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INTRODUCCIN

La lgica molecular de los organismos vivos


Los seres vivos estn integrados por molculas inanimadas. Cuando se examinan
individualmente, estas molculas aisladas se ajustan a todas las leyes fsicas y qumicas
que rigen el comportamiento de la materia inerte. Sin embargo, los organismos vivos
poseen, adems, unos atributos extraordinarios que no exhiben cmulos de materia
inanimada. Si examinamos algunas de estas propiedades especiales, podremos
acercarnos al estudio de la bioqumica con una mejor comprensin de los problemas
fundamentales que trata de explicar.
Caractersticas que identifican a la materia viva
El atributo ms sobresaliente de los seres vivos es, quiz, su complejidad y su alto grado
de organizacin. Poseen estructuras internas intrincadas que contienen muchas clases de
molculas complejas. Se presentan, adems, en una variedad asombrosa de especies
diferentes. Por contraste, la materia inanimada de su entorno, representada por el suelo,
el agua y las rocas, est constituida habitualmente por mezclas fortuitas de compuestos
qumicos sencillos, de organizacin estructural ms bien escasa.
En segundo lugar, cada una de las tres partes componentes de la materia viva cumple un
propsito o funcin especficos. Ello es cierto no solamente en lo referente a estructuras
visibles como alas, ojos, flores u hojas, sino tambin a estructuras intracelulares tales
como el ncleo y la membrana. Adems los compuestos qumicos individuales de la
clula, tales como los lpidos, las protenas y los cidos nucleicos, poseen tambin
funciones especficas.
En los organismos vivos es completamente legtimo preguntarse cul es la funcin de una
molcula determinada. En cambio, carece de sentido plantear dicha pregunta con relacin
a la materia inerte.
En tercer lugar, los organismos vivos presentan la capacidad de extraer y transformar la
energa de su entorno a partir de materias primas sencillas, y de emplearla para edificar y
mantener sus propias e intrincadas estructuras. Pueden realizar, adems, otras formas de
trabajo til, como, por ejemplo, el esfuerzo mecnico de la locomocin. La materia
inanimada no posee esta capacidad de emplear la energa externa para mantener su
propia organizacin estructural. De hecho, habitualmente se degrada a un
estado ms desordenado cuando absorbe energa externa, ya sea en forma
de calor o de luz.
Pero el atributo ms extraordinario de los organismos vivos consiste en su
capacidad de producir una rplica exacta de si mismos, propiedad que
puede considerarse la verdadera quintaesencia de la vida. El conjunto de
la materia inanimada que nos es familiar no muestra la capacidad de
reproducirse de generacin en generacin en formas idnticas en
masa, forma y estructura interna.
Bioqumica del estado vital

Podemos preguntarnos ahora: si los organismos vivos estn compuestos


por molculas intrnsecamente inanimadas, cmo es que la materia viva
se diferencia de modo tan radical de la inerte, que tambin est constituida
por la misma clase de molculas inanimadas? Por qu los organismos
vivos son algo ms que la suma de sus partes inanimadas? Los filsofos
medievales habran contestado que los organismos vivos estn dotados de
una fuerza vital misteriosa y divina. Pero esta doctrina, que recibe el
nombre de vitalismo, es una supers ticin y ha sido descartada por la
ciencia moderna. La meta bsica actual de la bioqumica es determinar de
qu modo el conjunto de molculas inanimadas que constituyen los
organismos vivos se influyen mutuamente para constituir, mantener y
perpetuar el estado de vida.
La bioqum ica es una ciencia muy joven. Hasta hace unas pocas dcadas
solamente un reducido nmero de universida des la reconocan como una
ciencia por su propio derecho. En la genealoga de la bioqum ica actual
existen dos lneas matrices. Una de ellas procede de la medicina y de la
fisiologa, como subproducto de las primeras investigaciones acerca de la
composicin qumica de la sangre, la orina y los tejidos, y sus variaciones
con los estados de salud y de enfermedad. La otra lnea deriva de la
qumica orgnica, desde los estu dios iniciales acerca de la estructura de
los compuestos org nicos que existen en la naturaleza. Durante mucho
tiempo, la bioqumica fue considerada simplemente como una rama de la
fisiologa o de la qumica. Realmente no surge como ciencia adulta por
derecho propio con poderosos mtodos experimen tales y visin de
prediccin de los fenmenos biolgicos hasta el ltimo cuarto de siglo. Son
dos los hechos principales que lo han ocasionado. Uno de ellos es el
reconocimiento de los sistemas multienzimticos como unidades catalticas
en las rutas metablicas principales, y el desarrollo de liria hiptesis
unitaria para la transferencia de energa en las clulas vivas. El otro, que
ha ejercido una profunda y muy penetrante in fluencia, fue el
reconocimiento de que la herencia, uno de los aspectos ms
fundamentales de la biologa, descansa sobre una base molecular racional.
En la actualidad, la bioqumica est realizando interesantes pruebas en
cierto nmero de reas fundamentales de la biologa ]a_diferenciacin de
las clulas y de los organismos, el origen de la vida y la evolucin, el
comportamiento y la memoria y las enfermedades humanas pruebas que
han demostrado" que estos problemas bsicos pueden ser abordados con
provecho mediante los mtodos bioqumicos.
Realmente, el xito de la bioqumica en la explicacin de muchos
fenmenos celulares ha sido tan grande, que muchos cientficos han
llegado a la conclusin de que la biologia es qumica. Algunos bilogos no
comparten este punto de vista; mantienen que la esencia de los
organismos vivos complejos no puede reducirse, ni ahora ni nunca, al nivel
de molculas y de interacciones moleculares. Pero ste es un punto de
vista minoritario. En la actualidad es quizs ms lgico admitir, como
filosofa de trabajo, que todos los fenmenos biolgicos descansan, en
ltimo trmino, sobre una base molecular y abandonar este punto de vista
solamente cuando no se mues tre til para plantear experimentos crticos o
para explicar los datos exper imentales. Esto no quiere decir que la biolo ga

