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REPLICACIÓN DEL DNA

Generación de una copia exacta del


genoma de una célula

Dogma Central de la Biología Molecular

Replicación
Transcripción Traducción
DNA RNA Proteína
Transcripción
Reversa
(Virus)
El DNA Actúa como Molde para su propia Síntesis

El nucleótido A sólo se apareará con éxito con T y G con C, por lo que cada
cadena de DNA puede especificar la secuencia de nucleótidos de su cadena
complementaria. Así, la doble hélice de DNA se puede copiar fielmente.
Modelos para la replicación del DNA

1) Modelo semi conservativo: Moleculas de DNA hijas contienen


una hebra paterna y una nueva

2)Modelo conservativo: las hebras paternas transfieren información


a un intermediario, el cual luego es copiado. La helice paterna se
conserva y la hija es completamente nueva

3) Modelo Dispersivo: la helice paterna se rompe en fragmentos, se


dispersa, copia y se ensambla en dos nuevas helices. El DNA nuevo
y paterno estan completamente dispersos
MODELOS DE REPLICACION DE DNA

(a) Hipotesis 1: (b) Hipotesis 2: (c) Hipotesis 3:


Semi-conservative Conservative replication Dispersive replication
replication

Intermediate molecule
Meselson and Stahl
Semi-conservative replication of DNA

Isotopes of nitrogen (non-radioactive) were used in this experiment


La Replicación del DNA es Semiconservativa
En cada ronda de replicación, cada una de las dos hebras es usada
Doble
como templado (molde) para la formación de una hebra de DNA
hélice
parental complementaria. Por lo tanto las hebras originales de DNA
permanecen intactas durantes muchas duplicaciones celulares.

Dobles hélices de DNA hijas


No todas las polimerasas tienen igual función

Pol Polimerisa (5’-3’) Exonucleasa (3’-5’) Exonucleasa (5’-3’) Nº Copias

I Si Si Si 400

II Si Si No ?

III Si Si No 10-20

• Actividad exonucleasa 3’ to 5’ involucra la capacidad de remover nucleotidos desde


el extremo 3’ terminal.

•Importante para la capacidad de proofreading (corrección)

• Sin Proofreading la proporción de error (mutation rate) es 1 x 10-6

• Con proofreading la proporción de error es 1 x 10-9 (1000 veces menos)

• Actividad exonucleasa 5’ to 3’ en Replicación y Reparación del DNA.


Origen de replicación (procarionte):

9 Comienza con la denaturación de la doble helice (hebras simples).

9 Exposición de la burbuja de replicación desde la cual comienza la


replicación en ambas direcciones.

Primera Origen de Replicación


cadena
DNA
de DNA
Primer RNA
copiada

Progresión de orquilla ~245 bp in E. coli


de replicación moviendose
en direcciones opuestas

Orquilla de replicación Orquilla de replicación


PRINCIPALES ELEMENTOS INVOLUCRADOS EN LA INICIACIÓN:

9 Segmentos de ssDNA se denominan hebras templadas.

9 Girasa (una topoisomerasa) relaja el DNA sobrenrollado.


9Proteinas Iniciadoras y la DNA helicasa se unen al DNA en la orquilla de
replicación y desenrollan el DNA (Hidrolisis de ATP causa cambios
conformacionales en la DNA helicasa)

9DNA primasa se une a la helicasa produciendo un complejo denominado


primosoma
9Primasa sintetiza un
primer
RNA pequeño de 10-12 nt,
al cual la DNA pol III
adiciona nucleotidos.

9Pol III adiciona


nucleotidos
5’ to 3’ sobre ambas
hebras.

9El primer RNA es


removido y
reemplazado por DNA por
acción de la DNA pol I. El
Gap
es sellado por la DNA
ligasa.

