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Introduccin
a la bioqumica
ESQUEMA

La clula viva Los organismos vivos


estn formados por una o ms clulas. La
capacidad que tienen las clulas vivas
para generar energa, crecer y
reproducirse es posible por
sus estructuras complejas.

1.1 QUESLAVIDA?
1.2 EL MUNDO VIVO
Bacteri as
Archaea
Euca riota s
~_"",r:n ''-','' 0

funcionales de las biomo lc ul as

.4 ES LA CLULA VIVA UNA FBRICA


PRODUCTOS QUMICOS?

CAPTU LO U N O

Introduccin a la bioqumica

Sinopsis

----------~---------------------------.------------------------~

QU LEJOS HAN LLEGADO LAS CIENCIAS BIOLGICAS! EN POCO MS DE UN


SIGLO EL CONOCIMIENTO HUMANO DE LOS PROCESOS NTIMOS DE LA VIDA SE

ha transformado de forma radicaL Desde sus modestos inicios a finales del siglo
XIX, la bioqumica ha aportado recursos intelectuales y de laboratorio cada vez
ms elaborados para la investigacin de los procesos de la vida. Actualmente,
en los primeros aos del siglo XXI , nos hallamos en medio de una revolucin
biotecnolgica que nadie imaginaba. Se generan inmensas cantidades de
informacin en ciencias biolgicas tan diversas como la medicina, la agricultura
y las ciencias forenses . La capacidad de entender y apreciar la importancia de
este fenmeno comienza con un conocimiento exhaustivo de los principios
bioqumicos. En este captulo se presenta una sinopsis de tales principios.
Los captulos posteriores se centran en la estructura y en las funciones de las
biomolculas ms importantes y de los principales procesos bioqumicos que
sustentan la vida.

n 1977 dos gelogos exploraban la Falla de las Galpagos, la cual es una fisura
en la cadena montaosa submarina propensa a los maremotos, conocida como
Cordillera de las Galpagos. Su objetivo, investigar el lecho marino, fue posible
gracias al submarino abisal Alvin, dotado con luces externas, sensores, cmaras y
un mecanismo de recoleccin de muestras. Mientras los cientficos maniobraban la
nave para dirigirse en medio de una negrura total a una colina situada a unos 2500
metros de profundidad, hicieron un descubrimiento sorprendente: la temperatura del
agua era inesperadamente alta (7C en vez de los normales 2C). Al ascender por la
colina, no esperaban hallar ms que rocas desnudas y sedimento. En cambio, encontraron fuentes termales rodeadas por densas poblaciones con formas de vida singulares, como gusanos tubcolas gigantes, anmonas de mar, peces abisales rosados,
camarones y cangrejos (Fig. 1.1). Las fuentes termales, tambin llamadas chimeneas
hidrotermales, arrojaban agua supercaliente (350-400C) cargada de minerales, la
cual no herva debido a la enorme presin que impera a esta profundidad. La fuente
de calor es geotrmica. A medida que las placas submarinas de la corteza terrestre se
separan, el lecho marino se agrieta, y el agua entra y se sobrecalienta. Esta agua, a
temperatura varias veces mayor que la de ebullicin al nivel del mar, disuelve los minerales (metales como hierro, manganeso y nquel) y los gases (sulfuro de hidrgeno
y otros compuestos hidrogenados) presentes en el magma (roca fundida) o reacciona
con ellos. Cuando los minerales son expelidos de la fuente termal y se mezclan con
el agua de mar fra, se precipitan y forman chimeneas.
El descubrimiento del hbitat de las chimeneas hidrotermales fue una completa
sorpresa debido a su ubicacin. La luz solar no penetra hasta el piso ocenico. Segn la idea prevaleciente a finales del decenio de 1970, con algunas excepciones al
parecer menores (como los habitantes microbianos de los depsitos de petrleo y
azufre y de los giseres terrestres), toda la vida en el planeta obtiene energa de la
luz del Sol de manera directa o indirecta. Sin embargo, investigaciones ulteriores de
las comunidades de las chimeneas hidrotermales pusieron en duda esta nocin tradicional y revelaron la presencia de enormes cantidades de bacterias especialmente
adaptadas, capaces de convertir sustancias qumicas txicas en alimento y energa.
En vez de la fotosntesis, el mecanismo bioqumico para capturar energa lumnica,
los microorganismos de las chimeneas utilizan un proceso llamado quimiosntesis,
en el cual se extrae la energa qumica de determinados minerales. Otros organismos
de esas comunidades consumen los microbios directamente o viven en una relacin
simbitica con ellos.
Los descubrimientos realizados en las chimeneas hidrotermales son instructivos
porque dan indicios acerca del proceso cientfico, la poderosa metodologa racional
que el ser humano utiliza para investigar el universo. Durante el ltimo siglo y medio,

Sinopsis

FI GURA 1 . 1

Formas de vida cerca de una chimenea hidrotermal


Los cientficos a bordo del Alvin observaron gusanos tubcolas, algunos de 1.8 m de largo, y almejas blancas gigantes.

los cientficos de la vida han logrado una comprensin coherente y detallada de los organismos vivos mediante observacin y experimentacin rigurosas. Uno de los
principios que emergi tras dcadas de realizar este trabajo es la funcin nica del
Sol como la fuente de energa que sostiene la vida en el planeta. En vista de ello,
las comunidades de las chimeneas hidrotermales causaron gran desconcierto. Muchos cientficos han investigado este remoto hbitat, a pesar de las ideas largamente
aceptadas acerca del flujo de energa en la biosfera , constituida por las paItes de la
Tierra que permiten la vida de los organismos. Como resultado de este trabajo, los
cientficos de campos tan amplios como la geologa, la oceanografa, la qumica y
la biologa, se vieron obligados a replantearse algunas suposiciones generalizadas
sobre la diversidad y las capacidades de los seres vivos. Por ejemplo, la investigacin sobre ambientes que antes se consideraban carentes de formas de vida, como
acuferos profundos y roca sedimentaria, revel una biosfera microbiana subterrnea
hasta entonces desconocida, la cual se ha demostrado que se extiende cuando menos
seis kilmetros bajo la superficie telTestre. Sorprendentemente, ahora se estima que

CAPTU LO U N O

Introduccin a la bioqum ica

la biomasa subterrnea (el peso total de los organismos que habitan ah) es mayor
que la biomasa en la superficie.
A medida que los cientficos investigaban las especies recin descubiertas, se acumulaban cantidades sustanciales de datos bioqumicos y moleculares. Pronto se hizo
evidente que a pesar de las adaptaciones nicas a condiciones ambientales extremas,
estos organismos tienen mucho en comn con las especies ya conocidas. En otras
palabras, este trabajo reafirm un concepto importante de las ciencias biolgicas, la
unidad de todos los seres vivos, y permiti a los cientficos de estos campos adquirir
una percepcin ms profunda de los procesos de la vida y una comprensin ms
detallada de la historia de los organismos.
Este captulo inicial proporciona un panorama amplio de !os principales componentes de los seres vivos y los procesos que sustentan el estado vivo. Despus de una
breve descripcin de la naturaleza del estado vivo y de un repaso de la diversidad de
la vida en la Tierra, se presenta una introduccin a las e"structuras y funciones de las
principales biomolculas. Este material es seguido por una discusin de los procesos
bioqumicos ms importantes. El captulo concluye con un breve estudio de los conceptos de la bioqumica experimental moderna y una introduccin a la biologa de
sistemas, una estrategia de investigacin en desarrollo para comprender a los seres
vivos como sistemas integrados ms que como conjuntos de componentes y reacciones qumicas aislados. En todo este captulo y en los siguientes se har evidente que
todos los temas, ya sea que se refieran a la estructura biomolecular, a las reacciones
bioqumicas o a la herencia gentica, estn inextricablemente interconectados. Para
entender cualquiera de estos temas es necesario comprender los otros.

1.1 QU ES LA VIDA?
Qu es la vida? La respuesta a esta pregunta sencilla y aparentemente engaosa ha
sido esquiva a pesar del trabajo de los cientficos durante varios siglos. Gran parte
de la dificultad para delinear la naturaleza precisa de los seres vivos recae en la
abrumadora diversidad del mundo vivo y en el solapamiento aparente de diversas
propiedades de la materia viva y de la inanimada. Como consecuencia, se ha considerado a la vida una propiedad intangible que desafa cualquier explicacin y suele
describirse en trminos operacionales, como movimiento, reproduccin, adaptacin
y reactividad a estmulos externos. El trabajo de los cientficos de la vida, que es posible gracias a los mtodos experimentales de la bioqumica, ha revelado que todos
los organismos se rigen por las mismas leyes qumicas y fsicas que gobiernan el
universo. Entre las percepciones ms importantes adquiridas gracias al trabajo de la
bioqumica estn las siguientes.

1. La vida es compleja y dinmica. Todos los organismos se encuentran

constituidos por el mismo conjunto de elementos qumicos, principalmente


carbono, nitrgeno, oxgeno, hidrgeno, azufre y fsforo. Las biomolculas, o sea, las molculas sintetizadas por los organismos vivos, son orgnicas
(basadas en el carbono). Los procesos de la vida, como el crecimiento y el
desarrollo, utilizan miles de reacciones qumicas en las que variedades ingentes de molculas que vibran y giran, interaccionan, chocan y se reagrupan en
molculas nuevas.

2. La vida es organizada y se sustenta de forma autnoma. Los seres vivos


son sistemas organizados jerrquicamente, es decir, constan de patrones de
organizacin que van del ms pequeo (tomo) al ms grande (organismo)
(Fig. 1.2). En los sistemas biolgicos, las capacidades funcionales de cada
nivel de organizacin provienen de las propiedades estructurales y qumicas
del nivel subyacente. Las biomolculas estn formadas por tomos, que a su
vez constan de partculas subatmicas. Determinadas biomolculas se unen
para formar polmeros denominados macromolculas. Algunos ejemplos son
los cidos nucleicos, las protenas y los polisacridos, que estn constituidos
respectivamente por nucletidos, aminocidos y azcares. Las clulas estn
compuestas por diversas biomolculas y macromolculas, dispuestas en es-

1. 1 Qu es la vida?

FIGURA 1 . 2

Organizacin jerrquica de un organismo


multicelular: el ser humano
Los organi smos multicelul ares tienen varios
niveles de organizacin: sistemas orgn icos,
rganos, tejidos. c lulas, organelos, molculas
y tomos. Se muestran el sistema digesti vo y
uno de sus rganos componentes (el hgado).
El hgado es un rgano multifuncional que
posee varias funciones digestivas. Por ejemplo,
prod uce bili s. que facilita la di gestin de las
grasas y procesa y di stribu ye las molculas de
alimento absorbidas en el intestino de lgado a
otras partes del cuerpo. El DNA, un a molcul a
que se encuentra en las clulas, contiene la
informaci n gentica qu e controla la funci n
ce lul ar.

Sistema orgnico
(digestivo)

Organismo
(humano)
Tejido
(sinusoide heptico)

Clula
(hepatocito)

tomo
(carbono)

tructuras supramoleculares ms complejas. En el nivel qumico, grupos de


molculas interdependientes crean eficientes vas qumicas que conviel1en una
o ms molculas entrantes en uno o ms productos finales. (Una va es
una serie especfica de reacciones qumicas secuenciales.) Otros niveles de
organizacin en los organismos multicelulares son los tejidos , los rganos y
los aparatos y sistemas. La organizacin y el funcionamiento ordenado de los
seres vivos requieren adquirir continuamente energa y materia, y eliminar las
molculas de desecho. Estas tareas las realizan cientos de reacciones bioqumicas que son catalizadas por enzimas . Se denomina metabolismo a la suma
total de todas las reacciones que oc unen en un ser vivo. La capacidad de los
seres vivos para regular los procesos metablicos, a pesar de la variabilidad de
sus ambientes interno y externo, se denomina homeostasis.