sea simplemente otro campo de la qumica, comparable a la qumica


orgnica, la qum ica fisica o la qumica inorg nica. Si la biologia es
qumica, es una especie de superqumica que comprende, pero al mismo
tiempo que trasciende, los campos tradicionales de la qumica. Y ello se
debe a que las molculas que integran los organismos vivos no solamente
se rigen por todos los principios fsicos y qum icos que gobiernan el com portamiento de todas las molculas, sino que, adems, ejercen acciones
mutuas de acuerdo con otro conjunto de principios a los cuales nos
referiremos de modo colectivo como la lgica molecular de la vida. Estos
principios no "incluyen necesaria mente ninguna ley o fuerza fsica nueva o
todava por des cubrir. Deben considerarse ms bien un conjunto nico de
reglas fundamentales que gobiernan la naturaleza, la fun cin y las
interacciones ile los tipos especficos de molculas presentes en los
organismos vivos, y les dotan de a capacidad de organizarse y replicarse
por s mismos. No se han identifi cado todava todos los principios que
comprende la lgica molecular de la vida, y algunos de ellos slo se
perciben dbil mente. En realidad, resulta quiz ms apropiado hablar de
estos principios como axiomas, puesto qu varios de ellos son intuitivos y
an no comprobables.
Veamos ahora si podemos identificar alguno de los axiomas importantes
de la lgica molecular de la vie a. Comenzaremos con una breve visin de
la estructura y funcin de las mol culas halladas en la materia viva, a las
que denominaremos biomolculas.
Biomolculas
La composicin qumica de los seres vivos es, cualitativamente, muy
diferente de la del entorno fsico en que viven. La mayor parte de los
componentes qum icos de los organismos son compuestos orgnicos el
carbono en los que el elemento se halla relativamente reducido o
hidrogenado. Muchas biomolculas orgnicas contienen tambin nitrgeno.
Por el contrario, los elementos nitrgeno y carbono no son abundantes en
la materia inerte y se encuentran en la atmsfera y en la corteza terrestre
en formas inorgnicas sencillas, tales como dixido de carbono, nitrgeno
molecular, carbonatos y nitratos.
Los compuestos orgnicos presentes en la materia viva muestran enorme
variedad, y la mayor parte de ellos son extraordinar iamente complejos. Aun
las ms sencillas de las clulas, las bacterias, contienen gran nmero de
distintas molculas orgnicas. Se calcula que la bacteria Eschcrichia
colicontiene alrededor de 5000 compuestos orgnicos diferentes.' entre
ellos unas 3000 clases diferentes de protenas y 1000' tipos distintos de
cidos nucleicos. Adems, la mayor parte de la materia orgnica en las
clulas vivas est constituida/ por macromolculas, de pesos moleculares
muy grandes, que*' incluyen no solamente a las protenas y a los cidos
nucleicos sino tambin a sustancias polmeras tales como el almidn y la
celulosa.
Si consideramos ahora organismos mayores y ms complejos, como son
los animales y las plantas superiores, halla remos que tambin contienen
protenas y cidos nucleicos, en mayor variedad. En el organismo humano,
por ejemplo, puede haber hasta 100 000 clases de protenas diferentes, en

