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DNA, cromossomos e organização dos genes do genoma

Profa. Dra. Aline Maria da Silva Instituto de Química- USP

Bibliografia:

Genes VII - Benjamin Lewin Lenhinger Principles of Biochemistry (3a. Ed.)

Genoma humano

3 bilhões de bases/genoma haploide

Genoma humano 3 bilhões de bases/genoma haploide Obtido de http://www.ornl.gov/hgmis

Obtido de http://www.ornl.gov/hgmis

Replicação Transcrição Tradução Proteína
Replicação
Transcrição
Tradução
Proteína
Replicação Transcrição Tradução Proteína Ácido Desoxirribonucleico Ácido Ribonucleico

Ácido Desoxirribonucleico

Ácido Ribonucleico

Polipeptídeo

Fluxo da Informação Genética

Como se provou que DNA é o material genético?

O DNA é o material genético em todos os organismos exceto em alguns vírus (vírus de RNA)

Avery, McLeod & McCarty 1944 Princípio transformante

Avery, McLeod & McCarty

1944

Avery, McLeod & McCarty 1944 Princípio transformante

Princípio

transformante

Hershey & Chase 1952

Hershey & Chase

1952

Ribossomos

Nucleoide (DNA compactado) Pili

Flagelo
Flagelo

Célula procariótica (bactérias):

Não tem organelas (núcleo, mitocondrias, etc)

Material genético compactado no nucleóide (não compartimentalizado)

Cromossomo único, circular fechado (na maioria das bactérias, ex: Escherichia coli)

Envelope celular (membrana)

Nucleóide expelido de um célula bacteriana lisada: Alças de uma fibra Nucleóide da Bactéria

Nucleóide expelido de um célula bacteriana lisada:

Alças de uma fibra

Nucleóide da Bactéria
Nucleóide
da Bactéria
Ribossomos Núcleo Envelope nuclear Ribossomos Mitocondrias Cloroplasto
Ribossomos
Núcleo
Envelope nuclear
Ribossomos
Mitocondrias
Cloroplasto

Célula eucariótica:

Organelas (núcleo, mitocondrias, cloroplastos, etc)

Material genético compactado no núcleo

Cromossomos lineares

Componentes dos ácidos nucleicos Ribose Uracila Timina 2´desoxirribose Citosina Guanina Adenina Ácido fosfórico
Componentes dos
ácidos nucleicos
Ribose
Uracila
Timina
2´desoxirribose
Citosina
Guanina
Adenina
Ácido fosfórico
Ribonucleotídeo

Ribonucleotídeo

Desoxirribonucleotídeos

Desoxirribonucleotídeos

DNA fita dupla: cadeias antiparalelas

DNA fita dupla: cadeias antiparalelas
Sulco menor Sulco maior
Sulco
menor
Sulco
maior

Dupla hélice de DNA:

Watson-Crick, 1953

Características das diferentes formas de hélice dupla de DNA

Características das diferentes formas de hélice dupla de DNA

A dupla hélice de DNA pode ser desnaturada reversívelmente:

Aquecimento Extremos de pH

Desnaturação e Renaturação da fita dupla de DNA

Desnaturação e Renaturação da fita dupla de DNA

Tm= Temperatura de fusão 50% da molécula de DNA está desnaturada Efeito hipercrômico

Tm= Temperatura de fusão

50% da molécula de DNA está desnaturada

Efeito

hipercrômico

Absorbância do DNA sob luz UV Fita simples Efeito hipercrômico Absorbância Dupla fita Comprimento de onda
Absorbância do DNA sob luz UV
Fita
simples
Efeito
hipercrômico
Absorbância
Dupla
fita
Comprimento de onda (nm)
Sulco menor Sulco maior
Sulco
menor
Sulco
maior

Dupla hélice de DNA:

Watson-Crick, 1953

Ribossomos

Nucleoide (DNA compactado) Pili

Flagelo
Flagelo

Célula procariótica (bactérias):

Não tem organelas (núcleo, mitocondrias, etc)

Material genético compactado no nucleóide (não compartimentalizado)

Cromossomo único, circular fechado (na maioria das bactérias, ex: Escherichia coli)

Envelope celular (membrana)

Ribossomos Núcleo Envelope nuclear Ribossomos Mitocondrias Cloroplasto
Ribossomos
Núcleo
Envelope nuclear
Ribossomos
Mitocondrias
Cloroplasto

Célula eucariótica:

Organelas (núcleo, mitocondrias, cloroplastos, etc)

Material genético compactado no núcleo

Cromossomos lineares

Compactação do Material Genético

Organismo / Compartimento

Forma

Dimensões

Tamanho do DNA

Número de bases

Fago T4

iscosaedro

0,065x0,10um

55um

170 000

E.coli

cilindro

1,7 x 0,65 um

1,3 mm

4,6 x 10 6

Mitocondria

esferóide

3 x 0,5um

50um

16 000

Humana

10

dsDNA

Núcleo Humano

esferóide

6um diametro

1,8m

6 x 10 9

 

46

cromossomos

(diplóide)

Número normal de cromossomos em alguns organismos

Número normal de cromossomos em alguns organismos
Empacotamento do DNA do bacteriófago lambda Pré- Capsídeos Vazios Partícula Madura

Empacotamento do DNA do bacteriófago lambda

Pré- Capsídeos Vazios

Partícula Madura

enrolado superenrolado
enrolado
superenrolado
Conformação tridimensional do DNA circular fechado

Conformação tridimensional do DNA circular fechado

Quebra em uma das cadeias da dupla-fita DNA circular superespiralado DNA circular relaxado
Quebra em uma
das cadeias da
dupla-fita
DNA circular
superespiralado
DNA circular
relaxado
Superenrolamento crescente
Superenrolamento crescente
Superenrolamento crescente

Compactação de Genomas Procarióticos

O material genético apresenta-se organizado de forma

compacta ocupando 1/3 do volume total da célula

bacteriana

Compactação de Genomas Procarióticos O material genético apresenta-se organizado de forma compacta ocupando 1/3 do volume

Nucleóide

Densidade do DNA na célula bacteriana é alta:

10mg /ml !!!!

