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CTEDRA: BIOQUMICA

Carreras: Farmacia
Profesorado en Qumica
Licenciatura en Qumica
Licenciatura en Alimentos

PPTIDOS Y PROTENAS
1) Escriba en frmulas el pentapptido Phe-His-Met-Leu-Asp. Sometido el mismo a una
electroforesis, hacia qu electrodo migrar a pH = 7 y a pH = 2?
2) Cul es la carga neta del tetrapptido DCRK a: 1) pH=5; 2) pH=14. Cul ser el pI
aproximado de este tetrapptido?
3) A cul de los siguientes pHs se separar mejor por electroforesis una mezcla de los
aminocidos Pro, Asp y Lys a: a) pH=2; b) pH=7; c) pH=12?
4) Escriba la frmula del pentapptido Pro-Glu-Asp-Trp-Ser. Calcule su pI. Indique hacia
qu electrodo migrar cuando se lo someta a electroforesis a pH= 7 y a pH= 2.
5) La angiotensina II es un octapptido que cumple funciones biolgicas importantes,
participando en la regulacin de la presin sangunea y de la formacin y secrecin de
aldosterona. Escriba en frmulas el octapptido angiotensina II: Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-HisPro-Phe y. calcule su punto isoelctrico.
6) Al realizar la sntesis de un tripptido un estudiante descubre que la mezcla de reaccin
contiene dos tripptidos. Tripptido A: Glu-Ala-Lys; Tripptido B: Glu-Ala-Ala. Decide
entonces separarlos mediante electroforesis en papel. a) Calcule el pI para cada pptido.
b) A partir de los resultados anteriores qu pH debera usar para recuperar el pptido A
en el ctodo?
7) Se resolvieron electroforticamente cuatro dipptidos de una mezcla y se determin
experimentalmente el pI de cada uno de ellos. Por otro mtodo se obtuvo la composicin
de cada dipptido.
Composicin obtenida: Asp-Glu; Ala-Ala; Ala-Lys; Ala-Glu.
pI obtenidos: 10,11- 6,3- 3,25 y 2,98.
Podra correlacionar cada pI determinado con cada dipptido?
8) Una protena que contiene Fe fue tratada con bromuro de ciangeno. Se produjeron
tres polipptidos de MM 250000, 116000 y 50000 kDa, respectivamente, cuyos grupos
amino terminales fueron Phe, Tyr y Leu. El tratamiento con tripsina de estos pptidos
produjo 2 polipptidos ms, cuyos grupos terminales fueron Ala y Thr.
Indique la masa molecular de la protena y el nmero de moles de residuos de Met por mol
de protena. Si dicha protena se encuentra fosforilada en el grupo amino terminal, indique
cul es dicho aminocido.
9) Cuntos aminocidos estn contenidos en una protena de PM = 32.000, sabiendo que
el peso molecular promedio de un aminocido en la cadena polipeptdica es de 110? De
dnde proviene este valor de masa molecular 110 Da?

