismo ocurre a proteínas con placas hidrofóbicas en su superficie.

Macmillan Magazines Limited. La proíeína forma un cilindro hueco.la siguiente etapa de plegamiento. pero son incapaces de plegarse en la forma nativa. todavía el plegamiento de un polipéptido se considera "autoensamblado". el polipéptido pierde su capacidad para enlazarse a la pared de la cámara y abandona el complejo GroEL.13 Dado que los mismos chaperones pueden facilitar el plegamiento de una gran variedad de polipéptidos. SINOPSIS Los enlaces covalentes juntan átomos para formar moléculas. Estas enzimas se sintetizan en los ribosomas de la célula.12 Se cree que en el proceso de plegamiento las proteínas de ¡as etapas intermedias quedan secuestradas dentro de la cavidad central para evitar un plegamiento erróneo o que se unan a otras proteínas. la fibras/í en verde y los segmentos de conexión en naranja. una-proteína homologa denominada hsp60 se observó en mitocondrias y cloroplastos. Nature 371:589. Cuando concluyen los pasos de plegamiento. Una vez que la proteína asume su conformación final. el átomo con mayor atracción por electrones (el más electronegativo) posee carga parcial negativa. sino que también participan en desplazar proteínas a través de las membranas para colocarlas en su posición apropiada dentro de organelos específicos. Copyright 1994. 1994. se presume que los intermediarios parcialmente plegados deben compartir características comunes que les permiten enlazarse a los mismos chaperones. Puesto que los chaperones moleculares como GroEL sólo suministran el ambiente para el plegamiento del polipéptido y no poseen información indispensable para el proceso. como mitocondrias y cloroplastos. coli. VE 2-4). Cada anillo se compone de siete subunidades. estos sitios de enlace al parecer se ocultan en el interior de la proteína y ésta pierde su capacidad de interactuar de nuevo con un chaperón. los polipéptidos parcialmente plegados pueden sufrir ciclos alternados entre dos estados: enlazados a las paredes de la cámara y libres dentro del espacio de la cámara (fig. La determinación de la estructura tridimensional GroEL reveló que en cada anillo se agrupan 7 subunidades que rodean una cavidad central (fig. VE 2-3). Cada vez que el polipéptido se libera de las paredes de la cámara presumiblemente avanza otro paso hacia su conformación final. (Tomado de K. Las células bacterianas que poseen un muíante GroEL no funcional carecen de varias actividades enzimáticas. Modelo de uno de los dos anillos del complejo GroEL.) mejor estudiada se denomina GroEL y se encuentra en el citoplasma de la bacteria E. requisito para lograr un estado activo. según se indica en la siguiente figura. cortesía de Paul B.11 GroEL es un complejo molecular enorme de 14 subunidades idénticas de polipéptidos dispuestos en dos anillos apilados que recuerdan una "dona doble". dobles o triples según el número de pares de electrones compartidos. Siglcr. Los enlaces covalentes son estructuras estables formadas cuando los átomos comparten los electrones de su capa externa. La molécula chaperón FIGURA VE 2-3. Los chaperones moleculares no sólo ayudan al autoensamblado. Braig y cois. y cada participante gana una capa llena. en tanto que el otro átomo posee carga parcial positiva. Las hélices a se muestran en azul. Una vez dentro de la cavidad GroEL. Las moléculas .. Los enlaces covalentes pueden ser simples. Si los electrones en el enlace son compartidos de manera desigual por los átomos que forman los electrones.