9Single-stranded DNA-
binding
(SSB) proteins (>200)
estabilizan el DNA templado
monohebra durante todo el
proceso de replicación.
DNA Sobrenrollado es relajado por la Girasa:

5’ SSB Proteins
Fragmentos de Okazaki
1 ATP

DNA Pol III 2


Helicasa
Hebra Tardia 3 +
Proteinas Iniciadoras

3’
primasa Pares de bases

DNA Pol III 5’

Primer de RNA reemplazado por la


DNA pol I y el gap es sellado por la
3’ DNA ligasa

5’
Hebra lider
RNA Primer

3’
Reacción Catalizada por la DNA Polimerasa

5’ TRIFOSFATO
hebra de
dNTP
partidor
entrante (RNA)

hebra
templado Crecimiento de
la cadena en
Pirofosfato sentido 5’ Æ 3’

La DNA polimerasa requiere de un partidor de RNA. La enzima adiciona


desoxirribonucleótidos al extremo 3’-OH de la hebra del partidor, la que está apareada a la
hebra molde o templado. Por lo tanto, la nueva hebra crece en la dirección 5’ Æ 3’. Como
cada desoxirribonucleósido trifosfato entrante debe aparearse con la hebra templado para
poder ser reconocido por la polimerasa, esta hebra determina cuál de los cuatro posibles
desoxirribonucleótidos (A, C, G, o T) serán adicionados.
LA REPLICACIÓN DEL DNA ES CONTINUA EN LA HEBRA LIDER
Y SEMICONTINUA EN LA HEBRA TARDIA:

El desenrollamiento de cada orquilla de replicación procede en una


sola direción.

Las dos hebras de DNA tienen polaridad opuesta y la DNA pol solo
sintetiza DNA en dirrección 5’ a 3’.

Solucion: DNA es copiado en dirección opuesta desde cada templado.

•Leading strand (lider) sintesis 5’ a 3’ en dirección del


movimiento de la orquilla de replicación.

continuo

requiere un solo primer (RNA).

•Lagging strand (tardia) sintesis 5’ a 3’ en dirección opuesta.

semidiscontinuo

requiere muchos primer RNA


MECANISMO DE REPLICACIÓN DEL DNA

) Procariontes tienen un solo origen de replicación


) Replicación bidireccional con dos orquillas
Ambas hebras templadas son copiadas (orquilla de Replicación)

Hebra lider

Hebra tardía
Proteínas que Actúan en la Horquilla de Replicación
DNA polimerasa III
hebra líder sobre hebra líder

Topoisomerasa

templado de la hebra líder helicasa


primasa
templado de la partidor RNA DNA parental
hebra retrasada proteínas de unión a
DNA de hebra simple

fragmento de Okazaki
DNA polimerasa III
sobre hebra retrasada

Se muestran dos moléculas de DNA polimerasa, una sobre la hebra líder y otra sobre
la retrasada. La DNA helicasa va desenrollando y separando la doble hélice del DNA
paterno delante de la DNA polimerasa. Las proteínas de unión a DNA de hebra simple
mantienen las hebras separadas, permitiendo el acceso a la primasa y la polimerasa.
MECANISMO DE REPLICACIÓN DEL DNA

) sintesis del primer

) Helicasa rompe los


puentes de hidrogeno
DNA primasa
sintetiza un primer RNA
para iniciar la sintesis de DNA
sobre la hebra tardia
MECANISMO DE REPLICACIÓN DEL DNA
) Topoisomerasa desenrolla el DNA
REPRESENTACION DE LA DNA POL III

Structure resembles a
human right hand
Template DNA thread
through the palm;
Thumb and fingers
wrapped around the DNA
DNA Pol contiene una subunidad con actividad
Proofreading
MECANISMO DE REPLICACIÓN DEL DNA

) DNA pol cataliza la replicacion 5' x 3'


) Extiende pero no puede iniciar la replicación
MECANISMO DE REPLICACIÓN DEL DNA

) DNA pol III sintetiza la mayor


parte del DNA

) DNA pol I (rellena) los gaps de la


hebra tardía

) DNA ligasa sella los gaps


MECANISMO DE
REPLICACIÓN DEL DNA

) Hebra tardía

a) varios primer RNA

b) la elongación del DNA genera


los fragmentos de Okazaki

c) primer RNA es removido por


la DNA pol I

d) ligación del DNA


DNA ligasa sella los nicks de la hebra tardía
MECANISMO DE REPLICACIÓN DEL DNA

) Origen de replicación E. coli


) Secuencias consensos repetidas (tandem)
) Sitios de unión de proteinas
Origen de Replicación en Procariontes

partidor de RNA proteínas de


helicasa unión a DNA
iniciador
de simple hebra
síntesis
partidores
RNA

unión desenrollamiento formación


proteína del DNA por de dos horquillas
iniciadora helicasa y de replicación
proteínas de
unión a DNA de
simple hebra
MECANISMO DE
REPLICACIÓN DEL DNA
Replicacion de DNA circular de E.
coli (3.10):

1. Dos orquillas que resultan en


forma de estructura θ.

