Estructura de las protenas

1. VISiN DE CONJUNTO
Los 20 aminocidos encontrados habitualmente en las protenas se unen mediante enlaces peptdicos. La secuencia lineal de los aminocidos unidos contiene la informacin necesaria para generar una molcula proteica con una forma tridimensional nica. La complejidad de la estructura proteica se analiza mejor si se considera la molcula en cuatro niveles de organizacin: primario, secundario, terciario y cuaternario (fig. 2-1). Un examen de estas jerarquas de complejidad creciente ha revelado que ciertos elementos estructurales estn repetidos en una amplia variedad de protenas, lo que sugiere que hay reglas generales relativas a las formas en las cuales las protenas asumen su forma nativa funcional. Estos elementos estructurales repetidos van desde combinaciones simples de hlices a y lminas ~, que forman pequeos motivos, hasta el plegamiento complejo de dominios polipeptdicos de las protenas multifuncionales (v. pg. 18).
H
IIII.~

-. ~--C-~--~
H O CH3

11.ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTENAS

La secuencia de aminocidos de una protena se denomina estructura primaria de la protena. Entender la estructura primaria de las protenas es importante, porque muchas enfermedades genticas provocan la sntesis con secuencias anmalas de aminocidos que causan un plegamiento inadecuado y la prdida el deterioro de la funcin normal. Si se conocen las estructuras primarias de las protenas normales y las protenas mutadas, puede utilizarse esta informacin para diagnosticar o estudiar la enfermedad.
A. Enlace peptdico

En las protenas, los aminocidos se unen covalentemente mediante enlaces peptdicos, que son uniones amida entre el grupo a-carboxilo de un aminocido y el grupo c-amino de otro. Por ejemplo, la valina y la alanina pueden formar el dipptido valilalanina a travs de la formacin de un enlace peptdico (fig. 2-2). Las condiciones que desnaturalizan las protenas, como el calor o concentraciones elevadas de urea, no rompen los enlaces peptdicos (v. pg. 20). Se necesita una exposicin prolongada a un cido o a una base fuertes a temperaturas elevadas para hidrolizar esos enlaces de manera no enzimtica.
1. Denominacin de los pptidos: por convenio, el extremo amino libre (N-

terminal) de la cadena peptdica se escribe a la izquierda y el extremo carboxilo libre (C-terminal) a la derecha. Por consiguiente, todas las secuencias de aminocidos se leen desde el extremo N-terminal hasta el extremo C-terminal del pptido. Por ejemplo, en la figura 2-2A, el orden de los aminocidos es valina, alanina. La unin de muchos aminocidos a travs de enlaces peptdicos produce una cadena no ramificada

Figura 2-1
Cuatro jerarquas de estructura proteica. .

13

14

2. Estructura

de las protenas

denominada polipptido. Cada aminocido componente de un polipptido se denomina residuo porque es la porcin del aminocido que queda despus de que se pierdan los tomos de agua en la formacin del enlace peptdico. Cuando se nombra un polipptido, se cambian los sufijos de todos los residuos de aminocido (-ina, -ano, -ico o -ato) a -ilo, con la excepcin del aminocido C-terminal. Por ejemplo, un tripptido compuesto por una valina N-terminal, una glicina y una leucina C-terminal se denomina valil-glicil-Ieucina. 2. Caractersticas del enlace peptdico: el enlace peptdico tiene un carcter parcial de doble enlace, es decir, que es ms corto que un enlace sencillo y es rgido y planar (fig. 2-2B). Esto impide la rotacin libre alrededor del enlace entre el carbono carbonilo y el nitrgeno del enlace peptdico. Sin embargo, los enlaces entre los carbonos a y los grupos c-amino y a-carboxilo pueden rotar libremente (aunque estn limitados por el tamao y el carcter de los grupos R). Esto permite a la cadena polipeptdica adoptar una variedad de configuraciones posibles. El enlace peptdico es generalmente un enlace trans (en vez de cis; v. fig. 2-2B), en gran parte debido a la interferencia est rica de los grupos R cuando estn en posicin cis. 3. Polaridad del enlace peptdico: como todas las uniones amida, los grupos -C=O y -NH del enlace peptdico no estn cargado? y no aceptan ni liberan protones a lo largo del intervalo de pH comprendido entre 2 y 12. Por tanto, los grupos cargados presentes en los polipptidos consisten nicamente en el grupo N-terminal (o-arnno), el qrupoCstermlnal (a-carboxilo) y todos los grupos ion izados presentes en las cadenas laterales de los aminocidos constituyentes. los grupos -C=O y -NH de los enlaces peptdicos son polares y estn involucrados en enlaces de hidrgeno, por ejemplo, en estructuras a-hlices y lminas ~, descritas en las pgs. 16-17. B. Determinacin de la composicin de aminocidos de un polipptido

Carcter parcial doble del enlace Rgido y planar Configuracin trans

Figura 2-2 A. Formacin de un enlace peptdico que muestra la estructura del dipptido valilalanina. B. Caractersticas del enlace peptdico.