comparacin con las 3000 distintas de E. coli. Aunque algunas de las


protenas de las clulas de E. coli actan de modo muy semejante al que lo
hacen determinadas protenas de las clu las humanas, ninguna de las
molculas proteicas de E. coli es idntica a cualquiera de las protenas
encontradas en el hombre. De hecho, cada especie de organismo posee su
propio conjunto de molculas proteicas y de cidos nucleicos qumi camente diferentes. Puesto que es probable que existan alre dedor de 1,5
millones de especies de organismos vivientes, puede calcularse que el
conjunto de las especies vivientes debe de contener entre 10 1 0 y 10 1 2 tipos
distintos de molculas pro teicas y unas 10 1 0 clases diferentes de cidos
nucleicos. S comparamos estas cifras con la totalidad de compuestos
orgnicos cuya estructura sea conocida por los qumicos orgnicos
actuales, y que alcanza solamente un milln, o 10 6 , aparece claro que nada
ms conocemos la estructura precisa de una fraccin trivialmente pequea
del conjunto total de molculas orgnicas que se cree existen en la materia
viva. Por todo ello, parecera una empresa sin esperanza que los
bioqumicos intentaran aislar, identificar y sintetizar todas las diferentes
molculas orgnicas presentes en la materia viva.
Constituye una paradoja, sin embargo, que la inmensa di versidad de
molculas orgnicas de los organismos vivos se pueda reducir, en ltimo
trmino, a una casi absurda simpli cidad. Sabemos ahora que las
macromolculas de la clula se hallan formadas por muchas molculas
sencillas, pequeas unidades estructurales que se hallan ligadas
constituyendo largas cadenas. El almidn y la celulosa estn constituidos
por hebras muy largas de molculas de glucosa unidas covalente-mente.
Los diferentes tipos de protenas estn formados por largas cadenas de
aminocidos, pequeos compuestos orgni cos de estructura conocida,
unidos covalentemente. En las protenas slo se encuentran 20 tipos d
aminocidos diferen tes, pero estn ordenados en muchas secuencias
distintas, de modo que forman numerosos tipos de protenas. As, las 3000
protenas o ms que existen en la clula de E. coli estn integradas tan slo
por 20 pequeas molculas diferentes. Anlogamente, los 1000 o ms
cidos nucleicos de la clula de E. coli, de los que existen dos clases, cido
desoxirribonucleico (DNA) y cido ribonucleico (RNA), estn constituidos a
partir de un total de ocho sillares diferentes, los nucletidos, cuatro de los
cuales son los constituyentes del DNA y los restantes del RNA. Adems,
los 20 aminocidos distintos, constituyentes de las protenas, y los ocho
nucletidos diferentes que integran los cidos nucleicos son idnticos en
todas las especies vivientes. Aunque en la actualidad solamente poseemos
un conocimiento preciso de la estructura covalente de unas 100 protenas,
las tcnicas de la qum ica de las pro tenas se han desarrollado lo
suficientemente bien para que, por lo menos en principio, se halle dentro
de las posibilidades de la bioqumica aclarar la estructura de cualquier
protena de todo tipo de organismo.
El reducido nmero de molculas sencillas, sillares estruc turales con que
estn construidas todas las macromolculas, poseen otra sorprendente
caracterstica: cada una de ellas desempea ms de una funcin en las
clulas vivientes, y algunas son tan extremadamente verstiles que
realizan buen nmero de funciones. Los aminocidos no slo actan como

