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TAG641756283X13482996Therapeutic Los avances en Gastr oenterol ogyCM Guinane y PD C otter

2013

Los avances teraputicos en Gastroenterologa

Papel de la microbiota intestinal en la salud


y la enfermedad gastrointestinal crnica:
Entender el rgano metablico oculto

Revisin

Ther Adv Gastroenterol


(2013) 6 (4) 295-308
DOI: 10.1177 /
1756283X13482996
El Autor (s), 2013.
Reimpresiones y permisos:
http://www.sagepub.co.uk/
journalsPermissions.nav

Caitriona M. Guinane y Paul D. Cotter

Resumen: La microbiota intestinal humana se ha convertido en el objeto de numerosas investigaciones en los


ltimos
Nuestro conocimiento y aos de las especies residentes y su potencial capacidad funcional
es de rpido crecimiento. Nuestro intestino alberga Complejo comunidad microbiana de ms de 100 billones
Qu acorde Fisiologa humana clulas, Metabolismo, Nutricin y la funcin inmune, mientras que
la interrupcin de la microbiota intestinal se ha relacionado con afecciones gastrointestinales tales como
enfermedad inflamatoria intestinal y la obesidad. En este artculo examinamos los estudios recientes son
MUCHOS significativa
Ha eso-- Centrado en la intensificacin de nuestra comprensin de la complejidad de intestinal
comunidades, as como su potencial gentico y metablico. Estos han proporcionado un importante
Qu constituye informacin con los aspectos a la 'flora intestinal saludable ", mientras que la promocin de ur
comprensin del papel de los microbios intestinales en enfermedades infecciosas intestinales. Tambin
destacamos Recientemente
amplificar el genoma y otras herramientas utilizadas para estudiar el microbioma intestinal eso-- cierre y,
finalmente,
consideramos la manipulacin de la microbiota intestinal como una opcin teraputica potencial para tratar
Enfermedad gastrointestinal crnica.
Palabras clave: Enfermedad gastrointestinal, la salud del intestino, Diversidad Microbiana, manipulacin
Microbiana

Correspondencia a:
Introduccin
Enfermedades (IBD), colitis ulcerosa que abarca
Paul D. Cotter, BSc, PhD
El tracto intestinal humano alberga los distintos
(UC) y la enfermedad de Crohn (CD) [Frank et al.
Investigacin Teagasc Food
Centre, Moorepark,
y la comunidad microbiana compleja que juega la
2007].
Fermoy, Co. Cork, Irlanda
papel central en la salud humana. Ha sido estimacin
acoplado eso-- ur intestino Contiene en el intervalo de 1000
La Alimentaria
El papel del microbioma intestinal en la salud humana Pharmabiotic Centre,
Las especies bacterianas y 100 veces ms genes Rambler
University College Cork,
se encuentran en el genoma humano [Ley et al. 2006a; La enfermedad es cada vez ms clara y gracias a la altaCork, Irlanda
paul.cotter@teagasc.ie
tecnologas de secuenciacin de rendimiento (HTS) como
Qin et al. 2010]. Esta comunidad es comnmente
as
como
paralelos
Desarrollos
Recientes
en
nongenomic
Conocida como nuestras tarifas do "rgano" metablicas
Caitriona M. Guinane,
mrito. El propsito de esta revisin es verano Stufi
BSc, PhD
ocultas
Investigacin Teagasc Food
Marize los desarrollos principales muy significativos
Su tremendo impacto en el bienestar humano,
Centre, Moorepark,
Tener
eso-ocurri
con
reverencia
a
revelar
la
Fermoy, Co. Cork, Irlanda
metabolismo del husped incluyendo, Fisiologa, Nutricin
La diversidad microbiana del intestino humano y cmo esto
y la funcin inmune. Ahora es evidente eso-- Hur
gut coevoluciona microbioma con nosotros [Ley et al. impactos microbiota intestinal en Gastrointestinal
(GI) de la enfermedad. Tambin le Discus el estado-of-the-art
2008] y eso-- cambios a esta poblacin puede
eso-- herramientas se pueden utilizar para estudiar el
Tienen importantes consecuencias, tanto beneficiosos como
perjudiciales para la salud humana. De hecho, ha sido microbioma intestinal
Sugerido interrupcin eso-- de la microbiota intestinal y mirar a las opciones teraputicas futuras, tales como la
de la microbiota intestinal, tasas Mensajero GI
(Disbiosis XOR) puede ser significativa con los aspectos manipulacin
a
Trminos.
patolgicas Trminos intestinales como la obesidad
[Ley et al. 2006b; Zhang et al. 2009] y tricin
tricin [Kau et al. 2011], la sistemtica este tipo de
enfermedades
Diabetes Hasse [Qin et al. 2012] y inflamacin crnica Herramientas para el Estudio de la microbiota intestinal
Enfermedades matory COMO inflamatoria intestinal
La comprensin de la composicin y funcional
capacidad del microbioma intestinal representa la principal

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Los avances teraputicos en Gastroenterologa 6 (4)