La primera etapa en la determinacin de la estructura primaria de un polipptido consiste en identificar y cuantificar los aminocidos que lo forman. Primero se hidroliza con un cido fuerte a 110C durante 24 h una muestra purificada del polipptido que se va a analizar. Este tratamiento rompe los enlaces peptdicos y libera los aminocidos individuales, que pueden separarse mediante cromatografa de intercambio cannlco, En esta tcnica se aplica una mezcla de aminocidos a una columna que contiene una resina a la cual est firmemente unido un grupo con carga negativa. [Nota: si el grupo unido est cargado positivamente, la columna se convierte en una columna de intercambio aninico.] Los aminocidos se unen a la columna con diferentes afinidades, dependiendo de sus cargas, su hidrofobicidad y otras caractersticas. Cada aminocido es liberado secuencialmente de la columna de cromatografa mediante elucin con disoluciones de concentracin inica y pH crecientes (fig. 2-3). Los aminocidos separados contenidos en el eluado de la columna se cuantifican calentndolos con ninhidrina (un reactivo que forma un compuesto morado con la mayora de los aminocidos, el amonaco y las aminas). La cantidad de cada aminocido se determina mediante espectrofotometra midiendo la cantidad de luz absorbida por el derivado de la ninhidrina. El anlisis que se acaba de describir se realiza utilizando un analizador de aminocidos, una mquina automtica cuyos componentes se muestran en la figura 2-3.
(

C. Secuenciacin

del pptido

desde

su extremo

N-terminal

La secuenciacin es un proceso gradual de identificacin de aminocidos especficos en cada posicin de la cadena peptdica, empezando

11.Estructura

primaria

de las protenas

15

por el extremo N-terminal. Se utiliza el fenilisotiocianato, conocido como reactivo de Edman, para marcar el residuo amino terminal en condiciones suavemente alcalinas (fig. 2-4). El derivado feniltiohidantona (PTH) resultante introduce una inestabilidad en el enlace peptdico N-terminal, que puede ser hidrolizado selectivamente sin romper los otros enlaces peptdicos. Entonces puede determinarse la identidad del derivado aminocido. El reactivo de Edman puede aplicarse repetidamente al pptido acortado obtenido en cada ciclo previo.

D. Escisin del polipptido en fragmentos ms pequeos

Muchos polipptidos tienen una estructura primaria compuesta de ms de 100 aminocidos. Estas molculas no pueden ser secuenciadas directamente de extremo a extremo. Sin embargo, estas grandes molculas pueden romperse en sitios especficos y los fragmentos resultantes pueden secuenciarse. Utilizando ms de un agente de escisin (enzimas o productos qumicos) en muestras distintas del polipptido purificado, pueden generarse fragmentos solapantes que permitan el ordenamiento apropiado de los fragmentos secuenciados, y as proporcionan una secuencia de aminocidos completa del polipptido grande (fig. 2-5). Las enzimas que hidrolizan enlaces peptdicos se denominan peptidasas (proteasas). [Nota: las exopeptidasas cortan los extremos de las protenas, y se dividen en aminopeptidasas y carboxipeptidasas. Estas ltimas se utilizan para determinar el aminocido e-terminal. Las endopeptidasas cortan protenas en sus partes intermedias.]

E. Determinacin de la estructura primaria de una protena mediante secuenciacin de ADN

La secuencia de nucletidos en una regin del ADN que codifica para una protena especifica la secuencia de aminocidos de un polipptido. Por consiguiente, si puede determinarse la secuencia de nucletidos, es posible, conociendo el cdigo qentico (v. pg. 431), traducir la secuencia de nucletidos en la correspondiente secuencia de aminocidos de ese polipptido. Este proceso, aunque utilizado de manera sistemtica para obtener las secuencias de aminocidos de las protenas, tiene las limitaciones de no poder predecir las posiciones de los puentes disulfuro en la cadena plegada y de no identificar los aminocidos que se modifican despus de su incorporacin en el polipptido (modificacin postraduccional, pg. 443). Por tanto, la secuenciacin proteica directa es una herramienta extremadamente importante para determinar el carcter verdadero de la secuencia primaria de muchos polipptidos.

Figura 2-3
Determinacin de la composicin de aminocidos de un polipptido utilizando un analizador de aminocidos.

Figura 2-4
Determinacin del residuo amino terminal de.un polipptido mediante la degradacin de Edman. PTH, feniltiohidantona.

