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Microbiologia ambiental

Engenharia do Ambiente
Escola Superior Agrária
Instituto Politécnico de Coimbra
abelho@esac.pt
www.esac.pt/abelho
2.5 COMUNIDADE MICROBIANA DA
ÁGUA
Módulo 1.Ecologia microbiana
Parte 2. Ecologia microbiana
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 2
Conceitos 1
• Em comparação com a taxa de difusão no ar,
o oxigénio difunde-se na água a uma taxa
lenta; esta característica é uma das mais
importantes na definição das características
da água como um ambiente para o
crescimento e o funcionamento microbiano

• Depois de dissolvido na água, o oxigénio
pode ser mais rapidamente usado pelos
microrganismos do que a taxa a que é
reposto: criação de zonas anaeróbias

• Se a luz penetrar nessas zonas anaeróbias,
podem desenvolver-se grupos específicos
de microrganismos fotossintéticos

• Também podem desenvolver-se
comunidades microbianas especializadas na
interface entre regiões anaeróbias e
aeróbias
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 3
Conceitos 2
• Os ambientes aquáticos, tanto
marinhos como de água doce,
incluem grandes volumes de
água fria e de gelo

• Para além da água doce
armazenada nos glaciares e nas
regiões polares, o gelo marinho
cobre aproximadamente 7% da
superfície da Terra

• A água fria (2-3%) e as águas de
elevadas pressões dos oceanos
são locais importantes para a
sobrevivência e o
funcionamento microbianos
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 4
Conceitos 3
• Os ambientes aquáticos permitem o
desenvolvimento de muitos tipos únicos
de microrganismos, incluindo
microrganismos das nascentes
hidrotermais dos fundos dos oceanos

• Outros microrganismos fazem a ligação
entre recursos espacialmente
separados, como nitrato e sulfato

• Continuam hoje a ser descobertos
novos microrganismos nos ambientes
aquáticos

• Os ciclos biogeoquímicos do carbono,
do azoto, do enxofre e dos fósforo dos
lagos e dos ambientes marinhos
envolvem interacções locais e através de
vastas distâncias
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 5
Conceitos 4
• O fitoplâncton (organismos
fotossintéticos procariotas e eucariotas)
forma a base da produção primária na
maioria dos ambientes marinhos e de
água doce

• O fitoplâncton liberta matéria orgânica
dissolvida e particulada que é usada
pelos microrganismos heterotróficos

• Parte do fitoplâncton é consumida pelos
predadores, libertando nutrientes que
são reciclados e novamente usados pelo
fitoplâncton (loop microbiano)

• O ferro e o azoto podem limitar a
actividade do loop microbiano em
diferentes ambientes marinhos
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 6
Conceitos 5
• São constantemente adicionados
à água microrganismos
patogénicos e matéria orgânica
que podem ser transportados ao
longo de grandes distâncias,
principalmente em rios, lagos e
oceanos

• As poeiras atmosféricas e outros
materiais como poluentes,
podem ser transportados a
regiões longínquas dos oceanos,
dos corpos de água doce e das
regiões cobertas de gelo

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 7
Conceitos 6
• Muitos patogénicos humanos, como Shigella,
Vibrio e Legionella, encontram-se na água

• Uns ocorrem normalmente e outros podem
sobreviver durante períodos de tempo variáveis
depois de serem adicionados à água

• Por serem seus predadores, os protozoários
providenciam muitas vezes protecção para estes
patogénicos, principalmente quando estão
associados em biofilmes

• Os ambientes aquáticos são reservatórios e
vectores de transmissão de microrganismos
patogénicos.