y Anfinsen. Esto se puede evitar mediante interacciones entre estos sitios y la pared interna de la cámara del GroEL. 1981. Acad. Los enlaces no covalentes incluyen enlaces iónicos. Adv.F. Exp. The kinetics of formation of native ribonuclease during oxidation of trie reduced polypeptide chain. lo que conduce a la formación de agregados. 1962. Las moléculas con enlaces polarizados tienen carácter polar o hidrofílico que las hace hidrosolubles.C. C. R.B. Durante su estancia en la cavidad GroEL.A. Chem. Symp. Los segmentos amarillos del polipéptido representan secuencias de residuos hidrofóbicos expuestos sobre el polipéptido parcialmente plegado. y Merrifield. 1961. Epstein. los enlaces de hidrógeno se establecen entre un átomo de hidróCAPITULO 2 • Bases químicas de la vida 73 O GroEL e Enlace a GroEL O Liberación Y plegamiento O Enlace a GroEl e Liberación y plegamiento Plegamiento completo. 4. el polipéptido parcialmente plegado puede alternar entre dos estados: enlazado a la pared de la cámara y libre. /. Soc. A new puffing pattern inducid by temperature . de ordinario O. 91:501-502. Crick.J. Total synthesis of an enzyme with ribonuclease A activity. Modelo esquematizado de las etapas del plegamiento de una proteína que pueden ocurrir dentro del complejo GroEL. B. 5. liberado FIGURA VE 2-4. Soc.H. 47:1309-1314. S o P (p. Richardson. 2. C. Chem.S. Sci.B. Se puede notar que otra proteína llamada GroES (no mostrada) a veces se enlaza a la parte de arriba o de abajo de GroEL y excluye la cámara durante el proceso de plegado. R. Biol. J. Am.B. 34:167-339. no se enlaza. enlaces de hidrógeno y fuerzas de van der Waals. F. Gute. Las moléculas polares de importancia biológica contienen uno o más átomos electronegativos. Symp. N. The genetic control of teftiary protein structure: Studies with model systems. 37). 3. U. 1969. The anatomy and taxonomy' of protein structure. Cola Spring Harbor. 1958. y cois. 28:439-449. Proc.. Nati. Los enlaces no covalentes desempeñan un papel clave para conservar la estructura de las moléculas biológicas y mediar sus actividades dinámicas. 13:138-163. El plegamiento producido por la internalización de las placas hidrofóbicas ocurre por pasos durante los periodos en que el polipéptido se libera de la pared de la cámara. Débiles fuerzas de atracción forman enlaces no covalentes dentro de la misma molécula o entre dos moléculas cercanas entre regiones con carga positiva y negativa. 1963. Goldberger. 6. F. Anfínsen.sin enlaces polarizados tienen carácter no polar o hidrofóbico que las hace insolubles en agua. On protein synthesis. Placas hidrofóbicas de este tipo pueden actuar como sitios de enlace para otros poüpéptidos parcialmente plegados. Se piensa que estos cambios en las propiedades de enlace del GroEL son resultado de cambios de conformación provocados por hidrólisis de ATP. Los enlaces iónicos se forman entre grupos con carga positiva y negativa. Ritossa. BIBLIOGRAFÍA 1. C. Prot.S.

1985. A. el agrupamiento de cadenas pares de DNA a través de enlaces de hidrógeno y la formación de un núcleo hidrofóbico en proteínas solubles corno resultado de interacciones hidrofóbicas y fuerzas de van der Waals (. Casi todas las macromoléculas son polímeros construidos por . K. 39).8A. 84:389-398. Nature 328:378379. Elüs. Las macromoléculas constituyen el material de un organismo y efectúan las funciones requeridas.M. 1993. Folding in vivo of bacterial cytoplasmic proteins: Role of GroEL.R. G. Cell 15:1277-1286. Esta propiedad le permite formar moléculas grandes cuyo esqueleto consiste en una cadena de átomos de carbono. A. 12. Manning-Krieg. La mayor parte de las moléculas de importancia biológica contienen grupos funcionales que incluyen uno o más átomos electronegativos que hacen a la molécula más polar.. U.shock and DNP in Drosophila. el agua es un excelente solvente capaz de formar enlaces de hidrógeno prácticamente con toda molécula polar. The effect of amino acid analogues and heat shock on gene expression in chicken embryo fibroblasts. 7. Horwich. MJ. compuestos que reaccionan con iones hidrógeno o hidroxilo (p. más hidrosoluble y más reactiva (p. Lewis. y Schlesinger. y cois. las fuerzas de van der Waals se ejercen entre dos átomos con carga transitoria debido a asimetría momentánea en la distribución de los electrones que rodean a los átomos. 33).K. The crystal structure of the bacterial chaperonin GroEL at 2. 11. Mitchell. H. otras son macromoléculas formadas a partir de elementos de construcción más pequeños. Nature 371:578-586. 8. /. J. H. Kelley.. P. MJ. El pH de una solución es una medida de la concentración de iones hidrógeno (o hidronio). Los enlaces covalentes para constituir una molécula de agua están muy polarizados. Moléculas no polares o porciones no polares de moléculas más grandes en medios acuosos tienden a juntarse para establecer interacciones hidrofóbicas.M. 13. Las células están protegidas de las variaciones de pH por amortiguadores. y Tracy. Involvement of ATP in the nuclear and nucleolar functions of the 70KD heat-shock protein. Cada átomo de carbono tiene capacidad para enlazarse hasta con otros cuatro átomos. Protein synthesis in salivary glands of Drosophila melanogaster: Relation to chromosomal puffs. y Pelham. 