Introduccin a la bioqumica

CAPTU LO U N O

3. La vida es celular. Las clulas se diferencian mucho en estructura y funcin,


pero todas estn rodeadas por una membrana que controla el transporte de
algunas sustancias qumicas al interior y al exterior de la clula. La membrana
tambin participa en la respuesta de la clula a los componentes del ambiente
extracelular. Si se divide una clula en sus partes componentes, se detiene el
funcionamiento vital. Las clulas se originan nicamente por la divisin de
clulas que ya existen.
4. La vida se fundamenta en la informacin. La organizacin requiere informacin. Los seres vivos pueden considerarse como sistemas procesadores
de informacin, debido a que el mantenimiento de su integridad estructural
y de los procesos metablicos requiere interacciones entre un conjunto enorme de molculas dentro de las clulas y entre ellas. La informacin biolgica
se expresa en forma de mensajes codificados, inherentes a la estructura tridimensional singular de las biomolculas. La informacin gentica, que se
almacena en las secuencias lineales de nucletidos en el cido desoxirribonucleico (DNA) denominadas genes, especifica a su vez la secuencia lineal
de aminocidos de las protenas y de qu forma y cundo se sintetizan esas
protenas. Las protenas realizan su funcin al interactuar con otras molculas. La estructura tridimensional singular de cada protena le permite unirse e
interactuar con una molcula especfica que tiene una forma complementaria
precisa. La informacin se transfiere durante el proceso de unin. Por ejemplo, la unin de la insulina, una protena que libera el pncreas de los vertebrados, a las molculas receptoras de insulina en la superficie de determinadas
clulas, es una seal que inicia la captacin de la molcula nutriente glucosa.
Asimismo, el transporte de los aminocidos es sensible a la insulina.

'" "

_
CO
_N
_C
_E_P_T_
OS_ CL_A_V_E__

Todos los organismos vivos obedecen a las


mi smas leyes fsicas y qumicas.
La vida es compleja, dinmica, organi zada y
autosustentable.
La vida es celular y se basa en la informacin.
La vida se adapta y evoluciona.

5. La vida se adapta y evoluciona. Toda la vida sobre la Tierra tiene un origen


comn, y las nuevas surgen a partir de otras antiguas. Cuando un organismo
individual en una poblacin se autorreproduce, las modificaciones del DNA inducidas por las agresiones y los errores que tienen lugar cuando se copian las
molculas de DNA pueden dar lugar a mutaciones o cambios de la secuencia.
La mayora de las mutaciones son silenciosas; es decir, o bien las repara la clula
o no tienen efecto sobre el funcionamiento del organismo. Sin embargo, algunas son nocivas y sirven para limitar el xito reproductor de los descendientes.
En ocasiones poco frecuentes, las mutaciones pueden contribuir a aumentar la
capacidad del organismo para sobrevivir, para adaptarse a circunstancias nuevas
y para reproducirse. La principal fuerza impulsora de este proceso es la capacidad de explotar las fuentes de energa. Los individuos que poseen caractersticas que les permiten explotar mejor una fuente energtica especfica dentro de
su hbitat pueden tener una ventaja competitiva cuando los recursos son limitados. A lo largo de muchas generaciones, la interdependencia de los cambios
ambientales y de la variacin gentica puede dar lugar a la acumulacin de
caractersticas favorables y, finalmente, a formas de vida muy diferentes.

1.2 EL MUNDO VIVO


Los clculos sobre el nmero de especies vivas actuales van desde varios millones
hasta decenas de millones. Todas estn formadas por clulas procariotas o eucariotaso La mayora de los organismos son procariotas; es decir, sus clulas carecen de
ncleo (pro = "antes", karyon = "ncleo" o "meollo"). Los organismos eucariticos
(eu = "verdadero") estn formados por clulas relativamente grandes que poseen
un ncleo, que es un compartimiento rodeado por una membrana que contiene el
material gentico.
Las procariotas no slo son las formas ms antiguas de vida sobre la Tierra, sino
que desde hace unos 3800 millones hasta alrededor de 1800 millones de aos, fueron
las nicas. Hasta los aos 1980 se pensaba que las procariotas eran slo las bacterias.
El anlisis de las secuencias de nucletidos del cido ribonucleico (RNA), una clase
de cido nucJeico que participa en la sntesis de protenas, ha demostrado que existen
dos grupos de procariotas bastante distintos: bacterias y archaea. Su apariencia ex-

1.2 El mundo vivo

FIGURA 1 . 3
Los dominios de la vida sobre la Tierra
Plantas

terna es semejante, pero las diferencias de sus propiedades moleculares son ms pronunciadas que las diferencias con las de las eucariotas. Los organismos procariotas
unicelulares son los seres vivos ms pequeos. No obstante, su biomasa combinada
es 10 veces mayor que la de los organismos ms grandes formados por clulas eucariotas (animales, vegetales, hongos y protistas unicelulares). Las procariotas ocupan
virtualmente cada nicho de la Tierra. Adems de en el aire, el suelo y el agua, varias
especies de procariotas viven sobre la piel y en el tubo digestivo de los animales ,
dentro de manantiales calientes y, como se mencion antes, a varios kilmetros de
profundidad dentro de la corteza de la Tierra.
Las pruebas moleculares sobre las relaciones evolutivas de las especies vivas son
lo suficientemente convincentes para que muchos cientficos clasifiquen en la actualidad a todos los seres vivos en tres dominios: bacterias, archaea y eucariotas (Fig.
1.3). A continuacin se describe cada dominio de forma breve.

Bacterias
Las bacterias tienen entornos y capacidades nutritivas tan diversos que slo pueden
realizarse afirmaciones generales sobre ellas. Como grupo, las bacterias son conocidas por su diversidad bioqumica particular. Ciertas especies poseen caractersticas
que les permiten explotar virtualmente cada fuente de energa, nutriente y entorno
concebible. Por ejemplo, algunas especies bacterianas pueden utilizar la energa luminosa para convertir el dixido de carbono (C0 2) en molculas orgnicas. Otras
utilizan la energa que extraen de las molculas inorgnicas u orgnicas.
Algunas especies bacterianas poseen una reputacin bien merecida como productoras de enfermedades (p. ej., c lera, tuberculosis , sfilis y ttanos). Sin embargo, la
gran mayora tienen funciones vitales en el mantenimiento de la vida sobre la Tierra.

Las evidencias moleculares indican que todas


las formas de vida investigadas hasta ahora
pueden clasificarse en tres dominios.

CAPTU LO U N O

Introduccin a la bioqumica

Se requiere la actividad de muchas clases de bacterias en los ciclos biogeoqumicos,


los ciclos globales de nutrientes como el carbono, el nitrgeno, el fsforo y el azufre.
Por ejemplo, la bacteria Rhizobium tiene una funcin crtica en el ciclo del nitrgeno
al transformar el nitrgeno molecular inerte (N 2) en amoniaco (NH 3), que puede ser
asimilado por otros organismos como las plantas leguminosas. Una de las funciones
ms importantes de las bacterias es la descomposicin, un proceso que libera nutrientes de los organismos muertos para que puedan utilizarlos los vivos.
Muchas especies bacterianas son de gran inters prctico para el ser humano.
Ciertos alimentos como el yogur, el queso, el pan c ido y la col en salmuera se fabrican con la colaboracin de determinadas bacterias. Otras clases de bacterias, como
los actinomicetos, producen gran parte de los antibiticos que se utilizan para curar
las infecciones bacterianas. Las bacterias han sido especialmente valiosas en la investigacin bioqumica. Debido a su rpido crecimiento y a su cultivo relativamente
fcil, determinadas especies (en particular Escherichia coli) han sido fundamentales
en la investigacin de la mayora de los procesos bioqumicos bsicos. La informacin adquirida en los estudios sobre los microorgani smos patgenos se ha utilizado
en medicina para aliviar y prevenir el sufrimiento humano. Ms recientemente, los
biotecnlogos han utilizado el rpido crecimiento bacteriano y la flexibilidad metablica de estos organismos para insertar en ellos genes que codifican hormonas,
vacunas y otros productos de uso humano.

Archaea
Las archaea slo se reconocieron como grupo diferenciado de organismos en 1977,
ao en que Carl Woese analiz molculas especficas de RNA. La comparacin de las
propiedades moleculares de las archaea con las de las bacterias y con las de las eucariotas ha demostrado que las archaea estn en muchos aspectos ms ntimamente relacionadas con las eucariotas que con las bacterias de apariencia similar. Por ejemplo,
el sistema de sntesis de protenas de las archaea es ms parecido al de las eucariotas.
Una caracterstica destacada de la mayora de las archaea es su capacidad para
ocupar y hasta mejorar en todos los entornos. Algunas especies de arqueas, denominadas con frecuencia extremfilos, pueden vivir en circunstancias que con facilidad
destruiran a la mayora de las formas vivas. Aunque otras clases de organismos (p.
ej ., determinados hongos, bacterias y algas) pueden vivir en condiciones extremas,
las archaea se encuentran entre las especies ms afines a condiciones extremas. Por
ejemplo, las halobacterias son un grupo diverso de archaea que viven en cuerpos
de agua hipersalinos (como el Gran Lago Salado de Utah o el mar Muerto). Se ha
observado que estos organismos prosperan en concentraciones de cloruro de sodio
(NaCl) de 4 a 5 M. Los extremfilos pueden clasificarse conforme a los tipos de condiciones especiales en las que viven: temperaturas muy altas o muy bajas, elevadas
concentraciones de salo alta presin. Adems de contribuir en gran medida con el
entendimiento de la historia de la vida en la Tierra, las investigaciones de las archaea
extremfilas han proporcionado conocimientos excepcionales sobre las adaptaciones
de la estructura biomolecular a las condiciones extremas. Los esfuerzos de investigacin de los bioqumicos y de los biotecnlogos se han centrado en las extremozimas,
que son enzimas (catalizadores proteicos) que operan en condiciones nocivas. Entre
los ejemplos de las aplicaciones industriales de este trabajo estn las enzimas que
se utilizan en el procesamiento de los alimentos y en los detergentes de lavandera.
Junto con muchas especies bacterianas, las archaea han demostrado su utilidad en la
bioreparacin, proceso en el que se utilizan los organismos para degradar o eliminar
los contaminantes de las zonas de desechos txicos y de los derrames de petrleo.

Eucariotas
El tercer dominio de los seres vivos, las eucariotas, est constituido por el resto de las
especies de la Tiena. Aunque la presencia o ausencia de un ncleo es la diferencia ms
notable entre las procariotas y las eucariotas, existen otras distinciones significativas:
1. Tamao. Las clulas eucariotas son sustanci almente ms grandes que las clulas procariotas. Por ejemplo, el dimetro de las clulas animales vara entre

1.3 Bio molculas

10 Y 30 tm. Estos valores son aproximadamente 10 veces superiores que los


de las procariotas. Sin embargo, es ms clara la disparidad de tamao entre
los dos tipos de clulas cuando se considera el volumen. Por ejemplo, el volumen de una clula eucariota tpica, como una clula heptica (hepatocito), se
encuentra entre 6000 y 10 000 tm3 . El volumen de E. coli es varios centenares
de veces menor.
2. Complejidad. Aunque la complejidad estructural de las procariotas es significativa, la de las eucariotas es mayor en varios rdenes de magnitud, en gran
medida a causa de la presencia de compartimientos subcelulares llamados organelos. Cada organelo est especializado para realizar tareas especficas. La
compartimentacin que proporcionan los organelos permite la concentracin
de molculas de reactante y de producto en lugares donde pueden utilizarse con eficacia. Esta disponibilidad, junto con otros factores, hace posibl~ la
existencia de mecanismos reguladores complicados. Como consecuencia, las
clulas de los organismos eucariticos multicelulares son capaces de responder con rapidez y eficacia a las comunicaciones intercelulares que se requieren
para la proliferacin y el desanollo.
3. Multicelularidad. Slo en los organismos eucariticos se encuentra una
multicelularidad verdadera. Aunque los protistas unicelulares muy complejos
constituyen la mayor biomasa de las eucariotas, todas las categoras restantes
son multicelulares. Algunas bacterias tienen un hbito de vida colonial, en particular sobre medios slidos. Sin embargo, en pocas ocasiones se consigue la
cooperacin y la especializacin de la multicelularidad. Los organismos multicelulares no slo son un conjunto de clulas: son sistemas vivos muy ordenados que juntos forman una entidad coherente. La complejidad estructural de
las clulas eucariotas proporciona la capacidad que requieren los mecanismos
complicados de regulacin y comunicacin intercelular en estos organismos.

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Los seres vivos se han clasificado en tres


dominios: bacterias, archaea y ellcariotas.

