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SINTESI PROTEICA

Ipotesi di Crick

CODICE GENETICO
Dobbiamo effettuare un passaggio da un
codice a 4 lettere (nucleotidi) ad un codice a
20 lettere (amminoacidi)
DNA

CAGT

4 lettere

RNA

CAGU

4 lettere

Proteine

ARNDC etc

20 lettere
3

Come si passa dai nucleotidi agli


amminoacidi?

Qual la lunghezza dellunit di codificazione?


Qual la sequenza di basi delle parole di codice
relative a ciascuno degli aa codificati?
Quali sono le modalit di riconoscimento tra le
parole dei due linguaggi?

No. nucleotidi/a.a.

Possibilit

41=4

42=16

43=64
Minimo codice
proponibile
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CODICE GENETICO
Aminoacidi = 20
Basi nucleotidiche = 4
Combinazioni possibili 24 = 16 insufficiente
34 = 64 sufficiente
Codone- tripletta di basi sullmRNA che
codifica per un aminoacido;
Anticodone- tripletta di basi sul tRNA che si
lega al codone corrispondente con interazioni
del tipo Watson-Crick
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CODICE GENETICO
Ogni tripletta di basi corrisponde ad un aminoacido
Un solo codone di START AUG codifica per la metionina
Tre codoni di STOP UGA, UAA, UAG non codificano per
alcun aminoacido
Il primo codone della sequenza determina un quadro di
lettura (reading frame) da 5 a 3
Non esiste punteggiatura fra i codoni, ma sono letti tutti
consecutivamente
Il codice genetico DEGENERATO pi codoni possono
codificare per un dato aminoacido.
Il codice genetico UNIVERSALE
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CODICE GENETICO DEGENERATO


Poich il codice genetico utilizza 61 codoni diversi per
specificare gli amminoacidi, ci si dovrebbe aspettare
che nella sintesi proteica siano coinvolti 61 diversi
tRNA, alcuni caricati con lo stesso amminoacido.
Molti tRNA riconoscono pi di un codone.
Quindi il numero dei tRNA molto inferiore a 61.
Ipotesi del Vacillamento:
flessibilit di appaiamento tra la terza base del
codone e la corrispondente base dellanticodone
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Vacillamento del tRNA e degenerazione


del codice genetico
3

anticodone

codone

Le prime due interazioni


sono fisse:
Posizioni 1 e 2 sul codone
corrispondenti alle
posizioni 3 e 2
dellanticodone
La terza interazione
oscillante posizione 3 del
codone, 1 dellanticodone

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Loscillazione sempre riferita alla posizione 3 del


codone ed alla corrispondente posizione 1
dellanticodone

Nella posizione corrispondente sullanticodone


(posizione 1) si trovano spesso nucleotidi insoliti
come linosina
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12

13

NUCLEOTIDI INSOLITI

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Appaiamento non standard


(tentennamento)

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I tre ruoli dellRNA nella sintesi


proteica

LRNA messaggero (mRNA) porta linformazione


copiata dal DNA sotto forma di una serie di
parole di tre basi dette CODONE
LRNA transfer (tRNA) decifra il codice, mediante
uno specifico ANTICODONE, al quale associato
un particolare amminoacido
LRNA ribosomale (rRNA) si associa con una serie
di proteine per formare i ribosomi, per
sintetizzare le proteine
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STADI DELLA SINTESI PROTEICA


1. Attivazione di
Aminoacidi

20 aminoacidi-20 aminoacil
tRNA sintetasi ATP- Mg2+

2. Inizio

mRNA- N-formil metionina Codone dinizio AUG- Sub.


ribosomiale minore- Sub.
ribosomiale maggioreFattori dinizio IF-GTPMg2+

3. Allungamento

Complesso ribosomialeAminoacil tRNA- Fattori


allungamento-GTP-Mg2+

4. Termine e rilascio

Codoni di terminazioneFattori di rilascio RF-ATP

5. Ripiegamento e modificazioni
post-traduzionali

Enzimi specifici per la


rimozione di aa iniziale,
sequenza segnale etc

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Visione dinsieme della traduzione