desafo. Sin embargo, la investigacin en esta rea es cada
tecnologas eso-- se puede aplicar incluyen la
vez
Sistema slido (Applied Biosystems, Foster City,
ampliando y actualmente el nmero de diferentes
CA, EE.UU.), la plataforma Ion (Life Technologies,
enfoques estn siendo utilizados y desarrollados para Carlsbad, CA, EE.UU.) y el sistema SMRT (Pacfico
determinar
Biosystems, Menlo Park, CA, EE.UU.), mientras Adems
intestinal microbiana maquillaje minada, contenido gentica
cional plataforma, tales como los que se basan en la
y funcin.
nanotecnologa eso-Tradicionalmente, las tcnicas basadas en el cultivo utilizados
tecnologa porosa, se encuentran en desarrollo [Clarke
fueron
et al. 2009; Rosenstein et al. 2012; Schadt et al.
para determinar la composicin de la tripa microbicidas 2010].
AWStats. Generalmente tiene estos enfoques centrado en
el 'easy-to-cultura' del microbiana intestinal y tienen
Vuelto menos popular debido a las indicaciones eso-- Mientras que los motores estudios 16s rRNA Proveedor en
relacin
legtimamente
a la composicin de los ecosistemas microbianos,
10-50% de las bacterias intestinales son cultivables
Estas no Provider informacin sin escalas CON RESPECTO
[Eckburg et al. 2005]. Mtodos basados en cultivo
Ciertamente tienen sus limitaciones y no hacer fcilmentecin entre el microbio y Viabilidad o el funcional
Visin general del proveedor de la tripa Microbiana nentepotencial de las poblaciones actuales. Metagenmica
(XOR secuenciacin escopeta) estudios van ms all de la
sicin. Cabe sealar, sin embargo, hay eso-Han habido algunos avances en esta rea a travs de la 16S rRNA genes tasas caracterizan la plena gentica
Mayor disponibilidad de Specialized tasa media cultura Contenido de la comunidad, proporcionando de este modo la
idea de la capacidad funcional de potencial
tivar organismos ms exigentes [Goodman et al.
2011]. Un reciente estudio constituye la ulterior desarrollolos microbios presentes [Kurokawa et al. 2007; Qin
et al. 2010; Turnbaugh et al. 2009B]. Independientemente
rrollo en esta rea y como resultado la HAS coindel enfoque adoptado, es importante sealar
'culturomics microbianos' ing del trmino [Lagier
Que los requieran tecnologas de secuenciacin
et al. 2012]. Culturomics microbianos introduce el
Bioinformtico detallado anlisis para hacer frente a la
serie de nuevas tcnicas de cultivo, junto con
Lser de desorcin / ionizacin de tiempo Matrix-AssistedLos grandes volmenes de datos generados (para una
revisin,
vase
de espectrometra de masas de vuelo (MS), para identificar
el
Kuczynski y colegas) [Kuczynski et al.
Anteriormente gama sin cultivar de la microbiota de
2012]. De hecho, cada vez ms, el principal de botella
el intestino. Esta estrategia incluye la eliminacin de
Cuello ha pasado de ser la generacin de
la 'fcil de la cultura, o ms abundante, poblacin
ciones estn presentes en gran nmero eso-- tasa de Estas mudanzas y almacenamiento de los datos de velocidad
del disponiFacilitacin
bilidad de cientficos con los especialistas adecuados
el enriquecimiento de los ms difciles de cultivar
habilidades bioinformticas. Adems, aunque
cuerpos de varios mtodos de filtracin, COMO XOR
el uso de ccteles antimicrobianos y Phage Wars, lo queEstos
lleva enfoques genocntrica Tienes Proveedor
mucha
informacin sobre el contenido del
a la identificacin de 174 especies Anteriormente notas
intestino, tenemos que hablar Ingls tambin la actividad de
descrito en el intestino humano [Lagier et al. 2012].
Estos genes y el impacto en la salazn metablica
Dentro de las obras de la tripa. Adems de determinar
Especial
Estos pesar de los xitos recientes, es evidente eso-- actividad espec- microbiana, es necesario analtica
impresiones enfundadas (metatranscriptomics), protenas
enfoques independientes del cultivo son mejores
adecuado para proporcionar una visin ms rpida en el Productos (metaproteomics) y pro metablica
archivos (metabolmica). Estas tcnicas pueden ser
gut microbiota. En particular, el desarrollo
complejo y, en distinta medida, siguen siendo alguien
y la aplicacin de ADN de bajo coste y rpido
Lo que en su infancia. Cambio de citas, metatranscripmtodos de secuenciacin ha sido revolucionario.
tomics, basado en la secuenciacin a gran escala de 16s
HTS ha sido ampliamente utilizado para examinar la
rRNA transcripcin, se ha utilizado para observar el
Cercanas
complejidad del do microbioma intestinal a la velocidad,composicin de la microbiota activo en sana
Las personas y ha puesto de manifiesto la transcripcin eso-escala y proporcionado informacin precisa. Para
perfil cional es ms similar en todos los individuos
anlisis de la composicin, el gen 16S rRNA TIENE
Rambler indicado por El taxonmica asociada
Ms frecuentes sido blanco debido a su casi
INCLUYENDO en todos los procariotas y la existencia dediversidad [Gosalbes et al. 2011, 2012]. La fecal
metaproteome de los adultos sanos fue tambin
variabilidad
recientemente
Dominios eso-- aceptan tasa taxones diferentes eBay ABLE
investigado utilizando cromatografa lquida de tiempo
distinguido. Aunque la mayora de HTS
Se han basado en estudios que datan de la Roche 454 L'MS [Kolmeder et al. 2012]. Metaproteomics
tiene una ventaja sobre los estudios basados en ARN como
plataforma de pirosecuenciacin, secuenciacin otra
tecnologas, tales como los proporcionados por Illumina se analiza un producto gnico ms estable. Este
(San Diego, CA, EE.UU.), son cada vez ms emergente Ese estudio demostr la metaproteome retenido
ular [Caporaso et al. 2011b]. Otros HTS

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CM Guinane y PD Cotter

Figura 1. La microbiota intestinal en la salud intestinal y la enfermedad. Los microbiota gastrointestinal juegan el papel
acoger en Fisiologa, Nutricin y Metabolismo. La adulteracin en la comunidad microbiana intestinal est vinculada a la
Nmero de condiciones intestinales, incluyendo el cncer, la obesidad y la variedad de trastornos intestinales. La contribucin
componentes de beneficiosos del microbioma intestinal para acoger Fisiologa, metabolismo y funcin inmune TIENE
Convertido en el foco de atencin cada vez ms, y sin duda conducir a nuevos enfoques teraputicos.