1.3 BIOMOLCULAS
Los seres vivos estn formados por miles de clases diferentes de molculas inorgnicas y orgnicas. El agua, una molcula inorgnica, puede constituir entre el 50 y
el 95% del peso de una clula, y los iones como el sodio (Na+), el potasio (K+), el
magnesio (Mg2+ ) y el calcio (Ca 2 +) pueden representar otro 1%. Casi todas las dems clases de molculas de los seres vivos son orgnicas. Las molculas orgnicas
estn formadas principalmente por seis elementos: carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno, fsforo y azufre, y contienen cantidades mnimas de determinados elementos metlicos y no metlicos. Vale la pena mencionar que los tomos de cada uno de
los elementos ms comunes que se encuentran en los seres vivos pueden formar con
facilidad enlaces covalentes estables, el tipo de enlace que permite la construccin de
molculas tan importantes como las protenas.
Las notables complejidad estructural y diversidad de las molculas orgnicas son
posibles gracias a la capacidad de los tomos de carbono de formar cuatro fuertes
enlaces covalentes sencillos, bien con otros tomos de carbono o los de otros elementos. Las molculas orgnicas con muchos tomos de carbono pueden dar formas
complicadas, como largas estructuras lineales o cadenas ramificadas y anillos.

Grupos funcionales de las biomolculas orgnicas


Se puede considerar que la mayora de las biomolculas deriva de la clase ms simple
de molculas orgnicas, que son los hidrocarburos. stos (Fig. 1.4) son molculas
H

H-C-H

Metano

I I
H-C-C-H
I I
Etano

I I I I I I
H-C-C-C-C-C-C-H
I I I I I I
Hexano

FIGURA 1 .4
Ciclohexano

Frmulas estructurales de cuantiosos


hidrocarburos

10

CAPTU LO U N O

Introduccin a la bioqumica

CUADRO 1 . 1
Nombre de
la familia
Alcohol

Estructura
del grupo
R-OH

Grupos funcionales importantes de las biomolculas


Nombre
del grupo

Significado

Hidroxilo

Polar (y por lo tanto hidrosoluble), forma enlaces de


hidrgeno

Carbonilo

Polar, se encuentra en algunos azcares

Carbonilo

Polar, se encuentra en algunos azcares

Carboxilo

Dbilmente cido, ostenta una carga negativa cuando


dona un protn

Amino

Dbilmente bsico, posee una carga positiva cuando


acepta un protn

Amido

Polar, pero no tiene carga

Tiol

Fcilmente oxidable; puede formar fcilmente


enlaces - S - S- (di sulfuro)

ster

Se encuentran en determinadas molculas lipdicas

Doble enlace

Componente estructural importante de muchas


biomolculas; p. ej., se encuentra en molculas
lipdicas

o
Aldehdo

R-C-H

"

O
Cetona

R-C-R'

"

cido

O
R-C-OH

Amina

"

R-NH 2
O

Amida
Tiol

ster

11

R-C-NH 2
R-SH
O

"

R-C-O-R '
Alqueno

RCH=CHR'

que contienen carbono e hidrgeno y que son hidrfobas, 10 cual significa que son
insolubles en agua. Todas las dems molculas orgnicas se forman uniendo otros
tomos o grupos de tomos al esqueleto de carbono de un hidrocarburo . Las propiedades qumicas de estas molculas derivadas estn determinadas por la disposicin
especfica de tomos denominados grupos funcionales (Cuadro 1.1). Por ejemplo,
los alcoholes se producen cuando los tomos de hidrgeno se sustituyen por grupos hidroxilo (- OH). As, el metano (CH4 ), un componente del gas natural, puede
convertirse en metanol (CH 30H), un lquido txico que se utiliza como solvente en
muchos procesos industriales.
La mayora de las biomolculas contienen ms de un grupo funcional. Por ejemplo,
muchas molculas sencillas de azcar tienen numerosos grupos hidroxilo y un grupo
aldehdo. Los aminocidos, que son los elementos fundamentales de las protenas, tienen un grupo amino y un grupo carboxilo. Las distintas propiedades qumicas de cada
grupo funcional contribuyen al comportamiento de las molculas que 10 contienen.

Clases principales de biomolculas pequeas


Muchos de los compuestos orgnicos que se encuentran en las clulas son relativamente pequeos, con pesos moleculares inferiores a 1000 daltones (D). (Un dalton ,
una unidad de masa atmica, es igual a 1/12 de la masa de un tomo de 12C.) Las
clulas contienen cuatro familias de molculas pequeas: aminocidos, azcares,
cidos grasos y nucletidos (Cuadro 1.2). Los miembros de cada grupo desempean
varias funciones. En primer lugar, se utilizan en la sntesis de molculas ms grandes, muchas de las cuales son polmeros. Por ejemplo, las protenas, determinados
carbohidratos y los cidos nucleicos son polmeros formados, respectivamente, por
aminocidos, azcares y nucletidos. Los cidos grasos son componentes de varias
clases de molculas de lpidos (insolubles en agua).
En segundo lugar, algunas molculas tienen funciones biolgicas especiales. Por
ejemplo, el nucletido tri fosfato de adenosina (ATP) opera como reserva celular de
energa qumica. Por ltimo, muchas molculas orgnicas pequeas participan en
vas de reacciones complejas. Enseguida se describen ejemplos de cada clase.

1.3 Biomolculas

CUADRO 1 .2

1 1

Clases principales de biomolculas


Polmero

Molcula pequea

Funciones generales

Aminocidos

Protenas

Catlisis y elementos estructurales

Azcares
cidos grasos

Carbohidratos
N.A.

Nucletidos

DNA

Fuentes energticas y elementos estructurales


Fuentes energticas y elementos estructurales de
las molculas lipdicas complejas
Informacin gentica

RNA

Sntesis de protenas

AMINOCIDOS Y PROTENAS Existen cientos de aminocidos naturales, cada


uno de los cuales contienen un grupo amino y un grupo carboxilo. Los aminocidos
se clasifican como a, f3 o y, de acuerdo con la posicin del grupo amino con respecto
al grupo carboxilo. En los aminocidos a, la clase ms frecuente, el grupo amino est
unido al tomo de carbono (carbono a) inmediatamente adyacente al grupo carboxilo
(Fig. 1.5). En los aminocidos f3 y en los y, el grupo amino est Unido a los carbonos
segundo y tercero, respectivamente, a partir del grupo carboxilo. Unido tambin al
carbono a est otro grupo, que se denomina cadena lateral o grupo R. Las propiedades qumicas de cada aminocido, una vez que se ha incorporado a una protena,
estn determinadas en gran medida por las propiedades de su cadena lateral. Por
ejemplo, algunas cadenas laterales son hidrfobas, mientras que otras son hidrfilas
(Le., se disuelven con facilidad en agua). La frmula general de los aminocidos a es

o
a.

1I

H N-CH-C-OH
3

o
+

FIGURA 1 . 5

11

H N-CH-C-OH
3

Frmulas estructurales de numerosos


aminocidos a

11

Un grupo R (destacado con color amarillo)


en la estructura de un aminocido puede
se r un tomo de hidrgeno (p. ej., en la
glicina), un grupo hidrocarbonado (p. ej., el
grupo isopropilo en la valina) o un derivado
hidrocarbonado (p. ej., el grupo hidroximetilo
en la serina).

H N-CH-C-OH

(CH 2 )2

CH - C - H

C=O

NH 2

CH 3

Glutamina

Lisina

Valina

o
+

11

H N-CH-C-OH
3

o
+

11

H N-CH-C-OH
3

H
Glicina

O
Fenilalanina

11

H N-CH-C-OH
3

CH 2
1

OH
Serina

1 2

CAPTU LO U N O

Introduccin a la bioqumica

~-Alanina

o
+

11

H3 N-CH 2 -CH 2 -

CH 2 -C-OH

GABA

FIGURA 1 . 6

Ejemplos seleccionados de aminocidos


naturales que no son aminocidos oc:
p-alanina y cido 'Yaminobutrico (GABA)

Existen 20 aminocidos ex estndar en las protenas. Algunos aminocidos estndar tienen funciones nicas en los seres vivos. Por ejemplo, la glicina y el cido
glutmico actan en los animales como neurotransmisores, molculas sealizadoras liberadas por las clulas nerviosas. Las protenas contienen tambin aminocidos
no ordinarios que son versiones modificadas de los aminocidos convencionales. La
estructura y la funcin de las molculas protenicas con frecuencia se alteran por la
conversin de determinados residuos de aminocidos en derivados a travs de fosforilacin , de hidroxilacin o de modificaciones qumicas de otro tipo. (El trmino
"residuo" se refiere a una biomolcula pequea que se incorpora a una macromolcula, p. ej., los residuos de aminocidos en una protena.) Por ejemplo, en el colgeno,
la protena del tejido conjuntivo, un gran nmero de los residuos de prolina estn
hidroxilados. Muchos de los aminocidos naturales no son aminocidos ex. Entre los
ejemplos ms notables se encuentra la alanina (3, precursor de la vitamina cido pantotnico, y el cido y-aminobutrico (GABA), un neurotransmisor que se encuentra
en el cerebro (Fig. 1.6).
Las molculas de aminocido se utilizan principalmente para la sntesis de largos
polmeros complejos denominados polipptidos. Las molculas cortas, con una longitud inferior a 50 aminocidos, se denominan pptidos u oligopptidos. A los polipptidos ms largos se les suele denominar protenas. Los polipptidos desempean
una gran variedad de funciones en los seres vivos. Entre los ejemplos de molculas
formadas por polipptidos se encuentran las protenas de transporte, las protenas
estructurales y las enzimas (protenas catalticas).
Los aminocidos individuales se unen y forman pptidos (Fig. 1.7) Y los polipptidos estn unidos mediante enlaces peptdicos. stos son enlaces amida que
se forman en una clase de reaccin de sustitucin nucleoflica (pg. 18) donde el
nitrgeno del grupo amino de un aminocido ataca al carbono del grupo carbonilo en
el grupo carboxlico de otro. La estructura tridimensional final de los polipptidos,
y por lo tanto su funcin biolgica, se debe en gran medida a las interacciones entre
los grupos R (Fig. 1.8).
AZCARES Y CARBOHIDRATOS Los azcares contienen grupos funcionales
alcohol y carbonilo. Se describen en funcin del nmero de carbonos y de la clase
de grupo carbonilo que contienen. Los azcares que poseen un grupo aldehdo se
denominan aldosas, y aquellos que poseen un grupo cetona se denominan cetosas.
Por ejemplo, el azcar glucosa de seis carbonos (una fuente de energa importante en
la mayora de los seres vivos) es una aldohexosa; la fructosa (azcar de la fruta) es
una cetohexosa (Fig. 1.9).
Los azcares son las unidades bsicas de los carbohidratos, las molculas orgnicas ms abundantes de la naturaleza. Los carbohidrato s van desde los azcares
sencillos o monosacridos, como la glucosa y la fructosa, hasta los polisacridos,
polmeros que contienen miles de unidades azcar. Entre estos ltimos se encuentran
el almidn y la celulosa de las plantas y el glucgeno de los animales. Los carbohidratos desempean varias funciones en los seres vivos. Determinados azcares son
fuentes de energa importantes. La glucosa es la fuente de energa hidrocarbonada
en los animales y las plantas. Muchas plantas utilizan la sacarosa como un medio
eficaz de transporte de energa a travs de sus tejidos. Algunos carbohidratos actan
como materiales estructurales. La celulosa es el principal componente estructural de

FIGURA 1.7

Estructura de la met-encefalina, un pentapptido


La met-encefalina pertenece a una clase de molculas que
poseen actividad de tipo opicea. La met-encefalina se
encuentra en el cerebro e inhibe la percepcin del dolor.
(Los enlaces peptdicos estn sombreados en color azul.
Los grupos R estn destacados en color amarill o.)

1.3 Biomolculas

13

Desplegada

Plegada

FIGURA 1 .8
Estructura polipeptdica

Al plegarse un polipptido en su estructura tridimensional nica, cuando menos 50% de los grupos R
ms hidrfobos (esferas am arillas) quedan enterrados en el in terior lejos del agua. Los grupos hidrfilos
en general se encuentran en la superficie .

I
C=O
I
H-C-OH
I
HO-C-H
I
H-C-OH
I
H-C-OH
I
H-C-OH
I
H

Glucosa
(una aldohexosa)

FIGURA 1 .9

I
H-C-OH
I
C=O
I
HO-C-H
I
H-C-OH
I
H-C-OH
I
H-C-OH
I
H

Fructosa
(una cetohexosa)

I
C=O
I
H-C-OH
I
H-C-OH
I
H-C-OH
I
H-C-OH
I
H

Ribosa
(una aldopentosa)

I
I
CH 2
I
H-C-OH
I
H-C-OH
I
H-C-OH
I
C=O

2-Desoxirribosa
(una aldopentosa)

Ejemplos de algunos monosacridos


de importancia biolgica

La glucosa y la fru ctosa son fuentes


importantes de energa en los an im ales y en
las plantas. La ribosa y la desoxilTibosa so n
componentes de los cidos nucleicos. Esros
monosacridos se encuentran e n la naturaleza
en forma de estructuras an ulares.