10) Un antibitico polipeptdico de Bacilus brevis forma complejos con iones metlicos y
aparentemente inhibe el transporte inico a travs de las membranas matando a ciertas
especies bacterianas. En el anlisis de la estructura se encuentra que:
a) La hidrlisis cida completa del pptido seguida del anlisis de aminocidos dio
cantidades equimoleculares de Leu, Pro, Orn, Val y Phe.
b) La medida del PM dio 1100 aproximadamente.
c) No se hidroliz con carboxipeptidasa.
d) El tratamiento del pptido con fluorodinitrobenceno seguido de hidrlisis completa y
cromatografa no gener ningn derivado dinitrofenilado en N-alfa.
e) La hidrlisis parcial del pptido seguida de separacin cromatogrfica y secuenciacin
gener los siguientes pptidos:
Leu-Phe
Phe-Pro
Val-Orn-Leu
Orn-Leu
Phe-Pro-Val
Val-Orn
Pro-Val-Orn
Deduzca la secuencia del pptido.
11) Determine la secuencia de un tetrapptido de las siguientes caractersticas:
a) Contiene un aminocido que interrumpe la estructura secundaria de alfa-hlices
b) Al tratar el tetrapptido con el reactivo de Sanger se obtiene un derivado dinitrofenilado
DNP pticamente inactivo.
c) Al tratarlo brevemente con carboxipeptidasa libera el ms bsico de los aminocidos.
d) El pptido no contiene azufre, pero posee el grupo imidazol.
e) Puede romperse en dos pptidos; ambos dipptidos migran hacia el ctodo en una
electroforesis a pH=4.
12) Ud. aisl de un homogenado de cerebro un pptido con actividad de encefalina
(opioide). Estos se unen a receptores localizados en el cerebro (a los que se unen drogas
derivadas del opio, morfina) disminuyendo el dolor. Al analizarlo encuentra que:
a) La hidrlisis completa en HCl 6 M a 110C seguida del anlisis de aminocidos indica la
presencia de Gly, Leu, Phe y Tyr en una relacin 2:1:1:1.
b) El tratamiento del pptido con 2,4-dinitrofluorobenceno seguido de hidrlisis completa y
cromatografa indic la existencia de Tyr-DNP. No se encontr Tyr libre.
c) La hidrlisis con quimotripsina seguida de cromatografa indic la presencia de Leu y Tyr
libres y un tripptido cuya composicin en aminocidos indic la presencia de Gly y Phe en
una relacin 2:1.
Determine la secuencia de esta encefalina.
13) La angiotensina II es un pptido biolgicamente activo, que en animales tiene un efecto
hipertensivo estimulando la liberacin de aldosterona de glndulas adrenales. Un estudio
realizado con angiotensina II de caballo brind los siguientes resultados:
a) El tratamiento de la angiotensina II purificada con tripsina rindi un dipptido
(conteniendo Arg y Asp) y un hexapptido.
b) El hexapptido del paso anterior se purific y se trat con quimotripsina, obtenindose
un dipptido (conteniendo Tyr y Val) y un tetrapptido.
c) Luego de purificar este tetrapptido se trat con papana, obtenindose dos pptidos
diferentes, uno conteniendo His e Ile y el otro Phe y Pro.

d) En todos los casos los productos guardaban una relacin molar 1:1.
En base a estos datos escriba con el cdigo de tres letras y en frmulas la angiotensina II
de caballo y calcule su punto isoelctrico.
14) Deduzca la secuencia de aminocidos de un pptido a partir de la siguiente
informacin:
a) La composicin es Met, Tyr, Ser, Phe, Gly, Lys y Ala.
b) Tratado con el reactivo de Sanger da como nico derivado el di-DNP-lisina, en los
carbonos alfa y gamma de la misma.
c) Tratado con BrCN da un dipptido que contiene Lys y Met, y un segundo pptido que
tiene el resto de los aminocidos
d) Tratado con carboxipeptidasa A, libera rpidamente Gly.
e) El tratamiento con quimotripsina libera tres pptidos: uno que contiene Tyr, Lys y Met, el
segundo contiene Ala y Gly, y el tercero Ser y Phe.
15) Un pptido contiene cantidades equimoleculares de Met, Phe, Asp, Ser, Thr. Cuando
se trata con BrCN da un pptido y un aminocido libre: Met. Si se trata con quimotripsina
da 2 fragmentos siendo uno ms cido que el otro; el fragmento cido contiene Met. Al
tratar el pptido con carboxipeptidasa A, libera rpidamente Ser y a continuacin Thr.
Deduzca la secuencia del pptido.
16) Un pptido de 12 aminocidos es sometido a 3 tratamientos por separado:
a) Corte por tripsina, producindose los pptidos Val-Ala-Phe-Leu-Lys, Met-Trp-Pro-Arg y
Val-Met-Gly.
b) Corte con carboxipeptidasa, observndose liberacin inicial de Gly.
c) Corte con una proteasa capaz de cortar slo hacia el N-terminal de las alaninas,
generando en este caso un pentapptido y un heptapptido. Cul es la secuencia
aminoacdica del pptido original?
17) Ud. aisla del cerebro un pptido que posee la propiedad de unirse a receptores del
opio. Su intencin es encontrar la estructura primaria del pptido aislado. Para ello recurre
a mtodos utilizados en la qumica de pptidos y encuentra que:
a) Luego de la hidrlisis cida del pptido, la composicin en aminocidos es: Arg (1), Phe
(2), Gly (2), Met (1), Tyr (1).
b) El tratamiento del pptido con quimotripsina gener un aminocido libre (Phe), y dos
pptidos cuya composicin en aminocidos result: 1) Gly (2), Tyr (1) y 2) Arg (1), Phe (1),
Met (1).
c) El tratamiento del pptido con bromuro de ciangeno, seguido de separacin
cromatogrfica de los productos, indica la presencia de dos pptidos cuya composicin en
aminocidos es: 1) Arg (1), Phe (1), Met (1) y 2) Gly (2), Phe (1), Tyr (1).
Cuando ambos pptidos fueron tratados con cloruro de dansilo, solamente se encontr
Phe-dansilada. Deduzca la secuencia del pptido.
18) En el anlisis de la estructura de un pptido Ud. encuentra que:
a) La hidrlisis cida total seguida del anlisis de aminocidos dio la siguiente composicin:
Arg, Met (2), Lys, Val, Glu, Asp, Phe, Tyr (2).
b) La reaccin de dansilacin dio negativa.
c) El tratamiento del pptido con tripsina, seguido de separacin cromatogrfica de los
productos arroja la presencia de dos pptidos cuya composicin en aminocidos resulta
ser: I) Arg, Met, Phe, Glu, Asp y II) Met, Tyr (2), Val, Lys.