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Struttura generale di un tRNA

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MATURAZIONE DEL tRNA

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Da 73 a 93 ribonucleotidi;
Presenza di molte basi
insolite;
La met dei nucleotidi
appaiata a formare una
doppia elica
Lestremit 5 del tRNA
solitamente pG
Laminoacido attivato legato
con il gruppo carbossilico al
3-OH del tRNA
Lanticodone in un ansa al
centro del tRNA
21

22

Struttura ad L del tRNA


La molecola ha forma di L
Vi sono due tratti
apparentemente continui a
doppia elica
Le altre basi possono
formare legami H, ma con
appaiamenti diversi da quelli
Watson e Crick
La regione terminale 3 CCA
il sito di legame
dellaminoacido e si trova
allestremit della L
Allaltra estremit della L si
trova lansa dellanticodone

23

24

Aminoacil tRNA
Ogni aminoacil tRNA
sintetizzato da una
aminoacil tRNA
sintetasi assolutamente
specifica per un
determinato
aminoacido. I siti
catalitici di ogni
aminoacil tRNA
sintetasi differiscono
in modo da aumentare
la specificit per il suo
aminoacido

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ATTIVAZIONE
AMINOACIL tRNA SINTETASI
Rappresenta un secondo codice genetico;
uno degli enzimi pi specifici;
deve poter scegliere fra 20 aminoacidi quello
corretto per un determinato tRNA e
viceversa;
Esistono tante aminoacil tRNA quanti sono
gli aminoacidi;
Presenta unattivit proofreading;
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Aminoacil-tRNA sintetasi

Mg2+

Aminoacido + tRNA +ATP  aminoacil-tRNA +AMP +2Pi


Aminoacil tRNA sintetasi
Pirofosfatasi inorganica
G = -29 kJ/mol

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Aminoacil-tRNA sintetasi

28

29

30

Sito di correzione di bozze (attivit


proofreadig)
Laminoacil tRNA
sintetasi presenta
un sito di correzione
di bozze. Se il tRNA
ha caricato un
aminoacido sbagliato
al 3 il sito di
correzione di bozze
idrolizza il legame
fra aminoacido ed
3OH del tRNA

31

Meccanismo dazione dellaminoacil tRNA


sintetasi

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1. Lattivit di proofreading si basa sullenergia


di legame tra enzima ed aminoacido;
2. Lenzima ha azione di idrolasi;
3. Il riconoscimento del corretto tRNA avviene
in due siti: lansa dellanticodone e lansa
dellaminoacido;
4. la frequenza complessiva di errori nella
sintesi proteica di 1 errore per 104
aminoacidi incorporati
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RNA ribosomiale
Procarioti

Eucarioti

70S

80S

Subunit maggiore 50S

Subunit maggiore 60S

Subunit minore 30S

Subunit minore 40S

50S contiene 34 proteine


diverse (L1 a L34) e due
molecole di RNA dette 23S e
5S
30S contiene 21 proteine
diverse (S1 a S21) ed una
molecola di RNA 16S

60S contiene ~ 49 proteine,


tre molecole di RNA 5S e 28
S (omologhe a quelle dei
procarioti) e 5.8S specifica
degli eucarioti
40S contiene 33 proteine,
una molecola di RNA 18S 34

35

rRNA dei batteri

36

rRNA degli eucarioti

37

INIZIO

Direzione di sintesi della proteina

NH2-A1 - A2 - A3 - A4 - A5-COO5

3
Direzione di lettura dellmRNA

La sintesi proteica avviene da estremit N-terminale


al C- terminale. Il codone di inizio per procarioti ed
eucarioti sempre AUG
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Fasi Della Traduzione: inizio

Attacco delle subunit ribosomali e del primo a.a.


portato dal tRNA iniziatore allmRNA
Posizionamento sul primo codone da tradurre
PROCARIOTI
EUCARIOTI

