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Sistemtica Terica

Teora y Prctica de la Reconstruccin


Filogentica. Filogenias moleculares.
Aplicaciones en Sistemtica, Biogeografa,
Filogeografa y
Coevolucin.
Pgina dinmica de la materia:
https://sites.google.com/site/teosiste

Cursada de 2011
Clases Tericas: Lunes y mircoles de 18
a 21 hs
Clases Prcticas: Martes y viernes de 17
a 21 hs
Comienzo de Clases: Mircoles 17 de
agosto
Preinscripcin e informes: sistematica.uba@gmail.com
Profesor a cargo: Martn Ramrez (ramirez@macn.gov.ar)

Inscripcin definitiva: Del 1 al 7 de agosto en www.inscripciones.fcen.uba.ar.

Objetivos del Curso
Programa
Bibliografa
Modalidad de Enseanza
Docentes
Forma de Evaluacin
Novedades
Cronograma
Objetivos del curso
1) Comprender los fundamentos lgicos, epistemolgicos y metodolgicos que
subyacen al anlisis y sntesis de la informacin utilizada con el propsito de
esclarecer las relaciones de parentesco entre los organismos.
2) Comprender los principios evolutivos que subyacen a la elaboracin de los
algoritmos utilizados en reconstrucciones filogenticos.
3) Destacar la importancia de los estudios sobre la diversidad y las relaciones de
parentesco de los organismos en la biologa contempornea.
4) Aprender a utilizar las herramientas informticas mas comnmente usadas
para la construccin de rboles.