1 4

CAPTU LO U N O

Introduccin a la bioqumica

la madera y de determinadas fibras vegetales. La quitina, otro tipo de polisacrido, se


encuentra en las cubiertas protectoras exteriores de los insectos y de los crustceos.
Algunas biomolculas contienen componentes hidrocarbonados. Los nucletidos,
las estructuras fundamentales de los cidos nucleicos, contienen ribosa o desoxirribosa. Determinadas protenas contienen tambin carbohidratos. Las glucoprotenas
y los glucolpidos se encuentran en la superficie externa de las membranas celulares de los organismos multicelulares, donde desempean funciones cruciales en las
interacciones entre las clulas.
CIDOS GRASOS Los cidos grasos son cidos monocarboxlicos que en general
contienen un nmero par de tomos de carbono. En algunos organismos actan como
fuentes de energa. Los cidos grasos estn representados por la frmula qumica
R-COOH, en la que R es un grupo alquilo que contiene tomos de carbono e hidrgeno. Existen dos tipos de cidos grasos: los cidos grasos saturados, que no .
contienen dobles enlaces carbono-carbono, y los cidos grasos nsaturados, que poseen uno o varios dobles enlaces (Fig. 1.10). En condiciones fisiolgicas el grupo
carboxilo de los cidos grasos se encuentra en el estado ionizado, R-COO- . Por
ejemplo, el cido graso saturado de 16 carbonos, denominado cido palmtico, se
encuentra como palmitato, CH/CH2)1 4COO- . Aunque el grupo carboxilo cargado
tiene afinidad por el agua, las largas cadenas hidrocarbonadas no polares hacen a la
mayora de los cidos grasos insolubles en agua.
Los cidos grasos solamente se encuentran como molculas independientes
(libres) en los seres vivos en cantidades mnimas. La mayor parte se encuentra como
componente de varias clases de molculas lipdicas (Fig. 1.11). Los lpidos son un
grupo diverso de sustancias solubles en solventes orgnicos, como el cloroformo o
la acetona, e insolubles en agua. Por ejemplo, los triacilgliceroles (grasas y aceites)
son steres que contienen glicerol (un alcohol de tres carbonos con tres grupos hidroxilo) y tres cidos grasos. Determinadas molculas de lpidos semejantes a los
triacilgliceroles, que se denominan fosfoglicridos, contienen dos cidos grasos. En
estas molculas el tercer grupo hidroxilo del glicerol est acoplado con un grupo
fosfato, el cual a su vez est unido a pequeos compuestos polares como la colina.
Los fosfoglicridos son componentes estructurales importantes de las membranas
celulares.

FIGURA 1 . 10

Estructura de los cidos grasos


(a) cido graso saturado; (b) cido graso
insaturado.

cido palmtico (saturado)


(a)

cido oleico (insaturado)


(b)

FIGURA 1 . 11

Molculas Iipdicas que contienen cidos


grasos

11

(a) Triacil glicerol; (b) fosfatidilco lina, una


clase de fosfoglicrido.

CH -O-C-R

11

1 2

C-O-CH

R/
2

O
11

O
11

CH 2 -O-C-R 3

R(

CH -O-C-R

11

1 2

C-O-CH

CH -O-P-O-CH CH -N-CH
2

0(a) Triacilglicerol

CH

11

(b) Fosfatidilcolina

CH

1.3 Biomolculas

15

NUCLETIDOS y CIDOS NUCLEICOS Los nucletidos contienen tres componentes: un azcar de cinco carbonos (bien ribosa o desoxirribosa), una base nitrogenada y uno o varios grupos fosfato (Fig. 1.12). Las bases de los nucletidos son
anillos aromticos heterocclicos con varios sustituyentes. Hay dos clases de bases:
las purinas bicclicas y las pirimidinas monocclicas (Fig. 1.13).
Los nucletidos participan en una gran variedad de reacciones de biosntesis y de
generacin de energa. Por ejemplo, una proporcin sustancial de la energa que se
obtiene de las molculas de los alimentos se utiliza para formar los enlaces fosfato
de energa elevada del tri fosfato de adenosina (ATP). Los nucletidos tambin tienen

(7IGURA 1 . 12
Adenina

11

11

11

Estructura de los nucletidos


Cada nl!cl etido contiene una base nitrogenada
(en este caso, adenina), un azcar pentosa
(ribosa), y uno o varios fosfatos. Este
nucletido es el tri fosfato de adenosina.

-O-P-O-P-O-P-O-CH
1

-O

-O

-O

Ribosa

OH

OH

FIGURA 1 . 13

Bases nitrogenadas
(a) Purinas y (b) pirimidinas.

Guanina (G)

Adenina (A)
(a)

Timina (T)
(b)

Citosina (C)

Uracilo (U)

16

e A p TUL o

UNo

Introd ucc in a la bioqumica

una funcin importante como elementos moleculares fundamentales de los cidos


nucleicos. En una molcula de cido nucleico, un gran nmero de nucletidos (desde
centenares hasta millones) estn ligados por enlaces fosfodister para formar cadenas
largas de polinucletidos. Hay dos clases de cidos nucleicos: el DNA y el RNA.
DNA. El DNA es el depositario de la informacin gentica. Su estructura consta
de dos cadenas antiparalelas de polinucletidos enrolladas una alrededor de la otra
para formar una doble hlice dextrgira (Fig. 1.14). Adems de la desoxirribosa y
el fosfato , el DNA contiene cuatro clases de bases: las purinas adenina y guanina
y las pirimidinas timina y citosina. La doble hlice se forma por el apareamiento
complementario entre las bases mediante la formacin de enlaces de hidrgeno. Un
enlace de hidrgeno es una fuerza de atraccin entre un hidrgeno polarizado de un
grupo molecular y los tomos electronegativos de oxgeno o nitrgeno de grupos
moleculares alineados en la proximidad.
Cada gen est constituido por una sucesin lineal especfica y nica de bases.
Todo el conjunto de secuencias de bases del DNA de un organismo constituye su
genoma. Aunque los genes especifican la secuencia de aminocidos de los polipptidos, el DNA no interviene de form a directa en la sntesis de protenas. En cambio,
otro tipo de cido nucleico, el RNA, se usa para convertir en productos polipeptdicos
las instrucciones codificadas en el DNA.

N-H - --O

0- - - H-N

I
H

(a)

(b)

FIGURA 1 . 14
DNA
(a) Vista esquemtica del DNA. Los esqueletos de azcar-fosfato de la doble hlice estn representados por cintas coloreadas. Las bases unidas al azcar
desoxirribosa estn en el interior de la hlice. (b) Vista ampli ada de dos pares de bases. Obsrvese que las dos cadenas de DNA van en direcciones opuestas
definidas por los grupos 5' Y 3' de la desoxirribosa. Las bases en las cadenas opuestas forman pares debido a los enlaces de hidrgeno. La citosina siempre
se aparea con la guanina y la timina siempre se aparea con la adenina.

1.4 Es la clula viva una fbrica de productos qumicos?

RNA. El cido ribonucleico es un polinucletido que se diferencia del DNA en


que contiene el azcar ribosa en lugar de desoxirribosa, y la base uracilo en lugar
de timina. En el RNA, como en el DNA, los nucletidos estn unidos por enlaces
fosfodister. A diferencia de la doble hlice del DNA, el RNA es de cadena individual. Las molculas de RNA se pliegan en estructuras tridimensionales creadas
por las regiones locales de apareamiento complementario de bases. Durante el
complejo proceso de la transcripcin, el DNA bicatenario se desenrolla parcialmente y se sintetizan las molculas de RNA . Mientras el DNA bicatenario se desenrolla, una cadena sirve como molde. El apareamiento de bases complementarias
especifica la secuencia de bases nucleotdicas de la molcula de RNA. Exi sten
tres tipos principales de RNA: el RNA mensajero (mRNA), el RNA ribosomal
(rRNA) y el RNA de transferencia (tRNA). Cada secuencia o molcula individual
de mRNA posee la informacin que codifica directamente la secuencia de aminocidos de un polipptido especfico. Los ribosomas , que son estructuras supramoleculares grandes y complejas formadas por rRNA y protenas, convierten la
secuencia de bases del mRNA en la secuencia de aminocidoS.de un polipptido.
Las molcul as de RNA de transferencia actan como adaptadores durante la sntesis de protenas.
En aos recientes se han descubierto grandes cantidades de molculas de RNA
que no intervienen de forma directa en la sntesis de protenas. Estas molculas, llamadas RNA no codificadores (ncRNA), participan en una gran variedad de procesos
celulares. Entre los ejemplos se incluyen el RNA corto interferente (siRNA), el microRNA (miRNA), el RNA nuclear pequeo (snRNA) y el RNA nucleolar pequeo
(snoRNA). Los RNA cortos interferentes son componentes importantes en la interferencia del RNA , un mecanismo de defensa anti vrico. Los microRNA sincronizan
la sntesis de mRNA, y los RNA nucleares pequeos facilitan el proceso mediante el
cual las molculas precursoras de mRNA se transforman en mRNA funcional. Los
RNA nucleolares pequeos ayudan a la maduracin del RNA ribosomal durante la
formacin de los ribosomas.

1.4 ES LA CLULA VIVA UNA FBRICA


DE PRODUCTOS QUMICOS?
Las propiedades de incluso las clulas ms simples son tan notables que a menudo
se ha dicho que la clula es una fbrica de productos qumicos. De hecho, como
las fbricas, los organismos adquieren de su ambiente materias primas, energa e
informacin. Manufacturan componentes y liberan de regreso al ambiente productos de desecho y calor. Sin embargo, para que esta analoga fuera completa, las
fbricas hechas por el ser humano deberan no slo manufacturar y reparar todos
sus componentes estructurales y funcionales, sino tambin construir todas las mquinas que generan estos componentes, y clonarse a s mismas, es decir, producir
nuevas fbricas. Se ha creado el trmino autopoyesis para describir las notables
propiedades de los seres vivos. Desde este punto de vista, cada organismo se considera un sistema autopoytico, es decir, una entidad autnoma, autoorganizada
y autosustentable. La vida surge de una red autorregulada de miles de reacciones
bioqumicas.
El flujo constante de energa y nutrimentos a travs de los organismos y las propiedades funcionales de miles de biomolculas catalticas llamadas enzimas hace
posible el proceso del metabolismo. Las funciones primarias del metabolismo son:
(l) la adquisicin y utilizacin de energa, (2) la sntesis de molculas necesarias
para la estructura y el funcionamiento de las clulas (i.e. , protenas, carbohidratos,
lpidos y cidos nucleicos), (3) el crecimiento y desarrollo, y (4) la eliminacin de los
productos de desecho. Los procesos metablicos requieren cantidades significativas
de energa til. Esta seccin comienza con una revisin de las principales clases de
reacciones qumicas y las caractersticas esenciales de las estrategias que generan
energa que se observan en los seres vivos . Ms adelante se describen con brevedad
los procesos metablicos y los medios por los cuales los seres vivos mantienen sistemas ordenados.

17

La mayora de las molculas de los seres


vivos son orgnicas. Las propiedades
qumicas de las molculas org nicas
estn determinadas por las disposiciones
especficas de los tomos, que se denom inan
grupos funcionales.
Las clulas contienen cuatro familias de
molculas pequeas: aminocidos, azcares,
c idos grasos y nucletidos.
Las protenas, los polisacridos y los cidos
nucleicos son biopolmeros formados
por aminocidos, azcares y nucl etidos,
respectivamente.

CAPTU LO U N O

Introduccin a la bioqumica

Reacciones bioqumicas
A primera vista las miles de reacciones que tienen lugar en las clulas parecen ser
bastante complejas. Sin embargo, numerosas caractersticas del metabolismo nos
permiten simplificar en gran medida esta percepcin:
1. Aunque el nmero de reacciones es muy grande, el nmero de clases de reacciones es relativamente pequeo.

