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TPICOS ESPECIAIS A: BIOINFORMTICA ESTRUTURAL

PyMOL
Valdete M. G. de Almeida
valdete.almeida@prof.unibh.br

PyMOL
Exibir/Medir estruturas de protenas/DNA
Gerar publicao com imagens de qualidade
Produzir vdeos para apresentao
Fazer alinhamento estrutural de duas molculas
Construir modelos para ligante e protena
Gerar mapa de potencial eletrosttico
Mutao de protena

Valdete M. G. de Almeida

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PyMOL
Onde obter o pymol?
http://www.pymol.org/
Verso atual 1.3
Sistemas operacionais:
Microsoft Windows XP, Vista, Win7
Mac OS X 10.5+ (Intel-based Macs only)
Linux (glibc 2.3.4)

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PyMol (Grfico de Interface com


Usurio)

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PyMol (Grfico de Interface com


Usurio)

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Comandos comumente utilizados


Comando

Funo

load

L um arquivo de dados (pdb, pml, pse)

save

Salva coordenadas para o arquivo

select

Seleciona resduo/tomo de um objeto ou


seleo existente

delete

Deleta um objeto

color

Define a cor de um objeto

show

Exibe uma representao em particular

hide

Esconde uma representao

set

Altera um parmetro (ex.: tamanho de uma


esfera)

orient

Centraliza a viso de um objeto ou seleo

distance

Mede a distncia entre dois tomos

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Modos de Representao

show cartoon, 1TEC

show spheres, 1TEC


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show sticks, 1TEC

show surface, 1TEC

show ribbon, 1TEC

show mesh, 1TEC


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Visualizao Cartoon

cartoon
automatic

cartoon oval

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cartoon loop

cartoon tube

cartoon rect

cartoon tube, 1:49/


cartoon automatic,
50:99/
cartoon loop, 100:149/
cartoon oval, 150:199/
cartoon rect, 200:279/
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Seleo
Propriedad
es

Forma
curta

Definio

symbol

e.

Smbolo qumico, select polar, symbol


o+n

name

n.

Nome dos tomos, select carbons, n.


ca+cb+cg+cd

resn

r.

Nome dos resduos, select aas, resn


asp+glu+asn+gln

resi

i.

Nmeros dos resduos, select mults10,


resi 1+10+100+1000

chain

c.

Identificador cadeia

ss

Tipos de estruturas secundrias, select


allstrs, ss h+s+l+""

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lgebra da Seleo
and, or, not etc.
Como selecionar tomos?
Propriedad
es

Forma
curta

Definio

not s1

! s1

tomos que no so incluidos em s1

and

&

tomos incluidos em ambos s1 e s2

or

tomos incluidos em s1 ou s2

in

tomos em s1 name, resi, resn, chain


corresponde com s2

like

l.

tomos em s1 name, resi corresponde


com s2

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Seleo
Comandos para seleo:
hide all;
select proteina, chain E;
select inibidor, chain I;

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Seleo
Comandos para seleo:
hide all;
select proteina, chain E;
select inibidor, chain I;
Estruturas secundrias:
select helices, (ss h and proteina);
select folhas, (ss s and proteina);
select loops, (ss l and proteina);

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Seleo
Seleo de Resduos/tomos
(a) select triptofanos, (resn trp and proteina)

(a)
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Seleo
Seleo de Resduos/tomos
(a) select triptofanos, (resn trp and proteina)
(b) select triade, (resi 32+64+221 and proteina);
(c) select num_atomos, (id 289-296+528-537+1605-1610 and
proteina)

(a)
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(b) (c)
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Seleo
Seleo de Resduos/tomos
select bb, (name c+n+o+h and proteina)
select

proteina and (not resn asp+glu+his)

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Seleo
Seleo de Resduos/tomos
(a) select dist7, (resi 38 around 7)

(a)
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Seleo
Seleo de Resduos/tomos
(a) select dist7, (resi 38 around 7)
(b) select dist_res7, byres (resi 38) expand 7

(a)
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(b)

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Label
(a)label resi 71, name

