You are on page 1of 81

Podstawy genetyki populacji

Genetyka mendlowska i ewolucja

Syntetyczna teoria ewolucji

Pierwsza synteza: poczenie teorii ewolucji Darwina z genetyk


mendlowsk na poziomie populacji

W naturalnych populacjach wystpuj rne allele genw

Czsto cech fenotypowych w populacji zaley od czstoci alleli i


genotypw

Ewolucja jako zmiana czstoci alleli w populacji z pokolenia na


pokolenie

Populacja

Grupa krzyujcych si ze sob


osobnikw oraz ich potomstwo
!

Zbir wszystkich alleli populacji


pula genowa

Najprostszy model

Populacja N organizmw diploidalnych

Rozwaany jeden A gen o dwch allelach A1 i A2

Czstoci alleli, odpowiednio p i q


!

p+q=1

Populacja w stanie rwnowagi

Liczebno populacji bardzo dua (N ~ )

Cakowicie losowe krzyowanie (panmiksja)

Sukces reprodukcyjny nie zaley od genotypu genu A

Brak migracji

Nie zachodz mutacje zmieniajce A1 w A2 i vice versa

Rwnowaga Hardyego-Weinberga
Jeeli czstoci alleli A1 i A2 to odpowiednio p i q
to czstoci genotypw
!

A1A1

2
p

A1A2

pq + qp = 2pq

A2A2

2
q

Rwnowaga Hardyego-Weinberga

W populacji bdcej w rwnowadze H-W czstoci alleli nie


zmieniaj si

Nie przebiega ewolucja

Mechanizmy zaburzajce rwnowag H-W mog by


mechanizmami ewolucji

Mechanizmy zmieniajce czsto


alleli

Mutacje

Dobr

Migracje

Dryf

Dobr
Dostosowanie (w) prawdopodobiestwo odniesienia sukcesu
reprodukcyjnego przez osobnika o danym genotypie
A1A1 : w11
A1A2 : w12
A2A2 : w22
w=1s
gdzie s to wspczynnik selekcji
Nie ma znaczenia, czy chodzi o prawdopodobiestwo przeycia, czy o liczb
wyprodukowanych gamet, czy o kondycj potomstwa itp.
walka o byt uproszczona i niekiedy mylca metafora

Dobr zmienia czsto alleli

Dobr model oglny


Dostosowanie (w)
A1A1 : w11
A1A2 : w12
A2A2 : w22
rednie dostosowanie populacji:
Nowe czstoci genotypw
A1A1
A1A2
A2A2
2

p w11
w

2 pqw12
w

q w22
w

w = p w11 + 2 pqw12 + q w22


2

Silna i saba selekcja - symulacje

Przykad empiryczny

CCR5 i AIDS u czowieka

CCR5 koduje receptor cytokin

Jest wykorzystywany jako


koreceptor przez wirusa HIV

Allel CCR5-32

Rzadko spotykany

Homozygoty 32/32 s oporne


na infekcj HIV

Allel najczciej wystpuje w


Europie, w Afryce jest rzadki

Allel CCR5-32

Epidemia AIDS trwa zbyt krtko, by wpyn na czstoci allelu (u


czowieka 1 pokolenie to ~25 lat)

Moliwe przyczyny takiego rozmieszczenia

Nadaje czciow opornona inny patogen (np. duma)

Dryf genetyczny allel pojawi si w Skandynawii i rozprzestrzenia po


Europie podczas najazdw Wikingw (VIII-X w.)

Homozygoty 32/32 s bardziej podatne na infekcj wirusem


gorczki Zachodniego Nilu kontrselekcja w Afryce

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy wzrost czstoci


allelu 32 u czowieka?

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy


wzrost czstoci allelu 32 u czowieka?

Wysoka czstopocztkowa i silny dobr

p = 0,2 (najwysza notowana warto)

25% osobnikw +/+ i +/32 umiera na AIDS nie wydawszy na wiat


potomstwa

A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 0,75
A2A2: w22 = 0,75

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy


wzrost czstoci allelu 32 u czowieka?

Wartoci te nie s realistyczne

p = 0,2 tylko w niektrych


populacjach w Europie
(Aszkenazyjczycy)

25% miertelno tylko w


niektrych rejonach Afryki
(Botswana, Namibia, Zmimbabwe)

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy


wzrost czstoci allelu 32 u czowieka?