2. Las reacciones bioqumicas tienen mecanismos sencillos propios de las reacciones orgnicas.
3. Son relativamente pocas las reacciones de importancia central en bioqumica
(Le., aquellas que se utilizan en la produccin de energa y en la sntesis y
degradacin de los principales componentes celulares).
Entre las clases de reaccin ms comunes en los procesos bioqumicos se encuentran las siguientes: sustitucin nucleoflica, eliminacin, adicin, isomerizacin,
oxidacin-reduccin. Cada una se describir de forma breve.
REACCIONES DE SUSTITUCiN NUCLEOFUCA En las reacciones de sustitucin nucleofilica, como sugiere el nombre, se sustituye un tomo o grupo por
otro:

~
(\
+ S-X

A-S

A:

X:

En la reaccin general mostrada, la especie atacante (A) se denomina nuclefilo


("amante del ncleo"). Los nuclefilos son aniones (tomos o grupos con carga negativa) o especies neutras que poseen pares electrnicos no enlazantes. Los electrfilos
("amantes de los electrones") son deficitarios en densidad electrnica y, por lo tanto,
son atacados con facilidad por un nuclefilo. Al formarse un enlace nuevo entre A y
B, se rompe el viejo entre B y X. El nuclefilo que sale (en este caso X), denominado
grupo saliente, se lleva su par de electrones.
Un ejemplo importante de sustitucin nucleoflica es la reaccin de la glucosa
con el ATP (Fig. 1.15). En esta reaccin, que es el primer paso en la utilizacin de la
FIGURA 1.15

Ejemplo de sustitucin nucleofilica


En la reaccin de la glucosa con el ATP, el
oxgeno del hidroxilo de la glucosa es el
nuclefilo. El tomo de fsforo (el electrfilo)
es polarizado por ~l oxgeno enlazado, de
forma que lleva una carga positiva parcial. Al
producirse la reaccin, el par de electrones
sin compartir del CHpH del azcar ataca al
fsforo , dando lugar a la expulsin del ADP, el
grupo sal iente.

Trifosfato de adenosina

Glucosa

OH

OH

CH20P~~ -

OH

HO

OH

-O

-O

-0-1-0-1-0-C~2
O

OH

Glucosa-6-fosfato

Difosfato de adenosina
OH

OH

1.4 Es la clula viva una fbrica de produ ctos qumicos?

FIGURA 1 . 16

"'O/

Reaccin de hidrlisis
La hidrli sis del ATP se uti liza para impulsar
una sorprenden te diversidad de reacc io nes
bioqumicas que requieren energa.

w
)

-O-P-O-P-O-P-O-CH
1

-O

-O

-O

Trifosfato de adenosina
OH

11

11

-O

-O

OH

- O-P-O-P-O - CH

11

- O-P-O-H

Energa

-O

Difosfato de adenosina

Fosfato inorgnico
OH

OH

glucosa como fuen te de energa, el oxgeno del grupo hidroxilo del carbono seis de
la molcula de azcar es el nucIefilo, y el fsforo el electrfi lo. El grupo saliente es
el difosfato de adenosina.
Las reacciones de hidrlisis son eventos de sustitucin nucIeoflica en los cuales
el oxgeno de una molcula de agua es el nucIefilo. El electrfi lo suele ser el carbono del grupo carbonilo de un ster, de una amida o de un anhdrido. (Un anhdrido es
una molcula que contiene dos grupos carboni lo unidos por un tomo de oxgeno.)

R-C-O-R '

R- C -OH

11
O

R' OH

11

La digestin de muchas molculas alimenticias implica una hidrlisis. Por ejemplo,


las protenas se degradan en el estmago en una reaccin catalizada por cido. Otro
ejemplo importante es la frag mentacin de los enlaces de fosfato del ATP (Fig. 1.1 6).
La energa que se obtiene durante esta reaccin se utiliza para impulsar muchos procesos celulares.
REACCIONES DE ELIMINACIN En las reacciones de eliminacin se forma
un doble en lace cuando se eliminan tomos de una molcula.
H

H-C-C-H

19

----.

H-C=C-H

20

CAPTULO UNO

Introduccin a la bioqumica

La remocin de agua (H 20) de las biomolculas que contienen grupos fu ncionales alcohol es una reaccin comn. Un ejemplo sobresaliente de esta reaccin es
la deshidratacin del 2-fosfoglicerato, un paso importante en el metabolismo de los
carbohidratos (Fig. 1.17). Otros productos de las reacciones de eliminacin son el
amoniaco (NH 3 ), las aminas (RNH 2) y los alcoholes (ROH).
REACCIONES DE ADICiN En las reacciones de adicin se combinan dos molculas para formar un solo producto.

A-B

H-C=C-H

H-C-C-H
1

La hidratacin es una de las reacciones de adicin ms comunes. Cuando se


aade agua a un alqueno se produce un alcohol. Un ejemplo caracterstico es la hidratacin del intermediario metablico fumarato para formar malato (Fig. 1.18).
REACCIONES DE ISOMERIZACIN En las reacciones de isomerizacin los
tomos o los grupos experimentan cambios intramoleculares. Una de las isomerizaciones bioqumicas ms comunes es la conversin recproca entre las aldosas y las
cetosas (Fig. 1.19).

COO-

FIGURA 1 . 17
Reaccin de eliminacin

COO-

11

H-C-O-P-O-

Cuando se deshidrata el 2-fosfoglicerato se


forma un doble enlace.

11

C-O-P-O11

H-C

H-C-OH 01

0-

Fosfoenolpiruvato

2-Fosfoglicerato

FIGURA 1 . 18

Reaccin de adicin

11

c-o-

11

Cuando se aade agua a una molcula que


contiene un doble enlace, como el fumarato, se
produce un alcohol.

"-/

c-o-

..

11

HO-C-H
1

H-C-H

/
C

"H

,,?"\

c-o-

0-

11

Malato

Fumarato

FIGURA 1 . 19
Reaccin de isomerizacin
Una clase de reaccin bioqumica que se
observa con frecuencia es la interconversin
reversible de los ismeros de aldosa y cetosa.

H
1

R-C-C-H
1

11

..

R-C-C-H
11

Aldosa

Cetosa

1.4 Es la clula viva una fbrica de productos qumicos?

21

REACCIONES DE OXIDACiN-REDUCCiN Las reacciones de oxidacinreduccin (tambin denominadas reacciones redox) OCUlTen cuando hay una transferencia de electrones de un donador (denominado agente reductor) a un aceptor
(denominado agente oxidante) . Cuando los agentes reductores donan sus electrones,
quedan oxidados. Al aceptar electrones, los agentes oxidantes quedan reducidos.
Los dos procesos siempre suceden de forma simultnea.
No siempre es fcil determinar si las biomolculas han ganado o perdido electrones. Sin embargo, pueden utilizarse dos reglas sencillas para averiguar si una
molcula ha sido oxidada o reducida:
1. Se produce una oxidacin cuando un tomo de carbono gana oxgeno o pierde
hidrgeno:

Alcohol etlico

cido actico

2. Se produce una reduccin cuando un tomo de carbono pierde oxgeno o gana


hidrgeno:

CONCEPTO CLAVE
cido actico

Alcohol etlico

En las reacciones biolgicas redox, los electrones se transfieren a aceptores de electrones como el nucletido NAD +/NADH (dinucletido de nicotinamida y adenina en
su forma oxidada/reducida).

Energa
La energa se define como la capacidad para realizar un trabajo, es decir, mover la
materia. A diferencia de las mquinas fabricadas por el hombre, que generan y utilizan la energa en condiciones severas como altas temperaturas, presiones elevadas
y corrientes elctricas, las mquinas moleculares relativamente frgiles de los seres
vivos deben utilizar mecanismos ms sutiles. Las clulas generan la mayora de su
energa utilizando reacciones redox en las que se transfieren electrones desde una
molcula oxidable hasta una molcula con deficiencia de electrones. En estas reacciones, los electrones con frecuencia se eliminan o aaden en forma de tomos de
hidrgeno (H-) o iones hidruro (H:-). Cuanto ms reducida est una molcula (es
decir, cuantos ms tomos de hidrgeno posee), ms energa contiene. Por ejemplo,
los cidos grasos contienen en proporcin ms tomos de hidrgeno que los azcares
y, por lo tanto, producen con la oxidacin ms energa. Cuando se oxidan los cidos
grasos y los azcares, sus tomos de hidrgeno se eliminan por las coenzimas redox
FAD (dinucletido de flavina y adenina) o NAD+ , respectivamente. (Las coenzimas
son molculas pequeas que operan asociadas con las enzimas y sirven como transportadoras de grupos moleculares pequeos o, en este caso, electrones.) Los productos reducidos de este proceso (FADH? o NADH, respectivamente) pueden luego
transferir los electrones a otro aceptor. Siempre que se transfiere un electrn se pierde energa. Las clulas poseen mecanismos complejos para explotar este fenmeno, de tal forma que parte de la energa
liberada puede capturarse para ser utilizada en el trabajo celular. La caracterstica
ms destacada de la generacin de energa en la mayora de las clulas es la va de
transporte electrnico, una serie de molculas transportadoras de electrones conectadas e insertadas en la membrana. Durante un proceso regulado, se libera la energa
al transferirse los electrones de una molcula transportadora de electrones a otra.
Durante varias de estas reacciones redox, la energa que se libera es suficiente para
promover la sntesis de ATP, la molcula transportadora de energa que suministra de
forma directa la energa que se utiliza para sustentar las funciones y las estructuras
celulares altamente organizadas.
A pesar de sus numerosas semejanzas, los grupos de seres vivos difieren en las estrategias precisas que emplean para adquirir energa de su ambiente. Los auttrofos
son organismos que transforman la energa del Solo de diversas sustancias qumicas

Las clases de reacciones ms comunes que se


encuentran en los procesos bioqumicos son
la sustitucin nucleoflica, la eliminacin, la
adicin, la isomerizacin y la oxidacin-reduccin.

22

CA P TU LO U N O

Introduccin a la bioqumica

-,CO
-=-cN"'-C"-.:=E--P_T-=O--=C-=LAcceVc..E
:'-----_)v '"

~,

En los seres vivos la energa, la capacidad


para mover la materia, norm almente se genera
mediante reacciones redox .

en energa de enlaces qumicos; se les denomina, respectivamente, fotoauttrofos


y quimioauttrofos. Los hetertrofos obtienen energa degradando molculas de
alimento ya formadas por otros organismos. Los quimiohetertrofos utilizan
molculas alimenticias preformadas como nica fuente de energa. Algunos organismos procariotas y un pequeo nmero de vegetales (p. ej., Sarracenia alata, la cual
digiere los insectos capturados) son fotohetertrofos, es decir, utilizan como fuentes
de energa tanto la luz como las biomolculas orgnicas.
Como ya se dijo, la fuente principal de energa que utiliza la mayora de las formas de vida en la Tierra es el Sol. Los organismos fotosintticos como los vegetales,
determinados organismos procariotas y las algas, captan energa lumnica y la utilizan para transformar el dixido de carbono (C0 2) en azcares y en otras biomolculas. Las especies quimitrofas obtienen la energa necesaria para incorporar al CO 2
en biomolculas oxidando sustancias inorgnicas como sulfuro de hidrgeno (H,S),
nitrito (N0 2 - ) o hidrgeno gaseoso (H 2) . La biomasa producida en ambos tipos de
procesos es consumida a su vez por hetertrofos que la usan como fuente de energa
y de materiales estructurales. En cada paso, al reordenarse los enlaces moleculares,
parte de la energa se captura y utiliza para sustentar las complejas estructuras y las
actividades del organismo. Por ltimo la energa se desorganiza y se libera en forma
de calor. Las vas metablicas por medio de las cuales los seres vivos generan y utilizan la energa se describen con brevedad en la seccin "Generalidades del metabolismo". Las descripciones de los mecanismos bsicos mediante los cuales se mantiene
el orden celular constituyen la seccin "Orden biolgico".

Generalidades del metabolismo


El metabolismo es la suma de todas las reacciones catalizadas por enzimas de un ser
vivo. Muchas de estas reacciones estn organizadas en vas (Fig. 1.20) en las cuales
una molcula reactante inicial se modifica a travs de una secuencia gradual en un
producto que puede utilizar la clula para un fin especfico. Por ejemplo, la glucli sis, la va generadora de energa que degrada al azcar de seis carbonos glucosa,
est constituida por 10 reacciones. Todos los procesos metablicos de un organismo
individual constan de un vasto patrn de reacciones bioqumicas interconectadas en
forma de red. Existen tres clases de vas bioqumicas: las metablicas, las de transferencia de energa y las de transduccin de seales.

o
FIGURA 1 . 20

Una va bioqumica
En esta va bioqumica de tres pasos la
biomolcula A es convertida en la biomolcula
D e n tres reacci ones suces ivas. Cada reaccin
es catalizada por una en zima especfica (E).

