Versione 1.

4- 04 Aprile 2006

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Copyright c 2006 by Flavio Pendolino “penflav@yahoo.it” Questo documento ` distribuito sotto CreativeCommons Attribution- NonCommerciale ShareAlike 2.5 che pu` essere consultata all’indirizzo web o http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/. Potete riprodurre, tradurre in altre lingue e modificare il documento secondo i termini della licenza. Le imagini sono licenziate sotto la licenza sopra indicata.

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Il progetto Bist ha ormai raggiunto una stabilit` che permette di lavorare in a ambienti professionali, come le universit` e i centri di ricerca. Bist ` stato a e compilato da sorgenti nelle architetture intel e powerpc in cui ` installata una e distro Debian ma per poter garantire la migliore efficenza e funzionalit` con a altre architetture e distribuzioni ` necessario che la comunit` di utilizzatori e a invii dei feedback. La vostra opinione ` importante per conoscere i bug e e aggiungere nuove funzioni a Bist. Bist ` scritto da Valerio Benfante e le collaborazioni software e i bugs e vanno inoltrati mandando una email a cage@katamail.com. Potete visitare l’homepage di Bist all’indirizzo web: http://www.autistici.org/interzona/index.php?mod=03 Bist http://freshmeat.net/projects/bist/ Il manuale ` scritto da Flavio Pendolino le collaborazioni per le traduzioni e vanno inoltrate mandando una email a penflav@yahoo.it.

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Indice
1 Presentazione di Bist. 2 Presentazione della finestra di Bist. 2.1 MenuBar. . . . . . . . . . . . . . . 2.2 Toolbar. . . . . . . . . . . . . . . . 2.3 Menu Disegno. . . . . . . . . . . . 2.3.1 Bottombar . . . . . . . . . . 2.3.2 Leftbar . . . . . . . . . . . . 3 Funzioni di Bist. 3.1 Descrizione funzionamento. . 3.2 Active Function . . . . . . . 3.3 Funzione Selezione . . . . . 3.4 Funzione Copia & Incolla . . 3.5 Funzione Elimina . . . . . . 3.6 Funzioni Trasformazione. . . 3.6.1 Traslazione. . . . . . 3.6.2 Rotazione. . . . . . . 3.6.3 Riflessione . . . . . . 3.6.4 Colore . . . . . . . . 3.7 Funzione legame. . . . . . . 3.7.1 Tipi di Legame . . . 3.8 Propriet` dell’atomo. . . . . a 3.9 Funzione Testo . . . . . . . 3.10 Funzione Stringa . . . . . . 3.11 Funzione Frecce . . . . . . . 3.12 Funzione Cerchio-Ellisse. . . 3.13 Funzione Orbitali p. . . . . 3.14 Funzione Salva . . . . . . . 3.15 Funzione Esportazione . . . 3 4 5 6 7 7 8 9 9 10 10 10 11 11 12 12 13 13 14 15 16 17 18 19 20 21 21 22

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4 Impostazioni. 4.1 Impostazioni di lavoro. Menu Configurazione. 4.1.1 Tab-UI. . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.1.2 Tab-Tipo di legame. . . . . . . . . . . 4.2 Aggiunta moduli. Menu Plug-in. . . . . . . . . 4.2.1 align horizzontal . . . . . . . . . . . . 4.2.2 insert template . . . . . . . . . . . . . 4.2.3 join ring . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.2.4 fetch nist database . . . . . . . . . . . 4.2.5 global charge . . . . . . . . . . . . . . 4.3 Biblioteca di Bist . . . . . . . . . . . . . . . . A Installazione

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Capitolo 1 Presentazione di Bist.
Bist significa bidimensional structures (in italiano il suono ` simile all’inglee se beast, ”bestiola” vedi il logo) e permette di disegnare strutture chimiche focalizzate per la chimica organica. Bist supporta molti formalismi usati per descrivere le strutture delle molecole come legami singoli, doppi, stereospecifici, cariche, frecce per risonanze, coppia di elettroni spaiati etc.. Bist permette di scrivere anche meccanismi di reazione in un unico figlio. Questa versione di Bist pu` essere integrata con la API openbabel. Questo manuale o descrive la versione beta-0.4.1 di Bist.