Nucleóide expelido de um célula bacteriana lisada: Alças de uma fibra Nucleóide da Bactéria

Nucleóide expelido de um célula bacteriana lisada:

Alças de uma fibra

Nucleóide da Bactéria
Nucleóide
da Bactéria
Empacotamento do genoma bacteriano Proteínas com caráter básico estão envolvidas na organização da fibra compacta e

Empacotamento do genoma bacteriano

Proteínas com caráter básico estão envolvidas na organização da fibra compacta e na formação das alças do nucleóide

Compactação de Genomas Eucarióticos

Proteínas nucleares específicas + DNA

Cromatina

Compactação de Genomas Eucarióticos Proteínas nucleares específicas + DNA Cromatina Eucromatina menos compactada Heterocromatina mais compactada
 

Eucromatina

menos compactada

Compactação de Genomas Eucarióticos Proteínas nucleares específicas + DNA Cromatina Eucromatina menos compactada Heterocromatina mais compactada
Compactação de Genomas Eucarióticos Proteínas nucleares específicas + DNA Cromatina Eucromatina menos compactada Heterocromatina mais compactada

Heterocromatina

 
 

mais compactada

Compactação de Genomas Eucarióticos Proteínas nucleares específicas + DNA Cromatina Eucromatina menos compactada Heterocromatina mais compactada

Cromossomos Estado mais condensado na Mitose ou Meiose

Corte de um núcleo corado com Feulgen

Nucléolo Heterocromatina Citoplasma
Nucléolo
Heterocromatina
Citoplasma

Heterocromatina

Telômero
Telômero
Telômero Cromossomo mitótico Centrômero Cromátides irmãs Telômero

Cromossomo

mitótico

Telômero Cromossomo mitótico Centrômero Cromátides irmãs Telômero

Centrômero

Telômero Cromossomo mitótico Centrômero Cromátides irmãs Telômero
Telômero Cromossomo mitótico Centrômero Cromátides irmãs Telômero

Cromátides irmãs

Telômero

Cromossomo Artificial de Levedura (YAC) Centrômero Telômero Sequencia para Replicação Autônoma

Cromossomo Artificial de Levedura (YAC)

Centrômero

Telômero

Sequencia para Replicação Autônoma

Cromossomos desprovidos de histonas:

arcabouço de proteínas no qual as alças do DNA estão ancoradas

Cromossomos desprovidos de histonas: arcabouço de proteínas no qual as alças do DNA estão ancoradas

Níveis de Compactação da Cromatina

Fibra de 30nm

Razão de compactação

~1000-2000

Razão de compactação

~7000

Cerne de histonas do nucleossomo DNA de ligação dos nucleossomos
Cerne de
histonas do
nucleossomo
DNA de ligação dos
nucleossomos
Enrolamento helicoidal da fibra de 30nm: 6 nucleossomos por volta organizados radialmente
Enrolamento helicoidal da
fibra de 30nm: 6
nucleossomos por volta
organizados radialmente

Estrutura Molecular da Cromatina:Nucleossomos

Estrutura Molecular da Cromatina:Nucleossomos Eletroforese em gel de agarose
Estrutura Molecular da Cromatina:Nucleossomos Eletroforese em gel de agarose

Eletroforese em gel de agarose

Estrutura Molecular da Cromatina:Nucleossomos Eletroforese em gel de agarose

Estrutura Molecular da Cromatina:Nucleossomos

Estrutura Molecular da Cromatina:Nucleossomos

Nucleossomo: DNA organizado em duas voltas

Nucleossomo: DNA organizado em duas voltas
Histonas: Proteínas com caráter básico (carga +) que interagem com o DNA (carga -) Nucleossomo

Histonas:

Proteínas com caráter básico (carga +) que interagem com o DNA (carga -)

Nucleossomo

Organização das histonas no nucleossomo

Organização das histonas no nucleossomo

0 gene geralmente é maior do que a sequência codificadora para a proteína

5´UTR 3´UTR Proteína UTR: Região não traduzida (Untranslated region)
5´UTR
3´UTR
Proteína
UTR: Região não traduzida (Untranslated region)

Estrutura típica de um gene transcrito pela RNApol II

Enhancer Promotor Gene
Enhancer
Promotor
Gene

Genes eucarióticos são em geral interrompidos por introns

(hnRNA) Splicing: remoção dos introns
(hnRNA)
Splicing: remoção dos introns

O que faz a diferença?

O que faz a diferença? Yeast 6,144 genes D . melanogaster 13,338 genes C . elegans

Yeast 6,144 genes

O que faz a diferença? Yeast 6,144 genes D . melanogaster 13,338 genes C . elegans
O que faz a diferença? Yeast 6,144 genes D . melanogaster 13,338 genes C . elegans

D. melanogaster 13,338 genes

O que faz a diferença? Yeast 6,144 genes D . melanogaster 13,338 genes C . elegans

C. elegans 18,266 genes

Arabdopsis

25 706 genes

O que faz a diferença? Yeast 6,144 genes D . melanogaster 13,338 genes C . elegans

Human genome 32,000 genes