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Universidad Nacional de Ingeniera

Facultad de Ciencias
Topicos de Investigacion II

Transiciones en el ADN
Jhonatan Martnez Ore.
Codigo: 20082654D
Asesor: Carlos Tello

Junio del 2015

Contenido
1 Introducci
on

2 Peso Estadstico y la Funci


on de Partici
on

3 Modelos de Transici
on Estructural en Biopolmeros
3.1 Modelo Cooperativo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 Modelo No Cooperativo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3 Modelo Zipper . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

7
7
8
9

4 Transiciones Estructurales en Polip


eptidos y Protenas
10
4.1 Transiciones Cadena Helicoidal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

5 Transiciones Estructurales en Acidos


Polinucleicos y ADN
14
5.1 Fusi
on de polinucle
otidos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
6 Transiciones Helicoidales de una Doble Hebra de ADN

18

7 Superovillos dependientes de las transiciones del ADN

19

8 Conclusiones

26

A Topologa del ADN

27

B Conformaciones Estructurales del ADN

29

Resumen
Mediante la mec
anica estadstica se puede modelar las transiciones que sufren los
polinucleotidos, a fin de alcanzar el equilibrio, en particular el modelo Zipper nos ayudara
a estudiar las transiciones conformacionales de estos. As veremos como una estructura
pasa de ser un ovillo a una estructura helicoidal y viceversa, esto nos ayudara a modelar
el proceso de transici
on de estructuras mas complejas. Particularmente en la caso del
ADN, la transici
on de una estructura tipo Z-ADN a una estructura tipo B-ADN, mediante
el estudio de una estructura circular cerrada, tambien llamada cc-ADN, hasta que este
llegue al equilibrio termodin
amico, ya que estas estructuras se dan debido a la diferencia
de energa de cada componente que tiene una cierta energa en el estado inicial a una
energa final, el cual responde a un estado de equilibrio.

Introducci
on

Las transiciones entre dos estados estructures del ADN, se dan a fin de que se alcance
el equilibrio termodin
amico, esto se da mediante el transicion de cada componente de la
estructura debido a la diferencia de energa que hay entre dos estados, esto puede ser
explicado por varios modelos a partir de la mecanica estadstica, dependiendo de cual sea
el comportamiento de cada componente y de los parametros de los que se incluyen en cada
modelo.
Cada modelo tiene caracteriza a cada componente de una forma en especfica, ya sea
favoreciendo la transici
on de estas, como no. Para este caso nos basaremos en el estudio de las transiciones a traves de un modelo intermedio, es decir use los postulados del
modelo cooperativo como del modelo no cooperativo, en que se incluiran factores externos (propiedades del medio en el que se desarrolla la transicion), y de las caractersticas
internas (par
ametro de propagaci
on y nucleacion).
Dado que el estudio de las transiciones estructurales es demasiado complejo, ya que los
factores tanto internos como externos afectan el camino seguido en la transicion de cada
componente, que a nivel global define un estado intermedio, por lo que en la presente solo
se tomaran en cuenta polinucle
otidos homogeneos, en el que los parametros de propagacion
y de nucleaci
on est
an bien definidos, los cuales son caractersticos de cada nucleotido.
Particularmente para el ADN las transiciones se dan especficamente por necesidades
fisiologicas, siguiendo una serie de pasos a fin de que la estructura sea correcta, estos pasos
tienen gran similitud con las transiciones que sufren polinucleotidos mas simples.

Peso Estadstico y la Funci


on de Partici
on

Supongamos que un sistema puede estar en dos posibles estados de equilibrio, A o B,


definimos la Keq = [B]/[A], que es la constante de equilibro de estos estados el cual
relaciona la concentraci
on de los estados A y B del sistema, por lo tanto tenemos la que
la probabilidad de encontrar el sistema en un estado B estado dado por la relacion:
[B]
=
PB =
[A] + [B]

B
A
A
A

B
A

Keq
= fj
Keq +1

(1)

La probabilidad fj de un estado, para el sistema microcanonico , es igual a la fraccion del


n
umero total de estados, el cual esta dado por:
fj =

res (Etot Ej )
tot (Etot )

 1

exp KB
Sres (Etot Ej )

 1
fj =
exp KB
Stot (Etot )

(2)

(3)

Sea U el valor promedio de la energa para el subsistema j, entonces para la entropa


tenemos:
(4)
Stot (Etot ) = S (U ) + Sres (Etot U )
expandiendo Stot (Etot Ej ) alrededor del punto de equilibrio Etot U ,
Sres (Etot Ej ) = Sres (Etot U + U + Ej )

(5)

Sres (Etot Ej ) = Sres (Etot U ) + (U + Ej )/T

(6)

entonces
de las ecuaciones (3) y (6), obtenemos:
fj = e(1/KB T )(U T S(U )) e(1/KB T ) Ej

(7)

El peso estadstico est


a definido como la probabilidad relativa de encontrar un estado en
particular, en este caso los estados definidos A y B, el peso estadstico para el estado A,
relativo al estado A est
a definido como A = [A]/[A] = 1 y para el estado B, relativo al
estado A es: A = [B]/[A], Usamos estos resultados en la ecuacion (1), del cual obtenemos:
PB =

B
B
=
A + B
1 + B

(8)

Usando la energa libre Gibbs, tenemos que alrededor del estado de equilibrio, esta
relacionado con la diferencia de energa libre entre cualquier estado J(G0j ) y la energa del
estado G00 si cada estado es u
nico, entonces para un estado en particular tenemos:
0
0
0
Gj G0 = Gj = RT ln j

(9)

que tambien podemos escribir como:


0

j = e Gj /RT
5

(10)

Reemplazando este resultado en (8), para el estado B:


0

PB =

e Gj /RT
0
1 + e Gj /RT

(11)