ATRIBUTO

DESCRIO

name

Nome do tomo

resi

Nmero do resduo

resn

Nome do resduo

chain

Nome cadeia

carga

Fator de ocupncia

segi

Identificador de
seguimento

type

Tipo de tomo
(atom, hetatm)

formal_char
ge

Carga formal

partial_char
ge

Carga parcial

numeric_typ
e

Tipo nmerico

text_type

Tipo de texto

(a)
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Label
(a)label resi 71, name
(b)label (resi 71 and name ca),"%s-%s" %(resn,resi)

(a)
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ATRIBUTO

DESCRIO

name

Nome do tomo

resi

Nmero do resduo

resn

Nome do resduo

chain

Nome cadeia

carga

Fator de ocupncia

segi

Identificador de
seguimento

type

Tipo de tomo
(atom, hetatm)

formal_char
ge

Carga formal

partial_char
ge

Carga parcial

numeric_typ
e

Tipo nmerico

text_type

Tipo de texto

(b)
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Label
(a)label resi 71, name
(b)label (resi 71 and name ca),"%s-%s" %(resn,resi)
(c)label (resi 71),"%1.2f" % b

(a)
Valdete M. G. de Almeida

(b)

ATRIBUTO

DESCRIO

name

Nome do tomo

resi

Nmero do resduo

resn

Nome do resduo

chain

Nome cadeia

carga

Fator de ocupncia

segi

Identificador de
seguimento

type

Tipo de tomo
(atom, hetatm)

formal_char
ge

Carga formal

partial_char
ge

Carga parcial

numeric_typ
e

Tipo nmerico

text_type

Tipo de texto

(c)
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Label
(a)label resi 71, name
(b)label (resi 71 and name ca),"%s-%s" %(resn,resi)
(c)label (resi 71),"%1.2f" % b
(d)label (resi 71 and name ca),"%s" % (chain)

(a)
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(b)

(c)

ATRIBUTO

DESCRIO

name

Nome do tomo

resi

Nmero do resduo

resn

Nome do resduo

chain

Nome cadeia

carga

Fator de ocupncia

segi

Identificador de
seguimento

type

Tipo de tomo
(atom, hetatm)

formal_char
ge

Carga formal

partial_char
ge

Carga parcial

numeric_typ
e

Tipo nmerico

text_type

Tipo de texto

(d)
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Label
(a)label resi 71, name
(b)label (resi 71 and name ca),"%s-%s" %(resn,resi)
(c)label (resi 71),"%1.2f" % b
(d)label (resi 71 and name ca),"%s" % (chain)
(e)label (resi 71 and name ca),"%s-%s" % (name,type)

(a)
Valdete M. G. de Almeida

(b)

(c)

(d)

ATRIBUTO

DESCRIO

name

Nome do tomo

resi

Nmero do resduo

resn

Nome do resduo

chain

Nome cadeia

carga

Fator de ocupncia

segi

Identificador de
seguimento

type

Tipo de tomo
(atom, hetatm)

formal_char
ge

Carga formal

partial_char
ge

Carga parcial

numeric_typ
e

Tipo nmerico

text_type

Tipo de texto

(e)
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Label
set label_font_id, number

#( number o tipo de fonte 5-15)

set label_size, number


set label_color, color
set label_shadow_mode, 1
set label_font_id, 15
set label_outline_color,

black

set label_position, [2,0,0]


edit_mode

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Color
(O=vermelho; N= Azul ; H= Branco)

(a) color palecyan, proteina

util.cbag

green

util.cbac

cyan

(c) util.cbaw triade

util.cbay

yellow

(d) set_color myblue= [0.5 , 0.7 , 0.9 ]

util.cbas

salmon

util.cbaw

white/grey

util.cbab

slate

util.cbao

light orange

util.cbap

Purple

util.cbak

Pink

(b) Color yellow, interface

color myblue, interface


(e) set_color myorange=[1.00 , 0.40 , 0.0 ]
color myorange, interface

(a)
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(b)

(c)

(d)

(e)
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Distncia
(a) distance (CA_triade), (CA_res45)
(b) distance dist01, (i. 38+71+225 and n. CA and proteina),
( i. 73+76+229 and n. CA and proteina)
(c) dist mydist, 1TEC//E/71/C, 1TEC//E/225/O

(a)
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(b)

(c)
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Distncia
(a) set dash_gap,0.3

[0]

(b) set dash_width,3.5 [8]