Wysoka czstopocztkowa i saby dobr

p = 0,2 (najwysza notowana warto)

0,5% osobnikw +/+ i +/32 umiera na AIDS nie wydawszy na wiat


potomstwa

A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 0,995
A2A2: w22 = 0,995

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy wzrost czstoci allelu 32


u czowieka?

p = 0,2 (najwysza notowana


warto)

0,5% osobnikw +/+ i +/32


umiera na AIDS nie wydawszy na
wiat potomstwa

Wartoci te s realistyczne dla


Europy

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy


wzrost czstoci allelu 32 u czowieka?

Niska czstopocztkowa i silny dobr

p = 0,01

25% osobnikw +/+ i +/32 umiera na AIDS nie wydawszy na wiat


potomstwa

A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 0,75
A2A2: w22 = 0,75

Czy presja selekcyjna HIV spowoduje znaczcy


wzrost czstoci allelu 32 u czowieka?

p = 0,01

25% osobnikw +/+ i +/32


umiera na AIDS nie wydawszy na
wiat potomstwa

Wartoci te s realistyczne dla


niektrych czci Afryki

Dobr i dominacja allelu

Selekcja przeciwko allelowi


recesywnemu

Dostosowanie (w)
A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 1
A2A2: w22 = 1 - s

p = 0,01
A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 1
A2A2: w22 = 0,4

Dobr i dominacja allelu

Selekcja przeciwko allelowi


dominujcemu

Dostosowanie (w)
A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 1 - s
A2A2: w22 = 1 - s

p = 0,01
A1A1: w11 = 1
A1A2: w12 = 0,4
A2A2: w22 = 0,4

Dobr i dominacja allelu

Tempo zmian zaley od czstoci genotypu podlegajcego selekcji


w populacji

Tempo selekcji przeciwko allelowi recesywnemu spada wraz ze


spadkiem jego czstoci

Liczba homozygot spada z kwadratem czstoci allelu

Wikszo puli rzadkiego allelu jest w heterozygotach

Konsekwencje dla czowieka

Czy mona wyeliminowa rzadkie


cechy recesywne?

Eugenika

program poprawy puli genowej


populacji
XIX do poowy XX w.
Przymusowe sterylizacje

64 000 osb w USA (1907-1963)

>60 000 osb w Szwecji


(1934-1975)

Eugenika

Pomijajc kwestie etyczne czy


to ma sens?

Przymusowe sterylizacje w USA


opnienie umysowe, ~1%
populacji, q = 0,1

Po 10 pokoleniach
q = 0,05
!

Po 40 pokoleniach
q = 0,02

Dobr heterozygot

Przewaga heterozygot nad


obiema homozygotami
naddominacja

Przykad: recesywny allel l u


Drosophila, homozygoty ll
letalne

Mimo to, allel utrzymuje si w


populacji z p = 0,79, niezalenie
od pocztkowych wartoci p i q

Dobr heterozygot

A1A1: w11 = 0,735


A1A2: w12 = 1,0
A2A2: w22 = 0

Rwnowaga

Przy naddominacji (przewaga


selekcyjna heterozygot) ustala si
rwnowaga, dobr stabilizuje
obecno obu alleli w populacji.

Przykady u czowieka

Anemia sierpowata (w obszarach


wystpowania malarii)

Mukowiscydoza (dla
najczstszego allelu F508)

Dobr heterozygot

Jeeli dobr jest skierowany


przeciwko heterozygotom, to
doprowadzi to utrwalenia jednego
z dwch alleli

Dobr zaleny od czstoci


Kwiaty Dactylorhiza sambucina to
tzw. faszywy sygna nie
zawieraj nektaru
Owady po pierwszym kontakcie
szukaj kwiatu odmiennego koloru
Sukces reprodukcyjny odwrotnie
proporcjonalny do czstoci allelu

Dobr zaleny od czstoci apostatyczny

Wstyk (Cepea nemoralis)