Programa
Unidad 1: Sistemtica Biolgica: generalidades y conceptos bsicos.
Disciplinas relacionadas con la clasificacin. Historia de la clasificacin de los
organismos. Jerarqua Linneana, taxones y categoras taxonmicas. Sntesis de las ideas
sobre clasificacin: La taxonoma Fentica, la Taxonoma Evolutiva y la Sistemtica
Filogentica. Etapas de un estudio sistemtico: Bsqueda bibliogrfica, Obtencin e
identificacin de los especimenes en estudio. Seleccin y registro de caracteres. Anlisis
de los caracteres, interpretacin de resultados y adopcin de decisiones taxonmicas.
Planteo de hiptesis.
Unidad 2: Nomenclatura Biolgica.
Objeto de la nomenclatura biolgica. Cdigos Internacionales de Nomenclatura
Botnica y Zoolgica. Nombres cientficos. Nombres de taxa por encima de la categora
de gnero. Nombres de taxa entre gnero y especie. Nombres de taxa especie e
intraespecficos. Nombres de hbridos. Principios operativos de la nomenclatura.
Disponibilidad. Prioridad. Homonimia. Sinonimia. Tipificacin.
Unidad 3: Introduccin al anlisis cladstico.
Objetivos de la cladstica. El concepto Hennigiano. Caracteres plesiomrficos y
apomrficos. Sinapomorfas y autoapomorfas. El principio de Parsimonia. Longitud de
los cladogramas. Caracteres congruentes, consistentes y homoplsicos. Grupos
monofilticos, Polifilticos y parafilticos. Congruencia de caracteres y homologa.
Homoplasias: convergencias, pararlelismos y reversiones. Distincin entre cladogramas
y rboles evolutivos. Terminologa de rboles. Arboles con raz y sin raz.
Unidad 4: Caracteres y codificacin.
Definicin de carcter taxonmico. Clasificacin de caracteres segn sus fuentes:
Morfolgicos, Fisiolgicos, Cromosmicos, Proteicos, Moleculares, Ecolgicos,
Etolgicos, Biogeogrficos. Caracteres y estados de los caracteres. Caracteres binarios y
multiestado. Caracteres discretos y continuos. Homologas, analogas. El criterio de
similitud y la congruencia de caracteres: homologas primarias y secundarias.
Codificacin de caracteres. Ventajas y desventajas de los distintos mtodos de
codificacin. Caracteres faltantes e inaplicables. Transformacin entre caracteres: orden
y polaridad.
Unidad 5: Construccin de cladogramas.
Construccin en base a apomorfas compartidas: Argumentacin Hennigiana o regla de
la inclusin/exclusin. Arboles de Wagner. Problemas de los rboles de Wagner.
Mtodos exactos: Bsqueda Exhaustiva y Bsqueda Branch and Bound. Mtodos
heursticos. El problema de las islas. Arboles ptimos locales y globales. Adicin por
pasos. Permutacin de ramas. Mtodos NNI, SPR y TBR. Determinacin de la
polaridad a priori y a posteriori. La comparacin con el grupo externo. El criterio
ontogentico y otros mtodos de polarizacin a priori. Polaridad y enraizamiento a
posteriori. Algoritmos aplicables a matrices grandes. Programas de Computacin en
cladstica: TNT, PAUP*, y otros.
Unidad 6: Optimizacin, medidas de ajuste y pesado de caracteres.
Criterios de optimizacin. Parsimonia de Wagner o de Farris. Parsimonia de Fitch.
Parsimonia de Dollo. Optimizacin de caracteres (fast, slow y unambiguous). Medidas
de ajuste de los caracteres: longitud del cladograma; ndice de consistencia; ndice de
retencin; ndice de consistencia reescalado. Pesado de caracteres: a priori y a
posteriori. Pesado a priori en caracteres moleculares: entre posiciones y dentro de
cada posicin. El caso del gen ADNr 18s: distribucin y frecuencia de delecciones e
inserciones; stems, loops y cambios compensatorios de bases; dominios variables y
dominios conservados. Desvos en tasas de transicin y transversin. Pesado a
posteriori: Pesado sucesivo y Pesos implicados.
Unidad 7: Consenso y medidas de soporte.
Consenso estricto. Consenso de componentes combinables. Consenso de Adams.
Consenso de Mayora. Problemas de los rboles de consenso. Soportes a nivel de todo
el rbol. Distribucin de la longitud de los cladogramas. PTP. Soportes a nivel de ramas
individuales. Largo de rama. Soporte de Bremer. Procesos de aleatorizacin para medir
soporte de ramas. Mtodo bootstrap y Jacknifing. Ventajas y desventajas de los
distintos mtodos.
Unidad 8: Filogenias moleculares: eleccin de la fuente de caracteres.
Variabilidad de secuencias y rango taxonmico a analizar. Cloroplastos: anlisis por
sitios de restriccin y por secuenciacin. Rearreglos estructurales de cloroplastos y sus
implicancias en el anlisis filogentico. Genes de cloroplastos y rango taxonmico de
utilidad: rbcL, atpB, matK, mdhF, 16rDNA, regin espaciadora atp-rbcL. Secuencias
nucleares y su rango taxonmico de utilidad: genes ribosomales ADNr18s, ADNr26s,
ADNr5.8s, ITS, IGS, 5s y genes espaciadores. Otros genes nucleares. Genes
mitocondriales.
Unidad 9: Filogenias moleculares y el concepto de homologa.
rboles de genes y rboles de especies. Homologas y duplicaciones. Genes ortlogos y
genes parlogos. Homologa y poliploida. Hibridacin e introgresin. Homologa y
recombinacin gentica. Tipos de alineacin. Alineacin global y local. Alineacin
visual. Mtodos de alineacin por matrices de punto y por similitud. Mtodo de
Alineacin dinmico de Needleman y Wunsch. Parmetros de penalidad de apertura y
extensin de gaps. Los gaps como caracteres filogenticos. Alineamientos estticos
vs. Alineamientos dinmicos: mtodo de optimizacin directa. Programas informticos.
Unidad 10: Hiptesis filogenticas conflictivas.
Evaluacin de rboles a partir de distintas fuentes de caracteres: mtodos combinados,
