Makalah Biokimia

Asam Nukleat

DISUSUN UNTUK MEMENUHI TUGAS BIOKIMIA
Kelompok 2
Penyusun :
Mujizat Alam 230210130065
M Taufiq Hidayah 230210130056
Taufik Candra M 230210130057
Khairul Umami 230210130055
Luthfi Fauzan A 230210130058
M Albar Ghiffar 230210130060
Fahmi Ghiffari N 230210130022
Lukman Bima P 230210130075
Elsi Sri Mulyani 230210130052
Joana Viviani 230210130054
Nurul Fadliani 230210130053
Justine Ardelia 230210130077


Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Universitas Padjadjaran
2014


KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Kuasa atas segala limpahan
Rahmat, Inayah, Taufik dan Hidayahnya sehingga kami dapat menyelesaikan
penyusunan makalah ini dalam bentuk maupun isinya yang sangat sederhana.
Semoga makalah ini dapat dipergunakan sebagai salah satu acuan, petunjuk
maupun pedoman bagi pembaca dalam administrasi pendidikan dalam profesi
keguruan.

Adapun makalah biokimia tentang „Asam Nukleat‟ ini telah kami
usahakan semaksimal mungkin dan tentunya dengan bantuan berbagai pihak yang
mebantu dalam pengerjaan, sehingga dapat memperlancar pembuatan makalah ini.
Untuk itu kami tidak lupa menyampaikan bayak terima kasih kepada semua pihak
yang telah membantu kami dalam pembuatan makalah ini.

Harapan kami semoga makalah ini membantu menambah pengetahuan dan
pengalaman bagi para pembaca, sehingga penyusun dapat memperbaiki bentuk
maupun isi makalah ini.

Namun tidak lepas dari semua itu, kami menyadar sepenuhnya bahwa ada
kekurangan baik dari segi penyusun bahasanya maupun segi lainnya. Oleh kerena
itu saya harapkan kepada para pembaca untuk memberikan masukan-masukan
yang bersifat membangun untuk kesempurnaan makalah ini.


Jatinangor, 20 Oktober 2014



Penyusun


BAB I
PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang
Tubuh manusia tersusun atas berbagai macam senyawa organik salah
satunya adalah apa yang kita kenal sebagai Asam Nukleat. Asam Nukleat terdapat
didalam inti sel, hal ini mengindikasikan pentingnya Asam Nukleat dalam
menopang seluruh proses kehidupan dalam tubuh. Dalam kenyataannya, memang
kode genetik yang tesimpan dalam rantaian DNA digunakan untuk membuat
protein, kapan, dimana dan seberapa banyak.
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan
informasi genetik yang berperan dalam penyimpanan serta pemindahan informasi
genetik yang berhubungan dengan pewarisan sifat turunan. Asam nukleat sering
dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida
sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Fungsi asam
nukleat adalah sebagai pembawa informasi genetik yang mengatur pemunculan
sifat suatu makhluk hidup. Asam nukleat ditemukan di segala jenis sel makhluk
hidup. Disamping sebagai penyimpan informasi genetik, asam nukleat juga
berperan dalam peyampai pesan kedua, serta pembentuk molekul dasar dalam
pembentukan adenosin trifosfat.
Karena begitu besar manfaat dan begitu menarik mengenai asam nukleat,
sehingga membuat kami mencoba untuk mempelajari dan memahami mengenai
asam nukleat ini secara lebih mendalam baik dari definisi, struktur, jenis, sifat dan
fungsi, serta manfaat asam nukleat dalam makhluk hidup, baik prokariotik,
eukariotik, virus, bakteri atau makro organisme.
Tidak terlepas dari tujuan awal kami memahami asam nukleat ini untuk
memenuhi tugas mata kuliah biokimia, semoga apa yang kami sajikan dapat
bermanfaat bagi pembaca dan khususnya bagi kami.


BIOKIMIA
1.2. Rumusan Masalah
1.2.1. Mengapa perlu mempelajari asam nukleat dalam bidang perikanan dan
kelautan ?
1.2.2. Apa itu asam nukleat: definisi, struktur (RNA & DNA), jenis, sifat dan
fungsi?
1.2.3. Bagaimana mekanisme transkripsi dan translasi?
1.2.4. Bagaimanakah asam nukleat pada makhluk hidup eukariot, prokariot, dan
virus?

1.3. Tujuan
1.3.1. Untuk mengetahui mengapa perlu mempelajari asam nukleat.
1.3.2. Untuk mengetahui lebih mendalam mengenai karbohidrat yakni definisi,
struktur, jenis, sifat dan fungsi.
1.3.3. Untuk mengetahui mekanisme trasnkripsi dan translasi.
1.3.4. Untuk mengetahui asam nukleat pada makhluk hidup eukariot, prokariot,
dan virus.