VAS METABLICAS Existen dos tipos de vas metablicas: las anablicas y las
catablicas. En las vas anablicas o biosintticas, se sintetizan grandes molculas
complejas a partir de precursores ms pequeos. Las molculas estructurales bsicas
(p. ej., los aminocidos, los azcares y los cidos grasos), producidas por el organismo o adquiridas de los alimentos , se incorporan en molculas ms grandes y complejas. Dado que la biosntesis aumenta el orden y la complejidad, las vas anablicas
requieren un aporte de energa. Entre los procesos anablicos se incluyen la sntesis
de polisacridos y de protenas a pmtir de azcares y de aminocidos, en dicho orden.
En las vas catablicas se degradan molculas grandes complejas a productos ms
pequeos y sencillos. Algunas vas catablicas liberan energa. Una fraccin de esta
energa se captura y se utiliza para llevar a cabo reacciones anablicas.
En la Figura 1.21 se explica la relacin entre los procesos anablicos y catablicos. Al degradarse las molculas de los nutrientes, la energa y el poder reductor (los
electrones de alta energa) se conservan en las molculas de ATP y de NADH, respectivamente. Los procesos de biosntesis utilizan metabolitos del catabolismo, as como
ATP y NADPH (fosfato de dinucletido de nicotinamida y adenina reducido, una
fuente de poder reductor) sintetizados, para crear estructuras y funciones complejas.
VAS DE TRANSFERENCIA DE ENERGA Las vas de transferencia de energa
la capturan y la convierten en formas que los organismos pueden usar para lIevm' a cabo
procesos biomoleculares. Un ejemplo prominente es la absorcin de energa lumnica
por las molculas de clorofila y las reacciones redox liberadoras de energa requeridas para esta conversin a energa de enlaces qunucos en una molcula de azcar.
TRANSDUCCIN DE SEALES Las vas de transduccin de seales permiten
a las clulas recibir seales de sus alrededores y responder a ellas. El mecanismo de

1.4 Es la clula viva una fbrica de productos qumicos?

23

Mantenimiento
y crecimiento

FIGURA 1 . 21

Anabolismo y catabolismo
En los organismos que utili zan oxgeno para generar energa, las vas catablicas transforman los nutrientes
en molculas pequeas que son materiales de partida. La energa (ATP) y el poder reductor (NADPH)
que impulsan las reacciones de biosntesis se generan durante los procesos catablicos al convertirse
determinadas molculas nutrientes en productos de desecho como el dixido de carbono y el agua.

transduccin de seales consta de tres fases: recepcin, transduccin y respuesta.


En la fase inicial o de recepcin , una molcula seal como una hormona o un nutrimento se une a una protena receptora. Esta unin inicia la fase de transduccin, una
cascada de reacciones intracelulares que desencadena la respuesta de la clula a la
seal original. Por ejemplo, la glucosa se une a su receptor en las clulas pancreticas
secretoras de insulina, con lo cual sta se libera en la sangre. Con mayor frecuencia,
dichas respuestas consisten en aumento o disminucin de la actividad de enzimas ya
existentes o en la sntesis de nuevas molculas enzimticas.

Orden biolgico
La unidad coherente que se observa en todos los seres vivos implica la integracin
funcional de millones de molculas. En otras palabras, la vida es una complejidad
muy organizada. A pesar de la abundante diversidad de procesos vivos que contribuyen a generar y mantener el orden biolgico, la mayora puede clasificarse en las
siguientes categoras: (1) sntesis y degradacin de biomolculas, (2) transporte de
iones y de molculas a travs de las membranas celulares, (3) produccin de fuerza
y de movimiento, y (4) eliminacin de desechos metablicos y de otras sustancias
txicas. Cada una se considerar de forma breve.
SNTESIS DE BIOMOLCULAS Los componentes celulares se sintetizan en un
enorme conjunto de reacciones qumicas , muchas de las cuales requieren energa;
sta es aportada de manera directa o indirecta por molculas de ATP. Las molculas
que se forman en las reacciones de biosntesis realizan numerosas funciones. Pueden
ensamblarse en estructuras supramoleculares (p. ej., las protenas y los lpidos que
constituyen las membranas), funcionar como molculas de informacin (p. ej. , el
DNA y el RNA) , o catalizar reacciones qumicas (Le., las enzimas).
TRANSPORTE A TRAVS DE LAS MEMBRANAS Las membranas celulares
regulan el paso de iones y de molculas de un compartimiento a otro. Por ejemplo,
la membrana plasmtica (la membrana externa de las clulas animales) es una barrera selectiva. Es responsable del transporte de determinadas sustancias, como los
nutrientes provenientes de un entorno relativamente desorganizado al interior celular,
ms ordenado. De manera semejante se transportan los iones y las molculas hacia
adentro y hacia afuera de los organelos durante los procesos bioqumicos. Por ejemplo, los cidos grasos se transportan al interior de un organelo denominado mitocondria para que puedan degradarse y generar energa.

CONCEPTOS CLAVE
El metabolismo es la suma de todas las
reacciones catalizadas por enzimas en un ser
vivo.
Existen tres clases de vas bioqumicas:
metablica (anablica y catablica), de
transferencia de energa y de transduccin
de seales.

24

CAPTULO UNO

Introduccin a la bioqumica

MOVIMIENTO CELULAR Una de las caractersticas ms notorias de los seres vivos es el movimiento organizado. Las actividades complejas y coordinadas que se requieren para mantener la vida necesitan del movimiento de los componentes celulares.
Algunos ejemplos en las clulas eucariotas son la divisin celular y el movimiento de los
organelos. Ambos procesos dependen en gran medida de la estructura y la funcin de una
red compleja de filamentos protenicos conocida como citoesqueleto. Las formas de
movimiento celular influyen en gran medida sobre la capacidad de todos los organismos
para crecer, reproducirse y competir por recursos limitados. Entre los ejemplos, considrese el movimiento de los protistas en su bsqueda de alimento en una charca, o la
migracin de los leucocitos humanos en su persecucin de clulas extraas durante una
infeccin. Otros ejemplos ms sutiles son el movimiento de enzimas especficas a lo
largo de una molcula de DNA durante la replicacin cromosmica que precede a la
divisin celular y la secrecin de insulina por determinadas clulas pancreticas.

_CO.=. cN,-,-C~E,-,-P-TO
-,- -=--=-C=LA-,-,V--E",_

)?~' ~ ::

En los seres vivos, los procesos de complejidad


altamente ordenada son mantenidos por un
aporte constante de energa.

ELIMINACiN DE RESIDUOS Todas las clulas vivas producen desechos. Por


ejemplo, las clulas animales convielten, en ltima instancia, las molculas del alimento,
como los azcares y los aminocidos, en CO 2, H20 y NH 3. Estas molculas, si no se
eliminan de forma adecuada, pueden ser txicas. Algunas sustancias se eliminan con
facilidad. Por ejemplo, en los animales, el CO o se difunde hacia afuera de las clulas y
(tras una conversin breve y reversible a bicarbonato por los eritrocitos) es rpidamente
exhalado a travs del sistema respiratorio. El exceso de H20 se excreta a travs de los
riones. Sin embargo, otras molculas son tan txicas, que se han diseado mecanismos
complejos para llevar a cabo su eliminacin. El ciclo de la urea (que se describe en el
Captulo 15) es un mecanismo para convertir al amoniaco libre y al exceso de nitrgeno
de grupos amino en urea, una molcula menos txica. La molcula de urea se elimina entonces del cuerpo a travs de los riones como un componente importante de la Olina.
Las clulas contienen tambin una gran variedad de molculas orgnicas complejas que deben eliminarse. Las clulas vegetales resuelven este problema transportando estas molculas a una vacuola, donde se degradan o se almacenan. Sin embargo,
los animales deben utilizar mecanismos de eliminacin que dependen de la hidrosolubilidad (p. ej., la formacin de orina por el rin). Las sustancias hidrfobas como
las hormonas esteroideas, que no pueden degradarse a molculas ms sencillas, se
convierten en derivados hidrosolubles a travs de una serie de reacciones. Este mecanismo tambin se utiliza para solubilizar algunas molculas orgnicas como los
frmacos y los contaminantes ambientales.

1.5 BIOLOGA DE SISTEMAS


El descubrimiento de la informacin que se present en las generalidades de los procesos bioqumicos que el lector acaba de estudiar fue posible gracias a un mtodo
de investigacin basado en el reduccionismo, una poderosa estrategia mecanicista
en la cual un "todo" viviente complejo se estudia "reducindolo" a las partes que
lo componen. Cada parte individual se subdivide a su vez, de modo que sea posible
determinar las propiedades qumicas y fsicas de sus molculas y las conexiones entre
ellas. La mayor parte de los logros de las ciencias biolgicas modernas habran sido
imposibles sin la filosofa del reduccionismo. Sin embargo, este ltimo tiene sus limitaciones. La ms notable es la suposicin de que el conocimiento detallado de todas
las propiedades de las partes en ltima instancia permitir una comprensin completa
del funcionamiento del todo . A pesar de intensos esfuerzos, una comprensin coherente de los procesos dinmicos de la vida sigue escapando de los investigadores.
En los decenios recientes se ha utilizado un nuevo enfoque llamado biologa de
sistemas para lograr un entendimiento ms profundo de los organismos vivos. Con
base en los principios de ingeniera desarrollados originalmente para construir aviones de propulsin a chorro Uets), la biologa de sistemas considera los organismos
vivos como sistemas integrados. Cada sistema permite realizar determinadas funciones. En un animal, uno de tales sistemas es el aparato digestivo, que consiste en un
grupo de rganos con la tarea de descomponer el alimento en molculas que puedan
ser absorbidas por las clulas del cuerpo.
Aunque los sistemas diseados por el ser humano y los sistemas vivos son muy
si milares en algunos aspectos, son significativamente distintos en otros. La diferencia ms importante es el tema del diseo. Cuando los ingenieros planean un sistema

1.5 Biologa de sistemas

mecnico o elctrico complejo, cada componente es creado para realizar una funcin
precisa, y no existen interacciones innecesarias o imprevistas entre componentes de la
red. Por ejemplo, los cables elctricos individuales en el cableado que controlan una
aeronave estn aislados para prevenir daos por cortocircuitos. En contraste, los
sistemas biolgicos han evolucionado por ensayo y enor en el transcurso de varios miles de millones de aos. La evolucin, que es la adaptacin de poblaciones de seres
vivos en respuesta a las presiones de la seleccin natural, es posible gracias a la capacidad de generar diversidad gentica a travs de distintas formas de mutacin, duplicaciones gnicas o adquisicin de nuevos genes procedentes de otros organismos. Los
componentes de los seres vivos, a diferencia de las partes diseadas por ingeniera, no
tienen funciones fijas, y se permite la superposicin de funciones. Los sistemas vivos
se han hecho cada vez ms complejos, debido en parte a que son inevitables las interacciones entre componentes establecidos del sistema y nuevas pates potencialmente
tiles (p. ej., resultantes de duplicaciones gnicas seguidas de mutaciones).
El enfoque de sistemas reviste especial utilidad debido a que la mente humana es
incapaz de analiza los cientos de reacciones bioqumicas que ocurren al mismo tiempo en un organismo. Para abordar este problema, los bilogos de sistemas han inventado modelos matemticos y programas de computadora a fin de realizar deducciones
a paItir de las vas de reaccin bioqumicas y comprender cmo operan estos procesos
en el tiempo y en condiciones variables. El xito de estos modelos depende de enormes series de datos con informacin exacta acerca de las concentraciones celulares de
biomolculas y de las velocidades de las reacciones bioqumicas que ocurren en las
clulas vivas en funcionamiento. Aunque estas series de datos son incompletas, este
mtodo analtico ha tenido algunos xitos notables. La tecnologa necesaria para identificar y cuantificar biomolculas de todos los tipos sigue depurndose. Los bilogos
de sistemas han identificado tres principios centrales que sustentan las complejas y diversas vas bioqumicas descritas en este libro: surgimiento, robustez y modularidad.

Emergencia
Se ha descubierto que no siempre es posible comprender el comportamiento de los
sistemas complejos a paItir del conocimiento de las propiedades de las prutes que
los constituyen. En cada nivel de organizacin del sistema surgen nuevas propiedades no
previstas a paItir de interacciones entre las paItes. Por ejemplo, la hemoglobina (la protena que transporta oxgeno en la sangre) requiere de hierro ferroso (Fe 2+) para funcionar.
Si bien el hierro se oxida con facilidad en el mundo inanimado, en la hemoglobina no
suele oxidarse aunque se una de fonna directa al oxgeno durante el proceso de transpOlte. Los aminocidos que revisten el sitio de unin a hielTo protegen el Fe2 + contra la
oxidacin. La proteccin del hieno ferroso en la hemoglobina es una propiedad emergente, es decir, una propiedad conferida por la complejidad y la dinmica del sistema.