La estabilidad temporal considerable en el tiempo y


incluyendo el ambiente intestinal. El Europeo
contena el proteoma ncleo eso-- incluido meta
La metagenmica del Tracto Intestinal Humano
enzimas bolic, acompaantes y protenas de estrs
(MetaHIT) [Arumugam et al. 2011; Qin et al.
[Kolmeder et al. 2012]. El campo de la metabo2010] y el Proyecto del microbioma humano EE.UU.
lomics ha avanzado de manera espectacular y desarrollo(HMP) [HMP Consorcio, 2012A, 2012b] Tener
sched- con reverencia a la resonancia magntica nuclearAmbos, a travs de secuenciacin a gran escala, trabajado
(RMN) y la oficina de MS y marcado para analizar
Hacia el establecimiento de los balineses micro intestino sano
biota y cmo esta se altera en el Estado de Enfermedades.
1000 de los metabolitos simultneamente [Nicholson
et al. 2005]. RMN se ha utilizado para el investigador
metabolitos composiciones de la microbiota intestinal en
muchos casos [Marchesi et al. 2007;
MetaHIT se centr en la investigacin de la correlacin
Mestdagh et al. 2012; Saric et al. 2008]. Aunque
Entre El microbioma intestinal e intestinal
La herramienta extremadamente valiosa, se puede limitarpatologas,
Nmr
en particular la obesidad y la EII [Qin
por la resolucin y sensibilidad. En algunos casos, ion et al. 2010]. En un caso, este consorcio
Resonancia ciclotrn transformada de Fourier-MS,
ADN fecal secuenciado a partir de la cohorte de 124
Cul tiene una resolucin extremadamente alta masa yindicacin
que puede detectar pequeas variaciones entre
individuos, incluyendo sujetos sanos y aquellos con
seales de metabolitos [Rossell-Mora et al. 2008],
IBD o la obesidad, para establecer el catlogo de nonremalla de tenerse en cuenta.
Los genes redundantes de la valva intestinal [Qin et al.
2010]. Este proyecto indica eso-- 40% de genes
Fueron compartidas entre la mayora de los individuos
y por lo tanto representa el metagenoma ncleo. Es
Tambin se encontr un 99,1% de los genes fueron eso-- de
teriana
Estudios a gran escala del microbioma intestinal
Origen Rial, con la mayora de los restantes
En los ltimos aos el nmero de fondos de banda anchaLos genes que pertenecen a la archeal Unido, con el
iniciativa
Nmero relativamente pequeo de eucariota y viral
tivas se llevaron a cabo con el fin de entender:
Los genes tambin ser de deteccin [Qin et al. 2010].
cin de la complejidad del microbioma humano,

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Los avances teraputicos en Gastroenterologa 6 (4)


El HMP evaluaron la diversidad de la microbiota
nmero de factores incluyendo el envejecimiento, la dieta,
a travs de mltiples lugares del cuerpo en los sujetos sanos,
antibiticos
incluyendo el tracto gastrointestinal, para determinar los uso y de factores ambientales pueden causar cambios.
balineses
Los bebs apagado pens general de nacer con
composicin del microbioma humano sano
intestinos eso-- DIU apagado o eso--, a lo sumo, el efectivo
[HMP Consorcio, 2012A]. Secuenciacin a gran escala
El muy bajo nivel de microbiana [Jimenez et al. 2008].
cin para metanlisis producido TIENE 16s rRNA
Sin embargo, el beb tracto gastrointestinal es rpidamente
Los datos de 690 muestras de 300 y sujetos
colonizado
a travs de 15 sitios del cuerpo [Turnbaugh et al. 2007]. El
despus de la entrega. La composicin del infante
Tambin HMP genera catlogo de Microbial
intestino puede variar significativamente en funcin del
genomas del microbioma humano, Qu Connecticut
nmero de
consiste de aproximadamente 800 genomas de referencia de
factores, entre ellos la manera de entrega, tipo de
mltiples lugares del cuerpo a salir con [HMP Consorcio,
alimentacin,
2012b] (Ver tambin http://hmpdacc.org). Tanto Connecticut
XOR do a los antibiticos, el uso de prebiticos o probiticos
enormemente valiosa cata- Microbiana del proveedor
(por
consorcios
una revisin ver Fouhy y colegas) [Fouhy et al.
Logue eso-- destaca la variabilidad sustancial en
2012]. A pesar de esto, el microbicida intestinal infantil
Los genes y las especies microbianas en el intestino. En
AWStats Restos menos complejo que el de los adultos.
Adems
Temprano
cin, junto con otros, este trabajo ayuda Hur
colonizadores incluyen enterobacterias y enterococos
Lo que constituye la comprensin de tripa 'saludable'
seguido por los organismos anaerobios tales como bfido
microbiota al tiempo que revela novela aso- potencial
bacterias, clostridios, Bacteroides spp. y anaerbico
empate entre la microbiota intestinal y el reflujo
estreptococos [Adlerberth y Wold, 2009]. Estos
gastrointestinal
poblaciones continan evolucionando y por la edad de 2 aos
enfermedades [Qin et al. 2010, Arumugam et al. 2011;
microbiota intestinal infantil est pensado para mostrar la
HMP Consorcio, 2012A, 2012b].
Commuter
estructura
de comunidad
similar la
a la
tripa de adultos
[Palmer
Como
se seal
anteriormente,
variabilidad
interindividual
et
al. 2007].
Dentro
La microbiota intestinal "saludable"
la microbiota intestinal de adultos es muy expansiva.
La microbiota intestinal de los individuos sanos es
Turnbaugh
Tasa Conocido imparte el nmero de beneficios para la salud
Establecida y colegas eso-- la micro fecal
relatbioma de los gemelos idnticos comparten menos del 50% de
tasa de ING, por ejemplo, la proteccin del patgeno, nutricin
cin, el metabolismo de acogida y de modulacin inmunefilotipos especies [Turnbaugh et al. 2010].
HTS Sin embargo, basados en rRNA basado en 16s, estudios
[O'Hara y Shanahan, 2006; Sekirov et al. 2010]
IES, es evidente eso-- en general el intestino de adultos
(Figura 1). Histricamente, la exploracin basada en la cultura
est dominado por dos phyla bacteriana, Firmicutes
TIENE
y Bacteroidetes, con otros incluyendo filos
Eso indicaba el intestino de APILADORA proporcin saludable
Actinobacteria, proteobacterias, Verrucomicrobia y
de adulto
Fusobacteria estar presente en proporciones ms bajas
terial especies son comunes eso-- Entre el Major[Eckburg et al. 2005; Tremaroli y Backhed,
dad de los individuos. En contraste, sin embargo, la
2012]. Todava existen mayores variaciones por debajo del
Ms recientemente la aplicacin de tecnologas de amplificar
phylum
Gies, la Facilitacin Qu cultura independiente
nivel, teres Aunque butirato-teriana producir
examen de la microbiota intestinal, han indicado
ria, incluyendo Prausnitzii Faecalibacterium, Roseburia
Que existe una amplia diversidad interindividual Microbiana
sidad, con slo la pequea superposicin filogentico intestinalis y Bacteroides uniformis, Han sido
identificado como miembros clave del intestino adulto micro
Entre personas [HMP Consorcio, 2012A]. Es
biota [Qin et al. 2010]. Adems relat- conocimiento
En caso de eBay tambin ha sealado eso-- los MUCHOS
cin de las especies y la composicin funcional de
HTS basado en
el intestino fue obtenida a travs del anlisis de
describe los estudios realizados para GI normales
secuencia de datos de 22 de metagenomes fecales
Comunidad microbiana han diferido con reverencia
a la salud, la edad, la ubicacin y la dieta de la indicacinIndividuos a travs de cuatro patas de pases. Esto condujo a
la HSA
individuos incluidos [Qin et al. 2010, 2012; Tap et al.
Que las sugerencias microbioma intestinal humanos
2009; Turnbaugh et al. 2009a], en el especfica
Los mtodos moleculares usados [Claesson et al. 2009; Connecticut
consiste de tres enterotipos eso-- tasas varan con reverencia
Hamady y Knight, 2009] y en la forma en que los datos son
Los asociados microbianos especies y su funcin
Se han analizado [Wooley y Ye, 2009]. Tiene
cional potencial [Arumugam et al. 2011]. Estos
Establecido sido, sin embargo, no es el alto eso-Nombrado para reflejar los racimos eran sus predominante
En general, la estabilidad, Temporal del Microbiana Commuter
miembros, es decir, Bacteroides (Enterotipo 1),
Comunidad dentro del individuo, lo que sugiere la
Prevotella (Enterotipo 2) y Ruminococcus (Integracin
Existencia del ncleo individual Microbiana poblacin
rotype 3). Se aleg eso-- de los ms frecuentes
cin [Caporaso et al. 2011a; Costello et al. 2009;
Jalanka-Tuovinen et al. 2011]. Incluso en este caso, el Estos enterotipo tena 3 aos, que est enriquecido en
Ruminococcus Adems de la co-produciendo

