REPLIKASI DNA

Definisi Replikasi
Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses perbanyakan sebagai
salah satu tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan sel atau perbanyakan
partikel virus. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai proses replikasi.
Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang mengawali pertumbuhan sel,
meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan banyak proses yang saling
berkaitan satu sama lain. Sel mempunyai mekanisme replikasi bahan genetik yang
dilengkapi dengan system penyutingan (editing) yang sangat akurat sehingga bahan
genetik yang diturunkan kepada sel anakan (progeny) mempunyai komposisi yang sangat
identik dengan komposisi bahan genetik sel induk. Replikasi bahan genetik diikuti oleh
pembentukan sel-sel anakan yang membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi.
Sehingga kesalahan dalam proses replikasi bahan genetik dapat mengakibatkan
perubahan pada sifasifat sel anakan.


Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak protein yang
masing-masing mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang terlibat di dalam proses
replikasi bahan genetik dikode oleh gen-gen yang terdapat di dalam bahan genetik itu
sendiri. Oleh karena itu, ada kaitan fungsional yang sangat erat dan tidak terpisahkan
antara proses replikasi bahan genetik dengan proses ekspresi genetik dan metabolisme sel
secara keseluruhan. Hambatan yang terjadi pada proses metabolisme, misalnya
penghambatan produksi energy, dapat pula mempengaruhi proses replikasi karena
replikasi juga memerlukan pasokan energy.


Hipotesis Mekanisme Replikasi DNA
Sebelum mekanisme replikasi DNA dapat dibuktikan secara eksperimental oleh Matthew
dan Franklin Sthal pada tahun 1958, ada tiga hipotesis yang berkembang mengenai
mekanisme replikasi DNA, antara lain model replikasi secara:
1. Semikonservatif yang dikemukakan oleh Watson dan Crick, dimana setiap molekul
untaian ganda DNA anakan terdiri atas satu untaian-tunggal DNA induk dan satu
untaian-tunggal DNA hasil sintesis baru.
2. Konservatif. Molekul DNA untaian-ganda induk tetap bergabung sedangkan kedua
untaian DNA anakan terdiri atas molekul hasil sintesis baru.
3. Dispersif, menyatakan bahwa molekul DNA induk mengalami fragmentasi sehingga
DNA anakan terdiri atas campuran molekul lama (berasal dari DNA induk) dan molekul
hasil sintesis baru.

Gambar macam-macam hipotesis mekanisme replikasi DNA


Pembuktian Replikasi Semikomservatif oleh Mattew
Meselson dan Franklin Stahl
Hipotesa tentang replikasi semikonservatif diusulkan oleh Watson dan Crick setelah
publikasi paper mereka tentang stuktur DNA; teori tersebut dibuktikan percobaan yang
didesign oleh Mattew Meselson dan Franklin Stahl pada tahun 1958. Meselson dan Stahl
menumbuhkan sel Escherichia coli selama beberapa generasi pada medium dimana
sumber nitrogen (NH4Cl) mengandung 15N, isotop nitrogen terberat disamping isotop
normal, yakni 14N. DNA yang terisolasi dari sel ini memiliki densitas 1% lebih besar dari
pada DNA normal DNA[14N]. Meskipun perbedaannya kecil, campuran [15N]DNA berat
dengan [14N]DNA ringan dapat dipisahkan dengan sentrifugasi untuk keseimbangan pada
garadien densitas klorida sesium.

Sel E.coli yang berkembang pada medium 15N ditransfer ke medium baru yang hanya
mengandung isotop 14N, dimana sel-sel tersebut dibiarkan berkembang sampai populasi
sel menjadi berlipat ganda. DNA yang terisolasi dari generasi pertama sel membentuk pita
tunggal pada gradient CsCl pada posisi yang mengindikasikan bahwa DNA helik ganda dari
sel turunan merupakan hibrida yang mengandung satu strand 14N baru dan satu stran 15N
inang.