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Capitolo 2 Presentazione della finestra di Bist.
L’interfaccia di Bist ` composta da una finesta dove troviamo i menu e un e buffer. Il buffer ` la parte di spazio dove poter disegnare le formule. I menu e si trovano ai lati del buffer e li distinguiamo in: • MenuBar; • ToolBar; • Menu Disegno.

Figura 2.1: Bist nel suo splendore!!!

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2.1

MenuBar.
Figura 2.2: Menubar

Il MenuBar ` formato dai menu: e • File; • Modifica; • Configurazione; • Plug-in; • Aiuto. In questi menu troviamo le classiche voci che sono di seguito elencate: File • Nuovo apre una finestra vuota; • Apri apre un progetto esistente; • Salva salva il progetto aperto; • Salva con nome salva il progetto in un path arbritrario; • Esporta esporta i dati in formato *.ps o *.png, • Esci esce dal programma chiudendo la finestra. Modifica • Incolla; • Annulla; • Cancella(elimina). Configurazione • Imposta Valori configura i valori di lavoro; • Reimposta come predefiniti imposta i valori di default. 5

Plug-in • align horizontal.so; • insert templat.so; • join ring.so; • fetch nist database.so; • global charge.so. Aiuto • sul programma; • Nessuna garanzia.

2.2

Toolbar.
Figura 2.3: Toolbar

Nel menu Toolbar troviamo le funzioni (seguendo l’ordine della figura): Crea una nuova finestra, Apri un proggetto esistente, Salva, Salva con nome, Esporta in postscript, Esporta in png, Annulla.

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2.3
2.3.1

Menu Disegno.
Bottombar
Figura 2.4: Bottombar

Nell’ordine della figura le funzioni sono: • disegna una catena di atomi; • disegna una catena di Carbonio; • ruota di un angolo l’elemento selezionato; • incolla; • riflessione verticale; • riflessione orizzontale; • rotazione in 3D; • selezione colore; • elimina selezionati; • zoom in; • zoom out; • zomm 1:1.

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2.3.2

Leftbar
Le funzioni del menu Leftbar sono elencate: • trasla gli elementi selezionati; • ruota gli elementi selezionati; • ridimensiona gli elementi selezionati; • seleziona elemento; • seleziona una molecola; • selezione box; • elimina; • disegna un legame singolo; • disegna un legame doppio; • disegna un legame triplo; • disegna frecce; • disegna una curva di Bezier; • disegna cerchio o ellisse; • disegna stringa; • disegna orbitale p; • inserisce oggetto da biblioteca.

Figura Laleftbar

2.5:

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Capitolo 3 Funzioni di Bist.
L’interfaccia di Bist ` abbastanza intuitiva da poter iniziare a lavorare immee diatamente senza bisogno di aiuto particolare o lettura di manuali complicati e spesso incomprensibili. Dar` comunque una descrizione di quale sia il funo zionamento generale del programma mostrando alcuni esempi per esplicare il meccanismo.

3.1

Descrizione funzionamento.

Apriamo una finestra di Bist: possiamo lavorare. La leftbar ci d` le funzioni per costruire le molecole, mentre la bottombar ci a permette di modificare(ruotare, rilfettere,colorare, ecc) la molecola. Di seguito saranno riportate delle regole generali per capire il funzionamento di Bist. La prima regola generale da seguire sempre `: selezionare la molecola e (o parte di essa) prima di effettuare qualsiasi operaizone. La seconda regola generale `: usare il tasto destro per poter ottenere le e opzioni sulla funzione usata. La terza regola generale: si distinguono tre livelli, il primo indica una parte di un oggetto, il secondo indica una intera molecola, mentre il terzo livello riguarda pi` oggetti raggruppati. u Bisogna ricordare che tutti gli angoli sono misurati in radianti (rad) mentre tutte le lunghezze in pixel (px).

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3.2

Active Function

Bisogna ricordare che quando una opzione ` attiva il colore dell’active funce tion ` grigio chiaro. e

Figura 3.1: Active Function

3.3

Funzione Selezione

La selezione con Bist pu` avvenire in tre modi a secondo se selezioniamo un o oggetto della molecola, la molecola intera o pi` molecole insieme. Le funzioni u sono rispettivamente Selezione elemento, Selezione molecola, Selezione a box. Il primo tipo di selezione permette di selezionare un legame, un atomo o un oggetto che compone la molecola. Il secondo tipo permette di selezionare tutti gli oggetti che compongono la molecola in modo simultaneo selezionando tutta la molecola. Il terzo tipo permette di selezionare pi` oggetti u contemporaneamente descrivendo attorno ad essi un “box”.

