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STAPHYLOCOCCUS AUREUS
STAPHYLOCOCCUS
Rsistances naturelles :
Acide nalidixique Colistine S. saprophyticus : = R fosfomycine
3 Septembre 1928
PENICILLINASE
> 90% des S. aureus et des staphylocoques coagulase ngative (SCoN) gne blaZ, transposon sur plasmide, plasmide de grande taille : autres gnes de rsistance inactivation des pnicillines G, A, carboxy- et urido-pnicillines, cfazoline sensibilit aux inhibiteurs de -lactamases dtection difficile : test la nitrocfine
Ces souches ne possdent pas le gne mecA Bas niveau de rsistance la mticilline par modifications des PLP ayant une moindre affinit pour la mticilline
Mcanismes rares !
COMPOSITION DE LA CASSETTE
La cassette SCCmec comporte deux lments essentiels :
le complexe du gne mecA gne mecA et gnes rgulateurs mecI et mecR1 4 classes (A, B, C, D) dcrites chez S. aureus le complexe de gnes codant des recombinases ccr (cassette chromosome recombinase) qui assurent les phnomnes dintgration et dexcision de la cassette gnes ccrA et ccrB codant 2 recombinases mobilit SCCmec 5 types (1,2, 3, 4, 5) + autres lments mobiles (rsistance dautres ATB).
SCCmec
orfX
ccrAB2 Tn554 mecI mecR1 mecA pUB110
orfX
COMPOSITION DE LA CASSETTE
Dtection difficile chez les souches peuvent prsenter une expression htrogne de la rsistance
La prsence du gne mecA sest impose comme rfrence pour la mticillino-rsistance Marqueurs de substitution loxacilline: cphamycines (corrlation avec absence/prsence de mecA)
TEST CEFOXITINE
27 mm : souche mecA - : S oxacilline 26 - 25 mm : ? PLP2a ou mecA <25 mm : souche mecA+ : R oxacilline
Oxacilline
Cefoxitine
A partir de lisolement primaire Diffrent pour les coag neg, meilleure sensibilit si aprs induction autour de la cefox La nature du milieu ninfluence pas le rsultat
Brillance MRSA (oxod) MRSA select (biorad) BD BBL CHROMagar MRSA (BD)
KITS COMMERCIAUX
PCR kit commerciaux
GenExpert (Cepheid), GeneOhm (BD), BD Max (BD) LightCycler MRSA Advanced Test (ROCHE) Genotype MRSA (Biocentric/Hain), Evigene MRSA kit (I2A)
HISTOIRE DE LPIDMIOLOGIE
mecA sest install initialement dans un clone identifi au Danemark conservation des souches depuis les annes 50 = clone archaque
Puis implantation dans 5 lignes pandmiques
Clone ibrique (Espagne, Europe, Etats-Unis) Clone Brsilien Clone Hongrois Clone New-York-japon Clone Pdiatrique
A lintrieur dune espce bactrienne, les individus nexistent pas lunit car les bactries se divisent en permanence : la descendance dune mme cellule bactrienne en se divisant forme un clone Clones = souches de S. aureus ayant un anctre commun
En plus, on caractrise les souches par Le type dallle, agr. Il existe 4 types dallles agrqui reprsentent le fond gntique de la souche analyse. Le profil toxinique
EARSS 2011
Stabilisation et dcroissance dans la majorit des pays Sauf pour Italie, Bulgarie, Allemagne et Slovnie
Glycopeptides
0.1
Erythomycine
Pristinamycine Fosfomycine Rifampicine
48
15 11 10
37
6.3 8.8 5.2 91
36.1
10 9.5 10.7 94.1
33.5
5.8 8.9 8.2 90.8
35.9
4.3 8.3 8.5 93.2
22.7
6.6 5.2 6.2 91.4
22.7
4.9 2.6 5.6 89.1
Fluoroquinolones 94
Fucidine
Cotrimoxazole GISA
(nombre de souches)
11
0.8 11
13.8
0.2 4
16.8
2 4
16.7
1.5 2
13.8
0.2 0
14.5
1.5 1
18.5
1.4 2
14,3
14,7
% SAMR
cassette SCCmec le plus souvent de type IV ou V souvent prsence de la leucocidine de Panton Valentine (PVL)
Prsence du gne codant la toxine du choc toxique staphylococcique (TSST-1) et non pas la PVL.
