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UNIVERSIDAD DE CHILE

FACULTAD DE MEDICINA
ESCUELA DE POSTGRADO

CURSO DE POSTGRADO
Mtodos Matemticos y Bioinformticos para el Anlisis de Datos Biolgicos (MMBADB)
Nombre Curso

Segundo

Semestre

2011

Ao

Steffen Hrtel (F-Med) y Alejandro Maass (FCFM)

Prof. Encargado

Nombre Completo
Laboratorio de Procesamiento de Imgenes Cientficas (SCIAN-Lab), BNI,
Programa de Anatoma y Biologa del Desarrollo, ICBM, Facultad de Medicina, U-Chile
Y
Centro de Modelamiento Matemtico, Departamento de Ingeniera Matemtica,
Facultad de Ciencias Fsicas y Matemticas, U-Chile
Unidad Acadmica

Telfono

9786366

E-mail shartel@med.uchile.cl

Tipo de Curso

Complementario
(Bsico, Avanzado, Complementario, Seminarios Bibliogrficos, Formacin General)

88,5
121,5
210

N horas Presenciales
N horas NO Presenciales
N horas totales

Crditos

(1 Crdito Equivale a 30 Horas Semestrales)

CUPO
ALUMNOS

25

(N mnimo)

Pre-requisitos

(N mximo)

autorizacin

Inicio

2. Diciembre 2011

Trmino 14. Enero 2012

Dia/horario
por sesion

Lunes, Martes, Jueves y Viernes


09:00 - 12:30

Lugar

Salas de Escuela de Postgrado, Facultad de Medicina.

Da / Horario Lunes, Martes, Jueves, Viernes


por sesion 14:00 - 17:30

Escuela de Postgrado (Sala a determinar) u otro lugar

Metodologa
Las aplicaciones de la informtica en salud y biomedicina son cada vez ms importantes para
mejorar la calidad de vida de las sociedades modernas. La Informtica Biomdica abarca
disciplinas tales como la informtica, medicina, ciencias naturales y atencin sanitaria. En todo
el mundo se observa una demanda creciente de programas de postgrado y postdoctorado
flexibles e interdisciplinarios que preparen investigadores con las competencias necesarias para
facilitar el camino hacia futuros avances en este campo. Si bien la estructura de la poblacin y el
contexto socio-econmico en muchos pases de Amrica Latina hacen especialmente valiosa la
Informtica Biomdica, los esfuerzos para fomentar esta disciplina han sido dispersos.
La Oficina Alemana de Asuntos Exteriores a travs del Servicio Alemn de Intercambio
Acadmico (DAAD) ha iniciado el financiamiento para la creacin de un Centro de Excelencia
en Investigacin y Enseanza en Santiago de Chile desde 2009 hasta 2014. La iniciativa
incluye investigadores de diferentes Facultades de la Universidad de Chile (U-Chile), tanto de la
Facultad de Medicina (F-Med) como de la Facultad de Ciencias Fsicas y Matemticas (FCFM).
Tambin incluye la Universidad de Heidelberg, que aporta su experiencia para fomentar la
formacin interdisciplinaria junto a una consolidada plataforma de investigacin en el campo de
la Informtica Mdica. La Universidad de Heidelberg alberga el primer programa de Informtica
Mdica establecido en Alemania y est estrechamente relacionado con destacados institutos
de investigacin, como el Centro Alemn de Investigacin del Cncer (DKFZ). La formacin
profesional y la investigacin se centrarn en Programas Certificados, Escuelas de Verano,
Programas de Postgrado -Magster y Doctorado- y el Intercambio Cientfico entre las
Universidades.
El primer curso transdisciplinario de postgrado de Mtodos Matemticos y Bioinformticos
para el Anlisis de Datos Biolgicos (MMBADB) responde a la creciente necesidad de
mtodos matemticos/bioinformticos capaces de proveer herramientas para resolver preguntas
biolgicas, biomdicas y de medicina aplicada en el presente y el futuro. El curso reune docentes
del Centro de Modelamiento Matemtico (CMM) del FCFM, de la Facultad de Medicina y de la
Universidad de Mannheim, con el fin de cubrir cuatro aspectos fundamentales de la temtica:
(i) importancia de mtodos matemticos/bioinformticos en la medicina del presente/futuro (R
Armisen), (ii) mtodos de anlisis de secuencias en sistemas biolgicos (A Maass / N Loira) (iii)
interpretacin de datos de sistemas biolgicos y biomdicos (A Maass / N Loira) y (iv) manejo de
herramientas bioinformticas en el campo de la biologa de sistemas e investigacin biomdica
en el ejemplo de la esquizofrenia (P Gebicke).
Las clases, presentaciones y seminarios se dirigen a estudiantes de las disciplinas de biologa,
medicina, matemtica, computacin e ingeniera elctrica con especializacin en ciencias de la
computacin / informtica.
Crditos:
Crditos para el curso se otorgan por la Facultad de Medicina, Universidad de Chile. Las materias
podrn ser reconocidas para futuros estudios de postgrado, Diplomado y Magister en Health
Informatics.