(a) Selezione Elemento

(b) Selezione Molecola

(c) Selezione Box

Figura 3.2: Funzioni Selezione

3.4

Funzione Copia & Incolla

Per copiare un oggetto basta semplicemente selezionarlo e poi usare la funzione Incolla.

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Figura 3.3: Icona Incolla

3.5

Funzione Elimina

Esistono due modi per eliminare oggetti in Bist e vengono usati in modo differente secondo ci´ che si elimina. Il pimo modo di eliminare oggetti usa o la funzione “Elimina”

Figura 3.4: Icona Elimina

che agisce su un singolo oggetto componente la molecola per esempio un legame, un atomo, una freccia, una stringa. Questa funzione agisce direttamente senza dover selezionare nulla. Il secondo modo consiste nel selezionare un oggetto con la funzione “seleziona un elemento”, “seleziona una molecola”, “seleziona box” e usare l’icona cestino, funzione “Elimina selezionati”

Figura 3.5: Icona Elimina selezionati o Cestino

per eliminare l’oggetto selezionato.

3.6

Funzioni Trasformazione.

Le funzioni di trasformazione permettono di modificare l’oggetto (una molecola o parte di essa) muovendolo sul buffer, ruotandolo o riflettendolo. Descriver` adesso questi strumenti che sono fondamentali per la costruzione o delle nostre molecole. 11

3.6.1

Traslazione.

Per traslare un oggetto basta selezionarlo e attivare la funzione trasla elementi selezionati quindi muovere l’oggetto con il mouse.

Figura 3.6: Icona Trasla elementi selezionati.

3.6.2

Rotazione.

La funzione rotazione si effettua in tre modi differenti. Cosi come avveniva per la selezione 3.3 anche qui possiamo avere esigenze diverse tali da dover utilizare metodi differenti per la stessa operazione. La funzione ruota elementi selezionati permette di ruotare solo gli elementi di un oggetto che sono stati precedentemente selezionati. Potete spostare il pivot (con il terzo stato del momuse) su di un atomo o dove reputate opportuno e ruotare la molecola.

Figura 3.7: Icona Ruota elementi selezionati.

La funzione ruota ad angolo fisso permette di ruotare l’oggetto di un angolo fisso e di costruire con precisione molecole pi` complesse. Ad ogni u click la molecola selezionata ruota dell’angolo che abbiamo impostato.

Figura 3.8: Icona Ruota ad angolo fisso.

Infine la funzione ruota 3D permette di ruotare tridimensionalmente gli elementi selezionati.

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Figura 3.9: Icona Ruota 3D.

3.6.3

Riflessione

La funzione riflessione permette di ottenere la molecola riflessa su di uno specchio. La riflessione pu` avvenire con uno specchio verticale o con uno o specchio orizzontale.

(a) Rilfessione Verticale.

(b) Riflessione Orizzontale

Figura 3.10: Funzioni Riflessione.

3.6.4

Colore

La funzione colore ci permette di modificare il colore degli oggetti selezionati. Per prima selezionare l’oggetto, poi clickare sull’icona colore

Figura 3.11: Icona Colore

che aprir` una finestra: la tavolozza dei colori. a

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Figura 3.12: Tavolozza colore.

Nella tavolozza dei colori e possibile scegliere il colore da una mappa di colori oppure digitare il codice per ottenere lo stesso colore voluto. I formati dei codici che Bist accetta sono:rgb, byte, hex, hsv.

3.7

Funzione legame.

La funzione legame permette di costruire le molecole disegnando i legami tra gli atomi. I legami possono essere singoli, doppi e tripli e corrisspondolo alle seguenti finzioni disegna legame singolo, disegna legame doppio, disegna legame triplo .