Hasil ini menumbangkan replikasi konservatif, hipotesis lain dimana satu turunan molekul
DNA akan terdiri dari dua strand DNA hasil sintesa baru dan yang lainnya akan
mengandung dua strand inang, sementara tidak akan dihasilakan molekul DNA hybrid pada
percobaan Meselson-Stahl. Hipotesis replikasi semikonservatif kemudian mendukung
langkah selanjutnya pada percobaan. Pada medium 14N, sel dibiarkan mengganda, dan
produk hasil DNA dari lingkaran kedua replikasi ini menunjukan dua pita, satu memiliki
densitas yang sama dengan DNA ringan dan yang lainnya memiliki densitas DNA hybrid
yang diamati sel pertama menggandakan diri. Hasil eksperimen seperti gambar dibawah ini:


Meskipun demikian, bukti-bukti baru menunjukkan adanya penyimpangan dari teori replikasi
semacam ini. Diketahui bahwa mekanisme replikasi DNA pada virus tertentu, misalnya
virus ϕX174, yang genomnya berupa DNA untaian-tunggal, melibatkan tahapan proses
replikasi DNA dengan mekanisme yang berbeda yaitu dengan model konservatif, meskipun
hanya pada tahapan tertentu.


Mekanisme Replikasi DNA Semi-Konservatif
Tahapan mekanisme replikasi DNA semikonservatif secara garis besar adalah:
1. pemisahan (denaturation, denaturasi) untaian DNA induk,
2. peng-“awal”-an (initiation, inisiasi) sintesis DNA,
3. pemanjangan (elongation, elongasi) untaian DNA,
4. ligasi (ligation) fragmen-fragmen DNA, dan
5. peng-“akhir”-an (termination, terminasi) sintesis DNA.

Gambar mekanisme replikasi DNA semikonservatif

Penjelasan tahapan replikasi DNA semikonservatif secara
SINGKAT

keterangan: (1) Lagging strand; (2) Leading strand; (3) DNA polimerase; (4) Enzim DNA
ligase; (5) Primer; (6) Primase; (7) Fragmen Okazaki (8) Molekul DNA polymerase;
(9) Enzim helikase; (10) Protein pengikat untaian tunggal; (11) Topoisomerase


1. Heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim helikase (9)
dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai DNA.
2. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda kembali.
3. Primase (6) membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (5)
4. Molekul DNA polimerase (3) & (8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan bergerak
sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal DNA baru
yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1).
5. DNA polimerase yang membentuk lagging strand mensintesis segmen-segmen
polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)).
6. Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-potongan lagging strand.


Penjelasan tahapan replikasi DNA semikonservatif
secaraRINCI
1. Inisiasi, DNA dalam sel-sel eukaryotik memiliki ARCs (autonomously replicating sequence)
yang berperan sebagai asal muasal replikasi dan mereka saling berlawanan dari asal
bakterial (ORI). ARCs terdiri atas 11 pasangan landasan rentetan tambah dua atau tiga
rentetan nucleotida pendek tambahan dengan 100 hingga 200 pasangan landasan
sepanjang area DNA. Grup utama dari enam protein, secara kolektif dikenal dikenal
sebagai ORC (Origin Recognition Complex), mengikat asal muasal replikasi, menandai
replikasi DNA dengan tepat pada saat waktu yang sesuai melalui siklus sel. Pengenalan
situs awal replikasi, oleh suatu protein komponen polymerase DnaA yang dihasilkan oleh
gen dnaA.

2. Terbentuknya Garpu Replikasi. Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah
struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim
helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA,
membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing
terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi “cetakan”
untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida
komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang
oligonukleotida (RNA) yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer.

3. Pemanjangan Untaian DNA. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan
menambahkan nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3′ hidroksil bebas
nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru (DNA
“anak”) disintesis dari arah 5′→3′, sedangkan DNA polimerase bergerak pada DNA “induk”
dengan arah 3′→5′. Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu replikasi
berorientasi 3′→5′, sementara untaian lainnya berorientasi 5′→3′, dan helikase bergerak
membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5′→3′. Oleh karena itu, replikasi harus
berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

4. Pembentukan Leading strand. Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah
untaian DNA disintesis dengan arah 5′→3′ secara berkesinambungan. Pada untaian ini,
DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3′-OH bebas dari sebuah
primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan
arah pergerakan garpu replikasi.