16

2. Estructura de las protenas

Pptido de secuencia desconocida _

11I. ESTRUCTURA SECUNDARIA DE LAS PROTENAS

El esqueleto peptdico no adopta una estructura tridimensional aleatoria, sino que, en general, forma ordenaciones regulares de aminocidos que estn localizados cerca unos de otros en la secuencia lineal. Estas disposiciones constituyen la denominada estructura secundaria del polipptido. La hlice a, la lmina j3 y los giros j3 son ejemplos de estructuras secundarias que se encuentran con frecuencia en las protenas. [Nota: la hlice (cadena a) de colgeno, otro ejemplo de estructura secundaria, se comenta en la pg. 45.] A. Hlice a En la naturaleza se encuentran varias hlices polipeptdicas diferentes, pero la hlice a es la ms comn. Es una estructura espiral que consiste en un esqueleto peptdico enrollado, estrechamente empaquetado, en el cual las cadenas laterales de los aminocidos componentes se extienden hacia fuera del eje central para evitar interferir estricamente entre s (fig. 2-6). Un grupo muy diverso de protenas contiene hlices a. Por ejemplo, las queratinas son una familia de protenas fibrosas estrechamente relacionadas cuya estructura es casi por completo a-helicoidal. Son el componente principal de tejidos como el pelo y la piel, y su rigidez est determinada por el nmero de puentes disulfuro entre las cadenas polipeptdicas que las forman. Al contrario, la mioglobina o globina, cuya estructura es tambin muy a-helicoidal, son molculas globulares flexibles (v. pg. 26). 1. Puentes de hidrgeno: una hlice a est estabilizada por gran cantidad de puentes de hidrgeno establecidos entre los oxgenos carbonilo y los hidrgenos amida del enlace peptdico, que son parte del esqueleto peptdico (v. fig. 2-6). Los enlaces de hidrgeno se extienden hacia arriba y en paralelo a la espiral desde el oxgeno carbonilo de un enlace peptdico al grupo -NH de una unin peptdica cuatro residuos por delante en el polipptido. Esto asegura que todos los componentes de un enlace peptdico, salvo el primero y el ltimo, estn unidos entre s a travs de puentes de hidrgeno. Los enlaces de hidrgeno son dbiles individualmente, pero en conjunto sirven para estabilizar la hlice. 2. Aminocidos por vuelta: cada vuelta de una hlice a contiene 3,6 aminocidos. Por tanto, residuos de aminocidos situados a tres o cuatro residuos de distancia en la secuencia primaria estn espacialmente juntos cuando se pliegan en la hlice a. 3. Aminocidos que alteran una hlice a: la prolina altera una hlice a porque su grupo amino secundario no es geomtricamente compatible con la espiral diestra de la hlice a. En cambio, inserta un retorcimiento la cadena que interfiere en la estructura helicoidal suave. Una gran cantidad de aminocidos cargados (p. ej., el glutamato, el aspartato, la histidina, la lisina o la arginina) tambin alteran la hlice mediante la formacin de enlaces inicos o mediante repulsiones electrostticas entre ellos. Por ltimo, los aminocidos con cadenas laterales voluminosas, como el triptfano, o aminocidos, como la valina o la isoleucina, con ramificaciones en el carbono j3 (el primer carbono del grupo R, cerca al carbono a) pueden interferir en la formacin de la hlice a si estn presentes en grandes cantidades. B. Lmina ~ La lmina j3 es otra forma de estructura secundaria en la cual todos los componentes del enlace peptdico intervienen en puentes de hidrgeno

D ..

1 -------Pptido B "

1.Escisin con tripsina en la lisina y la arginina 2. Determinacin de I~ secuencia peptdica utilizando el mtodo de Edman Pptido

Cul es el ordn correcto?

? @? ? @@? ? ::l@?
..

Pptido de secuencia desconocida

fJ
.

PptidoX

------Pptido Y Secuencia original del pptido

1
.

1.ESCiSin con bromuro d . ciangeno en la metionina

2. Deteim.

inac.inde la s.ecuencia peptdica utilizando el mtodo d Edman

Figura 2-5
Solapamiento de pptidos producidos por accin de la tripsina y el bromuro de ciangeno.

Enlace de hidrgeno intracatenario

Cadenas laterales - de aminocidos extendidas hacia fuera.

Figura 2-6 Hlice a que muestra el esqueleto

peptdico.
I

111. Estructura

secundaria

de las protenas

17

(fig. 2-7A). Las superficies de las lminas ~ aparecen plegadas y, por esta razn estas estructuras suelen denominarse lminas ~ plegadas. Cuando se ilustra la estructura de las protenas, las cadenas ~ suelen visualizarse como flechas anchas (fig. 2-7B). 1. Comparacin de una lmina ~ y una hlice a: a diferencia de la hlice ex, las lminas ~ estn compuestas por dos o ms cadenas peptdicas (cadenas 13),o segmentos de cadenas polipeptdicas, que estn casi completamente extendidas. Ntese tambin que en las lminas 13los puentes de hidrgeno son perpendiculares al esqueleto del polipptido (v. fig. 2-7A). 2. Lminas paralelas yantiparalelas: una lmina 13puede estar formada por dos o ms cadenas polipeptdicas o segmentos de cadenas polipeptdicas independientes que estn dispuestas en sentido antiparalelo unas a otras (con los extremos N-terminal y C-terminal de las cadenas 13alternados; v. fig. 2-7B) o bien en paralelo entre s (con todos los extremos N-terminales de las cadenas ~ juntos; fig. 2-7C). Cuando se forman enlaces de hidrgeno entre los esqueletos polipeptdicos de cadenas polipeptdicas separadas, se denominan puentes intercatenarios. Una lmina 13 tambin puede formarse plegndose sobre s misma una cadena peptdica nica (v. fig. 2-7C). En este caso, los puentes de hidrgeno son puentes intracatenarios. En las protenas globulares, las lminas 13 tienen siempre un bucle, o un giro, a la derecha cuando se observan a lo largo del esqueleto peptdico. [Nota: las lminas ~ retorcidas suelen formar parte del ncleo de las protenas globulares.]

Las estructuras hlice ex y lmina 13proporcionan el nmero de puentes de hidrgeno mximo para los componentes del enlace peptdico en el interior de los polipptidos.