Evaluacin (Indicar % de cada evaluacion)


Seminarios
Examen Final

(40%)
(60%)

Profesores Participantes (Indicar Unidades Acadmicas)


ICBM, Facultad de Medicina
Universidad de Chile
Independencia 1027
Santiago, Chile

Steffen Hrtel - shartel@med.uchile.cl


+56 (2) 978-6366 (oficina)
+56 (2) 978-6266 (secretario)
www.scian.cl | www.aibi.cl

Ricardo Armisen - rarmisen@gmail.com


Programa de Fisiopatologa
+56 (2) 978-6705

Katherine Marcelain - kmarcelain@med.uchile.cl


Programa de Gentica Humana
+56 (2) 978-6741

FCFM
Facultad de Ciencias Fsicas y Matemticas
Universidad de Chile

Alejandro Maass - amaass@dim.uchile.cl


DIM, CMM, CRG, CNRS
Blanco Encalada 2120, 7mo piso
+56 (2) 978-4456
www.crg.cl | www.dim.uchile.cl

Nicols Loira - nloira@dim.uchile.cl


CRG, CMM
Blanco Encalada 2085, 3er piso
+56 (2) 978-4339 (oficina)
+56 (2) 978-4527 (secretaria)

Mathomics
CMM, FCFM
+56 (2) 978-4551

Mara Paz Corts - mpcortes@dim.uchile.cl


Marko Budinich - mbudinich@dim.uchile.cl
Andrs Aravena - andres.aravena@dim.uchile.cl
Dante Travisany - dtravisany@dim.uchile.cl
Alex Di Genova - digenova@gmail.com
Rodrigo Assar - rodrigo.assar@gmail.com

Computational Biology Lab (DLab)


CMM, FCFM
+56 (2) 978-4603
Tomas Perez-Acle - tomas@dlab.cl

ZI-Mannheim, Germany
Central Institute of Mental Health, University of Heidelberg
J5, D-68159 Mannheim, Germany

Peter J. Gebicke-Hrter - peter.gebicke@zi-mannheim.de


Department of Psychopharmacology
+49(621)1703 6256

Descripcin / Objetivos
Este curso cubre los siguientes aspectos fundamentales:
(i) importancia de mtodos matemticos/bioinformticos en la medicina del presente/futuro
(ii) mtodos de anlisis de secuencias en sistemas biolgicos
(iii) interpretacin de datos de sistemas biolgicos y biomdicos y
(iv) manejo de herramientas bioinformticas en el campo de la biologa de sistemas e
investigacin biomdica, en el ejemplo de la esquizofrenia.
(i) Para comprender la importancia de los mtodos matemticos y bioinformticos en la medicina
del presente y futuro se requiere tener conocimientos de los siguientes paradigmas: herencia
gentica, replicacin y transcripcin gnica, estructura e interaccin de DNA y RNA. En esta parte
del curso participarn docentes de la F-Med.
(ii) Para manejar mtodos de anlisis de secuencias en sistemas biolgicos se requiere
comprender a nivel terico los mtodos matemticos y bioinformticos clsicos de anlisis
y procesamiento de datos biolgicos experimentales, comenzando desde las secuencias de
DNA, siguiendo por datos de transcriptmica y metabolmica, hasta la construccin y anlisis
matemtico de la dinmica de redes asociadas a sistemas biolgicos.
En esta parte del curso participarn docentes del Departamento de Ciencias de la Computacin
(DCC) y del Centro de Modelamiento Matemtico (CMM) de la FCFM.
(iii) Para interpretar datos de sistemas biolgicos y biomdicos se necesita aprender a utilizar
el software existente para el anlisis matemtico y bioinformtico de datos biolgicos, y tener la
capacidad de aprender a utilizar software de caractersticas similares. En esta parte del curso
participarn docentes del Departamento de Ciencias de la Computacin (DCC) y del Centro de
Modelamiento Matemtico (CMM) de la FCFM.
(iv) La aplicacin de herramientas bioinformticas en el campo de la biologa de sistemas e
investigacin biomdica depende en forma crucial de la capacidad de disear una secuencia
metodolgica que permita responder una pregunta biolgica a partir de datos experimentales.
Se presenta una aplicacin de anlisis de microarrays de genoma completo para investigar la
regulacin de la expresin gentica en pacientes con esquizofrenia. Se discutirn aplicaciones y
limitaciones de diferentes tcnicas estudiadas en el curso y la interpretacin de los resultados en
el contexto biomdico del problema estudiado. En esta parte del curso participarn docentes del
Departamento de Psicofarmacologa del Instituto Central de Salud Mental de la Universidad de
Heidelberg, en Mannheim, Alemania.

