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La Contrarreforma es el nombre dado a los movimientos nueva vida que se dieron en esa parte de la cristiandad, que permaneció bajo la alianza romana. El clero regular estaba constituido por sacerdotes de parroquia que vivían bajo una disciplina común, que incluía sus responsabilidades parroquiales y que estaban ligados a los votos de pobreza, castidad y obediencia. El hombre más importante de la Reforma Católica fue Ignacio de Loyola. La primera meta de los Jesuitas fue ser una orden misionera. La segunda meta fue absoluta obediencia al papa. Los jesuitas fueron los misioneros más famosos en India y China, y también los más prominentes en América. Francisco Javier dijo “Desconfiar de Dios es un peligro mucho mayor que todos los males que sus enemigos puedan hacer”. Mateo Ricci(jesuita) llego hasta Pekín y entrevisto al emperador en 1601. A partir de Pablo III, la Iglesia Católica Romana fue dirigida por una serie de papas reformadores enérgicos, inteligentes y hábiles. Con Pablo III se inicio una profunda reforma en la estructura, organización en la Iglesia Católica Romana. Inquisición significa investigación. Con Pablo III la inquisición se aplico a toda la Iglesia. El Índex era una lista de libros prohibidos que pretendía asegurar la unidad de la Iglesia, controlando la lectura de los católicos. El Índex fue abolido por Pablo VI en 1966 El concilio se reunió en tres sesiones, que ocuparon seis años entre 1545 y 1563, y se realizo en medio de conflictos políticos y religiosos. Se elevo el nivel moral del clero y de la vida monástica y mejoro la calidad de la educación teológica. Las enseñanzas de Trento y la nueva estructura eclesiástica no solo condenaron a los reformadores protestantes sino también a científicos como Copérnico y Galileo. La piedad mística se expresaba en la contemplación y la oración silenciosa hasta lograr la unión en el amor divino o en un éxtasis de revelación interior. La empresa misionera fue obra de las órdenes monásticas, pero especialmente de los frailes franciscanos y dominicos, que contaron con el respaldo de grandes potencias católicas del siglo XVI: España y Portugal. India era el centro del poder portugués, con Goa como la capital y una sucesión de otros puertos a lo largo de la costa occidental que hacia el sur llegaba hasta Ceylan. La colonización de ultramar no fue solo española o portugués. Los franceses (católicos), y más tarde los ingleses y Holandeses (protestantes) ocuparon también importantes territorios.

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Tanto España como Portugal en su avance hacia Occidente y Oriente fueron patrocinadoras poderosas de la religión católica. La predicación del evangelio fue uno de los más importantes fundamentos de la conquista española del continente Americano. Colón trajo frailes con el segundo viaje y en el tercero construyo una iglesia. Las principales órdenes monásticas que llegaron a América fueron la de los franciscanos y la de los dominicos. Para 1510 la Iglesia Católica Romana en las Indias Occidentales ya tenía su propio Obispo La caída vertiginosa del Imperio Azteca llevó al desprecio de su extraordinaria cultura. El más famoso de todos los misioneros españoles en América fue el dominico Bartolomé de las Casas. Muchos de los primero misioneros manifestaron real compasión y celo evangelístico. El apóstol de los negros se llamó Pedro Claver. Los jesuitas fundaron reducciones indígenas en territorios que les pertenece a Paraguay, Argentina y Brasil. El método de los jesuitas fue muy paternalista. La Iglesia Católica Romana no tuvo grandes teólogos durante este periodo y su cristianismo se caracterizó por la incorporación de ceremonias y practicas con significado religioso, pero sin fundamento Bíblico. Según Vicente de Paul, la mejor manera de expresar la fe y testificar del amor de Cristo, es hacer obras de caridad entre los desvalidos. Alfonso Liguori escribió un famoso libro titulado Teología Moral. Cornelio Janses se opuso a la teología de los jesuitas y escribió un libro titulado Augustinus. La expresión más extrema del sentimiento anti romano y nacionalista en el siglo XVII se conoce como “Galicanismo”. El ultramontanismo es la creencia de que el papa tiene autoridad suprema sobre la Iglesia en todo el mundo.