SINTESIS PROTEIN PADA EUKARIOT

A. TRANSKRIPSI Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus pentosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain. Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil cincin gula pentosa, sehingga dinamakan ribosa, sedangkan gugus pentosa pada DNA disebut deoksiribosa. Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali basa timina pada DNA diganti dengan urasil pada RNA. Jadi tetap ada empat pilihan: adenina, guanina, sitosina, atau urasil untuk suatu nukleotida. Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin ganda sebagaimana DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya.RNA tidak berpilin karena dari bentuk rantainya yang tunggal yang menyebabkan konformasinya tidak sama dengan DNA. Sintesis RNA dari cetakan DNA disebut transkripsi. Transkripsi dikatalisis oleh enzim yang dikenal sebagai RNA polymerase. Mekanisme kerja RNA dan DNA polymerase sangat serupa, dengan satu perbedaan penting yaitu RNA polymerase dapat memulai sintesis untai baru. Sel bakteri memiliki satu RNA polymerase yang mentranskripsikan semua jenis RNA. Berlainan dengan prokariotik, sel eukariotik memiliki tiga RNA polymerase. Polymerase I mentranskripsi gen yang mengkode rRNA 5, 8S, 28S, dan 18S. Polymerase ini sering kali ditemukan berasosiasi dengan kromosom di dalam nukleolus. Polymerase II melakukan transkripsi dari promotor yang mengontrol sistesis pra-mRNA yang masih mengandung pengkode (ekson) dan daerah bukan pengkode (intron). Polymerase III hanya mengenali promotor yang mengontrol sintesis RNA yang relatif pendek, misalnya tRNA dan rRNA 5S dan sebagainya. Semua RNA polymerase memiliki mekanisme kerja yang sama. Namun, RNA polymerase mengenali jenis promotor yang berbeda. Sebuah untai DNA berfungsi sebagai cetakan yang disalin dalam arah 5’ ke3’. Ribonukleosida trifosfat ATP, GTP, CTP dan UTP berfungsi sebagai prekusor yang membentuk pasangan basa dengan nukleotida komplementer pada cetakan DNA. Fosfat melekat ke gugus 5’hidroksil pada prekusor membentuk ikatan ester dengan gugus 3’hidroksil di ujung rantai RNA yang sedang tumbuh. Pelepasan pirofosfat dan

RNA polymerase juga harus mengenal gen mana yang harus ditranskripsi karena gen yang ditranskripsi tersebut hanyalah sebagian kecil dari gen total dan gen yang ditranskripsi berbeda dari satu jenis sel ke jenis lain dan berubah-ubah pada keadaan fisiologis. Protein yang berikatan dengan urutan DNA ini dan mempermudah atau menghambat RNA polymerase dikatakan bersifat trans-acting (bertindak sebagai trans) karena protein tersebut dikode oleh gen yang berbeda dari gen yang ikut mereka atur. promotor tersebut bersifat cis-acting (bertindak sebagai cis). Urutan lain yang dikenal sebagai enhancer. Urutan pada DNA menentukan dimana RNA polymerase akan berikatan. Untai cetakan DNA bersifat komplementer dan anti paralel baik terhadap untai pengkode (bukan cetakan) DNA maupun terhadap transkrip RNA yang di hasilkan dari cetakan. untai pengkodepada DNA identik dalam urutan basa dan arah transkrip dengan RNA kecuali bahwa setiap untai DNA ini mengandung sebuah T. mekanisme transkripsi RNA tidak serumit seperti pada replikasi DNA. Karena RNA memiliki untai tunggal. . juga mempengaruhi frekuensi transkripsi tetapi mungkin terletak cukup jauh. Karena terletak pada molekul DNA yang sama dan dekat dengan gen yang promotor atur. Dengan demikian. Urutan nukleotida pada suatu gen diwakili oleh huruf-huruf basa nitrogen pada untai pengkode dupleks DNA. RNA polymerase harus mengetahui titik yang tepat untuk memulai transkripsi dan untai DNA yang akan ditranskripsi (untai cetakan). RNA polymerase harus mampu menentukan untai mana yang akan ditranskripsi. cetakan DNA memiliki dua untai. Urutan tersebut tertulis dari kiri ke kanan dalam arah 5’ke 3’. transkrip RNA mengandung U. Sinyal pada DNA yang dikenali oleh RNA polymerase disebut promotor.Untai lain pada heliks DNA berfungsi sebagai untai cetakan yang sebenarnya digunakan oleh RNA polymerase selama proses transkripsi. Promotor adalah urutan pada DNA (sering disebut box atau elemen) yang menentukan titik mulai (start point) dan frekuensi transkripsi. dan dimana transkripsi gen dimulai. Agar gen dapat diekspresikan. Namun. biasanya terletak dekat dengan titik dimana transkripsi dimulai titik mulai (startpoint). seberapa sering dan seberapa kuat ia berikatan. kadang-kadang berjarak ribuan nukleotida dari titik mulai (start point).pemutusannya oleh pirofosfatase untuk membentuk dua fosfat inorganik menghasilkan energi yang menjalankan reaksi polimerisasi. Urutan ini dikenal sebagai promotor (promoter). akibatnya untuk setiap gen.

