n 1953, James Watson y Francis Crick publicaron un ar-

tculo de un par de pginas en la revista Nature titulado

"Estructura molecular de los cidos nucleicos: Una es-
tructura para el cido nucleico de la desoxirribosa". Empezaba
de la siguiente manera: "Queremos sugerir una estructura para
la sal del cido nucleico de la desoxirribosa (D.N.A.). Esta es-
tructura tiene caractersticas nuevas que son de un considera-
ble inters biolgico". Este artculo, en el que por primera vez
se estableca el modelo correcto del DNA, se ha convertido en
un hito en la era moderna de la gentica molecular, comparado
por algunos con los trabajos de Mendel y de Darwin. (Watson,
Crick y el cristalgrafo de rayos X Maurice Wilkins ganaron
el premio Nobel por este trabajo; Rosalind Franklin, tambin
cristalgrafa de rayos X, fue reconocida, a ttulo postumo, por
haber desempeado un papel fundamental en el descubrimiento
de la estructura del DNA.) Una vez determinada la estructura
del material gentico, casi inmediatamente se logr com-
prender su funcionamiento y su modo de replicacin.


E
EN BUSCA DEL MATERIAL GENTICO
Propiedades que requiere un material gentico
Empezaremos dando un vistazo a las propiedades que debe te-
ner un material gentico y repasando la evidencia de que los
cidos nucleicos constituyen el material gentico. Para cons-
tituir los genes, el DNA debe contener informacin para con-
trolar la sntesis de los enzimas y protenas de una clula u or-
ganismo, autocopiarse con una gran fidelidad aunque con u
nivel bajo de mutacin y estar localizado en los cromosomas.
Control de los enzimas
El crecimiento, el desarrollo y el funcionamiento de una clula
estn controlados por sus protenas, principalmente por los en-
zimas. De esta manera, la naturaleza del fenotipo de una clula
est controlada por la sntesis de protenas en el interior de la
clula. El material gentico debe determinar la presencia y las
cantidades eficaces de enzimas en la clula. Por ejemplo, pro-
porcionndole sales inorgnicas y glucosa, una clula de
E. coli puede sintetizar, mediante sus rutas bioqumicas con-
troladas por enzimas, todos los componentes que necesita para
el crecimiento, la supervivencia y la reproduccin.
En este punto necesitamos repasar alguna informacin b-
sica referente a los enzimas. Un enzima es una protena que ac-
ta como catalizador de un proceso metablico especfico sin
que l mismo quede notablemente alterado por la reaccin. La
mayora de las reacciones catalizadas por enzimas pueden pro-
ducirse tambin sin su mediacin, pero slo en condiciones
demasiado extremas como para que tengan lugar dentro de los
sistemas vivientes. Por ejemplo, muchas oxidaciones ocurren
naturalmente a altas temperaturas. Los enzimas consiguen que
estas reacciones tengan lugar dentro de la clula disminuyendo
lo que se llama la energa de activacin (G) de una reaccin
en particular. En otras palabras, un enzima permite que tenga
lugar una reaccin sin el suplemento de energa proporcionado
generalmente por el calor (fig. 9.1).

La mayora de los procesos metablicos, tales como la bio-
sintesis o la degradacin de molculas, ocurren en rutas meta-
blicas en las que un enzima facilita cada una de las etapas
vase captulo 2). En la figura 9,2 se muestra la ruta metab-
lica para la conversin de la treonina en isoleucina (dos ami-
nocidos). Cada producto de reaccin de la ruta es alterado por
una enzima que lo convierte en el producto siguiente. Por ejem-
plo, el enzima treonina deshidratasa convierte la treonina en
cido -cetobutrico. Los enzimas estn compuestos por pol-
meros de aminocidos plegados; la secuencia de aminocidos
determina la estructura final de un enzima. El material gentico
determina la secuencia de aminocidos (vase captulo 11). La
estructura tridimensional de los enzimas les permite llevar a
cabo su funcin. Un enzima se combina con su substrato o sus
substratos (las molculas sobre las que acta) en una parte del
enzima denominado centro activo (fig. 9.3). El substrato
"encaja" dentro del centro activo, el cual tiene una forma que
slo permite entrar los substratos especficos. Esta manera de
encajar un enzima con su substrato se llama modelo de fun-
cionamiento enzimtco de la llave y la cerradura. Cuando los
substratos estn en posicin correcta en el centro activo del en-
zima, se da la reaccin particular que cataliza el enzima. Los
productos de la reaccin se separan entonces del enzima y lo
dejan listo para repetir el proceso. Los enzimas pueden traba-
jar a velocidades fenomenales. Algunos pueden catalizar hasta
un milln de reacciones por minuto.
No todas las protenas de la clula funcionan como catali-
zadores. Algunas son protenas estructurales, como la querati-
na, el componente principal del cabello. Otras protenas son
reguladoras, esto es, controlan el ritmo de produccin de otros
enzimas. Y an otras estn implicadas en otras funciones dife-
rentes; las albminas, por ejemplo, ayudan a regular la presin
osmtica de la sangre.
Replicacin
El material gentico debe hacer rplicas de s mismo con pre-
cisin para que cada clula hija reciba una copia exacta. Tam-
bin se necesita una cierta mutabilidad, o capacidad de
cambiar, porque sabemos que el material gentico ha cambia-
do, o evolucionado, a lo largo de la historia de la vida en la
Tierra. En su artculo de 1953, Watson y Crick establecieron
ya el proceso de replicacin basado en la estructura del DNA.
Tal como veremos, la mutabilidad es tambin una consecuen-
cia natural de este proceso.
Localizacin
Se sabe desde principios de siglo que los genes, las unidades
funcionales discretas del material gentico, se encuentran en
los cromosomas dentro del ncleo de las clulas eucariticas:
el comportamiento de los cromosomas durante las etapas de
divisin celular de la mitosis y de la meiosis imita el compor-
tamiento de los genes. Por lo tanto, el material gentico en eu-
cariotas debe ser una parte de los cromosomas.
Durante mucho tiempo, las protenas se consideraron co-
mo los componentes celulares con mayor probabilidad de ser
el material gentico porque tienen la complejidad molecular
necesaria. Los aminocidos se pueden combinar de una mane-
ra casi ilimitada, creando millares y millares de protenas dife-
rentes. La primera prueba de que el material gentico es el
cido desoxirribonucleico (DNA) fue proporcionada en 1944
por Oswald Avery y sus colaboradores. El modelo de Watson
y Crick de 1953 puso fin a un perodo durante el cual se pens
en el DNA como material gentico pero sin que se conociera
su estructura.
Evidencia de que el DNA es el material gentico
Transformacin
En 1928, F. Griffith inform que un determinado tipo de bac-
terias muertas por tratamiento trmico (calor) podan "transfor-
mar" bacterias vivas de otro tipo. Griffith demostr esta trans-