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CM Guinane y PD Cotter
Akkermansia [Arumugam et al. 2011]. Desde entonces se
ha foco de atencin, es decir, la posibilidad
Mayor
ha indicado, sin embargo, eso-- The Three enterotipo NCO relacin entre la microbiota intestinal y crnica
Divisional Arent Hasse Hasse separar primero el pensamiento
Enfermedades gastrointestinales, incluyendo el sndrome del
y en
intestino irritable
particular, la Ruminococcus predominante enterotipo
(IBS) y la EII, enfermedades sistmicas como la tipo 2
parece menos obvio Rambler reclam inicialmente [Jeffery
diabetes (diabetes tipo 2) y la obesidad, as como de la
et al. 2012A; Wu et al. 2011].
aparicin
El cncer colorrectal (CRC) (Tabla 1 y Figura 1).
Sndrome
del intestino irritable
Tambin la microbiota intestinal de edad avanzada ha sido
la
tema de la serie de estudios en los ltimos aos. Este Trastornos intestinales funcionales, tales como el apagado
es particularmente oportuna de Hasse envejecimiento deIBS
la
Define nicamente en el diagnstico basado en los sntomas
poblacin es
criAhora convertirse en la caracterstica general de los pases
teria. IBS se caracteriza por dolor abdominal o
occidentales
El malestar y los hbitos intestinales alterados. Aunque
tries [Biagi et al. 2010; Claesson et al. 2011, 2012].
Se ha observado eso-- hay fsica relacionada con la edadLa etiologa es multifactorial, reciente entendimiento
cin de la fisiopatologa del SII ha revelado
cambios meto- en el tracto gastrointestinal de las Personas
Que las variaciones en la malla normal de la microbiota
Mayores
intestinal
Ese perodo de calma que se caracteriza por la crnica de
Tienen un papel que desempear en el intestinal de bajo
bajo grado
grado
inflamada (inflammageing) [Franceschi, 2007]
inflamacin asociados con el sndrome
que puede conducir al desequilibrio en la Microbiana
[Brint et al. 2011; Ponnusamy et al. 2011].
delgado [Guigoz et al. 2008]. Escaneo HTS TIENE
Disbiosis microbiana en el intestino se piensa que es
Eso indica la composicin del intestino micro
biota de las personas mayores (> 65 aos) es distinta deinvolucrados en el SII patognesis facilitando
adherencia de los patgenos a la pared intestinal (para el
eso-- de youngers y adultos, aunque muy
revisin, vase Ghoshal y colegas [Ghoshal et al.
Variables entre los individuos, de HAS dominacin general
2012]). En concreto, el estudio con phylogeNANCE del phylum Bacteroidetes [Claesson et al.
microarrays magnticos y de la polimerasa cuantitativa
2011]. Claesson y colegas miento adicional
cido una relacin entre la dieta, la estacin de la salud Reaccin en cadena (qPCR) anlisis revel la clara
Tus y el intestino poblacin microbiana de los mayores paratin Entre La microbiota gastrointestinal de los pacientes
con IBS y eso-- del control, es decir, el SII era
La gente [Claesson et al. 2012]. En resumen, taxonmicas de misiones mostraron eso-- la microbiota de caracterizado por el aumento de Firmicutes y,
Ms especficamente, en los nmeros de Ruminococcus,
La gente en el entorno de la atencin de larga estancia tenan
Clostridium y Dorea, Adems de la marcada
un alto
proporcin de Bacteroidetes, mientras que los individuosreduccin en Bifidobacterium y Faecalibacterium
spp. [Rajilic-Stojanovic et al. 2011]. En un similares
Vivir en la comunidad tena un alto nivel de
Estudio de pacientes peditricos con el sndrome, la
Firmicutes. Cabe destacar que la microbiota de los individuos
en larga estancia atencin fue significativamente menos Los miembros de la adulteracin en Firmicutes y
Proteobacteria Tambin con el ms alto de la Abundancia
diversos y
Dorea, Ruminococcus y Parainfluen- Haemophilus
La prdida de la microbiota asociada-Comunidad
correlacionado con el aumento de fragilidad [Claesson etzae,
al. se seal. Por otra parte, los miembros de la
2012]. Este y otros trabajos HA fuertemente implicado gnero Bacteroides Se encontraron a estar presentes en la
Nivel inferior en pacientes con IBS Rambler peditrica en
eso-- la microbiota gastrointestinal es la tasa extremadamente
El control sano y el aumento de Alistipes
significativa
estaba vinculada con la frecuencia mayor del Dolor
la salud y en la progresin de la enfermedad y
[Saulnier et al. 2011]. Otro trabajo por Jeffery y
fragilidad en las personas mayores que [Claesson et al. 2012;
Guigoz et al. 2008]. Sin importar la edad, el desarrollo Entre los subgrupos colegas encontraron pacientes
con IBS con firmas Varying microbianos, sin
rrollo de la comprensin ms clara de lo que constiGeneralmente la siempre aumentar en el Firmicutes tasa
tituye la microbiota saludable permite dibujar
Bacteroidetes relaciones era evidente en pacientes con SII
Qu, nada tejo, es inusual Dentro de la microbiota
Quin se diferenci de poblaciones normales [Jeffery
de personas con diversas enfermedades.
et al. 2012b, 2012c]. Estos estudios sugieren HTS
Eso es vnculo entre la microbiota intestinal y el SII
La microbiota intestinal y la enfermedad
Como el volumen de los datos relativos a la composicintodava existen mails, lo que podra, con el tiempo, conducir al
diseo
y el potencial funcional de la microbiota intestinal
de opciones teraputicas.
aumenta, el nmero de enfermedades que han sido
vinculados con alteraciones en nuestro intestino Microbiana
Commuter
Comunidad tambin ha ampliado. De hecho, los MUCHOS
Tales casos de asociaciones potenciales son demasiadoLa enfermedad inflamatoria intestinal
IBD, que abarca tanto la UC y CD, es caracterizado
Gran resumir en esta revisin y por lo tanto aqu
por la inflamacin crnica y recurrente
la atencin se centra en las asociaciones eso-- han sido racterizado
los