Robustez
Los sistemas que permanecen estables a pesar de diversas perturbaciones se describen como robustos. Por ejemplo, los sistemas de piloto automtico en los aviones
mantienen una trayectoria de vuelo designada a pesar de fluctuaciones esperadas
en condiciones como rapidez del viento o las funciones mecnicas del avin. Todos
los sistemas robustos son complejos por necesidad, debido a que para la prevencin
de fallas se requiere un conjunto integrado de mecanismos automticos a prueba de
fallos . Las propiedades de robustez (a prueba de fallos) de los sistemas mecnicos
creados por el ser humano se generan por redundancia, el uso de partes duplicadas
(p. ej., los generadores elctricos de reserva en un aeroplano). Aunque el diseo de
los organismos no incluye algunas partes redundantes, las propiedades de robustez
de los sistemas vivos son en gran medida el resultado de la degeneracin, o sea,
la capacidad de partes distintas en cuanto a su estructura para realizar las mismas
funciones u otras equivalentes. El cdigo gentico es un ejemplo sencillo y bien
conocido. De las 64 secuencias de tres bases (llamadas codones) que son posibles en
una molcula de mRNA, 61 tripletes de bases codifican 20 aminocidos durante la
sntesis de protenas. Dado que la mayora de los aminocidos tienen ms de un codn,
la degeneracin del cdigo constituye una medida de proteccin contra mutaciones
por sustituciones de bases.

25

26

CAPTULO UNO

Introduccin a la bioquimica

FIGURA 1 . 22

(-)

Mecanismos de retroalimentacin

(+)

(+)

(a) Retroalimentacin negativa. Conforme


se acumulan molculas del producto , se unen
a una enzima de la va e inhiben su actividad.
El resultado es un decremento en la generacin
del producto. (b) Retroalimentacin
positiva. Conforme se acumulan molculas
del producto, estimulan una enzima de la va,
con lo que inducen una mayor velocidad de
sntesis del producto.

o
D

D D

(a)

CONCEPTOS CLAVE
La biologa de sistemas representa un
esfuerzo por revelar las propi edades
funcionales de los seres vivos al desarrollar
modelos matemticos de las interacciones
biolgicas a partir de conjuntos de datos
di sponibles.
El enfoque de sistemas ha proporcionado
indicios sobre la emergenci a, la robustez y la
modularidad de los seres vivos.

(b)

Los sistemas robustos tienen elaborados mecanismos de control. En los seres vivos el tipo ms comn es el control por retroalimentacin (Fig. 1.22), un mecanismo de autorregulacin en el cual el producto de un proceso acta modificando el
proceso, ya sea de manera negativa o positiva. En la retroalimentacin negativa, la
ms comn, un producto que se acumula desacelera su propia produccin. Muchas
vas bioqumicas son reguladas por retroalimentacin negativa. De manera tpica, un
producto en una va inhibe una enzima cerca del comienzo de la va. En el control
por retroalimentacin positiva, un producto incrementa su propia produccin. Esta
forma de control se encuentra con menos frecuencia en los seres vivos porque tal
mecanismo es potencialmente desestabilizador. Si no se controla de manera cuidadosa, el efecto amplificador de un ciclo de retroalimentacin positiva puede causar el
colapso del sistema. Por ejemplo, en la coagulacin sangunea el tapn de plaquetas
que sella un vaso sanguneo daado no se expande de forma continua, porque clulas
adyacentes no daadas en el vaso liberan inhibidores.
Los sistemas de control de salvaguarda, tanto en sistemas artificiales como en
organismos, son costosos. Restricciones como la de disponibilidad de energa hacen necesario establecer prioridades en la asignacin de recursos. En consecuencia,
los sistemas suelen estar protegidos contra cambios ambientales comunes, pero son
vulnerables a sucesos dainos poco frecuentes o extraos. Esta vulnerabilidad, que
recibe el nombre de fragilidad, es una caracterstica inevitable de los sistemas robustos. El cncer, un grupo de enfermedades en las cuales se pierde el control del ciclo
celular, ejemplifica la naturaleza "robusta pero frgil" de los sistemas robustos. A pesar de los intrincados controles de la divisin celular en los animales, las mutaciones
en slo unos pocos de los genes que codifican protenas reguladoras pueden causar la
proliferacin sin control de la clula afectada.

Modularidad
Los sistemas complejos estn constituidos por mdulos, que son componentes o
subsistemas con funciones especficas. Los seres vivos utilizan mdulos porque se
ensamblan, reordenan, reparan y eliminan con facilidad cuando es necesario. Aunque a menudo es posible aislar los mdulos (p. ej ., las enzimas extradas de clulas
en el laboratorio) con algunas o incluso la mayora de sus propiedades funcionales,
su funcionamiento slo es significativo dentro del contexto del sistema al que pertenecen. En los seres vivos, la modularidad existe en todos los niveles del sistema.
En el interior de una clula algunos ejemplos son los aminocidos, las protenas y
las vas bioqumicas. La modularidad es en especial importante porque proporciona
la capacidad de limitar un dao a componentes que pueden retirarse y sustituirse
con facilidad . Por ejemplo, las clulas poseen mecanismos para detectar la presencia
de una protena daada y entonces destruirla y sintetizar otra nueva. Las relaciones
funcionales entre mdulos en un sistema se manejan por medio de protocolos, o
conjuntos de reglas que especifican si los mdulos interactuarn y de qu manera.
El mecanismo regulador que controla la sntesis de una protena especfica es un
ejemplo de un protocolo.

Resumen del captulo 2 7

MTODOS

BIOQuMICOS

Introducin
as tecnologas bioqumicas aprovechan las propiedades qumicas y fsicas de las biomolculas: reactividad qumica,
tamao, solubilidad, carga elctrica neta, movimiento en
un campo elctrico y absorcin de radiacin electromagntica.
A medida que la investigacin en ciencias biolgicas se ha hecho ms compleja, los cientficos han proporcionado una imagen
cada vez ms coherente del estado vivo. El Proyecto del Genoma
Humano fue un acontecimiento trascendental en este proceso. El
objetivo de este esfuerzo de investigacin internaconal, iniciado a finales del decenio de 1980, era determinar la secuencia de
nucletidos del DNA humano. El desarrollo subsiguiente dela
tecnologa de secuenciacin automatizada del DNA revolucion
la investigacin en las ciencias biolgicas porque proporcion a
los cientficos un medio de "alto rendimiento" (i.e., rpido, de
alto volumen y relativamente econmico) para investigar la informacin de los genomas, un campo ahora llamado genmica.
La genmica ha sido til en particular para la investigacin
mdica. Una gran cantidad de enfelmedades del ser humano se
ha vinculado con errores en una o ms secuencias de genes o
con la regulacin defectuosa de la expresin gnica. Entre los
primeros beneficios de este trabajo estn el desarrollo de pruebas
rpidas y confiables para identificar la predisposicin a condiciones patolgicas como fibrosis qustica, cncer de mama y algunas hepatopatas . Numerosas tecnologas de desarrollo reciente
han creado nuevas oportunidades para investigar las bases mo-

leculares de las enfermedades. Por ejemplo, los microchips de


DNA (miles de molculas de DNA dispuestas en una superficie
slida) se usan hoy de manera sistemtica para monitorizar la
expresin gnica de las clulas. Tambin es posible analizar a
protenas rpidamente con una combinacin de electroforesis en
gel y espectrometra de masa. Entre los nuevos campos creados
por los mtodos de alto rendimiento estn la genmica funcional (la investigacin de los patrones de expresin gnica) y la
protemica (el estudio de los patrones de sntesis protenica y de
las interacciones entre protenas) . La ciencia de la bioinformtica es el campo automatizado q~le facilita el anlisis de las masivas cantidades de datos de secuencias de aminocidos y cidos
nucleicos que se generan.
A menudo, en el pasado los bioqumicos y otros cientficos se
beneficiaban unos del trabajo de los otros. Por ejemplo, ciertas
tecnologas creadas por los fsicos, como la difraccin de rayos
X, la microscopia electrnica y el marcaje con radioistopos
hicieron posibles las investigaciones sobre estructura biomolecular. En aos recientes, las ciencias biolgicas tambin se han
beneficiado de los servicios de cientficos de la computacin,
matemticos e ingenieros. Conforme la base de conocimientos
biolgicos se ha expandido, se ha hecho cada vez ms evidente
que los avances futuros en las ciencias biolgicas y en la investigacin mdica requerirn de los esfuerzos de equipos multidisciplinarios de cientficos.

Resumen del captulo


l. La bioqumica se puede definir como el estudio de las bases
moleculares de la vida. Los bioqumicos han contribuido
a los siguientes conocimientos sobre la vida: (1) la vida es
compleja y dinmica, (2) la vida est organizada y se sustenta
de fonna autnoma, (3) la vida es celular, (4) la vida se basa
en la informacin y (5) la vida se adapta y evoluciona.
2. Las pruebas moleculares con respecto a las relaciones evolutivas de las especies vivas son lo suficientemente convincentes,
por lo que muchos cientficos clasifican en la actualidad a los
se res vivos en tres dominios: bacterias, archaea y eucariotas.
3. Todo lo vivo est formado por clulas procariotas o clulas
eucariotas. Las procariotas, que comprenden las bacterias y
las archaea, carecen de un organelo rodeado por membrana
denominado ncleo. Las eucariotas son todas las especies
restantes. Estas clulas contienen un ncleo y estructuras
complejas que no se observan en las procariotas.
4. Muchos organismos eucariotas son multicelulares. Los
organismos multicelulares poseen varias ventajas sobre los
unicelulares. Entre ellas se encuentran la provisin de un ambiente relativamente estable para la mayora de las clulas del
organismo, la capacidad de mayor complejidad en la forma
del organismo y en su funcin, y la capacidad para explotar
los recursos ambientales con mayor eficacia de lo que pueden
hacerlo los organismos unicelulares individuales.
5. Las clulas animales y vegetales contienen miles de molculas
distintas. El agua constituye entre el 50 y el 90% del con te-

6.

7.

8.

9.

nido en peso de una clula, y iones como el Na +, el K+ y el


Ca2 + pueden representar otro 1%. Casi todas las otras clases
de biomolculas son orgnicas.
Muchas de las biomolculas que se encuentran en las
clulas son relativamente pequeas, con pesos moleculares
inferiores a LOOO D. Las clulas contienen cuatro famiLias de
moLculas pequeas: aminocidos, azcares, cidos grasos y
nucletidos.
Todos los procesos vitaLes consisten en reacciones qumicas
catalizadas por enzimas. Entre las clases de reacciones ms
habituales en los procesos bioqumicos estn : la sustitucin
nuclefila, la eliminacin, la adicin, la isomerizacin y la
oxidacin-reduccin.
Los seres vivos requieren un flujo constante de energa para
impedir que se desorganicen. El principal medio por el cual
las clulas obtienen energa es la oxidacin de biomolculas
de determinados mineraLes.
El metabolismo es La suma de todas las reacciones que
ocurren en un ser vivo. Existen dos tipos de vas metablicas:
anablicas y catablicas. Las vas de transferencia de energa
capturan sta y la convierten en formas que los organismos
pueden empLear para promover procesos biomoleculares.
Las vas de transduccin de seales, que permiten a las
clulas recibir seales de su ambiente y responder a ellas,
constan de tres fases: recepcin, transduccin y
respuesta.

28

CAPTULO UNO

Introduccin a la bioqumica

10. La estructura compleja de las clulas requiere un grado


elevado de orden interno, que se consigue mediante cuatro
medios primarios: sntesis de biomolculas, transporte de
iones y de molculas a travs de las membranas, produccin
de movimiento y eliminacin de los productos metablicos de
desecho, y de otras sustancias txicas.

I l . La biologa de sistemas es un nuevo campo que intenta


explicar las propiedades funcionales de los seres vivos al
aplicar estrategias que utilizan modelos matemticos a los
datos biolgicos disponibles. Entre los primeros beneficios del
enfoque de sistemas estn los conocimientos vinculados con
la emergencia, la robustez y la modularidad.

El lector incrementar su aprendizaje visitando el sitio de red de apoyo de bioqumica en


www.oup.com/us/mckee. donde podr resolver un examen completo de opcin mltiple
sobre este captulo introductorio a fin de prepa rarse para los exmenes de su curso .