Bardzo dua zmienno wzorw i


barw skorupki

Selekcja przez drapieniki ptaki

Ucz si najszybciej
rozpoznawa osobniki typowe, co
faworyzuje te nietypowe

Mutacje

W modelu typu H-W (o bardzo


duej liczebnoci populacji)
same mutacje w niewielkim
stopniu zmieniaj czstoci alleli

Czsto mutacji -

p = p p
'

q = q + p
'

p = p p = p
po n pokoleniach
'

pn = p0 e

=10-5

Mutacje i dobr

Mutacje staj si istotn si w


ewolucji gdy:

dziaa dobr naturalny

dziaa dryf genetyczny (populacje


o skoczonym N)

Rwnowaga mutacje-selekcja

Wikszo mutacji obnia dostosowanie, dobr je eliminuje

Wytwarza si rwnowaga, utrzymujca w populacji pul allelu o


szkodliwym dziaaniu
!

Dla allelu recesywnego q =


s
!

Dla dominujcego allelu letalnego

q =

Migracje

Przepyw alleli z innej populacji,


w ktrej czstoci alleli s
odmienne

np. na skutek odmiennego


dziaania doboru, dryfu itp.

Prosty model

Dopyw alleli z kontynentu do


populacji wyspowej

Przy braku doboru doprowadzi


do wyrwnania czstoci alleli
obu populacji

Rwnowaga migracja - dobr

Ubarwienie u wy Nerodia sipedon

forma jednolita: homozygota recesywna

forma prkowana: allel dominujcy

Na wyspach dominuje forma jednolita

presja drapienikw prkowane lepiej


widoczne na skaach

na ldzie dominuje forma prkowana

Migracja powoduje dopyw allelu


dominujcego do populacji wysp

Parametry symulacji
Pocztkowe czstoci alleli
wyspy p=0; q=1
ld
p=1; q=0
!

Tempo migracji: 2% na pokolenie z ldu na wyspy


Dostosowanie na wyspach:
!

A1A1: w11 = 0,9


A1A2: w12 = 0,9
A2A2: w22 = 1

Wsobno

Czstsze krzyowanie
osobnikw spokrewnionych

Jedna z form krzyowania


asortatywnego preferencji
wobec osobnikw o zblionym
genotypie

Forma skrajna samozapodnienie

Wsobno
Krzyowanie wsobne nie zmienia czstoci alleli, ale wpywa na czsto
genotypw.
!
!
!
!
!
!

Populacja wsobna niedobr heterozygot, nadmiar homozygot.

Wspczynnik wsobnoci

F prawdopodobiestwo, e oba allele u osobnika s identyczne przez wsplne


pochodzenie

Przy samozapodnieniu (1 pokolenie) F =

Przy krzyowaniu rodzestwa F=1/4

Oglnie czstoci genotypw


!

A1A1

A1A2

A2A2

p2(1-F)+pF

2pq(1-F)

q2(1-F)+qF

Odchylenie liczby heterozygot od przewidywanej pozwala oszacowa wsobno

Depresja wsobna

Rzadkie allele recesywne


ujawniaj si w fenotypach w
populacji

Dryf genetyczny a ewolucja

Dobr naturalny nie jest jedynym mechanizmem ksztatujcym


zmiany ewolucyjne

Losowe procesy w populacjach o skoczonej liczebnoci dryf


genetyczny

Dryf genetyczny

W populacjach o skoczonej liczebnoci moe dochodzi do zmian


czstoci alleli nawet jeeli nie dziaa na nie dobr

Nowy allel (mutacja) moe si utrwali w populacji nawet bez


selekcji

czciowo (polimorfizm)

cakowicie

Model dryfu

Populacja reprezentowana przez kulki w worku

50 brzowych i 50 zielonych (allele)

Losujemy 10 kulek

Uzupeniamy liczb kulek znowu do 100

w takiej samej proporcji, jak wylosowane 10 (model losowego sukcesu reprodukcyjnego)

Efekt:

Dziaanie dryfu

Zmiana czstoci alleli w populacji, moe zredukowa zrnicowanie populacji.

moe utrwali allel w populacji

Dziaa szybciej w maych populacjach.