Dedicacin:

El curso contempla:
63 hrs de ctedra (42 clases tericas)
21 hrs en 14 pasos prcticos
3 hrs otras actividades presenciales
Subtotal 87 hrs presenciales
102 hrs estudio propio
21 hrs preparacin para exmenes
Subtotal 123 hrs no presenciales
Dedicacin total: 210 hrs (=7 ECTS)
Relacin no presencial/presencial = 1,41

Bibliografa:
1.

4.

Lodish, Berk, Matsudaira, Kaiser, Krieger, Scott, Zipursky & Darnell. Molecular Cell Biology,
5th Edition. Chapter 4: Basic Molecular Genetic Mechanism. Ed. W. H. Freeman, New York.
The Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive genomic characterization
defines human glioblastoma genes and core pathways. 2008. Nature 455, 1061-1068.
Ding L, Getz G, Wheeler D.A., Mardis E.R., McLellan M.D., Cibulskis K, Sougnez C et al.
Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinoma. 2008. Nature 455, 10691075.
Beginning Perl for Bioinformatics. James D. Tisdall, OReilly Media, Inc., 2001

5.

Introduction to Computational Biology. Michael Waterman. Chapman & Hall, 1995

6.

Statistical Methods in Bioinformatics. Warren Ewens. Springer, 2005

7.

Sequence Analysis in a nutshell. Scott Markel. OReilly Media, Inc., 2003

8.

Hidden Markov Models for Bioinformatics. Timo Koski. Springer, 2001

9.

Fundamentals of Data Mining in Genomics and Proteomics. Werner Dobitzky. Springer, 2007

2.
3.

10. Mathematical and Statitistical Methods for Genetic Analysis. Kenneth Lange. Springer, 2002
11. The Phylogenetic Handbook. Marco Salemi. Cambridge University Press, 2003
12. The Metabolic Pathway Engineering Handbook. Christina Smolke, CRC Press, 2009
13. Microarrays for an integrative genomics. Isaac Kohane. MIT Press, 2005
14. Data Analysis and Graphics Using R. John Maindonald. Cambridge University Press, 2010
15. Metabolome Analysis. Silas Villas-Boas. Wiley-Interscience, 2007
16. Metabolomics: A Powerful Tool in Systems Biology. Jens Nielsen, Springer, 2010
17. An Introduction to Systems Biology. Uri Alon. Chapman & Hall/CRC, 2007
18. Genomic Regulatory System. Eric Davidson, Academic Press, 2001
19. Cheadle C, Vawter MP, Freed WJ, Becker KG.Analysis of microarray data using Z score
transformation.J Mol Diagn. 2003 May;5(2):73-81.
20. Ringnr M. What is principal component analysis?Nat Biotechnol. 2008 Mar;26(3):303-4.