d) La hidrlisis del pptido con quimotripsina gener tres pptidos de composicin: I) Tyr,
Val, II) Glu, Lys, Asp, Phe y III) Met (2), Arg, Tyr.
e) El tratamiento con V8 seguido de hidrlisis completa y cromatografa gener Asp libre y
Arg, Met (2), Tyr (2), Val, Glu, Phe, Lys.
f) Por ltimo la hidrlisis con bromuro de ciangeno aport dos pptidos cuyas
composiciones fueron: I) Met, Arg y II) Tyr (2), Val, Lys, Glu, Asp, Phe, Met.
Deduzca la composicin del pptido.
19) Dada la composicin de los siguientes pptidos, deduzca la secuencia de aminocidos
del pptido que derivan:
i) aminoetilacin seguida de tratamiento con tripsina
a) (Ala, Arg, Phe)
b) aminoetilCys
c) (Asp, Lys, Tyr)
ii) Quimotripsina
d) (Ala, Phe)
e) (Asp, Cys, Tyr, Arg)
f) Lys
iii) Tripsina
g) (Phe, Ala, Arg)
h) (Asp, Cys, Lys,Tyr)
20) Un pptido ha sido estudiado para predecir su estructura secundaria realizndose una
serie de estudios. Se obtuvo la estructura primaria que se detalla a continuacin: Met-IlePro-Pro-His-Trp-Phe-Ala-Leu-Phe-Glu-Ser-Glu. Se observ que la rotacin ptica de la
muestra era notoriamente diferente a la suma de las rotaciones pticas aportadas por los
aminocidos que componan el pptido (era menos levorrotatoria). A partir de estos
resultados podria Ud. indicar la presencia de algn tipo de estructura secundaria?
Explique brevemente dicha estructura secundaria. Indique qu aminocidos formaran
parte de ella.
21) Indique a qu pH el polipptido P (o parte de l) que se detalla adoptara una forma
helicoidal. Fundamente su respuesta. En qu lugares podran aparecer puntos de
curvaturas al pH indicado?
P: Glu-Glu-Asp-Ala-Glu-Leu-Asp-Pro-Ser-Pro-Pro-Glu-Glu-Asp-Asp-Asp.
22) La estabilidad de una hlice alfa est determinada no slo por la formacin de enlaces
hidrgeno entre las uniones peptdicas, sino tambin por la naturaleza de los grupos
R.Prediga cules de los siguientes poliaminocidos formarn hlices alfa y cules no, en
solucin y a temperatura ambiente. Fundamente su respuesta.
a) poliglicina pH 7
b) poliisoleucina pH 7
c) poliglutmico pH 1,5
d) poliglutmico pH 7
e) polialanina pH 7
f) polilisina pH 7
g) polilisina pH 12
23) Su instructor de bioqumica le ha proporcionado alcuotas de tres protenas
desconocidas A, B y C, informndole adems que una es predominantemente alfa-hlice,

la otra beta-plegada y la tercera triple hlice de colgeno. Ud. determin la composicin en


aminocidos pero no cuenta con equipo cristalogrfico de Rayos X. Considerando los
datos descriptos en la tabla asigne la estructura secundaria predominante en cada una
justificando su eleccin.
% molar de aa.
Polares
No polares
Prolina
Hidroxiprolina
Glicina