de consenso y de combinacin. Congruencia topolgica y congruencia de caracteres.
Mediciones cuantitativas de la incongruencia entre rboles. Significacin estadstica.
Causas de conflicto. Genes ortlogos y parlogos. Tasas heterogneas entre taxa y entre
sitios. Composicin de bases sesgadas. Causas de origen organsmico: evolucin
morfolgica convergente. Transferencia horizontal.
Unidad 11: Cladstica, clasificacin y decisiones taxonmicas.
Taxones Mono, Para y Polifilticos. Naturaleza de los taxones superiores. Ventajas y
desventajas de la clasificacin cladstica. Principales convenciones para transformar un
cladograma en una clasificacin cladstica: Subordinacin y Secuenciacin
Unidad 12: Modelos probabilsticas de evolucin molecular y su aplicacin en
mtodo de distancia.
Modelos de evolucin molecular: modelo de Jukes-Cantor, K2P, F81, HKY85 y GTR.
Subestimacin por multiple hits. Mtodos para la eleccin de un modelo de evolucin
molecular. Clculo de tasas de sustitucin nucleotdicas y de distancias evolutivas.
Construccin de rboles a partir de matrices de distancias. Anlisis de agrupamiento.
UPGMA y Neighbor-Joining.
Unidad 13: Mtodos discretos probabilsticas en reconstruccin filogentica:
Reconstruccin filogentico por Mxima verosimilitud. Definicin de verosimilitud.
Criterio de optimalidad. Ejemplos. Test de relacin de verosimilitudes (likelihood ratio
tests). Reloj molecular y Clculo de tiempos de divergencia. Test de homogeneidad de
tasas entre linajes. Anlisis filogentico Bayesiano. Estadstica Bayesiana vs.
Estadstica clsica. Teorema de Bayes. Deduccin del Teorema de Bayes. Probabilidad
objetiva vs. Probabilidad subjetiva. Probabilidad a priori y a posteriori. Funciones
continuas. Cadenas de Markov de Monte Carlo (MCMC). Perodos burn in y
estacionarios. Requerimientos para la reconstruccin filogentico bayesiana.
Comparacin de los distintos mtodos de reconstruccin filogentico: ventajas y
desventajas. Programas informticos.
Unidad 14: Anlisis Filogenmico:
Definicin de Filogenmica. Mtodos basados en secuencias. Mtodos basados en
rasgos de los genomas enteros. Supermatrices y superrboles. Supermatrices y
caracteres faltantes. Caracteres de los genomas enteros: orden gnico, DNA string,
contenido gnico, cambios genmicos raros. Clasificacin de los caracteres genmicos
en base a la resolucin taxonmica y el nivel de homoplasia. Anlisis filogenmico y el
origen de la biodiversidad de los metazoos.
Unidad 15: Anlisis filogeogrfico.
Definicin de anlisis filogeogrfico. Marcadores utilizados en estudios filogeogrficos.
Haplotipos mitocondriales y herencia matrilineal. Marco terico del anlisis
filogeogrfico: Distribucin de linajes o lineage sorting y Teora de la coalescencia.
Cladstica y filogeografa. Anlisis estadstico de los resultados: mtodo de Templeton.
Aplicaciones del anlisis filogeogrfico. Filogeografa comparada y biodiversidad.
Unidad 16: Otras aplicaciones del anlisis filogentico.
Biogeografa histrica: Historia del anlisis biogeogrfico.Distintas escuelas:
Panbiogeografia, Biogeografia Filogentica, Biogeografa. Cladstica. Mtodos y
crticas. Areas de endemismo. Anlisis de Parsimonia de Brooks. Cladstica y su
aplicacin en coevolucin. Tipos de asociaciones histricas, eventos, coespeciacin.
Desarrollo histrico. Anlisis: BPA, Arboles reconciliados, Junglas. Aplicaciones del
anlisis cladstico al registro paleontolgico: linajes fantasmas.
Bibliografa
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Modalidad de Enseanza
En las clases tericas se abordaran todos los contenidos desarrollados en el programa
del curso. Como complemento se podrn dictar conferencias a cargo de especialistas.
En las clases prcticas los alumnos desarrollarn las siguientes actividades:
Resolvern ejercicios relacionados con la construccin manual de matrices,
codificacin de caracteres, construccin de rboles, etc.
Aplicarn programas informticos de alineamiento de secuencias y de
reconstruccin de rboles por Parsimonia, Mxima Verosimilitud y mtodos de
distancia.
Leern bibliografa especfica para el anlisis de los temas, creando espacios
para reflexionar, ejercitar y afianzar el pensamiento crtico.
Elaborarn monografas e Informes escritos y orales.
Docentes
Profesores: Martn Ramrez y Viviana Confalonieri
Jefe de Trabajos Prcticos: Alexandra Gottlieb
Ayudantede Primera: Gisle Perthuy
Forma de Evaluacin
Las instancias de evaluacin son dos exmenes parciales y un examen final.
Los parciales se aprueban con 5 puntos y se pueden recuperar los dos parciales.
Para la aprobacin de los trabajos prcticos se requiere que los alumnos tengan el 80%
de asistencia a las clases de trabajos prcticos y a los seminarios, que hayan aprobado
los dos parciales y que hayan participado activamente en las clases de seminarios y
trabajos prcticos en general.
Los alumnos que hayan obtenido 6,5 o ms puntos como promedio de los dos parciales
y no menos de 6 puntos en cada uno de ellos podrn promocionar la materia sin examen
final.
Los alumnos que obtuvieran una nota inferior a 5 en un parcial, podrn recuperarlo al
final del cuatrimestre, pero no tendrn opcin al rgimen de promocin.
El ausente a un parcial se considera como no aprobado, teniendo una nica oportunidad
para recuperarlo. El recuperatorio por ausencia justificada permite la promocin; no as,
el recuperatorio por desaprobacin.
Novedades
...
Cronograma
Fecha