74 CAPITULO 2 • Bases químicas de la vida Los átomos de carbono desempeñan un papel clave en la formación de moléculas biológicas. Sherer. Cell 74:909-917. 1978.C.E. Algunas moléculas biológicas son moléculas pequeñas. 4:3137-3143. Tissieres. Proteins as molecular chaperones. El agua posee propiedades únicas de las cuales depende la vida. La mayor parte de los procesos biológicos son muy sensibles a pH porque los cambios en la concentración de ion hidrógeno alteran el estado iónico de las moléculas biológicas. 1991. 37). Sequential action of mitochondrial chaperones in protein import into the matrix. EMBO /. Las moléculas que sólo contienen hidrógeno y carbono se denominan hidrocarburos. Biol. Como resultado. 1974. Braig.>. geno unido mediante enlace covalente (con carga parcial positiva) y un átomo de nitrógeno o de oxígeno unido mediante enlace covalente (con carga parcial negativa). 9. incluyendo otros átomos de carbono. Mol. 1987. 10:3273-3280. Experentia 18:571-573. Ejemplos de diferentes tipos de interacciones no covalentes incluyen la asociación de DNA y proteínas mediante enlaces iónicos. U. y cois. El agua también es un determinante principal de la estructura de las moléculas biológicas y de los tipos de interacciones en las cuales participan. P. y Schatz.B. EMBO /. 1994. 10.

tanto en el glucógeno como en el almidón. enzima ausente en casi todos los animales. El carbono asimétrico más alejado del carbonilo determina si el azúcar es D o L. estrógenos y progesterona) sintetizadas a partir de colesterol. oligosacáridos y polisacáridos. Los azúcares con cinco o más átomos de carbono pueden formar moléculas en forma de anillo mediante autorreacción. El orden en el cual se pueden incorporar los 20 aminoácidos diferentes a una proteína está codificado en la secuencia de nucleótidos del DNA. una mezcla de anulosa no ramificada y amilopectina ramificada. Los esteroides incluyen el colesterol y también numerosas hormonas {p. materiales estructurales. tanto en su extremo hidrofóbico como en el hidrofílico y desempeñan un papel vital en la estructura y función de las membranas celulares (v. cada carbono se une a un grupo hidroxilo. Las grasas constan de una molécula de glicerol esterificado que forma tres ácidos grasos. que pueden romperse por acción de la celulosa. En la celulosa. Los fosfolípidos son moléculas de lípidos que contienen fosfato.unión de subunidades monómeras en cadenas largas. receptores de membrana. La quitina es un polisacárido estructural compuesto de monómeros de N-acetilglucosamina (p. número y posición de los dobles enlaces (sitios de insaturación). Los átomos de carbono situados a lo largo del esqueleto del azúcar unidos a cuatro grupos diferentes son sitios de estereoisomerismo y generan pares de isómeros que no pueden superponerse. Las proteínas son macromoléculas de función diversa que contienen aminoácidos unidos por enlaces peptídicos para formar cadenas de polipéptidos. La mayor parte de los azúcares. lípidos. Los lípidos corresponden a diversos arreglos de moléculas hidrofóbicas que poseen estructura y funciones muy diferentes. los monómeros de la glucosa se juntan mediante uniones /?(l->4). el azúcar se almacena principalmente como glucógeno. Los carbohidratos incluyen azúcares simples y moléculas más grandes (polisacáridos) construidos con monómeros de azúcar. Las moléculas biológicas son miembros de cuatro familias distintas: carbohidratos. agentes de transporte y anticuerpos. 49). Los azúcares biológicos simples constan de un esqueleto de tres a siete átomos de carbono.. proteínas y ácidos nucleicos. factores reguladores de genes. Los azúcares se unen entre sí mediante enlaces glucosídicos para formar disacacáridos. un gramo de grasa contienen más del doble de la energía que un gramo de carbohidratos. ej. Las grasas son muy ricas en energía química. La celulosa es un polisacárido estructural elaborado por células vegetales que constituye el principal componente de la pared celular. Los diversos arreglos de proteínas incluyen enzimas. hormonas. las reservas de glucosa se almacenan como almidón. Los 20 aminoácidos comparten una organización estructural común que consiste en un carbono a unido a un grupo amino. Los ácidos grasos difieren en la longitud de la cadena. Los esteroides son un grupo de lípidos que contienen un esqueleto de hidrocarburos característico de cuatro anillos. testosterona. En animales. un polisacárido ramificado que constituye una fuente de energía rápidamente disponible. En las plantas. La función primaria de los carbohidratos es almacenar energía química y servir como material de construcción durable para estructuras biológicas. están juntos por uniones a(l—>4). excepto uno que posee un grupo carbonilo. 44). 41). . Las macromolécuías se descomponen por hidrólisis (p.

