You are on page 1of 22

Captulo 7.

Fundamentos de biologa molecular


I.

Genes y expresin gnica

7.1. Macromolculas e informacin gentica


El gen es la unidad fundamental de la informacin. Estos estn localizados en
los cromosomas o moleculas largas conocidas colectivamente como
elementos genticos.
Los genes y las etapas del flujo de informacin
En todas las clulas los genes estn compuestos por DNA. La informacin en el
gen est compuesta en secuencia de bases en DNA.
Macromolculas de informacin: son aquellas molculas que
contienen informacin gentica en sus secuencias como el DNA, RNA y
las protenas.
Procesos moleculares subyacentes al flujo de informacin:
Replicacin
Transcripcin

Se describen a lo largo del captulo. Para tener una


idea general ver Figura 7.1

Traduccin
Las tres etapas anteriores constituyen un dogma central de la biologa, porque
todos los organismos vivos conocidos presentan estn estas etapas. Es
importante tener en cuenta que de la larga molcula de DNA slo se pasa la
informacin de un solo gen (fragmento corto de DNA) a una sola molcula de
mRNA durante la transcripcin en eucariotas, es decir, que a lo largo de una
cadena de DNA se transcribirn muchas molculas de RNA. Mientras en
procariotas varios genes se pueden transcribir en una molcula de mRNA. (Ver
figura 7.2 es sobre la transcripcin en procariotas)
Los virus rompen con el dogma central porque ellos utilizan como almacn
gentico el RNA y a partir de ah codifican mRNA o actan directamente como
un mRNA. El virus VIH, es un retrovirus porque transcribe del RNA el DNA es un
proceso conocido como retrotranscripcin o transcripcin inversa
II.

La estructura del DNA

7.2. La doble hlice


Para que recuerden mejor la estructura del DNA vean la Figura 3.11 del captulo
3 y la Figura 7.4
El DNA como doble hlice

El DNA existe como una molcula de doble hebra con dos cadenas
polinucleotidas (un nucletido es una sola base unida a una sola azcar y este
a su vez a un solo grupo fosfato) cuyas secuencias son complementarias y a su
vez las cadenas estn en disposicin antiparalela.
Purinas: A y G

Pirimidinas: T y C

Es importante tener en cuenta que siempre las cadenas de DNA se leern de 5`


a 3`. La doble hlice enrollada forma dos surcos diferentes: uno mayor y otro
menor. Los surcos tienen importancia porque brindan el espacio para que las
protenas complementarias o que tengan interaccin con el DNA se puedan
unir a l. Generalmente esto se da en el surco mayor porque hay mayor
espacio.
El DNA puede optar 3 estructuras, la de Watson y Crick es la B

B
A
Z

La que conmunete se conoce.

La doble helice es mas corta y mas gruesa que la B. Tiene 11


pares de bases por vuelta y su surco mayor es ms estrecho y
profundo. CUando dos RNA se enrollan o un DNA y un RNA se
enrollan toman esta configuracion
Tiene 12 pares de bases por vuelta y es levogira. Su esqueleto de azucar es en ZIgZag ms que una curva suave. Presenta unidades ricas de GC o GT. tiene un
superenrollamiento negativo y las proteina reguladoras se unen presentemente a este
DNA.

Tamao de una molcula de DNA


SI una sola molcula o hebra de DNA tiene 1000 bases es una kilobase (kb) de
DNA.
Si el DNA esta apareado se habla de pares de kilobase (kbp). Por tanto una
doble hlice de 5000 pares de bases tendr un tamao de 5 kbp
Como algunos organismos presentan un DNA ms largo (eucariota) es ms fcil
hablar en trminos de pares de mega bases (Mbp). Donde un 1 milln de pares
de bases es igual a 1 Mbp de tamao.
Una base a lo largo del DNA mide 0.34 nm y 10 de ellas conforman una vuelta.
Estructura secundaria, repeticiones invertidas y estructuras tallo
bucle
Las cadenas largas de DNA son bastantes flexibles pero los fragmentos de
menos de 100 pares de base son ms rgidos. Algunos fragmentos de DNA, se
pueden doblar por interaccin con algunas protenas.
Las repeticiones invertidas en el DNA dan una simetra binaria. Pueden
provocar la formacin de estructuras tallo-bucle. Ver detenidamente la Figura
7.6. Los tallos son regiones cortas de doble hlice apareadas normalmente. El
bucle consiste en las bases desapareadas entre las dos unidades repetidas. La
produccin de estas estructuras en el RNA producido a partir de la
transcripcin en el DNA es bastante habitual. Y es fundamental para el
funcionamiento del RNA de transferencia y el RNA ribosmico. Aun en el caso
de que no se forme una estructura tallo-bucle, las repeticiones invertidas del
DNA son sitios de unin frecuentes para protenas especficas de unin al DNA
que regulan la transcripcin.
Efecto de la temperatura en la estructura del DNA
Los enlaces hidrogeno entre las bases de las dos cadenas del DNA, por si solas,
son dbiles pero en conjunto brindan resistencia. Adems, los tres enlaces de
hidrogeno formados entre G y C brindan mayor fuerza y resistencia al DNA que
los dos enlaces de hidrogeno entre A y T. Por tanto, los pares GT son ms
resistentes a la temperatura.
Cuando se eleva la temperatura los puentes de hidrogeno se rompen lo que
genera que las cadenas se separen. nicamente no se separan los enlaces
entre nucletidos porque presentan enlaces covalentes. Por tanto al separarse
las cadenas, cada cadena queda intacta. A este proceso se le denomina
desnaturalizacin. Experimentalmente se puede saber cundo las cadenas
se han separado o cuando siguen juntas y es porque ambas configuraciones
absorben longitudes de onda distintas. (Ver figura 7.7). SI el DNA una vez