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Los avances teraputicos en Gastroenterologa 6 (4)


Tabla 1. Asociaciones microbianas con enfermedades intestinales crnicas.
Condicin

Asociaciones microbianas *

Referencias $

IBS

Aumento:
Firmicutes: Bacteroidetes relaciones
Ruminococcus
Dorea
Clostridium
Gammaproteobacteria (PIBS)
Haemophilus influenzae (PIBS)
Disminucin:
Bifidobacterium
Faecalibacterium
Bacteroides
Aumento:
El nmero de bacterias en la mucosa (CD)
Gamma-proteobacterias
Enterobacteraceae
adherente invasiva Escherichia coli (CD)
Clostridium spp.
Disminucin:
Diversidad bacteriana
Firmicutes
Bacteroidetes
Lachnospiracheae
Clostridium leptum y coccoides Paneles
(Faecalibacterium prausnitzii)
Roseburia
Phascolarctobacterium
Aumento:
Fusobacterium spp.
E. coli (SCP +)
Aumento:
Firmicutes: Bacteroidetes Ratios
Actinobacteria
Bacteroides
Prevotellaceae
Disminucin:
Diversidad bacteriana
C. leptum Paneles
(Ruminococcus flavefaciens)
Bifidobacterium
Methanobrevibacter
Aumento:
Los patgenos oportunistas
(Clostridium spp., E. coli, Eggerthella lenta)
Muciniphilia Akkermansia
Bacteroides spp.
Disminucin:
Organismos que producen butirato
(Roseburia spp., Faecalibacterium spp.,
Eubacterium spp.)
Firmicutes

Ghoshal et al. [2012]; Jeffery et al.


[2012b]; Rajilic-Stojanovic et al.
[2011]; Saulnier et al. [2011]

IBD (incl.
EC y CU)

CRC

Obesidad

DT2

Frank et al. [2007]; Garrett et al.


[2010]; Es et al. [2012]; Manichanh
et al. [2006]; Morgan et al. [2012]

Arthur et al. [2012]; Castellarin et al.


[2012]; Kostic et al. [2012]; McCoy
et al. [2013]
Clarke et al. [2012]; Duncan et al.
[2007]; Ley et al. [2005]; Schwiertz
et al. [2009]; Turnbaugh et al. [2006,
2009a]; Zhang et al. [2009]

Qin et al. [2012]; Larsen et al. [2010]

* Los ejemplos de teres documentados Shanghai Microbiana Enfermedad asociada con Stratus.
$ Consulta opiniones tambin por Cho y Blaser [2012]; Clarke et al. [2012]; Shanahan [2012].
Varying emerge Entre los estudios.

CD, la enfermedad de Crohn; CRC, el cncer colorrectal; IBD, enfermedad inflamatoria del intestino; IBS, sndrome del intestino irritable; PIBS,
IBS peditrica; PKS +, polictido sintasa positivo; DT2, la diabetes tipo 2; UC, colitis ulcerosa.

