You are on page 1of 6

Class 1  

Welcome: Welcome to organic chemistry 521. I had the privilege of teaching some of you last semester, 
and those people will be happy to know that this class and its grading scheme are going to be structured 
roughly the same way that chem. 427 was. Let’s look at the syllabus and you’ll see what I mean: 
Syllabus Review: There is no textbook for this class. I will post my notes online as soon as I have semi‐
coherent notes available for posting.  
 
There will be three one hour tests. They are not “technically” cumulative, but understand that all of 
organic chemistry builds on previous discussions, and therefore I will feel free to ask about anything that 
I want. Each exam is 20% of your final grade. There is no final. 
 
There will be problem sets and problem set answers posted online. These will not be collected or 
graded. 
 
Additionally, each student will be required to write two “briefs” which summarize recent articles from 
journals such as J. Am. Chem. Soc. or Org. Lett. The briefs should be 3 to 5 pages long (1” margins, 12 pt. 
font, and 1.5 spacing), including figures. I will assign the first article to be summarized. For the second 
brief, each student will choose an article. Each brief will count for 10% of your final grade. 
 
The remaining 20% of your grade will be assigned based on class participation. You will only learn 
organic chemistry if you come to class and participate in the discussions. To that end, I will assign a daily 
participation grade from 1‐10. You will receive a minimum of a 7 for coming to class on time. You will be 
allowed four “free” or absentee days during the semester. For those of you who have taken Dr. Euler’s 
class, my understanding is that he structures things similarly.  
 
Semester Overview: Now let’s talk about what chemistry is going to be covered. We are going to divide 
the semester in three sub‐sections, which will conveniently coincide with your three scheduled tests. In 
the first third of the semester, we will cover “standard” physical organic chemistry topics. These include 
reaction mechanisms, carbocations, radicals, and other reaction intermediates. In the second third, we 
are going to talk in detail about some key organic reactions that may not have been covered (or covered 
only superficially) in some of your earlier chemistry classes. In the final third of the semester, we are 
going to talk in detail about some interesting total syntheses. 
 
I have office hours from 11 am‐ noon on Tuesdays and Thursdays. I am always available by email, or you 
can set up another appointment time that works for both of us. 
 
Demonstration – Polymer in Hair Gel: We did this demonstration last semester, but I didn’t have time 
to think of something new, plus at least I know this demonstration works. Anyone who can tell me a real 
(chemistry) explanation for what is going here will get 5 extra points on their first test. 
Stereochemistry of nucleophilic substitution reactions 
One main class of reactions in organic chemistry is nucleophilic displacement reactions, where a 
nucleophile replaces a leaving group on a molecule: 

 Here is a real‐world SN2 reaction:          Mechanism of an SN1 reaction:    . and then the leaving group leaves and you have a new compound. where both the nucleophile and the leaving group are partially  bound to the carbon center.R R + Nu - LG R R Nu R R   Nucleophile = something that loves a nucleus – i. You then  form a five‐coordinate transition state. whereas SN1 reactions proceed via formation of a planar carbocation (that leads to  equal attack from both faces of the intermediate):   Mechanism of an SN2 reaction:  A Nu D B C Nu D A Nu B D C A B   Here the incoming nucleophile approaches from the backside (relative to leaving group C).e. This new compound’s stereochemistry has  been inverted. OH‐. like CH3‐Li or CH3‐MgBr (organometallic  compounds)  This is contrast to electrophiles. SH‐  There are also several examples of carbon nucleophiles.”  There are two possible mechanisms of a nucleophilic substitution reaction: SN1 and SN2 (substitution  nucleophilic unimolecular and substitution nucleophilic bimolecular). which literally means “something that loves electrons. This  should theoretically lead to 100% inversion of configuration.  Everyone here should have learned that SN2 reactions proceed with backside attack (and inversion of  stereochemistry).