Souche de colonisation +++ Majorit dinfections cutano-muqueuses et pulmonaires avec quelquefois des souches SASM. + rare : infections invasives : bacterimie, endocardite, VAP, dfaillance multiviscrale, pneumopathie
Premire souche isole chez les vaches laitires en angleterre Nouveau gne mec : <65% dhomologie avec mecA Nouvelle casette SCCmec: type XI Rsistance isole la mticilline PCR mecA ngative
MECC EN FRANCE
1er cas dtect : homme de 67 ans, hospitalis Aix-en-Provence en Novembre 2007, pour infection sur prothse de genou gauche. 2nd cas chez 2 vaches avec des mammites dans la mme ferme en Meurthe et Moselle en dcembre 2008.
STAPHYLOCOQUE ET AMINOSIDES
inactivation enzymatique :
ANT = aminosides nuclotidyltransfrase AAC = aminosides actyltransfrase APH = aminosides phosphotransfrase
souvent plusieurs enzymes par souche Phnotypes : K, KT, KTG gentamicine R R tous les aminosides
STAPHYLOCOQUE ET MACROLIDES
Manisme le plus frquent = Modification de la cible ARNr 23S par mthylation mthylation de ladnine de lARNr 23S (A 2058, A2059) gne erm (A, B ou C): erythromycin ribosome methylase phnotype MLSb : macrolides, lincosamides, synergistine B inductible : R rythromycine, clarithromycine, azithromycine (macrolides en C14) constitutif : R tous les macrolides, tlithromycine, lincosamides, synergistine B
Ttracyclines : Rifampicine :
Fosfomycine : mutants du systme de transport de la fosfomycine Acide fusidique : mutants fusA codant pour EF-G (facteur dlongation / ribosome)
Rifampicine, fosfomycine, acide fucidique PAS de monothrapie
STAPHYLOCOCCUS ET GLYCOPEPTIDES
3 catgories GISA
Sensibilit diminue, population homogne La majorit de la population est de sensibilit diminue
hVISA
Sensibilit diminue, population htrogne Une fraction de la population (10-6 10-9) exprime la rsistance
VRSA
Rsistance vraie Haut niveau de rsistance, mcanisme diffrent
Inductible par les Glycopeptides Pas de support gntique connue Rsistance non transfrable
K Sieradzki and A Tomasz. J Bacteriol 1997
Une dizaine de cas documents dans le monde depuis 1996 Aprs exposition prolonge la vancomycine +++
1 25 % des SARM selon les rgions en France Exceptionnellement SASM Peuvent diffuser en labsence de slection par un GP En augmentation = Vancomycin creep
2000 2005 : de 1 mg/L des CMI vanco vis--vis des S. aureus catgoriss sensibles
Ho PL, J Infect, 2010
S Vancomycine
Teicoplanine
R >2
>2
S 17
17
R -
30 g
30 g
2
2
Critres de suspicion de la sensibilit diminue aux GP : => CMI Mthode par diffusion en milieu glos :
Diamtre de la zone dinhibition autour dun disque < 17 mm Diamtre de la zone dinhibition autour du disque de teico < 3 mm celui autour du disque de vanco Quelques colonies prsentes dans la zone dinhibition de lun des deux GP Phnomne dinteraction (synergie ou antagonisme) entre lun des deux GP et un disque doxacilline 5 g
MTHODES DE DTECTION
Etest
Trs bonne technique 2McF, BHI Incubation 48h Lecture parfois difficile si souche htrogne : attention aux microcolonies dans la zone dinhibition Cot lev, non automatisable
Analyse de population
inoculum 2 McF, 50 l , cur cervelle gold standard mais long, fastidieux, rserv des laboratoires spcialiss
ANALYSE DE POPULATIONS
tmoin Vanco 2 mg/L Vanco 4 mg/L
Vanco 6 mg/L
Vanco 8 mg/L
Vanco 16 mg/L
ANALYSE DE POPULATIONS
5 4 4
nombre de patients
VRSA
Actuellement 10 souches VRSA dcouvertes depuis 2002 (USA, Iran, Inde)
Aucun lien entre elles Co-infection pralable ERG-SARM