Algunos movimientos se pueden clasificar como vibraciones moleculares al azar. Algunas proteínas adoptan su conformación final por sí mismas. y la estructura cuaternaria que corresponde al arreglo de las subunidades si la proteína consta de más de una cadena de polipéptidos. La estructura terciaria de una proteína es muy compleja y única para cada tipo individual de proteína. aunque a menudo la cadena única se pliega sobre sí misma para formar secciones de doble cadena. y tres aminoácidos (proiina. 68). la información está codificada en la secuencia específica de nucleótidos que componen una cadena (p. En el presente esquema. como VMT y las subunidades ribosómicas de las bacterias. no polares que interactúan a través de fuerzas de van der Waals. 50). y el RNA por lo general es una cadena única. cisterna y glicina) con propiedades únicas (p. los grupos R se clasifican en cuatro categorías: con carga neta a pH fisiológico. polares sin carga pero capaces de formar enlaces de hidrógeno. La mayor parte de las proteínas poseen una forma globular en la cual eí polipéptido se pliega para formar una molécula compacta con residuos específicos situados estratégicamente para permitir a la proteína efectuar su función específica. Las actividades de las proteínas se acompañan de cambios de conformación. El DNA es una cadena doble de ácido nucleico. Los nucleótidos están unidos por enlaces entre los grupos hidroxilo 3' del azúcar de un nucleótido y el CAPITULO 2 • Bases químicas de la vida 75 grupo fosfato 5' del nucleótido adyacente. La hélice a y la lámina plegada fi son estables. también son capaces de autoensamblado. la estructura terciaria dada por la conformación de todo el polipéptido. La estructura primaria es descrita por la secuencia de aminoácidos de un polipéptido. El RNA y el DNA están ensamblados a partir de cuatro nucleótidos diferentes. otras requieren la ayuda de chaperones inespecíficos. la estructura secundaria correspondiente al arreglo tridimensional (conformación) de las secciones de un esqueleto de polipéptidos. 62) Los ácidos nucleicos son moléculas principalmente de información que constan de cadenas de nucleótidos monómeros. El análisis de un gran número de proteínas revela que muchas contienen dominios que les confieren independencia estructural y funcional (p. fosfato y base nitrogenada. que pueden ser una pirimidina (citosina o uracilo/timina) o una purina fadenina o guanina). corno se puede observar en experimentos con partículas funcionalmente activas que pueden reconstituirse a partir de mezclas de componentes purificados (p. Cada nucleótido en una cadena consta de un azúcar. La información requerida para que una cadena de polipéptidos adopte su conformación nativa está codificada en la estructura primaria. En los ácidos nucleicos. los nucleótidos se distinguen por sus bases.un grupo carboxilo y un grupo R de estructura variable. y la máxima estabilidad se observa en estructuras secundarias unidas con enlaces de hidrógeno comunes en muchas proteínas. 66). La estructura de una proteína se puede describir en cuatro niveles de complejidad creciente. . en tanto que otros son cambios dirigidos en la posición relativa entre grupos particulares de la proteína (p. Algunos complejos macromoleculares. 54).

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