(a) Legame Singolo

(b) Legame Doppio

(c) Legame Triplo

Figura 3.13: Funzioni Legame

Per disegnare una molecola attivare il tipo di legame desiderato e clickare sul buffer in modo che la fine di un legame corrisponda con l’inizio dell’altro. Automaticamente Bist legher` i legami formando una struttura continua. a In alcuni casi pu` essere comodo disegnare una catena di atomi di Caro bonio evitando di costruirla legame dopo legame cos` Bist ci d` la funzione ı a disegna catena

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Figura 3.14: Icona Disegna catena

che costruisce una catena lunga a piacere con l’angolo che vogliamo

Figura 3.15: Finestra Disegna catena

3.7.1

Tipi di Legame

Portando il puntatore del mouse sopra il legame e clickando con il tasto destro comparir` una finestra di opzioni di legame (Propriet` di legame). In a a questa finestra sono elencati i diversi tipi di legame che possono essere scelti per costruire una molecola. I differenti tipi di legame sono molto utili in stereochimica perch´ ci permettono di disegnare molecole tridimensionali su e di un piano.

Figura 3.16: Pripriet` di legame a

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Spesso ` conveniente scrivere una molecola con legami semplici e poi e sostituire i legami con altri pi` adatti usando questo menu e spostando la u scelta sul tipo di legame scelto. Di seguito vi ` l’elenco dei possibili tipi di e legame: • Legame singolo; • Legame doppio; • Legame triplo; • Legame doppio tratteggiato; • Legame stereospecifico “verso di noi”; • Legame stereospecifico “verso di noi” opposto; • Legame stereospecifico “all’interno”; • Legame stereospecifico “all’interno” opposto; • Legame trattegggiato; • Legame inspessito; • Legame a stereochimica sconosciuta.

3.8

Propriet` dell’atomo. a

Quando posizioniamo il puntatore del mouse su di un vertice tra i due legami, cio` prendiamo in considerazione un atomo e clickiamo con il tasto destro si e apre un menu con le propriet` dell’atomo. a

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Figura 3.17: Menu Propriet` dell’atomo a

In questo menu vi quanto di necessario vi sia per poter modificare l’aspetto di un atomo. Stringa Tutti gli atomi inseriti per default sono degli atomi di Carbonio cos` per poter inserire altri elementi della tavola periodica basta aprire la ı finestra propriet` dell’atomo e scrivere il simbolo. Questo potr´ essere traa a sformato in un passo successivo. Possiamo cambiare il font dalla sezione font (per default vi ` helvetica ma vi sono numerosi altri font), le dimensioni del e carattere, il colore e la posizione. Possiamo posizionare il testo in “apice” in “pedice” o una lettere dopo l’altra. In alcuni casi ` necessario spostare e il testo (soprattutto se ` portato da pi` di due lettere) clickando sull’icona e u “abc”. Questa funzione sposta il testo a destra, al centro e a sinistra sequenzialmente. In fine vi ` l’“allineamento verticale” che permette di allineare e verticalmente un atomo, per esempio di azoto N, quando vengono inserite delle cariche o frecce. Elettroni e simili Nella costruzione delle molecole ` spesso necessario ine serire cariche o elettroni. Possiamo inserire cariche positive e cariche negative in numero qualunque cosi come pure elettroni spaiati e doppietti di elettroni.

3.9

Funzione Testo

Nel buffer di Bist ` possibile inserire delle stringhe di testo con la funzione e disegna stringa

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Figura 3.18: Icona Testo o Disegna stringa.

clickando si apre la finestra “Propriet` del testo”: a

Figura 3.19: Finestra Propriet` testo. a

che ci permette di cambiare il “font”, le “dimensioni”,la “posizione” ed il “colore” del carattere. Clickando su “OK” vengono applicate le modifiche mentre per chiudere la finestra bisogna clickare su annulla.

3.10

Funzione Stringa

Questa funzione permette di scrivere delle stringhe, interpretarle e dare come risultato l’imagine della molecola. Disegnate almeno un legame e cliccate su di un atomo per fare comparire il menu “propriet` dell’atomo”, quindi scrivea re la formula bruta con caratteri maiuscoli. Cliccate su OK e poi su annulla e vedrete comparire la molecola. Non dimenticate di scrivere maiuscolo perch´ e altrimenti Bist v` inn crash. Se volete solo scrivere la formula bruta legata a ad una molecola basta deselezionare l’opzione interpreta stringa nel menu “propriet` dell’atomo”. a

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Figura 3.20: Funzione Interpreta Stringa .

3.11

Funzione Frecce

Bist permette di poter disegnare due tipi di frecce: freccia standard e freccia bezier .

(a) Freccia Standard

(b) Freccia Bezier

Figura 3.21: Icone Freccia.