5. Pembentukan Lagging strand. Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang
berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam
segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Panjang fragmen okazaki mencapai
sekitar 2.000 nukleotides panjang dalam sel-sel bakterial dan sekitar 200 panjang
nukelotides dalam sel-sel eukaryotic. Pada untaian ini, primase membentuk primer RNA.
DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3′ bebas pada primer
RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 5′→3′. Fragmen primer RNA tersebut
lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan
deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh
RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga
sintesis lagging strand menjadi lengkap.

DNA polymerases tidak mampu „mengisi‟ ikatan covalent yang hilang. Celah yang tersisa
direkat oleh DNA ligase. Enzim ini mengkatalis pembentukan ikatan phosphodiester antara
3‟ – OH dari salah satu helaian dari 5‟-P dari helaian yang lain.DNA ligase diaktifkan oleh
AMP (adenosine monophosphate) sebagai „cofactor‟ (faktor pengendali). Dalam E.coli,
AMP dibawa dari nucleotide NAD+. Dalam sel-sel eukaryotik, AMP ditandai dari ATP.
Ligase-ligase tidak dilibatkan dalam pemanjangan rantai; melainkan, mereka berperan
pemasang enzim-enzim untuk perekatan „celah‟ melalui molekul DNA.

6. Modifikasi Post-Replikasi DNA, Setelah DNA direplikasikan, dua helaian tersintesis terbaru
dipasangkan ke modifikasi enzimatik. Perubahan-perubahan ini biasanya melibatkan
penambahan molekul-molekul tertentu untuk mengkhususkan titik-titik sepanjang helix
ganda. Pada cara ini, tags sel, atau label-label, DNA, sehingga ini bisa membedakan
material genetiknya sendiri dari berbagai DNA asing yang mungkin bisa masuk ke dalam
sel. Modifikasi post-replikasi DNA mungkin juga mempengaruhi cara molekul diikat. DNA
merupakan faktor utama modifikasi dengan penambahan kelompok methyl ke beberapa
adenine dan residu-residu cytosine. Grup methyl ditambahkan oleh DNA methylasess
setelah nucleotides telah digabungkan dengan DNA polymerases.

Penambahan methyl ke cytosine membentuk 5-methylcytosine dan methylasi dari adenine
membentuk 6-methyladine. Methyladine lebih umum daripada methylcytosine dalam sel-sel
bakterial, di mana dalam sel-sel eukaryotik, grup methyl paling banyak ditambahkan ke
cytosine. Methylase muncul hanya pada beberapa rentetan nucleotide khusus. Dalam sel-
sel eukaryotik, sebagai contoh, methylasi secara umum muncul pada saat cytosine
berdampingan ke guanine di sisi 3‟-OH (5‟ P-CG-3‟OH).Pola methylasi bersifat spesifik
untuk spesies yang diberikan, berperan seperti tanda tangan untuk DNA spesies tersebut.
Hal ini patut diperhatikan karena grup methy melindungi DNA melawan perlawanan enzim-
enzim tertentu disebut „restriction endonucleases‟ Oleh karena itu DNA asing
melalui sebuah sel dicerna dengan „restriction endonucleases‟. Dalam sel tertentu,
„restriction endonucleases‟ bisa memotong DNA di titik khusus tertentu di mana DNA
methylase menambah sebuah grup methyl.

Pola methylasi melindungi DNA dari cernaan oleh sel yang memiliki endonucleases tapi
tidak melawan pembatasan enzim-enzim yang diproduksi sel-sel spesies yang lain.
Pembatasan ini menyederhanakan pertukaran DNA antar sel dari spesies yang diproduksi
sel-sel spesies yang berbeda. Methylasi DNA pada titik-titik tertentu mungkin akan berakhir
pada konversi terdekat dari B-DNA ke bentuk-bentuk Z-DNA. Dalam bentuk B-DNA, grup-
grup hydropholic methyl dari alur utama, menghasilkan pengaturan yang tepat. Dengan
mengubahnya ke bentuk Z, grup-grup methyl membentuk area hydropholik yang membantu
menstabilkan DNA. Konversi lokal ini (dari B-DNA ke Z-DNA) mungkin mempengaruhi
fungsi beberapa gen.