RNA polymerase II (pol II) memiliki faktor-faktor inisiasi spesifiknya sendiri bagi sintesis semua mRNA eukariotik. Enzim poli-A polimerase menambahkan (tanpa cetakan) rentangan panjang nukleotida adenin ke ujung 3’ masing-masing pra-mRNA sehingga terbentuklah ekor poli-A.menghulu atau menghilir dari gen-gen targetnya (terkadang jaraknya jauh). Setelah itu.Daerah promotor bagi polymerase I (pol I) terletak ke arah hulu dari situs start transkripsi. di daerah mana DNA untuk sementara membentuk dua rantai tunggal. Efek peningkatannya diperantarai oleh protein-protein pengikat DNA yang spesifik-sekuens. protein itu menyebabkan nukleotida-nukleotida yang menyela diantara enhancer dan promotor untuk mendorong keluar membentuk loop. Dengan demikian. RNA polymerase II terus memperpanjang rantai mRNA melebihi sekuens-sekuens yang ditemukan dalam mRNA matang sebelum kemudian terjadi terminasi dipotong secara spesifik untuk membentuk 3’yang benar. Mekanisme-mekanisme yang kompleks memastikan disingkirkannya intronintron dari pra-mRNA (transkrip primer) dan disambung-sambungkannyaekson dalam urutan yang benar. Transkripsi berlangsung pada gelembung transkripsi. Salah satu rantai. Ujung-ujung 5’ memperoleh “tudung” (cap) dari nukleotida guanin yang tidak biasa (3’-G-5’ ppp5’-N-3’p). tapi aktivitas promotor-promotor itu bisa ditingkatkan oleh sekuens-sekuens DNA yang tertaut secara fisil (dalam posisi cis) disebut enhancer. Struktur loop tersebut lalu memfasilitasi pelekatan molekul-molekul RNA polymerase II ke promotor gen yang ditranskripsi. satu atau lebih protein (esensial bagi proses transkripsi) mengenali promotor-promotor hanya dalam rDNA spesies yang sama. Sebuah kotak Hogness (kotak TATA) terletak dalam promotor sebagai analog eukariota dari kotak Pribnow prokariotik. Enhancer bisa berfungsi dalam orientasi yang mana saja dan mungkin terletak di dalam. Inisiasi sintesis RNA sangatlah spesifik-spesies. Ribosom eukariotik biasanya berikatan ke tudung mRNA dan kemudian bergerak menghilir sepanjang mRNA hingga menemukan kodon inisiasi AUG pertama dan memulai translasi disana. Promotor-promotornya terletak ke arah hulu dari situs start masing-masing gen. Sebuah gugus metil ditambahkan sesudahnya ke tudung guanin yang terbalik itu. pra-mRNA eukariota mengalami sejumlah modifikasi kovalen sebelum dilepaskan dari nucleus sebagai molekul-molekul pembawa pesan (mesenger) dewasa. baik ujung 5’ maupun ujung 3’ kebanyakan mRNA eukariotik memiliki gugus-gugus 2’-OH dan 3’OH bebas pada gula-gula ribosa terminalnya. oleh RNA . Dihipoetesiskan bahwa begituprotein pengikat DNA melekat pada sekuens enhancer. artinya dalam suatu spesies.