C. Giros ~ (giros inversos) Los giros ~ invierten la direccin de una cadena polipeptdica, ayudndola a adoptar una forma globular compacta. Suelen encontrarse en la superficie de las molculas proteicas y a menudo contienen residuos cargados. [Nota: los giros ~ recibieron este nombre porque a menudo conectan cadenas sucesivas de las lminas ~ antiparalelas.] Los giros ~ estn compuestos generalmente por cuatro aminocidos, uno de los cuales puede ser la prolina (el aminocido que provoca un retorcimiento de la cadena polipeptdica). La glicina, el aminocido con el grupo R ms pequeo, se encuentra tambin a menudo en los. giros ~. Los giros 13 se estabilizan mediante la formacin de puentes de hidrgeno y enlaces inicos. D. Estructura secundaria no repetitiva Figura 2-7 A. Estructura de una lmina 13. B. Una lmina 13 antiparalela; las cadenas 13 se representan como flechas amplias. C. Una lmina 13 paralela formada a partir de una cadena polipeptdica que se pliega sobre s misma.

Aproximadamente la mitad de una protena globular media est organizada en estructuras repetitivas, como la hlice ex o la lmina 13.El resto de la cadena polipeptdica se describe como una conformacin de bucles o espirales. Estas estructuras secundarias no repetitivas no son aleatorias, sino que simplemente tienen una estructura menos regular que las descritas antes. [Nota: la expresin espiral aleatora- se refiere a la estructura desordenada obtenida cuando las protenas se desnaturalizan (v. pg. 20).] .

18

2. Estructura de las protenas

Hc~asahl.ice .

. Unidad ~a~

Meartdro f3

Figura 2-8
Algunos motivos estructurales frecuentes que combinan hlices a o lminas esquemtico.

P (o ambas).

Los nombres describen su aspecto

E. Estructuras supersecundarias (motivos) Las protenas globulares estn construidas por elementos estructurales secundarios combinados (hlices a, lminas ~, secuencias no repetitivas). Estos elementos constituyen fundamentalmente la regin nuclear, es decir, el interior de la molcula, y estn conectados por regiones en bucle (p. ej., los giros ~) en la superficie de la protena. Las estructuras supersecundarias se producen normalmente por amontonamiento de las cadenas laterales de elementos estructurales secundarios adyacentes. As, por ejemplo, las hlices a y las lminas ~ que estn adyacentes en la secuencia de aminocidos tambin suelen estar, pero no siempre, adyacentes en la protena plegada final. Alguno de los motivos ms comunes se ilustran en la figura 2-8.
H O
~N-C-C~
"ti" I "

H yH2\
SH SH Esqueleto polipeptdico

H CH2
I I

~N-C-C~ H O'
I "

Las protenas que se unen al ADN contienen un nmero limitado de motivos. El motivo hlice-asahlice es un ejemplo presente en varias protenas que funcionan como factores de transcripcin (v. pg. 455).

IV. ESTRUCTURA TERCIARIA DE LAS PROTENAS GLOBULARES

La estructura primaria de una cadena polpeptldiea determina su estructura terciaria. La palabra terciario se refiere al plegamiento de los dominios (las unidades bsicas de estructura y funcin; v. a continuacin) y a la disposicin final de los dominios en el polipptido. La estructura de las protenas globulares en disolucin acuosa es compacta y tiene una elevada densidad (empaquetamiento muy prximo) de los tomos en el centro de la molcula. Las cadenas laterales hidrfobas estn enterradas en el interior, mientras que los grupos hidrfilos suelen encontrarse en general en la superficie de la molcula. A. Dominios Los dominios son las unidades funcionales y estructurales tridimensionales fundamentales de los polipptidos. Las cadenas polipeptdicas cuya longitLid es superior 200 aminocidos generalmente constan de dos o ms dominios. El ncleo de un dominio est constituido por combinaciones de elementos estructurales supersecundarios (motivos). El plegamiento de la cadena peptdica dentro de un dominio normalmente

Figura 2-9
Formacin de un puente disulfuro por oxidacin de dos residuos de cistena, que produce un residuo de cistina.

IV. Estructura terciaria de las protenas globulares se produce con independencia del plegamiento en otros dominios. Por consiguiente, cada dominio tiene las caractersticas de una protena globular compacta pequea que es estructural mente independiente de los otros dominios de la cadena polipeptdica.
B. Interacciones que estabilizan la estructura terciaria

19

H Ha
I I 11

N - C - C-.NVVVV'

La estructura tridimensional exclusiva de cada polipptido viene determinada por su secuencia de aminocidos. Las interacciones entre las cadenas laterales de los aminocidos guan el plegamiento del polipptido para formar una estructura compacta. Los cuatro tipos de interacciones siguientes cooperan para estabilizar las estructuras terciarias de las protenas globulares.
1. Puentes disulfuro: un puente disulfuro es un enlace covalente formado

.Esqueleto _.peptdico

l
j

HC-CH3
~H2
, ",.-':.:::::::;;:>::.