In realt` queste funzioni disegnano per default delle rette o delle curve a bezier e da queste ottenere delle frecce. In ambedue le funzioni (standard e bezier) si possono ottenere differenti tipi di frecce cambiandole dalla finestra che compare clickando con il tasto destro sulla freccia.

Figura 3.22: Finestra Freccia.

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Questo menu permette di creare una freccia tratteggiata tramite l’opzione “Passo”, di indicare la lareghezza, decidere il tipo e colore. L’opzione “tipo” ci d` in sequenza i differenti tipi di freccia che sono: a • freccia ad amo ;

• freccia a una punte −→; • freccia risonanza ←→; • freccia cancellata; • freccia equilibrio ;

Costruzione della freccia standard Si attivi la funzione “freccia standard” e sul buffer clickare tenendo premuto il tasto per la lunghezza desiderata e rilasciare. Costruzione della freccia bezier Attivare la funzione “freccia bezier” clickare sul buffer dove comparir` un punto rilasciare e segnare almeno altri a tre punti. Bist automaticamente comporr` la curva. a

3.12

Funzione Cerchio-Ellisse.

Questa funzione permette di inserire un cerchio o un’ellisse.

Figura 3.23: Icona Cerchio-Ellisse.

Come sempre ` possibile modificare l’aspetto dell’oggetto dalla finestra e che compare clickando sull’area della figura:

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Figura 3.24: Finestra Cerchio-Ellisse.

da questo menu possiamo modificare il colore, lo spessore e il passo della linea (questa funzione serve per poter ottenere una linea tratteggiata).

3.13

Funzione Orbitali p.

Questa funzione inserisce degli orbitali p sul disegno della nostra molecola.

Figura 3.25: Icona Orbitali p.

3.14

Funzione Salva

Bist salva i vostri progetti in formato *.bist che deve essere specificato espressamente nel nome del progetto perch` non ` in grado di salvare automatie e camente. La finestra Salva con nome permette di mostrare solo i file .bist o tutti i file tramite un filtro, ma ` anche possibile personalizzare il filtro e con l’opzione “custom filter” specificando il tipo di file (non dimenticate l’asterisco prima del formato) da vedere. Da questa finestra possiamo anche aggingere una cartella e avere il “preview” dell’immagine. Un menu a tendina permette di vedere i Favoriti (Favorites) e aggiungerli e modificarli nonch´ e eplorare il File systems.

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Figura 3.26: Finestra Salva con nome.

3.15

Funzione Esportazione

` possibile esportare il progetto in formati pi` comuni e gli unici supportati e u in questo momento sono .ps e .png anche se, in teoria, si pu` esportare anche o in .svg ma non funizona quasi mai.

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Capitolo 4 Impostazioni.
Prima di iniziare a lavorare possiamo impostare alcuni parametri che varranno per la nostra sessione di lavoro e poterli impostare come default velocizzando il lavoro con Bist.

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Impostazioni di lavoro. Menu Configurazione.

Aprire il menu Configurazione → Imposta valori (Alt+Shift+v). Si aprir` a una finestra con due menu-tab (UI,tipo di legame). Descriver` le opzioni di o ciascun TAB nelle due sezioni seguenti. La finestra contiene oltre ai due TAB i pulsanti “Predefiniti”, “Annulla”, “OK”. La prima funzione reimposta i valori di default, mentre la seconda e terza funzione rispettivamente chiudono la finestra senza modificare nulla e attivano le modifiche. Per impostare i valori di default scegliere il menu Configure → Reimposta come predefiniti (Alt+Shift+d)

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4.1.1

Tab-UI.

Figura 4.1: Il menu-tab UI

In questo menu ` possibile mostrare una griglia nel buffer con l’opzione “Moe stra griglia” ed ` anche possibile stabilere quanto fitta deve essere la trama e della griglia variando il valore nell’opzione “Passo della griglia”. Per lavorare meglio si pu` impostare la tolleranza del click nel menu “Tolleranza del o click” e anche le dimensioni della finestra altezza e larghezza. Infine attivare le opzioni clickando su OK. Infine possiamo scegliere se non far comparire l’immagine iniziale deattivando l’opzione “Mostra splaspage”.

4.1.2

Tab-Tipo di legame.