RECUADRO 9.1
ESTRUCTURA MOLECULAR DE LOS CIDOS
NUCLEICOS: UNA ESTRUCTURA PARA EL
CIDO NUCLEICO DE LA DESOXIRRIBOSA
Queremos sugerir una estructura para la sal del cido nu-
cleico de la desoxirribosa (D.N.A.). Esta estructura presenta
caractersticas nuevas que tienen un considerable inters
biolgico.
Una estructura para el cido nucleico ya ha sido pro-
puesta por Pauling y Corey'. Ellos nos proporcionaron ama-
blemente su manuscrito antes de su publicacin. Su modelo
consta de tres cadenas entrelazadas, con les fosfatos cerca
del eje de la fibra y las bases en el exterior. En nuestra opi-
nin, esta estructura es insatisfactoria por dos razones: (1)
Creemos que el material que da los diagramas de rayos X
es la sal, no el cido libre. Sin los tomos de hidrgeno ci-
dos no est claro qu fuerzas podran mantener unida la
estructura, especialmente porque los fosfatos cargados ne-
gativamente cerca del eje se repeleran entre s. (2) Algunas
de las distancias de van der Waals parecen ser demasiado
pequeas.
Tambin ha sido sugerida otra estructura de tres cadenas
por Fraser (en prensa). En su modelo los fosfatos estn en el
exterior y las bases en el interior, enlazadas entre s median-
te puentes de hidrgeno. Tal como se describe esta estruc-
tura est bastante mal definida y por esta razn ya no volve-
remos a comentarla.
Deseamos proponer una estructura de la sal del cido
nucleico de la desoxirribosa radicalmente diferente. Esta es-
tructura tiene dos cadenas helicoidales enroscadas alrededor
del mismo eje (vase el esquema). Hemos hecho los supues-
tos qumicas habituales, a saber, que cada cadena consta de
grupos dister fosfato que unen residuos -D-desoxirribofu-
ranosa mediante enlaces 3' 5'. Las dos cadenas (pero no
sus bases) estn relacionadas mediante un eje de simetra
perpendicular al eje de la fibra. Ambas cadenas siguen hli-
ces dextrgiras, pero debido al eje de simetra las secuencias
de tomos en las dos cadenas discurren en direcciones
opuestas. Cada cadena se parece un poco al modelo de
Furberg
2
Nl; esto es, las bases estn en el interior de la h-
lice y los fosfatos en el exterior. La configuracin del azcar
y de los tomos prximos es como en la "configuracin es-
tndar" de Furberg, estando el azcar casi perpendicular a la
base que lleva unida. En las dos cadenas hay un residuo
cada 3,4 en la direccin z. Hemos supuesto un ngulo de
36 entre los residuos adyacentes de la misma cadena, por
lo que la estructura se repite cada 10 residuos en la misma
cadena, esto es, cada 34 . La distancia entre un tomo de
fsforo y el eje de la fibra es de 10 . Como los fosfatos es-
tn en el exterior, los cationes tienen un acceso fcil a ellos.
La estructura es abierta y su contenido en agua bastante
alto. A contenidos de agua menores podemos esperar que
las bases se inclinen de manera que la estructura podra vol-
verse ms compacta.
La caracterstica novedosa de la estructura es la manera
en que las dos cadenas se mantienen unidas por las bases p-
ricas y pirimidnicas. Los planos de las bases son perpendi-
culares al eje de la fibra. Las bases se mantienen unidas por
pares: una sola base de una cadena est unida por puentes de
hidrgeno a una sola base de la otra cadena, de manera que
las dos estn juntas con idnticas coordenadas z. Una de las
bases de cada par debe ser una purina y la otra una pirimidi-
na para que se d el enlace. Los enlaces de hidrgeno se for-
man como sigue: posicin 1 de la purina con posicin 1 de
la pirimidina; posicin 6 de la purina con posicin 6 de la
pirimidina.
Si se supone que las bases slo aparecen en la estructura
en la forma tautomrica ms plausible (esto es, con la con-
figuracin ceto en vez de la enol) se encuentra que solamen-
te pueden enlazarse unos pares de bases especficos. Estos
pares son: adenina (purina) con timina (pirimidina) y guani-
na (purina) con citosina (pirimidina).
En otras palabras, si en cualquiera de las cadenas uno de
los miembros de un par es una adenina, entonces segn es-
tas suposiciones el otro miembro debe ser una timina; lo
mismo para la guanina y la citosina. La secuencia de bases
de una sola cadena no parece que este restringida de ningu-
na manera. Sin embargo, si solo se pueden formar unos pa-
res especficos, la consecuencia es que dada la secuencia de
bases de una cadena, entonces la secuencia de la otra cadena
queda determinada automticamente.
Se ha encontrado experimentalmente
3,4
que la razn de
las cantidades de adenina y timina y la razn de guanina y
citosina, son siempre muy prximas a la unidad para el ci-
do nucleico de la desoxirribosa.
Probablemente sea imposible construir esta estructura
con el azcar ribosa en vez de la desoxirribosa, dado que el
tomo de oxgeno extra podra hacer un contacto de van der
Waals demasiado cercano.
(Contina en la pgina siguiente)

Los datos de rayos X publicados previamente
5,6
sobre el
cido nucleico de la desoxirribosa son insuficientes para
una prueba rigurosa de nuestra estructura. Hasta donde po-
demos determinar, es aproximadamente compatible con los
datos experimentales, pero debe considerarse como no de-
mostrada hasta que se haya contrastado con resultados ms
exactos. Algunos de ellos se ofrecen en las comunicaciones
siguientes. No ramos conscientes de los detalles de los re-
sultados presentados en ellas cuando ideamos nuestra es-
tructura, la cual esta basada fundamentalmente, aunque no
por completo, en datos experimentales publicados y argu-
mentos estereoqumicos.
No ha escapado a nuestra atencin que el emparejamien-
to especfico que hemos postulado sugiere inmediatamente
un posible mecanismo de copia para el material gentico.
Los detalles completos de la estructura, incluyendo las
condiciones que se han supuesto en su construccin, as
como con un conjunto de coordenadas de los tomos, se pu-
blicarn en otro lugar.
Estarnos muy agradecidos al Dr. Jerry Donohue por sus
consejos y crticas constantes, especialmente sobre distan-
cias interatmicas. Tambin hemos sido estimulados por un
conocimiento general de la naturaleza de los resultados ex-
perimentales no publicados y de las ideas del Dr. M. H. F.
Wilkins, de la Dra. R. E. Franklin y de sus colegas del
King's College, Londres. Uno de nosotros (J. D. W.) ha re-
cibido la ayuda de una beca de la National Foundation for
Infantile Paralysis.
./. D. Watson F.
H. C. Cria
Medical Research Council Unit for the Study ofthe Molecular
Structure of Biological Systems, Cavendish Laboratory, Cam-
bridge. 2 de Abril
1
Pauling, L. y Corey, R. B., Nature, 171,346 (1953); Proc.
U.S. Nat. Acad. Sci, 39, 84 (1953).
2
Furberg, S., Acta. Chem, Scand., 6, 634 (1952).
3
Chargaff, E., para referencias vase Zamenhof, S., Brawer-
man, G. y Chargaff, E., Biochim. et Biophys. Acta. 9, 402
(1952).
4
Wyatt, G. R., J . Gen Physiol., 36, 201 (1952)
5
Astbury, W. T., Symp. Soc. Exp. Biol. 1, Nucleic Acid 66
(Camb. Univ. Press. 1947).
6
Wilkins, M. H. F., y Randall, J . T., Biochim. et Biophys. Acta.
10, 192 (1953).
Reproducido con autorizacin de Nature, Vol. 171: 737-738,
Copyrigth 1953 Macmillan Magazines Ltd.

formacin usando dos cepas de la bacteria Streptococcus pneu-
moniae. Una cepa (S) produca colonias lisas porque las clu-
las producan una cpsula de polisacridos. Esto provocaba
una bacteriemia (infeccin bacteriana) fatal en los ratones.
Otra cepa (R), que no posea cpsula de polisacridos, produca
colonias rugosas en las placas de Petri (fig. 9.4); esta cepa no
produca efectos patolgicos en los ratones. Las bacterias de la
cepa rugosa son fagocitadas por los glbulos blancos de la san-
gre de los ratones; las bacterias de la cepa lisa virulenta sobre-
viven porque estn protegidas por su cubierta de polisacridos.
Griffith encontr que ni las clulas del tipo S muertas ni las
clulas vivas del tipo R causaban bacteriemia por s mismas en
los ratones. Sin embargo, cuando a los ratones se les inyectaba
una mezcla de clulas del tipo R vivas con clulas del tipo S
muertas, aqullos desarrollaban una bacteriemia idntica a la
causada por la inyeccin de clulas del tipo S vivas (fig. 9.5).
Por lo tanto, haba algo en las clulas S muertas que transfor-
maba las bacterias del tipo R en clulas del tipo S.
En 1944, Oswald Avery y dos de sus colaboradores, C.
MacLeod y M. McCarty, describieron la naturaleza de la subs-
tancia transformadora. Avery y sus colaboradores hicieron su
trabajo in vitro (literalmente, en vidrio), usando la morfologa
de las colonias en el medio de cultivo en vez de la bacteriemia
en el ratn como evidencia de la transformacin. Descartaron
las protenas, los hidratos de carbono y los lpidos por su proce-
Placa de Petri con colonias lisas y rugosas de Streptococcus
pneumoniae. Las colonias de la cepa R (rugosas) estn a la
izquierda y las colonias S (lisas) a la derecha en el mismo agar
3,5 aumentos.