(c) set dash_radius,0.1 [0.3]
(d) set dash_length,0.2 [0.8]
(e) set dash_round_ends,on [off]
(f) set dash_color, yellow

(a)
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(b)

[black]

(c)

(d)

(e)

(f)
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Alinhamento Estrutural
load 1TEC.pdb
load 1GCI.pdb
bg_color white
show cartoon, (all)
select 1TEC_E, (chain E and 1TEC)
select 1WSD_A, (chain A and 1WSD)
align 1TEC_E and name ca, 1WSD_A and name ca

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Alinhamento Estrutural
load 1TEC.pdb
load 1GCI.pdb
bg_color white
show cartoon, (all)
select 1TEC_E, (chain E and 1TEC)
select 1WSD_A, (chain A and 1WSD)
align 1TEC_E and name ca, 1WSD_A and name ca

PyMOL>align 1TEC_E and name ca, 1WSD_A and name ca


Match-Warning: unknown residue type CA Match-Warning: unknown residue type
CA Match-Warning: unknown residue type CA Match: read scoring matrix.
Match: assigning 281 x 270 pairwise scores.
MatchAlign: aligning residues (281 vs 270)...
ExecutiveAlign: 265 atoms aligned.
ExecutiveRMS: 23 atoms rejected during cycle 1 (RMS=1.62).
ExecutiveRMS: 13 atoms rejected during cycle 2 (RMS=0.84).
Executive: RMS =
0.663 (229 to 229 atoms)

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Script PyMOL
load 1TEC.pdb
bg_color white;
hide all
create proteina, (chain E);
create inibidor, (chain I);
create sitio, (resi 38,71,225 and proteina);
select CA_sitio, (name CA and sitio);

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Script PyMOL
load 1TEC.pdb
bg_color white;
hide all
create proteina, (chain E);
create inibidor, (chain I);
create sitio, (resi 38,71,225 and proteina);
select CA_sitio, (name CA and sitio);
show sticks, sitio;
util.cbaw sitio;
color orange CA_sitio;

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Script PyMOL
load 1TEC.pdb
bg_color white;
hide all
create proteina, (chain E);
create inibidor, (chain I);
create sitio, (resi 38,71,225 and proteina);
select CA_sitio, (name CA and sitio);
show sticks, sitio;
util.cbaw sitio;
color orange CA_sitio;
distance dist_triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/71/CA);
distance dist_triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/225/CA);
distance dist_triade, (proteina//E/71/CA), (proteina//E/225/CA);

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Script PyMOL
load 1TEC.pdb
bg_color white;
hide all
create proteina, (chain E);
create inibidor, (chain I);
create sitio, (resi 38,71,225 and proteina);
select CA_sitio, (name CA and sitio);
show sticks, sitio;
util.cbaw sitio;
color orange CA_sitio;
distance dist_triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/71/CA);
distance dist_triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/225/CA);
distance dist_triade, (proteina//E/71/CA), (proteina//E/225/CA);
label (CA_sitio),"%s-%s" % (resn,resi);
set label_size, -0.6;
set label_color, black;
set dash_gap, 0;
set dash_radius,0.1;
set dash_color, yellow;
set ray_shadows,off;
ray;
png figura1.png;
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Script PyMOL
@ meu_script.pml

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Prtica
Hemoglobina (2dn1.pdb)
Transportar oxignio dos pulmes para as clulas
Formada por 4 subunidades (2 cadeias e 2 cadeias )
Cada subunidade contm um grupo heme
O oxignio est ligado ao tomo de ferro
Dois resduos de histidina (58 e 87 em , 63 e 92 em )
so ligados ao tomo de ferro para catalizar a funon.

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Prtica
1.

Mostrar o grupo heme

2.

Mostrar o tomo de ferro no grupo heme

3.

Mostrar os dois resduos de histidina (somente da


cadeia A)

4.

Mostrar os tomos de oxignios

5.

Criar uma imagens de alta resoluo

Valdete M. G. de Almeida

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Referncias
1. http://www.pymol.org/
2. http://www.pymolwiki.org/
3. http://www.weizmann.ac.il/ISPC/eMovie.html
4. http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?
structureId=1TEC
5. http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?
structureId=2DN1
6. http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?
structureId=1GCI

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