ISOLASI DNA BUAH DENGAN DETERJEN

A. TUJUAN
Tujuan dari praktikum ini yaitu agar mahasiswa dapat mengisolasi
DNA buah dengan menggunakan cara yang mudah.
B. TINJAUAN PUSTAKA
DNA (deoksiribonucleic acid atau asam deoksiribonukleat)
merupakan bahan genetik yang sangat penting dalam pewarisan sifat. DNA
membawa informasi genetik dari suatu organisme ke organisme
keturunannya. DNA tersusun atas susunan kimia makromolekul yang
kompleks berupa rangkaian nukleotida. Nukleotida adalah gabungan antara
gugus fosfat, gula pentosa atau dikenal dengan nama deoksiribosa dan basa
nitrogen (Abdurrahman, !!").
#kstraksi merupakan satu kaidah dasar yang harus dipenuhi dalam
studi molekuler, terutama dalam penandaan sidik jari DNA. $etyl Trimethyl
Ammonium %romide ($TA%) merupakan metode yang umum digunakan
dalam ekstraksi DNA tanaman yang banyak mengandung polisakarida dan
senyawa polifenol. Ada tiga langkah utama dalam ekstraksi DNA, yaitu
perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari bahan padat seperti
selulosa dan protein, serta pemurnian DNA (&yafaruddin, !'').
&ebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan
bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. (enom adalah set lengkap
materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi
menjadi kromosom. DNA dapat diisolasi, baik dari sel hewan, manusia,
maupun pada tumbuhan. )solasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu*
('))solasi sel+ (),isis dinding dan membran sel+ (-)#kstraksi dalam larutan+
(.)/urifikasi+ dan (0)/resipitasi. /rinsip1prinsip dalam melakukan isolasi
DNA ada , yaitu sentrifugasi dan presipitasi. /rinsip utama sentrifugasi
adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara
memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan
berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas.
Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama
mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang ber2ariasi, contohnya 0!! rpm
(rotation per minute) atau -!!! rpm (3atih, !!4).
&alah satu senyawa utama yang dipakai dalam deterjen adalah
senyawa dodesil ben5ene sulfonat dalam bentuk natrium dodesil ben5ene
sulfonat (NaD%&). &enyawa ini mempunyai kemampuan untuk
menghasilkan buih. &enyawa utama yang lainnya adalah natrium
tripolifosfat (&TT/) yang mempunyai kemampuan sebagai pembersih
kotoran. 6edua senyawa ini sulit terurai secara alamiah dalam air, sehingga
kedua senyawa ini dapat mencemari lingkungan perairan. &alah satu dampak
yang terjadi adalah timbulnya buih di permukaan perairan sehingga dapat
mengganggu pelarutan oksigen dalam air dan dapat mengurangi keindahan
(estitika). 7leh karena itu diperlukan teknik yang tepat dan efektif dalam
pengolahan limbah deterjen (&uastuti, !'!).
Detergen adalah salah satu produk komersial yang digunakan
untuk menghilangkan kotoran pada pencucian pakaian. Dalam detergen
mengandung bahan yang mempunyai sifat aktif permukaan (surfaktan).
&urfaktan ini digunakan untuk proses pembahasan dan pengikat kotoran,
sehingga sifat dari detergen dapat berbeda tergantung jenis surfaktannya .
Detergen yang dijual bebas di pasaran biasanya mengandung ! 8 .! 9
surfaktan, sedangkan sisanya adalah bahan kimia yang biasanya disebut
dengan additi2ies atau detergen builders yang berfungsi untuk meningkatkan
daya bersih detergen. %ila surfaktan berada dalam air, maka sifat dan
struktur molekul surfaktan dapat dibedakan menjadi dua macam gugus yaitu
gugus hidrofilik dan gugus hidrofobik. (ugus hidrofobik adalah suatu
hidrokarbon yang berisi " sampai '" atom karbon di dalam suatu rantai yang
sedikit bercabang atau lurus.&edangkan gugus hidrofilik merupakan gugus
yang berfungsi sebagai bahan pembasah. %ila surfaktan yang telah mengikat
5at pengotor (dirt) terkumpul , maka bagian yang bersifat non polar akan
mengikatkotoran tersebut dan akan membentuk kelompok (0! 8 '0!
molekul) yang disebut micelle. :icelle ini terbentuk sebagai akibat dari
peningkatan antara gugus hidrofobiknya berada pada bagian luar atau
permukaan micelle (&anti, !!4).