Figura 4.2: Il menu-tab Tipo di legame

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In questo menu si possono impostare i valori della lunghezza e dell’angolo di legame, come pure le frecce (larghezza,altezza,ecc) (frecce che indicano il movimento degli elettroni) e perfino lo spazio tra i doppi legami. Clickando su OK le modifiche sono attive.

4.2

Aggiunta moduli. Menu Plug-in.

Il menu plug-in permette di visualizzare moduli aggiuntivi. Il modo pi` u semplice per aggingere dei plugin consiste nell’ aggiungere i moduli nella directory /usr/share/bist/plugin o /home/.bist/plugin quindi riavviare. I plugin devono essere scritti in C++.

4.2.1

align horizzontal

Questo plugin permette di mettere di allineare orizzontalmente molecole con non lo sono. Selezionate le molecole da allineare e clickate sul plugin align horizzontal.

4.2.2

insert template

In questo menu potete richiamare delle molecole gia costruite e inserite nella biblioteca di Bist 4.3. I file salvati con Bist devono essere inseriti nella directory /usr/share/bist/rings o /home/.bist/rings se volete che compaiano nella biblioteca.

4.2.3

join ring

Questo plugin permette di unire due legami appartenenti a molecole differenti in un unico legame. Attivare la funzione “join ring” e clickare su OK nella finestra che compare (vi ` una breve descrizione del comando), selezionare i e 4 atomi che formano i legami da unire con la funzione “seleziona elemento”:

Figura 4.3: Esempio plugin join ring

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4.2.4

fetch nist database

E’ la funzione che permette di ottenere la molecola inserendo il nome in una finestra che si collegher` ad un server database. a

4.2.5

global charge

In meccanismi di reazione capita spesso di dover inserire un valore di carica globale, bene questo plugin fa proprio questo, ma ricordate di selezionare prima la molecola e poi usate la funzione global charge.

4.3

Biblioteca di Bist

La biblioteca di Bist ` un “posto” dove poter trovare delle molecole gi` e a costruite. Per usarla clickare sulla icona inserisci oggetto

Figura 4.4: Finestra Inserisci oggetto.

dove comparir` una finestra a

Figura 4.5: Biblioteca di Bist.

In questa finestra si distinguono due parti: a sinistra troviamo l’elenco delle molecole divise in sezioni, mentre a destra troviamo un riquadro di preview. Per usare le molecole contenute nella biblioteca bisogna clickare sul nome voluto e la molecola comparir` nel buffer. a 26

Appendice A Installazione
Prima di installare Bist il vostro sistema necessita di soddisfare alcune dipendenze. Dovete installare i seguenti pacchetti: • fltk=1.1.5 < 2.0; • libplot; • expat XML parsing library; • openbabel; • libcurl. Il pacchetto Bist compilaca con gcc-3.3. Se usate il compilatore gcc-3.4 probabilmente l’istallazione fallisce. Il nuovo gcc-4.0 non ` stato rovato (se riuscite e a compilare fateci sapere). Scaricare il pacchetto di Bist bist-beta.0.4.1.tar.gz e scompattare: $ tar -xvzf bist-beta.0.4.1.tar.gz La cartella di default dove installare Bist ` /usr/local/src(per poter modificae re questa cartella necessiatano i privileggi di root), ma naturalmente potete installare il software dovunque desiderate. Esistono due modi per installare Bist. Installazione dai sorgenti. Entrare nella cartella di Bist: $ cd /usr/local/src/bist digitare i comandi standard per la compilazione: # ./configure; # make; 27

# make install. Ricordate di leggere il file INSTALL per essere sicuri di ulteriori aggiornamenti. Installazione con pacchetto debian. Per chi possiede un sistema Linux debian-like o pu` usare i pacchetti .deb ` possibile creane dai sorgenti in o e modo semplice. $ fakeroot debian/rules binary. questa ultima operazione creer` il pacchetto .deb( bist 0.4.1 arch.deb) ottia mizzato per la vostra macchina. Per installare il pacchetto bist: # dpkg -i bist 0.4.1 powerpc.deb Se volete essere perfezionisti potere aggiungere bist al vostro reposity locale ed installare bist da dselect, aptitude o synaptic. Istruzioni per creare un reposity locale. Si crea una cartella sul disco in una posizione a vostro piacere: $ mkdir debian/binary inserire il pacchetto debian nella cartella binary e digitare il comado: $ dpkg-scanpackages binary /dev/null — gzip -9c > binary/Packages.gz Aggiungere al file /etc/apt/sources.list la seguente riga: deb file:///home/utente/debian binary/ quidi fare un update con: # apt-get update Adesso potete aprire il vostro packages menager preferito per installare bist. Bug-Install Pu` capitare che la compilazione con make dia un errore sui “tags”. Per o poter ottenere i binare prima di laciare il comando make modificare il file Makefile e nella sezione “all” cancellare la scritta tags, salvare e compilare.