Subunit
Fattori dinizio
tRNA iniziatore
Fonte di Energia

30S/ 50S
S
formilmetionina
GTP

40S/60S
S
metionina
ATP/GTP

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Caratteristiche principali della


traduzione in procarioti
Direzione di traduzione dellmRNA 5  3
Direzione di sintesi della proteina da ammino
terminale a carbossiterminale
lmRNA pu essere tradotto mentre viene
sintetizzato
pi ribosomi possono legarsi allmRNA ed
aumentare lefficienza di trascrizione
formando il POLIRIBOSOMA o POLISOMA
40

Inizio della trascrizione nei batteri


Nei batteri il I
aminoacido inserito
N-formilmetionina
Nei batteri esistono
2 tRNA che
riconoscono il codone
AUG: il primo
specifico per il
codone di inizio
(tRNAfMet) il secondo
riconosce tutti gli
altri AUG presenti
nellmRNA (tRNAMet)

41

sintetizzato il metionil
tRNA dalla specifica
metionil tRNA sintetasi;
Il metionil tRNA
trasformato ad opera della
transformilasi in
formilmetionil tRNA usando
come cofattore N10tetraidrofolato

42

Inizio della sintesi proteica nei batteri


Il codone di inizio della sintesi proteica AUG,
ma non il primo codone che si trova al 5
dellmRNA

Sequenza di
Shine-Dalgarno

43

Sequenza Shine-Dalgarno

Si trova a max 25 nucleotidi a monte del codone di


inizio AUG;
una regione ricca di purine da 4 a 9 residui;
Viene riconosciuta da una sequenza complementare di
pirimidine sullrRNA 16S della subunit ribosomiale
minore 30 S;
Linterazione fra estremit 3 dellrRNA 16S con la
sequenza di Shine-Dalgarno

44

Linizio della
sintesi proteica
nei batteri
avviene vicino
alla sequenza di
Shine-Delgarno
nellmRNA

45

Inizio
Ribosomi batterici tre siti per legare gli aminoacil
tRNA:
Sito A= Aminoacilico
Sito P = Peptidilico
Sito E= Uscita (subunit 50S)
tRNAfMet lunico che si posiziona nel sito P
Tutti gli altri aminoaciltRNA si posizionano sul sito A

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Inizio
IF1 si lega al sito A
della subunit 30S e lo
occupa
IF3 si lega alla subunit
ribosomiale 30S e
facilita il
posizionamento della
subunit 30S sullmRNA,
impedisce il precoce
legame con la subunit
50S ed aumenta la
specificit del sito P per
tRNAfMet

47

Il codone di inizio AUG


posto in corrispondenza
del sito P

Si forma un complesso
ancora pi grande
costituito da IF1-IF3subunit 30S- mRNA-IF2tRNAfMet
Il tRNAfMet legato ad
IF2-GTP
48

Il complesso si
associa alla subunit
50S
contemporaneamente
viene idrolizzato GTP
e sono rilasciati i tre
fattori di inizio.
Il sito A libero e
mostra il codone per
il legame con un altro
tRNA
49

Inizio della sintesi proteica negli


eucarioti

Negli eucarioti linizio della sintesi proteica


generalmente avviene, allestremit 5 dellmRNA
50

Gli mRNA eucariotici formano un complesso con numerosi


fattori di inizio, alcune sullestremit 5 altre sullestremit 3.
Estremit 3- Interazione con la coda poliA lmRNA legato da
una proteina, proteina legante poli(A) PAB
Estremit 5fattori dinizio,
eIF4E, eIF4G.
eIF4A riconoscono
il Cap

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ALTRI FATTORI DINIZIO


eIF2

facilita il legame tRNAMet con il


codone dinizio

eIF2B eIF3

Si legano alla subunit 40S

eIF4A

Funzione di elicasi

eIF4B

Si lega allmRNA e facilita la


scansione per riconoscere lAUG
dinizio

eIF5

Induce la dissociazione dei fattori


dinizio
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ALLUNGAMENTO

1. Complesso dinizio;
2. aminoacil tRNA;
3. Fattori di allungamento (EF-Tu, EF-Ts, EF-G nei
batteri);
4. GTP

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ALLUNGAMENTO NEI
BATTERI
1. Legame dellaminoacil tRNA
sul sito A
Laminoacil tRNA legato da
EF-Tu-GTP