2. La topoisomerasa permiten
disminuir la tensión y
permiten la separación del
DNA
MECANISMO DE
Modelo de circulo rotatorio:
REPLICACIÓN DEL DNA
1. Comienza con un nick en el
Origen de Replicacion.

2. El extremo 5’ de la molecula es
desplazado

3. Actua como templado para la


síntesis del primer
MECANISMO DE REPLICACIÓN DEL DNA

Enzimas de Eucarionte:

Existen cinco DNA polimerasas en mamíferos.

1. Pol α (alpha): nuclear, DNA replication, no proofreading

2. Pol β (beta): nuclear, DNA repair, no proofreading

3. Pol γ (gamma): mitochondria, DNA replication, proofreading

4. Pol δ (delta): nuclear, DNA replication, proofreading

5. Pol ε (epsilon): nuclear, DNA repair (?), proofreading


1. Si consideramos a cada cromosoma como una doble hebra lineal de DNA

2. Cada cromosomas tiene ~108 pares de bases de largo

3. Con replicación a razón de 2 kb/minuto, la replicación de un cromosoma


humano tardaría ~35 dias.

4. Solucion ---> la replicación del DNA se inicia desde diferentes sitios


simultaneamente.
dsDNA parental

DNA primasa
DnaB Helicasa

core

SSBP

Hebra líder primer


core

Hebra tardía
Distribución de los componentes
proteicos en la orquilla de replicación
Actividad Correctora de
Pruebas de la DNA
Polimerasa Durante la
Replicación del DNA
(“Proofreading”)
Vista de la Orquilla de Replicación en “Tres Dimensiones”
• La DNA pol solo puede sintetizar DNA en dirección 5’ a 3’ y no puede
iniciar la síntesis del DNA
• Problemas para el extremo 3’ de los cromosomas

Problema en el extremo de los cromosomas eucariontes


• Si el problema no es solucionado los cromosomas se acortarían
excesivamente con cada replicación.

• La solución es agregar secuencias de DNA a los extremos de los


cromosoma: telomeros
– Pequeñas secuencias repetidas (100-1000’s)

• La Reacción es catalizada por la telomerasa

• Telomerasa contiene proteina y RNA


– El RNA funciona como templado complementario a la secuencia de
DNA presente en el repetido del telómero
Reparación del DNA
Para corregir errores en la secuencia o MUTACIONES

MUTACIÓN = cambio heredable en el material genético de una célula.

2 Tipos Generales:

- Mutaciones Cromosómicas (deleción o repetición de un trozo de


cromosoma)

- Mutaciones Puntuales - Inserciones o Deleciones (cambio de marco de


lectura)
- Sustituciones
- Formación de Dímeros de Pirimidina
Desapareamientos en el DNA y su reparación
Mecanismo de reparación de los desapareamientos
del DNA en células eucariotas
Despurinación y desaminación
Las modificaciones químicas de los nucleotidos
producen mutaciones
Alteraciones en el DNA causadas por la radiación UV
REPARACIÓN POR ESCISIÓN DE BASES REPARACIÓN POR ESCISIÓN DE NUCLEÓTIDOS
Dímero de pirimidinas
C desaminada

pares de pares de
bases bases

NUCLEASA
URACILO DNA
GLICOSILASA

Hélice de DNA
con una base
menos

ENDONUCLEASA Y DNA
FOSFODIESTERASA REMUEVEN EL HELICASA
AZÚCAR-FOSFATO

Hélice de DNA Hélice de DNA


con un nucleótido con un espacio de
menos 12 nucleótidos

DNA POLIMERASA ADICIONA DNA POLIMERASA


NUEVOS NUCLEÓTIDOS, DNA + DNA LIGASA
LIGASA SELLA EL ESPACIO
FIN