sillares de construccin d las molculas proteicas, sino tam bin como


precursores de las hormonas, los alcaloides, las porfirinas, los
pigmentos y otras muchas biomolculas. Diversos mononucletidos no slo
constituyen las unidades fundamen tales de los cidos nucleicos, sino que
actan tambin como coenzimas y molculas transportadoras de energa.
Por todo ello, parece probable que las biomolculas fundamentales de las
estructuras complejas fuesen seleccionadas en el curso de la evolucin
biolgica, precisamente por su capacidad de desempear diversas
funciones. Por lo que sabemos hasta ahora, los organismos vivos no
contienen normalmente compuestos sin una funcin definida, aunque
existen algunas bio molculas las funciones de las cuales an no se
comprenden.
Ahora se pueden deducir algunos de los axiomas de la lgica molecular
de la vida. Ya que los millares de macromo lculas presentes en las clulas
estn construidas con slo unas pocas molculas sencillas, que son los
sillares de su es tructura, puede formularse el primer axioma: En la organizacin molecular de la clula existe una simplicidad funda mental. Puesto que
estas biomolculas sencillas son idnticas en todas las especies
conocidas, podemos deducir que todos los organismos vivos proceden de un
antepasado comn. Debido a que cada organismo posee su propio conjunto
distintivo de cidos nucleicos y de protenas surge otro axioma: La
identidad de cada una de las especies de organismos est preservada por su
posesin de un conjunto distintivo de cidos nucleicos y de protenas. U n la
versatilidad funcional de esas biomolculas bsicas podemos percibir,
adems, la existencia de un principio fundamental de economa molecular. Quiz
las clulas vivas slo contienen las molculas ms sencillas posibles en el
mnimo nmero de tipos diferentes, nada ms las indispensables para
dotarlas del atributo de la vida y de la identidad de especie en las
condiciones ambientales en que viven.
Transformaciones energticas en las clulas vi vas
La complejidad molecular y la ordenacin estructural de los organismos
vivos, en contraposicin al azar que reina en la materia inerte, tienen unas
implicaciones profundas para el cientfico fsico. La segunda ley de la
termodinmica, rama de la fsica que trata de la energa y sus
transformaciones, establece que los procesos fsicos y qumicos tienden a
aumentar el desorden, o el caos, en el mundo; es decir, su entropa.
Por qu, entonces, los organismos vivos pueden crear y man tener su
complicada ordenacin en un entorno que est relati vamente desordenado, y que
lo est cada vez ms con el transcurso; del tiempo?
Los organismos vivos no constituyen excepciones de las leyes de la
termodinmica. A su elevado grado de ordenacin molecular debe contribuirse de
alguna manera, puesto que no puede surgir del desorden espontneamente. La
primera ley de la termodinmica establece que la energa no puede crearse ni
destruirse. Por tanto, los organismos vivos no pueden consumir o crear energa;
solamente pueden transformar una forma d/energa en otra. De su entorno
absorben una forma de emerga que les es til en las condiciones especiales de
temperatura y presin en que viven, y entonces devuelven al ambiente una

cantidad equivalente de energa, en alguna otra forma menos utilizable. La forma


til de energa que las clulas tornan se denomina energa libre , y puede definirse
simplemente como el tipo de energa capaz de realizar trabajo a temperatura y
presin constantes. El tipo de energa menos til que las clulas devuelven a su
entorno consiste en calor y otras formas que rpidamente se distribuyen al azar
en el entorno, de modo que aumenta su desorden o entropa. Pode mos establecer
ahora un axioma extremadamente importante en la lgica molecular de la
vida: los organismos vivos crean y mantienen su ordenacin esencial a expensas
de su entorno, al que transforman hacindelo cada vez ms desordenado y
catico.
El entorno de los organismos vivos resulta para ellos abso lutamente esencial,
no slo como fuente de energa libre sino tambin de materias primas. Utilizando
el lenguaje termodinmico, los organismos vivos son sistemas abiertos porque
intercambian materia y energa con su entorno y, al hacerlo, lo transforman. La
caracterstica de los sistemas abiertos es que no se hallan en equilibrio con su
entorno. Aunque puede parecer que los organismos vivos se hallan en equilibrio,
ya que no cambian visiblemente al observarlos durante un perodo dado de
tiempo, lo cierto es que se hallan en lo que se deno mina estado
estacionario , condicin que cumple un sistema abierto cuando la velocidad de
transferencia de materia y de energa desde el entorno al sistema se halla
compensada exactamente por la velocidad de transferencia de materia y ener ga
hacia el exterior del sistema. Constituye, por tanto, una parte de la lgica
molecular de la vida que la clula es un sistema abierto que no est en
equilibrio, es una mquina de extraer energa libre del medio, en el cual origina
un aumento de entropa. Adems, y ste es otro reflejo del principio de mxima
economa, las clulas vivas son muy eficaces en la manipulacin de la energa y
de la materia. La eficacia con que convierten la energa absorbida en trabajo
efectuado es muy superior a la de las mquinas construidas por el hombre.
La maquinaria de transformacin de energa de las clulas vivas est construida
por entero con molculas orgnicas relativamente frgiles e inestables, incapaces
de resistir temperaturas, elevadas, corrientes elctricas intensas o
concentraciones extremas de cidos o de bases. La clula viva es, por tanto,
esencialmente isotrmica; en un instante determinado todas sus partes tienen
prcticamente la misma temperatura. Adems, no existen diferencias importantes
de presin de unaparte a otra de la' clula. Por estas razones las clulas
son incapaces de utilizar el calor como fuente de energa, ya que aqul
slo puede transformarse en trabajo a presin constante si se transfiere
desde una zona de temperatura superior a otra de menor temperatura. Las
clulas no se parecen, por tanto, a las mquinas trmicas o elctricas, que
son los tipos de maquinaria con que estamos ms familiarizados. Por el
contrario, y esto constituye otro axioma importante de la lgica molecular
de la vida, la clula rii>a es una mquina qumica isotrmica. La energa que
las clulas absorben de su entorno se recupera en forma de energa
qumica, la cual se transforma despus para realizar el trabajo qumico
implcito en la biosntesis de los componentes celulares, el trabajo
osmtico nece sario para el transporte de los materiales al interior de la
clula, o el trabajo mecnico de la contraccin o la locomocin; todas
estas transformaciones suceden, esencialmente, a temperatura constante.

