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Amplificaci€n aleatoria de ADN polim€rfico

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Amplificaci€n aleatoria de ADN polim€rfico
La amplificaci€n aleatoria de ADN polim€rfico, m•s conocida por el acr€nimo ingl‚s RAPDs (Random Amplification of Polymorphic DNA), es un tipo de marcador molecular basado en la reacci€n en cadena de la polimerasa. Los fragmentos de ADN obtenidos por medio de esta t‚cnica se amplifican en regiones aleatorias del genoma ya que los iniciadores o cebadores de la reacci€n son secuencias arbitrarias de ADN sint‚tico. Es una de las t‚cnicas m•s vers•tiles desde que se desarroll€ en el aƒo 1990.[1] Es muy c€moda, r•pida, requiere poco ADN que adem•s no necesita estar muy puro, no presupone conocimientos previos sobre la secuencia, y se pueden distinguir r•pida RAPD experiment y simult•neamente muchos organismos. Sus inconvenientes son que los fragmentos amplificados no suelen corresponder a ADN ligado a alg„n car•cter, sino redundante, y que no da informaci€n sobre el n„mero de copias que el ADN gen€mico contiene de la secuencia amplificada. Esta tecnolog…a ha sido utilizada para an•lisis de diversidad gen‚tica,[2] mejoramiento gen‚tico,[3] y diferenciaci€n de l…neas clonales.[4]

M•todo
Esta t‚cnica se basa en la utilizaci€n de un „nico oligonucle€tido de 10bp que hibrida al azar con el ADN en estudio. Para que se genere un fragmento RAPD es necesario que las dos hebras del ADN en estudio presenten sitios de hibridaci€n con el oligonucle€tido en orientaciones opuestas suficientemente cercanas (menos de 3000bp) como para permitir la amplificaci€n. La secuencia del oligonucle€tido es aleatoria al igual que los sitios de hibridaci€n, por lo que la secuencia amplificada es desconocida. El polimorfismo que se observa entre distintos individuos consiste en la presencia o ausencia de fragmentos de ADN amplificado.

Referencias
[1] Williams, J.K.G et al. (1990): DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. In: Nucleic Acids Res. Bd. 18, S. 6531-6535. PMID 1979162 (http:/ / www. pubmedcentral. nih. gov/ articlerender. fcgi?tool=pubmed& pubmedid=1979162) [2] Buso, G.S.C.; Rangel, P.H. and Ferreira, M.E. 1998 Analysis of genetic variability of South American wild rice populations (Oryza glumaepatula) with isozymes and RAPD markers. Molecular Ecology 7 (1):107-117 [3] Moretzsohn, M.C.; Nunes, C.D.M.; Ferreira, M.E. and Grattapaglia, D. 2000 RAPD linkage mapping of the shell thickness locus in oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) Theor. Appl. Genet. 100(1):57-62 [4] Ferreira, M.Y. & D. Grattapaglia, D. 1998. Introducci€n al uso de marcadores moleculares en el an•lisis gen‚tico. EMBRAPA-CENARGEN, Brasilia, Brasil. p. 38-56

Enlaces externos
† Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/ TechRAPD.shtml † MeSH RAPD+Technique (http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2012/MB_cgi?mode=&term=RAPD+ Technique)

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