expuesto a altas temperaturas se deja enfriar, se observa que las cadenas se


vuelven a unir por apareamiento porque son complementarias. El
apareamiento es una herramienta til en biologa molecular para
obtener estructuras hibridas, una cadena de DNA y otra de RNA.
7.3. Superenrollamiento
Proceso mediante el cual el ADN de doble cadena es retorcido.
El superenrollamiento es un proceso en el cual la doble cadena de DNA es
retorcida sometida bajo torsin, para poderla empaquetar dentro de la clula,
ya que si el DNA no se empaquetara su longitud extendida sera ms grande
que la propia clula husped.
El superenrollamiento puede ser de dos tipos:
Positivo: la doble hlice esta sobrenrollada. La torsin de DNA sobre su
eje est en la misma direccin en la que se encuentran enrolladas las
cadenas de DNA antes de ser sometidas a torsin.
Negativo: la doble hlice esta infraenrrolada. La torsin del DNA sobre su
eje es opuesta a la direccin de enrollamiento que tienen las dos
cadenas del DNA antes de ser sometidas bajo torsin. Es la forma
predominante en la naturaleza. Ver figura 7.8
El DNA de doble cadena del cromosoma no se organiza en un solo dominio sino
en varios que se estabilizan por la unin de protenas especficas.
Topoisomerasas: la DNA-girasa
Enzimas encargadas de adicionar o eliminar las supervueltas
Las supervueltas pueden ser introducidas o eliminadas por enzimas conocidas
como Topoisomerasas. Existen dos tipos:
I: Realiza un corte sobre una de las cadenas de DNA, lo que permite que
una cadena de la doble hlice rote sobre la otra cadena. Cada una de
estas rotaciones aade una supervuelta al DNA. Luego, se repara el
corte.
II: Realizan cortes en ambas cadenas de DNA, pasan la doble hlice
intacta a travs del corte, y por ultimo reparan el corte.
Cada operacin aade o suprime dos supervueltas. El aadir supervueltas
requiere de un costo de ATP, mientras que para eliminar no se requiere de ATP.
Nias para que entiendan mejor lo de topoisomerasas vean el siguiente video:
https://www.youtube.com/watch?v=EYGrElVyHnU

https://www.youtube.com/watch?v=3QWA-tFdGN8
En los procariotas existe una enzima llamada DNA-girasa que introduce
superenrollamiento negativo en el DNA. Esta pertenece al grupo de las
topoisomerasas II. Su funcin se realiza en varias etapas: (Vean las etapas a su
vez, con la figura 7.9)

La molcula de DNA circular se retuerce (quiere decir que el circulo se


deforma)
Cuando se tocan las cadenas opuestas en el crculo por la retorsin se
hace un corte sobre una de ellas.
Luego se pasa la cadena intacta a travs del corte
Se repara la doble hlice rota

Normalmente la eliminacin del superenrollamiento la lleva a cabo la


topoisomerasa I.
Es importante tener en cuenta, que para que se expresen ciertos genes
codificados en el DNA, se necesita que este se relaje, para ello se realiza un
corte. Al realizar este corte todo el cromosoma se relaja, pero no se requiere
que todo el cromosoma se relaje sino solo la parte que se necesita, para ello el
cromosoma se componen de dominios como el que se mostraba en la figura
7.8d. Para que no les quede la duda de cmo se crean estos dominios ni el que
hizo este libro lo conoce, porque dice que no saben an como se forman los
dominios. Bueno.
Tengan en cuenta que en las secciones del DNA que se encuentra
excesivamente superenrollado se inhibe la transcripcin. Es decir que en Uds.
la regin que las hacia altas se mega-excesivamente-superenrollo, ahora
entienden. Todo es culpa de las Topoisomerasas.
7.4. Cromosomas y otros elementos genticos
Genoma: es el complemento total de genes de una clula o un virus. El
elemento gentico principal de los procariotas es el cromosoma, se conocen
otros elementos genticos que juegan papeles muy importantes en la funcin
gnica tanto en procariotas como en eucariotas. (Tabla 7.1).
El DNA de los procariotas es circular y poseen un nico cromosoma. A
diferencia de las eucariotas que no es nada de lo anterior. Existen excepciones
(muy pocas) en ambos casos.
Virus y plsmidos
Otros elementos genticos son: genomas vricos, plsmidos, genomas de los
orgnulos y elementos transponibles.

Los genomas vricos pueden ser circulares o lineales, as mismo como puede
ser RNA o DNA que controlan su propia replicacin y transferencia de clula a
clula. Tambin pueden ser cadena sencilla o cadena doble.
Los plsmidos son elementos genticos que se replican independientemente
del cromosoma. La inmensa mayora de plsmidos son DNA de doble cadena y
aunque casi todos ellos son circulares, hay algunos lineales. Se diferencian de
los virus porque no son patgenos y no poseen formas extracelulares (como
capsides). Estos pueden conferir a las bacterias resistencia a los antibiticos.
Imaginase un plsmido como un cromosoma libre solo es DNA o RNA purito
en el espacio.
Cul es la diferencia entre plsmido y cromosoma. La principal diferencia
es que los cromosomas poseen genes esenciales (que codifican protenas
esenciales) para la supervivencia de las clulas mientras el plsmido no.
Aunque los cromosomas tambin poseen genes no esenciales siguen
teniendo genes esenciales, cosa que nunca har un plsmido.
Elementos transponibles (por si cuando vieron la tabla y leyeron esto y no
supieron que es aqu est)
Son fragmentos de DNA que se pueden desplazar de un sitio a otro dentro de la
misma molcula de DNA como a otra molcula de DNA. Estos se hallan tanto
en eucariotas como en procariotas, y juegan un papel muy importante en la
variacin gentica. En procariotas existen tres tipos: secuencias de
insercin, transposones y algunos virus esenciales. (Los primeros son
pequeos y no contienen ms que un gen, mientras los otros
segundo son ms grandes y poseen mas genes).
Se replican como parte de otra molcula de DNA.
III.

La replicacin del DNA

La replicacin es necesaria para que las clulas se dividan en organismos


nuevos en microorganismos unicelulares o para producir clulas nuevas como
parte de un organismo multicelular.
7.5. Moldes y enzimas
Si la doble hlice de DNA se abre, se puede sintetizar una nueva cadena como
complemento de cada una de las cadenas parentales (que son los moldes). La
replicacin es semiconservativa, porque de la replicacin queda una hebra
vieja (parental) con una nueva formando una doble hlice de DNA.
(Leer este prrafo viendo la imagen o figura 7.11). Los precursores del DNA,
son los 5-trifosfato de desoxinucleosido. Para sintetizar DNA primero se
eliminan dos de los fosfatos que estn en los extremos del precursor y se

aade el 5-monofosfato de desoxinucleosido resultante al extremo 3 (que


presenta un grupo hidroxilo) de otro nucletido que ha sido aadido a la
cadena de crecimiento previamente. La replicacin siempre se hace en
direccin 5 a 3.
DNA-polimerasa y primasa
Las DNA-polimerasa catalizan la adicin de desoxinucleotidos. Existen diversos
tipos: I, II, III, IV y V.

La DNA polimerasa III (Pol III) es la principal enzima para la replicacin


del DNA cromosmico.
La I tambin est implicada en la replicacin pero en menor grado.
Las otras ayudan a reparar el DNA daado.

Todas las Pol sintetizan DNA en direccin 5 a 3 como ya se haba dicho


anteriormente. Todas las Pol no son capaces de iniciar una cadena nueva
completa de DNA, nicamente pueden aadir nucletidos a un grupo 3-OH.
Para ello debe haber un nucletido complementario unido a la cadena parental
que ya este puesto por un cebador con un grupo hidroxilo libre (3-OH) que
sirva de molde a las Pol y ah si comiencen a sintetizar. Entonces al cebador se
unir el primer nucletido sintetizado por la Pol III. En la mayora de los casos el
cebador es un fragmento corto de RNA.
La enzima encargada de sintetizar al cebador (RNA de 11 o 12 unidades de
nucletidos) es la primasa. Una vez concluya la replicacin se elimina el
cebador, segmento de RNA, y se sustituye por DNA. En la cadena lder solo hay
una primasa (origen), en la cadena retrasada hay varios.
7.6. La horquilla de replicacin
Iniciacin de la sntesis de DNA
Antes de iniciar la replicacin es necesario que se desenrolle la doble hlice
con el fin de exponer las cadenas molde. La zona de DNA desenrollado en el
que se produce la replicacin se conoce como Horquilla de replicacin. Una
enzima conocida como DNA-helicasa desenrolla la doble hlice. Esta enzima
requiere de ATP. Estas se mueven a lo largo de las hlices y la separan a
medida que van avanzando. La cadena sencilla resultante forma complejos con
protenas de unin a cadena sencilla para estabilizar dicha hebra y evitar
que se forme de nuevo los puentes de hidrogeno entre las hebras que han sido
separadas.
El origen de replicacin es una secuencia de bases en el DNA que son
reconocidas por una protena de iniciacin especfica llamada DnaA en Ori
unida a ATP (OBP) (Se une y oligomeriza en sitios Re I en OriC lo que
desestabiliza la doble cadena), una vez unida abre la doble hlice para exponer

las cadenas sencillas a la maquinaria de replicacin. Luego de ello viene otra


protena llamada DnaB (helicasa) que es situada en el DNA por la DnaC
(protena cargadora de helicasa). Se cargan dos helicasas, una en cada cadena,
en direcciones opuestas. A continuacin se cargan dos primasas y despus dos
DNA-polimerasas sobre el DNA detrs de las helicasas. Iniciandose la
replicacin sobre cada cadena sencilla.
Orisoma: complejo de inicio de la replicacin
El control del inicio de la replicacin se da por la reduccin de la actividad de la
DnaA. Los mecanismos son nutrientes, protenas, elongacin de la cadena.
RIDA- -inactivacin reguladora de la DnaA. La subunidad B de la DNA
polimerasa III y la protena Hda inactivan DnaA al estimular la hidrolisis de su
ATP
Disminucin de la concentracin de fosfolpidos acidicos en la membrana
plasmtica
Secuestro de OriC
Multiples secuencias en el cromosoma compiten por DnaA.
Reduccin de la expresin del gen dnaA (Bajas concentraciones de nutrientes)
Cadena avanzada y cadena retrasada
La cadena nueva avanza en direccin 5 a 3hacia la horquilla de replicacin, a
la cadena que puede llevar esta accin sin ningn problema se le llama
cadena avanzada mientras que la cadena que se sintetiza fragmentos y
alejndose de la horquilla de replicacin se le llama cadena retrasada. (Ver
figura 7.13). De esta forma tendremos sobre la cadena retrasada mltiples
cebadores de RNA para proporciones los extremos 3-OH. A esta serie de
fragmentos formados por los mltiples cebadores y extensiones de DNA se les
denomina Fragmentos de Okazaki. Estos fragmentos se pueden unir
posteriormente para formar una cadena continua de DNA.

Replicacin del DNA: sntesis de nuevas cadenas.


Despus de sintetizar el cebador de RNA, la primasa es sustituida por la Pol III
(Ver Tabla 7.2 donde se enumeran las subunidades de Pol III y sus funciones)
una vez unida se da la formacin del replisoma. Cada polimerasa se sostiene
sobre el DNA por accin de una pinza deslizante que rodea y se desplaza a lo
largo de las cadenas sencillas de DNA que sirven de molde. La subunidad DnaE

de la Pol III se encarga de aadir los nucletidos en la cadena de crecimiento.


En el caso de la cadena retrasada la replicacin cesa continuamente para
volver iniciar. Luego de todo ello viene la DNA polimerasa I y retira el cebador y
lo sustituye por un fragmento de DNA, luego viene la DNA ligasa y une los
cortes que resultan al sustituir el cebador por DNA con el DNA detrs del
antiguo cebador que se encuentra cerca a la horquilla de replicacin. (Ver
Figura 7.15).
DnaN incrementa la velocidad de polimerizacin
Tau une
Complejo gamma: contiene 5 subunidades y provee el ATP para unir la
abrazadera beta al DNA.
La DNA polimerasa I y la DNA ligasa participan en la reparacin del DNA.
A m me gust mucho este video menciona muchas de las cosas que he escrito
y
si
me
han
entendido
entendern
mejor
con
el
video.
https://www.youtube.com/watch?v=27TxKoFU2Nw
7.7. La replicacin bidireccional y el replisoma
La naturaleza circular del cromosoma de los procariotas hace que la replicacin
sea mucho ms rpida.
Replicacin bidireccional del cromosoma
En todos los procariotas con DNA circular la replicacin es bidireccional desde
el origen de replicacin. Continuar leyendo pero viendo la Figura 7.16. En un
cromosoma circular abran dos horquillas de replicacin en direcciones
opuestas. Esto conllevara a que el DNA circular adopte una figura semejante a
la letra Theta griega. En ambas direcciones abran cadenas avanzadas y
cadenas retrasadas. Si has entendido de manera general observar la figura
7.17.
Cuando se forman mltiples horquillas de replicacin en el cromosoma circular
se acelera aun ms la replicacin. En eucariotas es comn que los cromosomas
tengan varios puntos de origen lo que genera mayor nmero de horquillas.
El replisoma
Durante la replicacin es importante la actividad de las topoisomerasas que
ayudan a desenredar el DNA que se encuentra superenrollado. Entre ms tenso
se encuentre el DNA ms fcil ser su desenrollamiento. En cada horquilla de
replicacin todas las enzimas que han sido mencionadas no trabajan (Pol II,
helicasa, primasa, etc.) Independientemente, todas ellas forman un complejo
dinmico llamado Replisoma. Ver Figura 7.19. El DNA es el que se mover

durante la replicacin y no la DNA polimerasa. Dentro del complejo del


replisoma la helicasa y la primasa forman un complejo llamado Primosoma.
Esta va a ser la actividad del replisoma. Sin dejar de ver la figura 7.19 y el
ltimo video.

La DNA girasa lleva la delantera en la replicacin mientras distorsiona el


DNA y permite que la helicasa separe las cadenas de DNA.
El primosoma desenrolla y ceba el DNA
Las SSB (protenas de unin a cadenas sencillas) inhiben la posibilidad
que las hebras separadas vuelvan a unirse.

7.8. Correccin de errores y terminacin.


Fidelidad de la replicacin del DNA: correccin de errores
Los errores en la replicacin del DNA introducen mutaciones, cambios en la
secuencia del DNA. Estas tasas de mutacin en las clulas son
sorprendentemente bajas. Esto es posible porque las DNA polimerasas tienen
dos oportunidades para incorporar la base correcta en un sitio determinado. La
primera oportunidad es durante la replicacin del DNA, con la insercin de
bases complementarias a la cadena parental o molde. El segundo caso es
llamado correccin de errores en el que participan Pol I o Pol III. En caso de
ser la Pol III es posible por su subunidad proteica independiente DnaQ que es el
liquidpaper.
Pol I y Pol III tienen una actividad exonucleasa (extremo) de 3 a 5 eliminan los
nucletidos equivocados. Los nucletidos incorrectos genera un mal
apareamiento de las bases y por ende una distorsin y esto es detectado por la
polimerasa III. Una vez elimina el nucletido incorrecto pueden insertar
nuevamente el nucletido correspondiente. Ahora mirar Figura 7.20.
La Pol I tiene actividad exonucleasa en direccin 5 a 3 para eliminar el
cebador de RNA de las cadenas replicadas. Slo esta actividad la tienen la Pol I.
Terminacin de la replicacin
Al lado opuesto del origen de replicacin hay un sitio llamado parada de
replicacin por una secuencia de bases llamada Ter. En esta zona las
horquillas de replicacin opuestas chocan cuando los crculos de DNA
replicados estn completos. A Ter se unir Tus que es una protena que se
encargada de bloquear el avance de las horquillas de replicacin. Al finalizar la
replicacin resultan dos cromosomas circulares entrelazados volver a Figura
7.16, para desentrelazarlos se necesita de la actividad de la Topoisomerasa IV.
IV.

La sntesis de RNA: Transcripcin.

Tres diferencias fundamentales entre el RNA y DNA

1. El RNA contiene una azcar ribosa en vez de una desoxirribosa


2. El RNA contiene una base uracilo en vez de la timina
3. RNA no es de doble cadena, excepto en algunos virus
Tipos de RNA implicados en la sntesis proteica: mRNA (mensajero), tRNA
(transferencia) y rRNA (ribosmico). El RNA juega dos papeles a nivel gentico
y funcional. A nivel gentico el mRNA lleva la informacin gentica del DNA al
ribosoma. El rRNA tiene funciones funcionales y estructurales en el ribosoma y
el tRNA tiene un papel fundamental en la transferencia de aminocidos durante
la sntesis de protenas.
7.9. Aspectos generales de la transcripcin
La transcripcin de la informacin gentica del DNA al RNA es realizada por la
enzima RNA-polimerasa. Esta necesita de una cadena de DNA como molde y
sus precursores son ATP, GTP, CTP y UTP.
La sntesis de la cadena de RNA que resulta del molde DNA es muy similar a la
sntesis de DNA, a lo que se refiere a la elongacin. La cadena recin
sintetizada es antiparalela a la cadena molde (5-3). A diferencia de la DNA
polimerasa la RNA polimerasa no necesita de cebadores para poder iniciar.
Se necesitan iones divalentes?? La formacin de estructuras tallo-bucle por
parte del RNA despus del proceso de transcripcin se estabilizan por la
presencia de sales en particular iones divalentes como el magnesio
-Iniciancin: Unin al promotor
-Elongacin: Transcripcin
-Terminacin
RNA-polimerasas
El molde para la RNA polimerasa es una molcula de DNA de doble cadena,
pero solo una de las dos hebras ser transcrita para un gen determinado.
La RNA polimerasa bacteriana tiene 5 subunidades diferentes: beta, beta
prima, alfa (alfa presente en dos copias), omega y sigma. La enzima activa se
denomina holoenzima RNA-polimerasa. La subunidad sigma no se
encuentra fuertemente unidad a la RNA polimerasa por tanto el ncleo (core)
de la enzima lo componen 2. El ncleo sintetiza RNA, mientras que el
factor sigma reconoce en el DNA el lugar adecuado para iniciar la transcripcin.
Sintesis de RNA: Beta, Beta prime, las dos de alfa
Ensamblaje: Omega

Secuencias de iniciacin: sigma, se encuentra unida al ncleo y DNA por


periodos cortes de tiempo, despus se separa.
Promotores
Son secuencia de base que son indicadores del inicio de la transcripcin. Estos
son reconocidos por la subunidad sigma de la enzima. Ver Figura 7.22.
Una vez que se RNA polimerasa se una al promotor comienza la transcripcin,
abriendo las dobles hlices y formando una burbuja de transcripcin. Est
avanzando y a medida desenrolla fragmentos cortos de DNA. Los promotores
tambin proporcionan el sentido o direccin de la transcripcin. Cuando se
forma un fragmento corto de RNA el factor sigma se disocia, la formacin de
RNA se lleva a cabo nicamente por el core de la enzima. A medida que avanza
la RNA polimerasa los segmentos abiertos de DNA se cierran porque no
participan protenas SSB. La transcripcin finaliza cuando el RNA polimerasa
llega a sitios especficos llamados terminadores de la transcripcin.
A diferencia de la replicacin la transcripcin es de segmentos cortos del DNA,
especficamente de un gen.
Sigma 70: Condiciones ptimas de crecimiento. Las dems actan cuando hay
condiciones adversas.
7.10. Factores sigma y secuencias consenso
El factor sigma reconoce a los promotores el superndice de sigma indica el
tamao de la protena en kilodaltons (70). Dentro del promotor hay dos
regiones que estn altamente conservadas en todos los promotores (Ver Figura
7.22). Una de ellas es la regin -10 (o caja pribnow), el -10 indica que son las
bases que estn 10 bases antes del inicio de la transcripcin. En la imagen uds
vern 6 hebras verdes, cada una es diferente de la otra y cada una de ellas en
una secuencia promotor. Pero cuando se observan en conjunto se logra resaltar
en rojo que esas bases son muy parecidas con respecto cada una de las
hebras. A estas regiones se les denomina regin -10 o la ms alejada la regin
-30. Si se coge todas las bases que conforman la regin -10 de cada cadena, y
se hace comparacin entre ellas se obtiene una secuencia consenso, se
determina mirando las coincidencias en orden de las bases de cada
hebra y la que este en mayor nmero formara parte de la secuencia
consenso. Esta secuencia no es igual a las regiones -10 de cada una de las
hebras pero se les parece. Sigma realmente se une a las regiones -10 y -30
dentro del promotor.
Es importante tener en cuenta que el factor sigma se une a ambas hebras del
DNA, PERO HACE CONTACTO ESPECIFICO CON LA CADENA QUE NO VA SER
TRANSCRIPTA, EN LAS REGIONES YA MENCIONADAS. Por tanto la RNA

polimerasa transcribir la hebra a la cual no se une especficamente el factor


sigma.

Unin de sigma al ncleo: los lbulos beta 1 y 2, la aleta beta y la lmina


beta se mueven para fijar a sigma a la holoenzima. ATD del enlazador
sigma 3-4 forma un bucle en el interior del canal RNAP y se acerca al
centro activo. CTD se encuentra dentro del canal de salida RNA
Reconocimiento del promotor, formacin del RPc: la aleta beta y sigma 4
interactuan con la regin -35. Los CTD I y II de alfa se unen al elemento
UP y sigma 2 interacciona con -10. El DNA permanece bicatenario
En RPc: La abrazadera de unin al ADN cierra el dplex de ADN aguas
abajo para ayudar a la formacin del complejo binario.
Formacin de la burbuja de transcripcin: Residuos aromticos en sigma
2 interactuan con el DNA y producen su abertua -11 A/T formando el
complejo abierto Rpo
Localizacin de +1 en el centro cataltico de la RNAP y polimerizacin del
RNA. Sigma sigue unido al promotor. Se da la generacin del proceso de
scrunching en el DNA a medida que ingresa el canal principal. Lo
anterior da lugar al ciclo de iniciacin abortiva, que me sintetiza
segmentos de menos de 8 rnt.
En el ciclo de iniciacin productiva es cuando se sintetizan de 8-11rnt.
Una vez esto se rompen los contactos de RNAP con el promotor.
Formacin del complejo de elongacin EC

Algunas veces sigma permaneces unida al ncleo durante la transcripcin.


RNAP debe evitar la colisin entre el 5 del creciente RNA y sigma 3-4 y sigma 4
en el canal principal y el canal de salida de ARN para no generar:
-Separacin del hibrido DNA-RNA
-Desacople de sigma de RNAP
-Suspensin de sntesis
RNAP tiene elementos mviles en su centro activo
-Puente F + Disparador: Seleccionar y unir el NTP correcto en el sitio cataltico
+1 travs de interacciones con NTPs.
1. F y G presentar una estructura relajada que permiten el movimiento de
RNAP
2. El ingreso del NTP correcto, induce cambios conformacionales en los
elementos, formacin de una hlice alfa:
-Complejo de elongacin EC atrapado

-Movimiento de RNAP y bloqueo del canal secundario


3. Unin del NTP correcto, liberacin de PPi y relajacin de F y G.
La elongacin no es un proceso continuo, presenta 2 fases: Una de sntesis y
pausa de la elongacin.
Tipos de pausas.

Inducidas por horquillas-bucles en el RNAm naciente


Retroceso de la RNAP sobre DNA rio abajo e introduccin del extremo 3RNA en el canala secundario de la RNAP -backtracking
Incorporacin errnea: Induce la hidrolisis del ultimo nucletido 3-RNA
debido a una incorporacin errnea por la RNAP. Requiere factores

Objetivo de las pausas.


-Sincronizar la RNAP con los factores de elongacin.
-sincronizan la traduccin y la transcripcin bacteriana
-Facilitan que el RNA adopte una estructura secundaria correcta.
-Requisito previo del bloqueo y la terminacin,
Elementos adicionales que regulan la elongacin en la transcripcin

Factores de elongacin.

1. NusA: Estimula pausas y procesos de terminacin a interactuar con otros


factores.
2. GreA- GreB: Estimula la actividad endonucleasa
3. Mdf: Hidroliza ATP y se transloca, interacciona RNAP bloqueado y estimula su
avance

Factores sigma alternativos en Escherichia coli.


Todos los factores sigmas no son iguales y reconocen secuencias consenso
diferentes. Cuando se desea regular la transcripcin de genes especficos se
modifica la velocidad de la sntesis del factor sigma especfico o su velocidad
de degradacin. Es una manipulacin gentica. O se emplean factores
antisigma que son protenas que inhiben temporalmente la actividad del factor
sigma. Por si quieren ver vean la Tabla 7.3 es sobre factores sigma.
7.11. Terminacin de la transcripcin

La terminacin de la sntesis de RNA est dirigida por secuencias de bases


especficas en el DNA. En bacterias una seal habitual de terminacin es una
secuencia rica de GC que contiene una repeticin invertida con un segmento
central no repetido (Ver figura 7.23), cuando se transcribe estas secuencias el
RNA adopta una configuracin estructural tallo-bucle. Seguidos de ello una
secuencia rica en adeninas o timinas en el DNA, son seal de terminacin, esto
se debe porque los enlaces A:U son muy dbiles por lo cual el RNA unido al
DNA se puede liberar de este fcilmente. Los patrones de secuencias que
terminan la transcripcin sin adicin de ningn factor adicional reciben el
nombre de terminadores intrnsecos.
Terminacin dependiente de Rho
Factor proteico especfico: Rho.
Se une al mRNA
Sitio de terminacin dependiente de Rho.
Rho no se une a la RNA polimerasa ni al DNA, sino que se une con fuerza al
extremo del RNA y se desplaza a lo largo de este hasta llegar a la RNApolimerasa y golpearla y liberarla, se supone que la RNA polimerasa se detiene
por un sitio de terminacin Rho dependiente, antes de chocar con Rho.

7.12. La unidad de transcripcin


RNA ribosmicos y de transferencia y longevidad del RNA
Los rRNA y tRNA son transcriptos del DNA, pero de ellos no se codifican
protenas. Tipos de rRNA: rRNA 16S, 23S y 5S. Como se muestra en la figura
7.24 existen agrupaciones que contiene un gen para cada uno de estos rRNA y
dichas agrupaciones se cotranscriben. Estos RNA cotanscriptos posteriormente
se cortan para generar rRNA o tRNA individuales y maduros.
A diferencia de los mRNA los tRNA y rRNA son mucho ms estables y su
estructura plegada evita que sean degradadas por ribonucleasas
Los mRNA policistronicos y los operones
En los procariotas los genes que codifican enzimas relaciones suelen estar
agrupados. LA RNA polimerasa transcribe todo el grupo de genes y genera una
sola molcula larga de mRNA. A este se le denomina mRNA policistonico. Al
traducirse, se sintetizan varios polipptidos uno detrs del otro, en el mismo
ribosoma. Un grupo de genes relacionados entre s y que se transcriben a la
vez para generar un solo mRNA policistronico se cono con el nombre de
operon.

V.

La sntesis de protenas
En procariotas es un dmero 50S y 30S
30S: Reconoce y une los codones del mRNA con el anti-codn tRNA
50S: Se une a travs del brazo aceptor del tRNA. Cataliza la unn del
enlace peptdico entre el aminocido que llega al sitio A y el pptido
creciente presente en P.

La traduccin es la produccin de protenas a partir de una cido nucleico.


7.13. El Cdigo gentico
El cdigo gentico es lo que Uds. ven en la Tabla 7.4, que a partir de un codn
se codifica un aminocido especfico o significa una seal de inicio o de parada.
Propiedades del cdigo gentico
El cdigo gentico es un cdigo degenerado (como todas Uds.) y es porque
varios codones pueden codificar el mismo aminocido. Es decir, si sabemos el
aminocido codificado no sabemos de quien viene, porque hay varios codones
que lo pueden codificar. Pero si se podra saber de manera contraria.
Un codn es reconocido por el apareamiento especfico de sus bases con una
secuencia complementaria de tres bases llamadas anticodn, una secuencia
que se encuentra en los tRNA para cada codn. Aunque existen tRNA que
pueden reconocer ms de un codn. Por ejemplo, hay dos codones para lisina,
existe solo un lisina-tRNA cuyo anticodn puede aparearse tanto con AAA como
AAG. Es estas ocasiones las moleculas tRNA forman pares de bases estndar
solamente en las dos primeras posiciones del codn y toleran el apareamiento
irregular en la tercera posicin. Este fenmeno se denomina balanceo y se
ilustra en la figura 7.25.
Codones de parada y de inicio
Aquellos codones que no codifican aminocidos (UAA, UAG y UGA) funcionan
como codones de parada indican el final de la traduccin de un RNA mensajero.
Los codones de parada tambin son llamados codones sin sentido.
El codn de inicio (AUG), codifica metionina qumicamente modificada, la Nformilmetionina. Con un cdigo basado en tripletes, resulta fundamental para
la traduccin empezar en el nucletido correcto. Si no, toda la pauta de lectura
del mRNA se desplaza y se sintetiza una protena completamente diferente. Ver
las posibles causas -1 y +1 en la Figura 7.26.
La fidelidad de la pauta de lectura depende de las interacciones entre el mRNA
y el rRNA en el ribosoma. El RNA ribosmico reconoce un AUG especfico en el
mRNA como codn de inicio con la ayuda de una secuencia situada antes en el

mRNA llamada secuencia de Shine-Dalgarno. Esto explica por qu algunas


clulas pueden utilizar otros codones de inicio.
Pautas de lectura abierta (ORF)
Es un codn de inicio seguido por una serie de codones y despus un codn de
parada. Las ORF lo bastante largas se consideran reales. Pero en caso de que
sean cortas hay que verificar si es producto de la casualidad o en verdad la
protena codificada por ORF es corta.
Preferencia codnica
Quiere decir que en ciertos organismos aunque varios codones codifiquen el
mismo aminocido estos van a preferir el empleo de cierto codn para codificar
dicho aminocido. Y esto es equivalente a la presencia de tRNA disponibles.
Modificaciones del cdigo gentico
Esto quiere decir que la informacin que presenta la Tabla 7.4 tiende a variar
segn el organismo, en una minora. Ya que este es universal. En algunos casos
un codn de parada se usa como codn codificador de aminocidos conocidos
o unos diferentes a los veinte ms comunes.
7.14. RNA de transferencia
Los tRNA son especficos a ciertos codones as mismo a aminocidos tambin
especficos. La unin del aminocido con el tRNA es posible por la enzima
aminoacil-tRNA-sintetasa
Estructura general del tRNA
Las moleculas de tRNA son cortas, de cadena sencilla (no apareada con otra),
poseen una estructura secundaria exclusiva (Figura 7.27) y tienen entre 73 y
93 nucletidos de longitud. Las moleculas de tRNA contienen algunas bases
puricas o pirimidicas que son ligeramente diferentes a las cuatro conocidas,
porque han sido modificadas qumicamente. Estas modificaciones se llevan a
cabo despus de la transcripcin.
Para ver algunos de los nombres de la estructura, como brazos o extremos
tales, observa la figura 7.27a y b.
El anticodn y el sitio de unin al aminocido
El anticodn est en el bucle anticodn.
En el extremo 3 o brazo aceptor, todos los tRNA tiene tres nucletidos
desapareados, siempre son CCA. Estos no son producto de la transcripcin del
DNA para sintetizar tRNA. Por el contrario se aaden una vez formado el tRNA

por nucleotidil-transferasa terminal, utilizando CTP y ATP como sustratos.


El aminocido se une covalentemente a la A del brazo aceptor.
Reconocimiento, activacin y carga de los tRNA
El reconocimiento del tRNA correcto por parte de una aminoacil-tRNA sintetasa
implica contactos especficos entre regiones claves del tRNA y la sintetasa
(Figura 7.28). La regiones implicadas en el reconocimiento del tRNA por la
sintetasa es la regin del anticodn, brazo aceptor y bucle D.
Primera reaccin. Activacin con ATP
Aminocido + ATP

Aminoacil-AMP + tRNA

Aminoacil-AMP + P-P

tRNA-aminoacil + AMP

Seguir la Figura 7.28. Se habla tRNA cargado cuando lleva en su brazo aceptor
ya un aminocido. Una vez cargado se separa el tRNA de la enzima y se dirige
al ribosoma.
7.15. Traduccin: el proceso de la sntesis de protenas
Ribosomas
Los ribosomas son los lugares de sntesis de protenas. La cantidad de
ribosomas es directamente proporcional con la tasa de crecimiento. Cada
ribosoma est formado por dos subunidades la 30S y la 50S, que al unirse dan
lugar al ribosoma 70S (no es resultado de la suma para que no vayan a pensar
eso porque jummmm con Uds. todo es posible). La unidad S (Svedberg) que se
refiere a los coeficientes de sedimentacin de las subunidades ribosmicas.
30S: est compuesta de rRNA 16S y 21 protenas
50S: rRNA 5S y 23S y 31 protenas
El ribosoma es dinmico porque sus subunidades pueden disociarse o asociarse
alternadamente, participar con protenas.
Etapas de la sntesis de protenas
Iniciacin, elongacin y terminacin. Cada una con sus respectivos factores
(Iniciacin, elongacin y terminacin).
Inicio de la traduccin
El inicio de la sntesis de protenas siempre tiene lugar en la subunidad 30S
libre. A partir de aqu se forma un complejo de iniciacin con la subunidad 30S,
el tRNA de la N-formilmetionina y el mRNA y algunas protenas de iniciacin

como IF1, IF2 e IF3. Depende de ATP, esta etapa, una vez formado el complejo
de iniciacin la subunidad 30S se une a la subunidad 50S y forma la 70S activa.
Al final del proceso las subunidades del ribosoma se separan.
La secuencia Shine-Dalgarno o sitio de unin al ribosoma (de 3 a 9 nucletidos)
ayuda unir el mRNA al ribosoma. El extremo de unin del mRNA es 5 que es
complementario al extremo 3 del RNA 16S de la subunidad 30S. Esta unin
mantendr segura la lectura. Tambin funciona con los policistrones donde se
reconocer cada secuencia de iniciacin para cada mensaje.
La traduccin se inicia con el aminoacil-tRNA iniciador especial al codn de
inicio. La N-formilmetionina aadida puede ser modificada posteriormente
para quitar el grupo formilo, o todo el aminocido por accin de una proteasa
especifica.
Elongacin, translocacin y terminacin. Vean todo este proceso con
la figura 7.29 a la mano
El mRNA se desliza por el ribosoma principalmente unido a la subunidad 30S.
Existen dos tipos de sitios ubicados en la subunidad mayor los cuales son el
sitio A y P.
A: es el sitio donde se une el tRNA cargado, este proceso es facilitado por el
factor proteico de elongacin EF-Tu
P: es el sitio donde el tRNA sujeta a la cadena polipeptidica en crecimiento.
Existe otro factor de elongacin llamado EF-Ts
En A se lleva cabo la formacin del enlace peptdico con otro tRNA cargado que
se encuentre en P. Luego de ello se debe dar una translocacin para que el
tRNA en A pase a P, para dejar libre en A y que pueda llegar otro tRNA
cargado. Durante este proceso es necesario de EF-G y GTP. En cada
translocacin el ribosoma avanza en 3 nucletidos y expone un nuevo codn
en el sitio A. Y el que estaba en el sitio P lo lleva al sitio E descargado, ya sin
aminocido encima.
El mRNA no se va a mover por el Ribosoma, sino el Ribosoma se mueve por el
mRNA. Esto permite que varios ribosomas traduzcan un mismo mRNA
formando complejos llamados polisomas. Ver 7.30. El ribosoma que ms
cercano se encuentre al extremo 5 acaba de iniciar la traduccin mientras
el ribosoma que est cerca 3, ya haba comenzado la traduccin y ha
desplazado hasta llegar all, por ello tiene una protena sintetizada ms
larga.
Cuando la lectura llega a un codn de parada ningn tRNA se une a este
codn, por ende llega el factor de liberacin RF y corta el polipptido

formado y libera el tRNA del ultimo aminocido. Y las subunidades de


ribosoma se disocian.
Funcin del RNA ribosmico en la sntesis de protenas
En el ribosoma el rRNA 16S se une a la secuencia de Shine-Dalgarno. El rRNA
23S se aparea con el extremo aceptor del tRNA cargado. Tambin lleva a
cabo la formacin de los enlaces peptdicos y tambin se une a l EF.
Liberacin de ribosomas atrapados
Un mRNA que carezca de codn de parada (por mutacin o temprana
degradacin) provoca un problema en la traduccin. De esta forma EF no
podr permitir la liberacin del pptido y el ribosoma queda atascado.
Para ello interviene un tmRNA, es t porque transporta el aminocido alanina y
es m porque posee un corto fragmento de RNA que puede traducirse.
Cuando tmRNA se une al ribosoma, el ribosoma traduce el corto fragmento
de RNA y lo aade al pptido atascado lo que genera su liberacin, pero este
fragmento traducido es una seal para que la proteasa la degrade ya que es
una protena defectuosa.
Efecto de los antibiticos en la sntesis de protenas
Los antibiticos pueden inhibir cualquier etapa de la traduccin. Por ejemplo, la
estreptomicina a la iniciacin. El cloranfenicol, la puromicina, la
cicloheximida y la tetraciclina inhiben la elongacin.
La estreptomicina es especfica para bacterias, mientras el cloranfenicol lo es
para eucariotas.
7.16. Incorporacin de aminocidos no estndar
La variedad de aminocidos
Delos veinte aminocidos comunes algunas protenas tiene otros que son
resultado de la modificacin postraduccional, que se modifican despus
de ser traducidos. Solo dos aminocidos son insertados durante la
traduccin, que son diferentes a todos los cuales son la selenocisteina y la
pirrolisina.
Selenocisteina y pirrolisina
La selenocisteina tiene la misma estructura de la cistena sino que en lugar del
atomo de azufre tiene un tomo de selenio.
Esto ocurre cuando la de
serina se une un tRNA de selenocisteina por la aminoacil-tRNA-sintetasa y es
modificada posteriormente.

La pirrolisina es una lisina derivada con un anillo aromatico extra. Ambos


aminocidos son codificados por codones de parada. (UGA y UAG). Ambas
tienen sus tRNA especficos.
Como el ribosoma sabe si es un codn de parada o un codn para
selenocisteina, entonces es debido a una secuencia posterior que genera
una estructura tallo bucle que se une con SelB y este agarra la tRNA de
selenocisteina. Algo similar sucede con la pirrolisina pero no es bien sabido.
7.17. Plegamiento y secrecin de protenas
Plegamiento de protenas
La mayora de polipptidos se pliegan mientras estn siendo sintetizados. Pero
hay otros que no lo hacen y necesitan de chaperonas moleculares o
chaperoninas. Estas s{olo ayudan al plegamiento no se ensamblan con la
protena.
En Escherechia coli existen cuatro fundamentales DnaK, DnaJ, GroEL y GroES
todas dependientes de ATP.
Las chaperonas evitan tambin que plegamiento sea brusco y ocasione daos
o plegamientos incorrectos.
Ver imagen 7.32. Si Uds. ven el complejo DnaKJ puede ayudar a plegar pero en
caso tal que no puede ayudan unas multisubunidades llamas GroEL y GroES,
los cuales tienen forma de barril.
Pueden plegar tambin protenas que han sido desnaturalizadas.
La secrecin de protenas y la partcula de reconocimiento de la seal
Las protenas que deben ser sacadas al periplasma o al medio extracelular son
sintetizadas con una seal de 15 a 20 aminocidos al principio de la
protena. Esta secuencia evita que la protena sea plegada en el citoplasma,
ya que plegada puede dificultar a que sea secretada. Esta seal se divide en
tre regiones la primera un poco positiva la del centro hidrofbica y la final
polar. Como la seal es la primera en sintetizarse muchas protenas estn
siendo secretadas mientras se terminan de sintetizar.
Las protenas que identifican las secuencias seas son SecA o la partcula de
reconocimiento de la seal (SRP).
SecA es por lo general para protenas que son exportada al
periplasma, mientras SRP es para protenas intermembranales.
Figura 7.33

Cuando las protenas son liberadas la secuencia seal es eliminada por una
proteasa. En las membranas existe un canal Sec formado por tres protenas
SecYEG que son los que reconocen la protena exportadora y la liberacin de
la protena.
Secrecin de protenas plegadas: el sistema Tat
Algunas protenas deben ser plegadas en el citoplasma para que ciertos
cofactores interacten con ellas y de esa manera poder ser expulsadas.
Estas protenas son transportadas por Sistema Tat de exportacin de
protenas. Donde Tat significa traslocasa de argininas gemelas.
Las protenas transportadas tienen una secuencia seal corta que contiene un
par de argininas, que son reconocidas por TatBC y son llevadas por estas a
TatA, transportador de membrana. Esta secrecin implica un gasto de
energa aprovechado por la fuerza protn motriz.
Les recomiendo leer el glosario para recordar cosas. Porque vaya
memoria la que Uds. Tienen. No mentiras. Fue un placer haber
hecho este resumen para Uds.

La replicacin inicia en un sitio especfico (OriC)