Modelado Molecular I – Cátedra de Química Cuántica - DEQUIFIM

GUÍA BREVE PARA USAR HYPERCHEM
PARTES DE LA VENTANA DE HYPERCHEM
La ventana de Hyperchem puede dividirse en diferentes secciones, que se explican a continuación.

BARRA DE MENÚ: Contiene los nombres de los diferentes menú de Hyperchem: File, Edit, Build, Select, Display, Databases, Setup, Compute, Cancel, Script y Help. ICONOS DE HERRAMIENTAS: Esta parte de la barra contiene los ocho iconos que se usan para dibujar, seleccionar y mover los átomos y moléculas. icono de creación de átomos icono que permite seleccionar icono que permite rotar la molécula fuera del plano de la pantalla icono que permite la rotación en el plano de la pantalla icono que permite la traslación en el plano de la pantalla

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sin soltarlo. deslizar el cursor hasta la posición del segundo átomo. Soltar el botón y. se debe posicionar el cursor en el punto en el que se quiere ubicar el primer átomo. Seguir de la misma forma hasta terminar la molécula. apretar el botón izquierdo del ratón y deslizar el cursor hasta la posición del nuevo átomo. Así sucesivamente hasta completar una estructura (en el ejemplo el ciclo de seis átomos de carbono). Para desplegarla se puede: • Hacer doble click en el icono de creación de átomos • Seleccionar Default Element en el menú Build.DEQUIFIM icono que permite la traslación en un plano perpendicular a la pantalla icono que permite aumentar o disminuir el tamaño de la molécula en la pantalla (zoom) CONSTRUCCIÓN DE UNA MOLÉCULA La construcción de las moléculas se hace seleccionando los átomos correspondientes en la tabla periódica. 2 .Modelado Molecular I – Cátedra de Química Cuántica . sin mover el cursor. Seleccionar el átomo de interés (carbono para el ejemplo que veremos) Para construir un dibujo bidimensional de la molécula de interés (esqueleto de la molécula). oprimir el botón izquierdo del ratón (L-click) y. volver a oprimir y sin soltar seguir con el cursor hasta la posición del siguiente átomo. Cuando se ha completado una estructura y se quiere empezar una ramificación basta ubicarse sobre el átomo a ramificar.

Si la opción Allow Ions está activada. entonces serán construidos por defecto para satisfacer las valencias libres de los otros átomos. Si la opción Explicit Hydrogens está activada implica que los hidrógenos deberán también dibujarse explícitamente.Modelado Molecular I – Cátedra de Química Cuántica . luego. Se selecciona el núcleo que se quiere en dicha tabla y se hace L-click sobre el átomo que se quiere modificar. Para cambiar el orden de enlace. 3 . se permite exceder la valencia de un elemento determinado. o en el centro del enlace que se quiere eliminar. C por N). Si se repite la operación.DEQUIFIM Haciendo L-click en el botón Properties de la tabla periódica se despliegan distintas propiedades del elemento seleccionado. se debe desplegar la tabla periódica nuevamente. se debe colocar el cursor en el centro del enlace que se quiere modificar. debe situarse el cursor en uno de los enlaces del anillo y hacer doble click rápidamente. hacer click con el botón derecho del ratón (R-click) en el átomo que se desea borrar. Clickeando una vez el orden de enlace se modifica de simple a doble. El resultado debería ser como el que se muestra en la pantalla (cambio de C por N). Para eliminar un átomo o un enlace se debe seleccionar el icono de creación de átomos y. si no es así. el enlace doble se transforma en triple. CAMBIAR ÁTOMOS Y MODIFICAR EL ORDEN DE ENLACE Para cambiar un átomo por otro (por ejemplo. Si lo que se desea es construir anillos aromáticos. Esta operación convierte los enlaces en deslocalizados (indicados por una línea llena y otra punteada).

la "calidad artística" del modelo bidimensional no importa.Modelado Molecular I – Cátedra de Química Cuántica . ángulos y ángulos diedros estandar.DEQUIFIM GENERACIÓN DEL MODELO FINAL DE LA MOLÉCULA Una vez que tenemos generado el esqueleto de la molécula (modelo 2D). ya que el constructor (model builder) del programa. se pueden colocar etiquetas a los átomos que se encuentran en la pantalla de trabajo. debemos transformarlo en un modelo 3D aproximado. genera un modelo tridimensional independientemente de la "estética" del dibujo inicial. Hyperchem prodice una representación tridimensional de la molécula y automáticamente agrega los hidrógenos hasta completar las valencias de los átomos. Para ello se deben agregar los hidrógenos y el programa asigna en forma automática una estructura que utiliza distancias. 4 . SELECCIÓN Y VISUALIZACIÓN DE OBJETOS Etiquetar átomos Mediante la opción Labels del menú Display. Para ello se debe seleccionar Add H & Model Build en el menú Build o hacer doble click rápidamente sobre el icono que permite seleccionar átomos . Se verá que el programa trabaja en la estructuración de un modelo de acuerdo a ciertas reglas estandar preprogramadas. Como puede notarse.

5 . Uso de opciones de visualización Hyperchem usa automáticamente las opciones de visualización utilizadas la última vez que haya sido empleado. se obtienen las representaciones que se muestran en las siguientes figuras. Para modificarlas debe emplearse el menú Display. Para visualizar los átomos y enlaces en diferentes formas.Modelado Molecular I – Cátedra de Química Cuántica . Eligiendo en orden las opciones de la figura anterior.DEQUIFIM Se puede indicar de esta manera el símbolo del átomo o alguna característica como la quiralidad o la carga del mismo. se usa la opción Rendering que abre el submenú que se muestra a continuación.