Acquisition de lopron VanA dcrit chez les entrocoques : haut niveau de rsistance Pas de problmes de dtection
STREPTOCOCCUS
CF COURS DU PNEUMOCOQUE
ENTEROCOCCUS
RSISTANCE NATURELLE
pnicillines (G), M, cphalosporines (C3G) aminosides (bas niveau) acide nalidixique Fluoroquinolones Phnicols Macrolides Cotrimoxazole Colistine
ENTROCOQUE ET BETA-LACTAMINES
Production dune PLP5 naturelle de faible affinit pour les -lactamines R naturelle de bas niveau Chez E. faecalis,
lampicilline a une relative affinit Rsistance par augmentation de la production de PLP5 <5% des souches
Chez E. faecium
Rsistance modre par hyperporduction de PLP5 (CMI entre 4 et 16 mg/l) R haut niveau : mutations au niveau du gne codant pour la PLP5 (CMI entre 16 et 256 mg/l)
ENTROCOQUES ET AMINOSIDES
Rsistance naturelle de bas niveau
CMI=4-256 mg/L -lactamine + aminoside : synergie bactricide
R de haut niveau
par acquisition dun gne codant pour une enzyme modificatrice (CMI > 500mg/l) perte de la synergie -lactamine + aminoside
EARSS 2011, 33.7% des souches de E. faecalis prsentait un haut niveau de rsistance la gentamicine
ENTROCOQUES ET GLYCOPEPTIDES
Naturellement sensibles aux glycopeptides CMI modale la vancomycine : 1 mg/L CMI modale de la teicoplanine : 0,5 mg/L Sauf E. gallinarum, E. casseliflavus, E. flavescens (< 3% des entrocoques isols) Rsistance naturelle de bas niveau la vancomycine (CMI 2-32 mg/L) avec une sensibilit conserve la teicoplanine 1ers avoir acquis une rsistance plasmidique acquise aux GP
Slection par surconsommation de vancomycine par voie oral Epidmies lies la diffusion de souches clonales au sein dun hpital ou entre hpitaux. Portage extra-hospitalier faible.
Europe
Rle de la chane alimentaire ? Isolement de E. faecium VanA chez le btail au Royaume-Uni, en Allemagne et au Danemark Rle de lavoparcine utilis comme facteur de croissance chez les animaux en Europe (interdit depuis 1997) ? Portage dans la population communautaire (discut)
MCANISME DE RSISTANCE
Support gntique
Plusieurs gnes Van groups en oprons
Modification de la cible
Acquisition de nouvelles enzymes synthtisant des prcurseurs de faible affinit pour les GP
Remplacement du rsidu D-Ala-D-Ala terminal par un D-Ala-D-Ser ou un D-Ala-D-Lac Elimination des prcurseurs normaux de haute affinit (synthtiss par les enzymes normales)
PHNOTYPES DE RSISTANCE
Rsistance acquise Type VanA VanB VanD VanG VanE Rsistance naturelle
Niveau
CMI-Van CMI-Tei Expression Localisation Transfrable
Haut
64->1024 16-512 Inductible Plasmide Tn1546
Variable
4-1024 0,5-1 Inductible Chromosom e plasmide Tn1547 ou Tn1549
Modr
64-128 4-64 Constitutive Chromosome 16 0,5 Inductible
Faible
8-32 0,5 Inductible Chromosom e
VanC1/C2/C3
Bas niveau 2-32 0,5-1 Constitutive inductible Chromosome
Chromosome
Cible modifie
Espces
D-Ala-DLac
E. faecium E. faecalis E. avium
D-Ala-D-Lac
E. faecium E. faecalis
D-Ala-D-Lac
E. faecium
D-Ala-D-Ser
E. faecium
D-Ala-D-Ser
E. faecalis
D-Ala-D-Ser
E. gallinarum E.casseliflavus E.flavescens
E. durans
S
Vancomycine Teicoplanine 30 g 30 g 4 4
R
>8 >8
S
17 17
R
-
EPIDEMIOLOGIE FRANCE
Jusquen 2003 : proportion de VRE stable (< 2%) avec de rares pidmies de diffusion limite Emergence en 2004 : signalements dinfections nosocomiales ERG et survenue dpidmies hospitalires dampleur inhabituelle
Enjeu :
Evolution vers un tat endmique comme aux Etats-Unis Risque de transfert des plasmides de rsistance aux SARM !