Isoleucina

3- -,

~~r~
CH
I

,CH3./

CH2
I

Leucina

N-C-C~.
1

H H

11

entre el grupo sulfhidrilo (-SH) de cada uno de dos residuos de cistena para producir un residuo de cistina (fig. 2-9). Las dos cistenas pue, den estar separadas entre s por muchos aminocidos en la secuencia primaria de un polipptido o incluso pueden estar localizadas en dos cadenas polipeptdicas diferentes; el plegamiento de las cadenas polipeptdicas acerca los residuos de cistena y permite la formacin de un enlace covalente de sus cadenas laterales. Un puente disulfuro contribuye a la estabilidad de la forma tridimensional de la molcula proteica y evita que se desnaturalice en el ambiente extracelular. Por ejemplo, se encuentran muchos puentes disulfuro en protenas como las inmunoglobulinas que son segregadas por las clulas.
2. Interacciones hidrfobas: los aminocidos con cadenas laterales no polares tienden a estar localizados en el interior de la molcula polipeptdica, donde se asocian con otros aminocidos hidrfobos (fig. 2-10). Por el contrario, aminocidos con cadenas laterales polares o cargadas tienden a estar localizados en la superficie de la molcula, en contacto con el disolvente polar. [Nota: recurdese que las protenas localizadas en ambientes no polares (Ipidos), como una membrana, exhiben el ordenamiento inverso (v. fig. 1-4, pg. 4).] En cada caso se produce una segregacin de grupos, que es ms favorable desde el punto de vista energtico.

Interacciones hidrfobas

Figura 2-10 Interacciones hidrfobas entre aminocidos con cadenas laterales no polares.

Glutamato H H
I I I

Aspartato H H
I I ,-

a
ti

a
11

----.N

- C - C~N CH2
I

- C - C-..NVVVV CH2
I

3. Puentes de hidrgeno: las cadenas laterales de los aminocidos que

contienen hidrgeno unido a oxgeno o nitrgeno, como en los grupos alcohol de la serina y la treonina, pueden formar puentes de hidrgeno con tomos ricos en electrones, como el oxgeno de un grupo carboxilo o el grupo carbonilo de un enlace peptdico (fig. 2-11; v. tambin fig. 1-6, pg. 4). La formacin de los enlaces de hidrgeno entre los grupos polares de la superficie de las protenas y el disolvente acuoso potencian la solubilidad de las protenas.
4. Interacciones inicas: los grupos con carga negativa, como el grupo carboxilo (-GOO-) de la cadena lateral del aspartato o del glutamato, pueden interaccionar con los grupos cargados positivamente, como el grupo amino (~NH3+) de la cadena lateral de la lisina (v. fig. 2-11). de las protenas

CH 2 I

C .o+'J.o'/ '= '0-

C -,

0~ +H 3
I

H -1

H2 H2

a
I

9
I I I

-C-C~-

9H2
H
I

H2 H CH2
N-C-C

o
"

,-,

c.

Plegamiento

Las interacciones entre las cadenas laterales de los aminocidos determinan cmo se pliega una cadena polipeptdica larga en la intrincada forma tridimensional de la protena funcional. El plegamiento de la protena, que ocurre en cuestin de segundos a minutos en el interior de la clula, emplea un atajo a travs del laberinto de todas las posibilidades de plegamiento. A medida que el pptido se pliega, las cadenas laterales de sus aminocidos se atraen y repelen en funcin de sus pro-

Figura 2-11 Interacciones de las cadenas laterales de los aminocidos a travs de enlaces de hidrgeno y enlaces inicos.

20

2. Estructura

de las protenas

piedades qumicas. Por ejemplo, las cadenas laterales con carga positiva y negativa se atraen entre s. A la inversa, las cadenas laterales con carga semejante se repelen entre s. Adems, las interacciones consistentes en puentes de hidrgeno, interacciones hidrfobas y puentes disulfuro ejercen una influencia sobre el proceso de plegamiento. Este proceso de ensayo y error prueba muchas de las conJiguraciones posibles, pero no todas, en busca de un compromiso en el cual las atracciones superan las repulsiones. Esto provoca una protena correctamente plegada con un estado de energa bajo (fig. 2-12).

Formacin de estructuras secundarias

itI

D. Desnaturalizacin de protenas
La desnaturalizacin de las protenas provoca el desplegamiento y la desorganizacin de las estructuras terciaria y secundaria de la protena, que no van acompaados de hidrlisis de los enlaces peptdicos. Son agentes desnaturalizantes el calor, los disolventes orgnicos, la mezcla mecnica, los cidos o las bases fuertes, los detergentes y los iones de metales pesados como el plomo y el mercurio. En condiciones ideales, la desnaturalizacin puede ser reversible, en cuyo caso la protena vuelve a plegarse en su estructura nativa original si se retira el desnaturalizante. Sin embargo, la mayora de las protenas, una vez desnaturalizadas, permanecen desordenadas permanentemente. Las protenas desnaturalizadas suelen ser insolubles y, por consiguiente, precipitan de la disolucin.