O. T. Avery, C. M. Macleod, and M. McCarly. "Studies on the
Chemical Nature of the Substunce Inducing Transformation of
Pneumococcal Types". Reproducido del J ournal of Experimental
Medicine 79 (1944):137-158, fig. 1 por permiso de los derechos
de autor de Rockefeller University Press. Reproducido con au-
torizacin. Fotografa tomada por el Sr. Joseph B. Haulenbeek.
dimiento de extraccin, por el anlisis qumico del material
transformador y mediante la demostracin de que los nicos en-
zimas que destruan la capacidad transformadora eran enzimas
que destruan el DNA. Este estudio proporcion la primera evi-
dencia experimental de que el DNA era el material gentico: el
DNA transformaba las bacterias de tipo R en bacterias de tipo S.
Marcaje de fagos
A partir de los virus tambin se ha obtenido informacin va-
liosa sobre la naturaleza del material gentico. De particular
inters son los estudios realizados con virus bacterianos, los
bacterifagos o fagos. Como los fagos slo constan de cido
nucleico rodeado de protena, se prestan muy bien para el pro-
blema de determinar si el material gentico es la protena o el
cido nucleico.
En 1952, A. D. Hershey y M. Chase publicaron los resul-
tados de la investigacin que dio lugar al concepto de que el

DNA es el material gentico y ayud a explicar la naturaleza
del proceso de infeccin vrica. Como todos los cidos nuclei-
cos contienen fsforo mientras que las protenas no, y ya que
la mayora de la protenas contienen azufre (en los aminoci-
dos cistena y metionina) mientras que los cidos nucleicos no,
Hershey y Chase disearon un experimento con el uso de isto-
pos radiactivos del azufre y del fsforo para seguir el rastro se-
paradamente a las protenas vricas y a los cidos nucleicos
durante el proceso de infeccin. Emplearon el bacterifago lla-
mado T2 y la bacteria Escherichia coli. Los fagos fueron mar-
cados por crecimiento en bacterias cultivadas en un medio de
cultivo que contena los istopos radiactivos
35
S o
32
P. Entonces
procedieron a identificar el material inyectado en las clulas
por fagos adheridos a la pared bacteriana.
Cuando se mezclaron fagos marcados con
32
P con clulas ni
marcadas de E. coli, Hershey y Chase encontraron que la marca
de
32
P haba entrado en las clulas bacterianas y que la ge-
neracin siguiente de fagos que surgieron de las clulas
infectadas llevaban una cantidad significativa de marca de
32

P. Cuando se mezclaron fagos marcados con
35
S con clulas
de E. coli no marcadas, los investigadores encontraron que la
marca de
35
S permaneca en su mayor parte en el exterior de
las bacterias. Hershey y Chase demostraron de esta manera
que la cubierta proteica externa de un fago no entra en la
bacteria que infecta, mientras que el material interior del fago,
que consiste en DNA, entra en la clula bacteriana (fig. 9.6).
Puesto que el DNA es responsable de la produccin de los
fago nuevos durante el proceso de infeccin, el DNA y no la
proteina debe ser el material gentico.
El RNA como material gentico
En algunos virus, el material gentico es el RNA (cido ribo-
nucleico) (vase recuadro 9.2). El virus del mosaico del tabaco
(TMV) que infecta las plantas del tabaco consiste slo en RNA
(cido ribonucleico) y protena. La nica y larga molcula
RNA est empaquetada en una estructura cilndrica formada
por cerca de dos mil copias de una sola protena (fig. 9.7). No
se encuentra DNA en los viriones (partculas vricas). En
1955, H. Fraenkel-Conrat y R. Williams mostraron que un vi-
rus se puede descomponer in vitro en sus partes componentes
y reconstruir despus en forma de virus viable. Este hallazgo
condujo a los experimentos de Fraenkel-Conrat y B. Singer,
que reconstruyeron TMV con componentes procedentes de ce-
pas diferentes (fig. 9.7). Por ejemplo, combinaron el RNA del
TMV comn con la protena de la cepa enmascarada (M) del
TMV. Tambin hicieron la combinacin recproca de protena
del tipo comn y RNA de tipo M. En ambos casos el TMV
producido durante el proceso de infeccin fue el del tipo aso-
ciado al RNA, no a la protena. As se demostr que era el ci-
do nucleico (RNA en este caso) el material gentico. Esto se
confirm en experimentos subsiguientes en los que se restre-
garon hojas de la planta con RNA puro de TMV. El resultado
fue una infeccin normal con una nueva generacin de virus
tpicos cubiertos de protena.
QUMICA DE LOS CIDOS NUCLEICOS
Una vez identificado el DNA (o el RNA) como material gen-
tico, necesitamos examinar la estructura qumica de estas
molculas. Su estructura nos proporcionar una buena infor-
macin de cmo funciona.
Los cidos nucleicos estn formados por la unin de nu-
cletidos de una manera repetitiva en largos polmeros a
modo de cadenas. Los nucletidos estn constituidos por tres
componentes: fosfato, azcar y una base nitrogenada (tabla
9.1 fig 9.8). Una vez incorporado en un cido nucleico, un
ncleo-


RECUADRO 9.2
PRIONES: EL EQUIVALENTE BIOLGICO
DEL HIELO NUEVE
El material gentico es, sin excepcin, DNA o bien RNA,
es RNA slo en unos pocos virus. Dado que prcticamente
todas las enfermedades contagiosas son de origen bacteria-
no o vrico, esto significa que todas las enfermedades infec-
ciosas tambin estn causadas por organismos con DNA o
RNA como material gentico. Sin embargo, hay una situa-
cin muy interesante en la que una enfermedad infecciosa
parece ser causada por un agente sin material gentico. Tres
enfermedades nerviosas de los seres humanos y cuatro de
los animales son causadas, segn se cree, por protenas sin
DNA o RNA. Las enfermedades humanas son el kuru, la en-
fermedad de Creutzfeldt-Jakob y la enfermedad de Gerst-
mann-Strussler-Scheinker. Las enfermedades de animales
son el prurigo lumbar (ovejas y cabras), la encefalopata es-
pongiforme bovina, la encefalopata contagiosa del visn y
la diarrea crnica (ciervo y alce). Todas estas enfermedades
son extremadamente lentas en su desarrollo, todas son fata-
les y se cree que todas estn causadas por la ingestin de una
protena de un individuo infectado; no hay curacin y se
desconoce el mecanismo de accin.
Las enfermedades parecen ser causadas por una protena
similar a la producida normalmente en el cerebro de los in-
dividuos sanos. El trmino prion (abreviacin de partcula
infecciosa proteica) ha sido dado a estos agentes por Stanley
Prusiner de la Universidad de California en San Francisco.
Junto con sus colegas aisl la protena prion (PrP) y ms re-
cientemente localiz el gen que codifica la protena. Ade-
ms de la forma infecciosa, hay una forma familiar de estas
enfermedades (heredada) resultante de la mutacin del gen
que codifica la protena prion activa en individuos normales
(probablemente al menos en todos los mamferos).
Aunque no hay curacin para estas enfermedades, por lo
menos el kuru parece que casi se haya erradicado. Se encon-
tr solamente entre los habitantes de una parte de Nueva
Guinea que practicaban el canibalismo. En cuanto abando-
naron esta prctica, se detuvo la expansin de esta enferme-
dad; el kuru no parece generarse de un modo importante por
mutacin en los habitantes del rea. Mediante el control de
las prcticas alimentarias se cree que la encefalopata es-
pongiforme bovina tambin desaparecer. En el pasado se
alimentaba a las terneras con suplementos protenicos he-
chos con animales infectados.
La pregunta obvia que se plantea es: cmo puede una
protena que parece que no contiene material gentico dar
lugar a una enfermedad infecciosa cuando se ingiere? Des-
afortunadamente, por el momento no hay respuesta. Sin em-
bargo, Prusiner ha sugerido diversos mecanismos mediante
los que una protena infecciosa puede inducir que se vuel-
van infecciosas las copias de una protena normal. Uno de
estos mecanismos implica una cascada en la que una PrP in-
fecciosa se une a una PrP normal dando lugar a dos PrP
infecciosas. Segn esto, una produce dos, dos producen
cuatro, cuatro producen ocho y as sucesivamente. Como
Nancy Touchetle advirti, en un escrito en The Journal of
NIH Research, esta es la manera en que Kurt Vonnegut des-
cribi el comportamiento del mtico hielo nueve en su libro
de 1963, La cuna del gato. Tal como puede recordar quien
haya ledo este libro, una sola semilla provoc que toda el
agua de la tierra, por una reaccin en cadena como la des-
crita, se convirtiera en un nuevo tipo de hielo. No es que ha-
yamos recurrido a la ciencia ficcin para que explique el
misterio del funcionamiento de los priones; sin embargo,
parece razonable suponer que la comprensin del mecanis-
mo de funcionamiento del prion nos proporcionar una no-
vedad biolgica.