• Um dos objectivos da gestão dos ecossistemas
aquáticos é o controlo da sobrevivência e da
transferência de microrganismos patogénicos
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 8
Conceitos 7
• A água é um reservatório importante
para a sobrevivência e para a
disseminação de protozoários e de
vírus, que não são controlados pela
adição de cloro à água

• Protozoários patogénicos incluem
Cryptosporidium, Cyclospora e Giardia

• A água subterrânea é uma fonte
importante de água potável,
principalmente em zonas suburbanas e
rurais

• Em muitos casos, este recurso está
contaminado por microrganismos
patogénicos e por nutrientes, derivados
principalmente de fossas sépticas
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 9
Diversidade de habitats
• Ambientes aquáticos
diversos:
– corpo humano,
– bebidas,
– rios,
– lagos,
– oceanos,
– zonas saturadas dos solos,
desde alcalinos a
extremamente ácidos

• Temperaturas nas quais os
microrganismos funcionam:
– -5ºC a mais de 121ºC
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 10
Diversidade de habitats
Alguns dos microrganismos mais intrigantes existem em
ambientes de temperaturas elevadas
Géisers :
termófilo Thermus aquaticus)
Nascentes hidrotermais oceânicas:
hipertermófilo Pyrolobus fumarii
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• Principais factores que controlam as
comunidades microbianas dos
ambientes aquáticos
– mistura e movimento de nutrientes, O
2

e produtos de excreção

• Nos lagos e nos oceanos, a matéria
orgânica proveniente da superfície
afunda-se, criando zonas ricas em
nutrientes onde ocorre decomposição

• Os gases e os produtos solúveis
produzidos por esses microrganismos
nas zonas profundas podem difundir-se
para as camadas superiores
estimulando a actividade de outros
microrganismos
Um objectivo da
microbiologia é o
isolamento e a cultura de
microrganismos marinhos
únicos, principalmente na
busca de microrganismos
que produzam antibióticos
(ver diapositivo seguinte)

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 12
Novos agentes em
medicina
• A maior parte dos antibióticos correntes:
derivam de microrganismos do solo,
principalmente ascomicetes, mas também de
outros fungos e de bactérias Gram-positivas

• Mais de 100 produtos são hoje usados como
antibióticos, agentes anti-tumorais e agro-
químicos

• Alguns dos mais recentes agentes químicos são
metabolitos de microalgas marinhas

• Também existe muito interesse na cultura de
microrganismos marinhos simbióticos com
hospedeiros macroscópicos

• Os microrganismos marinhos podem
providenciar compostos bioactivos que não
ocorrem nos microrganismos terrestres
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 13
Prochloron sp., um microrganismo unicelular marinho simbiótico com ascídias (tunicados
marinhos). Descoberto em 1976. Contém clorofila a e b e carotenóides
Os gases e os
microrganismos
aquáticos
• A distância (à escala microbiana) até uma
bolha de ar ou até à superfície limita a
difusão de oxigénio na água
• Os ambientes aquáticos têm baixa difusão
de oxigénio (1/10000 da taxa de difusão
numa fase gasosa)
• Na figura seguinte, as setas largas
representam o fluxo rápido de oxigénio
através do ar; a diminuição da intensidade
da cor azul representa a diminuição da
concentração de oxigénio
• Depois de penetrar na água o oxigénio
difunde-se lentamente (seta castanha
mais estreita) e a sua concentração vai
diminuindo até ser finalmente utilizado
por um microrganismo
• De acordo com a figura, a concentração
de oxigénio disponível para uma enzima
pode ser apenas 1/1000 da concentração
atmosférica de oxigénio
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Taxas de difusão e barreiras à difusão do oxigénio
Meio líquido
Interface da bolha
de ar (barreira)
Ar Água
Meio líquido
Bolha
de ar
Microrganismo
Enzima
respiratória
Célula
Célula microbiana
(barreira)
Concentração na
superfície da enzima
Efeito da temperatura da água e da altitude na
concentração de O
2
dissolvido (mg/litro)
Elevação acima do nível do mar (metros)
Temperatura (ºC) 0 1000 2000 3000
0 14.6 12.9 11.4 10.2
5 12.8 11.2 9.9 8.9
10 11.3 9.9 8.8 7.9
15 10.0 8.9 7.9 7.1
25 9.1 8.1 7.1 6.4
20 8.2 7.3 6.4 5.8
35 7.5 6.6 5.9 5.3
40 6.9 6.1 5.4 4.9
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 16
Solubilidade do oxigénio diminui com o aumento da temperatura e com a diminuição da
pressão: formação de zonas hipóxicas ou anóxicas nos ambientes aquáticos, surgindo
microrganismos quimiotróficos e fototróficos especializados
O CO
2
dissolvido
• Importante em processos químicos e
biológicos