Lecturas recomendadas
Campbell , N. A. , and Reece, 1.B., Biology, 7th ed., Benjamin Cummings, San Francisco, 2005.
Gibbs, W. w., Cybernetic Cells, Sci. Am. 265(2):42-47,2001.
Goodsell , D. S., Bionanolechnology: Lessons from Nature, WileyLiss, Hoboken, New Jersey, 2004.
Harold, F. M., The Way of the Cell, Oxford University Press, Oxford,
200!.
Lutz, R. A., Shank, T. M., and Evans, R., Life After Death in the
Deep Sea, Am. Sci. 89:422-431, 200!.
Newman, D. K. and Banfield, J. F. , Geomicrobiology: How Molecular-Scale Interactions Underpin Biogeochemical Systems,
Science 296: 1071-1077, 2002.

Rothman, S. , Lessons from the Living Cell: The Limits of Reductionism, McGraw-Hill, New York, 2002.
Tudge, c., The Varie ty of life: A Survey and a Celebration of All (he
Creatures That Have Ever Lived, Oxford University Press, New
York, 2000.
Van Regenmortel, M. H. v., Redu ctionism and Complexity in
Molecular Biology, EMBO Rep. 5(11):1016-1020, 2004.

Palabras clave
cido graso, 14

enlaces peptdicos, 12

isomerizacin, 20

purinas, 16

cido nucleico, ]5

enzimas, 5

lipdicas, ]4

quimioauttrofos, 22

agente oxidante, 21

eucariotas, 7

macromolculas, 4

quimiohetertrofos,22

agente reductor, 21

ex tremfi los, 8

metabolismo, 5

quimiosntesis,2

aminocido, 11

extremozimas, 8

mdulos, 26

reacciones de adicin, 20

anhdrido, 19

fotoauttrofos, 22

monosacridos, 12

reacciones de eliminacin, /9

archaea,7

fotohetertrofos, 22

mutaciones, 6

redu ccionismo, 24

autopoyesis, 17

fotosntesis, 2

neurotransmisores, /2

reducir, 21

auttrofos,21

genes, 6

nuclefilo, 18

retroalimentacin negativa, 26

azcares, 12

genoma, 16

nucletido, 16

retroalimentacin positiva, 26

bacterias, 7

genmica, 27

oligopptidos, ] 2

RNA no codificador, 17

biologa de sistemas, 24

gru pos funcionales, 10

organelos, 9

robustez, 25

biomolculas, 4

grupo saliente, 18

oxidar, 21

saturados, 14

biorreparacin, 8

hetertrofos, 22

sistema, 17

clulas eucariotas, 6

hidratacin, 20

oxidorreduccin (reaccin
redox),21

clula procariotas, 6

hidrocarburos, 9

pptidos, 12

transcripcin, 17

ciclo biogeoqumico, 8

hidrfilo, 11

pirimidinas, 16

transduccin de seales, 22

polipptidos, 12

la

sustitucin nucleoflica, 18

control por retroalimentacin, 26

hidrfobo,

degeneracin, 25

hidrlisis, 19

polisacridos, 12

transporte a travs de las


membranas, 23

electrfilos, 18

homeostasis, 5

propiedad emergente, 25

vas anablicas, 22

energa, 21

insaturados, 14

protenas, 12

vas catablicas, 22

Preguntas de revisin

2 9

Preguntas de revisin
Estas preguntas estn dise'iadas para poner a prueba Los conocimientos deL Lecto r sobre Los conceptos clave expuestos en este captuLo,
antes de pasar aL siguiente. TaL vez eL Lector puede comparar sus respuestas con Las soluciones que se proporcionan aL finaL deLlibro y en
La Gua de estudio de apoyo, si as Lo desea.
l. Descrbase e l impacto que los descubrimientos acerca de las
chimeneas hidrotermales ha tenido en las ciencias de la vida.
2. Existen tres dominios de seres vivos. Cules son? Qu
caractersticas singulares poseen los organismos de cada
dominio?
3. Descrbanse las principales diferencias entre las clulas procariotas y las eucariotas.
4. Identifquense los grupos funcionales de las molculas siguientes:

"

"

HO-C-CH CH CH - C-OH

CH 3 C - H
"

2,

NH 2
(b)

(a)

CH3 CH 2 C HCH3

"

CH 3 C-O-C H3

SH

8. Cules son las funciones del DNA y del RNA?


9. Cmo obtienen las clulas energa de los enlaces qumicos?
JO. Defnanse los siguientes trminos:
a. agente oxidante
b. eliminacin
c. agente reductor
d. isomerizacin
e. sustitucin nucleoflica
11. Cmo eliminan las plantas los productos de desecho?
12. Cul es la diferencia entre un hidrocarburo insaturado y uno
saturado?
.
13. Defnanse los siguientes trminos:
a. mdulo
b. RNA no codificador
c. quimioauttrofos
d. ciclos biogeoqumicos
e. transduccin de seales
14. Qu ventajas tienen los organismos mu lticelulares sobre los
organismos unicelulares?
15. Asgnese cada uno de los compuestos siguientes a una de las
clases principales de biomolculas:

(d )

(e)

CH 3

C=

/
H

CH 2 CH 3

CH 3 C -

N-

"

C H 2 CH 3

(f)

(e)

(a)
CH 2 0 H

CH -

CH 3 CCH 3

"

(g)

OH

CH 2 0H

(h)

5. Nmbrense las cuatro clases de biomolculas pequeas. En


qu biomolculas ms grandes se encuentran?
6. Defnanse los trminos siguientes:
a. bioqumica
b. oxidacin
c. reduccin
d. transporte activo
e. grupo saliente
7. Mencinense dos funciones de cada una de las biomolculas
siguientes:
a. cidos grasos
b. azcares
c. nucletidos
d. aminocidos

(b)

o
11

CH 3 (e)

(CH 2)g- CH 2 - C -OH

3 O

CA P TU LO U N O

Introduccin a la bioqumi ca

~JX}-H
N

22.

23.

11

-O-P-O-CH

2l.

O
2

-O

24.
25.
OH

OH

(d)

l6. Defnanse los trminos siguientes:


a. metabolismo
b. nuclefilo
c. reduccionismo
d. electrfilo
e. energa
17. Qu son los organelos? En general, qu ventajas les proporcionan a las eucariotas?
18. Cules son las funciones primarias del metabolismo?
19. Defnanse los siguientes trminos :
a. siste ma
b. propiedades emergentes
c. robustez
d. retroalimentacin
e. degeneracin
20. Proporcinese un ejemplo de cada uno de los procesos de
reaccin siguientes:
a. sustitucin nucleoflica
b. eliminacin

26.
27 .

28.
29.
30.
31.
32.
33 .
34.

c. oxidacin-reduccin
d. adicin
Enlstense cuantiosos iones importantes que se enc uentran en
los seres vivos.
Comprense y contrstense las caractersticas de un sistema
de piloto automtico de un av in con un sistema biolgico.
Los carbohidratos se consideran el general como fuentes de
energa metablica. Qu otras dos func iones fundamentales
desempean los carbohidratos en los seres vivos?
Desc rbanse algunas fun ciones de los polipptidos.
Defnanse los siguientes trminos:
a. mutacin
b. extremozimas
c. genoma
d. autopoyesis
Cules son las biomolc ul as ms grandes? Qu funciones
desempean en los seres vivos?
Los nucletidos desempean varias funciones adems de
ser los componentes del DNA y del RNA. Proporcinese un
ejemplo.
Cmo se mantiene el orden dentro de las clulas vivas?
Mencinense varios elementos de desecho producidos por las
clulas anima les.
Proporcinense numerosos ejemplos de propiedades emergentes.
Comprense las funciones del mRNA, del rRNA y del tRNA
en la sntesis de protenas.
Descrbase el significado de la frase " robusto pero frgil ".
Comprense y contrstense las caractersticas generales de
sistemas artificiales complejos y de sistemas vivos.
Comprese un sistema autopoytico con una fbrica que produce aviones.

Preguntas pa ra razonar
El objeti vo de estas preguntas es reforzar la comprensin de todos los conceptos clave expuestos en el libro hasta el momento. Es factible
que no tengan slo una respuesta correcta. Los autores proporcionan soluciones posibles a estas preguntas a/final del libro y en la Gua
de estudio de apoyo, para referencia dellectO/:
35. Se ha considerado que las reacciones bioqumicas son
versiones exticas de las reacciones orgnicas. En qu
difieren las reacciones bioqumicas de las empleadas en la
sntesis orgnica?
36. Con frec uencia se as ume que los procesos bioqumicos en los
organismos procariotas y en los eucariotas son bsicamente
semejantes. Es sta una suposicin adecuada?
37. La mayor parte de lo que se co noce sobre los procesos
bioqumicos es el resultado directo de la investigacin con
organismos procariotas. Sin embargo, la mayora de
los organismos son eucariotas. Pueden sugerirse algunas
razones por las que se han reali zado tantos esfuerzos de
investi gacin utilizando procariotas? Por qu no se utili zan
directamente los organismos eucariotas?
38. Por qu so n los cidos grasos la principal reserva de energa
a largo plazo del organismo?
39. Cuando se disuel ve en agua un a sustancia como el cloruro de
sodio, los iones que se form an quedan totalmente rodeados
por molculas de ag ua que forman estructuras denominadas
esferas de hidratac in. Cuando se mezcla la sal de sodio de
un c ido graso con agua, el grupo carboxilato de la molcula
se hidrata, pero la porcin hidrocarbonada hidrfoba de la

molc ula est poco hidratada, si es que algo. Utilizando un


crculo para representar al grupo carboxilato y una lnea
ondulada unida para representar la cadena hidrocarbonada de
un cido graso, hgase un dibujo que ilustre cmo interactan
en el agua los cidos grasos.
40. Las bases de dos cadenas co mplementarias de DNA se
aparean entre s debido a la formacin de enlaces de
hidrgeno; es decir,

N~H
eH 3

H
f
/O " ' H-Nr

-f)
Ij

N-H '"

NI ~
~N
r
H

Par de bases timina-adenina

N"

Preguntas para razonar 3 1


Se ha aislado un nuevo nuc!etido que contiene la purina
sigui ente:

2-amino-6-metoxipurina
Cul de las purinas o pirimidinas normales (adenin a, guanina, citosina o timina) se esperara que se apareara con ella?
41. El ser humano sinteti za la mayor parte del colesterol necesario
para las membranas celulares y para la sntesis de vitamina D
y de hormonas esteroides. Qu se esperara que sucedi era si
una persona recibe una alimentacin con abundante colestero l? Justifquese la respuesta.
42. La enfermedad de Tay-Sachs es un devastador trastorno neurolgico de orige n gentico causado por la falta de la enzima
que degrada una protena Iipdica es pecfica. Cuando esta
molcula se acumula en las neuronas del cerebro, un nio por
lo dems sano experimenta deterioro mental y psicomotor meses despus del nacimiento y muere cerca de los tres aos de
edad. En tnninos generales, cmo evaluara este fenmeno
un bilogo de sistemas?

43. Las clulas cancerosas de un tumor proliferan de manera


incontrolable, y a menudo el tratamiento implica e l uso de
frmacos txicos en un intento de destruirlas. Sin embargo,
con frecuencia sucede que tras un xito inicial (i. e., el tamao
del tumor se reduce), el cncer vuelve debido a que se ha
desarrollado resistencia al frmaco. Los bioqumicos han
identificado una de las principales causas de es te fenmeno,
llamada resistenci a a mltiples frmacos. Una o ms clul as
del tumor han expresado e l gen que codifica la g lucoprotena
P, un polipptido de transporte de membrana que bombea
la sustanc ia hac ia afuera de las clulas. En ausencia de las
molculas del frmaco txico, dichas clulas crecen sin
control y con e l tiempo pasan a ser las clulas dominantes en
e l tumor. Q u caractersticas de los seres vivos ilustran este
proceso?
44. En los organismos se han de sc ubi erto cientos de miles de
protenas. Sin e mbargo: con todo lo asombroso de es ta
diversidad, dichas molcul as constituyen slo un a pequea
fraccin de l total posible. Calclese el nme ro absoluto
de posibles decapptidos (molc ulas con 10 .a.m.iRocidos
un idos por enlaces peptdicos) qu e podran si nteti zarse a
partir de los 20 aminoc idos convencionales . [Sugerencia:
Utilcese la fun ci n X", donde X es el nmero de tipos difere ntes de molculas usadas como elementos fundame ntales
y 17 es el nmero de molc ul as componentes bsicas en el
polmero. Si se requirieran 5 min para escribir la es tructura
molecu lar de cada decapptido posible, cunto tardara
esta tarea?