el fosfato de un nucletido y el grupo hidroxilo (OH) del car-
bono 3' de una molcula adyacente. Mediante estos enlaces
fosfodister pueden polimerizarse cadenas de nucletidos
muy largas (fig. 9.11).
Estructura biolgicamente activa
Aunque se conoca la identidad de los nucletidos polimeriza-
dos para formar una cadena de DNA o de RNA, la estructura
real de estos cidos nucleicos que funcionaban como material
gentico permaneci desconocida hasta 1953. La impresin
general era que la estructura biolgicamente activa del DNA
era ms compleja que una simple sucesin de nucletidos uni-
dos mediante enlaces fosfodister y que estaban implicadas
varias cadenas interaccionantes. En 1953, Linus Pauling, un
premio Nobel que descubri la estructura -hlice de las pro-
tenas, estaba investigando una estructura de tres cadenas para
el material gentico, mientras que Watson y Crick decidieron
que una estructura con dos cadenas era ms consistente con las
RECUADRO 9.3
POR QU FOSFATOS?
En el DNA los nucletidos estn conectados mediante fos-
fatos. Recientemente (1987, Science 235:1173-78), F. H.
Westheimer formul la pregunta: "Por qu la Naturaleza
eligi los fosfatos?" La respuesta parece bastante simple. La
molcula de fosfato tiene varias propiedades que la hacen
ideal para unir subunidades en polmeros en el mundo bio-
qumico (fig. 9.8, arriba). En primer lugar, el grupo fosfato
puede formar enlaces y puede por tanto conectar dos com-
puestos (fig, 9.11). Los enlaces que se han formado a partir
de los fosfatos (enlaces fosfodster) tienen la propiedad
adicional de ser estables, aunque se pueden romper fcil-
mente por hidrlisis enzimtica. En otras palabras, los enla-
ces son estables, pero los residuos de nucletidos pueden ser
eliminados para conservarlos durante, por ejemplo, diver-
sos procesos de replicacin y reparacin que comentaremos
ms tarde. Cuando se separa un nucletido, no es destruido
durante el proceso.
Una vez que se ha formado el enlace fosfodister, un
tomo de oxgeno del grupo fosfato todava est ionizado
negativamente. Esta propiedad es extremadamente impor-
tante porque hace que sea menos probable el hecho de que el
enlace fosfodister se rompa espontneamente (una carga
negativa protege frente a un ataque nucleoflico) y la ioni-
zacin negativa mantiene a los nucletidos y al DNA dentro
de membranas, especficamente la membrana nuclear de los
eucariotas y la membrana celular de los procariotas. Como
los compuestos cargados negativamente son muy insolubles
en lpidos, los fosfatos se mantienen dentro de membranas
por su ionizacin. Westheimer concluye: "Todas estas con-
diciones las cumple el cido fosfrico y no hay ninguna al-
ternativa obvia".


cies (tabla 9.3). Encontr que aunque la cantidad relativa de
un nucletido dado difiere entre las especies, la cantidad de
adenina era siempre igual a la de timina y la cantidad de gua-
nina siempre igual a la de citosina. Esto es, en el DNA de to-
dos los organismos estudiados, hay una correspondencia de
1:1 entre las bases pricas y pirimidnicas. Esto se conoce
como regla de Chargaff. Las observaciones de Chargaff re-
futaron la hiptesis del tetranucletido; las cuatro bases del

DNA no estaban en una relacin de 1:1:1:1. Sus resultados
fueron extremadamente importantes para Watson y Crick en
el desarrollo de su modelo.
El modelo de Watson-Crck
Con la informacin disponible, Watson y Crick empezaron a
construir modelos moleculares. Encontraron que una estructura
posible era una en la que dos hlices se enroscaran entre s
(una doble hlice) con los esqueletos de azcar-fosfato hacia
afuera y las bases en el interior. Esta estructura encajara con
las dimensiones establecidas para el DNA mediante cristalo-
grafa de rayos X si cada una de las bases de las dos cadenas
estuviera enfrentada con otra formando los peldaos de una
escalera de caracol (fig. 9.13). El dimetro de la hlice slo se
podra mantener constante (cerca de 20 , unidades angstrom)
si hubiera una base prica y otra pirimidnica en cada peldao.






Dos purinas por peldao sera demasiado grande y
dos pirimidinas sera demasiado pequeo.
Despus de experimentos adicionales con modelos
de las bases, Watson y Crick encontraron que los
enlaces de hidrgeno necesarios para formar los
peldaos de su escalera helicoidal podran darse
fcilmente entre ciertos pares de bases, los pares
que Chargaff encontr en frecuencias iguales. (Los
enlaces de hidrgeno son enlaces muy dbiles que
implican la comparticin de un hidrgeno entre dos
tomos electronegativos, tales como O y N).
Enlaces de hidrgeno termodinmicamente
estables se forman entre timina y adenina, y entre
citosina y guanina (fig. 9.14). La relacin se
denomina complementariedad. Hay dos puentes
de hidrgeno entre adenina y timina (A=T) y tres
entre citosina y guanina (CG).
Otro punto acerca de la estructura del DNA est
relacionado con el hecho de que cada cadena
presenta polaridad. Esto es, un extremo de una
cadena del DNA tendr un fosfato 5' y el otro
extremo tendr un grupo hidroxilo 3'. Watson y
Crick encontraron que slo se podan formar
enlaces de hidrgeno si la polaridad de las dos
cadenas iba en direcciones opuestas; esto es, si las
dos cadenas eran antiparalelas (fig. 9.15).
Desnaturalizacin del DNA
Los estudios de desnaturalizacin indicaron
que los enlaces de hidrgeno en el DNA se dan
de la manera sugerida por Watson y Crick. Los
enlaces de hidrgeno, a pesar de ser dbiles
individualmente, confieren estabilidad
estructural a una molcula que tenga un gran
nmero de ellos. Sin embargo, los en las de
hidrgeno se pueden romper y las cadenas del
DNA separarse, mediante calentamiento de la
molcula de DNA. Se alcanza un punto en el
cual la agitacin trmica supera a los enlaces de
hidrgeno y la molcula se desnaturaliza (se
"funde"). Es lgico que cuantos ms enlaces de
hidrgeno contengan un DNA, mayor ser la
temperatura necesaria parada naturalizarlo. En
consecuencia, como un par de bases G-C
(guanina-citosina) tiene tres enlaces de
hidrgeno mientras que un par de bases A-T
(adenina-timina) slo tiene dos, cuanto mayor sea
el contenido de G-C de una molcula dada de
DNA, mayor ser la temperatura requerida para
desnaturalizar este DNA. Se ha encontrado que
esta relacin existe realmente (fig. 9.16).
Requisitos del material gentico
Volvamos brevemente a los requisitos que hemos
dicho que debe cumplir un material gentico: (1)
regulacin de la sntesis de protenas, (2)
autorreplicacin y (3) localizacin en el ncleo
(en los organismos con ncleo). Cumple el
DNA (O en su ausencia el RNA) estos
requisitos?

Regulacin de los enzimas
En los prximos captulos examinaremos los
detalles de la tesis de protenas. En este momento
slo es necesario observa

que el DNA posee la complejidad necesaria para
dirigir la sntesis de protenas. A pesar de que en
la hlice doble la complementariedad restringe la
base que se opone a otra, no hay restriccin
en la secuencia de bases de una cadena dada.
Ms tarde demostraremos que una secuencia de
tres bases en el DNA especifica un aminocido
determinado durante la sntesis de protenas. El
cdigo gentico determina la relacin entre las
bases del DNA y los aminocidos de las
protenas.
Replicacin
En su artculo de 1953, Watson y Crick
sugirieron cmo podra replicarse el DNA. Su
observacin parta de la propiedad de
complementariedad. Como la secuencia de bases
en una cadena complementaria a la secuencia de
bases de la cadena opuesta, cada cadena podra
actuar como molde para una nueva hlice doble.
Esto podra darse si simplemente se abriera la
cremallera" de la molcula, dejando que cada
cadena especificara por complementariedad la
secuencia de bases en una cadena nueva (fig. 9.17).
La mutabilidad podra ser debida al mal
emparejamiento o a otros errores durante la
replicacin.
Localizacin
El requisito de la localizacin es que el DNA debe
residir en e1 ncleo de los eucariotas, donde los genes
estn en cromosomas, o en los cromosomas de
procariotas y virus. Tanto en procariotas como en
eucariotas la mayor parte del DNA de la clula est
en los cromosomas. Y todos los virus contienen
DNA o RNA. Por lo tanto, el DNA satisface
potencialmente todos los requisitos para ser el
material gentico. El RNA puede cumplir con los
mismos requisitos en los virus de RNA y en los
viroides.
Formas alternativas del DNA
La forma del DNA que hemos descrito hasta ahora
se denomina DNA B. Es una hlice dextrgira:
gira en el sentido de las agujas del reloj cuando su
eje se recorre en direccin descendente. Las bases
estn apiladas casi perpendicularmente al eje
principal con cerca de diez pares de bases por
vuelta (34 ; vase fig. 9.13). Sin embargo, el
DNA puede adoptar otras formas. Si el contenido
en agua aumenta hasta cerca del 75%, se da la
forma A del DNA (DNA A). En esta forma las
bases estn inclinadas con respecto al eje y hay
ms pares de bases por vuelta. Sin embargo, stas
y otras formas conocidas del DNA son variaciones
relativamente menores de la forma dextrgira B.
En 1979, Alexander Rich y sus colaboradores
del MIT descubrieron una hlice levgira que
llamaron DNA Z porque su esqueleto formaba una
estructura en zigzag (fig. 9.18). El DNA Z se
encontr por anlisis cristalogrfico de rayos X de
molculas de DNA muy pequeas compuestas por
secuencias repetidas G-C en una cadena y las
consecuencias complementarias C-G en la otra
(alternancia de purinas y pirimidinas). El DNA Z
se parece a un DNA B en el cual cada base ha
girado
180 grados, resultando una estructura en zigzag levgira
(fig. 9.19). (Nos referimos a la configuracin original de
las bases como configuracin anti; la configuracin
girada se denomina configuracin sin).
Originalmente se pens que el DNA Z era una
estructura que podra no tener inters para los bilogos
porque requiere concentraciones de sal muy altas para
mantenerse estable. Sin embargo, se ha encontrado
recientemente que el DNA Z puede estabilizarse en
condiciones fisiolgicas normales si se aaden grupos
metilos a las citosinas. El DNA Z puede estar implicado
en la regulacin de la expresin gnica en eucariotas.
Volveremos sobre este problema en el captulo 15.
REPLICACIN DEL DNA

