A histria se passa na fronteira entre o Brasil, Uruguai e
Argentina na dcada 1750, envolvendo o dia-a-dia dos jesutas, portugueses e espanhis. A cima das Cataratas do Iguau, vivia um grupo de ndios Guaranis, cujo trabalhavam em grupo para sobreviver aos ataques dos portugueses e espanhis, que procuravam posse de territrios e escraviz-los. Os jesutas criavam misses com objetivo de catequizar os ndios, para se aproximar, utilizavam a msica europeia e seus demais instrumentos. Havia a misso cima da cachoeira, chamada So Carlos, onde havia o padre Gabriel, que cativou os ndios ao tocar o obo, que permitiram-no viver e frequentar seu territrio. Certo dia, o territrio foi atacado pelo mercenrio e escravizador Rodrigo Mendoza, que se sustenta sequestrando nativos e vendendo-os, e padre Gabriel, que estava presente, o reconheceu. Ao voltar para casa, Rodrigo Mendoza v sua noiva (Carlotta), mas no imagina que ela ama seu irmo (Felipe), a mais de 6 meses, sabendo do fato, revolta-se e duela a pedido do irmo, e acaba vencendo. Aps perceber a perda do irmo Felipe, fica com crise de conscincia e vai a igreja, permanecendo l por 6 meses at a volta do padre Gabriel, e conversam; o padre prope uma penitncia (carregar armamentos em uma rede) at chegarem a misso So Carlos. Ao chegarem no territrio, surpreendido por ndios, que acabam cortando a corda que prendia a rede em suas costas, pondo "fim" a sua penitncia, mas em si, carregar aquilo no bastava. "Ainda que eu tenha toda a f a ponto de mover montanhas, se no tiver amor, no sou nada e ainda que distribua os meus bens nos sustentos dos pobres e entregue meu corpo para ser queimado, se no tiver amor, nada disso me aprova [...]"
Foram caar a procura de alimento, os ndios ofereceram
a Mendonza a chance de matar o porco, mas se recusa. Ao contrrio, cozinhou-o mas exagerou um pouco nos temperos. Aps conversar com padre Gabriel, que lhe d uma bblia, aceita as ordens dele, e tornar-se um jesuta ajudando os outros padres na misso. Logo aps, feito uma reunio diante da Eminncia (Altamirano), que estava em jogo defender a misso So Carlos ou tomarem posse. Mas como era defendida pela lei espanhola (Tratado de Madrid), que repartia as terras da Amrica do Sul, nada foi decidido. Don Cabeza queria que o territrio dos Guaranis fossem tomados pelos portugueses, porqu era o nico refgio que eles possuam, e assim, poderiam tomar posse. A Eminncia foi a seguinte com os jesutas (incluindo Gabriel e Rodrigo) nas misses, para tirar melhores concluses, e que no fosse nada injusto. Se surpreende com o crescimento e modo de sobrevivncia dos Guaranis. Mas a cada dia ficava sob presso de Cabeza e o governador Portugus, Don Hontar. Na misso, Altamirano instrui aos Guaranis e jesutas que eles devem sair. Mas os Guaranis se revoltam e avisam que iriam atacar. Padre Gabriel acredita que a violncia um crime contra Deus, e recusa-se a participar; Mendoza, no entanto, decide romper seus votos para defender militarmente a misso. Contra a vontade de Gabriel, ele ensina os nativos a arte Europeia da guerra e ergue a espada que um dos guaranis encontrou onde cortaram a rede em que carregou armamentos como penitncia.
Mendonza juntamente com os Guaranis, ataca onde os
portugueses estavam acampados, e conseguem roubar armas de fogo, plvora, sem que os percebam. Padre Gabriel estava em procisso enquanto os demais lutavam para manter a misso. O ataque inicia-se as margens das Cataratas, e penetram at onde estava Gabriel, pondo fogo nas casas de palha ao redor. Eles no so preos para a fora militar e Mendonza baleado e ferido fatalmente. O jesuta Fielding se sacrifica, matando o comandante portugus, antes que o matassem. Quando os soldados entram onde a procisso era celebrada, atiram contra todos, e acaba acertando padre Gabriel, que carregava um ostensrio com o Santssimo Sacramento. Depois que o Padre baleado, uma criana pega o Santssimo Sacramento e leva a procisso. Apenas um punhado foge para a selva. Numa troca final entre o Cardeal Altamirano e Don Hontar, Hontar relava que: "Temos que trabalhar no mundo; o mundo assim". Altamirano, inevitavelmente, responde: "No, assim fizemos o mundo. Assim, fiz isso". Dias depois, uma canoa de crianas volta a cena do massacre da misso e salva alguns pertences. Eles partiram no rio, indo mais fundo na selva, com o pensamento de que os eventos permanecero em suas memrias. Um ttulo final declara que muitos sacerdotes continuarem a lutar pelos direitos dos povos indgenas.