De este relaci
on para PB obtenemos que la relacion con el estado mas bajo de energa es
el estado m
as probable. Por lo tanto si G00 < 0, entonces B > 1 y PB > 0, 5 del cual se
desprende que la mayora de las moleculas estaran en el estado B.
La suma de todos los posibles estados, esta dado por la suma de todos los pesos estadsticos de todos los estados J posibles, como la energa de cada componente de la
cadena, est
a relacionado con el comportamiento de toda la cadena, el cual esta definido
por la funci
on de partici
on Q.
Como cada estado representa solo una forma de la molecula, para nuestro caso A o B,
pero si un sistema en particular se representa de mas de una forma (siendo isoenergetica),
diremos que este estado es degenerado. Entonces la degeneracion de cada estado se incluye
en la partici
on como:
N
X
gJ J
(12)
Q=
J=0

La probabilidad de observar un estado particular J, el cual estado por PJ , que depende de


la degeneraci
on y el peso estadstico de todos los estados posibles, sera obtenida a traves
de la ecuaci
on:
gJ J
(13)
PJ =
Q
Usando lo anterior:
PJ =

gJ J
N
P

(14)

gJ J

J=0

Reemplazando J :
0

RT
gJ e Gj /RT
P1 g J e Gj /
=
PJ = N
N
P
P
0
0
gJ e Gj /RT
gJ (P1 /g1 )
gJ e Gj /RT
J=0

(15)

J=0

Como la sumatoria de todas las probabilcidades es igual a 1, entonces el denominador es


igual a 1, por lo tanto:
0 RT
(16)
PJ = P1 g J e Gj /
Si se analiza lo obtenido, nos daremos cuenta que es identico a la distribucion de Boltzmann.

Modelos de Transici
on Estructural en Biopolmeros

Existen b
asicamente tres formas de explicar la transicion de un estado A a un estado B,
donde A es una conformaci
on de la forma ...aaaaa... y B es de la forma ...bbbbb...; asumiendo que la transici
on comienza en el estado A y termina en B, es decir que todos los
componentes de la cadena termina en un estado B, el cual se cumple para los tres modelos,
solo que se rigen por distintos postulados, el tratamiento que se dara en los tres casos es
para cadenas cuyas componentes son iguales, se denominara resto o residuo, a todos los
componentes que a
un no han sufrido dicha transicion.

figura 1: Transici
on entre dos estados a y b, mediante tres modelos distintos

3.1

Modelo Cooperativo

En este caso la transici


on de un estado a a un estado b, impulsa al resto a que sufra dicho
cambio, es decir activan el proceso de transicion del resto de la cadena, el cual es de la
forma sigmoide, el cual permite describir la evolucion de este fenomeno (la curva sigmoide
esta asociado a la ecuaci
on (11)).
Supongamos que n es el n
umero de residuos que sufren la transicion de a a b, entonces
el n
umero de posibles estados de la cadena, del cual sabemos que el peso estadstico para
este estado estar
a dado por n y para cada residuo sera s = [b]/[a] , entonces para los n
residuos de la cadena tendremos:
n =

n
Y
j=1

sj = sn

(17)

3.2

Modelo No Cooperativo

Cuando se trata de transiciones, en el que cada parte de la cadena sufre un cambio de


estado de manera independiente a la del resto, es decir no afecta ni se ve afectada, por las
transiciones que sufran el resto, hablamos de una transicion no cooperativa.
El n
umero de residuos que esten en b, el cual se describe como la probabilidad de encontrar
un residuo convertido en b, est
a dado por:
s=

0
[b]
= e Gba /RT
[a]

(18)

Para la primera transici


on de un solo elementos de la cadena, es decir que la cadena ha
pasado de ...aaaaa... a ...aabaa..., el cual tiene n posibles formas, la degeneracion generada
por este, afectara al peso estadstico, entonces:
j = gJ sn

(19)

La forma general de la partici


on para n residuos esta dado por la siguiente ecuacion:
Q = (1 + s)n

(20)

Al expandir la ecuaci
on anterior, observamos que para los coeficientes obtenemos la siguiente regla:
n!
gj =
(21)
j!(n j)!
Entonces para el j , obtenemos:
j =

n! sj
j!(n j)!

(22)

La probabilidad de observar cualquier estad j, es el promedio de todos los estados Pj


j
hPj i =
=
Q

1+

n! sj
j!(nj)!
n
P
n! sj
j!(nj)!
j=1

(23)

Para G0 0 el cual corresponde a s 1, cada residuo es indiferente del resto, por lo


tanto puede estar en la forma a o b, entonces el estado mas probable para el sistema sera
el mas degenerado.
De lo anterior la probabilidad de observar el estado b esta dado por:
n  
P
j

hPb i =

j=1

j
=

1
1+s

(24)

3.3

Modelo Zipper

Hasta ahora habamos visto la transformacion de un estado a otro, en el que los residuos ya
transformados intervenan en el cambio del resto (Modelo Cooperativo), o no intervenan
en ning
un sentido con el resto (Modelo No Cooperativo). A diferencias de los anteriores
el modelo Zipper, que si bien es cierto deriva del Modelo no Cooperativo, la diferencia es
el peso estadstico, en la primera transicion, para esto disecciona la cadena en un numero
discreto de pasos, siendo la primera de alta energa, por lo tanto de baja probabilidad,
esto implica que las transiciones sucesivas sean de baja energa, as, las transiciones subsecuentes ser
an m
as probables, a esto se debe la similitud con el Modelo Cooperativo.
En este modelo se considera el parametro de Nucleacion , el cual representa a la
probabilidad de iniciar la transici
on, por este caso << 1, para la primera transicion
1 = s y para la segunda transici
on 2 = s2 , as sucesivamente obtenemos la siguiente
ecuacion :
j = sj
(25)
Si consideramos el estado en que se encuentran los residuos contiguos, indiferentemente
del estado en el que se encuentran y su degeneracion, para j = 1 hasta n. La funcion de
particion para el modelo Zipper viene dado por:
Q=1+

n
X

j = 1 +

j=1

n
X

(n j + 1) s = 1 +

j=1

n
X

(n j + 1) sj

(26)

j=1

El promedio de la probabilidad de observar en un estado b un residuo en la cadena, Pb


depende de la probabilidad de observar todos los estados b de la cadena ( j para j 1,
y la fracci
on de residuos de cada estado b ( fj = j/n ).