17-Ago Inicio de tericas

14-Oct Primer parcial

2-Dic Segundo Parcial

12-Dic Primer fecha de recuperatorio

16-Dic Segunda fecha de recuperatorio



1. Introduccin. La diversidad biolgica y su ordenamiento. Conceptos bsicos: clasificacin,
taxonoma, sistemtica. Taxones y categoras taxonmicas. Jerarqua linneana. Clasificaciones
naturales y artificiales. Ubicacin de la Sistemtica en las Ciencias Biolgicas: conceptos de
Biologa General y Biologa Comparada.
2. Diferentes enfoques en el estudio de la diversidad. Desarrollo histrico de la sistemtica.
De Aristteles al esencialismo. Linn. Cuvier y la "escuela tipolgica". La teora evolutiva en
sistemtica: evolucionismo o "escuela sinttica". Surgimiento de nuevos enfoques (taxonoma
numrica, cladstica).
3. La especie: breve repaso de conceptos y controversias. Aislamiento reproductivo.
Problemas del reconocimiento de las especies. Categoras supraespecficas. Origen de la
diversidad y sus discontinuidades: modos de especiacin. Extincin.
4. La tarea taxonmica. Pasos elementales en la elaboracin de una clasificacin.
Clasificacin y determinacin: claves. Literatura taxonmica. Sistemtica tradicional o
descriptiva (alfa). Catlogos. Colecciones biolgicas, su importancia y actualidad. Bases de
datos, accesibilidad. Aplicaciones en otras ramas de la Biologa. Sistemtica y conservacin.
5. Nociones de nomenclatura botnica y zoolgica. Cdigos internacionales. Principios
bsicos. Nomenclatura binominal. Status de un nombre. Homonimia, sinonimia: su tratamiento.
Mtodo del tipo.
6. Evidencia taxonmica: los caracteres. El individuo como fuente de caracteres. Tipos de
caracteres: morfolgicos, qumicos, citolgicos, palinolgicos, embriolgicos, genticos,
geogrficos, etc. Comparar lo comparable: homologa y homoplasia, criterios de
reconocimiento. Variabilidad: politipismo y polimorfismo. Variacin clinal. Breve referencia a
mtodos no filogenticos de anlisis: taxonoma numrica (codificacin de caracteres,
coeficientes de similitud, confeccin de fenogramas y su interpretacin).
7. Filogenia y clasificacin. Cladstica: principios fundamentales de reconstruccin
filogentica. Grupos monofilticos, parafilticos y polifilticos. Anlisis de caracteres y registro
de datos. Polaridad. Anlisis filogentico a travs de programas basados en parsimonia (Nona,
Peewee, TNT). Estrategias de bsqueda; soporte de grupos. Interpretacin de los
cladogramas. Del cladograma a la clasificacin. Sistemtica y Biogeografa histrica: conceptos
elementales. Panbiogeografa.
8. El enfoque paleontolgico. Jerarquas taxonmicas en grupos extinguidos. Concepto de
especie en Paleontologa: "morfoespecie"; especies isomorfas, especies politpicas.
Variaciones "secundarias" deformacin por enterramiento o por compresin (causas
geolgicas). Ecofenotipos: "pseudoevolucin". Sistemtica de organismos multielementales,
ejemplos en invertebrados, vertebrados, paleobotnica, microfsiles. Casos especiales: restos
de la actividad de los organismos (trazas fsiles).
9. Tcnicas sistemticas complementarias. Citotaxonoma. Tcnicas moleculares:
introduccin y ejemplos. Distintos tipos de anlisis. Isoenzimas.
Bibliografa para el alumno:
LANTERI, A.A. & M.M. CIGLIANO (eds.) 2005. Sistemtica biolgica: fundamentos tericos y
ejercitaciones. Editorial de la Universidad Nacional de La Plata, pp. I-xiii, 1-241.