• O sistema tampão do bicarbonato (figura
seguinte) mantém o equilíbrio entre o
dióxido de carbono, o bicarbonato e o
carbonato, que controlam o pH da água

• O pH da água destilada (não tamponada) é
determinado pelo CO
2
dissolvido em
equilíbrio com o ar e é aproximadamente
5.0-5.5

• A água tamponada a pH 8.0 contém CO
2

absorvido do ar, principalmente sob a forma
de bicarbonato (HCO
3
-
)

• Quando os microrganismos autotróficos
como as algas usam o CO
2
da água, o seu pH
geralmente aumenta
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Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 18
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Bicarbonato
(HCO
3
-
)
Carbonato
(CO
3
2-
)

CO
2
dissolvido
Os gases atmosféricos afectam as características físicas da água. O pH da
água é influenciado pela quantidade de CO
2
na água e também pelo
equilíbrio entre o CO
2
dissolvido e os iões bicarbonato e carbonato
Nutrientes nos ambientes
aquáticos
• Concentração muito variável;
muitos nutrientes nos ambientes
poluídos e nos esgotos

• Taxa de reciclagem muito
variável; nos ambientes
marinhos pode demorar
centenas a milhares de anos, nos
pauis, sapais e estuários a taxa é
rápida

• Uma das formas de ilustrar os
gradientes de nutrientes e a sua
exploração por diferentes
microrganismos é a coluna de
Winogradsky
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 19
A coluna de Winogradsky
• Microcosmos no qual os
microrganismos e os nutrientes
interagem num gradiente
vertical de condições

• Os produtos da fermentação e
sulfito sobem a partir da zona de
redução inferior (condições
semelhantes aos sedimentos
ricos em nutrientes dos lagos)

• A luz permite o crescimento de
microrganismos fotossintéticos,
tanto aeróbios (zona superior)
como anaeróbios (zona inferior)
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 20
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 21
A coluna de Winogradsky
Lama
Lama +
enxofre,
carbonato
e fonte de
celulose
Diatomáceas e cianobactérias (fotoautotróficos)



Algas e microrganismos aeróbios que oxidam
sulfato: Beggiatoa, Thiobacillus, Thiothrix. Usam
compostos reduzidos de enxofre como fonte de e
-
e
O
2
como aceitador

Fotoheterotróficos: bactérias púrpuras não
sulfurosas Rhodospirilum, Rhodopseudomonas.
Usam MO como fonte de e
-
sob condições
anaeróbias


Chromatium
usam sulfito de hidrogénio como dador
de e
-
e CO
2
como fonte de C
Chlorobium

Clostridium (celulose → produtos de fermentação)
Desulfovibrio (produtos de fermentação+sulfato → sulfito)
Camada de água
Camada de lama com O
2

(castanho-claro)













Zona anaeróbia com H
2
S (preta)
Zona cor de
ferrugem
Zona
vermelha
Zona
verde
Difusão de H
2
S
Ciclos de nutrientes
nos ambientes
aquáticos
• Fotossíntese, principalmente
fitoplâncton = principal fonte de MO nas
superfícies iluminadas
– E.g. cianobactéria Synechococcus sp.:
pode atingir densidades de 10
4
-10
5

células/ml
– Picocianobactérias podem representar
20-80% da biomassa de fitoplâncton

• Para crescer o fitoplâncton necessita de
N e de P

• A composição da água em nutrientes
afecta a razão C:N:P das células
– 106C:16N:1P = razão de Redfield=razão
óptima para o crescimento dos
organismos foto-autotróficos
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 22
• MO fixada pelo fitoplâncton
entra no loop microbiano, onde
é reciclada em CO
2
e minerais

• MO dissolvida libertada pelo
fitoplâncton usada pelos
microrganismos heterotróficos
tornando-se parte da MO
particulada

• Organismos heterotróficos
consumidos por predadores
(protozoários e metazoários)
libertando CO
2
e minerais


Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 23
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 24
O loop microbiano (setas amarelas)
Consumi-
dores
Zooplâncton
Protozoários
Bactérias
Fitoplâncton
CO
2
e
minerais
Azoto (N)
Fósforo (P)
DOM
POM
Grande parte da MO sintetizada na fotossíntese pelo fitoplâncton é libertada como MO dissolvida (DOM). DOM
usada pelas bactérias tornando-se POM. Bactérias consumidas pelos protozoários; após digestão os nutrientes das
bactérias e dos protozoários são mineralizados e voltam ao fitoplâncton (loop)
Comunidades microbianas
aquáticas
• Diversidade elevada

• Adaptações especiais a
ambientes aquáticos
particulares

• Enorme abundância de
ultramicrobactérias/
nanobactérias (<0.2mm):
– dominantes nos ecossistemas
marinhos, podem atingir 10
12
-
10
13
células/ml;
– e.g. Sphingomonas sp.
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 25
Sphingomonas sp.
A maior bactéria conhecida
Thiomargarita namibiensis
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 26
Diâmetro 100-300 mm
Usa sulfito como fonte
de energia e nitrato
como aceitador de e
-
Acumula nitrato num
enorme vacúolo
interno (pode ocupar
98% do seu volume e
atingir concentrações
de 800mM)
Tem grânulos de
enxofre na camada de
citoplasma
A bactéria “esparguete”
• Adaptação: capacidade de ligar e
usar recursos que se encontram
espacialmente separados
• Na costa do Chile onde água pobre
em O
2
mas rica em nitrato está em
contacto com sedimentos ricos em
sulfito
• Células 15-40 mm largura e muitos
cm comprimento (daí o nome
esparguete…)
• Formam estruturas filamentosas na
superfície e no interior dos
sedimentos
• Usam o sulfito dos sedimentos
anaeróbios e o nitrato da coluna de
água aeróbia
• Constituem a maior comunidade
de bactérias visíveis a olho nu
Thioploca sp.
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 27
Thioploca sp.
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 28
Grânulos de
enxofre
Os fungos aquáticos
• Oomicetes (bolores aquáticos)
– Esporos assexuados móveis com 2
flagelos

• Quitrídeos
– Esporos assexuados móveis com 1
flagelo
– Decomposição da MO; agentes
patogénicos e parasitas (e.g.
Batrachochytrium dendrobatidis infecta
a pele dos anfíbios, causando a sua
morte)

• Hifomicetes aquáticos (Filo Deuteromycota)
– Esporulam dentro de águaconídeos em
forma tetra-radiada ou de S
transportados na água; ao contactar
com uma folha, colam-se e começam a
crescer formando micélio que penetra
na folha e promove a sua decomposição
– Decomposição da matéria orgânica

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 29
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A diatomácea Pseudonitzschia (responsável pelas marés
vermelhas)
http://wdfw.wa.gov/science/articles/razor_clams/index.html
Os microrganismos como problema ambiental
Marés vermelhas:
devidas a
crescimento
exagerado de algas
(e.g. Pseudonitzschia)
podem levar à morte
dos consumidores
por causa de
neurotoxinas
Impactos negativos
na economia porque
não se podem
apanhar bivalves
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 31
Os microrganismos como problema ambiental
Pfiesteria piscicida: dinoflagelado que provoca a morte dos
peixes
Nos humanos pode causar perda de memória

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 32
Dinoflagelados: grupo de
protistas com flagelos
http://pt.wikipedia.org/wik
i/Dinoflagelado
Os ambientes de água
doce: lagos
Nos lagos criam-se
gradientes verticais porque
existe pouca mistura da
água

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 33
O aquecimento diferencial da coluna de água cria diferenças na
temperatura que resultam na formação de camadas de água com
diferentes densidades:
Epilimnion
Metalimnion (termoclino)
Hipolimnion
Eutrofização
• Lagos oligotróficos
– Contêm muito poucos nutrientes
dissolvidos e baixa população
microbiana
– Saturados em oxigénio