Namun demikian. ikatan hidrogen dilelehkan. dan menciptakan gelembung transkripsi. Sambil RNA polimerase bergerak sepanjang DNA menyalin/mengimlah urutan spesifik DNA ke dalam urutan spesifik molekul baru RNA (sintesis RNA). Enzim RNA polimerase tetap berada di daerah promotor sambil mensintesis ~9 nukleotida pertama. Proses transkripsi dapat dibagi ke dalam beberapa tahapan: (1) Tahapan pengakuan cetakan (template recognition). Daerah yang dibutuhkan oleh RNA polimerase membentuk kompleks dengan rantai ganda DNA disebut promotor. Panjang gelembung transkripsi kurang lebih 18 pb. dan hanya cukup untuk memberikan stabilitas bagi reaksireaksi perpasangan basa yang menentukan spesifitas penambahan nukleotida diujung pemanjangan RNA. . Bukti yang lebih baru menunjukkan bahwa basa pada RNA sedekat 3 pb dari titik pemanjangan dapat dipotong oleh ribonuklease yang mengenal RNA rantai tunggal. iapun turut mendenaturasi pilin ganda DNA dibagian depan gelembung dan merenaturasi kembali dibagian belakang gelembung. Bergeraknya gelembung transkripsi bersamaan dengan gerakan maju RNA polimerase karena sambil RNA polimerase bergerak sepanjang DNA cetakan. gelembung tersebut juga bergerak bersama. RNA masih berasosiasi dengan DNA hanya sepanjang 2-3 basa dari titik pertumbuhan rantai. Pandangan klasik. Dengan demikian. walaupun belum pernah diukur secara langsung. pembentukan nukleotida pendek ini terkadang mengalami keguguran (abortion). adalah sekitar 12 pb. (3) Tahapan pemanjangan (elongation). melepaskannya kembali. setelahnya RNA berikatan sangat kuat dengan RNA polimerase. tetapi panjang daerah hibrida RNA-DNA di dalam gelembung itu lebih pendek. dan memulai kembali mensintesis RNA baru. (2) Tahapan pengawalan (initiation).polimerase digunakan sebagai cetakan. 2. RNA yang baru dibentukpun semakin panjang. Jadi hibrida RNA-DNA sangat pendek. Tahapan pengawalan mendeskripsikan pembentukan ikatan nukleotida pertama dalam RNA. bersifat sementara. Tahapan pengawalan berakhir apabila enzim mampu mensintesis rantai RNA baru melewati batas panjang ini. Tahapan pengakuan cetakan. RNA polimerase membentuk kompleks dengan rantai ganda DNA. dan (4) Tahapan pengakhiran (termination). yaitu: enzim mensintesis transkrip kurang dari 9 basa. 1. melalui pembuktian tidak langsung.

ia membuka rantai ganda DNA dan menyingkapkan sandi rantai tunggal DNA dengan nukleotida-nukleotida yang datang menyerang ujung 3′ dari rantai RNA yang sedang mengalami pemanjangan. Tahapan pemanjangan adalah selang selama enzim bergerak sepanjang DNA cetakan dan memperpanjang rantai RNA. Persis dibelakang gulungan DNA yang terbuka ini. yang ujung pemanjangannya masih terkait dengan kompleks DNARNA-enzim. Gen-gen eukariot tersebar pada beberapa kromosom. dan dilepaskannya hibrida RNA-DNA. RNA kemudian muncul sebagai rantai tunggal yang bebas. coli (α2ββ’). Berbeda halnya dari organisasi gen pada prokariot yang pada umumnya bersifat polisistronik. Untuk mengakhiri transkripsi. yang merupakan pusat katalitik RNA polimerase E. Gen-gen yang menyandi dua subunit terbesar mempunyai homologi satu sama lain. DNA kembali ke keadaan rantai ganda. Sambil ia bergerak. Pada jasad eukariot tidak dikenal adanya sistem operon karena satu gen struktural dikendalikan oleh satu promoter. rantai tunggal DNA berpasangan kembali membentuk rantai ganda dengan pasangan aslinya. Tahapan pengakhiran melibatkan pengakuan titik dimana tidak ada lagi basa yang ditambahkan ke dalam rantai. artinya satu transkrip yang dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi.3. Urutan basa nukleotida dalam DNA yang digunakan agar terjadinya pengakhiran transkripsi disebut terminator. Subunit terbesar RNA polimerase eukariot menyerupai subunit β’. membentuk molekul hibrida RNA-DNA di daerah yang dibuka gulungannya. Homologi struktur ini ternyata berkaitan . pembentukan ikatan fosfodiester harus dihentikan. Sewaktu nukleotida terakhir ditambahkan akan diikuti oleh runtuhnya gelembung transkripsi. Subunit-Subunit RNA Polimerase Pada Eukariot Ketiga RNA polimerase pada eukariot merupakan enzim berukuran besar yang terdiri atas 12 subunit atau lebih. Sementara itu. RNA dan enzim dibebaskan. Banyak gen eukariot yang bagian strukturalnya berselang-seling antara sekuens yang mengkode satu uratan spesifik (ekson) dan sekuens yang tidak mengkode uratan spesifik (intron). gen-gen pada jasad eukariot bersifat monosistronik. ketiga RNA polimerase eukariot membawa subunit-subunit yang mempunyai homologi dengan subunit-subunit RNA polimerase inti pada E. sedangkan subunit terbesar kedua menyerupai subunit β. 4.coli. dan kompleks transkripsi harus dibubarkan.

