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Los genes son DNA

1.1 Introduccin La naturaleza de todo organismo viviente es definida por su genoma, el cual consiste en una secuencia larga de acido nucleico que proporciona la informacin necesaria para construir el organismo. Se utiliza el trmino informacin debido a que el genoma por s mismo no desempea ninguna funcin activa en la construccin del organismo. Los genomas de los organismos vivos pueden contener incluso <500 genes (como un mico plasma, que es una bacteria) O >25,000 en el ser humano. Gen: es una secuencia de DNA que produce otro acido nucleico, el acido ribonucleico, que cuenta con dos cadenas de acido nucleico, mientras que el RNA tiene una sola. El RNA se utiliza a su vez para dirigir la produccin de protena. 1.2 El DNA es el material gentico de las bacterias El descubrimiento de la transformacin, en 1928, fue mediante un experimento utilizando la bacteria Pneumococcus que mata de neumona a los ratones. La virulencia de la bacteria depende de su polisacrido capsular, componente de la superficie que permite que la bacteria escape de la destruccin provocada por su hospedador. Diversos tipos de Pneumococcus (I, II y III) tienen polisacridos capsulares diferentes; su aspecto es liso (S, smooth). Todos los tipos de Pneumococcus lisos puede dar lugar a variantes incapaces de producir el polisacrido capsular, en cuyo caso, la superficie de la bacteria es rugosa (R, rough) (formada por el material que estaba debajo del polisacrido capsular). Estas bacterias son avirulentas. Cuando por medio de tratamiento de calrico se matan bacterias lisas, pierden la capacidad de daar al animal, sin embargo la combinacin de bacterias S desactivadas con calor y la variante ineficaz R produce un efecto considerablemente diferente del de cada bacteria por separado. En este experimento, las bacterias S muertas fueron del tipo III y las R vivas, de tipo II. La cubierta de las bacterias virulentas recuperadas de la infeccin mixta era lisa, de tipo III, por lo tanto, alguna propiedad de las bacterias S tipo III, muertas, puede transformar a las bacterias R, induciendo la formacin del polisacrido capsular tipo III, que las torna virulentas. En 1994, mediante la purificacin del principio transformante, se demostr que este es acido desoxirribonucleico.

1.3 El DNA es el material gentico de los virus El fago T2 es un virus que infecta a la bacteria Escherichia coli. Un Experimento realizado en 1952 T2, los cuales haban sido marcados radioactivamente en su componente de DNA (son 32P) o en su componente protenico (con 35S). Las bacterias infectadas se mezclaron en una licuadora y dos fracciones se separaron por centrifugacin. Una de estas contena las cubiertas de fagos vacas liberadas de la superficial de las bacterias, en tanto que la otra formada por las bacterias infectadas. Gran parte del marcador 32P se encontr en las bacterias infectadas. 1.4 El DNA es el material gentico de las clulas animales Aunque por razones histricas estos experimentos se describen como transfeccin cuando son realizados con clulas eucariotas, constituyen una contraparte directa de la transformacin bacteriana. El DNA introducido en la clula receptora se incorpora a su material gentico y es heredado en la misma forma que cualquier otra parte. Dichos experimentos muestran directamente no solo que el DNA es el material gentico de las eucariotas, sino tambin, que puede ser transferido entre especies diferentes y seguir siendo funcional. Algunos virus usan un tipo alternativo de acido nucleico, el RNA como material gentico. 1.5 Los polinucletidos tienen bases nitrogenadas ligadas a un esqueleto de azcar-fosfato El componente bsico de los cidos nucleicos es el nucletido, que tiene 3 componentes: Una base nitrogenada Un azcar y Un fosfato

La base nitrogenada es un anillo de purina o de pirimidina. La base est ligada a la posicin 1 en una pentosa por medio de un enlace glusidico del N1 de las pirimidinas o el N9 de las purinas. La diferencia entre el DNA y el RNA radica en el grupo localizado n la posicin 2 del azcar. El DNA tiene un azcar desoxirribosa (2-H) y el RNA, un azcar ribosa (2-OH). Cada acido nucleico contiene cuatro tipos de bases. Las mismas dos purinas, adenina y guanina, estn presentes tanto en el DNA como en el RNA. Las dos pirimidinas del DNA son citosina y timina; en el RNA se encuentra el uracilo y la timina es un grupo metilo suplantador en la posicin C5.