• Lagos eutróficos
– Contêm muitos nutrientes
dissolvidos
– Apenas a zona superior está
saturada em O
2
(fotossíntese)
– A zona inferior (sedimentos) e o
hipolimnion têm carga elevada de
matéria orgânica e podem ser
anaeróbios, com o desenvolvimento
de microrganismos sulfurosos
fotossintéticos como Chromatium e
Chlorobium
Quando é adicionada à
água carga de nutrientes
(N e P) ocorre
crescimento pronunciado
de plantas, algas e bactérias
A morte e a decomposição
desta grande quantidade de
MO pode levar à anóxia
nestes lagos


Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 34
Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 35
Variação sazonal
do perfil de
oxigénio dissolvido
nos lagos
oligotróficos e
eutróficos
Nos lagos
oligotróficos
depende apenas
da temperatura
Nos lagos
eutróficos está
relacionada com
a carga de
matéria orgânica

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 36
As cianobactérias
• Pode ocorrer eutrofização mesmo sem
adição de azoto, apenas com adição de
fósforo

• Vantagens competitivas em relação às algas
– Não necessitam de azoto

– Funcionam mais eficientemente sob
condições de pH elevado (8.5-9.5) e de
temperatura alta (30-35ºC)

– Usam CO
2
a taxas elevadas, aumentando o
pH da água e tornando-a pouco propícia ao
desenvolvimento das algas

– Muitas espécies produzem toxinas, sendo
menos consumidas que as algas; as toxinas
causam grandes problemas ambientais e de
saúde pública na eutrofização por
cianobactérias
Papel importante na
acumulação de nutrientes
mesmo na ausência de
azoto porque muitos
géneros fixam azoto
atmosférico
Anabaena, Nostoc,
Cylindrospermum fixam
azoto sob condições
aeróbias
Oscillatoria fixa azoto sob
condições anaeróbias

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 37
Rios e ribeiros 1
• Existem gradientes longitudinais (i.e., de
distância) e temporais

• Existência de corrente: maior parte dos
microrganismos aderentes às superfícies
expostas; apenas nos rios grandes (coluna
de água profunda e corrente lenta) existem
microrganismos em suspensão

• Fontes de nutrientes:
– (1) Produção interna (autóctone) por
microrganismos fotossintéticos aquáticos
– (2) Fonte externa (alóctone) através de
escorrências terrestres ou das folhas e de
outros detritos produzidos na zona ripícola

• MO metabolizada por microrganismos
quimio-organotróficos, providenciando
energia para as cadeias alimentares

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 38
Rios e ribeiros 2
• Normalmente a quantidade de MO que
entra no sistema não excede a sua
capacidade de a oxidar: os rios possuem
uma enorme capacidade para processar
a MO

• Mas podem também tornar-se
anaeróbios sob condições extremas

– Carga de esgotos (carga de MO) não
tratados = poluição pontual: produz
alterações previsíveis na comunidade
microbiana e na concentração de O
2

(curva sag de oxigénio dissolvido)

– Carga de nutrientes provenientes dos
fertilizantes usados na agricultura =
poluição difusa

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 39
A curva sag do oxigénio
dissolvido
• Os microrganismos e as suas
actividades podem criar
gradientes espaciais e gradientes
temporais, quando existe carga
de nutrientes nos rios.

• A curva sag do oxigénio dissolvido
ocorre quando existe carga de
matéria orgânica num rio limpo.

• Durante os estádios mais tardios
da auto-depuração, a
comunidade fotoautotrófica
torna-se novamente dominante
http://www.rpi.edu/dept/chem-
eng/Biotech-
Environ/AERATION/sag.html
http://www.egr.msu.edu/classes/ce2
80/voice/do/doSagCurve.html
http://www.ce.utexas.edu/prof/maid
ment/GISHydro/ferdi/webedu/webd
osag/webdosag.html

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 40
A curva SAG do oxigénio
dissolvido
Carga de MO

Crescimento dos
organismos
heterotróficos
(decompositores)

Libertação de matéria
mineral

Crescimento dos
organismos
fotoautotróficos

Manuela Abelho 2012 Microbiologia ambiental 41
http://www.mp-
docker.demon.co.uk/environmental_chemistry/topic_4a/page_
6.html