hPb i =

n 

P
fj j
j=1

n h 
P
j

j=1

(n j + 1) sj
Q

i
(27)

La cooperatividad en la transici
on del modelo Zipper depende de la magnitud de , si
= 1 la transici
on es no cooperativa ya que la primera transicion y la segunda no son
muy diferentes, en cambio s  s la transicion es muy cooperativa debido a que la diferencia entre la primera y la segunda transicion es muy grande, por esto se le denomina
Coef iciente de Cooperatividad.
Debido a la complejidad del modelo Zipper se utiliza en diversos procesos de formacion
de estructuras regulares y su transicion depende del parametro . Para poder estudiar
la transici
on de los biopolmeros necesitamos los parametros denucleacion y el de propagacion, esto permite definir cada estado y la funcion de particion del sistema dado. El
parametro de nucleaci
on es intrnseco al sistema que se describe, es decir de la facilidad
con que acepta un
atomo o molecula externa para que este sufra la transicion, en el caso de
los atomos o moleculas que intervienen dependen de los factores externos: como presion,

temperatura, etc., Por esto s depende de la estabilidad de cada residuo en la cadena,


entonces tenemos que:
0
s = e( Gj +)/RT
(28)
Donde G0j es la diferencia de energa entre los estado a y b.

4
4.1

Transiciones Estructurales en Polip


eptidos y Protenas
Transiciones Cadena Helicoidal

Una cadena aleatoria es aquella estructura desnaturalizada con respecto a una estructura helicoidal, sea cual sea su naturaleza (polipeptidos o protenas), por esto una cadena
aleatoria (irregular) para convertirse en una cadena helicoidal (regular), sufre una transicion en este caso seguir
a este proceso de acuerdo con el modelo Zipper, por ajustarse
mas a la realidad, por simplicidad trataremos de homopolmeros, es decir que la cadena
esta compuesto por identicos amino
acidos.
Un ejemplo de esta estructura es la cadena , como en toda cadena, la estabilidad
depende de la energa de enlace, con la que se unen los atomos o moleculas, por esto, para
alcanzar la estabilidad estructural, estableciendo puentes de hidrogeno entre el C O
residuo j y el grupo N H del residuo j + 3, dado que en la cadena los primeros cuatro
aminos y los u
ltimos cuatro solo pueden establecer un solo puente de hidrogeno enves de
dos, haciendo que sea m
as estable en la estructura intermedia. Sin embargo este enlace es
energeticamente favorable solo si esta aislado de competir con el solvente.
Si aplicamos el modelo Zipper para esta transicion, necesitamos definir la constante
de nucleaci
on y el par
ametro de propagacion s, para la transicion de cadena a helice,
la maxima cooperatividad de la transicion, como vimos anteriormente, se da cuando es
muy peque
no con respecto a s, a nivel molecular debemos de considerar la diferencia de
entropa entre las dos posibles conformaciones, una cadena aleatoria parte de estructuras
energeticamente degeneradas, hasta llegar a una sola estructura sumamente simetrica.
La diferencia en la conformaci
on entropica entre lo cadena y la helice se puede estimar a
partir de los estados de libertad en el que se puede construir la estructura. La conformacion
entropica est
a relacionada a los grados de degeneracion de cada nivel de energa de la
molecula por esto podemos estimar la libertad de rotacion en el que se enlazan las moleculas
a lo largo de la estructura. Consideramos un polipeptidos de n aminoacidos, esta cadena
es caracterizada por tener n 1 enlaces, y n 2 posibles angulos de rotacion and .
Tenemos que observar los dos angulos de rotacion posible para cada residuo que compone
la estructura, para poder estimar las posibles conformaciones de la estructura W , que
contiene un numero n de residuos, considerando las g posibles conformaciones para cada
aminoacido de la estructura. Entonces:
W = g (n2)

10

(29)

De lo anterior, la entropa del sistema esta definido por:


S = R lnW

(30)

Para este caso y phi son los


angulos de torsion alrededor del carbon C de cada
aminoacido, para una helice tenemos que = 47o y = 57o , estos angulos corresponden para el promedio de estructuras tipo helice, pero para el presente tratamiento
seran tratados como discretos, para cada conjunto de angulos y correspondiente a
cada residuo, por lo tanto W = 1 y S = 0.

figura 2: Paso de la nucleacion formacion de la de un -Helice


En una cadena aleatoria generalmente tenemos tres mnimos distintos para y , para
cada amino
acido, por esto podemos estimar las nueve posibles conformaciones discretas
para cada residuo de la cadena, usando la ecuacion (30) y reemplazando W = 9, tenemos
que la entropa de conformaci
on es:
S = R ln9 = 18 J/molK

(31)

Esto es la transici
on de un residuo de una cadena aleatoria a una helice, por lo tanto,
se necesita S = 18J/molK para que cada residuo sufra la transicion, en la mayora
de polipeptidos la constante s se determina experimentalmente, particularmente para el
-bencil-L-glutamina en medio acuoso se tiene que s 1, esto sugiere que la perdida
de la entropa conformacional se equilibra de manera efectiva en el plazo del termino de
propagaci
on por los efectos de estabilizacion, el cual incluye la formacion de enlaces de
hidrogeno intermoleculares.

11

Para el caso de -bencil-L-glutamina, el parametro tiene un estimado de 2x104 , para


poder interpretar el significado de , debemos asumir primeramente que la nucleacion requiere la formaci
on de una vuelta completa entorno a -helice, Por esto, los angulos y
de cuatro amino
acidos deben ajustarse para que pueda iniciarse la formacion de la helice,
Esto es equivalente a S = 67 J/molK, Sin embargo para formar un solo puente de
hidrogeno a partir de 4 residuos, para el primer paso de la transicion w1 = s; s explica el
balance de energas entre la estabilizacion y la desestabilizacion de un solo residuo, mientras que toma en cuenta la entropa conformacional para los tres restantes, as es como
podemos obtener la primera vuelta de la helice. En general la energa de nucleatizacion
puede ser estimada a partir de la entropa perdida que es 15KJ/mol el cual corresponde
a 103 .

figura 3: Dependencia de la temperatura de la transicion de la --bencil-L-glutamina