1.6 El DNA es una hlice dplex Tres nociones convergieron en la construccin de un modelo de hlice dplex del DNA, desarrollado por Watson y Crick en 1953: Los datos de la difraccin de los rayos X demostraron que el DNA tiene la forma de una hlice regular que da un giro completo cada 34 A (3.4 nm), con un dimetro de 20 A (2 nm). Como la distancia entre nucletidos adyacentes es de 3.4 A, debe haber 10 nucletidos por vuelta. El dimetro constante de la hlice puede explicarse si las bases de cada cadena apuntan hacia adentro y son restringidas de manera que una purina siempre oponga a una pirimidina La proporcin de G es siempre igual a la de C en el DNA, y proporcin de A siempre es la misma que de T Watson y Crick propusieron que las dos cadenas polinucleotidicas de la hlice dplex se relacionan mediante puentes de hidrogeno entre las bases nitrogenadas.
Estas reacciones se describen como apareamiento de bases, y se dice que las bases apareadas (G con C o A con T) son complementarias. El modelo propona que las dos cadenas polinucleotidicas corren en direcciones opuestas (antiparalelas), una cadena va en direccin 5a 3, mientras que su pareja corre de 3a 5. Cada par de bases gira 36 en torno al eje de la hlice, respecto de la siguiente par de bases, de modo que 10 pares de bases forman una vuelta completa de 360. La torsin de las cadenas sobre s mismas forma una hlice dplex con un surco menor (12 A de ancho) y un surco mayor (22 A de ancho). La hlice dplex es dextrgira. Estas caractersticas representan el modelo aceptado para lo que se conoce como forma B del DNA. Si tiene ms pares de bases por vuelta se dice que esta sobregirada, de lo contrario, ser laxa.

1.7 La duplicacin del DNA es semiconservativa Las dos cadenas polinucleotidicas estn unidas solo por puentes de hidrogeno, de modo que pueden separarse sin necesidad de romper los enlaces covalentes. La especifidad del apareamiento de bases sugiere que cada una de las cadenas progenitoras separadas puede hacer las veces de cadena molde para la sntesis de la cadena hija complementaria. El dplex progenitor se replica para formar dos dplex hijos, cada uno de los cuales est formado por una cadena progenitora y una cadena hija (de sntesis reciente). Este comportamiento se conoce como duplicacin semiconservadora.

1.8 Las cadenas del DNA se separan en la horquilla de duplicacin La duplicacin exige la separacin de las 2 cadenas de un dplex progenitor; sin embargo, el rompimiento de la estructura es transitorio, y se revierte conforme se forma el dplex hijo. La regin no replicada es el dplex progenitor que se abre hacia la regin replicada, donde se han formado los 2 dplex hijos. La estructura helicoidal doble se rompe en la unin entre las 2 regiones, llamada horquilla de replicacin. Las enzimas se nombran segn el tipo de cadena que sintetizan: las DNA polimerasas sintetizan DNA y las RNA polimerasas, RNA. Las endonucleasas cortan enlaces individuales en el interior de las molculas de DNA y de RNA y generan fragmentos discretos. Las exonucleasas eliminan los residuos, uno a uno, a partir del extremo de la molcula, y generan mononucletidos. Siempre actan en una sola cadena de acida nucleico, y cada exonucleasa avanza en direccin especifica, es decir, empieza en un extremo 5 o 3para dirigirse al otro. 1.9 La informacin gentica puede ser proporcionada por el DNA o el RNA El dogma central define el paradigma de la biologa molecular. Los genes se perpetun como secuencias de acido nucleico, si bien actan al ser expresados en forma de protenas. La duplicacin, la transcripcin y la traduccin desde la perspectiva del dogma central: La perpetuacin del acido nucleico suele implicar al DNA o el RNA como el material gentico. Las clulas utilizan nicamente DNA La expresin de la informacin gentica celular suele ser unidireccional. La traduccin del RNA a protena es irreversible.