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CM Guinane y PD Cotter
del tracto gastrointestinal. UC y CD son generalmente Tanto la UC y CD en Condiciones [Morgan et al.
descrito como EII crnica, aunque la parada separada 2012]. Independientemente de la Poblacin Microbiana XOR
patgeno en cuestin, y Aunque precaucin especfica
Enfermedades que difieren en sus sntomas y Male
Versalidad an no ha sido aclarado, estos y otros
hinchazn patrn. El CD es especficamente
Han Ciertamente los estudios indicados vnculo entre el
crnica, inflamacin segmentaria del tracto gastrointestinal
gut microbiota y la EII.
[Loftus, 2004] Aunque la etiologa y no es
sin embargo, claro, se define como un accidente
cerebrovascular complejo eso-que surge de la interaccin entre el husped
Cncer Colorrectal
Gentica de poblaciones microbianas y el intestino [Elson,
Un papel para el microbioma intestinal en la patognesis
2002]. UC se caracteriza por inflamacin general
de CRC se ha sugerido en el nmero de reciente
cin y ulceracin de la mucosa del colon.
Publicaciones [Arthur et al. 2012; Kostic et al.
El inicio Trminos de Male es, en general, la puntuacin 2012; Plottel y Blaser, 2011]. Aunque la nuez
piensa que es debido a los organismos causantes de nuez
organismos causales no ha sido identificado, el
peros
Haga que varios estudios implicado la asociacin
por la disbiosis general microbiana en el intestino [Lepage
para Fusobacterium miembros con CCR [Castellarin
et al. 2011; Martnez et al. 2008]. Sin embargo,
et al. 2012; Kostic et al. 2012; McCoy et al. 2013].
Haga clic en continuar siendo objeto de mucho debate. AMs especficamente, el reciente estudio utilizando
papel para los microbios del intestino en la manifestacinfluorescente
de
la EII
in situ anlisis de hibridacin indica el enlace
se ha indicado por el nmero de estudios y el
Entre Fusobacteria y CRC, con mayor ro
microbiota intestinal se cree que son nente esencial
fibras identificadas en tumores en comparacin con el control
nentes en el desarrollo de lesiones de la mucosa (por la muestras [Kostic et al. 2012]. Este avistamiento
resea ver Manichanh y colegas) [Manichanh
Con el apoyo de 16s rDNA anlisis de secuenciacin fue
et al. 2012]. Generalmente intestino se inflama
DE LA microbioma colorrectal eso-- revel
cree que est asociada con la bacteriana reducida
Los miembros de la Fusobacterium gnero, incluyendo
La diversidad y, en particular, el menor de la Abundancia,Fusobacterium nucleatum, Fusobacterium talidad
y en la complejidad reducida, el Bacteroidetes y
tiferum y Fusobacterium necrophorum secuencias,
Firmicutes filos con la reduccin especfica de la abundancia
FUERON Heinrich en el tejido tumoral. Estos Shanghai
danza en el Clostridium leptum y Clostridium
Se encontr que eran acompaados por amplia phylumcoccoides grupos [Manichanh et al. 2006; Sokol
cambios de nivel, incluyendo la reduccin significativa en
et al. 2006]. Se ha indicado eso-- Tambin mientras
Firmicutes y Bacteroidetes. Esto sugiere malla eso-Firmicutes Reduccin de tiempo de inactividad no es el Fusobacterium spp. Contribuir a la gnesis tumoral
aumento de Gamble
a travs del mecanismo inflamatorio [Kostic
maproteobacteria en pacientes con CD [Se et al.
et al. 2012]. Crnicamente inflamado es el cimiento
2012]. En contraste con la dysbi- microbiana en general cido factor de riesgo para la carcinognesis [Balkwill y
Teora OSIS, los investigadores han sugerido puntiagudos
Mantovani, 2001] y el tumor XOR-asociado
participacin de taxones especficos, por ejemplo el
Funcin 'suscit-tumor "de la inflamacin puede ser
Enterobacteriaceae Se han asociado con la
CRC [Grivennikov et al. 2010]. En particular, otro
microbiota de los pacientes con CU [Garrett et al.
Studi, que se bas en el uso de la metagenmica
2010] y adherente invasiva E. coli Han sido
secuencia y los datos qPCR, corroborado la asociacin
identificado en la mucosa ileal de pacientes con CD
cin entre este gnero y la CRC, revelando
[Darfeuille-Michaud et al. 2004]. Tener all
La sobreabundancia de Fusobacterium secuencias
sido el nmero de estudios eso-- tambin tienen alta
tumor en el tejido normal, en comparacin con el contrIluminada menor abundancia de F prausnitzii (La.
oles [Castellarin et al. 2012]. Miembros de
Miembro de la C. leptum grupo) en pacientes con
Fusobacterium, Curiosamente, tambin se han ciacin
EC y CU [Frank et al. 2007; Martnez-Medina
ciados con el nmero de otro patlogo intestinal
et al. 2006; Sokol et al. 2009] y el papel de este
Gies incluyendo EII [Strauss et al. 2011] y aguda
microorganismo en la lucha contra disbiosis bacteriana apendicitis [Guinane et al. 2013; Swidsinski
en CD se ha sugerido [Sokol et al. 2008]. En
et al. 2011].
Adems, trabajos recientes Analizando biopsias intestinales
Muestras de heces de pacientes con EII y
Los sujetos sanos y documentado la asociacin
de la situacin sanitaria de la EII con alteraciones en el
abundancias de Enterobacteriaceae, Ruminococcaceae
y Leuconostocaceae, mientras que a nivel de gnero,
Clostridium Aumento de los niveles, mientras que el butirato
El vnculo entre la inflamacin inducida por microbios
Productor Roseburia y productor succinato
Phascolarctobacterium Se redujeron significativamente cin y el CRC tambin se ha destacado en el
nmero de otros estudios. De hecho, ha sido cimiento
cidas eso-- productos microbianos pueden entrar barriertumores colonias defectuosos, Trigger inflamada
a travs de la respuesta inmune del husped y, a su vez,

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301

Los avances teraputicos en Gastroenterologa 6 (4)

302

aumentar el crecimiento del tumor [Grivennikov et al. 2012].