Modelado Molecular I – Cátedra de Química Cuántica . se debe seleccionar el átomo deseado. Allí se da información acerca del número del átomo (1). 6 . Medida de la distancia entre átomos Para desplegar la distancia entre dos átomos. carga del átomo y coordenadas cartesianas del mismo. Cuando se selecciona un enlace. átomo a átomo (Multiple Selection debe estar seleccionado en el menú Select). se activa un comando específico en el men Build (Constrain Bond Length) que permite forzar una distancia no estandar para que la emplee el constructor molecular al construir el modelo 3D de la molécula. se activa un comando específico en el men Build (Constrain Bond Angle) que permite forzar una distancia no estandar para que la emplee el constructor molecular al construir el modelo 3D de la molécula. Cuando se selecciona un ángulo.DEQUIFIM MEDIDA DE PROPIEDADES ESTRUTURALES Características de los átomos Para desplegar las características de los átomos. se la selecciona con el icono de selección. ya sea seleccionando los dos átomos cuya distancia quiere determinarse o seleccionando el enlace que los une (si éste existe). tipo de átomo (carbono). Automáticamente se despliega la distancia en la línea de estado. La información se despliega en la línea de estado. Medida de los ángulos de enlace Para medir un ángulo entre tres átomos (enlazados o no) se los selecciona con el icono de selección. Al hacerlo se despliega en la línea de estado información similar a la que se muestra a continuación.

sólo que se seleccionan cuatro átomos en lugar de tres. encontramos diferentes opciones: Cada una de ellas será discutida en detalle durante el curso. Esto es especialmente útil para construir confórmeros menos estables. se pueden encontrar los diferentes métodos de cálculo disponibles.Modelado Molecular I – Cátedra de Química Cuántica . Entre ellos: Métodos de Mecánica Molecular. Métodos Semiempíricos y Métodos ab initio. Cuando se selecciona un ángulo de torsión. se activa un comando específico en el men Build (Constrain Bond Torsion) que permite forzar una distancia no estandar para que la emplee el constructor molecular al construir el modelo 3D de la molécula. ELECCIÓN DEL MÉTODO DE CÁLCULO En lel menú Setup. Durante el curso teórico se estudiarán en detalle estos y otros métodos de cálculo. A su vez.DEQUIFIM Medida de ángulos de torsión Se realiza de la misma forma que para los ángulos de enlace. dentro de cada uno de estos diferentes métodos. 7 .

DEQUIFIM Cuando se trabaja con métodos semiempíricos o de métodos ab initio. Langevin Dynamics (simulación de Dinámica Molecular que incñuye implícitamente la presencia de un disolvente). se trata de una molécula neutra (por lo tanto la carga es cero) que no tiene electrones desapareados (por lo que la multiplicidad de espin es 1). Molecular Dynamics (simulación de Dinámica Molecular). se abre un nuevo cuadro de diálogo Algo que debe verificarse en todos los casos. al presionar el botón de opciones. En el caso del presente ejemplo. TIPOS DE CÁLCULOS Hay diferentes tipos de cálculo que se pueden llevar a cabo con los diferentes métodos elegidos. es si la carga de la molécula y la multiplicidad de espin de la misma son correctas. Ellos son: Single Point (cálculo simple de energía).Modelado Molecular I – Cátedra de Química Cuántica . Geometry Optimization (optimización de la geometría o minimización de la energía). Monte Carlo (simulación). Vibrations (permite 8 . Se pueden elegír en el menú Compute.

se debe seleccionar Geometry Optimization (en el menú Compute). VISUALIZACIÓN DE PROPIEDADES MOLECULARES Existen una serie de propiedades moleculares que pueden ser visualizadas. cualquier cálculo que se realice genera información que será guardada en dicho archivo. se puede seleccionar Plot Molecular Properties. pueden apreciarse movimientos en la molécula y variaciones en los valores indicados en la línea de estado. En el menú Compute. se puede conservar estos y otros resultados (muy importantes que pueden ser necesarios) en un archivo de texto independiente: Log File. INFORMACIÓN DEL PROCESO DEL CÁLCULO Si bien la línea de estado indica los valores mencionados. modificando el gradiente al cual se pretenda aproximarse. 9 . OPTIMIZACIÓN DE LA GEOMETRÍA MOLECULAR Habiendo elegido un método para realizar la optimización (en el menú Setup). Se debe nombrar el archivo con un nombre relacionado con la estructura que en estudio. Para iniciar un archivo log se debe: • Elegir Start Log en el menú File.DEQUIFIM calcular las frecuencias vibracionales y simular los espectros infrarrojos de las moléculas). la barra de estado indica la energía de la estructura optimizada y el gradiente obtenido en el cálculo. Transition State (optimización de una estructura de transición). También se debe indicar el criterio de finalización del cálculo. Cuando el cálculo converge (finaliza adecuadamente). • Finalmente se debe cerrar el archivo log (menú File). lo cual abre el siguiente cuadro de diálogo que permite elegir la propiedad deseada. Al realizar esta acción se despliega el siguiente cuadro de diálogo Se debe elegir el algoritmo deseado para llevar a cabo el cálculo de minimización de la energía (estos serán discutidos uno por uno en el curso teórico). • Click OK • Una vez iniciado el archivo log.Modelado Molecular I – Cátedra de Química Cuántica . Una vez que la optimización de geometría comienza.

dentro de los cuales los orbitales frontera (HOMO y LUMO) son los de mayor interés.Modelado Molecular I – Cátedra de Química Cuántica . 10 . la cual permite visualizar orbitales moleculares.DEQUIFIM También en el menú Compute se encuentra la opción Orbitals.