Entre las mquinas construidas por el hombre existen muy pocas que
sean capaces de utilizar la energa qumica para realizar trabajo a
temperatura constante. En la actualidad, la ingeniera tecnolgica an tiene
que
producir
una
mquina
utilizable
que
pueda
convertir
isotrmicamente laenerga qumica en mecnica, tipo de conversin que,
por otra parte, nos es familiar a todos en la contraccin muscular.
Reacciones qumicas en las clulas vi vas
Las
clulas
pueden
actuar
como
mquinas
qum icas
porque
poseen enzimas ,catalizadores capaces de aumentar mucho la velocidad de
reacciones qumicas especficas. Los enzimas son molculas proteicas
muy especializadas, elaboradas por las c lulas a partir de aminocidos
sencillos. Cada enzima solamen te puede catalizar un tipo especfico de
reaccin qumica. Se conocen en la actualidad casi 2000 enzimas
diferentes. Los en zimas superan notablemente a los catalizadores
confecciona dos por el hombre en su especificidad reactiva, su eficacia
cataltica y su capacidad de actuacin en condiciones suaves de
temperatura y de concentracin de iones hidrgeno. En unos segundos
pueden catalizar secuencias de reacciones muy complejas, las cuales
requeriran das, semanas o meses de trabajo en el laboratorio qum ico.
Existe, sin embargo, una propiedad especialmente notable de las
reacciones, qumicas en las clulas vivas, que en ltimo trmino es la que
hace posible y eficaz su actuacin como mquinas trmicas: las reacciones
catalizadas enzimticamente' tienen lugar con un rendim iento del 100%, y
no hay subproductos. En cambio, las reacciones de la qumica org nica
realizadas en el laboratorio mediante catalizadores pro ducidos por el
hombre van, casi siempre, acompaadas por la formacin de uno o ms
subproductos; por ello los rendi mientos suelen ser inferiores al 100 'c, y es
precisa una puri ficacin intensiva del producto en cada etapa. Debido a que
los enzimas pueden acelerar una sola transformacin de una molcula
determinada, sin inducir ninguna otra de sus posibles reacciones, los
organismos vivos pueden llevar a cabo, de modo simultneo, muchas
reacciones individuales diferentes sin perderse en un mar de subproductos
intiles. Este elevado grado de especificidad de los enzimas es
consecuencia del funcionamiento de otro axioma fundamental de la lgica mo lecular de la vida, a saber: La especificidad de las interacciones moleculares en las
clulas es el resultado de la complementaridad estructural de las clulas interactivas. Las
molculas enzimticas se .combinan con sus sustratos durante el ciclo cataltico,
de tal modo que el centro activo de la molcula del enzima se adaptar al
substrato con una complementaridad casi perfecta, como la de una llave y su
cerradura. Veremos que sobre el principio de complementaridad estructural des cansa la especificidad de muchos de los diferentes tipos de interacciones
moleculares en las clulas.
Los centenares de reacciones qumicas, catalizadas enzima-ticamente, que
tienen lugar en la clula no se realizan de modo independiente unas de otras,
sino que, por el contrario, estn relacionadas entre s y constituyen muchas
secuencias diferentes de reacciones consecutivas que poseen intermediarios
comunes, de modo que el producto de la primera reaccin se convierte en el
sustrato o reactante de la segunda, y as suce sivamente. Tales secuencias, que