C. ALAT DAN BAHAN
1. Alat
Alat yang digunakan pada percobaan ini yaitu *
• /ipet tetes
• ,umpang dan alu
• (elas kimia
• (elas ukur
• %atang pengaduk
• $orong
• &entrifugas
• Tabung sentrifius
2. Bahan
%ahan yang digunakan pada percobaan ini yaitu *
• %awang merah
• &abun cair
• #tanol dingin
• Akuades
• 6ertas saring
D. CARA KERJA
%awang merah
1 Dikupas kulitnya
1 Digerus menggunakan lumpang dan
alu hingga halus
1 Ditambahkan larutan sabun '! ml
1 Diaduk perlahan (jangan sampai
berbusa)
1 Disaring
3iltrat %awang merah
1 Ditetesi etanol dingin hingga
terbentuk endapan berupa benang1
benang putih
1 Dimasukkan kedalam tabung
eppendorf
1 Disentrifius di dalam mesin
sentrifugas dengan kecepatan ;!!!
rpm selama 0 menit
1 Dibuang medium airnya.
1 Dilarutkan menggunakan akuades
<asil /engamatan = >?
E. HASIL PRAKTIKUM
No. Perla!an Ha"#l
'.
.
-.
..
/embuatan larutan sabun *
0 ml sabun cair @ 0 ml akuades
#ktraksi DNA *
'! gram sampel buah @ '! ml larutan
sabun, diaduk, disaring.
/resipitasi DNA *
3iltrat buah @ etanol dingin, disentrifius
;!!! rpm selama 0 menit.
#ndapan @ air secukupnya
'! ml larutan sabun
3iltrat bawang merah
Terbentk endapan putih
#kstrak DNA
$. PEMBAHASAN
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan
berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan
secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA
memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan komponen1
komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan
basa. /asangan basa pada DNA terdiri atas dua macam, yaitu basa purin dan
pirimidin. %asa purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (() yang memiliki
struktur cincin1ganda, sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin ($) dan
timin (T) yang memiliki struktur cincin1tunggal
)solasi DNA adalah suatu caraAmetode untuk memisahkan DNA
dari sel, baik dari inti, mitokondria maupun kloroplas. )solasi DNA pada
dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai macam sumber
DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan. /rinsip1prinsip
dalam melakukan isolasi DNA ada , yaitu sentrifugasi dan presipitasi.
/rinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat
jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi
yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan
akan terletak di atas.
/ada percobaan ini, akan dilakukan isolasi DNA buah dengan
menggunakan deterjen. /rinsip percobaan ini adalah untuk mengetahui
teknik isolasi DNA sampel bawang merah dengan cara yang mudah. /ada
proses isolasi DNA bawang merah, yang pertama harus dilakukan adalah
melisiskan sel atau perusakan sel bertujuan untuk mengeluarkan isi sel.
/emecahan sel dilakukan dengan penggerusan sampel bawang merah hingga
halus. /roses penggerusan dengan menggunakan lumpang dan alu agak
memakan waktu yang lama karena struktur bawang merah yang tidak mudah
di gerus hingga halus. /enggerusan menghasilkan tekstur sampel bawang
merah yang kurang halus sehingga tidak ditimbang dan langsung
ditambahkan dengan
/roses selanjutnya adalah ekstraksi DNA. %awang merah yang
telah digerus kemudian diambil semuanya karena diasumsikan bahwa berat
sampel bawang merah hasil gerusan kira1kira kurang lebih '! gram. &ampel
tersebut kemudian ditambahkan dengan '! ml larutan sabun cair.
/enggunaan larutan sabun ini bertujuan untuk merusak membran sel bawang
merah secara kimia. :embran sel pada setiap organisme akan mengalami
kerusakan oleh pengaruh senyawa1senyawa kimia. Dalam proses isolasi
DNA, sabun berfungsi menggantikan senyawa1senyawa kimia tersebut.
&abun mengandung senyawa kimia yang dapat menyebabkan hilangnya
molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membran akan rusak dan
melisiskan isi sel. ,arutan campuran tersebut kemudian diaduk. /roses
pengadukan harus dilakukan perlahan1lahan. <al ini karena sabun cair
tersebut mudah berbusa dan nantinya akan mempengaruhi DNA pada
sampel bawang merah. ,arutan sabun yang digunakan kadarnya ' * '
dengan akuades sebagai pelarutnya. 6adar sabun cair tidak boleh lebih dari
banyaknya air karena jika berlebih maka akan merusak sel dengan DNA dari
sampel bawang merah tersebut. /roses selanjutnya adalah penyaringan
dengan menggunakan kertas saring. 3iltrat hasil penyaringan diambil untuk
proses selanjutnya.