Enzim-enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA
No. Nama Enzim Keterangan Fungsi
1 Helikase
(DnaB)
memutuskan ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan
kedua untaian DNA sehingga terbentuk garpu/cabang
replikasi
2 Topoisomerase mengurangi ketegangan superheliks DNA dengan
menciptakan istirahat sementara pada satu atau kedua
untai DNA
3 Primase · mensintesis RNA-primer
· menghentikan perkembangan garpu/cabang replikasi
untuk mencegah leading strand melampaui lagging strand
· mengawali pembentukan DNA baru pada leading strand
atau DNA fragmen Okazaki pada lagging strand oleh DNA
Polimerase
4 DNA
polimerase
· enzim utama yang mengkatalisi proses polimerisasi
nukleotida menjadi untaian DNA
· menambahkan nukleotida bebas hanya pada ujung 3' dari
rantai yang baru terbentuk, sehingga terjadinya elongasi
(pemanjangan) pada rantai baru dengan arah dari ujung 5'
ke ujung 3'.
· menggunakan gugus OH 3' bebas pada RNA-primer
untuk mensintesis DNA dengan arah 5'→3'
· hanya bisa menambahkan nukleotida ke ujung 3' yang
sudah ada, karena itu butuh primer sehingga nukleotida
dapat ditambahkan
5 DNA ligase · menggabung fragmen-fragmen okazaki (lagging strand)
saat proses replikasi
· menyambung potongan-potongan DNA yang baru
disintesis
BY: NURS APTI A PURWA AS MA RA AT 3 : 2 9 : 0 0 PM
E MAI L THI S BL OGTHI S ! S HARE TO TWI TTER S HARE TO FACEBOOK
L ABE L S : BI OL OGI
YOU MI GHT AL S O L I KE T HE S E P OS T S


Soal dan Jawaban Materi Hewan Inver...


BIOLOGI POWER POINT


Asal Usul Tumbuhan Merurut HARUN YA...


PENGARUH FISIOLOGIS HORMON GIBERELI...


Seledri (Apium graveolens L.)


JURNAL JURNAL TENTANG KULTUR JARING...