pueden poseer de 2 a 20 ms etapas efe reaccin, se hallan ligadas a su vez


formando retculos de esquemas convergentes o divergentes. Esta orde nacin
determina diversas consecuencias biolgicas importan tes. Una de ellas consiste
en que tales sistemas de reacciones consecutivas determinan que las reacciones
qumicas se canalicen por rutas especficas. La otra es que las reacciones
secuenciales hacen posible la transferencia de energa qumica. La transferencia
de energa entre dos reacciones en condicio nes de presin y temperatura
constantes no puede tener lugar, a menos que ambas reacciones posean un
intermediario comn. Si dos reacciones independientes, tales como
A --- B
C--- D
se producen en un mismo recipiente a presin y temperatura constantes, cada
una transcurrir con idntica disminucin de energa libre, independientemente de
la presencia de la otra. Por el contrario, en dos reacciones consecutivas tales
como
A---- B
B--- C
cierta cantidad de energa qumica de A puede transferirse hasta C a travs del
intermediario comn B.
Las clulas vivas pueden dividirse en dos grandes clases segn el tipo de
energa que obtienen de su entorno. Las clulas fotosintticas utilizan la luz solar
como principal fuente de energa; la energa radiante es absorbida por el
pigmento
clorofila
y
transformada
en
energa
qumica.
Las clulas
heterotrficas aprovechan la energa de molculas orgnicas muy reducidas, ricas
en energa, como la glucosa y que obtienen" de su entorno. La mayor parte de las
clulas del reino animal son heterotrficas; en ellas la glucosa es oxidada a
anhdrido carbnico y agua, proceso en que se conserva algo de la ener ga libre
de la molcula de glucosa, la cual se emplea poste riormente para realizar
diversos tipos de trabajo celular.
Aunque ambas clases de organismos vivientes obtienen energa de su
entornoen formas distintas, las dos la recuperan y la utilizan ampliamente en
forma del compuesto llamado trifosfato de adenosina , (ATP). Este acta como el
transportador de energa qumica ms importante en las clulas de todas las
especies vivientes A medida que el ATP transfiere su energa a otras molculas,
pierde su grupo fosfato terminal y se transforma en difosfato de
adenosina, (ADP). que es la forma descargada o pobre de energa, es decir, la
contrapartida del ATP. Por su parte, el ADP puede, a su vez, aceptar energa
qumica y recuperar un grupo fosfato para transfor marse de nuevo en ATP ya sea
a expensas de la energa solar (en las clulas fotosintticas) o de energa
qumica (en las clulas heterotrficas). El ATP acta como un interme diario
comn o nexo de unin entre dos grandes redes de reacciones catalizadas
enzimticamente en la clula Una de dichas redes conserva la energa "qumica
obtenida del entorno al producir la fosforilacin del ADP pobre en energa y
transformarlo en ATP de elevado contenido energtico. La otra red utiliza la
energa del ATP para realizar la biosntesis de componentes celulares a partir de
precursores sencillos con la degradacin simultnea del ATP que se transforma
en ADP. Podemos establecer ahora otro axioma en la lgica molecular de las

clulas: Las secuencias consecutivamente ligadas de las reacciones catalizadas


enzimticamente proporcionan los me dios para transferir la energa qumica
desde los procesos que la liberan, hasta los que la requieren
Autorregulacin de las reacciones celulares
Del hecho de que todas las reacciones qumicas de la clula se hallan catalizadas
por enzimas v conectadas por intermediarios comunes se deduce otro resultado
importante. Una clula bacteriana sencilla, tal como la de E. coli, sintetiza
simultneamente sus miles de componentes moleculares com plejos a partir de
slo tres precursores sencillos, glucosa, amoniaco y agua. Esta clula emplea
una clase de lgica qumica que trasciende los conocimientos actuales de la qu mica sinttica en el laboratorio. Si un qumico se enfrentase con el problema de
sintetizar dos productos tales como un aminocido y un lpido, no soara nunca
en sintetizarlos a partir de unos mismos precursores, simultneamente y en un
mismo recipiente de reaccin. Iniciara cada una de las sn tesis partiendo de
precursores diferentes y utilizara distintas secuencias reaccionales. Llevara a
cabo arabas sntesis por separado, en recipientes distintos, y, probablemente, en
momentos diferentes. Pero en las clulas vivas la sntesis de centenares o
millares de molculas muy distintas se realiza de modo simultneo, literalmente
en un mismo recipiente, y partiendo de unos pocos precursores comunes. La
conexin de reacciones catalizadas por enzimas, en secuencias de reac ciones
consecutivas, hace posible canalizar ordenadamente los millares de reacciones
qumicas que se suceden en las clulas de modo que todas las biomolculas
especficas necesarias para la estructura y funcin celulares se produzcan en
cantidades y velocidades adecuadas.
Una clula bacteriana sintetiza simultneamente 3000 o ms clases de molculas
proteicas en relaciones molares especficas entre si. Cada una de estas
molculas contiene un mnimo de 100 unidades de aminocidos por cadena; la
mayora contienen muchas ms. Y, sin embargo, a 37 "C la clula bacteriana slo
necesita unos pocos segundos para completar la sntesis de cualquier molcula
proteica sencilla. En cambio, la sntesis de una protena por el hombre en el
laboratorio, hecho que slo se ha conseguido por vez primera en 1969 requiere el
trabajo de qumicos altamente especializados, muchos reacti vos caros,
centenares de operaciones separadas, un equipo automtico complejo y un
perodo de meses para su preparacin y ejecucin. Las clulas bacterianas no
slo pueden producir molculas de protenas individuales con rapidez, sino que
son capaces de construir 3000 o ms clases de protenas simultneamente, y en
la relacin molar precisa para constituir una clula viva y que funcione.
La conexin en secuencias consecutivas de las reacciones enzimticas permite la
regulacin del metabolismo y le dota de capacidad para auto-ajustarse. En el
caso ms sencillo, la acumulacin de un producto final del metabolismo, tal como
un aminocido, puede inhibir la etapa determinante de la velocidad en la
secuencia de reacciones mediante las cuales se form, tipo de control conocido
comoinhibicin feed-back . Las clulas vivas poseen, adems, la capacidad de
regular la sntesis de sus propios catalizadores. As, la clula puede interrumpir
la sntesis de los enzimas necesarios para la produccin de un producto
determinado a partir de sus precursores cuando tal producto puede obtenerlo, ya
fabricado, del entorno. Surge entonces otro principio importante: Las clulas son