Dua subunit yang sama antara RNA Pol I dan RNA Pol III. coli. proses berikutnya adalah maturasi yaitu capping. Sekurang-kurangnya ada lima subunit lainnya yang lebih kecil. Masing-masing RNA polimerase ini juga membawa empat hingga tujuh subunit tambahan yang hanya dijumpai pada salah satu di antara ketiganya. 2. sehingga mRNA hanya terdiri dari exon saja. . memperlihatkan homologi dengan subunit α RNA polimerase E. CTP. yaitu bagian yang memiliki kode (coding region). UTP. Reaksi tersebut memerlukan prekursor berupa ATP. Pada sel eukariot transkripsi terjadi satu kali dan mengkode sejumlah rangkaian mRNA yang tidak mempunyai intron. serta satu subunit lainnya yang khas pada RNA Pol II. 1. Proses ini dibantu oleh splicesome yang menempel pada intron. Splicing adalah membuang intron.dengan homologi fungsional karena subunit terbesar kedua pada RNA polimerase eukariot juga mengandung tapak aktif. Aktivitas RNA Polimerase Eukariot Seperti halnya RNA polimerase bakteri. RNA polimerase eukariot yang dimurnikan memerlukan adanya protein inisiasi tambahan sebelum enzim ini dapat berikatan dengan promoter dan melakukan inisiasi transkripsi. Namun tidak seperti pada bakteri. splicing dan penambahan poly(A)tail. Dengan demikian dua exon dapat bergabung. Proses ini berguna agar mRNA dapat menempel pada ribosom dan menghindari terdegradasinya mRNA oleh enzim 5’ exonulcease. masing-masing RNA polimerase eukariot mengatalisis transkripsi dengan arah 5’ ke 3’ dan menyintesis RNA yang komplementer dengan urutan DNA cetakan. GTP. dan tidak memerlukan primer untuk inisiasi transkripsi. bagian yang tidak memiliki kode (non coding region). yang memperlihatkan kesamaan di antara ketiga RNA polimerase eukariot. Proses Maturasi Setelah DNA berhasil membuat RNA dalam proses transkripsi disebut RNA copy. Capping adalah proses perubahan lima primer mRNA menjadi tiga primer mRNA melalui pautan 5’-5’. menjadikan intron melingkar dan memotongnya.