E. Papel de las chaperoninas en el plegamiento proteico

fJ

Formacin

de dominios

En general se acepta que la informacin necesaria para el plegamiento proteico correcto est contenida en la estructura primaria del polippti- . do. Dada esta premisa, es difcil explicar por qu la mayora de las protenas no vuelven a adoptar sus conformaciones nativas en condiciones ambientales favorables despus de ser desnaturalizadas. Una respuesta a este problema es que, en vez de esperar a que se haya completado toda la cadena, una protena empieza a plegarse en fases durante su sntesis. Esto limita la disponibilidad de configuraciones de plegamiento competidoras por tramos ms largos del pptido naciente. Adems, se necesita un grupo especializado de protenas, denominadas chaperoninas, para el plegamiento adecuado de muchas especies de protenas. Las chaperoninas (tambin conocidas como protenas de choque trmico) interaccionan con el polipptido en diversas etapas durante el proceso de plegamiento. Algunas chap.eroninas son importantes para mantener la protena desplegada hasta que su sntesis se haya acabado o actan como catalizadores incrementando las velocidades de las etapas finales del proceso de plegamiento. Otras protegen a las protenas a medida que se van plegando, de modo que sus regiones expuestas, vulnerables, no se enreden en interacciones improductivas.

V. ESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTENAS

Figura 2-12
Etapas en el plegamiento de las protenas. Muchas protenas consisten en una cadena polipeptdica nica y se definen como protenas monmeros. Sin embargo, otras pueden constar de dos o ms cadenas polipeptdicas que pueden ser estructuralmente idnticas o no tener ninguna relacin. La disposicin de estas subunidades polipeptdicas se denomina estructura cuaternaria de la protena. Las subunidades se mantienen juntas mediante interacciones no covalentes (p. ej., puentes de hidrgeno, enlaces inicos e interacciones hidrfobas). Las subunidades pueden funcionar independientemente unas de otras o pueden actuar en cooperacin, como en la hemoglobina, en la cual la unin del oxgeno a una subunidad del tetrmero aumenta la afinidad de las otras subunidades por el oxgeno (v. pg. 29).

VI. Plegamiento

anmalo

de las protenas

21

Las isoformas son protenas que realizan la misma funcin, pero tienen estructuras primarias distintas. Pueden originarse de distintos genes o por procesamiento especfico de tejido del producto de un mismo gen. Si las protenas funcionan como enzimas se denominan isozimas (v. pg. 65).

VI. PLEGAMIENTO ANMALO DE LAS PROTENAS

El plegamiento de una protena es un proceso de ensayo y error complejo que a veces puede provocar molculas inadecuadamente plegadas. Estas protenas mal plegadas suelen etiquetarse y degradarse dentro de la clula (v. pg. 444). Sin embargo, este sistema de control de calidad no es perfecto y pueden acumularse agregados intracelulares o extracelulares de protenas mal plegadas, en particular a medida que la persona envejece. Depsitos de estas protenas mal plegadas se asocian con una serie de enfermedades, entre ellas la amiloidosis.

A. Amiloidosis
El plegmiento anmalo de las protenas puede producirse de manera espontnea o estar causado por una mutacin en un gen concreto, que produce luego una protena alterada. Adems, algunas protenas aparentemente normales, despus de una escisin proteoltica anmala, pueden adoptar un estado conformacional nico que induce la formacin de conjuntos proteicos fibrilares largos consistentes en lminas /3 plegadas. La acumulacin de estas protenas insolubles que se agregan de manera espontnea, denominadas amiloides, se ha implicado en muchas enfermedades degenerativas, en particular en el trastorno degenerativo que constituye la enferfnedad de Alzheimer. El componente dominante de la placa de amiloide que se acumula en la enfermedad de Alzheimer es el amiloide /3 (A/3)~un pptido que contiene ms de 40 a 42 residuos de aminocidos. La cristalografa de rayos X y el espectroscopio de infrarrojos demuestran una conformacin en lmina /3plegada caracterstica en fibrillas no ramificadas. Este pptido, cuando se agrega en una configuracin de lminas /3 plegadas, es neurotxico y constituye el acontecimiento patgeno central que lleva al deterioro cognitivo caracterstico de la enfermedad. El A/3 que se deposita en el cerebro en la enfermedad de Alzheimer se obtiene por escisiones proteolticas de la protena precursora amiloide ms grande, una protena transmembrana nica que se expresa en la superficie celular del cerebro y otros tejidos (fig. 2-13). Los pptidos A/3 se agregan generando el amiloide que se encuentra en el parnquima cerebral y alrededor de los vasos sanguneos. La mayora de los casos de enfermedad de Alzheimer no son genticos, aunque al menos del 5% al 10% de los casos son familiares. Un segundo factor biolgico que interviene en el desarrollo de la enfermedad de Alzheimer es la acumulacin de ovillos neurofibrilares en el cerebro. Un componente fundamental de las fibras que constituyen los ovillos es una forma anmala de la protena tau (L), que en su versin sana ayuda al montaje de la estructura microtubular. La protena L defectuosa, sin embargo, parece bloquear las acciones de su equivalente normal.

Agregacin espontnea para formar fibrillas insolubles de lminas plegadas f3 ,

Figura 2-13 B. Prionosis

La protena prinica (PPr) ha sido fuertemente implicada como agente causal de las encefalopatas espongiformes transmisibles (EET), entre ellas la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob en seres humanos, la tembladera de las ovejas y la encefalopata espongiforme bovina del ganado (denominada Formacin de placas de amiloide encontradas en la enfermedad de Alzheimer.