Los individuos (para una revisin ver Clarke y sus colegas)
Los estudios tambin han revelado HTS vnculo entre [Clarke et al. 2012]. De hecho, la Ley y sus colegas,
intestino inflamado y el maquillaje Microbiana
encontrado para disminuir en el Firmicutes tasa Bacteroidetes
en la colitis-susceptibles, la interleucina-10 deficiente
relaciones despus de la prdida de peso en sujetos humanos
ratones [Arthur et al. 2012]. Este estudio revel eso-[Ley
ratones con colitis tena una menor diversidad microbianaet al. 2006b]. Labor futura de Turnbaugh y Collier
intestinal
Ligas indicaron la menor proporcin de Bacteroidetes
maquillaje, que estuvo acompaado por el
Los individuos en obesos, la mayor abundancia de
aumentar en Proteobacteria y particularmente en
Actinobacteria mientras que los niveles de Firmicutes
E. coli niveles, en la presencia de inflamacin intestinal permanecido inalterada [Turnbaugh et al. 2009a]. El
cin [Arthur et al. 2012]. En ltima instancia, el papel
prominencia de la Firmicutes tasa Bacteroidetes relaciones
del tocado techo E. coli en CRC estaba vinculada a la en la obesidad, sin embargo, es todava claras notas con
polyketide
visera Connecticut
sintasa (PKS) isla de patogenicidad de codificacin
estudios afligiendo publicados hasta la fecha en este mbito
genotoxina (colibactin). Esto fue apoyado por la
[Duncan et al. 2007; Schwiertz et al. 2009].
avistamientos eso-- mutantes isognicas que carecen de la
PKS
DT2 HSA, en los ltimos aos, convertido en un problema de
Islandia provoc el crecimiento tumoral disminuido
salud
y la invasin de los ratones de tipo salvaje Rambler Su PKS
+
en todo
el mundo. DT2 est principalmente relacionado con
homlogos [Arthur et al. 2012]. Aunque estos
obesidadLos estudios sugieren que la combinacin de anfitrin resistencia a la insulina relacionada. Sin embargo, varios
inflamacin
gentica
cin y especficos microorganismos tasa Contribuir
y los factores ambientales se cree que influir
CRC tumourigenesis, es obvio eso-- Adems
incluido el requisito previo. Una vez ms, las alteraciones en
Se necesita investigacin en esta rea.
la
composicin de la microbiota intestinal de los adultos con
La obesidad y la diabetes tipo 2
DT2, en relacin con la de los controles sanos, ha sido
La obesidad y los trastornos relacionados, como la diabetes
sealado. Aunque en muchos casos la cuestin
tipo 2 y
sndrome metablico, se han convertido en cada vez msEstas tasas si Shanghai representar la causa o la
comn en dcadas recientes. La obesidad es el complejoPermanece efecto sin resolver, se prev eso-La investigacin adicional en esta rea se aclara esta
sndrome eso-- desarrolla a partir del desequilibrio prolongado
cuestin.
Ance de la ingesta energtica y el gasto energtico.
Aunque los factores de estilo de vida, dieta y ejercicio En cualquier caso, el importante nmero de fascinante
Recientemente han aparecido estudios. Larsen y Collier
Connecticut
tributo en gran parte a la epidemia moderna, tambin ha ligas empleadas 16s rRNA composicional
secuenciacin para revelar que las proporciones de la
ha indicado por el cuerpo cada vez mayor de trabajo
Firmicutes, y especficamente el Clostridios clase,
eso-- las Comunidades microbianas Dentro de The Human
delgado jugar el papel importante en la obesidad [Ley, Se redujeron, mientras que el Bacteroidetes y la clase
Betaproteobacteria FUERON Heinrich en el equipo con
2010; Ley et al. 2005; Tilg y Kaser, 2011;
DT2 comparacin con el control [Larsen et al. 2010].
Turnbaugh et al. 2006]. Aunque ha sido rencias
rido eso-- aumento de la energa de la cosecha do a la Ms recientemente, la impresionante pantalla panormica
Presencia de poblaciones microbianas especficas contri-metagenomeestudio de asociacin amplia identificado microbiana intestinal
buye a la obesidad [Ley et al. 2005; Turnbaugh et al.
Que podran ser marcadores tiles en la DT2 clasificar
2006], esto no siempre se ha encontrado para ser el
alicates [Murphy et al. 2010] y, de hecho, que se est [Qin et al. 2012]. En general, este estudio encontr que la moGrados eRate de disbiosis intestinal en pacientes con
convirtiendo
diabetes tipo 2.
cin cada vez ms evidente eso-- no puede ser muy
De las especies bacterianas idenitifiable en este estudio
MUCHAS otras formas en que la microbiota puede
Muestras de control que fue indicadas estaban Heinrich
ganancia de peso y la influencia metabolismos de acogida
bacterias productoras de butirato en diversas, mientras
(para la
pacientes con diabetes tipo 2 se caracteriza por la
resea ver Clarke y sus colegas) [Clarke et al.
teres aumentan en patgeno oportunista, tal
2012]. La identidad de las poblaciones clave / Taxa
como el nmero de Clostridium spp. adems de
Esa malla eBay asociados con el aumento de peso tambin
intestino significativa incluyendo microbiana Akkermansia
ha
muciniphilia, Bacteroides spp. y Desulfovibrio spp.
sido objeto de mucho debate. Aunque el mero
[Qin et al. 2012]. La identificacin de estos intestino
ero de estudios de la microbiota de magro y obeso
microbianos malla eBay significativo en la
Haga que los ratones indicaron eso-- genticamente (ob Marcadores
/ ob)
clasificacin
y
DT2 o tal vez la obesidad o de otro metablica relacionada
ratones obesos inducidos por la dieta que contienen mayor
Enfermedades.
proporcin
Las estrategias para manipular la flora intestinal
ciones de Firmicutes y niveles ms bajos de Bacteroidetes
Rambler Sus homlogos delgados [Ley et al. 2005], la Como se muestra en lo anterior, existe una creciente
evidencia
situacin en los seres humanos es menos claro A pesar del
Que la microbiota intestinal desempea un papel central en
hecho
eso-- Ha habido estudios sobre el nmero eso-- Tienes
centrado en la microbiota intestinal de grasa y la obesidad
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CM Guinane y PD Cotter
la salud humana y las enfermedades GI. Por tanto, es pptidos producidos por las bacterias con repeticiones de
lgicamente
amplio
cal eso-- modulacin de la microbiota intestinal caso de eBay
XOR estrecho espectro y la tasa Qu producir
considerarse como una estrategia teraputica para tratarbacteria es inmune [Cotter et al. 2005].
Enfermedades Crnicas. Los enfoques investigados
Las bacteriocinas con el estrecho espectro de actividad
incluir el uso de prebiticos, la suplementacin
Contra el microorganismo diana puede ofrecer la teracon probiticos, reposicin de poblacin bacteriana
putico alternativa a los antibiticos tradicionales. Gutciones por el trasplante fecal o mediante el empleo de Productores de bacteriocinas, tambin provocan la
antimicrobianos para eliminar patgenos XOR manipulacin
ventaja de producir la antimicrobiano in situ,
de listones la microbiota intestinal en la forma en que se y por lo tanto, en estas situaciones, el antimibeneficiarn
pptido bial no se ve afectada por proteolisis Durante
sede de la salud.
trnsito gstrico o no tiene por qu ser encapsulada
lada. Las bacteriocinas se han demostrado para ser til
Los prebiticos y probiticos son cada vez mayor
Controlando el nmero de patgenos en el GI in vivo,
vez ms populares (para una revisin ver Vyas y
incluyendo Listeria monocytogenes [Corr et al. 2007]
Ranganathan) [Vyas y Ranganathan, 2012].
Salmonella spp. [Casey et al. 2004], Campylobacter
Los prebiticos se utilizan para compuestos nutricionalesjejuni
pro [Popa et al. 2006] y C. desafiando [Rea et al.
Mote el crecimiento de comensales beneficiosas y
2011].
por tanto, tienen el potencial para mejorar la salud
gastrointestinal. Uso
de cultivo probitico oral a restaurar la micro intestino
Prometedores resultados condujeron a la biota TIENE EN
EL
Adems
de emplear los antimicrobianos con
TRATAMIENTO
Ver tasas de control de patgenos en el tracto gastrointestinal,
trastornos intestinales como de UC y Obesidad
itis
[Andreasen et al. 2010; BIBILONI et al. 2005;
Tambin hacen que uno se ha sugerido eso-- antimicrobianos
Kadooka et al. 2010]. Si bien se puede argumentar, sin eBay emplea para manipular la microbiota a
nunca, las dosis de probiticos orales eso-- no hacen el tratamiento de otros trastornos gastrointestinales, tales
Proveedor ciente
como la obesidad [Murphy
Nmeros cientes microbiana a influir plenamente la
et al. 2013a, 2013b]. En un caso, Murphy
las poblaciones de los dos puntos, itis malla eBay eso-- Estos
y colegas implorando el concepto de focalizacin
Su microbiana ejercer influencia a travs de complejos la microbiota intestinal, los ratones obesos inducida por la
significa, por ejemplo, la produccin del antimicrobiano dieta
XOR el modulador del sistema inmune. Fecales
a travs de diferentes estrategias excesivamente
Trasplante Microbiana (FMT) se est convirtiendo en el antimicrobianos con
ms comnmente utilizado Aproximacin a la reposicin Los
de latipos de vista, a su vez, evaluar el impacto en la
GI microbiota (para revisiones ver Borody y Khoruts,
obesidady rubor) [Borody y Khoruts, 2011; Flushing,
Anormalidades metablicas asociadas [Murphy et al.
2012]. El objetivo de la FMT es reintroducir la constante 2013a]. Las dos cirugas empleada que trabaja
comunidad microbiana de la IG de la tasa de donantes sanos
La administracin oral del antibitico vancomicina
reposicionamiento de las poblaciones alteradas en los y la produccin de la bacteriocina-probitico Abp 118
enfermos
Lactobacillus salivarius UCC 118, respectivamente.
Individual. En particular, se ha utilizado en el FMT
Ambas estrategias Altered poblaciones en el reflujo intestinal
tratamiento de la recurrente Clostridium desafiando infeccin
maneras tinct. Por ejemplo, la vancomicina administrativa
Cuando ha fracasado el tratamiento estndar. FMT TIENE
cin se tradujo en el aumento dramtico en Proteobacteria
ha encontrado para tener xito en C. desafiando tratamiento
niveles acompaados con la disminucin en el
Ma, con remisin de la enfermedad hasta en visitar
Firmicutes y Bacteroidetes filos, peros slo vanco92% de los casos [Gough et al. 2011].
micina result en la mejora de la meta
bolic anomalas asociadas con la obesidad. Estos
La Relacin Entre El resultado puso de relieve adems
Adems de ser un opciones teraputicas viables,
gut microbiota y la salud, e indicar el tencial
Haga que los antibiticos pueden efectos potencialmenteBeneficios de utilizar DEBIDO gut microbiota-manipulacin
perjudiciales
Estrategias para mejorar la Salud [Murphy et al. 2013a,
A travs de los trastornos de la microbiota intestinal. En 2013b].
particulares, antibiticos de amplio espectro pueden infligir
'daos colaterales' significativa, como ha sido
Observaciones
finales
Recientemente revelado por las tecnologas de HTS (para
la
Nuestra flora intestinal evoluciona con nosotros y juega la
resea ver Cotter y colegas) [Cotter et al.
2012]. Como consecuencia, el nmero de investigacin papel fundamental en la salud humana y la enfermedad.
Ahora
Han centrado en las dems antimicrobianos Rambler
eso-- conocen la microbiota residente influencia de acogida
Antimicrobiana clsica. Por tanto, es particularmente notable
metabolismo, el sistema inmune y Fisiologa
Que la capacidad para producir bacteriocinas es la del viajero
desarrollo, mientras que las perturbaciones de la Microbiana
rasgo comn entre los microbios del intestino. Las
comunidad puede resultar en la enfermedad gastrointestinal
bacteriocinas
Apagar pequeo antimicrobiano ribosomally sintetizado crnica.
Mientras que la revolucin de las tecnologas moleculares
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303