21. Eisen MB, Spellman PT, Brown PO, Botstein D. Cluster analysis and display of genome-wide
expression patterns. Proc Natl Acad Sci U S A. 1998 Dec 8;95(25):14863-8.
22. Spearman C. The proof and measurement of association between two things. By C.
Spearman, 1904.Am J Psychol. 1987 Fall-Winter;100(3-4):441-71.
23. Saldanha AJ. Java Treeview--extensible visualization of microarray data. Bioinformatics.
2004 Nov 22;20(17):3246-8.
24. Shi L, Reid LH, Jones WD, et al. The MicroArray Quality Control (MAQC) project shows interand intraplatform reproducibility of gene expression measurements. Nat Biotechnol. 2006
Sep;24(9):1151-61.
25. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A,
Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, Mesirov JP. Gene set enrichment analysis: a knowledgebased approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A.
2005 Oct 25;102(43):15545-50.
26. Wilson CL, Miller CJ. Simpleaffy: a BioConductor package for Affymetrix Quality Control and
data analysis. Bioinformatics. 2005 Sep 15;21(18):3683-5.
27. Huber W, von Heydebreck A, Sltmann H, Poustka A, Vingron M. Variance stabilization
applied to microarray data calibration and to the quantification of differential expression.
Bioinformatics. 2002;18 Suppl 1:S96-104.
28. Kostka D, Spang R. Microarray based diagnosis profits from better documentation of gene
expression signatures. PLoS Comput Biol. 2008 Feb;4(2):e22.
29. Tretter F , Gebicke-Haerter PJ, Mendoza ER, Winterer G. Systems Biology in Psychiatric
Research: From High-Throughput Data to Mathematical Modeling. Wiley-VCH, 2010; ISBN10: 3527325034 | ISBN-13: 978-3527325030
30. Gonzalez-Burgos G, Fish KN, Lewis DA. GABA neuron alterations, cortical circuit dysfunction
and cognitive deficits in schizophrenia. Neural Plast. 2011;2011:723184. Epub 2011 Sep 5.

CALENDARIO DE ACTIVIDADES

Diciembre

Vi
02

Sa Do
03 04

Lu
05

Ma 06

Mi
07

Jue-Do
08-11

Lu
12

Ma
13

Mi 14

Ju 15

Vi 16

Sa Do
17 18

9-10:30

C1

libre

C5

C8

P3

libre

C 13

C 16

libre

P7

C 21

libre

11-12:30

C2

libre

C6

P2

C 11

libre

C 14

P6

libre

C 19

C 22

libre

14-15:30

C3

libre

P1

C9

C 12

libre

P5

C 17

libre

C 20

P9

libre

16-17:30

C4

libre

C7

C 10

P4

libre

C 15

C 18

libre

P8

C 23

Diciembre Enero

Lu 19

Ma
20

Mi 21

Ju
22

Vi - Ju
23 - 05

Vi 06

Sa 07

Vi - Vi
08 - 13

9-10:30

C 24

P 11

C 29

C 32

libre

C 35

C 39

libre

11-12:30

C 25

P 10

C 30

P 14

libre

C 36

C 40

libre

14-15:30

C 26

C 28

P 13

C 33

libre

C 37

C 41

libre

16-17:30

C 27

P 12

C 31

C 34

libre

C 38

C 42

libre

OA 1

OA 1

Almuerzo

Sa 14

EF

Almuerzo

18-19:30

Clases Tericas

C1

Introduccin a la biologa celular y molecular

Ricardo Armisen

C2

Estructura y funcin gnica

Ricardo Armisen

C3

Herencia gentica y mutaciones

Katherine Marcelain

C4

Mutaciones en cncer

Katherine Marcelain

C5

El enfoque bioinformtico

Nicols Loira

C6

Programas, bases de datos y pipelines

Nicols Loira

C7

Tecnologas de secuenciamiento

Dante Travisany

C8

Alineamiento de secuencias

Nicols Loira
7

C9

Ensamblando genomas y ESTs

Alex Di Genova

C 10 Anlisis de ensambles y SNPs

Alex Di Genova

C 11 Propiedades de las cadenas de ADN

Andrs Aravena

C 12 Mtodos de identificacin de elementos del ADN

Andrs Aravena

C 13 Identificando genes, exones e intrones

Alex Di Genova

C 14 Identificando sitios de fijacin y factores de transcripcin

Andrs Aravena

C 15 Filogenia y evolucin de genes

Nicols Loira

C 16 Mtodos de homologa de secuencias y alineamiento

Nicols Loira

C 17 Blast y bases de datos de secuencias anotadas

Andrs Aravena

C 18 Anotacin automtica por mtodos comparativos

Dante Travisany

C 19 Expresin diferencial, microarrays y RNA-Seq

Rodrigo Assar

C 20 Anlisis de microarrays

Rodrigo Assar

C 21 Ensamble contra referencia y anlisis de RNA-Seq

Alex Di Genova

C 22 Anlisis estadstico de expresin diferencial

Rodrigo Assar

C 23 Clase, arquitectura, topologa y homologa de estructuras de protenas


Acle
C 24 Relaciones estructura-funcin en protenas

Toms

Prez-

Toms Prez-Acle

C 25 Modelamiento molecular: modelamiento comparativo, de novo y ab-initio Toms


Acle

Prez-

C 26 Simulacin molecular: Dinmica molecular, acoplamiento molecular y diseo de drogas