22

2. Estructura

de las protenas

La interaccin de la molcula de protena prinica infecciosa con una protena prinlca normal hace que la forma normal se pliegue en la forma infecciosa.

PrPCno infecc;iosa (contiene hllce ~:,

::5;

t 1.:..
~

infecciosa 00 lminas ,)

Estas dos molculas se disocian y convierten otras 2 molculas de PrP no infecciosas en la forma infecciosa.

"
t

PrAS.,infecciosa (contiene lminas~)

popularmente enfermedad de las vacas locas) 1. Despus de una serie larga de procedimientos de purificacin, los cientficos se quedaron atnitos al encontrar que la capacidad infecciosa del agente que causaba la tembladera de las ovejas estaba asociado con una especie proteica nica que no formaba complejos con cido nucleico detectable. Esta protena infecciosa se denomina Prpsc (Sc = scrapie, tembladera). Es muy resistente a la degradacin proteoltica y, cuando es infecciosa, tiende a formar agregados insolubles de fibrillas, similares al amiloide encontrado en algunas otras enfermedades del cerebro. Una forma no infecciosa de Prpc (C = celular), codificada por el mismo gen que el agente infeccioso, est presente en los cerebros normales de los mamferos en las superficies de las neuronas y de las clulas gliales. Por tanto, la Prpc es una protena del hospedador. No se han encontrado diferencias estructurales primarias ni modificaciones postraduccionales alternas entre las formas normal e infecciosa de la protena. La clave para volverse infecciosa radica aparentemente en cambios de la conformacin tridimensional de la Prpc. Se ha observado que una serie de hlices a presentes en la Prpc no infecciosa son sustituidas por lminas j3 en la forma infecciosa (fig. 2-14). Es esta diferencia conformacionalla que confiere probablemente resistencia relativa a la degradacin proteoltica de los priones infecciosos y permite que sean distinguidos de la Prpc normal en el tejido infectado. El agente infeccioso es, por tanto, una versin alterada de una protena normal, que acta como plantilla para convertir la protena normal en la conformacin patgena. Las encefalopatas espongiformes transmisibles son invariablemente mortales y en la actualidad no se dispone de tratamiento que pueda alterar este pronstico.

VII. RESUMEN DEL CAPTULO

Para entender la estructura proteica es fundamental conocer el concepto de conformacin nativa (fig. 2-15), que es la estructura proteica completamente plegada y funcional (p. ej., una enzima activa o una protena estructural). La estructura tridimensional nica de la. conformacin nativa viene determinada por su estructura primaria, es decir, su secuencia de aminocidos. Interacciones entre las cadenas laterales de los aminocidos guan el plegamiento de la cadena polipeptdica para formar las estructuras secundaria, terciaria y (a veces) cuaternaria, que cooperan para estabilizar la conformacin nativa de la protena. Adems, se necesita un grupo especializado de protenas denominadas chaperoninas para el plegamiento adecuado de muchas especies de protenas. La desnaturalizacin proteica provoca el desplegamiento y la desorganizacin de la estructura de la protena, que no van acompaados de la hidrlisis de los enlaces peptdicos. La desnaturalizacin puede ser reversible o, ms a menudo, irreversible. Pueden aparecer enfermedades cuando una protena aparentemente normal adopta una conformacin que es citotxica, como en el caso de la enfermedad de Alzheimer y de las encefalopatas espongiformes transmisibles (EET), entre ellas la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob. En la enfermedad de Alzheimer, protenas normales adoptan un estado conformacional nico, despus de un procesamiento qumico anmalo, que induce la formacin de conjuntos de protena amiloide neurotxica consistentes en lminas j3 plegadas. En las EET, el agente infeccioso es una versin alterada de la protena prinica normal que acta como plantilla para convertir la protena normal en una conformacin patgena.

PrPCno infecciosa (contiene hlice a)

PrPCno infecciosa (contiene h~lice a)

n a

Esto provoca un aumento exponencial de la forma infecciosa.

Figura 2-14 Mecanismo propuesto para la multiplicacin de los agentes prinicos infecciosos. PPr, protena prinica.

1Vaseuna explicacin ms detallada de los priones en el captulo 31 de

Lippincott's lIIustrated Reviews: Microbiologa.

VII. Resumen del captulo

23

Jerarqua de la estructura de las protenas

compuesta de

~
contribuye a

puede ser

( Hlice (l. ( Lmina ~

Giros ~ (giros inversos)

'( Estructuras no repetitivas ( Estructuras supersecundaria~

Funcin biolgica
Por ejemplo: ( Interacciones hidrfobas ( Puentes de hidrgeno (Interacciones electrostticas

estabilizada por

Catlisis Proteccin Regulacin Transduccin

de seal

( Puentes disulfuro

Almacenamiento Estructural Transporte

Jesplegamiento Desnaturalizantes causado por

Por ejemplo: [ Interacciones hidrfobas ( Pue~tes de hidrgeno

Cuaternaria

es
la distribucin de mltiples subunidades polipeptdicas en la protena

Urea Extremos de pH, temperatura Disolventes orgnicos'

(Prdida de funcinl
.[ mayora de las

'~roduce

.w~-----~~
Enfermedad de Alzheimer

P' produce nones ~----'~-'--"-----I produce Alteracin del ple,gamiento

proteinss no pueden
volverse a plegar una vez retirado el desnaturalizan te

t
Desnaturalizacin irreversible

Figura 2-15 Mapa de conceptos fundamentales sobre la estructura de las protenas.