Los avances teraputicos en Gastroenterologa 6 (4)


probitico mezcla induce la remisin en pacientes
Nos ha proporcionado las herramientas para ms necesaria
con colitis ulcerosa activa. Am J Gastroenterol 100:
estudiar con exactitud la microbiota intestinal, ahora
1539-1546.
necesitamos
tasa dilucidar con mayor precisin las relaciones
Borody, T. y Khoruts, A. (2011) microbiota fecal
Entre La microbiota intestinal y varios intestinal
trasplante y aplicaciones emergentes. Nat Rev
patologas. Comprender el eso-- micro sale
Gastroenterol Hepatol 9: 88-96.
poblaciones bial juegan en la enfermedad gastrointestinal es
Fundamental
Brint, E., Mac Sharry, J., Fanning, A., Shanahan,
para el desarrollo de la Suprema putico adecuado
F. y Quigley, E. (2011) Impresin diferencial
enfoques puticos. El concepto de alternado Hur
de los receptores tipo toll en pacientes con colon irritable
Intervencin de la comunidad microbiana en el intestino por
sndrome. Am J Gastroenterol 106: 329-336.
Esfuerzo por mejorar la salud gastrointestinal es actualmente
el tema
Caporaso, J., Lauber, C., Costello, E., Berg-Lyons,
Que est recibiendo un inters considerable. La focalizacin
D., Gonzlez, A., Stombaugh, J. et al. (2011a)
cin de los componentes especficos del microbioma intestinal
Las imgenes en movimiento del microbioma humano. Genoma
Permitir que la eliminacin de la potencialmente dainaBiol 12: R50.
Heinrich y los organismos microbianos beneficiosos eso-Contribuir a nuestra salud.
Caporaso, J., Lauber, C., Walters, W., Berg-Lyons,
D., Lozupone, C., Turnbaugh, P. et al. (2011b)

Financiacin
Los patrones globales de 16s rRNA diversidad en la profundidad de
La investigacin en P.D.C. laboratorio est respaldado por
la
millones
de secuencias por muestra. Proc Natl Acad Sci
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Declaracin de Conflicto de Intereses


Los autores declararon NX Conflicto de intereses en
preparacin de este artculo.

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