Para inducir la trancision por medio de la variacion de la temperatura para el poli- bencil-L-glutamina, s es la variable dependiente de la temperatura, Si s es tratado como el
punto de equilibrio entre las dos formas de la cadena para cada residuo, entonces podemos
utilizar la relaci
on de vant Hoff,, el cual relaciona la variacion de la temperatura absoluta
(T ) con la variaci
on de la constante de equilibrio K dado por la variacion de la entalpia
H:
d ln s
H 0
=
(32)
dT
RT 2
El cual podemos expresarlo como:
ln s =

H 0
+c
RT

(33)

Para obtener la constante c, evaluamos para ln s = 0, Para cadenas largas de polipeptidos,


esto es aproximadamente el punto medio de la temperatura de transmision TM , entonces:
c=

H 0
RTM

12

(34)

Por lo tanto obtenemos la relaci


on de s con la temperatura:


H 0 1
1
ln s =

R
T
TM

(35)

Con estos par


ametros, la transici
on es dependiente de la temperatura (figura 1) para el
poli--bencil-L-glutamina, puede ser modela con precision por la mecanica estadstica mediante el modelo Zipper, este tratamiento nos permite conocer el comportamiento de la
transicion de un de una cadena tipo ovillo a una tipo helice, vemos que la cooperatividad
de la transici
on aumenta con el incremento de n, En cadenas cortas de polmeros, la nucleacion es dominante en todos los pasos de la transicion. Como n crece los parametros
de propagaci
on son dominantes durante todo el proceso de transicion, esto ayuda a que
la energa libre asociada a la nucleacion sea distribuida en todos los residuos a lo largo
de la cadena, por lo que permite que la transicion sea lo mas probable a altas temperaturas.
En general y s depende de la naturaleza de la transicion y de la secuencia del
biopolmeros, en el caso de un polipeptidos, la naturaleza de la helice y las propiedades
del amino
acido en cada parte de la cadena se ve afectado fuertemente por los parametros.
La transici
on inversa de helice a ovillo, se puede describir usando parametros similares
a los que se han definido para la transicion ovillo helice, iniciaremos estudiando la probabilidad de iniciar la transici
on de helice a ovillo frente a la transicion de ovillo a helice.
Para esto consideramos a un polipeptidos con n residuos, nuevamente con a representamos la forma ovillo y con b la forma helice, para cada residuo de la cadena. Podemos usar
la nucleaci
on y los par
ametros definidos anteriormente, el tratamiento para cada residuo
es exactamente inverso, es decir si inicialmente tenemos n residuos en forma helicoidal,
entonces el peso estadstico estar
a dado por:
n = s n

(36)

Lo que en la cadena es representada por:


bbbbb...bbbbb
Si el primer residuo es convertido de b a a, el peso estadstico para el nuevo estado seria
dado por:
n1 = 2 sn1
(37)
Ya que tendra degeneraci
on 2, ya que podra estar en cualquiera de los siguientes estados:
abbbb. . . bbbbb o bbbbb. . . bbbba
Por otro lado si la transici
on se inicia en otro punto de la cadena, es decir en el residuo i,
entonces tendramos dos cadenas separas aisladas la uno de la otra, de longitudes i - 1 y
n - i, respectivamente
...bbbbbabbbbb. . .

13

Para cada uno de los segmentos helicoidales aislados, los pesos estadsticos seran si1
para el segmento de N terminos, mientras que para el segmento de C terminos tendramos
que el peso estadstico sera sn1 , donde n2 representa los posibles arreglos para un solo
a en la cadena. Dado que cada uno es independiente el factor 2 para cada uno, por lo
tanto se tiene dos par
ametros de nucleotizacion, la probabilidad de fusion de un u
nico
residuo en el extremo de la helice Pe , es opuesto a uno intermedio que es dado por Pm ,
por lo tanto tenemos:
2 sn1
2
Pe
=
=
(38)
2
n1
(n s) s
(n s)
Pm
Para = 2 104 entonces Pe /Pm = 1, esto se da cuando n = 2 + 2/ 104 . Por lo
tanto para cadenas cortas con n < 104 residuos, la transicion se inicia en los extremos de
la cadena y contin
uan hasta el medio, esto minimiza el n
umero de parametros de nucleotizacion, mientras que si se trata de cadenas largas es decir con n > 104 residuos, se tienen
mas puntos intermedios lo que conlleva a tener mas parametros de nucleotizacion, el cual
sigue con el modelo zipper.

Transiciones Estructurales en Acidos


Polinucleicos y ADN

Seguiremos tratando este tipo de transiciones bajo el modelo Zipper, el que consiste en la
transicion de una sola helice, por fusion, a una doble como la forma el ADN o el ARN,
como tambien la forma inversa de esta transicion.

5.1

Fusi
on de polinucle
otidos

Los procesos de fusi


on y de renaturalizacion de dos helices para producir ADN o del ARN
es de histeresis, siendo estas distintas ya que siguen distintos mecanismos. La temperatura de fusi
on para la formaci
on de una doble helice del ADN, TF , es mayor que la
temperatura de renaturalizaci
on, TA , por lo tanto hay diferencias en la estructura en los
puntos intermedios de la transici
on. El proceso de fusion es similar a la transicion ovillo a
helice mientras que el proceso de renaturalizacion es similar a la transicion ovillo a helice.
Como primera aproximaci
on y por simplicidad, estudiaremos a cadenas compuestos por
homopolmeros.
La fusi
on de homoduplex es an
alogo a la transicion helice a ovillo aunque difiere a
nivel molecular, la fusi
on de dos hebras se separan rompiendo loa estabilidad de las interacciones que se sostiene por los pares de bases, esto se atribuye tpicamente a los enlaces
de hidrogeno entre los nucle
otidos.
El significado estructural de la nucleacion y los parametros de propagacion son tpicos
de cada polipeptidos, pero la transicion es casi identica en los biopolmeros, la fusion en
doble hebra tales como el ADN o el ARN, es nuevamente tratada como una transicion de
un estado a a un estado b, hasta que todos los residuos de la estructura hayan sufrido la