BIOKIMIA

BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Definisi umum asam nukleat
Asam nukleat (bahasa Inggris: nucleic acid) adalah makromolekul biokimia
yang kompleks, berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang
mengandung informasi genetik. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam
deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan
pada semua sel hidup serta pada virus.
Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti
(nukleus) sel. Asam nukleat merupakan biopolimer, dan monomer penyusunnya
adalah nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu sebuah basa
nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin), sebuah gula pentosa, dan sebuah
gugus fosfat. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada
rantai asam nukleat tersebut (misalnya, DNA atau asam deoksiribonukleat
mengandung 2-deoksiribosa). Selain itu, basa nitrogen yang ditemukan pada
kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenina, sitosina, dan
guanina dapat ditemukan pada RNA maupun DNA, sedangkan timina dapat
ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA.
Sampai tahun 1868, para ilmuwan tahu bahwa setiap makhluk hidup
terbuat dari biomolekul organik (yang besar, mengandung molekul karbon yang
dibuat oleh organisme hidup) dan mereka telah mampu mengidentifikasi ini
sebagai protein, lemak (secara teknis disebut lipid) dan karbohidrat. Kemudian
seorang ilmuwan muda Swiss yang bernama Friedrich Miescher membuat
penemuan yang akan mengubah dalam mempelajari kehidupan selamanya: ia
mengisolasi dan mengidentifikasi jenis keempat molekul biologis dari sel-sel
darah putih yang terkandung dalam nanah yang ia dapatkan dari perban bekas
rumah sakit.
Dia disebut molekul nuklein baru karena diekstraksi dari inti sel. Nama
akhirnya akan berubah menjadi asam nukleat. Sejak saat itu, perlombaan yang

BIOKIMIA
menarik mulai mencoba menentukan apa tujuan baru, biomolekul misterius ini,
apa dan bagaimana struktur molekul ini dan seperti apa mereka berperilaku.
Hari ini kita tahu bahwa ada dua jenis asam nukleat yang ditemukan dalam
setiap organisme hidup: DNA (singkatan dari asam deoksiribonukleat) dan RNA
(asam ribonukleat). Bersama-sama mereka bertanggung jawab untuk menentukan
yang seperti apa setiap organisme, bagaimana tubuh mereka bekerja dan sifat-sifat
apa yang diturunkan mereka kepada generasi berikutnya. Hal ini tampaknya luar
biasa untuk suatu bahan kimia belaka yang terlihat seperti gumpalan jelly yang
bening dalam tabung reaksi.

2.2 Jenis – jenis asam nukleat
Di alam, asam nukleat di temukan dalam 2 bentuk, yaitu:
 Asam deoksiribosa nukleat (DNA)
 Asam ribosa nukleat (RNA)
Kedua jenis asam nukleat di atas merupakan polimer linier, tidak
bercabang dan tersusun dari unit- unit struktural yang disebut nukleotida.
Karena itu asam nukleat di sebut juga sebagai polimer nukleotida
(Polinukleotida). Nukleutida adalah molekul yang tersusun dari gugus basa
herosiklik, gula pentosa dan gugus fosfat. Asam Nukleat terdapat dalam
semua sel dan mempunyai peranan yang sangat penting dalam biosintesis
protein. Senyawa gabungan antara asam nukleat dengan protein ini disebut
nukleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan suatu polimer seperti
protein, tetapi yang menjadi monomer bukan asam amino, melainkan
nukleotida.
Setiap nukleotida yang menjadi penyusun asam nukleat terdiri dari tiga
komponen, yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik yang berupa purin dan
pirimidin, sebuah gula pentosa, dan sebuah gugus fosfat. Kedua jenis asam
nukleat yang tersebut diatas, yaitu DNA dan RNA dibedakan oleh jenis gula,
jenis basa nitrogen dan bentuk molekulnya. Pada DNA, gula pentosa yang
menjadi penyusunnya adalah deoksiribosa yaitu gula ribosa yang kehilangan
atom oksigen pada atom C nomor 2. Sedangkan pada RNA, gula pentosa yang

BIOKIMIA
menjadi penyusunnya adalah gula Ribosa. Selain itu, basa nitrogen yang
menjadi penyusun kedua jenis asam nukleat tersebut juga berbeda. Pada
DNA, basa nitrogen penyusunnya terdiri dari adenin, sitosin, guanin dan
timin. Sementara pada RNA, basa nitrogen timin di gantikan oleh urasil
sehingga menjadi adenin, sitosin, guanin dan urasil. Perbedaan DNA dan
RNA juga ada pada bentuk milekulnya. DNA merupakan molekul double
helix (untai ganda) sendangkan RNA merupakan untai tunggal (single
stranded).