En su artculo de 1953, Watson y Crick sugirieron
que la replicacin de la hlice doble podra tener lugar
por desenrollamiento del DNA, con lo que cada cadena
podra formar una nueva hlice doble al actuar como
molde para la sntesis de una nueva cadena (vase fig.
9.17). Por ejemplo, cuando una

hlice doble es desenrollada en un par de bases
adenina-timina (A-T), una de las cadenas
separadas debe llevar A y la otro debe llevar T.
Durante la replicacin, la A en el DNA molde
deber emparejarse con T en la cadena de DNA
recin replicada, dando lugar a un par de bases A-
T. La T en la otra cada molde deber emparejarse
con A en la otra cadena recin implicada, dando
lugar a otro par de bases A-T. As, un par de bases
A-T en una hlice doble dar lugar a dos pares
den bases A-T en dos hlices dobles. Este
proceso debe repetirse en cada par de bases de la
hlice doble de una molcula de DNA. Este
mecanismo se llama replicacin
semiconservativa porque, si bien no se conserva
la hlice doble en la replican s lo hace cada una de
las dos cadenas. Cada molcula de DNA hija tiene
una cadena molde intacta y una cadena recin
replicada intacta. sta no es la nica manera en que
podra darse replicacin. Dos formas de
replicacin alternativas son la conservativa y la
dispersiva. En la replicacin conservativa, en la
cual la hlice doble original completa acta como
molde de una nueva, una molcula hija consistira
en el DNA paterno original y la otra molcula hija
debera ser DNA totalmente nuevo En la
replicacin dispersiva, algunas partes de la hlice
doble original se conservan y otras no. Las
molculas hijas consistiran en parte de molde y en
parte de DNA recin sintetizado. En realidad, la
categora dispersiva es una categora "cajn de
sastre" que lo abarca todo, incluyendo cualquier
otra posibilidad adems de la replicacin
conservativa y la semiconservativa.

RECUADRO 9.4
DNA DE CADENA TRIPLE
En condiciones naturales, el RNA de cadena sencilla y
el DNA de cadena doble son la norma. Sin embargo, se
ha encontrado que en condiciones de laboratorio es
posible conseguir que una tercera cadena de DNA se
intercale en el surco mayor de una hlice doble de DNA
normal de una manera especfica de secuencia. Esto es,
la tercera cadena de DNA no se intercalar en cualquier
lugar, sino que formar una hlice triple estable en una
secuencia especfica (Fig. 1 del recuadro). Las reglas de
unin son menos precisas que lo normal en cuanto que
no todas las secuencias son reconocidas y que el
reconocimiento puede depender de las secuencias
cercanas. Teniendo esto en cuenta, una timina en la
tercera cadena reconocer una adenina en un par de bases
adenina-timina (T-A-T) y una citosina en la tercera
cadena reconocer una guanina en un par de bases
guanina-citosina (C-G-C).
Las cadenas triples de nucletidos fueron creadas
por primera vez por tres cientficos del National
Institutes of Health en 1957, Alexander Rich, David
Davies y Gary Felsenfeld, mientras estaban produciendo
cidos nucleicos artificiales. En aquel momento el
DNA de cadena triple pareca ser solamente una
curiosidad de laboratorio. Actualmente parece ser de
inters porque puede tener utilidad tanto experimental
como clnica. (Rich tuvo aparentemente la misma
experiencia en su codescubrimiento del DNA Z, el cual
pareci primero una rareza pero actualmente es un gran
foco de atencin; vase captulo 15.) Recientemente, sin
embargo, dos grupos de investigacin, uno en California
y otro en Pars, han sido capaces de formar hlices
triples en DNA natural. Actualmente se estn
persiguiendo dos aplicaciones de esta tecnologa. Ambas
aplicaciones surgen porque una cadena sencilla de DNA
es capaz de reconocer una secuencia relativamente larga
de DNA de cadena doble en un cromosoma. Por lo tanto
es posible localizar selectivamente un secuencia gnica
especfica. Una vez que se ha localizado una determinada
secuencia en un cromosoma mediante la tercera cadena,
se pueden llevar a cabo dos cosas. Primero, debido a la
formacin del DNA triple, se puede impedir la expresin
de un gen en particular. Este hecho est siendo
investigado para combatir el SIDA (vase captulo 15).
Mediante la misma tcnica, el DNA triple puede ser
abortivo, un mtodo seguro para evitar la implantacin de
un feto a base de evitar la expresin de los genes afectados
por la hormona progesterona. El segundo uso del DNA
triple es cortar el DNA por un lugar especfico mediante la
adicin de un compuesto cortante en ambos extremos de la
tercera cadena del DNA. Una vez que se haya intercalado
la tercera cadena, el compuesto puede romper la hlice
doble original. Por ejemplo, Strobel y Dervan del
California Institute of Technology usaron un compuesto
qumico que contiene hierro unido a los dos extremos 3' y
5' de la tercera cadena del DNA. La reaccin de corte se
inicia entonces mediante la adicin de un tercer
compuesto qumico. El corte de la doble hlice original
puede ser de gran valor en la moderna tecnologa del
DNA recombinante, como la que se utiliza en el proyecto
genoma humano (vase captulo 12).
No sabemos an si el DNA de cadena triple ser o no
de gran valor en el futuro. Sin embargo, hay muchas
posibilidades de que resulte de utilidad teraputica y en el
estudio y cartografa del genoma humano.
(Contina en la pgina siguiente)

Demostracin autorradiogrfica de la
replicador) del DNA
El modo semiconservativo de replicacin fue verificado
fotogrficamente por J. Cairns en 1963 utilizando la
tcnica de la autorradiografa. Esta tcnica aprovecha
el hecho de que los tomos radiactivos impresionan
las pelculas fotogrficas. Los granos de plata visibles
en la pelcula se pueden contar para obtener una estima
de la cantidad de material radiactivo presente. Cairns
cultiv la bacteria E. coli en un medio que contena
timina radiactiva, un componente de uno de los
nucletidos del DNA. La radiactividad estaba en el
tritio (
3
H). Entonces extrajo el DNA bacteriano
cuidadosamente e hizo una autorradiografa. La figura
9.21 muestra un ejemplo. La interpretacin de esta
autorradiografa revela varios puntos. Primero, el DNA
de E. coli es circular, algo que ya se sabia en aquel
momento. Segundo, el DNA se replica manteniendo la
integridad del crculo. Esto es, el crculo no parece que
se rompa durante el proceso de la replicacin del DNA;
se forma una estructura theta intermediaria (parecida en
su forma a la letra griega theta, ). Tercero, la
replicacin del DNA parece



que tenga lugar en una o dos uniones Y que se desplazan a lo
largo del crculo, lo cual adems corrobora el modo semicon-
servativo de replicacin. El DNA se desenrolla en un punto y
la replicacin tiene lugar en la unin Y, de manera semicon-
servativa, en una o ambas direcciones (vase fig. 9.17).
La manera en que las dos uniones Y se mueven a lo largo
del crculo hasta la etapa final en la que se forman dos crculos
nuevos se esquematiza en la figura 9.22. Los pasos en s mis-
mos no apoyan un modo de replicacin unidireccional ni uno
bidireccional. Esto es, se formara una estructura theta tanto si
en la replicacin estn activas una o las dos uniones Y. Sin em-
bargo, con la autorradiografa es posible determinar si el cre-
cimiento nuevo ocurre en slo una o en ambas direcciones.
En algunos casos, la radiactividad no se aplic a la clula
hasta que la replicacin del DNA ya haba empezado. En estos
casos, la marca radiactiva apareci despus de que la estruc-
tura theta ya haba empezado a formarse. La figura 9.23
ilustra los resultados hipotticos para la replicacin tanto
unidireccional como bidireccional. Mediante el recuento
de los granos de plata en las autorradiografas, Cairns
encontr que el crecimiento era bidireccional. Este
hallazgo fue verificado posteriormente mediante anlisis
tanto genticos como autora grficos.
En eucariotas las molculas de DNA (cromoso-
mas) ms largas que en procariotas y no son circulares;
hay mltiples lugares de iniciacin de la replicacin.
As, cada cromosoma eucaritico est compuesto por
muchas unidades replicacin, o replicones (segmentos
de DNA con un solo origen de replicacin). En
comparacin, el cromosoma de est compuesto por un
solo replicn. En los eucariota unidades de replicacin
forman "burbujas" (u "ojos") en el DNA durante la
replicacin (fig. 9.24).