27
E. faecalis E. faecium
Prlvements cliniques 8 patients ont eu un prlvement clinique positif VRE dont deux patients avec hmocultures positives
CORYNEBACTERIUM
CORYNEBACTERIUM ET RSISTANCES
peu de rsistances naturelles sauf fosfomycine, imidazols, pnicilline M, aztronam, ceftazidime sauf C. jeikeium, et C. urealyticum : frquence des R acquises, modifiant le phnotype de base
rsistance > 80% acquise aux -lactamines, aminosides, macrolides, fluoroquinolones absence de pnicillinases ou cphalosporinases R souvent croise aux -lactamines par modification des PLP sensibilit habituelle la pristinamycine sensibilit constante aux glycopeptides
LISTERIA
LISTERIA ET RESISTANCE
Rsistances naturelles : oxacilline, cphalosporines, lincosamides, fosfomycine, fluoroquinolones (bas niveau) Rsistance acquise : pas de consquence clinique jusqu prsent car ne touchent pas les antibio de premires lignes Cependant augmentation des CMI aux aminopnicillines surveillance ++.
DAPTOMYCINE
Lipopeptides Bactricide Compos semi-synthtique: Streptomyces roseosporus Action Ca++-dpendante sur la membrane plasmique (dpolarisation et effet bactricide) Spectre limit aux bactries Gram positif arobies ou anarobies Cibles: SARM, GISA, GRE Frquence de mutants spontans < 10-10 Mcanismes de R complexes (mutations mprF : rgulation de la charge membranaire bactrienne Dtection phnotypique difficile (Ca++)
Ann. N.Y. Acad. Sci. 1277 (2013) 139-158
TIGCYCLINE
Glycylcyclines Compos driv de la minocycline (formulation IV Inhibition de la synthse protique au site A du ribosome 30S (bloque lattachement de laminoacyl ARNt) Bactriostatique Spectre large: Staphylococcus (SARM, GISA), Streptococcus, Enterococcus (VRE), Campylobacter, Haemophilus, Moraxella, Neisseria, Pasteurella, certaines entrobactries, Acinetobacter, Stenotrophomonas, Anarobies, etc. Activit conserve vis--vis des souches R aux ttracyclines par efflux ou protection ribosomale Rsistance par efflux chez Klebsiella, Enterobacter, Acinetobacter. Pas de souche naturelle de sensibilit diminue isole jusqualors.
Diagn Micorbiol Infct Dis (2013)
LINEZOLIDE
Oxazolidinone Compos synthtique Inhibition de la synthse protique (inhibition de linitiation par action au niveau du site P de lARNr23S) Action limite aux bactries Gram positif (rsistance naturelle par efflux chez les bactries Gram ngatif) Spectre: Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Corynebacterium, Anarobies Gram positif, Mycobacterium sp. (not. MTB), Nocardia sp. Rsistance par mutations du ribosome 23S positions 2505, 2447, 2500, 2576, frquence faible (10-9 10-10) rarement dcrites chez Enterococcus, S. aureus, S. epidermidis Rsistance par methylation ribosomale gne cfr chez S. aureus et S. sciuri, mthylation de A2503