24

2. Estructura de las protenas

Preguntas de estudio
Elija LA respuesta 2.1 correcta. Respuesta correcta = A. El enlace peptdico tiene un carcter parcial de doble enlace. A diferencia de sus componentes (los grupos c-amino y o-carboxilo), los componentes -NH y -C=Odel enlace peptdico no aceptan ni ceden protones. Hlenlace peptdico no .es escindido por disolventes orgnicos ni por la urea, pero es lbil a los cidos fuertes: Normalmente ~st ,en configuracin trans.

Un enlace peptdico A. tiene un carcter C. es escindido tenas, parcial de doble enlace. que desnaturalizan orgnicos las pro-

B. est ion izado a pH fisiolgico. por agentes como los disolventes y las concen-

traciones elevadas de urea. D. es estable al calentamiento en cidos fuertes. E. aparece 2.2 mucho ms a menudo afirmaciones en la configuracin es correcta? por ms de una cacis.

Cul de las siguientes

A. La hlice a puede estar compuesta dena polipeptdica. B. Las lminas

~ existen slo en la forma antiparalela.

C. Los giros ~ contienen a menudo prolina. D. Los dominios son un tipo de estructura secundaria. E. La hlice a es estabilizada fundamentalmente por interacciones cidos. inicas entre las cadenas laterales de amino-

Respuesta correcta = C. Los giros ~ suelen contener prolina, que proporciona un retorcimiento. La hlice a difiere de la lmina ~ en que consiste siempre en el >' enrollamientoen espiral de una cadena polipeptdica nica. La lmina j3 aparece en las formas paralela y .,arltiparalela. Los'domlnlos son .eementos oe estruoIura terciaria. La hlice' a est estabilizada 'fundamentalmente por puentes de hidrgeno establecidos entre los grupos -C 0- y -NH de los enlaces peptdicos.

2.3 Cul de las siguientes

de protenas es correcta?

afirmaciones

sobre la estructura Respuesta correcta = E. El plegamiento correcto de una protena viene determinado por interacciones especcas entre las cadenas laterales de los residuos aminocidos de la cadena polipeptdica. Los dos re. siduos de cistelnaque reaccionanpara formar elenlace disulfuro pueden estar separados una gmndistancia en l estructura primaria (o en polipptidos separados), pero el plegamiento tridimensional de la cadena polipeptdica los coloca muy prximos. La . desnaturalizacin puede ser reversible o irreversible. La estructura cuaternaria exige ms de una cadena de polipptidos. Estas cadenas se asocian a travs de interacciones no covalentes,

A. Las protenas que consisten tener estructura cuaternaria. B, La formacin de un puente

en un polipptido disulfuro

pueden

en una protena

exige que los dos residuos de cisterna participantes estn adyacentes entre s en la secuencia primaria de la protena. C. La estabilidad de la estructura cuaternara resultado en las proco-

tenas es fundamentalmente

de enlaces

valentes entre las subunidades. D. Ladesnaturalizacin de las protenas induce siempre prdida irreversible de estructuras secundaria y terciaria. E. La informacin necesaria para el plegamiento en la secuencia correcto especpeptdica. de la fun-

de una protena est contenida fica de aminocidos 2.4

a lo largo de la cadena con deterioro

Un varn de 80 aos se present

cin intelectual superior y alteraciones del humor y el comportamiento. Su familia comunic una desorientacin y prdida de la memoria progresivas en los ltimos 6 meses. No hay antecedentes familiares de demencia. El paciente fue diagnosticado provisionalmente de enfermedad de Alzheimer. Qu afirmacin de las siguientes describe mejor la enfermedad? A. Est asociada con el amiloide alterada ~, una protena de aminocidos. anma-

la con una secuencia

B. Es consecuencia de la acumulacin de protenas desnaturalizadas que tienen conformaciones aleatorias. C. Est asociada con la acumulacin de la protena precursora del amiloide. D. Est asociada con el depsito de agregados del pptino inde

do amiloide neurotxico. \. E. Es una enfermedad arnbientalmnte

producida

fluida por la gentica de la persona. F. Es causada por la forma infecciosa de una protena la clula hospedador.

Respuesta correcta = D. La enfermedad de Alzheimer. est asociada a conjuntos de protenas fibrilares largas consistentes en lminas j3 plegadas encontradas en el cerebro y en otros lugares. La enfermedad est asociada con un procesamiento anmalo de una protena normal. La protena alterada acumulada aparece 'en una configuracin de lmina /3 plegada que es neurtxica. El amiloide Aj3 que se deposita en el cerebro en la enfermedad de Alzheimer procede de escisiones proteolticas,dla protena precursora de arniloide ms grande, una 'prote[la transmembrana nica que ~e expresa en la superficie celular del cerebro y otros ;tejidos. La mayora de los casos de enfermedad de Alzheimer son espordicos, aunque al menos del 5 % al 10 % de los casos son familiares. Las prionosis, como la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob, son causadas por la forma infecciosa (PrP?C) de una protena de la clula hospedador (PrPC) ..