14

transicion.

figura 4: Curvas de fusi


on y renaturalizacion de una hebra doble ADN
Este mecanismo ser
a descrito por el modelo Zipper, para esto necesitamos definir cada
estado en terminos de la contribuci
on de la energa de la nucleacion y de los parametros
de propagaci
on. Cada par de bases alcanza la estabilidad, estableciendo un enlace de
hidrogeno entre los nucle
otidos, cuando una sola hebra se formada, esto favorece al incremento de la entropa, as como la repulsion entre los fosfatos cargados negativamente
de la estructura principal. El par
ametro de propagacion s, como se vio anteriormente,
depende de la temperatura, as como la concentracion de sales en la solucion es reflejada
en la dependencia de TM .
La fusi
on del ADN y el ARN se considera como la ruptura de los puentes de hidrogeno
que sostienen las dos hebras juntas. La fusion se estudia usando espectroscopia por absorcion en donde se observa la separacion de las bases, los puentes de hidrogeno, ya que
estos no se rompen autom
aticamente, sino que dependen de la temperatura TM , este se
mide mediante el reflejo de la separacion de las bases en lugar de este.
La interacci
on entre las bases son fuertes, particularmente las secuencias de polipurina
se completan a temperatura ambiente, por esto para secuencias aleatorias, las bases son
desasociadas despues de la fusi
on, as tenemos que s se asocia a la perdida de la interaccion
de asociaci
on.
La disociaci
on causa inestabilidad en los pares de bases que no estan fusionados, haciendo que los pares bases adyacentes a un par de bases fusionados tambien pierdan la
asociacion por interacci
on, aunque los enlaces de hidrogeno permanezcan. Esto se refleja
en el parametro de nucleaci
on , el cual es atribuida a la perdida adicional de la estabilidad
en la interacci
on por asociaci
on G0j , el cual no es tratado por s.
= exp( Gon /RT )

(39)

Similarmente a la transici
on en polipeptidos, la fusion de dos hebras, es favorecida si
comienza en el final de la cadena. El peso estadstico para la fusion para un solo par de
15

bases cualquiera de la cadena es:


w = g1 s = 2s

(40)

figura 5: Dependencia de la temperatura media de fusion en el contenido de C+G


En contraste, la fusi
on de un par de bases en cualquier posicion distinta a los que se
encuentran en los extremos, hace que se pierda la asociacion por interaccion con el par de
bases no fusionados adyacentes a estos, as tenemos que el peso estadstico par este estado
es:
w1 = (n 2) 2 s
(41)
Por esto la probabilidad de fusionar un par de bases en los puntos intermedios es opuesto
a la fusion de un par de bases de los extremos el cual es:
n < 2/

(42)

los extremos de la hebra se fusionan primero para esto hace que la probabilidad de fusionar
dos bases en puntos intermedios sea:
n > 2/

(43)

para secuencias mixtas s depende de la estabilidad de cada par de bases al lo largo de


la secuencia, al igual que lo anterior, depende de la TM por ejemplo una secuencia que
contiene G + C, aunque tambien esta asociada a los puentes de hidrogeno formado por
cada par de bases (G-C), TM tambien se relaciona a la energa de asociacion, el cual se
puede calcular por medio de mec
anica cuantica, finalmente, la fusion es asociada a lo largo
de la hebra, para cada una de las bases. Similarmente pasa par las cadenas formadas por
T + A, que tambien forman enlaces entre si, (T -A), como se sabe w1 es funcion de y s.

16

figura 6: Correlaci
on de la temperatura de fusion TM y el acoplamiento
La transici
on inversa de renaturalizacion a una sola hebra que proviene de una doble
helice, es an
alogo a la transici
on de ovillo a helice, matematicamente es un proceso mas
complicado, dado que la funci
on de participacion no es una derivacion de la particion dada
para la fusi
on . Por esto se necesita conocer los parametros de nucleacion y de propagacion,
que difiere de la fusi
on que es causado por la histeresis.
Para que se de nucleaci
on de la renaturalizacion es requiere de dos hebras apareadas,
por otro lado tambien depende de la concentracion de las bases complementarias de cada
hebra, definimos a la concentraci
on por el termino , entonces tenemos que el peso estadstico tambien depende la concentracion, por lo tanto tenemos que, el peso estadstico
para el primer par de bases es:
w1 = s
(44)
Una complicaci
on de la nucleaci
on es que no todos los apareamientos de las bases son
igualmente probable, dado que la union de bases tipo C-G, es mas estable que el de las
bases T -A, por esto la primera es mas probable que la segundo, esto agrega una nueva
condicion al apareamiento, en suma podemos decir que s depende de los nucleotidos que
se aparean.
Para poder analizar la complejidad de la estructura, comenzaremos estudiando la renaturalizaci
on de dos segmentos de la cadena, estas no estan apareadas, as las dos hebras
del ADN, debe comprobar cada combinacion posible, afn de obtener la mas estable configuracion de doble hebra. En el caso que las hebras se renaturalicen rapidamente, puede
causar que la estructura sea atrapada energeticamente, donde las bases no son apareadas
apropiadas, haciendo que la doble hebra incorpore bases no apareadas, por esto la renaturalizacion se da independientemente en cada hebra optimizando cada base para poder
formar una doble hebra coherente.
17

figura 7: Comparaci
on entre la renaturalizacion y la fusion de las hebras del ADN
Otro factor importante para la renaturalizacion es el medio donde se desarrolle esta,
es decir factores externos que brinden condiciones optimas, en particular para el ADN
diluido en un medio acuoso, depende de la concentracion de la solucion, por esto para
cadenas cortas depende significativamente del factor de concentracion .
En contraste con la fusi
on que sigue un camino bien definido a partir del inicio del
proceso, ya sea en los extremos o en alg
un punto intermedio, la renaturalizacion examina
cualquier degeneraci
on termodin
amica que se da en el proceso, haciendo que se incremente
la entropa significativamente a partir de cada par de bases renaturalizado, as la estructura semirenaturalizada es mucho mas heterogenea en composicion que una estructura
completamente renaturalizada, el cual es mucho mas homogeneo, una consecuencia de
esto es que la TM y la cooperatividad para la fusion siempre es mayor que la TA para la
renaturalizaci
on.