Prot. A
20,7
25,4
0,3
44,6

Prot. B
60,4
24
7,5
8,1

Prot. C
27,1
18,3
12,2
9,4
33

24) En la hemoglobina se observa una interaccin de tipo inico entre los residuos Asp 94
e His 146 de su cadena. Cmo se ver afectada dicha interaccin si:
a) se incrementa el pH de 6 a 11;
b) se baja el pH de 6 a 3;
c) se incrementa la distancia entre ambos grupos funcionales?
25) La albmina de bovino contiene 0,58 % en peso de triptofano cuyo PM es 204. a)
Calcule el PM mnimo de la albmina. b) Considerando que el PM de la albmina es
70000, calcule cuntos residuos de triptofano tiene por molcula.
26) Una molcula de ferritina tiene un 0,25 % de Fe por peso de la protena. Calcule su
peso molecular mnimo. Peso atmico de Fe: 56
27) El anlisis de una enzima pura da en el anlisis de sus aminocidos que contiene 58,1
g de valina (PM 117) en 10 mg de protena. Calcule el peso molecular mnimo de la
protena.
28) La mioglobina est constituida por un polipptido de 153 aminocidos. El coeficiente de
absorcin molar a 580 nm es 15000 cm-1 M-1. a) Cul es la absorbancia de una solucin
de mioglobina 0,7 mg/ml? b) Si dicha solucin contiene 0,04 mM Fe Cul es la molaridad
de la solucin de mioglobina?
29) Un laboratorio farmacutico le encarga caracterizar el principio activo de una sustancia
segregada por el hongo Cupidomyces recopum y que acta como estimulante. Luego de
numerosos estudios Ud. determina que el principio estimulante est dado por dos pptidos
(M y N) que usted aisla y purifica a partir de un cultivo del hongo. El pptido M fue
secuenciado y su estructura es: Tyr-Phe-Pro-Lys-Cys-His-Glu. La caracterizacin del
pptido N fue ms compleja y se obtuvieron los siguientes resultados:
a) La hidrlisis completa de un mol de N rindi 2 moles de cada uno de los siguientes
aminocidos: Cys, Phe, Glu, His, Lys, Pro y Tyr.
b) El tratamiento de N con tripsina rindi un tetrapptido y un derivado peptdico en una
relacin molar 2:1. El tetrapptido contena cantidades equimoleculares de Phe, Lys, Pro y
Tyr. El otro derivado peptdico contena cantidades equimoleculares de Cys, His y Glu.
c) El tratamiento de N con quimotripsina liber Phe y Tyr y un derivado peptdico
(conteniendo Cys, Glu, His, Lys y Pro).
d) El tratamiento de N con V8 dio resultado negativo.
e) El tratamiento de N con papana liber Glu, Tyr y un tripptido conteniendo Phe, Lys y
Pro y un derivado peptdico conteniendo Cys e His.
5

f) El tratamiento de N con betamercaptoetanol (reductor de puentes disulfuro) rindi un