Comments
0 Comments
Newer PostOlder PostHome
P O S I T I F T H I N K I N G
BIOLOGI
1. ANATOMI FISIOLOGI REPRODUKSI WANITA
2. Asal Usul Tumbuhan Merurut HARUN YAHYA
3. BIOLOGI POWER POINT
4. DARAH
5. Hama Ulat Daun Bawang (Spodoptera exigua (Hübner))
6. JURNAL JURNAL TENTANG KULTUR JARINGAN - New !!
7. Kompos dan Pengomposan
8. PENGARUH FISIOLOGIS HORMON GIBERELIN TERHADAP TANAMAN
9. Pupuk dan Pemupukan
10. REPLIKASI DNA - New !!
11. Seledri (Apium graveolens L.) - New !!
12. Soal dan Jawaban Materi Hewan Invertebrata - New !!
13. Tanaman Sirih Merah (Piper crocatum Ruiz dan Pav)
14. Werkstuk Ipomoea batatas,L (Ubi Jalar)
CARA
1. ATURAN DALAM PENULISAN SKRIPSI
2. Cara Memasang Daftar Isi di Blogspot
3. Cara Mengaktifkan On-Screen Keyboard (OSK)
4. Cara Menghilangkan Baret-Baret di Helm
5. Dua Detik untuk Restart Komputer
Comedy
1. BERITA TAWA
2. CIRI-CIRI WANITA TIDAK PERAWAN
3. Doa & Usaha
4. Robot Jepang
5. Tipe-Tipe Mahasiswa
FOOTBALL
1. Stadion Piala Dunia 2018 Rusia
2. Stadion Piala Dunia 2022 Qatar
FREE Download SLANK
1. Download SLANK Full Album Generasi Biroe
2. Download SLANK Full Album Kampungan
3. Download SLANK Full Album Lagi Sedih
4. Download SLANK Full Album Mata Hati Reformasi
5. Download SLANK Full Album Minoritas
6. Download SLANK Full Album Piss
7. Download SLANK Full Album Suit Suit... He-He (Gadis Sexy)
8. Download SLANK Full Album Tujuh
FREE Download Ungu
1. Download UNGU Full Album (2002) Laguku
2. Download UNGU Full Album (2003) Tempat Terindah
3. Download UNGU Full Album (2005) Melayang
4. Download UNGU Full Album (2006) Surga-Mu
5. Download UNGU Full Album (2007) Para Pencari-Mu
6. Download UNGU Full Album (2007) Untukmu Selamanya
7. Download UNGU Full Album (2008) Aku dan Tuhanku
8. Download UNGU Full Album (2009) Penguasa Hati
9. Download UNGU Full Album (2010) 1000 Kisah Satu Hati
Hikmah
1. Cinta Tulus Anak Pada Bundanya (Part.2) - New !!
2. Cinta Tulus Anak Untuk Bundanya
3. MAAFKAN AKU AYAH
ISLAM
1. Arti dan Keutamaan Asma'ul husna
2. Ideologi Pendidikan Islam - New !!
3. Pengertian, Tujuan dan Prinsip-Prinsip Ekonomi Islam - New !!
KEAJAIBAN QURAN
1. Pembentukan Hujan
2. Tanda Pengenal Manusia pada Sidik Jari
LIRIK SLANK
1. Lirik Lagu Birokrasi Kompleks SLANK
2. Lirik Lagu Orkes Sakit Hati SLANK
3. Lirik Lagu Terlalu Manis SLANK
4. Lirik Lagu Virus (Versi Inggris) SLANK
5. Lirik Lagu Virus SLANK
Lirik Lagu Nasionalis
1. Lirik Lagu Bagimu Negeri
2. Lirik Lagu Bangun Pemudi Pemuda
3. Lirik Lagu Bendera Merah Putih
4. Lirik Lagu Berkibarlah Benderaku
5. Lirik Lagu Dari Sabang Sampai Merauke
6. Lirik Lagu Garuda Pancasila
7. Lirik Lagu Gugur Bunga
8. Lirik Lagu Halo-Halo Bandung
9. Lirik Lagu Hari Merdeka
10. Lirik Lagu Himne Guru (Pahlawan tanpa tanda jasa)
11. Lirik Lagu Indonesia Raya
Manchester United
1. Arti Lambang Manchester United
2. Koleksi Foto Selebrasi Manchester United di FA Cup
3. Koleksi Foto Selebrasi Manchester United di Premier League
4. Prestasi Manchester United era Sir Alex Ferguson - New !!
5. Sejarah Pembentukan Manchester United
6. Video Perjalan Sir Alex Ferguson di Manchester United (1986-2013) - New !!
Motor
1. New Yamaha V-Ixion 2013
2. Yamaha Untuk Selamanya
Negara dan Nasionalisme
1. Garuda Pancasila Lambang Indonesia
2. Ideologi Pendidikan Islam - New !!
3. Pembukaan UUD 1945
4. SUMPAH PEMUDA
PU
1. Analisis Kinerja Otak Kanan Dan Otak Kiri
2. Karakter Manusia Berdasarkan Golongan Darah
3. Kode Rahasia Smartphone Android
4. Kode Warna Dalam Format HTML
5. Ukuran Standar Cetak Foto
Pendapatku
1. “CINTA APA ADANYA”
Pendidikan
1. Ideologi Pendidikan Islam - New !!
2. Verifikasi Data Guru atau PTK 2013 - New !!
Update
1. New Yamaha V-Ixion 2013
Wisata di Yoyakarta
1. KALIADEM, Europe in Yogyakarta

Tips Blog

ATURAN DALAM PENULISAN SKRIPSI

Pengertian, Tujuan dan Prinsip-Prinsip Ekonomi Islam

ANATOMI FISIOLOGI REPRODUKSI WANITA

Arti Lambang Manchester United
 Download UNGU Full Album (2005) Melayang

I N G A T W A K T U S H O L A T
Yogyakarta Time
R E A D W I T H Y O U R L A N G U A G E H E R E
Pilih Bahasa▼
B A N N E R


A D S E N S E



Powered by Blogger.