Moe przyczyni si do specjacji

Wskie gardo populacji

Wskie gardo (bottleneck)

Epizod znacznego zmniejszenia


liczebnoci populacji

Znaczenie dla gatunku

Wskie gardo znacznie zmniejsza


rnorodno genetyczn populacji przez
dryf

Ogranicza to moliwoci adaptacji do


rodowiska i stwarza zagroenie dla populacji

choroby i pasoyty

zmiany rodowiskowe

konkurencja

So morski
pnocny

Gdy liczebno populacji spadnie poniej


wartoci krytycznej, gatunku nie da si
utrzyma

Gepard

So morski pnocny

Polowania w XVIII-XIX wieku


zmniejszyy liczebno do <100
sztuk

Na pocztku XX wieku jedna


kolonia u wybrzey Meksyku

W XX wieku pod ochron

Obecnie >100 000 sztuk

Mae zrnicowanie genetyczne

Inne przykady

Gepard

Zrnicowanie na tyle mae, e


przeszczepy od
niespokrewnionych osobnikw nie
s odrzucane

Pierwsze wskie gardo w epoce


zlodowace

Inne przykady

ubr

Obecnie ok. 3000 osobnikw, potomstwo


12 sztuk

Dua wraliwo na choroby (np.


pryszczyca)

Wiele zwierzt domowych i


hodowlanych

Chomik syryjski wszystkie hodowlane


osobniki wywodz si z jednego miotu
znalezionego w Syrii ok. 1930 r.

W naturze gatunek rzadki i zagroony

Czowiek

Zmienno genetyczna czowieka

Zmienno genetyczna Homo


sapiens jest stosunkowo niedua

Analiza nDNA
Analiza mtDNA

Efekt zaoyciela

Nowa populacja powstajca z


niewielkiej liczby osobnikw moe
znaczco rni si czstociami alleli
od populacji wyjciowej

U czowieka niektore rzadkie choroby


genetyczne wystpuj czciej w
pewnych grupach etnicznych

Utrata rnorodnoci genetycznej


czowieka seria efektw
zaoycielskich

Im dalej od Afryki, tym mniejsza


rnorodno

Wyspa niewidzcych kolorw

W 1775 wysp Pingelap spustoszy tajfun,


zgino 90% ludnoci, ocalao ~20 osb

Wrd ocalaych by wadca Nahnmwarki


Mwanenised, ktry by nosicielem rzadkiej
recesywnej mutacji powodujcej
achromatopsj

Obecnie 10% ludnoci wyspy nie widzi


barw, a 30% to nosiciele

Dla porwnania, w USA choroba


wystpuje z czstoci 1:33 000 osb

Achromatopsja to nie to samo, co


daltonizm!

Dryf genetyczny
Dla p=0,6; N = 10

Dryf genetyczny jest bdem


prby przy losowaniu skoczonej
liczby gamet z populacji

Dryf a wielko populacji

Efekty dryfu genetycznego s wyraniejsze w populacjach o


mniejszej wielkoci

Z czasem dryf doprowadzi do utraty jednego z alleli i utrwalenia


drugiego utrata heterozygotycznoci

Utrata heterozygotycznoci

Przy braku dziaania doboru dryf


doprowadzi do utraty jednego
allelu i utrwalenia (fiksacji)
drugiego
!

Moe powodowa powstanie


populacji odmiennych
genetycznie, bez udziau doboru

Utrata
heterozygotycznoci
"
%
t

1
H t = H 0 $1
'
2N &
S. Wright,# 1931

czas ptrwania heterozygotycznnoci

1
1
H t = H 0 dla t = 2N ln( ) 1, 39N
2
2

Efektywna wielko populacji

We wszystkich modelach zakadalimy panmiksj jednakowe


prawdopodobiestwo wydania potomstwa przez kadego osobnika

Rzeczywiste populacje nie speniaj tego warunku

nierwnomierne stosunki pci (haremy)

zrnicowanie sukcesu reprodukcyjnego

Efektywna wielko populacji

Efektywna wielko populacji Ne jest to liczebno idealnej


populacji panmiktycznej, w ktrej tempo dryfu byoby takie same,
jak w badanej populacji o rzeczywistej liczebnoci N
!