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2. Formazione del legame peptidico

55

Avviene il
trasferimento del
I aminoacido dal
suo tRNA nel sito
P al tRNA del II
aminoacido sul
sito A.
Lattivit
enzimatica
chiamata
PEPTIDIL
TRANSFERASI
ed svolta
dallrRNA 23S
56

3. Traslocazione
Si ha un movimento
dellmRNA in direzione
3. Questo
spostamento richiede
EF-G (traslocasi) ed
energia fornita
dallidrolisi di GTP.
Il tRNA scarico va nel
sito E, il dipeptide
legato al tRNA viene
spostato nel sito P il
sito A di nuovo
libero

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ALLUNGAMENTO NEGLI EUCARIOTI


Ciclo di allungamento molto simile, differenti fattori
di allungamento:
eEF1 = funzione analoga a EF-Tu
eEF1 = funzione analoga a EF-TS
eEF2= funzione analoga ad EF-G

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59

60

61

62

63

TERMINE
Il processo di allungamento si ripete fino allaggiunta
dellultimo aminoacido. La catena polipeptidica rimane
sempre legata allmRNA tramite lultimo aminoacil
tRNA aggiunto.
Codoni di Stop
UAA

UAG

UGA

1. Idrolisi del legame terminale del peptidil tRNA


2. rilascio del polipeptide libero e dellultimo tRNA
scarico dal sito P
3. dissociazione del ribosoma 70S nelle due subunit
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Fattori di terminazione nei batteri


RF1 = Riconosce i codoni di stop UAG ed UAA;
RF2 = Riconosce i codoni di stop UGA ed UAA
RF3 = Sembra essere coinvolto nel rilascio delle
subunit ribosomiali

Fattore di terminazione negli eucarioti


eRF = Riconosce tutti e tre i codoni di Stop

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LRF probabilmente ha
struttura simile ai tRNA ma
non lega nessun aminoacido.
Induce la peptidil
trasferasi a far reagire una
molecola di acqua sul gruppo
carbossilico della catena
polipeptidica del sito P
fovorendone lidrolisi.

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FEDELTA DELLA SINTESI PROTEICA


Reazione molto dispendiosa:
1 ATP per attivare laminoacido con il suo tRNA con
utilizzo di due legami fosfodiesterici;
1 GTP per legare laminoacil tRNA al sito A
1 GTP per la traslocazione
G = 101 kJ/mol

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RIPIEGAMENTI E MODIFICAZIONI POST


TRADUZIONALI
1. Rimozione del gruppo formilico dellNformilmetionina ed in alcuni casi dei primi residui
aminoacidici allN-terminale;
2. Perdita delle sequenze segnale;
3. Aggiunta di gruppi fosforici a residui di serina,
treonina o tirosina da parte dellATP (es. caseina)
4. Aggiunta di carboidrati (glicoproteine);
5. Aggiunta di gruppi prostetici;
6. Proteolisi (tripsinogeno chimotripsinogeno);
7. Formazione di ponti disolfuro

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Modificazioni covalenti

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Eventi post-traduzionali
Specifici segnali, contenuti nella sequenza amminoacidica delle
proteine, le dirigono alle loro destinazioni cellulari finali

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71

Le modificazioni covalenti delle proteine dopo la


traduzione
includono:
proteolisi, glicosilazione e fosforilazione.

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ANTIBIOTICI E SINTESI PROTEICA

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PUROMICINA
Struttura simile
allestremit 3 di
un aminoacil tRNA.
Si lega sul sito A e
partecipa alla
formazione del
legame peptidico
causando la
terminazione
prematura del
polipeptide.
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TETRACICLINE

Bloccano direttamente il sito A impedendo lattacco


di qualsiasi aminoacil tRNA.
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CLOROAMFENICOLO

Blocca la peptidil transferasi, non interferisce con


la sintesi proteica diproteine citosoliche
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eucariotiche

STREPTOMICINA

Causa lerrata lettura del codice genetico nei batteri


basse concentrazioni ed inibisce linizio della sintesi ad
alte concentrazioni
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