&etelah penyaringan, tahap selanjutnya adalah presipitasi DNA.
&ecara teori, prinsip presipitasi yang pertama adalah menurunkan kelarutan
asam nukleat dalam air. /rinsip yang kedua, penambahan senyawa gugus
alkohol. Alkohol dapat bercampur dengan air, namun kurang polar
dibandingkan dengan air. :olekul alkohol tidak dapat berinteraksi dengan
gugus polar dari asam nukleat sehingga alkohol adalah pelarut yang lemah
bagi asam nukleat. /rinsip ketiga yaitu penggunaan alkohol dingin akan
menurunkan akti2itas molekul air sehingga memudahkan presipitasi DNA.
/ada percobaan ini, digunakan etanol dingin. #tanol dingin ditambahkan
sedikit demi sedikit ke dalam filtrat buah hingga terbentuk endapan seperti
kristal1kristal putih. /enggunaan etanol akan menarik asam nukleat dan
membentuk endapan. #tanol yang digunakan harus dalam keadaan dingin.
<al ini bertujuan untuk menyempurnakan proses presipitasi DNA.
3iltrat buah yang telah ditambahkan dengan etanol dingin
kemudian disentrifius menggunakan sentrifugas. 3iltrat tersebut disimpan
dalam suatu tabung yang disebut tagung sentrifius dan disimpan di dalam
sentrifugas. 3iltrat disentrifius dengan kecepatan ;!!! rpm selama 0 menit.
<asil dari sentrifugasi adalah terdapatnya endapan DNA yang berada pada
dinding tabung terpisah dengan mediumnya. :edium tersebut dibuang
sedangkan endapannya kemudian dilarutkan dengan air. Dari proses
tersebut, diperoleh ekstrak DNA bawang merah. ,angkah akhirnya adalah
ekstrak DNA tersebut disimpan didalam freezer karena DNA sensitif
terhadap suhu.
:anfaat mempelajari isolasi DNA dalam bidang farmasi yaitu
diharapakan mampu menghasilkan berbagai jenis obat dengan kualitas yang
lebih baik sehingga memberikan harapan dalam upaya penyembuhan
sejumlah penyakit di masa mendatang. $ontohnya pembuatan insulin
melalui proses rekayasa genetika dimana salah satu proses pembuatannya
dengan jalan isolasi 2ektor dan DNA sumber gen.
G. KESIMPULAN
Dari percobaan yang telah dilakukan, dapat disimpulkan bahwa
isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan cara yang mudah yaitu
dengan cara penggerusan untuk merusak dinding sel dan juga dapat
dilakukan dengan menggunakan bahan kimia berupa sabun cair. DNA dapat
diisolasikan dari sumber DNA berupa bawang merah dengan penambahan
larutan sabun cair dan etanol dingin untuk membantu proses presipitasi
DNA.
DA$TAR PUSTAKA
3aatih, :ukhlissul, !!4, )solasi dan Digesti DNA 6romosom, Jurnal Penelitian
Sains dan Teknologi %ol. 1& No. ', Bni2ersitas :uhammadiyah &urakarta.
,angga ). 3., Cestu :. dan 6uswinanti T., !', 7ptimalisasi &uhu dan ,ama
)nkubasi dalam #kstraksi DNA TAnaman %itti (DiteE cofassus Ceinw)
serta Analisis 6eragaman (enetik dengan Teknik CA/D1/$C, Jurnal
Sains dan Teknologi %ol. 12 No. -, Bni2ersitas <Asanuddin.
&anti, &intha &oraya, !!4, /enurunan 6onsentrasi &urfactan pada ,imbah
Detergen dengan /roses /hotokatalitik &inar BD, Jurnal Teknik Kimia %ol.
' No. '.
&uastuti D.A., !'!, #fekti2itas /enurunan 6adar Dodesil %en5en &ulfonat
(D%&) dari ,imbah Deterjen yang Diolah dengan ,umpur Aktif, Jurnal
Kimia, Bni2ersitas Bdayana.

Related Interests