2.3 Struktur DNA dan RNA
1. Struktur DNA
Rangka utama untai
DNA terdiri dari gugus
fosfat dan gula yang
berselang-seling. Gula
pada DNA adalah gula
pentosa (berkarbon lima),
yaitu 2-deoksiribosa. Dua
gugus gula terhubung
dengan fosfat melalui
ikatan fosfodiester antara
atom karbon ketiga pada
cincin satu gula dan atom
karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA
adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.
DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda.
Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai
berlawanan dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Hal ini disebut sebagai
antiparalel. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama, sebagai struktur
utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada

BIOKIMIA
heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen
antara basa-basa yang terdapat pada kedua untai tersebu


DNA terdiri dari serangkaian molekul yang lebih kecil yang disebut
nukleotida. Pada gilirannya, masing-masing nukleotida itu sendiri terdiri dari
tiga komponen utama: daerah yang mengandung nitrogen dikenal sebagai
basa nitrogen, molekul berbasis gula karbon disebut deoksiribosa, dan
wilayah yang mengandung fosfor dikenal sebagai gugus fosfat melekat pada
molekul gula. Ada empat nukleotida DNA yang berbeda, masing-masing
ditentukan oleh spesifik basa nitrogen: adenin (sering disingkat “A” dalam
penulisan ilmiah), timin (disingkat “T”), guanin (disingkat “G”), dan sitosin
(disingkat “C” ).
Golongan pirimidin (Sitosin dan Timin) berpasangan dengan golongan
purin (Adenin dan Guanin). Pasangan antarbasa-basanya adalah Adenin
dengan Timin (A-T) dan Guanin dengan Sitosin (G-S) yang dihubungkan
oleh ikatan hidrogen, dan masing-masing basa terikat pada molekul gula yang
terkait gugus posfat (ribulosa-posfat) sebagai anak-anak tangga dalam benang
spiral DNA. Untuk setiap penggal dua benang spiral DNA dapat terjadi
susunan pasangan anak tangganya, contohnya:
 Jika satu penggal benang spiral DNA pada rantai sebelahnya
mengandung basa G dan T saja, maka basa pada rantai sebelahnya

BIOKIMIA
adalah S dan A, sehingga satu penggalnya susunan GSTA,
GSTA..., dan seterusnya.
 Jika rantai sebelahnya ada basa TAS, maka sebelahnya adalah
ATG, sehingga satu penggalnya memiliki susunan TAATSG,
TAATSG...
 Jika rantai sebelahnya ada basa GTAS, maka basa sebelahnya
adalah SATG, maka basa sebelahnya adalah SATG, sehingga satu
penggalnya memiliki susunan basa GSTAATATSG,
GSTAATATSG...
dan seterusnya.
Dengan
demikian, hanya
dengan empat
macam basa
tersebut sebagai
"kode genetik"
dapat dibentuk
kemungkinan
yang tidak
terbatas banyaknya untuk menampakkan sebagai suatu jenis gena untuk sifat-
sifat yang dimiliki oleh setiap jenis organisme. Pengaturan kombinasi
maupun jumlah zat basa pada DNA menghasilkan "kode informasi genetik".
Semakin tinggi tingkatan organisme, semakin kompleks susunan kombinasi
pasangan basa-basa nitrogen tersebut.
Penggandaan DNA dimulai dengan membukanya benang rangkap spiral
DNA dilakukan oleh enzim yang menghancurkan ikatan antara pasangan
basa-basa, kemudian setiap belahan benang DNA dibentuk pasangan basa-
basa baru sesuai dengan kode pertamanya, sehingga terbentuk dua benang
DNA yang bersifat spiral rangkap; kedua benang spiral rangkap yang baru
memilikim susunan pasangan basa-basa sesuai induknya. Satu benang
rangkap spiral DNA menghasilkan dua benang rangkap spiral DNA baru.

BIOKIMIA
Penggandaan DNA terjadi pada tahap intervase tetapnya pada sintesis.
Manfaat penggandaan DNA agar setiap sel anak mewarisi DNA yang sama.
Pada peristiwa Mitosis, sel anak mewarisi jumlah DNA yang sama banyak
dengan jumlah DNA induknya, tetapi pada Meiosis hanya mewarisi setengah
jumlah DNA induknya agar pada saat perkawinan sel gamet jantan dan betina
tetap menghasilkan jumlah DNA yang sama banyaknya dengan induknya.

2. Struktur RNA
Struktur dasar RNA
mirip dengan DNA. RNA
merupakan polimer yang
tersusun dari sejumlah
nukleotida. Setiap
nukleotida memiliki satu
gugus fosfat, satu gugus
pentosa, dan satu gugus
basa nitrogen (basa N).
Polimer tersusun dari
ikatan berselang-seling
antara gugus fosfat dari
satu nukleotida dengan
gugus pentosa dari
nukleotida yang lain.
Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil cincin
gula pentosa, sehingga dinamakan ribosa, sedangkan gugus pentosa pada
DNA disebut deoksiribosa. Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA,
kecuali basa timina pada DNA diganti dengan urasil pada RNA. Jadi tetap
ada empat pilihan: adenina, guanina, sitosina, atau urasil untuk suatu
nukleotida.
Tulang punggung RNA tersusun atas deretan ribosa dan fosfat.
Ribonukleotida RNA terdapat secara bebas dalam nukleoplasma dalam

BIOKIMIA
bentuk nukleosida trifosfat, seperti adenosin trifosfat (ATP), guanosin
trifosfat (GTP), sistidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP). RNA
disintesis oleh DNA di dalam inti sel dengan menggunakan DNA sebagai
cetakannya.
Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin ganda sebagaimana
DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya.