cin de la secuencia de nucletdos de muchas de estas regio-
nes clave en el DNA y en el RNA.
En E. coli slo hay tres enzimas conocidos que puedan po-
limenzar nucletidos en una cadena de DNA en crecimiento.
Estos enzimas son las DNA polimerasas I, II y III. La DNA
polimerasa I, descubierta por Arthur Kornberg, que posterior-
mente fue galardonado con el premio Nobel por este trabajo,
se utiliza principalmente en el relleno de pequeos segmentos
de DNA durante los procesos de reparacin y de replicacin.
Por el momento, el papel exacto de la DNA polimeras II
no est completamente claro, aunque se sabe que puede
servir como una polimerasa de reparacin alternativa si
la DNA polimerasa I ha resultado daada por una
mutacin. La DNA polimerasa III es la principal
polimerasa activa duna replicacin normal del DNA.
En el modelo ms simple de la replicacin del DNA
nucletidos nuevos se aadiran, de acuerdo con las
reglas de complementariedad, simultneamente a
ambas cadenas del

DNA recin sintetizado en la horquilla de replicacin confor-
me el DNA se va abriendo. Pero hay un problema debido a la
naturaleza antiparalela del DNA: las dos cadenas de un DNA
de hlice doble discurren en direcciones opuestas. Recorrien-
do la hlice doble, por ejemplo, una cadena ser la 5' > 3',
mientras que la otra ser la cadena 3' > 5'. Estas direcciones
se refieren a la numeracin a travs de los azcares cuando se
sigue una direccin especfica. En la figura 9.25, si se va desde
el pie de la figura hacia arriba, la cadena de la izquierda es
3' 5' y la de la derecha es 5' 3'. Como la replicacin
del DNA implica la formacin de dos hlices dobles antipara-
lelas nuevas con las dos cadenas sencillas como molde, una de
las cadenas nuevas debera sintetizarse en direccin 5' 3' y
la otra en direccin 3' 5'.
Sin embargo, todas las polimerasas conocidas aaden nu-
cletidos solamente en direccin 5' 3'. Esto es, la polime-
rasa catalizar un enlace entre el primer grupo 5' -PO
4
de un
nuevo nucletido y el carbono 3'-OH del ltimo nucletido de
la cadena recin sintetizada (fig. 9.25). Las polimerasas no
pueden crear el mismo enlace entre el fosfato 5' de un nucle-
tido que ya est en el DNA y el extremo 3' de un nucletido
nuevo. Por lo tanto, el modelo simple necesita alguna revisin,
a menos que exista un enzima todava no descubierto que pue-
da sintetizar DNA aadiendo nucletidos al extremo 5 '-PO
4
.
Como la mayora de los bilogos moleculares creen que no se
podr encontrar una polimerasa con esta especificidad, la con-
clusin es que necesitamos un modelo mejor de la replicacin
del DNA.
Replicacin continua y discontinua del DNA
La evidencia autorradiogrfica nos lleva a creer que la replica-
cin se da simultneamente en ambas cadenas. La replicacin
continua es posible, naturalmente, en la cadena molde
3' 5', que empieza con el cebador 3'-OH necesario. (El
cebador es un DNA de cadena doble, o bien como veremos un
hbrido DNA-RNA, que contina como DNA de cadena sen-
cilla molde. La cadena que se est sintetizando tiene un 3'-OH
disponible; vase fig. 9.25). En la cadena complementaria tie-
ne lugar una forma de replicacin discontinua, mediante la
cual se van replicando pequeos segmentos desde la unin Y
hacia atrs (fig. 9.26). Estos segmentos cortos, llamados frag-
mentos de Okazaki en honor de R. Okazaki que fue quien los
descubri, tienen por trmino medio 1500 nucletidos en
procariotas y 150 en eucariotas. La cadena sintetizada conti-
nuamente se denomina cadena adelantada y la cadena sinte-
tizada discontinuamente se llama cadena retrasada.
Una vez que ha comenzado, la replicacin continua del
DNA puede proseguir indefinidamente. En el molde de la ca-
dena adelantada la DNA polimerasa III tiene lo que se llama
una gran procesividad: en cuanto se une, no abandona el mol-
de hasta que se ha replicado la cadena completa. La replica-
cin discontinua, sin embargo, requiere la repeticin de cuatro
pasos: sntesis del cebador, elongacin, eliminacin del ceba-
dor con relleno del hueco y ligacin.
Sntesis del cebador y elongacin
Con el fin de sintetizar cada fragmento de Okazaki, se debe ge-
nerar de novo (del latn, de nuevo) un cebador. Ninguna de las
DNA polimerasas puede hacerlo. El cebador es sintetizado por
uno de los dos enzimas siguientes: la RNA polimerasa, el en-
zima de la transcripcin (vase captulo 10) o, ms frecuente-
mente, la primasa, una RNA polimerasa cifrada por el gen
dnaG. El cebador tiene de dos a sesenta nucletidos, segn la
especie, y se encuentra al inicio del fragmento de Okazaki (fig.


9.27). El resultado es un cebador corto de RNA que proporcio-
na el grupo 3'-OH libre que la DNA polimerasa III necesita
para sintetizar el fragmento de Okazaki, La DNA polimerasa
III contina hasta que alcanza el RNA cebador del fragmento
de Okazaki sintetizado previamente. En este punto se para y
abandona el DNA (fig. 9.27).
Las tres polimerasas procariticas no slo pueden aadir
nucletidos nuevos a una cadena en crecimiento en el sentido
5' 3' sino que tambin pueden quitar nucletidos en el sen-
tido opuesto 3' > 5'. Nos referimos a esta propiedad como
actividad exonuclesica 3'> 5'. Los enzimas que pueden de-
gradar los cidos nucleicos se clasifican como exonudeasas si
eliminan nucletidos a partir de un extremo de una cadena de
nucletidos o como endonucleasas si pueden romper el esque-
leto azcar-fosfato en medio de una cadena de nucletidos. A
primera vista, la actividad exonuclesica parece una propiedad
extremadamente curiosa para tenerla una polimerasa I
menos que tengamos en cuenta su capacidad de corr
complementariedad de las bases). Si la complementa
es la adecuada, es decir, si se ha insertado un ncleo
rrecto, la polimerasa puede quitar el nucletido incor
ner el adecuado y continuar su camino. Esto se con
actividad de correccin de pruebas de la DNA pe
Adems, los cebadores de RNA de los fragmentos d
pueden eliminarse merced a la actividad exonucles:
Eliminacin del cebador y rellenado del huet
La DNA polimerasa I es una polimerasa cuando aai
tidos de uno en uno y una exonucleasa cuando quit
dos de uno en uno. Para completar un fragmento d
la DNA polimerasa I usa sus dos capacidades. (Lo;
de la DNA polimerasa I no pueden conectar correcti



fragmentos de Okazaki.) La DNA polimerasa I completa el I
fragmento de Okazaki mediante la eliminacin del RNA ceba-
dor anterior y su substitucin con nucletidos de DNA (fig.
9.28). Cuando la DNA polimerasa I ha completado sus activi-
dades nuclesica y polimersica, los dos fragmentos de Oka-
zaki previos ya estn casi completos. Lo nico que queda por
hacer es un solo enlace fosfodister.
Ligacin
La DNA polimerasa no puede hacer el enlace final para unir
los fragmentos de Okazaki al DNA sintetizado previamente.
En la figura 9.29 se muestra la configuracin que debe rema-
tarse. Un enzima, la DNA ligasa, completa la tarea haciendo
el enlace fosfodister final en una reaccin que consume ener-
ga.