Los virus poseen los genomas de DNA o RNA, y de cada tipo hay ejemplos de doble cadena (ds, doubl stranded) o de cadena nica (ss, single stranded).
La restriccin de la transferencia unidireccional de DNA o RNA no es absoluta, ha sido superada por los retrovirus, cuyos genomas estn formados por molculas de RNA de una sola cadena. Durante el ciclo infeccioso, el RNA se convierte en una cadena nica de DNA por el proceso de transcripcin inversa; dicha cadena, a su vez, es convertida en un DNA de doble banda. Este DNA dplex se convierte en parte del genoma de la clula y es heredado como cualquier otro gen. El DNA codifica a todas las protenas que la(s) clula(s) del organismo debe(n) sintetizar, y las protenas, a su vez (directa o indirectamente), proporcionan las funciones necesarias para la supervivencia. Mediante un principio similiar se describe la funcin de la informacin gentica de los virus, ya sea de DNA o RNA: el acido nucleico codifica a la(s) protena(s) necesaria(s) para empaquetar el genoma y tambin para cualquier funcin adicional a las proporcionadas por la clula hospedadora necesaria para su ciclo infeccioso.

El virus ms pequeo, el virus satlite de la necrosis de tabaco (STNV), no puede replicarse de forma independiente requiere de la presencia simultnea de un virus cooperador, el virus de la necrosis del tabaco (TNV), que por s mismo es un virus normalmente infeccioso. 1.10 Los cidos nucleicos se hibridan por apareamiento de bases El concepto de apareamiento de las bases es fundamental para todos los procesos relacionados con los cidos nucleicos. La separacin de los pares de bases es un aspecto crucial de la funcin de una molcula de doble cadena, mientras que la capacidad para formar pares de bases lo es para la actividad de un acido nucleico de cadena nica. El apareamiento de las bases entre cadenas complementarias nicas e independientes no est restringido a combinaciones de DNA-DNA o RNA-RNA, tambin puede ocurrir entre una molcula de DNA y una de RNA. Las 2 cadenas de la hlice dplex se separan cuando se rompen los puentes de hidrogeno que las une. El proceso de separacin de cadenas se llama desnaturalizacin o (coloquialmente) fusin. El punto medio del rango de temperatura en que las cadenas del DNA se separan se conoce como temperatura de fusin (Tm, melting temperatura), la cual depende de la proporcin de G-C. Como cada uno de estos pares tiene 3 puentes de hidrogeno, es ms estable que un par de bases formado por A-T, el cual solo cuenta con 2 de dichos puentes. Entre ms pares de G-C contenga el DNA, mayor ser la cantidad de energa necesaria para separar las cadenas. La capacidad de las dos cadenas complementarias para volver a formar la hlice dplex se llama renaturalizacin. Primero, las cadenas individuales de DNA que estn en la solucin se encuentran por casualidad; si sus secuencias son complementarias, aparearan sus bases para generar una regin corta de hlice dplex. Posteriormente, dicha regin se extiende a lo largo de la molcula como una cremallera para formar una molcula dplex larga. La re naturalizacin de la hlice dplex restaura las propiedades originales perdidas con la desnaturalizacin del DNA. La tcnica puede ampliarse para permitir que cualesquiera dos secuencias complementarias de cidos nucleicos reaccionen entre s para formar una estructura dplex. A este proceso se le llama asociacin, si bien la reaccin se describe de forma ms general como hibridacin cuando participan cidos nucleicos de diferentes orgenes, como sucede cuando una preparacin es DNA y otra, RNA. El principio de la reaccin de la hibridacin es poner frente a frente dos preparaciones de cidos nucleicos de cadena individual y despus calcular la cantidad de materia de doble cadena que se forma. No es necesario que dos secuencias sean perfectamente complementarias para hibridarse. Si estn estrechamente relacionadas, pero no son idnticas, se forma un dplex imperfecto en el cual el apareamiento de bases se interrumpe en las posiciones en que las cadenas individuales no corresponden.