 so that results in partial inversion. This partially blocks that face for attack by the  incoming nucleophile. and SN1 reactions  should lead to 50% retention and 50% inversion. just to reiterate ‐ SN2 reactions should lead to 100% inversion of configuration. both faces of the carbocation are identical. Therefore these reactions are  expected to lead to a 50/50 mixture of inversion of configuration compared to retention of  configuration. it  often hangs around near the resulting carbocation.   But real life is rarely so simple. The  reason why you don’t get a 50/50 mixture of the products is that once the leaving group departs. Consider the following example:    Is this reaction mechanism SN1 or SN2?  Real‐life example 2:     SN1 or SN2?  In general I would like you to think that ANYTHING that gives a mixture of products is mostly SN1. and the  nucleophile has no preference for coming in from the top or bottom face.  One more real‐life example that I hope you have seen (but will cover in any event) is neopentyl halides:    Does this molecule undergo SN2 reactions?  . By the time the  incoming nucleophile “sees” this intermediate.Here the leaving group first leaves to generate a planar carbocation intermediate.  Again.

 I will post some general  review questions on your first problem set.Reasons why it would: It is a primary halide  Reasons not to undergo SN2: It looks kind of hindered. At this stage of your  careers. you get two different outcomes. you  may want to do some review on your own. but if it has been a while since you heard these terms. I am assuming you have all covered this topic in some degree of detail. However. This means that whenever you look at mechanism or stereochemistry. Compound A reacts  . when you treat them both with acetic acid and acetate (which does a  substitution reaction on the tosylate group (OTs). consider it an exception to the rule that primary halides all undergo SN2.  Let’s talk about a new (but related) topic ‐ called “neighboring group participation. you should  really be considering all functional groups on the molecule to determine how they may affect the  reactivity.  Understand that this is NOT a systematic discussion of SN1 and SN2 reactions. let’s look at a few real‐world examples:    Compounds A and B are basically identical.  Correct answer: It is too hindered to undergo the reaction! Let’s look at the 3‐d space filling model of  this compound:    Even though it is primary. except that they have different stereochemistry of the  acetate group. Since I know that’s kind of vague.”   Definition of neighboring group participation: the involvement of nearby nucleophilic substituents in a  substitution reaction.

 but because you have two steps. that  allows backside attack to take place. but we still have not addressed the question  of compound B. What is going on here?  It has to do with the neighboring acetate group. When the two substituents are on opposite sides (as in compound A). When the two substituents are on the same side (as in compound  B). the acetate group displaces the  tosylate to generate a bicyclic intermediate – and a more stable carbocation.  In the remaining time that we have. This cation is particularly  stabilized by three different resonance forms:  In the next step. compound  A reacts 670‐times faster than compound B under the same reaction conditions. than that acetate is  displaced by the external nucleophile. Why doesn’t it behave similarly?  That has to do with the geometry necessary for the neighboring group displacement. and compound B reacts with inversion of configuration. shown below:  . For compound A. Also. Each step is an SN2 reaction that proceeds with inversion of  configuration. they cannot assume the right geometry for SN2 to occur and therefore the reaction does not take  place.with retention of configuration. the acetate nucleophile comes in and does a backside attack on the top carbon atom to  generate the product:    So this is a two‐step process – first the internal acetate displaces the tosylate. I would like to talk about leaving groups:  There are three different sulfonate‐type leaving groups. there is an overall retention of configuration observed.   This explains pretty well what happens with compound A. We can draw both  compounds in the most stable chair conformations:    We are operating under the assumption that these reactions proceed via SN2 mechanism and therefore  require backside attack.

  A cautionary note when we talk about leaving groups in terms of electronegativity – when you look at  halides (and what kind of leaving groups they are) – F is the most electronegative of them but is still the  worst leaving group. so we need to look for the case where the negative charge will be most stabilized. The best leaving groups of the  halides are bromide and iodide – because the bigger size of the halogens means that the bond is longer  and therefore weaker. Why? Because the carbon‐fluorine bond is so strong. the next best leaving group is tosylate. there is no place to delocalize the negative charge and  therefore it is the worst leaving group of the three. For mesylate. Three highly  electronegative fluorine atoms sufficiently stabilize the negative charge on triflate.  The best leaving group of these three is the triflate – that is because leaving groups develop negative  charge.  OK that’s all for today.  After triflate.  . Next time we will continue our discussion of neighboring group participation and  also talk about carbocations. because the negative charge can be partially  delocalized over the phenyl ring.