RNA hadir di alam dalam berbagai macam/tipe. Sebagai bahan genetik,
RNA berwujud sepasang pita (Inggris double-stranded RNA, dsRNA).
Genetika molekular klasik mengajarkan, pada eukariota terdapat tiga tipe
RNA yang terlibat dalam proses sintesis protein:[2]

 RNA-kurir (bahasa Inggris: messenger-RNA, mRNA), yang
disintesis dengan RNA polimerase I.
 RNA-ribosom (bahasa Inggris: ribosomal-RNA, rRNA), yang
disintesis dengan RNA polimerase II
 RNA-transfer (bahasa Inggris: transfer-RNA, tRNA), yang
disintesis dengan RNA polimerase III

BIOKIMIA
Pada akhir abad ke-20 dan awal abad ke-21 diketahui bahwa RNA hadir
dalam berbagai macam bentuk dan terlibat dalam proses pascatranslasi.
Dalam pengaturan ekspresi genetik orang sekarang mengenal RNA-mikro
(miRNA) yang terlibat dalam "peredaman gen" atau gene silencing dan
small-interfering RNA (siRNA) yang terlibat dalam proses pertahanan
terhadap serangan virus.
2.4 Transkripsi dan translasi
1. Transkripsi
Transkripsi (bahasa Inggris: transcription) dalam genetika adalah
pembuatan RNA dengan menyalin sebagian berkas DNA. Transkripsi adalah
bagian dari rangkaian ekspresi genetik. Pengertian asli "transkripsi" adalah
alih aksara atau penyalinan. Di sini, yang dimaksud adalah mengubah "teks"
DNA menjadi RNA. Sebenarnya, yang berubah hanyalah basa nitrogen
timina di DNA yang pada RNA digantikan oleh urasil.

Transkripsi berlangsung di dalam inti sel atau di dalam matriks
mitokondria dan plastida. Transkripsi dapat dipicu oleh rangsangan dari luar
maupun tanpa rangsangan. Pada proses tanpa rangsangan, transkripsi

BIOKIMIA
berlangsung terus-menerus (gen-gennya disebut gen konstitutif atau "gen
pengurus rumah", house-keeping genes). Sementara itu, gen yang
memerlukan rangsangan biasanya gen yang hanya diproduksi sewaktu-waktu;
gennya disebut gen regulatorik karena biasanya mengatur mekanisme khusus.
Rangsangan akan mengaktifkan bagian promoter inti, segmen gen yang
berfungsi sebagai pencerap RNA polimerase yang terletak di bagian hulu
bagian yang akan disalin (disebut transcription unit), tidak jauh dari ujung 5'
gen. Promoter inti terdiri dari kotak TATA, kotak CCAAT dan kotak GC.
Sebelum RNA polimerase dapat terikat pada promoter inti, faktor
transkripsi TFIID akan membentuk kompleks dengan kotak TATA. Inhibitor
dapat mengikat pada kompleks TFIID-TATA dan mencegah terjadinya
kompleks dengan faktor transkripsi lain, namun hal ini dapat dicegah dengan
TFIIA yang membentuk kompleks DA-TATA. Setelah itu TFIIB dan TFIIF
akan turut terikat membentuk kompleks DABF-TATA. Setelah itu RNA
polimerase akan mengikat pada DABF-TATA, dan disusul dengan TFIIE,
TFIIH dan TFIIJ.

Kompleks tersebut terjadi pada bagian kotak TATA yang terletak sekitar
10-25 pasangan basa di bagian hulu (upstream) dari kodon mulai (AUG).
Adanya faktor transkripsi ini akan menarik enzim RNA polimerase mendekat
ke DNA dan kemudian menempatkan diri pada tempat yang sesuai dengan
kodon mulai (TAC pada berkas DNA). Berkas DNA yang ditempel oleh
RNA polimerase disebut sebagai berkas templat, sementara berkas
pasangannya disebut sebagai berkas kode (karena memiliki urutan basa yang
sama dengan RNA yang dibuat). Pada awal transkripsi, enzim
guaniltransferase menambahkan gugus m7Gppp pada ujung 5' untai pre-
mRNA. Sejumlah ATP diperlukan untuk membuat RNA polimerase mulai
bergerak dari ujung 3' (ujung karboksil) berkas templat ke arah ujung 5'
(ujung amino). pre-mRNA yang terbentuk dengan demikian berarah 5' → 3'.
Pergerakan RNA polimerase akan berhenti apabila ia menemui urutan basa
yang sesuai dengan kodon berhenti, dan deret AAUAAA akan ditambahkan