1.11 Las mutaciones cambian la secuencia del DNA Las mutaciones proporcionan evidencias determinantes de que el DNA es el material gentico. Cuando un cambio en la secuencia del DNA provoca una modificacin en la secuencia de una protena, se puede concluir que el DNA codifica a dicha protena. Adems, un cambio en el fenotipo del organismo puede permitir que se identifique la funcin de la protena. Todos los organismos experimentan cierto nmero de mutaciones como resultado de las operaciones celulares normales o de las interacciones aleatorias con el ambiente a las cuales se les llama mutaciones espontaneas; la velocidad a la que se producen es caracterstica del organismo especfico, y en ocasiones se le llama nivel de fondo. La incidencia de las mutaciones suele incrementarse mediante tratamientos con ciertos compuestos; se les llama mutgenos, y los cambios que provocan se conocen como mutaciones inducidas. Las mutaciones espontaneas que desactivan el funcionamiento de un gen tienen lugar en los bacterifagos y en las bacterias a una tasa relativamente constante de 3 a 4 10-3 por genoma, por generacin. 1.12 Las mutaciones pueden afectar a pares de bases individuales o secuencias ms largas Una mutacin puntual cambia solo un par de bases, y puede ser provocada por 2 tipos de eventos: La modificacin qumica del DNA convierte directamente una base en otra diferente. Un mal funcionamiento durante la duplicacin del DNA provoca la insercin de una base equivocada en una cadena polinucleotidica durante la sntesis del DNA.

Las mutaciones puntuales pueden ser de 2 tipos: La clase ms comn es la transicin, que consiste en la sustitucin de una pirimidina por la otra, o de una purina por la otra La clase menos comn es la transversin, en la cual una purina es remplazada por una pirimidina o viceversa.

Los efectos del acido nitroso constituyen un ejemplo clsico de transicin por la conversin qumica de una base en otra. El acido nitroso lleva a cabo una desanimacin oxidativa que convierte la citosina en uracilo. Las transiciones tambin son provocadas por apareamiento errneo de bases, cuando parejas inusuales se aparean desafiando la restriccin usual de los pares de Watson y Crick.

El Bromouracilo (BrdU), molcula anloga a la timina que contiene un tomo de bromuro en lugar del grupo metilo de la timina. El BrdU se incorpora al DNA en lugar de la timina. Durante mucho tiempo se pens que las mutaciones puntuales eran la va principal de cambio en genes individuales, pero ahora sabemos que las inserciones de fragmentos de material adicional son muy frecuentes. La fuente del material insertado yace en los elementos transponibles, que son secuencias de DNA, susceptibles a cambiar de lugar. Normalmente, una insercin suprime la actividad de un gen, y de donde han ocurrido dichas inserciones, despus pueden producirse deleciones de una parte o todo el material insertado, y hasta de los dominios adyacentes.

1.13 Los efectos de las mutaciones pueden ser revertidos Los revertientes es una caracterstica importante que distingue las mutaciones puntuales y las inserciones de las deleciones: Una mutacin puntual puede revertirse al restaurar la secuencia original o al adquirir una mutacin compensadora en alguna otra parte del gen Una insercin de material adicional puede ser revertida por del material insertado. Una delecin de una parte de un gen no puede revertirse

Las mutaciones que desactivan a un gen son llamadas mutaciones directas, y sus efectos son revertidos por mutaciones inversas. Una reversin exacta de la mutacin original se llama reversin verdadera. La reversin supresora intragenica, puede tener lugar en otro sitio del gen, y sus efectos compensan a la primera mutacin. Las mutaciones tambin pueden ocurrir en otros genes para contrarrestar los efectos de una mutacin en el gen original, efecto que se conoce como supresin. Se llama supresor al locus en que una mutacin suprime el efecto de una mutacin en otro.

1.14 Las mutaciones se concentran en puntos calientes En el histograma se muestra la frecuencia con la cual se encuentran mutaciones en cada par de bases del gen lacI de E.coli. La probabilidad estadstica de que ocurra ms de una mutacin en un sitio particular se determina por cintica de impactos aleatorios (como se observa en la distribucin de poisson).