Transiciones Helicoidales de una Doble Hebra de ADN

La renaturalizaci
on y la fusi
on del ADN y del ARN son solo dos formas de varias transiciones estructurales posibles para los polinucleotidos, el ADN es polimorfico que puede
adoptar un gran n
umero de diferentes estructuras helicoidales, el cual es especfico para
cada condici
on fisiol
ogica que se considera, as tenemos B-ADN , el A-ADN , entre otras,
as como pueden transicionar de una forma u otra en especfico.
Especficamente la transici
on de un B-ADN a un A-ADN puede ser analizada a par18

tir de la ecuaci
on 26 para el modelo zipper, en este caso s refleja la diferencia de energa
en cada par de bases de cada estructura, mientras que es dependiente de la energa
G0j requerida para la transici
on, de la estructura B a A, de un homopolmeros, ejemplo
un poli(dG) poli(dC), esto puede ser inducido por adicion de etanol a la solucion, el
A ADN es estabilizado por solventes no acuosos incluido alcoholes, puesto deshidrata
relativamente al B ADN , el modelo de transicion se ajusta con G0j de 5 a 8.5 KJ/mol
o de 0.14 a 0.04, este es un peque
no rango de energas para la renaturalizacion, el cual
probablemente sea explicado por la peque
na diferencia entre ambas estructuras. La transicion de B ADN a izquierda Z ADN en dobles hebras lineales puede ser tratado de la
misma manera, con definida por la union entre las dos hebras opuestas y s dependiente
de los factores propios del medio en que se realiza la transicion, que sean propicios para la
estabilizaci
on de la estructura. Por esto cada transicion puede ser inducida por la fusion
hiperhelicoidal el cual ser
a tratado a continuacion.

figura 8: Transici
on de B-ADN a A-ADN inducido por etanol

Superovillos dependientes de las transiciones del ADN

Las mas interesantes transiciones en el ADN pueden ser modeladas con mucha precision
con ayuda de la termodin
amica estadstica, son las transiciones helicoidales de doble hebra.
En el caso del ADN circular cerrado tambien conocido como cc-ADN, estas transiciones
son inducidos a partir de ovillos negativos y no requieren la accion de deshidratadores
externos como el alcohol o sales.
En el caso de muchos organismos, el ADN presenta superenrollamiento negativo, por
ejemplo en eucariotas el ADN es enrollado alrededor de la histona en forma de nucleosomas, en nucleoides procariotas el ADN en estados plasmodios son encontrados, Wang y
Lui propusieron que los estados positivos y negativos superenrollados son inducidos por el
paso del ARN polimerasa a traves del ADN, esto se da durante la transcripcion en eucariotas y procariotas, este superollo inducido es considerado mas relevante fisiologicamente
ya que se encuentra en todas las celulas.

19

figura 9: Paso Del ARN polimerasa sobre el ADN


La funci
on de partici
on para este tipo de transiciones pueden ser tratado por el modelo
zipper est
andar, excepto que los parametros de nucleacion y de propagacion deben incluir
los efectos de la transici
on de todo el cc-ADN, para esto debemos incorporar en el modelo
lo que hemos tratado en la transicion de B-ADN a Z-ADN en una cc-ADN, para esto
revisaremos los estados del cc-ADN.
Las transiciones entre varias conformaciones helicoidales en el cc-ADN, es dependiente
de la topologa de cada estado del ADN, la topologa del cc-ADN es descrito por el enlace
n
umero Lk , cada enlace hace que se cambie de una forma Wr a Tw mediante giros, los
efectos del supenrollamiento en la transicion del ADN es determina el comportamiento de
los isomeros del cc-ADN, que tienen valores discretos de Lk , una transicion de una forma
estandar B-ADN a cualquier forma alternativa, hace que cambie el Tw , para una forma
particular de topois
omero, el cambio del Tw , es compensado por un cambio equivalente
en el Wr ,, haciendo que Lk , se mantenga constante. Las transiciones estructurales del ccADN, pueden ser estudiadas mediante la diferencia de energa de cada estado topologico.
Al igual que otros sistemas, debemos comenzar definiendo el estado inicial de referencia w0 , el estado topol
ogico de referencia, para conformaciones distintas a superovillos,
circular cerrada B-ADN, en que Wr0 = 0 y Tw0 = (1 vez/10.5bp)n, para n pares de bases
en una cc-ADN, por lo tanto Lk0 = Tw0 , cualquier transicion en un nuevo estado wj es
acompa
nado por un cambio en Tw , es decir:
Tw = T wj T w0

(45)

Por esto Lk representa topol


ogicamente un estado isomero de cc-ADN relativo al estado
de referencia.
Para encontrar la funci
on de partici
on para este tipo de transiciones, debemos determinar
las energas de cada estado en relajacion a la nucleacion y el parametro de propagacion del
20

modelo zipper, por simplicidad estudiaremos una caso especfico de una transicion localizada dentro de una estructura tipo cc-ADN de una estructura estandar derecha B-ADN
a una Z-ADN, tambien conocida como una transicion B-Z, el proceso que se da para una
cc-ADN, se puede usar para extrapolar para el resto de la cadena, lo que nos ayudara a
predecir el comportamiento para cadenas mas extensas siguiendo el mismo proceso. Consideraremos para la transici
on B-Z localizada para una region de n pares compuesto por
d(C-G), negativamente superenrollada, La cambios de conformacion para un topoisomero
incluido la forma desenrollada del ADN helicoidal (Tw < 0) y un acompa
nante de relajacion de superovillo negativo (Wr que se hace menos negativa); Esta favorece a la
reduccion de la forma superhelice a una estructura izquierda. En el caso del estructura
Z-ADN es caracterizado por la forma alternada anti-syn de los nucleotidos, las pirimidinas son inhibidas a adoptar la conformacion syn, por esto las secuencias Z-ADN son
tpicamente formadas alternando pirimidinas y purinas, caracterizadas por un dinucleotido
(dos bases) que se repite.