Una cuestin de inters evolutivo es por qu se emplea
RNA para el cebado de la sntesis del DNA. Por qu no se
emplea DNA directamente y se evita la actividad exonuclesi-
ca y de resntesis que se muestran en la figura 9.28? Una posi-
ble respuesta es que como el cebado es inherentemente ms
proclive al error que la sntesis normal del DNA, es mejor para
la clula tener que eliminar los nucletidos cebadores y reem-
plazarlos por DNA sintetizado de una manera que tiende me-
nos al error antes de completar la sntesis del DNA. Si los
nucletidos cebadores son RNA, entonces la DNA polimerasa
I puede reconocerlos y eliminarlos en el paso final de la snte-
sis del fragmento de Okazaki, momento en que los reemplaza
con nucletidos de DNA insertados con una menor probabili-
dad de error (fig. 9.28).
Otra cuestin de inters evolutivo es por qu la sntesis del
DNA no puede tener lugar en direccin 3' 5'. Quizs la
respuesta tenga que ver con la correccin de pruebas y la eli-
minacin de nucletidos incorrectos. Cuando un nucletido
incorrecto es encontrado y eliminado, el nucletido que vaya
a colocarse a continuacin, en sentido 5' 3', tendr un
extremo trifosfato disponible para proporcionar la energa
para su propia incorporacin (fig. 9.25). Consideremos lo que
po-

guiente nucletido que vaya a incorporarse. La polimerizacin
continuada requerira por lo tanto de pasos enzimticos adicio-
nales a fin de proporcionar la energa para que el proceso con-
tine. Esto podra hacer el proceso considerablemente ms
lento. Tal como es, el proceso trabaja a una velocidad de
aproximadamente cuatrocientos nucletidos incorporados por
segundo con una tasa de error de aproximadamente un empa-
rejamiento incorrecto por cada cien mil bases, mejorado por la
correccin de pruebas hasta una tasa de slo un error cada diez
millones. (Otros sistemas de reparacin pueden mejorar esta
tasa de error otro millar de veces, hasta cerca de un error cada
10
10
veces que es replicada una base; vase captulo 16.)
El origen de replicacin del DNA
Cada replicn (p. ej., el cromosoma de E. coli o un segmento
de un cromosoma eucaritico) debe tener una regin en la que
se inicie la replicacin del DNA. En E. coli esta regin es co-
nocida como el locus gentico oriC. Para que empiece la repli-
cacin deben darse varios pasos. Primero, el lugar especfico
de origen debe ser reconocido por las protenas apropiadas.
Entonces el sitio debe ser abierto y estabilizado. Finalmente,
debe iniciarse una horquilla de replicacin en ambos sentidos,
que implica la replicacin continua y discontinua del DNA. A
pesar de que se conocen muchas de las protenas implicadas,
no se conocen todos los pasos a nivel enzimtico; de aqu que
nuestra comprensin sea un poco incompleta. Sigue una des-
cripcin de la que se conocen la mayora de los pasos.
OriC, el origen de replicacin de E. coli, tiene una longi-
tud de cerca de 245 pares de bases y es reconocido por prote-
nas llamadas protenas iniciadoras que abren la hlice
doble. Las protenas iniciadoras participan despus en la
unin de primosomas, un complejo de dos protenas: una
primasa, que crea los cebadores de RNA, y una DNA
helicasa, que desenrolla el DNA en la unin Y (fig. 9.30). A
medida que los primosomas se desplazan a lo largo del
DNA, crean cebadores de RNA que la DNA polimerasa III
utiliza para iniciar los fragmentos de Okazaki. En cierto
momento, empieza la sntesis de la cadena adelantada y
entonces la actividad de la unin Y procede como se ha
indicado anteriormente (figs. 9.27, 9.28 y 9.29).
En algunos fagos y plsmidos, la iniciacin de la replica-
cin no se lleva a cabo con un cebador de RNA sino con una
protena. Esta protena proporciona la configuracin cebadora
con el grupo OH de un aminocido (vase captulo 11). No se
ha establecido bien el principio general de este cebado. Otra
interaccin proteica interesante en el origen de replicacin im-
plica lo contrario a la iniciacin de la sntesis de DNA, es de-
cir, la inhibicin de la iniciacin de la sntesis del DNA. Esto
se consigue mediante una protena descubierta recientemente
llamada desconectora. Esto es, esta protena se une al DNA en
oriC y aparentemente evita que comience la replicacin del
DNA. Esto lo consigue mediante su actividad de unin que
impide que las protenas iniciadoras abran el DNA. Por lo tan-
to esta protena puede ser un componente muy importante en el
control del ciclo celular al detenerlo desde el comienzo.
Presumiblemente, cuando llega el momento adecuado para
que empiece el ciclo celular, esta protena es eliminada.
Procesos en la unin Y
Tenemos ahora una imagen de la replicacin del DNA en la
que un primosoma se mueve a lo largo del molde de la cadena
retrasada, abriendo el DNA (actividad helicasa) y creando ce-
badores de RNA (actividad primasa). Una DNA polimerasa III
se desplaza a lo largo del molde de la cadena adelantada gene-
rando la cadena adelantada mediante replicacin continua del
DNA mientras que una segunda DNA polimerasa III se des-
plaza hacia atrs desde la unin Y, creando fragmentos de
Okazaki. Las protenas de unin a cadena sencilla (protenas
ssb) mantienen estabilizada la cadena sencilla de DNA (abier-
ta) durante este proceso y la DNA polimerasa I y la ligasa van
conectando los fragmentos de Okazaki (fig. 9.31).
Esta imagen simple se complica ligeramente por el hecho
de que, al parecer, una sola DNA polimerasa hace la cadena re-
trasada completa en vez de desprenderse del DNA al terminar
un fragmento de Okazaki y ser reemplazada por otra nueva en



el cebador ms reciente cerca de la unin Y. Adems hay evi-
dencias de que las sntesis de las cadenas retrasada y adelanta-
da estn coordinadas. Ha surgido el modelo del replisoma, en
el que las dos copias de la DNA polimerasa III estn unidas en-
tre s y trabajan concertadamente con el primosoma en la
unin Y (fig. 9.32). De acuerdo con este modelo, un solo repli-
soma, que consta de dos copias del holoenzima de la DNA
polimerasa III (cada una constituida de hecho por siete subu-
nidades), una helicasa y una primasa, se desplaza a lo largo del
DNA. El molde de la cadena adelantada alimenta inmediata-
mente una polimerasa, mientras que el molde de la cadena re-
trasada no es usado por la polimerasa hasta que se ha colocado
un RNA cebador en la cadena, lo que significa que se ha abier-
to una cadena sencilla larga (mil quinientas bases) (fig. 9.32a).
Conforme el replisoma se va desplazando, se forma otro
segmento de cadena simple a partir del molde de la cadena re-
trasada. Ms o menos en el momento en que se completa el
fragmento de Okazaki, se ha creado un nuevo RNA cebador
(fig. 932b). El fragmento de Okazaki es liberado (fig. 9.32c)
y se inicia un nuevo fragmento de Okazaki, empezando con el
ltimo cebador (fig. 9.32d), volviendo el replisoma a la misma
configuracin que en la figura 9.32o, pero un fragmento de
Okazaki ms adelante.
Superenrollamiento
La simplicidad y la elegancia de la molcula de DNA esconde
un problema inevitable de enrollamiento. Como la molcula
de DNA est constituida por dos cadenas que se enroscan una
en la otra, ciertas operaciones, como la replicacin del DNA y
su finalizacin, tropiezan con dificultades topolgicas. Hasta
este momento, hemos visto el cromosoma circular de E. coli
en su estado "relajado" (por ej., figs. 9.21 y 9.22). Sin embar-
go, en la clula hay enzimas que provocan que el DNA quede
enrollado ms de la cuenta (superenrollado positivamente) o
menos enrollado que lo normal (superenrollado negativamente).
El superenrollamiento positivo proviene de demasiadas
vueltas de DNA en una longitud dada o de que la molcula se
enrosque en s misma (fig, 9.33).
El superenrollamiento positivo aparece al hacer que la h-
lice doble circular se enrolle sobre s misma en la misma direc-
cin en que gira la hlice (hacia la derecha), mientras que el
superenrollamiento negativo se obtiene haciendo que la doble
hlice se enrolle alrededor de s misma en direccin opuesta al
giro de la hlice (hacia la izquierda). El primer estado aumenta el
nmero de vueltas de una hlice alrededor de la otra (el
nmero de enlace, L), mientras que el ltimo lo disminuye.
Las tres formas del DNA de la figura 9.33 tienen todas la
misma



secuencia aunque difieren en su nmero de enlace. Nos
referimos a ellas como a ismeros topolgicos
(topoismeros). Los enzimas que provocan o alivian
estos estados se denominan topoisomerasas.
Las topoisomerasas afectan el
superenrollamiento mediante uno de los dos
procedimientos posibles. Las topoisomerasas del tipo I
rompen una cadena de la hlice doble y, mientras aguan-
tan los extremos rotos, pasan la otra cadena a travs de
la rotura. A continuacin la rotura es sellada (fig.
9.34). Las