capaces de regular sus reacciones metablicas y la biosntesis de sus enzimas


para obtener el mximo de eficacia y de economa.
Autorrplica de los organismos vivos
La propiedad ms notable de las clulas vivas es su capaci dad de reproducirse
con fidelidad casi perfecta, no solamente una o dos veces, lo que ya sera
bastante notable, sino por centenares y millares de generaciones. Tres
caractersticas resaltan inmediatamente. En primer lugar, algunos organismos
vivos son tan complejos que la cantidad de informacin gen tica que se transmite
parece desproporcionada al pequeo tamao de las clulas que la deben
transportar, concretamente, la clula espermtica y el huevo. Sabemos hoy da
que virtual-mente toda la informacin gentica se halla presente en los
cromosomas, codificada en forma de secuencia especfica de los nucletidos
constituyentes de una pequea cantidad de DNA, la cual, en el esperma humano
o en el vulo, pesa no ms que unos 6 picogramos (1 pg = 1 X 10 -12 g). La investigacin moderna de los aspectos bioqumicos de la gentica ha conducido, de este
modo, a otro axioma de la lgica molecular del estado vital: Los smbolos en los
que se halla codificada la informacin gentica en el DNA son de dimensiones
sub-moleculares.
La segunda caracterstica notable de la propiedad de autorreplicacn de los
organismos vivos, consiste en la extraordinaria estabilidad de la informacin
gentica almacenada en el DNA. Muy pocas de las primitivas inscripciones hist ricas realizadas por el hombre han sobrevivido tanto tiempo, a pesar de que
fueron labradas en piedra o en cobre y preser vadas de la accin de los
elementos. Los manuscritos del Mar Muerto y la piedra de Rosetta, por ejemplo,
tienen slo unos pocos miles de aos. Pero existen buenas razones para creer
que las bacterias actuales poseen, aproximadamente, una mis ma forma, tamao y
estructura interna, y contienen idntica clase de molculas estructurales, as
como unos mismos tipos de enzimas, que las que vivieron hace cientos de
millones de aos, a pesar de que las bacterias, como todos los organismos, han
experimentado una evolucin constante. La informacin gentica no se
conservaen planchas de cobre o grabada en piedra, sino en forma de DNA, una
molcula orgnica tan frgil que cuando se asla en disolucin se escinde en
muchos fragmentos con slo agitar la disolucin o pipetendola.
La capacidad de las clulas vivas para preservar su infor macin gentica es el
resultado de la complementaridad es tructural . Una hebra de DNA acta como
patrn para la rplica enzimtica de otra hebra de DNA estructuralmente
complementaria. En realidad, los enzimas de la clula que sintetizan el DNA no
pueden confeccionarse sin el concurso de un patrn. Se tiene ahora la
certidumbre de que, incluso en la clula intacta, la molcula de DNA puede
escindirse con frecuencia, pero es reparada con rapidez y automtica mente por
enzimas especficos. No es frecuente que se produz can errores o mutaciones,
pero incluso stos no siempre son perjudiciales, y pueden resultar ventajosos al
permitir a una especie determinada de organismo modificar gradualmente su
identidad con objeto de adaptarse mejor a los cambios de su entorno durante el
curso de la evolucin.