BIOKIMIA
pada pangkal 3' pre-mRNA.[10] Setelah proses selesai, RNA polimerase akan
lepas dari DNA, sedangkan pre-mRNA akan teriris sekitar 20 bp dari deret
AAUAAA dan sebuah enzim, poli(A) polimerase akan menambahkan deret
antara 150 - 200 adenosina untuk membentuk pre-mRNA yang lengkap yang
disebut mRNA primer.
Tergantung intensitasnya, dalam satu berkas transcription unit sejumlah
RNA polimerase dapat bekerja secara simultan. Intensitas transkripsi
ditentukan oleh keadaan di sejumlah bagian tertentu pada DNA. Ada bagian
yang disebut suppressor yang menekan intensitas, dan ada yang disebut
enhancer yang memperkuatnya.
Hasil transkripsi adalah berkas RNA yang masih "mentah" yang disebut
mRNA primer. Di dalamnya terdapat fragmen berkas untuk protein yang
mengatur dan membantu sintesis protein (translasi) selain fragmen untuk
dilanjutkan dalam translasi sendiri, ditambah dengan bagian yang nantinya
akan dipotong (intron). Berkas RNA ini selanjutnya akan mengalami proses
yang disebut sebagai proses pascatranskripsi (post-transcriptional-process).

2. Translasi
Translasi dalam genetika dan biologi molekular adalah proses
penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada molekul mRNA menjadi
rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein.
Transkripsi dan Translasi merupakan dua proses utama yang menghubungkan
gen ke protein. Translasi hanya terjadi pada molekul mRNA, sedangkan
rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA yang merupakan salinan
urutan DNA menyusun suatu gen dalam bentuk kerangka baca terbuka.
mRNA membawa informasi urutan asam amino.

BIOKIMIA

Proses translasi berupa penerjemahan kodon atau urutan nukleotida yang
terdiri atas tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino
tertentu. Kodon pada mRNA akan berpasangan dengan antikodon yang ada
pada tRNA. Setiap tRNA mempunyai antikodon yang spesifik. Tiga
nukleotida di anti kodon tRNA saling berpasangan dengan tiga nukleotida
dalam kodon mRNA menyandi asam amino tertentu. Proses translasi
dirangkum dalam tiga tahap, yaitu inisiasi, elongasi (pemanjangan) dan
terminasi (penyelesaian). Translasi pada mRNA dimulai pada kodon pertama
atau kodon inisiasi translasi berupa ATG pada DNA atau AUG pada RNA.
Penerjemahan terjadi dari urutan basa molekul (yang juga menyusun kodon-
kodon setiap tiga urutan basa) mRNA ke dalam urutan asam amino
polipeptida. Banyak asam amino yang dapat disandikan oleh lebih dari satu
kodon. Tempat-tempat translsasi ini ialah ribosom, partikel kompleks yang
memfasilitasi perangkaian secara teratur asam amino menjadi rantai
polipeptida. Asam amino yang akan dirangkaikan dengan asam amino lainnya
dibawa oleh tRNA. Setiap asam amino akan dibawa oleh tRNA yang spesifik
ke dalam kompleks mRNA-ribosom. Pada proses pemanjangan ribosom akan
bergerak terus dari arah 5'3P ke arah 3'OH sepanjang mRNA sambil
merangkaikan asam-asam amino. Proses penyelesaian ditandai denga
bertemunya ribosom dengan kodon akhir pada mRNA.

BIOKIMIA

Walaupun mekanisme dasar transkripsi dan translasi serupa untuk
prokariot dan eukariot, terdapat suatu perbedaan dalam aliran informasi
genetik di dalam sel tersebut. Karena bakteri tidak memiliki nukleus (inti sel),
DNA-nya tidak tersegregasi dari ribosom dan perlengkapan pensintesis
protein lainnya. Transkripsi dan translasi dipasangkan dengan ribosom
menempel pada ujung depan molekul mRNA sewaktu transkripsi masih terus
berlangsung. Pengikatan ribosom ke mRNA membutuhkan situs yang
spesifik. Sebaliknya, dalam sel eukariot selubung nukleus atau membran inti
memisahkan transkripsi dari translasi dalam ruang dan waktu. Transkripsi
terjadi di dalam inti sel dan mRNA dikirim ke sitoplasma tempat translasi
terjadi.

2.5 Metabolisme asam nukleat
1. Katabolisme Asam Nukleat
Katabolisme adalah reaksi penguraian senyawa kompleks menjadi
senyawa yang lebih sederhana dengan bantuan enzim. Tahapan katabolisme
asam nukleat yaitu berturut-turut menjadi nukleotida, nuleosida, purin,
pirimidin, dan asam urat.
Katabolisme Asam Nukleat Menjadi Nukleotida
Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai
nukleoprotein.Nukleoprotein dalam pencernaaan akan dipecah jadi molekul
yang lebih kecil yaitu asam nukleat dan protein. Asam nukleat dan protein

BIOKIMIA
selanjutnya terpisah ke jalur metabolism masing-masing. Asam nukleat yang
tersusun atas monomer-monomer berupa nukleotida dipecah sehingga
menghasilkan nukleotida.

