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Los Acidos Nucleicos

Glucosdic

Son molculas formadas


por la unin de un azcar,
una pentosa, una base
nitrogenada y un grupo
fosfato.
Los cidos Nuclicos
(DNA y RNA) son formados
por varias cadenas de
nucletidos
(polinucletidos).

Bases Nitrogenadas

4
3

3
2

5
6

7
9

NH2
CH3

pirimidina

imidazol

NH2

NH2

Azcar

Radical Fosfato

Base nitrogenada

Azcar

Nuclesido

Nuclesido

Radical fosfato

Nucletido
Nucletido

Nucletido

Nucletido

Nucletido

... = AN

ADN

Desoxirribosa
Adenina, guanina, citosina, timina
Radical fosfato

ARN

Ribosa
Adenina, guanina, citosina, uracilo
Radical fosfato

En el ARNt ya se confirma la existencia de ribotimilato

En el DNA fagos hay uracilo

Base Nitrogenada
Adenina
Guanina
Citosina
Timina
Uracilo

Nuclesido
Adenosina
Guanidina
Citidina
Timidina
Uridina

Nucletido
cido Adenlico
cido Guanlico
cido Citidlico
cido Timidlico
cido Uridlico

Terminologa empleada para referirse a los


nuclesidos y nucletidos.

Propiedades de las bases


nitrogenadas
a) Tautomera: Reacciones
intramoleculares que
determinan un equilibrio entre
ismeros con diferencias en sus
enlaces. Los tautmeros
preferentes determinan el
apareamiento de bases que se
observa en el DNA.
Son dos las formas: lactama y
lactima. Bajo las condiciones de
pH y temperatura el equilibrio
est casi totalmente desplazado
a lactama, amino, amida
interna o forma ceto, en lugar
de lactima, imino, imida
interna o forma enol.

b) Rotacin en torno al
enlace glucosdico
En nucletidos las dos
conformaciones se
interconvierten. La rotacin
en torno al enlace
glucosdico (entre la
pentosa y la base)
determina dos
corformaciones:
-Sin: la base sobre la
pentosa. Lo puede tener G
-Anti: La base hacia fuera.
Ambos se interconvierten
en nucletidos de purina. La
forma anti predomina en
nucletidos de pirimidina y
en los cidos nucleicos.

c) Absorcin de luz: Sirve para cuantificar cidos nucleicos


espectrofotomtricamente

Estructura del ADN: Primaria


En un monucletido, el grupo fosfato
es un ster fosfrico primario, lo que
quiere decir que posee un solo enlace
ster. En el dinucletido se forma el
enlace fosfodister, es decir el
fosfato est unido a dos grupos.

secuencia

esqueleto

El dinucletido
formado es 3 5
fosfodister. Se
pueden seguir
aadiendo ms
nucletidos,
establecindose
un esqueleto:
azcar fosfato
azcar, con una
base unida a cada
azcar en su
posicin 1.

La informacin
codificada radica
en la secuencia de
las BN

pApA

ApAp

OH

El grupo ortofosfato puede esterificarse en 5 3 o en 3 5

El grupo fosfato es vulnerable a la ruptura qumica o enzimtica


Por qu desoxirribosa y no ribosa?

La presencia de un grupo
OH en posicin 2 de la
ribosa, hace que el
polinuceltido sea menos
estable: el OH se encuentra
adecuadamente situado para
atacar el P en presencia de
iones OH - , causando la
rotura de la unin
fosfodister y formar un
enlace cclico 2, 3

Fosfonucletido 5

Fosfonucletido 3

Estructura Secundaria
Modelo propuesto por Watson y
Crick en 1953.
Son dos hebras antiparalelas, en
forma de hlice, que se mantienen
unidas por el apareamiento
complementario de las bases:
A T y C- G
2

Presencia de grupos cetnicos y


amnicos: lo que ofrece la oportunidad
para formar enlaces H
Cetnico: T, U

Forman un puente

Espectro de difraccin de
rayos X: Wilkins y Atsbury

Amnico: A
Amnico Cetnico: C, G

Forman dos puentes

L.Pauling

(Caltech)
M.Wilkins y R.E.Franklin

(Londres)
J.D.Watson y F.H.C.Crick
(Cambridge)
Periodicidad a 0,34 nm
Periodicidad
a 3,4 nm