Toms Prez-Acle
C 27 Mtodos de identificacin y cuantificacin de metabolitos
Marco Budinich

Mara

Paz

Corts,

C 28 Anlisis de cromatogramas

Mara

Paz

Corts,
8

Marco Budinich
C 29 Modelamiento de sistemas vivos

Nicols Loira

C 30 Reconstruccin de modelos metablicos


Marco Budinich

Mara

Paz

Corts,

C 31 Anlisis y simulacin de modelos metablicos


Marco Budinich

Mara

Paz

Corts,

C 32 Reconstruccin de modelos regulatorios

Andrs Aravena

C 33 Anlisis y simulacin de modelos regulatorios

Andrs Aravena

C 34 Redes de sealizacin y bioinformtica integrativa

Nicols Loira

C 35 Esquizofrenia, un trastorno mental crnico. Desarrollo

Peter Gebicke

C 36 Esquizofrenia, cuadro clnico y sistemas de neurotransmisin involucrados Peter Gebicke


C 37 Esquizofrenia, anlisis molecular mediante microarrays

Peter Gebicke

C 38 Reconocimiento de patrones (GSEA), hiptesis de trabajo

Peter Gebicke

C 39 Anlisis de datos libre de hiptesis, PCA

Peter Gebicke

C 40 Hierarchical clustering of genes, redes de regulacin gnica

Peter Gebicke

C 41 Anlisis de series temporales, oscilaciones, datos dinmicos

Peter Gebicke

C 42 Herramientas matemticas para describir datos dinmicos, epigentica

Peter Gebicke

Pasos Prcticos
P1

Introduccin a Perl y BioPerl.

Dante Travisany

P2

Procesamiento de secuencias, alineamiento con ClustalX

Dante Travisany

P3
P4

Ensamblando con CELERA, visualizando resultados


Identificando genes con Glimmer/Critica

Alex Di Genova
Dante Travisany
9

P5

Anlisis completo de una secuencia de ADN

Andrs Aravena

P6

Buscando homologa con BLAST

Andrs Aravena

P7

Construyendo un pipeline de anotacin automtica

Dante Travisany

P8

Anlisis estadstico de Microarrays

Rodrigo Assar

P9
P 10

Anlisis de RNA-Seq contra secuencia de referencia

Alex Di Genova

Mtodos para la anotacin y prediccin de la estructura tridimensional de protenas


Toms Prez-Acle

P 11 Mtodos para dinmica molecular, acoplamiento molecular y diseo de drogas


Prez-Acle

Toms

P 12 Anlisis de cromatogrmas de estudios metablicos


Marco Budinich

Mara Paz Corts,

P 13 Reconstruyendo y analizando un modelo metablico


Marco Budinich

Mara Paz Corts,

P 14

Andrs Aravena

Reconstruyendo y analizando un modelo de regulacin

Otras Actividades
OA 1 Conferencia Epigentica.

Peter Gebicke

OA 2 Discusin de mtodos y bibliografa

Peter Gebicke

Evaluaciones
E1

Seminarios

40%

E2

Examen Final

60%

10

Salas Escuela de Postgrado


AD-A

Sala Alberto Donoso A

AD-B

Sala Alberto Donoso B

LF

Sala Dr. Luis Figueroa

AJA

Auditorio J. Allamand

PC1

Sala de computacion 1 (Edificio Monica Suarez)

PC2

Sala de computacion 2 (Edificio Monica Suarez)

Diciembre

Vi 02

Sa Do
03 04

Lu 05

Ma
06

Mi 07

Ju Do
08 11

Lu
12

Ma
13

Mi
14

9-10:30

AD-A

11-12:30

Ju
15

libre

AD-A

AD-A

PC2

libre

AD-A

AD-A

libre

PC2

AD-A

libre

AD-A

PC2

AJA

libre

AD-A

PC2

libre

AD-B

14-15:30

AD-A

libre

PC1

AD-A

AJA

libre

PC1

AD-A

libre

AD-B

16-17:30

AD-A

libre

LF

AD-A

PC2

libre

AD-A

AD-A

libre

PC2

Almuerzo

Diciembre Enero

Vi 16

Sa Do
17 18

Lu 19

Ma
20

Mi 21

Ju
22

Sa - Ju
24 - 05

Vi 06
ene

Sa 07
ene

9-10:30

AD-A

libre

AD-A

PC2

AD-B

libre

AD-A

AD-A

11-12:30

AD-A

libre

AD-A

PC2

PC2

libre

AD-A

AD-A

14-15:30

PC2

libre

AD-A

AD-A

PC2

AD-B

libre

AD-A

AD-A

16-17:30

AD-A

libre

AD-A

PC2

AD-B

libre

AD-A

AD-A

AD-A

AD-A

Sa 14
ene

AD-A

Almuerzo

18-19:30

11

Mtodos Matemticos y Bioinformticos para el anlisis de datos


Biolgicos.
PROGRAMA FINAL: PRIMERA SEMANA
Viernes 2
09:00-10:30
11:00-12:30

Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.