Katabolisme Nukleotida Menjadi Nukleosida
Nukleosida merupakan sebutan dari nukleotida tanpa gugus fosfat. Dengan
demikian, nukleosida tersusun dari gula ribosa/deoksiribosa dan basa
nitrogen. Tahapan penguraian nukleotida menjadi nukleosida adalah sebagai
berikut.
1) Di dalam usus halus terjadi pemutusan ikatan fosfodiester oleh
endonuklease (pankreas) menghasilkanoligonukleotida.
2) Oligonukleotida dipecah lebih lanjut oleh fosfodiesterase
menghasilkan monofosfat.
3) Kemudian dipecah lebih lanjut oleh nukleotidase menghasilkan
nukleosida and orthophosphate. Nukleosida yang terbentuk adalah
Sitidin, Uridin, Adenosin, dan Guanosin.
Katabolisme Purin Menjadi Asam Urat
Nukleosida purin yang dihasilkan dari degradasi nukleotida akan
terdegradasi lebih lanjut menghasilkan asam urat yang selanjutnya
diekskresikan dalam urin. Proses pembentukan asam urat dapat melalui dua
jalur. Pertama, Tahap penguraian nukleosida purin menjadi asam urat dimulai
dari proses deaminasi adenosine menjadi inosin, kemudian membelah
membentuk hipoxantin. Hipoxantin dioksidasi menjadi xantin dan selanjutnya
xantin diubah menjadi asam urat. Kedua, tahap yang dimulai dari guanosin.
Guanosin diubah menjadi guanine yang selanjutnya dideaminasi
menghasilkan xantin. Langkah selanjutnya, xantin dioksidasi menjadi asam
urat. Berikut adalah reaksi penguraian nukleosida menjadi asam urat.
Katabolisme Pirimidin
Pada katabolisme pirimidin terjadi reaksi-reaksi sebagai berikut :
 Konversi sitidin menjadi uridin oleh enzim sitidin deaminase
 Fosforilasi deoksitimidin menjadi timin dan deoksiribosa-1-fosfat

BIOKIMIA
2. Katabolisme Asam Nukleat
Pembentukan Nukleotida Purin
Pembentukan Nukleotida Purin, 5-fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP) adalah
sumber gugus ribosa. Senyawa ini disintesis dari ATP dan ribosa 5‟-fosfat,
yang dibentuk dari glukosa melalui jalur pentosa fosfat. Basa purin dibentuk
diatas gugus ribosa.

Dalam reaksi pertama, PRPP bereaksi dengan glutamin membentuk
fosforibosilamin, reaksi ini, yang menghasilkan nitrogen 9 cincin purin,
dikatalisis oleh PRPP glutamil amidotransferase, suatu enzim yang dihambat
oleh tiga produk jalur, IMP, AMP, dan GMP. Ketiga nukleosida ini juga
menghambat sintesis PRPP sehingga memperlambat produksi nukleotida
purin dengan menurunkan kadar substrat PRPP. ). Kemudian, karbon 8
disediakan oleh metenil tetrahidrofolat, nitrogen 3 oleh glutamin, karbon 6
oleh CO2, nitrogen 1 oleh aspartat, dan karbon 2 oleh formil tetrahidrofolat.


BIOKIMIA
Dalam reaksi kedua, keseluruhan gugus glisin ditambahkan ke prekursor
yang sedang tumbuh. Glisin menyediakan karbon 4 dan 5 serta nitrogen 7
pada cincin purin.
Nukleotida purin pertama yang dibentuk oleh jalur ini adalah inosin
monofosfat (IMP). Nukleotida ini mengandung basa hipoxantin yang
disatukan oleh ikatan N- glikosidat dari nitrogen 9 cincin purin ke karbon 1
pada ribosa. IMP berfungsi sebagai titik cabang, serta nukleotida adenin dan
guanin dibentuk dari IMP. Adenosin monofosfat (AMP) berasal dari IMP
melalui penambahan sebuah gugus amino dari aspartat ke karbon 6 cincin
purin dalam reaksi yang memerlukan GTP. Guanosin monofosfat (GMP)
berasal dari IMP melalui pemindahan sebuah gugus amino dari amida
glutamin ke karbon 2 cincin purin. Dalam hal ini, reaksi membutuhkan ATP.
AMP dan GMP masing-masing menghambat pembentukannya sendiri dari
IMP.
AMP dan GMP dapat mengalami fosforilasi ke tingkat difosfat dan
trifosfat dan digunakan untuk proses yang memerlukan energi di dalam sel.
Purin nukleosida trifosfat juga digunakan sebagai prekursor untuk sintesis
RNA. Pada sintesis DNA, gugus ribosa harus direduksi menjadi deoksiribosa
gambar 12. reduksi ini terjadi di tingkat dinukleotida dan dikatalisis oleh
ribonukleotida reduktase, yang memerlukan protein tioreduksin.
Deoksiribonukleosida difosfat dapat mengalami fosforilasi ke tingkat trifosfat
dan kemudian digunakan sebagai prekursor untuk sintesis DNA.