Por lo tanto, algunos sitios adquirirn una, dos o tres mutaciones, mientras que otros no obtendrn ninguna. Algunos sitios adquieren muchas ms mutaciones de las esperadas en una distribucin aleatoria; pueden presentar 10 e incluso 100 veces ms mutaciones que las predichas por los impactos aleatorios. Estos sitios se llaman puntos calientes. 1.15 Numerosos puntos calientes son resultado de bases modificadas En ocasiones se pueden observar bases modificadas cuyo nombre refleja su origen; son producidas al modificarse qumicamente una de las cuatro bases ya presentes en el DNA. La base modificada ms comn es la 5-metilcitosina. Los sitios que contienen 5-metilcitosina proporcionan puntos calientes para que se desarrollen mutaciones puntuales espontaneas en E.coli. En cada caso, la mutacin adquiere la forma de una transicin de G-C a A-T. Las cepas de E.coli incapaces de metilar la citosina carecen de puntos calientes. La razn de la existencia de los puntos calientes es que las bases de citosina sufren desanimacin espontanea con frecuencia considerable. En esta reaccin, el grupo amino es remplazado por un grupo ceto. Recurdese que la desanimacin de la citosina genera un uracilo se compara esta reaccin con la desanimacin de 5-metilcitosina, en donde la desanimacin genera timina. El efecto en el DNA es la generacin de pares de bases G-U y G-T, respectivamente, donde hay un apareamiento errneo entre parejas. Todos los organismos cuentan con sistemas de reparacin que corrigen pares de base apareados errneamente eliminando y remplazando una de las bases. La E.coli contiene una enzima, uracilo-DNA-glucosidasa, que elimina los residuos de uracilo del DNA. Esta accin deja sin aparear un residuo de G, y posteriormente un sistema de reparacin inserta una base C para aparearlo. El resultado final de estas reacciones es la restauracin de la secuencia original del DNA.

Ntese que la desaminacin de la 5-metilcitosina produce timina, lo cual da lugar a un par de bases apareadas errneamente, G-T. Si el apareamiento errneo no se corrige antes del siguiente ciclo de duplicacin, resulta una mutacin. En la siguiente duplicacin, las bases del apareamiento errneo entre G y T se separan y posteriormente se aparean con nuevas parejas para producir un par G-C de tipo silvestre y un par A-T mutante. La metil 5-metilcitosina tambin crea puntos calientes en el DNA de eucariotas, fenmeno comn en dinucletidos CpG concentrados en regiones denominadas islas CpG. Si bien la 5-metilcitosina representa 1% de las bases del DNA humano, los sitios que contienen bases modificadas representan 30% de las mutaciones puntuales. 1.16 Algunos agentes hereditarios son extremadamente pequeos Los viroides son agentes infecciosos que producen enfermedades de plantas superiores; son molculas circulares de RNA muy pequeas. A diferencia de los virus, en los cuales el agente infeccioso es un virin, genoma encapsulado en una cubierta de protena, el RNA viroide es el agente infeccioso. El viroide est formado nicamente por RNA, cuyas bases estn extensamente apareadas pero de forma imperfecta. Un RNA viroide consiste en una especie molecular individual que se replica de forma autnoma en clulas infectadas y cuya secuencia se perpetua fielmente en sus descendientes. Los viroides pueden clasificarse en numerosos grupos. Un viroide dado se identifica con un grupo por la similitud de su secuencia con la de otros miembros del grupo. Aunque los viroides, llamados en ocasiones patgenos subviricos, difieren de los virus en estructura y funcin. El RNA viroide no parece ser traducido a protenas, por lo tanto no puede codificar por si mismo las funciones necesarias para su supervivencia. La duplicacin debe ser realizada por enzimas de la clula hospedadora, subvertidas de su funcin normal. La heredabilidad de la secuencia del viroide indica que el RNA viroide proporciona el molde. Presumiblemente, los viroides son patognicos porque interfieren con los procesos celulares normales, quiz de forma relativamente aleatoria, por ejemplo, secuestrando una enzima esencial para su propia duplicacin o interfiriendo con la produccin de molculas necesarias de RNA celular, o bien, pueden comportarse como molculas reguladoras anormales con efectos particulares en la expresin de genes individuales. Un agente aun menos comn es la encefalopata espongiforme de ovejas y cabras (scrapie) enfermedad neurolgica degenerativa de ovejas y cabras que se relaciona con kuru y sndrome de Creutzfeldt-Jakob, enfermedades humanas que afectan la funcin cerebral. El agente infeccioso del scrapie no contiene acido nucleico. Este agente extraordinario llamado prion (agente infeccioso proteinaceo) es una glicoprotena hidrfoba de 28kD o PrP. La protena existe en dos formas, el producto que se encuentra en el cerebro normal conocido como PrPc, que es completamente degradado por proteasas.