We wszystkich dotychczasowych rozwaaniach podajc N tak


naprawd mielimy na myli Ne

Efektywna wielko populacji

Ne mona zbada analizujc neutralne polimorfizmy w populacji i


porwna z N (zliczeniem osobnikw)

Przykady Ne/N

kot domowy: 0,4

traszka grzebieniasta: 0,16

grizzly: 0,27

Przykad eksperymentalny

N = 10, ale spadek heterozygotycznoci jak dla N = 9

Utrwalenie allelu
Prawdopodobiestwo utrwalenia konkretnego allelu

W populacji N osobnikw diploidalnych jest 2N alleli

Utrwalenie oznacza, e wszystkie allele obecne w populacji


pochodz od jednego

Prawdopodobiestwo tego jest 1/2N

Jeeli czsto allelu jest p, to wyjciowo jest 2Np kopii

Czyli prawdopodobiestwo utrwalenia wynosi:


2Np1/2N = p

Dryf i mutacje

Mutacja powoduje powstanie


nowego allelu

Przy zaoeniu braku doboru


(neutralno)

Prawdopodobiestwo, e nowy
allel si utrwali wynosi 1/2N

Utrwalanie si kolejnych mutacji


powoduje ewolucj populacji
ewolucja neutralna

Tempo ewolucji neutralnej


Prawdopodobiestwo utrwalenia mutacji neutralnej: 1/2N
!

Prawdopodobiestwo powstania zmutowanego allelu: 2N


( - tempo mutacji)
!

1
2N
=
2N

Prawdopodobiestwo powstania i utrwalenia si zmutowanego allelu


(tempo ewolucji neutralnej):

Czas i czsto utrwalania alleli


neutralnych

Tempo ewolucji neutralnej


odpowiada czstoci mutacji

Czas od powstania do utrwalenia


mutacji rednio 4N (2N u
haploidw)

Ewolucja neutralna

Dryf zmniejsza rnorodno


alleli (prowadzi do utrwalania
jednego z alleli)

Mutacje powoduj powstawanie


nowych alleli

Dziki temu rnorodno


zostanie zachowana, ale skad
konkretnych alleli si bdzie
zmienia

Dryf i dobr

Dryf moe doprowadzi do utraty allelu korzystnego, albo do utrwalenia


allelu niekorzystnego
!

Rwnowaga midzy dryfem a doborem zaley od wielkoci populacji i siy


(wspczynnika) selekcji
!

Prosty model (kodominacja)


A1A2

A1A2

A2A2

w 1

1+s

1+2s

Dryf i dobr
Prosty model (kodominacja)
A1A2

A1A2

A2A2

w 1

1+s

1+2s

Model nie jest trywialny do wyprowadzenia (Kimura 1962)


Rezultat:

4 N e sq

1 e
P=
4 N e s
1 e

Dryf i dobr

Gdy s 0 to P q (prawdopodobiestwo utrwalenia allelu


neutralnego jest rwne jego czstoci)

4 N e sq

1 e
P=
4 N e s
1 e

Dryf i dobr allele nieznacznie korzystne

Jeeli s > 0 i N jest due to P 2s

98% mutacji o s = 0,01 si nie utrwali

4 N e sq

1 e
P=
4 N e s
1 e

Dryf i dobr - przykad


Prawdopodobiestwa utrwalenia mutacji

Wielko
populacji

Mutacja
neutralna

1000

0,05%

10000

0,005%

Mutacja
Mutacja
korzystna (s niekorzystna
= 0,01)
(s = -0,001)
2%
0,004%
2%

~10-20

Dryf i dobr

Tempo utrwalania mutacji neutralnych

1
2N
=
2N

Tempo utrwalania mutacji korzystnych

2N 2s = 4Ns

Dryf i dobr - dynamika

Dryf i dobr - podsumowanie

Wikszo mutacji (korzystnych, neutralnych i niekorzystnych) nie


utrwali si w populacji

Gdy dobr przeciwko allelowi niekorzystnemu jest nieznaczny


mutacja szkodliwa jest efektywnie neutralna zostanie utrwalona z
prawdopodobiestwem takim, jak neutralna

Dobr jest nieznaczny gdy:

1
s
4N e

Dryf i dobr podsumowanie

Gdy Ne jest due, mutacje szkodliwe s skutecznie usuwane

Nawet gdy Ne jest due, wiele mutacji korzystnych jest traconych,


jeeli s nie jest bardzo due