Existe an una tercera caracterstica digna de mencin en la transferencia de la


informacin gentica en los organismos vivos. Tal informacin est codificada en
forma de una secuencia especfica de cuatro mononucletidos bsicos, sillares
estructurales de la molcula lineal del DNA. Pero las clulas vivas poseen una
estructura tridimensional y constan de partes o componentes tambin
tridimensionales. Se llega, con ello, a un axioma muy crucial en la lgica
molecular de la vida, el que proporciona el nexo de unin entre la sencilla qumica
lineal del DNA y todos los atributos tridimensionales de la gran variedad de
organismos multicelulares: La informacin unidimensional del DNA es transferida
a la informacin tridimensional inherente a los componentes macromoleculares y
supramacromoleculars de los organismos, gracias a la tras lacin de la estructura
del DNA a la estructura proteica. La secuencia lineal de bases especfica del DNA
se transcribe a la correspondiente secuencia lineal de aminocidos de una ca dena polipeptdica durante el proceso de sntesis de las pro tenas. Sin embargo, a
diferencia de la molcula de DNA una cadena polipeptdica no es estable en
forma lineal extendida. Espontneamente se enrosca y se pliega en una estruc tura tridimensional estable, especfica, cuya precisa geometra est determinada
por la secuencia aminocida en su cadena polipeptdica. Cada tipo de cadena
polipeptdica adoptar su propia conformacin especifica tridimensional, la cual le
confiere, a su vez, un tipo especifico de actividad biolgica. Ade ms, las muy
diversas clases de molculas proteicas, que son componentes de bioestructuras
tales como las membranas, los ribosomas y los organillos, se agrupan entre s de
manera automtica originando conjuntos tridimensionales, reproducibles con
precisin porque slo se adaptan entre ellas de una manera determinada, de
acuerdo tambin con el principio de la complementariedad estructural.
Acabamos de describir cierto nmero de interacciones e interrelaciones
caractersticas de las biomolculas que constitu yen, en conjunto, la lgica
molecular de la vida. Podemos resumir estos principios mediante la siguiente
aseveracin: Una clula viva es un sistema abierto isotrmico de molculas
orgnicas que se ensambla, ajusta y perpeta por s mismo y opera segn el
principio de mxima economa de partes y procesos; promueve muchas
reacciones orgnicas ligadas consecutivamente, destinadas a la transferencia de
energa y a la sntesis de sus propios componentes por medio de catalizado res
orgnicos que ella misma produce. En ningn momento de nuestro examen de la
lgica molecular de las clulas vivas hemos encontrado violacin alguna de las
leyes fsicas conocidas, ni hemos necesitado definir ninguna ley nueva. La
maquinaria de las clulas vivas acta dentro del mismo con junto de leyes que
rigen la actuacin de las mquinas construidas por el hombre, pero las reacciones
qumicas y los procesos de las clulas se han perfeccionado mucho ms de las
posibilidades presentes de la ingeniera qumica.
En esta revisin orientadora hemos esbozado el objetivo central y ms
fundamental de la bioqumica actual, a saber, el determinar detalladamente la
lgica molecular de la clula viva. No es ste, sin embargo, el nico objetivo de la
bioqumica ni tan siquiera el ltimo. La bioqumica de la clula, tema de este libro,
no constituye sino el punto de partida para el estudio molecular de otros muchos
problemas de la biologa. Lo ms fundamental es quiz deducir cmo en la oscura
historia inicial de la Tierra ciertos compuestos in orgnicos inanimados se
encontraron primero y aprendieron despus a establecer interacciones
mutuas, organizndose por ltimo y dando lugar a las primeras estructuras

vivas. Otro de los objetivos es llegar a saber cmo las primeras clulas
experimentaron un desarrollo evolutivo que condujo a la notable diversidad de
especies animales y vegetales que contemplamos en nuestro entorno en la
actualidad. Un objetivo ulterior lo constituye la descripcin molecular de las
interacciones de las clulas con los tejidos y de funciones especializadas tales
como la contraccin muscular. Otro nuevo objetivo es el anlisis bioqumico de la
neurofuncin desde el nivel de la comunicacin intermolecular simple hasta la in tegracin, la memoria, el comportamiento y, finalmente, el pensamiento; es decir,
todas las profundas preguntas formuladas por la inquietud del hombre para la
comprensin de su naturaleza. Conjuntamente con estas cuestiones fundamenta les, la bioqumica est desarrollando un ms profundo cono cimiento de las
enfermedades humanas y de su alivio, de la vida vegetal y la agricultura, y del
balance ecolgico de la biosfera.
Al comenzar el estudio de la bioqumica, los principios de organizacin que
constituyen la lgica molecular de las clulas servirn de marco de referencia.
Comienza este libro con una descripcin de las diversas clases de biomolculas
(parte 1). Contina despus con el anlisis de las reacciones enzimticas,
isotrmicas, autoajustadas y consecutivamente enlazadas, las cuales constituyen
el sistema abierto a travs del cual fluyen materia y energa, es decir, el proceso
del metabolismo. ste, como hemos podido ver. consiste en dos redes de
reacciones: la red productora de energa en forma de ATP ser objetivo de
estudio en la parte 2. y el otro gran retculo, que examinaremos en la parte 3.
emplea el ATP para la sntesis y el cumplimiento de la funcin celular. Final mente,
en la parte 4 consideraremos la base molecular de la autorrplica de las clulas y
el ensamblaje de los componentes celulares. Termina el libro retornando al origen
de la vida y a su lgica molecular.