Estructura helicoidal
(forma en X)

James Watson y Francis Crick

Para determinar la estructura tridimensional o disposicin


espacial de las molculas de ADN, se hace incidir un haz de rayos
X sobre fibras de ADN y se recoge la difraccin de los rayos
sobre una pelcula fotogrfica. La pelcula se impresiona en
aquellos puntos donde inciden los rayos X, produciendo al
revelarse, manchas. El ngulo de difraccin presentado por cada
una de las manchas en la pelcula suministra informacin sobre la
posicin en la molcula de ADN de cada tomo o grupo de tomos.
Mediante esta tcnica de difraccin de rayos X se obtuvieron los
siguientes resultados:
Las bases pricas y pirimidnicas se encuentran unas sobre
otras, apiladas a lo largo del eje del polinucletido a una distancia
de 3,4 Las bases son estructuras planas orientadas de forma
perpendicular al eje (Astbury, 1947).
El dimetro del polinucletido es de 20 A y est enrollado
helicoidalmente alrededor de su eje. Cada 34 A se produce una
vuelta completa de la hlice.
Existe ms de una cadena polinucleotdica enrollada
helicoidalmente (Wilkins et al. 1953, Frankling y Gosling, 1953).

Regla de la Equivalencia
El modelo secundario descrito requiere cantidades
equivalentes de A y T y de C y G.

Demostrado por Chargaff por cromatografa antes que


Watson y Crick propusieran el modelo:
A/T y C/G

= 1

A/G

C/T

= 1

En contraste con la universalidad de la complementariedad, la


proporcin A + T/ G+C vara enormemente de una especie a
otra:

Procedencia del ADN


Timo de Bovino

A
28,2

G
21,5

C
21,2

T
27,8

5-Me-C
1,3

Esperma de bovino

28,7

22,2

20,7

27,3

1,3

Germen de trigo

27,3

22,7

16,8

27,1

6,0

Saccharomyces

31,3

18,7

17,1

32,9

Escherichia coli

26,0

24,9

25,2

23,9

Mycobacterium tuberculosis

15,1

34,9

35,4

14,6

X174

24,3

24,5

18,2

32,3

T3

23,7

26,2

27,7

23,5

T5

30,3

19,5

19,5

30,8

T7
Virus ARN
Mosaico del tabaco (TMV)

32,4
A
29,8

18,3
G
25,4

C
18,5

32,4
U
26,3

Mosaico amarillo nabo

22,6

17,2

38,0

22,2

Poliomielitis

28,6

24,0

22,0

25,4

17,0
HMC

Organismo

Tejido

A+T/G+C

Escherichia coli

1,00

Diplococcus pneumoniae
Mycobacterium tuberculosis
Levadura

1,59
0,42
1,79

Esperma

1,85

Esperma

1,23

Mdula sea

1,33

Hombre
Hombre

Timo
Hgado

1,52
1,53

Hombre

Esperma

1,52

Paracentrolus lividus (erizo


mar)
Arenque
Rata

Orientacin de
las hebras

Una hebra se
orienta en
sentido 5 3
y la otra en
sentido 3 5,
es decir son
antiparalelas

Diapositiva 69

http://www.arrakis.es/~ibrabida/vigadn2.html
3

Resumen de las caractersticas del modelo


Las dos hebras son helicoidales

La doble hlice tiene un dimetro de 20 A


La doble hlice da un giro completo cada 34 A hacia la derecha:
dextrgira
La distancia entre dos nucletidos sucesivos es de 3,4 A, es
decir en una vuelta hay 10 nucletidos.

Las dos hebras son antiparalelas


Las dos hebras giran en hlice, una alrededor de la otra,
enlazndose mediante puentes H en la parte central

Hay un apilamiento de bases que estabilizan la estructura


helicoidal, que puede ser mucho ms fuerte que la que establece
los puentes H entre las dos cadenas.