figura 10: Posibles estados para un cc-ADN


Cada par de base j que se convierte en Z-ADN define un nuevo estado del sistema,
con peso estadstico wj , El peso estadstico para la propagacion en terminos de wj , es
dependiente de la energa G0Lk , de todos los posibles estados topologicos del sistema,
por esto podemos sumar las energas para Tw y Wr , de lo que obtenemos:
G0Lk = G0Tw + G0Wr

(46)

El termino G0Tw es la diferencia en la energa libre entre el Z-ADN y el B-ADN para


cada par de bases que adopta la forma Z que tambien puede ser escrito como G0ZB
. El termino G0Wr es la energa libre de superhelicoidalidad de cc-ADN de n pares de
bases, el cual es definido como:
G0Wr = KW r2

(47)

Esta relaci
on nos da la deformaci
on de la estructura, donde K es una contante de proporcionalidad, para una cadena cc-ADN de N pares de bases tenemos que K = 1100 RT
21

/N; un superovillo en una cc-ADN de 1100 bp tiene una energa libre de 4 KJ/mol, de la
dependencia de G0Wr en W r2 significa que la energa mas baja seria cuando Wr ,
por otro lado tenemos que se introduce un grado de superovillo, ya sea positivo o negativo,
el cual resulta en un estado de alta energa.
La energa libre de cualquier topois
omero estara dado por:
G0Wr = G0Tw +KW r2

(48)

La energa del sistema puede estar entre el desenrollamiento del ADN helicoidal Tw y el
superenrollamiento Wr , si Tw = 0, el ADN d
uplex permanece en la forma B, ya que
tendramos que: En cualquier otro caso cada par de bases adopta la forma Z, ya que la
helice se desenrollara en (usando la ecuacion 45):
Tw = TwZ TwB

(49)

donde TwZ es el giro helicoidal de Z-ADN (-1 vez/12 bp), y TwB es el giro helicoidal
correspondiente a la conformaci
on B-ADN (+1 vez/10.5 bp). Ya que Lk es contante
podemos hacer que:
Lk = Tw + Wr Wr = Lk Tw

(50)

Usando el resultado anterior a partir de la ecuacion 45 obtenemos:


G0Lk = G0ZB +K(Lk Tw )2
= G0ZB +K(Lk [T wZ T wB ])2
=

G0ZB

(51)
2

+K(Lk j [0.179 veces/bp])

Al igual que una transici


on ovillo a helice, el parametro de nucleacion para la transicion
B-Z es dependiente del n
umero de residuos que estan en un estado inestable, en este caso
la nucleaci
on no es la formaci
on de una vuelta del Z-ADN, para que la estructura se acople
de izquierda a derecha de la helice, esto es la conjuncion B-Z, la energa requerida para
formar esta conjunci
on se determina por el estudio del G0ZB , y se extrapola en Z-ADN
insertando peque
nas cadenas.
La conjunci
on B-Z es la mejor descripcion que se puede hacer acerca de la fusion de
pares en la doble cadena del ADN, en adicion a esta energa de fusion, debe tener en
cuenta la conjunci
on para cada Wr de la cc-ADN, donde cada una de estas act
ua como
un punto de transici
on entre las orientaciones opuestas de dos formas del ADN (izquierdaderecha), el promedio de G0ZB en cada vuelta es definida por 0 vueltas/conjuncion o
hTw i = 0.4 veces/conjuncion relativo a w0 .
En un determinado Lk , de G0Wr = K(Lk [0.4])2 , la conjuncion se requiere
para la transici
on B-Z de cualquier longitud, incluso para cadenas de una sola base de
pares como es Z-ADN, entonces la nucleacion para la conjuncion B-Z de una sola hebra
esta dado por:
2
= e(21KJ/mol+K[Lk (0.4)] )/RT
(52)
22

O para ambas conjunciones de un segmento de Z-ADN


2
= e(42KJ/mol+K[Lk (0.8)] )/RT

(53)

El mecanismo para la transici


on B-Z puede ser descrito por el modelo Zipper, en el paso
inicial el primer par de bases adopta la forma Z, lo que induce a la formacion automatica
de dos conjunciones B-Z, as Z-ADN se propaga conformando la estructura tipo izquierda,
esto se da en dos direcciones divergentes, a lo largo de la secuencia, cada nuevo estado del
sistema wj tiene j bases de pares de la forma Z-ADN, como estos pares estan confinados
en un cc-ADN de longitud n, entonces tenemos:
wj = (n j + 1) sj

(54)

reemplazando y s, antes obtenidos:


2
2
0
wj = (n j + 1) e(42KJ/mol+K[Lk (0.8)] )/RT e(GZB +K(Lk j[0.179 veces/bp]) )/RT
(55)
Esta funci
on de partici
on para la transicion B-Z puede ser derivada incorporando wj , en
la funcion general para el tratamiento de la mecanica estadstica, para el modelo zipper,
el cual nos da la probabilidad para cualquier n
umero de pares de bases j, as obtenemos
hTw i para Z-ADN:

hPj i =
1+

wj
n
P

=
wj

(n j + 1) sj
n
P
1+
(n j + 1) sj

j=1

(56)

j=1

figura 11: Induccion de la transicion B-Z


Donde la fracci
on de Z-ADN formado en directamente reflejado en las propiedades
topologicas del cc-ADN, la probabilidad de tener la conformacion izquierda es definida
23

por la probabilidad de cada estado que incluye por lo menos un par de bases en la forma
Z, esta fracci
on de Z-ADN (fZ ) en ese estado, es expresado como un promedio de Tw , es
decir, hTw i, para un topois
omero con un particular Lk , por esto, fZ puede ser expresado
como el grado de des enrollamientos de un superovillos cc-ADN, para las conjunciones B-Z
que es convertido en j pares de bases Z-ADN, asi tenemos que fZ = 0.8+j(0.179)veces,
asi tenemos que:
n
P
fz wj
hTw i =

j=1
n
P

1+

j=1

(57)
fz wj

Los valores de hTw i pueden ser directamente determinados de Wr para cada Lk de


un topois
omero en la distribuci
on, el cual es determinado mediante la tecnica de electroforesis, el cual se hace de forma bidimensional.

figura 12: An
alisis por electroforesis en la transicion B-Z
En la figura anterior se muestra un analisis para 40 pares de bases en la transicion
B-Z, insertado en un plasmidio circular cerrado pBR322, en la vertical los topoisomeros
son resueltos de acuerdo el retorcimiento Wr , mientras que en lo horizontal tenemos a un
intercalador como es la cloroquina que es de utilidad en la caracterizacion de las protenas,
el cual se a
nade a aproximadamente 22 superovillos, los topoisomeros generados pueden ser
resueltos mediante el cambio del ligazon (Lk ). El cambio en la torsion Tw es estimado
mediante Lk el cual es determinado de la horizontal y por ultimo Wr es determinado
de la vertical.