Pembentukan Nukleotida Pirimidin
Dalam pembentukan nukleotida pirimidin, yang disintesis pertama kali
adalah basa, kemudian basa tersebut dilekatkan ke gugus ribosa 5-fosfat.
Dalam reaksi pertama, glutamin bereaksi dengan CO2 dan ATP membentuk
karbamoil fosfat. Reaksi ini analog dengan reaksi pertama pada siklus urea,
kecuali digunakan glutamin sebagai sumber nitrogen (bukan amonia) dan
terjadi di dalam sitosol (bukan di mitokondria). Reaksi ini dikatalisis oleh
karbamoil fosfat sintetase II, yang dihambat oleh UTP, salah satu produk

BIOKIMIA
antara. Reaksi analog dalam pembentukan urea dikatalisis oleh karbamoil
fosfat sintetase I, yang diaktifkan oleh N-asetil glutamat. Sintesis pirimidin
kurang kompleks dibandingkan dengan purin, karena senyawa dasarnya jauh
lebih sederhana. langkah pertama adalah berasal dari 1 mol glutamin, satu
mol ATP dan satu mol CO
2
(yang merupakan karbamoilfosfat) dan satu mol
aspartat. satu mol tambahan glutamin dan ATP yang diperlukan dalam
konversi UTP untuk menjadi CTP. Karbamoilfosfat digunakan untuk sintesis
nukleotida pirimidin berasal dari glutamin dan bikarbonat, dalam sitosol,
yang bertentangan dengan siklus urea, karbamoil fosfat berasal dari amonia
dan bikarbonat dalam mitokondria. Reaksi siklus urea dikatalisis oleh
sintetase karbamoilfosfat I (CPS-I) sedangkan prekursor nukleotida pirimidin
disintesis oleh CPS-II. Karbamoilfosfat kemudian direkasikan dengan
aspartat, dalam reaksi dikatalisis oleh tingkat aspartat transkarbamoilase
(ATCase).
Dalam reaksi selanjutnya pada biosintesis pirimidin, keseluruhan molekul
aspartat ditambahkan ke karbamoil fosfat. Molekul ini kemudian menutup
untuk membentuk struktur cincin, yang di oksidase menjadi asam orotat.
Orotat bereaksi dengan PRPP, menghasilkan orotidin 5-fosfat, yang
kemudian mengalami dekarboksilasi membentuk uridin monofosfat (UMP).
UMP mengalami fosforilasi menjadi UTP. Sebuah gugus amino, yang
berasal dari amida glutamin, ditambahkan ke karbon 4 untuk menghasilkan
CTP. UTPN dan CTP adalah prekursor untuk sintesis RNA. CTP mengalami
defosforilasi membentuk CDP, dan pada tingkat difosfat ini gugus ribosa di
reduksi menjadi deoksiribosa oleh ribonukleotida reduktase (Gbr .5). dCDP
mengalami defosforilasi dan deaminasi, membentuk dUMP. Metilen
tetrahidrofolat memindahkan sebuah gugus metil ke dUMP membentuk
dTMP. Reaksi fosforilasi menghasilkan dCTP dan dTTP, prekursor yang
digunakan untuk sintesis DNA.

2.6 Asam nukleat pada prokariatik dan eukariotik

BIOKIMIA
Eukariota punya inti sel yang mengandung DNA, sedangkan prokariotik
tidak punya inti sel dan materi genetiknya tidak berada dalam membran.
Karena terlalu besarnya perbedaan struktur dan genetik dari keduanya, pada
tahun 1977 Carl Woese memecah prokariota menjadi Bakteri dan Archaea
(sebelumnya Eubacteria dan Archaebacteria), dengan mengusulkan sistem
tiga-domain yang terdiri dari Eukariota (atau "Eukarya"), Bacteria, dan
Archaea, yang merevisi sistem dua empire.
Genom dari prokariota berada dalam suatu kompleks DNA/protein dalam
sitosol, namanya nucleoid, yang tidak punya membran nukleus. Prokariota
pada umumnya tidak punya kompartemen membran sel seperti mitokondria
dan kloroplas sehingga fosforilasi oksidatif dan fotosintesis terjadi di
sepanjang membran plasma.[5] Tapi prokariota punya struktur internal,
seperti sitoskeleton,[6][7] dan khusus bakteri ordo Planctomycetes punya
membran di sekitar nucleoid dan mempunyai organel membran sel.
Prokariota juga hanya mengandung satu lingkaran DNA kromosomal yang
stabil, tersimpan dalam nucleoid, sedangkan DNA dalam eukariota ditemukan
dalam kromosom yang tertutup rapat dan terorganisasi. Meskipun beberapa
eukariota memiliki struktur DNA satelit bernama plasmid, biasanya plasmid
identik dengan prokariota, dan banyak gen penting dalam prokariota
tersimpan dalam plasmid.
Prokariota memiliki rasio luas permukaan terhadap isi sehingga memiliki
taraf metabolik yang lebih tinggi, taraf pertumbuhan yang lebih tinggi dan
otomatis durasi perkembangbiakan yang pendek dibanding Eukariota. Di
samping itu, Sel prokariota biasanya lebih kecil daripada eukariota.
Kesamaannya, eukariota dan prokariota sama-sama mengandung struktur
RNA/protein yang besar, dinamakan ribosom, yang memproduksi protein.