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Elenco delle figure
2.1 Bist nel suo splendore!!! 2.2 Menubar . . . . . . . . . 2.3 Toolbar . . . . . . . . . 2.4 Bottombar . . . . . . . . 2.5 Laleftbar . . . . . . . . . 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.14 3.15 3.16 3.17 3.18 3.19 3.20 3.21 3.22 3.23 3.24 3.25 3.26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 5 6 7 8 10 10 11 11 11 12 12 12 13 13 13 14 14 15 15 15 17 18 18 19 19 19 20 21 21 22

Active Function . . . . . . . . . . . Funzioni Selezione . . . . . . . . . . Icona Incolla . . . . . . . . . . . . . Icona Elimina . . . . . . . . . . . . Icona Elimina selezionati o Cestino Icona Trasla elementi selezionati. . Icona Ruota elementi selezionati. . Icona Ruota ad angolo fisso. . . . . Icona Ruota 3D. . . . . . . . . . . Funzioni Riflessione. . . . . . . . . Icona Colore . . . . . . . . . . . . . Tavolozza colore. . . . . . . . . . . Funzioni Legame . . . . . . . . . . Icona Disegna catena . . . . . . . . Finestra Disegna catena . . . . . . Pripriet` di legame . . . . . . . . . a Menu Propriet` dell’atomo . . . . . a Icona Testo o Disegna stringa. . . . Finestra Propriet` testo. . . . . . . a Funzione Interpreta Stringa . . . . . Icone Freccia. . . . . . . . . . . . . Finestra Freccia. . . . . . . . . . . Icona Cerchio-Ellisse. . . . . . . . . Finestra Cerchio-Ellisse. . . . . . . Icona Orbitali p. . . . . . . . . . . Finestra Salva con nome. . . . . . . 29

4.1 4.2 4.3 4.4 4.5

Il menu-tab UI . . . . . . . Il menu-tab Tipo di legame Esempio plugin join ring . . Finestra Inserisci oggetto. . Biblioteca di Bist. . . . . . .

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24 24 25 26 26

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Indice analitico
orbitali p, 21 abc icona, 17 Aiuto, 5, 6 angoli, misura, 9 apice atomo, 17 biblioteca, 26 bottombar, 7 buffer, 4 byte, 14 cariche elettriche, 17 cerchio disegna, 20 cestino, 11 colore, 13 colore funzione, 13 Configura, 5 Configurazione, 5 configurazione, 23 copia, 10 disegna catena, 14 doppietti di elettroni, 17 elettroni, 17 elettroni e simili, 17 elettroni spaiati, 17 elimina, 11 Elimina funzione, 11 Elimina selezionati funzione, 11 ellisse disegna, 20 esportazione, 22 File, 5 font atomo, 17 freccia bezier, 19 freccia disegna, 19 freccia standard, 19 hex, 14 hsv, 14 impostazioni, 23 incolla, 10 insert template, 25 installazione, 27 interpreta stringa, 18 join ring, 25 Leftbar, 8 legame doppio disegna, 14 legame funzione, 14 legame singolo disegna, 14 legame triplo disegna, 14 lunghezza, misura, 9 Menu Disegno, 4, 7 MenuBar, 5 Menubar, 4 Modifica, 5 pedice atomo, 17 pivot, 12 Plug-in, 5, 6 plug-in, 25 Presentazione di Bist, 3 propriet` dell’atomo, 16 a rgb, 14 31

riflessione, 13 rotazione, 12 ruota 3D, 12 ruota ad angolo fisso, 12 ruota elementi selezionati, 12 salva, 21 selezione, 10 ` stringa, prorpietdell’atomo, 17 TAB-Tipo di legame, 24 TAB-UI, 24 testo, 17 tipi di legame, 15 Toolbar, 4, 6 Trasformazione funzioni, 11 traslazione, 12

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