Consecuencias de la doble hlice


Estructura de doble hlice: estabilidad

Inexistencia de restricciones respecto a la secuencia de bases


de su estructura primaria: til como molcula informativa
Un gen = 1000 pb promedio
de combinaciones

41000 nmero inimaginable

Estructura doble: replicacin exacta


Complementariedad: replicacin, transcripcin y traduccin.
Los cambios ocasionales de unas bases por otras: mutaciones
Intercambio de segmentos entre cromtidas hermanas:
recombinacin

Tipos de ADN
TIPO DE ADN

GIRO DE HELICE

A
B
Z

Dextrgiro
Dextrgiro
Levgiro

nm por Vuelta Plano entre bases


2.8
inclinado
3.4
perpendicular
4.5
zig-zag

n de nucleotidos
por vuelta

11
10
12

ADN-A: ADN con 75% de humedad, requiere Na, K o Cs como


contraiones, presenta 11 pares de bases por giro completo y 23 A de
dimetro. Es interesante por presentar una estructura parecida a la de
los hbridos ADN-ARN y a las regiones de autoapareamiento ARN-ARN.
ADN-B: ADN en disolucin, 92% de humedad relativa, se encuentra en
soluciones con baja fuerza inica, se corresponde con el modelo de la
Doble Hlice.
ADN-C: ADN con 66% de humedad, se obtiene en presencia de iones
Li, muestra 9+1/3 pares de bases por giro completo y 19 A de dimetro.
ADN-Z: doble hlice sinistrorsa (enrollamiento a izquierdas), 12 pares
de bases por giro completo, 18 A de dimetro, se observa en segmentos
de ADN con secuencia alternante de bases pricas y pirimidnicas
(GCGCGC), sigue un curso en zig-zag por el cambio syn a anti. Requiere
una concentracin de cationes superior a la del ADN-B, y teniendo en
cuenta que las CHON que interaccionan con el ADN tienen gran
cantidad de residuos bsicos sera posible que algunas convirtieran
segmentos de ADN-B en ADN-Z. La clula lo puede hacer metilando la
C.

Modelo A

Las purinas
estn en
posicin sin

Modelo Z

El 'ADN zurdo' sirve para 'editar' el mensaje de los genes.


Fuente: The New York Times.
Cuando en 1979 los cientficos vieron de verdad por primera vez la
molcula de la vida, el ADN, no se trataba de la espiral curvilnea
que Francis Crick y James D. Watson haban descubierto ms de
25 aos antes. Sus observaciones correspondan a una molcula que
se curvaba hacia la derecha. Sin embargo, lo que revel la
cristalizacin de la molcula en 1979 fue una extraa y
zigzagueante molcula espiral que giraba hacia la izquierda. Se
denomin ADN zurdo, o ADN-Z, y los bilogos lo tacharon de
casualidad, probablemente nada ms que basura molecular. Pero
Alexander Rich, bilogo molecular del Instituto Tecnolgico de
Massachusetts (EE UU) que fue el primero en ver el ADN zurdo,
nunca lo abandon. Ahora Rich y sus colegas han demostrado que el
ADN-Z es ms que una rareza. En la investigacin descrita
recientemente en la revista Science, descubrieron que la
naturaleza elabora y utiliza un ADN zurdo, y puede que su papel a
la hora de regular la qumica de la vida sea bastante importante.

Inicialmente se crea que el ADN era simplemente pasivo, un


cdigo que leer. Pero ahora, con ste y otros ejemplos que se
estn estudiando, parece que el ADN es activo, y puede cambiar
su propio mensaje escrito segn se va leyendo. La forma del
ADN, tanto si es diestro como zurdo, ayuda a determinar la
forma en que se lee este mensaje. Cuando aparece la versin
zurda, salta la molcula editora , se adhiere al ADN-Z, y altera
el mensaje que se est leyendo. Como consecuencia, resulta que
existe ms de una forma de leer el mensaje del ADN, la forma
normal y la forma editada . Las protenas producidas por clulas
con ADN editado resultan importantes en la vida. Segn Rich,
una de ellas se utiliza como una de las principales molculas
receptoras del cerebro. Sin ella, los animales tienden a
desarrollar epilepsia y muchas veces mueren. Otra molcula
editada es un receptor de serotonina. La versin editada de la
molcula proporciona una respuesta ms tamizada a la serotonina
y, por tanto, permite unas reacciones mezcladas, ms afinadas,
en vez de slo las reacciones que se producen con la versin sin
editar.