Introduccin a la biologa celular y molecular. (Ricardo Armisen).
Estructura y funcin gnica. (Ricardo Armisen).
Se pudo conocer el ciclo de una celelula eucariota, desde su formacion, crecimiento,
reproduccion y muerte. Ademas una breve introduccion en cada una de estas etapas.
Tambien se conocio el proceso de duplicacion del DNA, ya sea in-vivo y/o in-vitro gracias a
procesos que involucran a la ingenieria genetica.

14:00-15:30
16:00-17:30

Herencia gentica y mutaciones. (Katherine Marcelain)


Mutaciones en cncer. (Katherine Marcelain)
Se adquirieron conocimientos sobre el DNA ,su estructura, formas y estados. Adems
se pudo conocer varios tipos de mutaciones que afectan a este ultimo. Por otro lado se
aprendi como las mutaciones afectan y desencadenan procesos, los cuales conllevan al
cancer.

Lunes 5
09:00-10:30
11:00-12:30

Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.


El enfoque bioinformtico. (Nicols Loira)
Programas, bases de datos y pipelines. (Nicols Loira)
Se puede definir a grandes rasgos que es la bioinformtica, que tipo de investigaciones
se pueden realizar conociendo y dominando esta rea, que problemas podemos resolver
y la forma de hacerlos (Diferente herramientas). Adems pudimos conocer algunos de
los lenguajes de programacin mas conocidos y usados en la Bioinformtica, pudiendo
discriminar que lenguaje usar para una determinada tarea.

14:00-15:30

Introduccin a Perl y BioPerl. (Dante Travisany)


Se obtuvo nociones basicas de perl y bio-perl, con las cuales es posible realizar un
pequeo programa de prueba.

16:00-17:30

Tecnologas de secuenciamiento. (Dante Travisany)


Se aprendieron diferentes tcnica de secuenciamiento, con sus caractersticas, ventajas y
debilidades, pudiendo definir que usar para cada investigacin.

Martes 6
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30
Miercoles 7
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30

Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.


Alineamiento de secuencias. (Nicols Loira)
Procesamiento de secuencias, alineamiento con ClustalX. (Dante Travisany)
Ensamblando genomas y ESTs. (Alex Di Genova)
Anlisis de ensambles y SNPs. (Alex Di Genova)
Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.
Ensamblando con CELERA, visualizando resultados. (Alex Di Genova)
Propiedades de las cadenas de ADN. (Andrs Aravena)
Mtodos de identificacin de elementos del ADN. (Andrs Aravena)
Identificando genes con Glimmer/Critica. (Dante Travisany)

12

Lunes 12
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30

Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.


Identificando genes, exones e intrones. (Alex Di Genova)
Identificando sitios de fijacin y factores de transcripcin Andrs Aravena)
Anlisis completo de una secuencia de ADN. (Andrs Aravena)
Filogenia y evolucin de genes. (Nicols Loira)

Martes 13
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30

Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.


Mtodos de homologa de secuencias y alineamiento Nicols Loira)
Buscando homologa con BLAST (Andrs Aravena)
Blast y bases de datos de secuencias anotadas (Andrs Aravena)
Anotacin automtica por mtodos comparativos (Dante Travisany)

Jueves 15
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30

Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.


Construyendo un pipeline de anotacin automtica (Dante Travisany)
Expresin diferencial, microarrays y RNA-Seq (Rodrigo Assar)
Anlisis de microarrays (Rodrigo Assar)
Anlisis estadstico de Microarrays (Rodrigo Assar)

Viernes 16
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30
Prez-Acle)

Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.


Ensamble contra referencia y anlisis de RNA-Seq (Alex Di Genova)
Anlisis estadstico de expresin diferencial (Rodrigo Assar)
Anlisis de RNA-Seq contra secuencia de referencia (Alex Di Genova)
Clase, arquitectura, topologa y homologa de estructuras de protenas

(Toms

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