FIGURA 9.34 - La topoisomerasa I puede reducir el enrollamiento del DNA mediante el paso de
una cadena de la hlice doble a travs de la otra.
topoisomerasas del tipo II (p.ej., la DNA girasa en E. coli) ha-
cen algo parecido pero, en vez de romper una cadena de la h-
lice doble, rompen las dos y pasan otra hlice doble a travs de
la rotura temporal.
Conforme la replicacin del DNA avanza, se produce su-
perenrollamiento positivo por delante de la unin Y. Este
superenrrollamiento es eliminado por la accin de topoisome-
rasas que o bien crean superenrollamiento negativo por delan-
te de la unin Y en preparacin para la replicacin o bien


relajan el supereiirollamienlo positivo despus de que se haya
generado. Los componentes principales de la replicacin del
DNA de E. coli se resumen en la tabla 9.4.
Terminacin de la replicacin
La terminacin de la replicacin de un cromosoma circular no
presenta problemas topolgicos importantes. La replicacin
en estructura theta (vase fig. 9.22) termina cuando las dos
uniones Y han recorrido totalmente la molcula. La cadena
adelantada en un molde cierra la cadena retrasada que empe-
z en el otro sentido y lo mismo ocurre con el otro molde. El
proceso termina cuando faltan unas veinticinco vueltas en un
punto no especfico del cromosoma (no hay un locus de "ter-
minacin"). Entonces una topoisomerasa libera los dos crcu-
los y la DNA polimerasa I y la ligasa los cierran (fig. 9.35).
Se han explorado varios mecanismos diferentes para la ter-
minacin de los cromosomas lineales de algunos virus y de to-
dos los genomas eucariticos. Las molculas lineales tienen el
problema de completar el ltimo fragmento de Okazaki. Un
RNA cebador justo en el extremo del molde 3' 5' no puede
ser reemplazado por la DNA polimerasa I (fig. 9.36), supo-
niendo incluso que se pueda colocar un ltimo cebador justo
en el extremo de la molcula. En los eucariotas un enzima, la
telomerasa, aade repeticiones de una corta secuencia de nu-
cletidos en cada extremo del cromosoma (telmero; vase ca-
ptulo 14).
ESTRUCTURAS DE REPLICACIN
El modelo de replicacin del DNA que hemos presentado aqu
proviene principalmente de evidencias recogidas de E. coli,
cuyo genoma se replica mediante la estructura intermedia en
theta (fig. 9.22). Sin embargo, se dan otros dos modos de re-
plicacin en los cromosomas circulares: el crculo rodante y el
lazo D.
Modelo del crculo rodante
En el modo de replicacin del crculo rodante se hace una
mella (una rotura en uno de los enlaces fosfodister) en una de
las cadenas del DNA circular, lo que da lugar a una replicacin
de un crculo y una cola (fig. 9.37). Esta forma de replicacin
ocurre en el cromosoma Hfr de E. coli, o plsmido F, durante
la conjugacin (vase captulo 7). La clula F
+
o Hfr retiene la
molcula hija circular mientras va pasando la cola lineal a la
clula F
-
. Este mtodo tambin lo usan varios fagos que llenan
sus cabezas (cubiertas proteicas) con DNA lineal replicado a
partir de una molcula parental circular.
En el modelo de replicacin del crculo rodante, la mella
hecha en una cadena crea un extremo 3 '-OH libre y un extre-
mo 5'-PO
4
libre (fig. 9.37). La sntesis de una cadena circular
nueva ocurre por adicin de nucletidos al extremo 3' em-
pleando la cadena complementaria intacta como molde. No se
necesita cebador porque la rotura original produce una
configuracin de cebador (3'-OH). Conforme se van
aadiendo nucletidos a un extremo de la cadena rota
de manera continua, el otro extremo se va desplazando
en forma de cola 5'-PO
4
. A medida que el molde
circular se replica, la cola 5'-PO
4
se va replicando de
manera discontinua y la hlice doble resultante puede
ser separada del crculo de hlice doble mediante una
nucleasa. La DNA ligasa cierra la cadena circular
replicada y puede unir los extremos de la cola
replicada en un crculo en clula F
-
, o se puede
empaquetar la molcula lineal en una cabeza de fago,
dependiendo de cual sea el tipo de DNA circular
replicado.
Modelo del lazo D
Los cloroplastos y las mitocondrias tienen sus propias
molculas de DNA circular (vase captulo 17) que parecen
replicarse por un mecanismo ligeramente diferente a los
descritos. El origen de replicacin est en un punto distinto
en cada una de las dos cadenas molde parentales (fig.
9.38). La replicacin empieza en una cadena, desplazando
a la otra mientras se va formando un lazo de
desplazamiento o estructura lazo D. La replicacin
contina hasta que el proceso sobrepasa el origen de
replicacin de la otra cadena. Entonces se inicia la replica-
cin en la segunda cadena, en sentido opuesto. El resultado
es que se forman dos crculos. Algunas especies tienen
cloroplastos y mitocondrias con DNA circulares en los que
se forman mltiples lazos D.
LA REPLICACIN DEL DNA EUCARITICO
Tal como hemos visto anteriormente, los cromosomas
lineales eucariticos tienen usualmente mltiples orgenes de
replicacin que dan lugar a figuras llamadas "burbujas" u
"ojos". Los orgenes de replicacin mltiples permiten a los
eucariotas replicar sus grandes cantidades de DNA en un
tiempo relativamente corto, incluso aunque la replicacin del
DNA eucaritico sea considerablemente ms lenta por la
presencia de las protenas histonas asociadas al DNA para
formar la cromatina (vase captulo 14). Por ejemplo, la
horquilla de replicacin de E. coli se mueve a cerca de
veinticinco mil pares de bases por minuto, mientras que la
unin Y eucaritica se mueve a slo cerca de dos mil pares de
bases por minuto. El nmero de replicones en los eucariotas
vara desde cerca de quinientos en la levadura hasta unos
sesenta mil en una clula diploide de mamfero.

como de la retrasada. La DNA polimerasa es la polimerasa
de reparacin principal (como la polimerasa I en procariotas).
La DNA polimerasa parece que est implicada principal-
mente en la replicacin del DNA mitocondrial.
RESUMEN
Un material gentico debe ser capaz de controlar el fenotipo de
una clula u organismo (esto es, dirigir la sntesis de prote-
nas), debe ser capaz de replicarse y debe estar localizado en los
cromosomas. Avery y sus colegas demostraron que el DNA
era el material gentico cuando determinaron que el agente
transformante era el DNA. Griffith haba descubierto original-
mente el fenmeno de la transformacin de la bacteria Strep-
tococcus en el ratn. Hersey y Chase demostraron que era el
DNA del bacterifago T2 lo que entraba en la clula bacteria-
na y Fraenkel-Conrat que en los virus sin DNA (virus de
RNA), tales como el virus del mosaico del tabaco, el RNA ac-
tuaba como material gentico. As, hacia 1953 la evidencia
apoyaba fuertemente a los cidos nucleicos (DNA o, en su au-
sencia, RNA) como el material gentico.
Chargaff observ en el DNA una relacin 1:1 de adenina
(A) con timina (T) y citosina (C) con guanina (G). Wilkins,
Franklin y sus colegas mostraron, mediante cristalografa de
rayos X, que el DNA era una hlice de dimensiones especfi-
cas. Siguiendo estas lneas de evidencia, Walson y Crick pro-
pusieron en 1953 el modelo de estructura del DNA de la hlice
dubl. En su modelo el DNA est constituido por dos cadenas,
dispuestas en sentidos opuestos con esqueletos azcar-fosfato
y las bases dispuestas hacia adentro. Las bases de las dos ca-
denas forman puentes de hidrgeno entre ellas con la nica li-
mitacin de que A slo puede emparejarse con T y G con C.
Esto explica las relaciones cuantitativas que encontr Chargaff
entre las bases. Las temperaturas de fusin del DNA tambin
apoyan esta hiptesis estructural porque los DNA con mayor
contenido en G-C tienen una temperatura de fusin, o desnatu-
ralizacin, ms elevada; los pares G-C tienen tres puentes de
hidrgeno mientras que los pares A-T slo tienen dos. El mo-
delo de DNA presentado es el de la forma B. El DNA puede
existir en otras formas, incluso en la forma Z, una hlice doble
levgira que puede ser importante en el control de la expresin
gnica en los eucariotas.
El DNA se replica mediante el desenrollamiento de la h-
lice doble, actuando cada cadena como molde para una hlice
doble nueva. Esto funciona debido a la complementariedad:
slo los pares de bases A-T, T-A, G-C, C-G forman puentes de
hidrgeno estables dadas las limitaciones estructurales del
modelo. Este modelo de replicacin se dice que es semiconser-
vativo. Meselson y Stahl demostraron que era correcto en un
experimento con nitrgeno pesado. Autorradiografas de DNA
en replicacin mostraron que la replicacin procede bidirec-
cionalmente a partir de un punto de origen.
Los cromosomas procariticos son circulares con un nico
punto de iniciacin de la replicacin. El DNA eucaritico es
lineal con mltiples puntos de iniciacin de la replicacin.
Las DNA polimerasas son enzimas que aaden nucleti-
dos slo en direccin 5' 3'. La replicacin en la cadena
molde 5' 3' procede en pequeos segmentos que avanzan
hacia atrs a partir de la unin Y. Presumiblemente, la res-
triccin 5' 3' tenga que ver con la capacidad de de las
DNA polimerasas para corregir errores en la complementa-
riedad de las bases. La polimerasa III es el enzima activo en
replicacin y la polimerasa I est implicada en la reparacin
del DNA. Otros muchos enzimas estn implicados en la for-
macin de fragmentos de Okazaki, en el desenrollamiento
del DNA y en la relajacin del superenrollamiento. Se cono-
ce muy poco sobre los sistemas eucariticos.