ADN triple hlice o ADN-H: In vitro es posible obtener


tramos de triple hlice intercalando oligonucletidos cortos
constituidos solamente por pirimidinas (timinas y citosinas) en
el surco mayor de una doble hlice. Este oligonucletido se une
a pares de bases A-T y G-C mediante enlaces de hidrgeno
tipo Hoogsteen que se establecen entre la T o la C del
oligonucletido y los pares A-T y G-C de la doble hlice. No se
sabe la funcin biolgica del ADN-H aunque se ha detectado en
cromosomas eucariticos.

ADN cuadruplexo: "In vitro" se han obtenido cuartetos de


Guanina (ADN cuadruplexo) unidas mediante enlaces tipo
Hoogsteen, empleando polinucletidos que solamente contienen
Guanina (G). Los extremos de los cromosomas eucariticos
(telmeros) tienen una estructura especial con un extremo 3' OH
de cadena sencilla (monocatenario) en el que se repite muchas
veces en tandem una secuencia rica en Guaninas. Se piensa que el
ADN cuadruplexo telomrico servira para proteger los extremos
cromosmicos de la degradacin enzimtica. Ejemplo de secuencia
telomrica rica en guaninas (G):
5P TTGGGTTGGGGTTGGGG...............TTGGGG 3'OH

Palndromos: Es una figura gramatical que se lee igual en los dos


sentidos, por ejemplo: DABALE ARROZ A LA ZORRA EL ABAD. En el
palndromo de doble cadena la secuencia de bases se lee igual en
direccin 5 P 3OH en ambas cadenas.

Regin palindrmica en un DNA de doble hebra


Lectura 5 3TTAGCACGTGCTAA
Lectura 5 3TTAGCACGTGCTAA
5 T
3 A

T
A

A
T

G
C

C
G

A
T

C
G

G
C

T
A

G
C

C
G

T
A

A
T

A 3
T 5

C
G

T
A

A
T

A 3
T 5

eje binario de simetra


(rotacional)

5 T
3 A

T
A

A
T

G
C

C
G

A
T

C
G

G
C

T
A

G
C

Estructura Terciaria
Se refiere a como se almacena el
ADN en un volumen reducido.
Vara segn se trate de
organismos procariotes o
eucariotes:

a) En procariontes se pliega como una


super-hlice en forma,
generalmente, circular y asociada
a una pequea cantidad de
protenas, no histonas. Lo mismo
ocurre en las mitocondrias y en los
plastos.
b) En los eucariotas est unido a
protenas del tipo histonas,
constituyendo la cromatina

Propiedades del ADN


1. Tamao y peso molecular: Se utilizan unidades moleculares:
nanmetros y amstrong
Para el PM se utiliza el dalton:
1 d = masa de 1 tomo de H = 1,66 x 10

1 vuelta 34 A
10000

24

10 pb
X

X = 2491 pb = 3000 = 2 x 106d


As, si se determina el PM se puede calcular indirectamente la
longitud y su contenido gentico
Genoma ms pequeo: 1,7 u SV40 ( 5 a 10 genes)
Hombre: 1,6 a 8,2 cm: 48 a 240 megabases

2. Propiedades Fsicas y Qumicas


a) Absorbancia: Mide la concentracin del ADN en funcin de la

cantidad de luz de una determinada longitud de onda que es


absorbida por las molculas en la solucin. La molcula duplexa
presenta menor absorbancia. Se puede calcular la pureza de la
solucin con la proporcin 260/280. La absorbancia de un mol de
ADN es de un 35 a 40% al valor calculado de la absorbancia de las
bases que la componen: efecto hipocrmico

Bases nitrogenadas
Protenas

DNA

A260
= 1,8
A280

Absorcin mxima 260 nm


Absorcin mxima 280 nm

RNA

A260
= 2,0
A280

b) Interacciones Inicas: Debido a la presencia del gran


nmero de fosfatos hacia su superficie, el ADN se comporta
como un fuerte polianin: polianin, que le permite reaccionar
con molculas positivas
c) Viscosidad: Es directamente proporcional a la resistencia de
sus componentes a flotar:
- ADN duplexo: fuertemente viscoso

d) Sedimentacin en centrifugacin: Se usa para separar cidos

nucleicos. Hay dos tcnicas:

En gradiente de densidad preformada: La posicin del ADN en


el tubo depende del tiempo de exposicin y del tamao de la
molcula

En cloruro de cesio: Cuando la concentracin de ClCs es la

misma en todo el tubo, las molculas de ADN se separan en la


base de su propia densidad relativa, que no depende slo de su
tamao sino de su conformacin. Cuando la concentracin es
diferente lo hace en base a su tamao
Importante para obtener
riqueza en pares GC. El ADN
duplexo con mayor GC se va
ms al fondo que el que tiene
ms AT en igualdad de tamao

e) Desnaturalizacin desnaturalizacin: Marmur y Dotty


demostraron que incrementando lentamente la T, el ADN pierde
su naturaleza duplexa.
Tambin demostraron que existe un Tm. La dinmica de la
desnaturacin se midi a travs de la absorbancia: efecto
hipercrmico

Tm de desnaturalizacin

Relacin entre el Tm y la cantidad de


pares GC

Cuando el ADN se enfra vuelve a recuperar su estructura duplexa, si


se lee a 260 nm baja la absorbancia: efecto hipocrmico
La velocidad de renaturalizacin del ADN de un organismo est
relacionada con su complejidad. La complejidad se define como la suma
del nmero de nucletidos que tiene cada tipo de secuencia sin
tener en cuenta el nmero de veces que est repetida.

El ADN de los virus y las bacterias en


su mayora slo tiene secuencias que
estn una sola vez en el genoma
(secuencias nicas). Sin embargo, los
organismo ms complejos, como los
eucariontes, presentan distintos
tipos de secuencias en su genoma. Los
eucariontes tienen secuencias nicas
(SU), secuencias de bajo nmero de
copias (SBNC, 2-10 copias),
secuencias repetidas (SR, alrededor
de 102 copias) y altamente repetidas
(SAR, 103 a 106 copias).

Curvas Cot de renaturacin

Las curvas Cot de organismos eucariontes con diferentes tipos de


secuencias, poseen varios puntos de inflexin. Cada uno de ellos
correspondiente a un tipo de secuencias (nicas, moderadamente repetidas,
y altamente repetidas).
Se usa el cot

f) Energa libre: (
G) Su relacin seala el grado de
estabilidad de la doble hebra. Es una constante termodinmica
que indica la cantidad de energa consumida (+) o liberada (-) en
una reaccin. Se mide Kcal/mol
Globalmente cuando se va a formar una estructura de bases
emparejadas, se libera energa y su estabilidad est en esa
capacidad para liberarla.
Se libera energa en cada par de bases que se forman

g) Hibridacin: Las tcnicas de desnaturalizacin y posterior

renaturalizacin se utilizan para conseguir la hibridacin de


cidos nucleicos, es decir, una vez separadas las dos hebras del
ADN doble hlice, es posible volver a formar una doble hlice
con una hebra de ADN que sea complementaria (hibridacin de
ADN con ADN) o volver a formar una doble hlice con un
segmento de ARN que contenga la secuencia complementaria
(hibridacin de ADN con ARN).

METODOS DE ESTUDIO
ELECTROFORESIS

Separacin de molculas de DNA y RNA de distinto tamao por


migracin en un campo elctrico.
Objetivos:
Elaborar cariotipos moleculares.

Conocer la ubicacin de genes en cromosomas.


Elaborar mapas fsicos y genticos.
Elaborar mapas de restriccin.
Caracterizar, amplificar y secuenciar molculas de DNA.
Elaborar perfiles de DNA que permitan identificar a
individuos,diferenciar poblaciones, razas o especies.
Perfiles de DNA de utilidad en el diagnstico de
enfermedades genticas e infecciosas.
Terapia con drogas y/o terapia gentica.

Muestra DNA

Colocacin muestra DNA

Preparacin gel agarosa

Instalacin equipo electroforesis

Migracin DNA

Longitud de fragmentos de DNA

Coloracin de bandas DNA

EtBr

Fotografa

Bienvenidos al mundo
del ADN