Pertama-tama. 2. gen untuk rantai globin-α hemoglobin terletak di koromosom 16. Tabel 1. Perbedaan operon dan ekspresi gen tunggal: Ekspresi Gen Operon Terletak pada Prokariot Sifat Polisistronik Pengendalian Ekspresi Gen Terjadi pada arah transkripsi . Tempat penyambungan alternatif untuk penambahan ekor poli A dapat menghasilkan mRNA yang berbeda dari hnRNA tunggal. tersusun ulang. Penambahan poly(A)tail atau disebut polyadenilation adalah penambahan rangkaian mRNA pada bagian ujung 3’. sedangkan gen untuk rantai globin-β terletak di kromosom 11. Situasi ini berbeda di bakteri. Maksud penambahan ini u ntuk menghindari degradasi oleh 3’exonuclese.3. Tidak adanya operon pada eukariot Operon tidak terdapat pada eukariotik. Gen yang mengkode protein yang berfungsi bersama-sama biasanya terletak di kromosom yang berbeda. diman gen yang mengkode protein yang berfunsi bersamasamaterletak berdampingan satu sama lain dalam operon. sehingga umur mRNA bertambah panjang. Misalnya. Ekspresi Gen Pada Eukariotik 1. Gen mungkin lenyap dari sel. Operon diatur oleh sebuah promotor. Mekanisme pengaturan ekspresi gen pada eukariotik Pengaturan jenis dan jumlah protein yang terdapat dalam sel eukariotik berlangsung di sejumlah tahapan yang berbeda. elemen di dalam urutan DNA (disebut elemen sis) berikatan dengan faktor lain yang dikenal sebagai elemen trans (biasanya protein) yang mendorong atau menghambat pengikatan RNA polymerase ke gen. jumlahnya meningkat. atau mengalami modifikasi secara kimia. Di tingkat transkripsi gen spesifik. perubahan dalam jumlah atau struktur gen dapat mempengaruhi jumlah atau jenis protein yang dibentuk didalam sel. DNA dapat berikatan dengan senyawa lain (misalnya histon) dan mengambil konformasi yang sulit ditranskipsikan. Pengaturan dapat terjadi selama pengolahan transkip RNA (hnRNA) menjadi mRNA matang.

terdapat suatu perbedaan dalam aliran informasi genetik di dalam sel tersebut. Proses ini adalah bagian kedua dari tahapan biosintesis protein setelah proses transkripsi. chloramphenicol. Setiap asam amino akan dibawa oleh tRNA yang spesifik ke dalam kompleks mRNA-ribosom. yaitu inisiasi. Kodon pada mRNA akan berpasangan dengan antikodon yang ada pada tRNA. TRANSLASI Translasi adalah proses sintesis polipeptida spesifik berdasarkan sandi genetika pada mRNA. Setiap tRNA mempunyai antikodon yang spesifik. Tiga nukleotida di anti kodon tRNA saling berpasangan dengan tiga nukleotida dalam kodon mRNA menyandi asam amino tertentu. Tempat-tempat translsasi ini ialah ribosom. Proses penyelesaian ditandai denga bertemunya ribosom dengan kodon akhir pada mRNA.Gen Tunggal Eukariot Monosistronik Terjadi translasi mulai transkripsi-pasca B. partikel kompleks yang memfasilitasi perangkaian secara teratur asam amino menjadi rantai polipeptida. Translasi sangat berhubungan dengan proses transkripsi. Penerjemahan terjadi dari urutan basa molekul (yang juga menyusun kodonkodon setiap tiga urutan basa) mRNA ke dalam urutan asam amino polipeptida. Walaupun mekanisme dasar trskripsi dan translasi serupa untuk prokariot dan eukariot. antetracycline. Proses translasi dirangkum dalam tiga tahap. elongasi (pemanjangan) dan terminasi (penyelesaian). karena kedua tahap tersebut merupakan tahap dalam sinteseis protein dalam sel Mekanisme dasar translasi serupa untuk prokariot dan eukariot. Antibiotika dapat menghambat atau menghentikan proses translasi pada biosintesis protein. Asam amino yang akan dirangkaikan dengan asam amino lainnya dibawa oleh tRNA. Pada proses pemanjangan ribosom akan bergerak terus dari arah 5’3P ke arah 3′OH sepanjang mRNA sambil merangkaikan asam-asam amino. Translasi melibatkan ribosom sebagai tempat penggabungan asam aminoasam amino menjadi polipeptida dan tRNA sebagai pembawa asam amino ke ribosom dan “penerjemah” sandi genetika mRNA. contohnya antibiotika anisomycin. Translasi pada mRNA dimulai pada kodon pertama atau kodon inisiasi translasi berupa ATG pada DNA atau AUG pada RNA. Secara Umum Proses translasi berupa penerjemahan kodon atau urutan nukleotida yang terdiri atas tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino tertentu. cycloheximide. Banyak asam amino yang dapat disandikan oleh lebih dari satu kodon. .

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful