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QUIMICA DE LA VIDA.
Tutorial de Qumica
Qumica Bsica para Entender la Biologa
Un ejemplo de bioqumica
La Biologa y la Medicina se han beneficiado enormemente del
enfoque bioqumico de la vida. Como ejemplo impactante, debido
al giro de los protones nucleares, stos pueden ser considerados
como simples imanes que pueden interactuar con un campo
magntico externo de una forma que depende de su entorno. A la
derecha se representa una imagen de resonancia magntica (MRI)
de la cabeza de un humano obtenida mediante una tecnologa
basada en los principios mencionados. Dicha tecnologa permite la
obtencin de imgenes de gran calidad de tejidos blandos.
Revisin de qumica bsica de las molculas pequeas.
Los elementos se nombran de manera abreviada. A veces la
abreviatura (o smbolo) es fcilmente reconocible ("C"
para el Carbono), y otras veces no ("Na" para el Sodio).
Existe una gran abundancia de elementos en la tierra y en
los seres vivos, pero solo 4 elementos forman el 99% de la
materia de los organismos vivos. Estos elementos son
Hidrgeno (H), oxgeno (O), nitrgeno (N), y carbono (C).
Los cuatro son especiales ya que se encuentran fcilmente
disponibles en la Naturaleza y presentan propiedades
adecuadas para su funcin como principales elementos
constitutivos de las molculas orgnicas.
Trminos que debe conocer
Elemento
Materia compuesta por tomos que tienen el mismo nmero atmico (nmero de
protones).
tomo
Es el componente ms pequeo de un elemento que posee an las propiedades de
dicho elemento.
Consiste en un ncleo cargado positivamente rodeado por una nube de electrones
cargada negativamente.
Las cargas "+" (positivas) y "-"(negativas) se atraen fuertemente.
Protn
Partcula del ncleo con una carga positiva de +1 y un nmero de masa atmica de
1 Dalton.
Neutrn
Partcula nuclear sin carga que posee la misma masa que el protn.
Electrn
Partcula cargada negativamente (-1) con una masa 1837 veces ms pequea que la
del protn.
Istopo
Variante de un tomo dado que aunque presenta el mismo nmero de protones y
electrones que otros istopos del mismo tipo de tomo, se diferencia de stos por
poseer un nmero distinto de neutrones.
Los electrones determinan las propiedades qumicas de los elementos.
Los electrones se encuentran fuera del ncleo y
determinan las propiedades del tomo. Las
reacciones qumicas implican la comparticin o el
intercambio de electrones. Los electrones se
mueven alrededor del ncleo en orbitales atmicos,
a los cuales corresponden distintos niveles de
energa. La absorcin de energa puede hacer que
un electrn cambie a un nivel energtico superior.
La mayora de los tomos son ms estables cuando
su ltimo orbital ocupado contiene ocho electrones.
El Oxgeno tiene una gran afinidad por los
electrones.
Los electrones pueden transferirse de unas
molculas a otras, llevando consigo energa. Con
frecuencia dicha transferencia ocurre a travs de la
cesin de tomos de H. Las reacciones de
transferencia de electrones se denominan redox, o
de oxidacin-reduccin. En ellas una molcula se
oxida al ceder electrones a otra molcula, la cual se
reduce. Tanto la aceptacin de electrones como su
cesin o su comparticin pueden dar lugar a una
mayor estabilidad de las molculas.
Patrones de Enlace
Nmero
de
enlaces
Elemento covalentes
H
Enlaces Inicos
Los enlaces no covalentes y otras fuerzas dbiles son importantes para las estructuras
biolgicas.
Las fuerzas de van Der Waals son fuerzas atractivas de corto alcance entre grupos
qumicos que se encuentran muy cercanos. Tienen su origen en pequeos
desplazamientos de carga.
Muchas otras propiedades nicas del agua son debidas a los puentes de hidrgeno. Por
ejemplo, el hielo flota porque los puentes de hidrgeno mantienen a las molculas de agua
ms separadas en el agua slida que en el agua lquida, donde hay un enlace de hidrgeno
menos por cada molcula. Las propiedades fsicas nicas, incluyendo un alto calor de
vaporizacin, una fuerte tensin superficial, un calor especfico alto y el hecho de ser casi
el disolvente universal, tambin son debidas a la polaridad del agua y a su capacidad de
formar enlaces por puentes de hidrgeno. El efecto hidrofbico, o la exclusin de
compuestos que contienen carbono e hidrgeno (sustancias no polares) es otra de las
propiedades nicas del agua causadas por los enlaces de hidrgeno. El efecto hidrofbico es
particularmente importante en la formacin de membranas celulares. La mejor descripcin
que puede darse de este efecto es que el agua "arrincona" a las molculas no polares,
mantenindolas juntas.
cidos y Bases, Ionizacin del Agua
INICIO DE PROBLEMAS
Problema 1: Regulacin
La adicin de un grupo fosfato por una protena quinasa es un paso regulador
para muchos procesos biolgicos. Cmo puede producirse la regulacin
mediante este simple mecanismo?
A. La fosforilacin puede cambiar la estructura tridimensonal de una protena y de
esta manera alterar el nmero y la orientacin de los grupos qumicos que pueden
dar lugar a interacciones dbiles biolgicamente relevantes. Esto puede cambiar la
especificidad de la protena por la unin a sus ligandos, actuando as como si se
tratara de un "conmutador" biolgico.
El reconocimiento biolgico requiere mltiples interacciones dbiles
entre molculas, generalmente protenas, y las protenas quinasas
alteran el proceso aadiendo o eliminando un grupo fosfato. Una
clula tpica de su cuerpo puede tener ms de 100 protenas
quinasa diferentes.
B. Protn
Incorrecto.
Los protones son iguales sea cual sea su procedencia.
C. Neutrn
Incorrecto.
Los neutrones tienen las mismas propiedades independientemente
de su procedencia.
D. tomo
C. Hidrofbica
Incorrecto.
Es una interaccin dbil causada por molculas de agua interaccionando
con sustancias no polares.
D. Electrosttica
Incorrecto.
Es una fuerza dbil de atraccin entre grupos cargados en disoluciones
acuosas.
B. Adecuados y disponibles.
Correcto.
Los elementos que se eligen no son nicamente los ms disponibles
Incorrecto.
Estos trminos hacen referencia a las interacciones entre tomos.
Problema 6: Propiedades del agua
Cul de las siguientes NO es una propiedad del agua que puede explicarse por
su polaridad?
A. Calor alto de vaporizacin.
Incorrecto.
El calor extra necesario para cambiar el agua de estado lquido a vapor se
usa para romper los enlaces por puente de hidrgeno formados entre las
molculas polares del agua.
Cuales de las siguientes son fuerzas dbiles asociadas con la interaccin entre
molculas biolgicas?
A.
B.
C.
D.
Puentes de hidrgeno.
Atracciones electrostticas.
Enlaces covalentes.
ayb
B. Una molcula pierde electrones y se reduce mientras que la otra gana electrones.
Incorrecto.
C. Una molcula pierde electrones y se oxida mientras que la otra gana electrones.
Correcto.
S, la oxidacin consiste en una perdida de electrones. Los electrones pasan
a la molcula que se reduce. La energa del electrn se retiene durante la
transferencia, un factor clave en la transformacin metablica de los
alimentos para la produccin de energa.
D. Una molcula gana electrones y se oxida mientras que la otra pierde electrones.
Incorrecto.
La oxidacin consiste en la perdida de electrones
Incorrecto.
El electrn transferido conserva su energa.
Incorrecto.
No. Las reacciones de oxidacin/reduccin pueden transferir electrones
libres o tomos de hidrgeno como portadores de electrones.
Incorrecto.
Las reacciones de condensacin crean enlaces covalentes y no forman parte
de la interaccin entre un anticuerpo y un virus
D. Las atracciones electrostticas llegan a ser muy fuertes cuando el agua queda excluda
de las molculas que se enlazan.
Incorrecto.
Es cierto, pero las fuerzas dbiles entre un anticuerpo y un antgeno no
excluyen al agua, de ah que esta explicacin sea incorrecta.
B. CH3-CH2-CH2-CH2-OH
C. CH3-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-OH
Incorrecto.
Esta molcula tiene una cola hidrofbica hidrocarbonada larga y ser
insoluble en agua.
D. CH3-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-OH
Incorrecto.
Esta molcula es muy hidrofbica y es la menos soluble de todas las
mostradas
Correcto.
Los electrones se encuentran en la corteza del tomo, y estn involucrados
en las reacciones qumicas.
B. Oxgeno.
Correcto.
El oxgeno tiene una electornegatividad muy alta (3.5) comparada con la del
hidrgeno (2.1), por lo que al unirse a este ltimo presenta una mayor
atraccin por los electrones y formar un enlace covalente polar.
C. Los dos, carbono y oxgeno, ya que los enlaces covalentes tienen siempre la misma
polaridad.
Incorrecto.
Los enlaces covalentes entre el hidrgeno y el carbono o entre el hidrgeno
y el oxgeno tienen polaridades notablemente diferentes. Los enlaces C-H
son hidrofbicos mientras que los enlaces O-H son hidroflicos o polares
D. Ninguno de los dos. Solo los enlaces inicos pueden producir polaridad o una
separacin de carga efectiva.
Incorrecto.
Los enlaces covalentes entre el hidrgeno y el carbono o entre el hidrgeno
y el oxgeno tienen polaridades notablemente diferentes. Los enlaces C-H
son hidrofbicos mientras que los enlaces O-H son hidroflicos o polares
Problemas de Macromolculas
A. 1
B. 2
C. 2 y 3
D. 3
E. 4 y 5
La flecha n 4 seala el enlace peptdico entre los residuos de aminocido primero
y segundo, y la flecha n 5 apunta al enlace peptdico entre los residuos tercero y
cuarto.
Cadenas polipeptdicas
En el diagrama siguiente se sealan cada uno de los aminocidos unidos por enlaces
peptdicos. Ntese que el esqueleto peptdico est formado por la repeticin del patrn de
tomos N-C-C, que corresponden, respectivamente, al nitrgeno amino-carbono -carbono
carbonlico de los aminocidos individuales. Los grupos nombrados como R1, R2, R3, etc
representan las cadenas laterales de los distintos aminocidos.
A. lpido, polipptido
B. carbohidrato, lpido
C. carbohidrato, aminocido
Los carbohidratos tienen la frmula general C(H2O), con abundantes grupos
hidroxilo (-OH). En cuanto a los aminocidos, todos ellos presentan al menos un
grupo amino y un grupo cido carboxilo. Adems tienen grupos R variables unidos al
carbono alfa. El aminocido de la figura es la valine.
D. nucletido, aminocido
E. nucletido, carbohidrato
- Gua de ayuda a la respuesta En las clulas, existen cuatro tipos principales de molculas biolgicas pequeas. stas se
conocen como carbohidratos, lpidos, aminocidos y nucletidos. Los distintos tipos de
molculas pueden identificarse a travs de sus caractersticas estructurales.
Carbohidratos
1. Los lpidos o grasas son insolubles en agua, pero son solubles en disolventes
orgnicos y detergantes.
2. Los lpidos son las molculas ms eficientes para el almacenamiento de
energa en las clulas.
1. Los nucletidos son los elementos con los que se construyen los cidos
nucleicos: RNA y DNA.
2. Los nucletidos estn formados por un azcar de 5 carbonos (ribosa o
desoxiribosa), un grupo fosfato y una base nitrogenada purnica o
pirimidnica.Las pirimidinas son anillos de 6 miembros con dos nitrgenos
en el anillo. Las purinas estn formadas por dos anillos de 6 y 5 miembros
fusionados entre s, con 4 tomos de nitrgeno formando parte de los anillos.
3. Para identificar un nucletido, busca un grupo azcar-fosfato unido a un
anillo complejo que contenga tomos de nitrgeno en el anillo.
Rotate!
covalentemente a un glicerol.
Este compuesto es una grasa neutra, como las utilizadas para el
almacenamiento de reservas energticas en los tejidos grasos o
adiposos.
Aqu se repasan las caractersticas de la estructura proteica que pueden utilizarse para
analizar las distintas opciones de respuesta. Es posible que descubras que todas las
opciones son correctas!
Estructuras de Protenas
Estructura primaria
Las protenas se componen de 20 tipos distintos de aminocidos, unidos
mediante enlaces peptdicos para formar una cadena polipeptdica lineal.
La estructura primaria es la secuencia de esos aminocidos.
Estructura Secundaria
B. protenas
C. DNA
D. polisacridos
E. lpidos
RNA y DNA
El RNA y el DNA son polmeros de nucletidos, tambin llamados cidos
nucleicos. El esqueleto de estos polmeros est formado por una cadena de
unidades repetidas azcar-fosfato-azcar-fosfato- etc. ste polmero presenta
una "polaridad" o direccionalidad, debido a que el grupo fosfato del extremo 5'
de cada unidad de nucletido est unido a la posicin 3' de la siguiente unidad
de nucletido.
Dos macromolculas, como por ejemplo dos protenas, pueden unirse entre ellas con gran
fuerza y especificidad. Cmo es posible que interacciones dbiles, como las fuerzas
electrostticas atractivas, las interacciones de van der Waals, los enlaces de hidrgeno y las
interacciones hidrofbicas originen una adherencia tan fuerte?
A. La adherencia puede llegar a ser fuerte cuando existen muchas interacciones
dbiles, todas ellas contribuyendo a la estabilidad de la estructura
El efecto aditivo de muchas fuerzas dbiles, entre las que se incluyen enlaces de
hidrgeno, interacciones hidrofbicas, fuerzas de van der Waals y enlaces irnicos,
proporciona una energa suficiente para la estabilizacin de la estructura de las
molculas biolgicas.
B. Las interacciones dbiles se convierten en fuertes una vez que los grupos no polares son
excluidos del interior de las macromolculas
C. Las interacciones dbiles son convertidas en enlaces covalentes, dando as lugar a una
adherencia fuerte entre las molculas
D. Si las interacciones dbiles se alinean correctamente pueden convertirse en tan fuertes
como los enlaces covalentes
E. La adhesin es fuerte porque las interacciones dbiles pueden estar implicadas en
reacciones de condensacin
- Gua de ayuda a la respuesta -
Los enlaces no covalentes y otras fuerzas dbiles son muy importantes para la
estabilizacin de las estructuras de las molculas biolgicas.
Enlaces Electrostticos
Tambin llamados enlaces inicos, resultan de la atraccin electrosttica entre
dos grupos ionizados de carga opuesta, tales como un grupo carboxilo (-COO -)
y un grupo amino (-NH3+). En disolucin acuosa, estos enlaces son muy dbiles,
pero en ambientes hidrofbicos, tales como las zonas protegidas del agua en el
centro de las molculas de protena o determinadas zonas de contacto
protena-protena, son mucho ms fuertes.
Enlaces de Hidrgeno
Resultan de la atraccin electrosttica entre un tomo electronegativo, como el
N o el O, y un tomo de H que se encuentra unido covalentemente a un
segundo tomo electronegativo:
Mltiples enlaces dbiles pueden ser el origen de una interaccin fuerte. El reconocimiento
molecular entre macromolculas biolgicas tiene lugar gracias a que su estructura
tridimensional permite el establecimiento de multitud de enlaces dbiles entre dichas
molculas.
un polisacrido
B. DNA
El esqueleto de grupos azcar y fosfato alternantes nos
dice que se trata de un cido nucleico (DNA o RNA). La
ausencia de grupos hidroxilo en las posiciones 2' de los
anillos de bazucar (desoxirribosa) y la presencia de la base
T nos permiten identificar la molcula como DNA, en
lugar de RNA.
C. RNA
D. una protena
E. un lpido
Gua de ayuda a la respuesta -
Es DNA o RNA? Existen dos diferencias principales entre una cadena de DNA y una
cadena de RNA:
1. El grupo azcar del esqueleto de DNA carece ce grupo hidroxilo (-OH) en
la posicin 2'. Sin embargo, la cadena de RNA tiene un grupo 2'hidroxilo.
2. Las bases del DNA pueden ser A, G, C o T. En el RNA, las bases pueden
ser A, G, C o U.
Isoleucina
B.
Asparragina
La isoleucina es
uno de los
aminocidos ms
hidrofbicos, ya
que presenta un
grupo R aliftico
grande que
carece de
carcter
hidroflico.
C.
Treonina
D.
Glicina
E.
cido glutmico
Hay 20 aminocidos diferentes que pueden formar parte de las protenas. Sus cadenas
laterales (grupos R) se diferencian en sus propiedades qumicas. Algunos de estos grupos
son polares, aunque no tienen carga. Otros son polares y adems tienen carga en disolucin
acuosa, en las condiciones de pH ms comunes. Los ocho aminocidos que se muestran a
continuacin tienen cadenas laterales hidrofbicas. Obsrvese que en las cadenas laterales
de estos aminocidos existen, casi exclusivamente, enlaces C-C y C-H, por lo que son, bien
completamente hidrocarbonos, o bien casi exclusivamente hidrocarbonos con un solo
tomo polar.
Qu cambio de los anteriores debera interrumpir en mayor medida la interaccin entre las
protenas 1 y 2? Cul afectara en menor medida?
D. His-Ser-Gly-Ala-Ala
E. Se necesita ms informacin para determinarla
Gua de ayuda a la respuesta Aminocidos de un polipptido
Los aminocidos de un polipptido estn unidos entre s como eslabones de una cadena. Un
pptido de 5 aminocidos es anlogo a una cadena de cinco eslabones; tiene dos
aminocidos en los extremos y tres aminocidos internos. Romper nuestro pptido en
trozos ms pequeos sera similar a romper romper eslabones de la cadena, formando
cadenas ms pequeas. As, los aminocidos que se encuentren adyacentes en los trozos del
pptido, tambin deben de ser adyacentes en el pptido original completo.
Composicin de aminocidos
A partir de los dos fragmentos que hemos utilizado para definir la composicin de
aminocidos, podemos deducir tambin que la secuencia puede ser, bien His-Gly-Ser-AlaAla, o bien Ala-Ala-His-Gly-Ser, ya que en ambos casos se cumple la condicin de que
los aminocidos adyacentes en los trozos son tambin adyacentes en el pptido completo.
Para distinguir entre las dos posibilidades utilizamos el tercer fragmento del enunciado del
problema (Ala-His), que solapa con los dos anteriores.
C. Ala-Gly-Ser-Gln-His-Lys-Trp-Arg-Pro-Asp
D. Lys-Trp-Arg-Pro-Gln-His-Lys-Asp-Ala-Gly
E. Ninguna de las anteriores
Gua de ayuda a la respuesta Composicin de aminocidos del polipptido
Tutora
Agua, el principal disolvente biolgico
El agua puede estabilizar las formas ionizadas de las molculas, como Na+, Cl-, K+, Mg+2,
Ca+2, SO4-2, PO4-2 y HCO3-. Las molculas de agua adyacentes a un ion simplemente se
orientan de forma que sus tomos de oxgeno con carga parcial negativa rodeen a iones
positivos, mientras que sus hidrgenos con carga parcial positiva rodeen a iones negativos.
Por ejemplo, en la ilustracin inferior se muestra el cloruro sdico en su forma cristalina
(izquierda) y disuelto en agua (derecha).
Las biomolculas como glcidos, protenas y cidos nucleicos que contienen grupos salientes
-OH o -NH2 se parecen a la propia agua o al amoniaco. Esta similitud con el agua o con el
amoniaco permiten al agua formar enlaces de hidrgeno con estas molculas, lo que resulta
en la extraordinaria solubilidad de ciertos compuestos en agua (son posibles disoluciones de
sacarosa "100%", es decir, 100 g/100 ml!). Tanto los iones como las molculas polares se
denominan hidrfilos debido a que se solvatan fcilmente en el agua.
Problema 2: qu es el pH?
El pH de una disolucin es igual a:
A. la concentracin de iones hidrgeno, [H +]
B. log [H +]
C. -log [H +]
D. ln [H +]
E. -ln [H +]
Tutora
Agua y pH
El agua se puede considerar como un cido debido a su capacidad para ionizarse dando un
protn y como una base por dar un anin hidrxido:
H-O-H
H+ + OHLa frecuencia con la que esto ocurre en el agua pura es muy baja. De hecho, en el agua
pura slo se ioniza una molcula de agua por cada 500 millones. Esto significa que las
concentraciones molares de H+ y OH- en el agua pura son aproximadamente 10-7 cada una.
La concentracin de iones hidrgeno en las disoluciones acuosas est comprendida entre
valores superiores a 1 M y menores a 10-14 M. Por conveniencia, las concentraciones de H+
se expresan en una escala logartmica, como pH. El pH de una disolucin es el logaritmo
negativo de su concentracin de H+, o:
pH = -log [H+]
Por tanto, una concentracin de H+ de 10-7 M tiene un pH de 7,0. En el agua pura, hay
siempre el mismo nmero de H+ y de OH-, y el pH se define como neutro. (Ntese que el
pH neutro no es siempre exactamente igual a 7,00; si se eleva la temperatura, se disocia
ms H2O y el pH ser ms bajo). Los cidos son una fuente de H+ y hacen que el pH
disminuya desde la neutralidad. Por el contrario, las bases captan H+ de la disolucin y esto
hace que el pH sea superior al neutro.
Problema 3: pH fisiolgico
El pH fisiolgico es 7,4. Cul es la concentracin de iones hidrgeno de una disolucin a
pH fisiolgico?
A. -7,4 M
B. 0,6 M
C. 0,6 x 10 - 8 M
D. 1 x 10 - 8 M
E.
4 x 10 - 8
Para ser exactos, 10 elevado a -7,4 = 3,98 x 10 - 8.
Tutora
Calculando la concentracin de H+ a partir del pH
El pH es el logaritmo negativo de la concentracin de iones hidrgeno, es decir:
si pH = -log [H +],
entonces [H +] = antilog (-pH) = 10 - 7,4 M
De esta manera, la concentracin de iones hidrgeno de una disolucin a pH fisiolgico
(7,4) es 10-7,4, lo que es igual a 3,98 x 10 - 8 M. Redondeando da 4 x 10 - 8 M.
Problema 4: calculando el pH
Cul es el pH de una disolucin de HCl 10 - 3 M?
3. -log [10 -3] = 3
Tutora
Calculando el pH a partir de [H +]
El pH es el logaritmo negativo de la concentracin de iones hidrgeno, es decir:
pH = -log [H+]
El HCl es un cido fuerte. En agua se disocia completamente, as:
HCl
H+ + Cl-
Tutora
El pH de disoluciones con cidos muy diluidos
El logaritmo negativo de 10 - 10 da un pH de 10 lo que significa que la disolucin es
bsica. Tiene sentido que un cido muy diluido d un pH bsico?
En el caso de disoluciones muy diluidas de un cido, el agua va a tener una mayor
contribucin a la [H +] que el cido diluido. En este problema, la disolucin de HCl 10 - 10 M
aporta una [H +] de 10 - 10 M. La ionizacin del agua aporta una [H +] de 10 - 7 M.
La [H +] efectiva de esta disolucin es 10 - 7 M y el pH = 7.
10 - 3 M
B.
10 - 11 M
C.
1011 M
D.
2 x 10 - 11 M
E.
10 - 14 M
Tutora
Relacin entre las concentraciones de H+ y OH a 25C
En disoluciones acuosas a 25 C, el producto de las concentraciones de H+ y OH es
siempre 10-14 M2, como recoge esta expresin:
[H+] [OH ] = 10-14
Esto permite calcular la concentracin de OH si se conoce la concentracin de H+:
[OH ] = 10-14 / [H+]
[OH ] = 10-14 / 10-3 = 10-11
Este clculo tambin se utiliza cuando la disolucin en cuestin no es el agua pura, sino
que contiene una mezcla de cidos y bases.
Problema 7: neutralizando una disolucin bsica
Cuntos mililitros de una disolucin de HCl 0,4 M se requieren para llevar a 7
(pH neutro) el pH de 10 ml de una disolucin de NaOH 0,4 M?
Nota: el HCl y el NaOH se disocian completamente en agua (es decir, no hacen falta
valores de pKa).
A. 4
B. 40
C. 10
Puesto que tanto el cido como la base estn a la misma concentracin y ambos se
disocian completamente en el agua, el pH neutro se consigue aadiendo a la
disolucin bsica la misma cantidad de disolucin cida.
D. 20
E. 2
Tutora
Neutralizando una disolucin bsica
Este problema no requiere de ningn clculo complicado, se puede responder simplemente
considerando cmo funcionan los cidos y las bases. En este caso, tanto la disolucin cida
como la bsica estn a la misma concentracin. Tambin, como remarca el propio
problema, el NaOH y el HCl se disocian completamente.
De esta manera, el pH neutro se puede conseguir aadiendo la misma cantidad de
disolucin cida a la disolucin bsica.
C. 10
D
20
.
E. 5
Los cidos se definen como compuestos con valores de pKa por debajo de 7,0.
A. Verdadero
B. Falso
Los cidos se definen como compuestos que ceden protones en
disolucin
Tutora
cidos
Los cidos se definen como compuestos que ceden protones en disolucin. El pH para el
cual la mitad de las molculas de un cido han cedido su protn es su pKa. Los cidos
fuertes como el HCl ceden protones incluso a pH muy bajo (por tanto tienen un pKa bajo) y
los cidos dbiles slo ceden protones si el pH es muy alto (es decir, a muy baja
concentracin de protones libres). El pH al que ocurre esto puede estar fcilmente por
encima de 7.
Un ejemplo importante de esto es la tirosina, cuyo grupo R es fenlico; un grupo cido con
un pKa ~ 10. Al contrario, las bases pueden tener pKa < 7,0. Puedes pensar en una base
biolgicamennte importante con un pKa menor que 7,0?
respuesta
La mayora de los cidos biolgicos, sin embargo, son cidos ms dbiles que el HCl. La
principal clase de cidos biolgicos son los cidos carboxlicos. Como la diferencia de
electronegatividad entre el oxgeno y el hidrgeno de un cido carboxlico no es tan
acusada como en el HCl, la tendencia de un cido carboxlico a ceder su protn es mucho
menor que la del HCl. Sin embargo, los cidos carboxlicos se disocian ms rpidamente
que el agua debido a la presencia de dos oxgenos electronegativos.
La tendencia de un cido a disociarse estn en funcin de la fuerza del cido y del pH de la
disolucin. Los cidos fuertes se disocian incluso cuando el pH es bajo, pero esto no ocurre
con los cidos dbiles. Por conveniencia, se identifica el pH al cual el cido est disociado
al 50% (la mitad protonado y la otra mitad desprotonado). Este valor de pH se define como
el pKa del cido en cuestin. Por ejemplo:
CH3COOH (cido actico)
lo que significa que a pH = 4,8, la mitad de las partculas estn ionizadas (acetato) y la otra
mitad no lo estn (cido actico). Cuanto ms fuerte sea un cido, ms bajo ser su pKa.
Bases
Al contrario que los cidos, las bases son capaces de captar protones en un medio acuoso y
por tanto estarn cargadas positivamente en su forma protonada, y no tendrn carga en la
desprotonada. La base dbil biolgica ms comn es el grupo amino (R-NH2).
A pesar de las diferencias entre cidos y bases, el pKa tambin se puede utilizar para
cuantificar la fuerza relativa de las bases. Nota que mientras que los valores de pKa para
los cidos son generalmente menores que 7, los valores de pKa para las bases son
usualmente mayores que 7. Por ejemplo, la etanolamina tiene un pKa de 9,5 y est
protonada al 50% (carga media = +1/2) cuando el pH es 9,5 (Figura 4). Una importante
excepcin a esta regla es el aminocido histidina, que es una base pero tiene un pKa
alrededor de 6,0
D
Cuando pH = pKa, el compuesto en cuestin tendr carga de +0,5.
.
E. Cuando pH = pKa, el compuesto ionizable en cuestin (ya sea cido
o base) estar la mitad protonado y la mitad desprotonado.
Tutora
pKa y pH
La relacin entre pKa y pH est representada matemticamente por la ecuacin
de Henderson-Hasselbalch:
Tutora
Reconocimiento adecuado de las formas protonadas y desprotonadas de un cido con
varias ionizaciones.
El cido fosfrico puede seguir tres ionizaciones, por lo tanto tiene tres valores de pKa
(dados como 2,0, 6,8 y 12,0 en el problema). El cido fosfrico como grupo fosfato tiene
gran importancia biolgica debido a su papel en DNA/RNA, en molculas energticas
como el ATP, en la fosforilacin de protenas, etc.; merece la pena, por ello, dedicar un
tiempo a examinar esas reacciones de ionizacin.
Imagina la forma inicial totalmente protonada. Intuitivamente, esta protonacin total
debera ocurrir cuando la [H+] es muy alta, es decir, a bajo pH. As, a pH 1, o menos, ms
del 90% del cido fosfrico est como H3PO4.
Ahora imagina que se aade NaOH a una disolucin de H3PO4 a pH 1. Los iones OH- se
combinan con los H+ para dar agua, lo que eleva el pH y deja Na+ en la disolucin. Cuando
el pH se va acercando a 2,0, qu ocurre con el H3PO4? Puesto que 2,0 es el primer pKa, se
empezar a liberar el primer protn. Esto tiene dos consecuencias, una concierne a la forma
qumica del H3PO4 y la otra al tamponamiento.
La forma qumica del H3PO4
En lo concerniente a la forma qumica del H3PO4, una vez que el primer H+ se ha liberado
totalmente (lo que ocurre cuando el pH est por encima de 3), lo que tenemos es H2PO4-.
Pero como en esta reaccin tambin se libera Na+ (al combinarse el OH- y el H+ para
producir agua), podemos poner que los iones en la disolucin estn como Na+H2PO4-, o
simplemente NaH2PO4 (dihidrgeno fosfato de sodio).
As, esta primera ionizacin se escribe como sigue:
NaOH + H3PO4
H2O + NaH2PO4
pKa = 2,0
H2O + Na3PO4
Tamponamiento
Como para la parte anterior, slo necesitamos darnos cuenta de que durante la transicin
entre el pH 1,0 y el 3,0 la mayora de los H+ que se utilizan para combinarse con el OHproceden del H3PO4. Los protones no vienen del agua pero la relacin [H+] x [OH-] = 10 - 14
an se mantiene; por tanto, el pH no cambia mucho cuando se aade NaOH en la transicin
de pH 1 a 3. Este no es el caso entre, por ejemplo, los pH 3,0 y 5,8, cuando la adicin de
NaOH no toma H+ del fosfato, puesto que no hay valor de pKa para la disociacin del
fosfato en este intervalo (el segundo pKa corresponde a 6,8). As, los protones deben
proceder del agua y el pH cambia bruscamente en este intervalo.
El concepto de tamponamiento se puede mostrar grficamente, como se ve debajo.
En el pKa o cerca de l, tanto los cidos como las bases dbiles amortiguan las variaciones
de pH, actuando as como tampones. Como se ha descrito antes, esto se debe a su afinidad
por los protones, que son las especies inicas que determinan el pH. De esta manera, una
disolucin amortiguar los cambios de pH cerca de su valor de pKa (ver el rea sombreada
en la figura superior).
En este problema, la disolucin de cido fosfrico amortiguar los cambios de pH cuando
se aade NaOH hasta que casi todo el H3PO4 haya pasado a la forma H2PO4-. A valores de
pH >> pKa, la afinidad del cido fosfrico por los protones no es suficiente para unir H+
hasta que no se alcance el siguiente valor de pKa, y a valores de pH << pKa, prcticamente
todo el cido fosfrico ha unido ya H+ y no est disponible para unir ms H+ adicionales.
Por tanto, el cido fosfrico, como cualquier otro cido o base dbil, slo es efectivo como
tampn a valores de pH de una unidad por encima o por debajo de su pKa .
Problemas de
correlacin clnica del pH
Problema 1: qu es el bicarbonato sanguneo?
Esto es cierto, a pesar del hecho de que el cido carbnico es en s mismo una
especie transitoria.
B
la forma protonada del dixido de carbono.
.
C
una especie transitoria que no se puede medir en los fluidos biolgicos.
.
D
formado a partir del perxido de hidrgeno por accin de la catalasa.
.
Tutora
El ion bicarbonato
El bicarbonato, HCO3-, est en equilibrio con el CO2 y el H2CO3 (cido carbnico) como
sigue:
CO2
H2O
siempre disponible
[H2CO3]
intermediario inestable
H+
el trmino del pH
HCO3-
La especie central en estas reacciones (H2CO3) es un cido dbil con un valor de pKa de
6,14. Sin embargo, el H2CO3 es inestable, o se rompe a CO2 y H2O a valores de pH por
debajo de su pKa, o (lo ms normal) a HCO3- y H+ en condiciones de pH por encima de su
pKa. De esta manera, slo CO2, HCO3- y H+ se pueden medir efectivamente.
Anhidrasa
carbnica
Tutora
Tampones biolgicos
La capacidad de tamponamiento es una propiedad importante para los sistemas biolgicos,
donde un rpido cambio de pH puede tener consecuencias desastrosas. Un tampn
biolgico eficaz debe ayudar a mantener la sangre en el intervalo "seguro" de pH = 7,35 a
7,45 evitando los cambios de pH en cualquier sentido fuera de este intervalo. Los cambios
hacia pH cido (es decir, por debajo de 7,35) son particularmente indeseables dadas las
variaciones en la produccin de cidos, como lctico, pirvico, actico, etc., en el
metabolismo. La produccin de dichos cidos en el ejercicio extremo puede bajar el pH de
la sangre perifrica incluso por debajo de 7,0.
El sistema del tampn bicarbonato es clave en la regulacin del pH en la sangre humana y
puede responder a los cambios de pH de varias formas:
H+
producido en el
metabolismo
siempre disponible
producido en el
metabolismo
eliminado
directamente en
los pulmones
controlada en el rin
va mecanismos
fisiolgicos no
relacionados con el pH
convertido en los
productos de la
izquierda por la
anhidrasa carbnica
(glbulos rojos)
control en el rin o
reaccin con el
bicarbonato para dar los
productos de la izquierda
HCO3-
tampn sanguneo
preexistente
control en el rin o
reaccin con los H+
para dar los productos
de la izquierda
En tejidos con valores de pH por debajo de 7,14 (esto es, a una unidad de pH por
encima del pKa), los iones H+ son neutralizados de forma instantnea por el ion
bicarbonato.
Tutora
Accin tamponante del H2CO3
Una acidosis leve produce, por la ley de accin de masas, un desplazamiento en el
equilibrio del bicarbonato hacia la produccin de CO2 que es expelido de los pulmones para
elevar el pH sanguneo. Si la acidosis continuara a pesar de esto, otro mecanismo que acta
por debajo del pH 7,14 es la accin tamponante del H2CO3.
CO2
H2O
siempre disponible
intermediario inestable
el trmino del pH
HCO3-
Incluso aunque el H2CO3 sea un intermediario inestable (mira la reaccin superior), puede
servir como conducto para la conversin de HCO3- y del exceso de H+ a CO2 y agua, un
proceso que se acelera cuando el pH sanguneo se acerca a su pKa de 6,14.
Cuanto ms cerca est el pH del pKa de 6,14, con ms fuerza sern amortiguados los
cambios de pH por la capacidad tamponante del sistema bicarbonato. As, el pKa del cido
carbnico puede por s mismo oponer clara resistencia a bajadas del pH sanguneo por
debajo de 7.
El problema es que, a diferencia de la acidosis leve, el consumo de HCO3- en la acidosis
metablica aguda puede superar la disponibilidad metablica corporal de este tampn
sanguneo vital, de manera que, si la situacin acidtica se mantiene, la capacidad
tamponante de la sangre se puede agotar. Por eso, en la acidosis metablica grave (por
ejemplo, por ingestin de grandes cantidades de cido) puede ser necesaria la infusin de
bicarbonato.
Tutora
Valores normales
Intervalo normal de los valores de bicarbonato en sangre
pH
7,35-7,45
pCO2
(sangre arterial)
[HCO3-]
relacin
HCO3-/CO2
Contenido total
de CO2
Compensacin
A menudo se encuentran pacientes con desviaciones significativas de los valores normales
de bicarbonato en sangre, no obstante todava mantienen el pH sanguneo dentro de un
intervalo compatible con la vida. Dichos pacientes han compensado circunstancias que
normalmente produciran acidosis o alcalosis.
La tabla inferior recoge algunos de los cambios observables en estas diferentes situaciones.
respiratoria
pH
relacin HCO3-/CO2
[HCO3-]
metablica
acidosis
alcalosis
acidosis
alcalosis
pCO2
CO2 total
=
N
C
aumento
=
=
=
=
disminucin
=
sin cambios destacados
no compensado
compensado
las flechas rojas indican el defecto primario.
Ntese que el pH es casi normal en los casos compensados. La tabla superior destaca en
rojo el indicador "primario" de los problemas respiratorios, que es pCO2, y el indicador
"primario" para los problemas metablicos, que es [HCO3-].
Como la respiracin es la principal va de eliminacin de CO2, el hecho de que la pCO2 sea
el indicador primario de un problema respiratorio no debera sorprender. Sin embargo, que
la [HCO3-] sea el indicador "primario" de los problemas metablicos quizs requiera de
alguna explicacin.
Supn que tu paciente ha ingerido un cido. La [H+] aumentar, obviamente, desplazando
el equilibrio de la reaccin a la izquierda:
CO2
H2O
[H2CO3]
H+
HCO3-
Observa que, como el equilibrio va a la izquierda, los niveles de HCO3- tambin se ven
afectados (se consume, en este caso). Se podra pensar que el pH (ya que se relaciona
directamente con la [H+]) es el defecto "primario", pero el pH se puede ajustar mediante los
mecanismos de compensacin y, por tanto, no es por lo general la medida ms fiable. El
HCO3-, debido a su variacin en respuesta a alteraciones metablicas (o exgenas), es
realmente quien nos da el indicador ms seguro de un problema "metablico".
Los diversos mecanismos de compensacin (alguno de los cuales se muestran en verde
arriba) son el objeto de las cuatro ltimas preguntas en esta serie de problemas.
En la alcalosis metablica crnica, la compensacin eficaz por parte del organismo implica:
Tutora
Compensacin de la alcalosis metablica crnica
Una disminucin en la tasa de respiracin compensa la alcalosis metablica crnica
permitiendo que el CO2 sanguneo aumente. Por la ley de accin de masas, este aumento
del CO2 produce un incremento en el intermediario H2CO3, que, a su vez, se disocia en
bicarbonato y H+, bajando as el pH.
Como se podra esperar, el pH est prximo al normal en los casos de alcalosis metablica
compensados. El defecto causal de la alcalosis metablica, aumento de la [HCO3-], se
mantiene, y la pCO2 aumenta como compensacin.
respiratoria
metablica
acidosis
alcalosis
acidosis
alcalosis
pH
relacin HCO3-/CO2
[HCO3-]
pCO2
CO2 total
=
aumento
=
=
disminucin
sin cambios destacados
N
C
=
=
=
no compensado
compensado
las flechas rojas indican el defecto primario.
H2O
[H2CO3]
H+
HCO3-
Supn que un paciente tiene un pulmn colapsado y que no puede eliminar el CO2 a un
ritmo normal. La compensacin crnica implicara:
A. aumento en la actividad de la anhidrasa carbnica.
B. retencin de H+ en el rin.
C. retencin de HCO3- en el rin.
Tutora
Compensacin de la acidosis respiratoria
Un paciente con un pulmn colapsado que no puede eliminar CO2 a un ritmo normal sufrir
una acidosis respiratoria. Esto sucede porque el aumento correspondiente en el CO2
sanguneo produce un aumento en el intermediario H2CO3 que, a su vez, se disocia en
bicarbonato y H+, bajando as el pH.
CO2
H2O
[H2CO3]
H+
HCO3-
pH
relacin HCO3-/CO2
[HCO3-]
pCO2
CO2 total
metablica
acidosis
alcalosis
acidosis
alcalosis
N
C
aumento
=
=
=
=
disminucin
=
sin cambios destacados
no compensado
compensado
las flechas rojas indican el defecto primario.
Valores
normales
pH
7,32
7,35-7,45
pCO2
25 mm Hg
35-45 mm Hg
[HCO3-]
15 mmol/l
24-28 mmol/l
La disminucin del HCO3- junto con la del pH apunta a una acidosis metablica.
La pCO2 reducida se debe a la compensacin por los pulmones que prcticamente
normaliza el pH sanguneo.
Tutora
Acidosis metablica compensada
pH
relacin HCO3-/CO2
[HCO3-]
pCO2
CO2 total
metablica
acidosis
alcalosis
acidosis
alcalosis
aumento
disminucin
no compensado
compensado
Valores
normales
pH
7,55
7,35-7,45
pCO2
25 mm Hg
35-45 mm Hg
[HCO3-]
22 mmol/l
24-28 mmol/l
El valor de la pCO2, que se aleja del normal de forma inversa al pH, es el indicativo
de un problema respiratorio. El HCO3- disminuido representa un intento de
compensacin por parte del rin, que en este caso slo es parcial.
Tutora
Alcalosis respiratoria
La alcalosis respiratoria no es un caso comn y, en esta situacin, fue debida a un acto
deliberado (y mal orientado!) de hiperventilacin prolongada. Esto es realmente bastante
peligroso puesto que el cerebro es sensible al pH elevado y tambin porque el sistema
tampn bicarbonato es menos til a pH > 7,4.
respiratoria
metablica
acidosis
alcalosis
acidosis
alcalosis
pH
relacin HCO3-/CO2
[HCO3-]
pCO2
CO2 total
=
aumento
=
=
disminucin
sin cambios destacados
N
C
=
=
=
no compensado
compensado
las flechas rojas indican el defecto primario.
[H2CO3]
H+
HCO3-
La deficiencia de vitamina B12 crea a menudo una aparente deficiencia de folato por
acumulacin de qu folato intermediario?
A
cido flico
.
B
dihidrofolato (DHF)
.
C
tetrahidrofolato (THF)
.
D N5-metil THF
.
Una regla que se sugiere para recordarlo, es que en la interrelacin de las rutas del
folato y B12, es el metil-folato el que da el grupo metilo a B12 para formar metil-B12.
Naturalmente, si no hay B12 alrededor, esto no puede suceder, y el folato se
acumula. En el siguiente problema se pregunta un poco ms sobre el metil-B12...
E. N10-formil THF
Tutora
Acumulacin de N5-metil-tetrahidrofolato en una deficiencia de vitamina B12
B
cistena
.
C
timidilato
.
D
inosina-monofosfato
.
E. metilmalonil-CoA
Tutora
La metionina sintasa necesita dos cofactores
rutas es interrumpida. SAM es un dador crucial de metilos para, entre otras cosas,
la sntesis de fosfatidilcolina y esfingomielina para las membranas neuronales
[Fjese que el pulmn, otro tejido altamente dependiente de algunos de stos
mismos lpidos, tiene una ruta de reciclaje que no requiere SAM]. As, el
requerimiento de B12 para la formacin de SAM es crtico, pero hay otra parte en
la historia de B12...
E. glutatin
Tutora
Soy SAM!
B
metilmalonil-CoA
.
C 5
N -metil THF
.
D
metionina
.
E. succinil-CoA
Tutora
Es fcil ver por qu las clulas que se dividen rpidamente como los fetos,
reticulocitos y tumores son tan sensibles a la ausencia de folato. Un derivado del
10
E. folato (N -formil-THF) se necesita en una etapa temprana para la sntesis de todas
las purinas (por ejemplo, adenilato y guanilato), incluyendo tambin las del RNA.
En contraste, la nica pirimidina que requiere folato para su sntesis es la timidina.
Ms sobre esta reaccin en la siguiente pregunta...
Tutora
Tipo de
base
Presente en
Forma de folato
requerida
Purina
RNA o DNA
N10-formil-THF
N5, N10-metenil-THF
Purina
RNA y DNA
N10-formil-THF
N5, N10-metenil-THF
[ninguna]
[ninguna]
N5, N10-metileno-THF
C 5-fluorouracilo (5-FU)
.
D
sulfanilamida (una droga sulfonada)
.
E. metotrexato (MTX)
Tutora
Comentemos por orden las respuestas:
A. el uridilato (dUMP) es uno de los reactantes, por lo que no inhibir la reaccin.
B. el trimetoprim slo funciona en bacterias (ms adelante veremos lo que hace)
C. el 5-fluorouracilo es la respuesta correcta, pero el inhibidor realmente es el 5fluorouridilato (F-dUMP en las notas). El 5-fluorouracilo mimetiza el tamao y forma
de la timina. Lo que sucede entonces es que las enzimas de rescate le unen de nuevo una
ribosa y un grupo fosfato para formar F-dUMP. Este compuesto, a su vez, inhibe la
sntesis de timidilato por su parecido al dTMP, el producto de la reaccin de la
timidilato sintasa (vase la Fig. 6 a la derecha). Lo que tenemos por tanto aqu es el
producto (o, en este caso, un falso producto) inhibiendo mediante retroalimentacin su
propia sntesis.
D. las drogas sulfonadas, al igual que el trimetoprim, inhiben una enzima bacteriana, en
este caso para la sntesis del folato (y no para la sntesis de la timidina, lo que hace que
esta respuesta sea incorrecta). Ms informacin sobre las drogas sulfonadas: las
bacterias cuentan con su propia sntesis de folato y por ello presumiblemente no
captarn folato exgeno con facilidad. Esto, unido al hecho de que los seres humanos no
tenemos siquiera las enzimas precisas para sintetizar folato, hacen que sta sea una
opcin ideal como antibitico.
E. el metotrexato (MTX) es una droga muy famosa y de las primeras aplicadas a la
quimioterapia. No inhibe directamente ni especficamente la timidilato sintasa. Sin
embargo, lo que s hace es evitar que el dihidrofolato (DHF), uno de los productos de la
timidilato sintasa, sea reciclado de nuevo a THF. Al final, por tanto, mediante su
obstruccin en general del reciclado del folato puede privar a la timidilato sintasa de su
cofactor imprescindible, el folato. (Aun as, sta es una respuesta incorrecta puesto que
no es una inhibicin especfica.) El siguiente problema explica mejor cmo es el
reciclado del dihidrofolato...
Problema 7: reduccin y reciclaje del folato
C. metotrexato
D
una droga sulfonada
.
E. desoxicoformicina
Tutora
Dos inhibidores de la misma enzima?
Una revisin rpida de drogas relacionadas con el metabolismo del folato:
A. la leuvocorina en realidad acta restaurando el folato, normalmente a modo de "rescate"
tras el tratamiento de un paciente con elevadas dosis de metotrexato o de otro inhibidor
de la dihidrofolato reductasa (DHFR)
B. trimetoprim es la respuesta correcta - inhibe la forma bacteriana de la DHFR, con un
efecto mnimo sobre la enzima humana.
Tutora
La trampa del folato ataca de nuevo!
Animacin de la absorcin de B12 (3,4 Mb)
Esquema global
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mayor calidad al imprimir. Si no tienes instalado el visor, Adobe Reader,
puedes conseguirlo gratuitamente en el sitio web de Adobe.
Este mdulo viene a cerrar el crculo iniciado con la primera pregunta, la ausencia de B12
atrapa el folato en la forma N5-metilada. En los pacientes afectados, esto significa que las
funciones de B12 y del folato estn interrumpidas. Para explicar los sntomas:
1 aciduria metilmalnica - sta es quizs la nica forma de distinguir una
) deficiencia de B12 de una deficiencia en folato (al menos bioqumicamente).
La enzima metilmalonil CoA mutasa requiere B12 (pero no folato) como
cofactor, por lo que su sustrato (metilmalonil-CoA) se acumula solamente
ante una deficiencia en B12. El CoA es liberado para otros usos y el cido
metilmalnico libre sale de la clula para ser excretado en la orina.
2 homocistinuria - ste y los siguientes tres sntomas se pueden encontrar
) tanto en deficiencias de B12 como de folato. Este sntoma, en particular, es
quizs el ms fcil de explicar, puesto que la enzima metionina sintasa
requiere una forma determinada de B 12 y una de folato. Aqu es tambin
donde se da la trampa del folato, puesto que el N 5-metil-THF solamente
puede volver a formar folato al ceder su grupo metilo a B 12. Obviamente,
esto no puede ocurrir cuando no hay B 12 alrededor. [contina en el punto (5)
ms abajo]