nico pptido de punto isoelctrico 7,15.
En base a estos datos: 1) Escriba en frmulas el pptido M y calcule su punto isoelctrico.
2) Escriba en el cdigo de tres letras el pptido N. 3) Indique si puede establecer alguna
relacin entre la estructura de M y N.
RESPUESTAS
Orn-Leu- (cclico)
1) a pH 7 al nodo, a pH 2 al ctodo
11) Gly-His-Pro- Arg
2) positiva, negativa, 9
12) Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu
3) pH 7
13) Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe,
4) pI 3, pH 2 ctodo, pH 7 nodo
5) pI 7,9
pI= 7,9
14) Lys-Met-Tyr-Ser-Phe-Ala-Gly
6) pI 6,96 y 3,295
15) Met-Asp-Phe-Thr-Ser
pH menor a 6,96 y mayor a 3,3
16) Met-Trp-Pro-Arg-Val-Ala-Phe-Leu7) Ala-Lys 10,11
Lys-Val-Met-Gly
Ala-Ala 6,3
17) Phe-Arg-Met-Phe-Gly-Gly-Tyr
Ala-Glu 3,25
18) -Val-Tyr-Lys-Glu-Asp-Phe-Met-ArgAsp-Glu 2,98
Met-Tyr- (cclico)
8) 416 kDa, 2 moles de Met, Tyr
19) Ala-Phe-Arg-Cys-Asp-Tyr-Lys
9) 291 AA
20) presencia de alfa-hlice (dextrgira)
10) Phe-Pro-Val-Orn-Leu-Phe-Pro-Val21) pH menor a 4. En las Pro
22)a) PoliGly: poca posibilidad de formar alfa hlice. Tiene ms flexibilidad conformacional
que otros residuos aminocidos.
b) PoliIleu: Ninguna estructura ordenada. La Ileu se ramifica en C beta.
c) PoliGlu (pH 1,5): Hlice alfa. No hay cargas ni ramificaciones en C beta.
d)PoliGlu (pH 7,0): Ninguna estructura ordenada. A ese pH las cargas negativas se
repelen entre s ms fuertemente que los puentes hidrgeno de la estructura.
e) PoliAla: Hlice alfa.
f) PoliLys (pH 7,0): Ninguna estructura ordenada. A ese pH las cargas positivas se repelen
entre s ms fuertemente que los puentes hidrgeno de la estructura.
g) PoliLys (pH 12,0): Hlice alfa. No hay cargas ni ramificaciones en C beta.
23) A lmina , B alfa-hlice y C colgeno
24) Si cambia el pH, la interaccin se modifica segn se protonen o desprotonen los dos
AA involucrados, es decir desaparece la interaccin inica. Cuando aumenta la
distancia tambin desaparece la interaccin.
25) a) 35172 b) 2 residuos
26) 22400
27) 20138
28) 0,615, 0,04 mM
29) Tyr-Phe-Pro-Lys-Cys-His-Glu
S
S
Tyr-Phe-Pro-Lys-Cys-His-Glu

10

Formacin de enlace peptdico

Pptido serilgliciltirosilalanilleucina o Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu

Clculo del punto isoelctrico del cido glutmico

Carga neta

+1

-1

-2

pI= pK1 + pKR = 3,22


2

11

Clculo del punto isoelctrico de la histidina

Carga neta

+2

+1

-1

pI= pKR + pK2 = 7,59


2

SITIOS DE CORTE DE PROTEASAS


Proteasa

Enlaces peptdicos escindidos

Tripsina
Quimotripsina
Pepsina
Termolisina
V8
Papana
Carboxipeptidasa
Leucnaminopeptidasa

por el carboxilo de Lys o Arg


por el carboxilo de Phe, Trp o Tyr
por el amino de Phe, Trp, Tyr, y otros
por el amino de Leu, Ile o Val
por el carboxilo de Asp, Glu
por el carboxilo de Arg, Gly, Glu, His, Tyr, Lys
por el amino del AA carboxilo terminal
por el carboxilo del AA amino terminal

REACTIVOS QUMICOS
Bromuro de ciangeno
por el carboxilo de Met
Etilenoimina (Aminoetilacin de la CysSH) por el carboxilo de CysSH
Anhidrido maleico (Maleilizacin) anula efecto de tripsina sobre Lys
REACCIONES DEL GRUPO AMINO TERMINAL
Ninhidrina (570 nm) Pro a 440 nm
Fluorescamina (producto fluorescente). Alta sensibilidad
1-Fluoro-2,4 dinitrobenceno (FDNB, reactivo de Sanger) (especfico alfa-amino)
Cloruro de dansilo (especfico alfa-amino)
Reactivo de Edman (Fenilisotiocianato) (especfico alfa-amino)
o-ftalaldehdo (producto fluorescente). Alta sensibilidad
Cianato (especfico alfa-amino)
REACCIONES DEL GRUPO CARBOXILO TERMINAL
Hidrazina (H2NNH2)

12

Efecto del pH sobre la rotacin ptica en poliaminocidos sintticos

13

Hlice alfa

Hoja beta plegada

14