24

Tabla 1: Energas libres de propagacion


Dinucleotido G0P (KJ/mol)
CG/CG
1.2
CA/TG
2.9
TA/TA
4.9
CC/GG
7.0
TC/AG
7.0
AA/TT
9.1
Para encontrar la cooperatividad en la transicion B-Z tendremos que graficar Tw
vs Lk , mediante el uso de de los valores de G0ZB y los G0j que se muestran a
continuaci
on:
La G0P es la energa requerida para cada par de bases, para poder
extender Z-ADN, despues de la etapa inicial para superar la energa libre de nucleacion
para la transici
on B-Z

25

Conclusiones

Se pudo estudiar cuales eran los modelos distintos para la transicion ovillo-helice, diferenciado cada uno respecto a los par
ametros que se necesitan considerar a fin de tener un
modelo acorde con los datos experimentales que se tenan. Por esto se elige al modelo
zipper, ya que usa tanto los postulados de los modelos cooperativo y no cooperativo.
El modelo zipper responde a las necesidades que se tienen con respecto a las transiciones
estructurales de los polinucle
otidos, en el caso particular del ADN se obtiene un estudio
muy aproximado a partir de las consideraciones internas (parametros de propagacion y nucleacion) como externas (medio en el que se da la transicion, temperatura, soluciones, etc.)
El estudio del modelo nos permite predecir con gran aproximacion cal sera la conformacion que adoptara la estructura, si bien es cierto se trato para el caso de homopolmeros,
se podran aumentar otros par
ametros para conformaciones estructurales diversas, a partir
del analisis realizado anteriormente, uno de los cambios seria que tendramos que considerar que ya no existe un solo posible estado no degenerado.
En el caso especial del Z-ADN tenemos una comparacion entre lo observado experimentalmente y la predicci
on hecha acerca de la union de una secuencia de esta con un
anticuerpo correspondiente a un genoma viral X-174, el cual se muestra a continuacion:

figura 13: Comparaci


on entre un resultado experimental y la prediccion hecha por el
modelo Zipper

26

Topologa del ADN

Para las estructuras lineales como el B-ADN, se convertira en una estructura superenrollada, sufrir
a de ciertos fen
omenos propios de la estructura, por esto se define a la torsion
Tw como:
N
Tw =
(a)
c
Donde N es el n
umero total de pares de bases, c es el n
umero de pares de bases que
conforman una vuelta en la estructura.
Por otro lado tenemos al retorcimiento de la estructura Wr , el cual representa el n
umero
de vueltas supe helicoidales, el cual, a diferencia de Tw puede ser negativo o positivo, este
signo, por convenci
on, representara si el superenrollado es positivo (izquierda) o negativo
(derecha). Por otro lado tenemos al Indice de ligazon Lk , que representa el n
umero de
veces que una hebra esta ligada a otra. En el que se debe cumplir que:
Lk = Tw + Wr

(b)

Es decir si Lk es distinto de cero entonces existe un enlace topologico entre las hebras,
el cual puede ser visto como un enlace fsico, este enlace topologico solo puede ser roto
si se rompe un enlace covalente; a esto se debe a que el ADN pueda sufrir deformacion,
plegamientos, etc. Sin necesidad de cortarlas, ya que Lk se mantiene constante.
Por ultimo tenemos a la densidad de superhelicoidalidad (t ) que es el n
umero de
superenrollados por vueltas de ADN, el cual se define como:
t = Wr /Tw

(c)

Estos cuatro par


ametros definen topologicamente a las estructuras superenrolladas.
En la celula la acci
on de ruptura de los enlaces se da mediante la isomerasa, el cual
genera un estado de topois
omero, haciendo que cambie el Lk , aunque no necesariamente
cambian Tw o Wr a la vez, tambien hay casos que solo cambia uno de ellas. Pero como
estos cambios se dan a partir de un estado inicial tenemos que
Tw = Tw Tw Tw0

(d)

Wr0

(e)

Lk = Lk + Wr

(f )

Wr = Wr
El cual resultara en un cambio de Lk

Esta relaci
on nos dice que cualquier cambio en la conformacion helicoidal del ADN doble,
esta acompa
nada de un cambio en la superhelicoidalidad del ADN.
A continuaci
on se muestra un ejemplo de la accion de la torsion y el retorcimiento
sobre una cadena lineal, el cual como se puede observar el ndice de ligazon se conserva,
durante todo el cambio fsico que sufre el ADN.
27

figura 14: Acci


on de la torsion y el retorcimiento

28

Conformaciones Estructurales del ADN

El ADN se presenta en tres formas distintas, el cual depende de las caractersticas fsicas
que presente, a continuaci
on se muestra una tabla comparativa de las tres.

figura 15: Tabla comparativa de las conformaciones estructurales del ADN

figura 16: Comformaciones del ADN

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Referencias
[1] Kensal van Holde, Curtis Johnson, Shing Ho; PHYSICAL BIOCHEMISTRY,
Segunda edici
on, Ed. Pearson, EEUU, 2006.
[2] Atkins.; PHYSICAL CHEMISTRY ; Octava edicion; Ed. Freeman and Company,
EEUU, 2006.
[3] Dill, Ken, Sarina Bromberg, Dirk Stigter; Dill, Ken; MOLECULAR DRIVING FORCES ; Ed. Garland Science, EEUU, 2003.

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