Acoplamiento #2 (Tutorial) El Acoplamiento Molecular: el inhibidor XK263 de la Proteasa del HIV

El requisito previo: Usted debe de haber trabajado a través de la guía didáctica el acoplamiento de la benzamidina con la-beta tripsina antes de trabajar esta guía didáctica. En este tutorial usted aprenderá:
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Cómo correr cálculos de acoplamiento que usan un ligando guardados en un archivo separado del archivo de la proteína designada. Cómo visualizar los puentes de hidrógeno entre los ligandos y los blancos de la proteína. Explorará el desplegado de listón de la proteína que refuerza su habilidad de entender su estructura.

Los archivos de estructura que usted necesitará están en la carpeta ArgusLab40/Tutorials/Docking/HIV Protease.

1. Abra el archivo de la estructura.

Abra el archivo del banco de proteínas, 1 hvr.agl, localizado en la carpeta Tutorials/Docking/HIV Protease de su instalación de ArgusLab. Éste es un archivo de ArgusLab que yo he preparado para usted. Contiene el inhibidor XK263 de la estructura original de rayos-x. El XK263 está ya definido como un Ligand y el sitio de unión ya ha sido hecho. Sólo los átomos del ligando y del sitio de unión son visibles cuando la estructura surge en la pantalla. Asegúrese que la herramienta Molecule Tree View es visible. Ya sea que seleccione la opción Tools/Molecule Tree View del menú o pulse el botón de la barra de herramientas para controlar la Vista del Árbol.

Expanda la Vista del Árbol de 1hvr y confirme usted que los grupos apropiados se han definido. Usted debe ver algo así:

Usted puede apagar el despliegue de los puentes de hidrógeno seleccionando las opciones Monitor/Remove Hydrogen Bond Monitors o Monitor/Remove All Monitors.y.agl en el sitio de unión de 1hv3. luego pulse el botón derecho sobre la etiqueta de los Grupos y seleeccione "Calc RMSD position between two similar Groups".z respectivamente. usted necesitará remover los puentes de hidrógeno y re-calcularlos.2. Examine el hidrógeno que une en la estructura de la radiografía. La primera cosa que usted verá es que ese ArgusLab copia el Grupo "XK263 inhibidor" de xk263. pulse el botón derecho en cualquier línea del puente de hidrógeno y seleccione la opción "Show All Hydrogen Bonds’ Residues". Haga lo mismo para el "XK2-xray ligand". Ponga el tamaño de la Caja del Sitio de Unión (Binding Site Bounding Box) a 18. Esto planteará un diálogo de información sobre este puente de hidrógeno en particular. Pulse el botón derecho sobre el sitio de unión en la carpeta de los Grupos y seleccione la opción "Hide". Note que hay buenos puentes de hidrógeno entre los dos grupos del hidroxilo del anillo de la urea cíclica y los dos residuos catalíticos de ácido aspártico (Asp 125 y Asp 25). Aumente el tamaño de la estructura (Zoom) para traer algunos de los puentes de hidrógeno a una vista más clara. Usted puede acoplar ligandos múltiples de fuentes múltiples sobre cualquier molécula que tenga un sitio de unión definido. ♦ Pulse el botón derecho sobre el ligando "XK2-xray". ♦ ♦ 3. y que las opciones del tipo de calculo es Dock. Si usted quiere ver solamente los residuos de la proteína que participan en los puentes de hidrógeno. 18. tecleando estas dimensiones en las cajas de edición. Esto acoplará el ligando xk263. Acople otra copia de XK263 en el sitio de unión.". Pruebe el cambiar el color de los puentes de hidrógeno.agl. Usted debe ver solamente los ligandos y varias líneas que emanan de él. Éstas representan a los puentes de hidrógeno entre el ligando y la proteína. y entre el grupo ceto de la urea cíclica y el nitrógeno peptídico de Ile 50.agl que está localizado en la carpeta Tutorials/Docking/HIV Protease. Si usted pulsa el botón izquierdo sobre los grupos "XK2-xray" y el "XK263 inhibidor" de la carpeta 1hvr Groups. usted debe ver el ligando recientemente acoplado muy cercano a la estructura de rayos-x (RMSD debe ser <~1. Usted debe ver varias líneas rojas aparecer entre el ligando de XK263 y la proteína. etc. Si usted cambia el valor de distancia de éste. Yo ya he creado un Grupo de Ligando para esta estructura y usted debe verificar esto al consultar la carpeta de los Grupos bajo la molécula del xk263 en la Vista del Árbol.. Pulse el botón derecho sobre el "XK263 inhibidor" y seleccione "Show Hydrogen Bonds". Pulse el botón Run.. Ahora sólo el recientemente acoplado "XK263 inhibidor" es visible. y así permitir el solapar múltiples ligandos para ver los modos comunes de acoplamiento.agl a 1hvr.agl. ♦ Abra el archivo xk263. Pulse el botón derecho sobre una de estas líneas y seleccione "Hydrogen bond info.5 Ángstroms).. o pulsando el botón de la barra de herramientas. El resultado final es 1hvr que contiene el ligando adicional. Usted puede cambiar la manera en que se detectan los puentes de hidrógeno. en la carpeta de los Grupos. Haga aparecer la caja de dialogo Dock Settings seleccionando la opción de menú Calculation/Dock a Ligand.. del menú. 22 Ángstroms para x. Esto hará solamente que los residuos involucrados ♦ ♦ .. y el Ligando es Flexible. Este ligando recientemente agregado será acoplado... Asegúrese que ArgusDock es la maquina de acoplamiento. ♦ ♦ ♦ ♦ ♦ ♦ Bajo la caja Ligand. y su color.. y seleccione "Show hydrogen bonds". usted debe seleccionar el ligando a acoplar como "XK263 inhibidor". seleccionando la opción Settings/Monitors.

Luego seleccione la opción de menú "View/Color Ribbon By Molecule". Note. Viendo la proteína como listones. Usted puede visualizar la estructura entera global del complejo proteína-ligando al desplegar la proteína cuando la opción de listones es encendida. cómo los dos residuos catalíticos de ácido aspártico vienen en posiciones análogas en cada una de las dos sub-unidades. Seleccione la opción de menú "View/render Protein as Cartoon Ribbon". Note que éstos son esencialmente los mismos que los puentes de hidrógeno de los ligandos de la estructura de rayos-x. . 4.en los puentes de hidrógeno sean visibles junto con el ligando ya visible. Usted debe ver algo así: ♦ Las dos sub-unidades de esta enzima importante son fácilmente observadas. también. Usted puede acercar (zoom) la estructura para que ésta ocupe toda la pantalla de los gráficos. ♦ La proteasa de HIV es una enzima homo-dimerica.