2.7 Manfaat asam nukleat
DNA dalam bidang forensik
Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah,
sperma, kulit, liur atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan

BIOKIMIA
untuk mengidentifikasi kemungkinan tersangka, sebuah proses yang disebut
fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA profiling). Dalam
pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang seperti short
tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan DNA
dikembangkan pada 1984 oleh genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari
Universitas Leicester, dan pertama kali digunakan untuk mendakwa Colin
Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire,
Inggris.
Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk
menyediakan sebuah contoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database
komputer. Hal ini telah membantu investigator menyelesaikan kasus lama di
mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh DNA yang diperoleh dari
tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak dikenal).
Metode ini adalah salah satu teknik paling tepercaya untuk mengidentifikasi
seorang pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya bila tidak
ada DNA yang dapat diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh
DNA dari banyak orang.
DNA dalam bidang komputasi
DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai
masalah riset dan sebagai sebuah cara komputasi.
Riset dalam algoritma pencarian string, yang menemukan kejadian dari
urutan huruf di dalam urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian oleh
riset DNA, dimana algoritma ini digunakan untuk mencari urutan tertentu dari
nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Dalam aplikasi lainnya seperti
editor text, bahkan algoritma sederhana untuk masalah ini biasanya
mencukupi, tetapi urutan DNA menyebabkan algoritma-algoritma ini untuk
menunjukkan sifat kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari
karakter yang berbeda.
Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki
masalah khusus untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database
yang dikhususkan untuk riset DNA disebut database genomik, dam harus

BIOKIMIA
menangani sejumlah tantangan teknis yang unik yang dihubungkan dengan
operasi pembandingan kira-kira, pembandingan urutan, mencari pola yang
berulang, dan pencarian homologi.
DNA dalam bidang perikanan dan kelautan
Pada pengembangan bioteknologi kelautan dan perikanan, teknik DNA
rekombinan ini dapat digunakan untuk melakukan eksplorasi potensi dan
biodiversitas organisme laut, seperti mikroba laut. Mikroba laut yang sebelumnya
hanya merupakan kekayaan alarn laut yang potensial dan belum memberikan nilai
tambah, maka dengan teknologi DNA rekornbinan dapat ditingkatkan nilai
tambahnya untuk menghasilkan produk yang sangat prospektif. Secara garis besar,
teknologi DNA rekombinan (rekayasa genetika) melibatkan penyisipan informasi
genetic baru kedalam organisme, biasanya bakteri, untuk memberikan
kemampuan baru, salah satunya adalah mikroba laut yang dapat menghasilkan
enzim.






BAB III
PENUTUP

3.1. Kesimpulan

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan
informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena
tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida
mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen
atau basa nukleotida (basa N).

BIOKIMIA
Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini
terutama terletak pada komponen gula pentosanya.
Asam Nukleat memiliki sifat fisika dan kimia antara lain stabilitas asam
nukleat, pengaruh asam, pengaruh alkali, denaturasi kimia, viskositas dan
kerapatan apung.
Fungsi penting asam nukleat diantarnya menyimpan, menstransmisi, dan
mentranslasi informasi genetic, sedangkan peranannya adalah sebagai bahan
keturunan memberikan suatu kontras yang menarik dalam hal fungsi biologis dari
dua kelas makromolekul ini. RNA memperlihatkan keragaman biomolekul yang
biasa dengan memiliki fungsi selular dan viral yang khas.

3.2. Saran
Akan lebih baik lagi jika pembaca lebih banyak membaca sumber lain
untuk memperoleh informasi lebih mendalam mengenai asam nukleat, karena
penulis menyadari masih banyak kekurangan dan kesulitan dalam mencari
informasi dari sumber lain terutama dari buku.



DAFTAR PUSTAKA
Dryer, L Robert. 1994. BIOKIMIA Suatu Pendekatan Berorientasi Kasus. Jakarta:
UI PRESS.
Poedjiadi, Anna. 2005. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta: UI PRESS.
Robinsson, Trevor. 1995. Kandungan Organik Tumbuhan Tinggi. Bandung: ITB
PRESS.
Santoso, Avit. 2014. Biokimia – Asam Nukleat.
http://keripikkampus.blogspot.com/2014/01/-biokimia-ii-asam-
nukleat.html (dikutip pada 20 Oktober 2014, pkl 12:08 wib)