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La deteccin de genes clave asociadas con defectos congnitos del corazn en el

sndrome de Down basado en la red expresin diferencial


Abstracto
Antecedentes: El sndrome de Down (SD) es el trastorno cromosmico ms comn viable con deterioro
intelectual y varias otras anomalas del desarrollo. Cuarenta a cincuenta por ciento de los recin nacidos con
sndrome de Down tienen algn tipo de defectos congnitos del corazn (CHD). Ya se ha obtenido el
genoma de las enfermedades del corazn en DS, pero la variacin de expresin genmica o gen subyacente
que contribuye a la manifestacin de una enfermedad coronaria en DS es an desconocido. Objetivo: Este
estudio tiene como objetivo analizar los principales genes de los pacientes con enfermedad coronaria en
DS.Mtodos: Se emple enfoque de red expresin diferencial (DEN) para analizar los genes y las vas
dyeregulated en este estudio. En primer lugar, los genes expresados diferencialmente (DEGs) entre CHD en
DS y sujetos normales fueron seleccionados en base a los datos de expresin de microarrays. A
continuacin, se identificaron las interacciones diferenciales utilizando los coeficientes de correlacin de
Spearman de bordes en diferentes condiciones. A continuacin, el DEN fue construido combinando ambos
DEGs e interacciones diferenciales, y los genes HUB se obtuvo mediante anlisis de grado de centralidad de
DEN. Mientras tanto, tambin se determinaron los genes de enfermedades incluidas en el
estudio. Resultados: En el anlisis de la expresin gnica valores en diferentes condiciones, no se
identificaron DEGs. Mientras, se identificaron un total de 984 pares de genes con expresin diferencial
significativa. Por ltimo, el DEN fue construido slo con bordes diferenciales en nuestro estudio. En esta
red, se identificaron ocho genes HUB, y su interior cuatro genes (UBC, APP, HUWE1 y SRC) eran ambos
genes cubo y genes de la enfermedad. Conclusiones: DEN enfoque debe ser tomado como un complemento
til a los genes diferenciales mtodos tradicionales. Proporcionamos varios marcadores biolgicos
subyacentes potenciales para las enfermedades del corazn en DS.
Palabras clave: defectos congnitos del corazn, sndrome de Down, la diferencia de la red expresin,
anlisis de centralidad
Introduccin
El sndrome de Down (SD) es un trastorno gentico causado por la trisoma del cromosoma 21 [ 1 ]. Es la
anormalidad cromosmica que ocurre ms comnmente en nios nacidos vivos [ 2 ] y afecta a 1 a 2 por cada
1000 nacidos vivos [ 3 - 5 ]. A pesar del aumento en la deteccin prenatal, la prevalencia de los bebs que
nacen con sndrome de Down ha aumentado en un 25% durante los ltimos 30 aos y es paralelo al
incremento de los embarazos de edad materna avanzada [ 6 ]. Algunos de sus fenotipos (por ejemplo,
deterioro cognitivo) estn constantemente presentes en todos los individuos con DS, mientras que otros
muestran una penetrancia incompleta [ 7 - 9 ]. Los fenotipos ms notables con penetrancia reducida son los
defectos congnitos del corazn (CHD), de cuarenta a cincuenta por ciento de los recin nacidos con
sndrome de Down tienen alguna forma de enfermedad coronaria [ 3 , 10 - 12 ]. De las personas con
enfermedades del corazn, alrededor del 80% tiene un defecto septal ventricular o defecto septal
auriculoventricular [ 13 ]. La relativamente mayor tasa de mortalidad infantil en la poblacin DS se ha
atribuido en gran medida a que tienen una mayor incidencia de enfermedades del corazn
[ 11 , 14 , 15 ]. Dada la prevalencia relativa de los dos pacientes con sndrome de Down y cardiopata
coronaria, informacin adicional con respecto a esperar resultados quirrgicos cardacos para esta poblacin
en particular podra proporcionar a los padres y proveedores de servicios mdicos con una orientacin
importante. El hecho de que la frecuencia de CHD en DS es mucho mayor que los individuos normales
euploid indica que los genes dosis-sensibles en el cromosoma 21 aumentan en gran medida el riesgo de

enfermedades del corazn [ 16 ]. Sin embargo, la variacin de expresin genmica o gen principal que
contribuye a la manifestacin de una enfermedad coronaria en DS es an desconocido.
Los genes estn fuertemente regulados para ejecutar las funciones biolgicas adecuadas en una clula para
responder perturbaciones internas o externas [ 17 ], y por lo tanto sus variaciones de expresin durante el
proceso de deterioro de la enfermedad estn causalmente asociados con los cambios en el
fenotipo. Recientes rpido avance en tecnologas de alto rendimiento ofrece oportunidades sin precedentes
para medir los comportamientos dinmicos de diversos tejidos a nivel de todo el genoma [ 18 , 19 ]. Hasta la
fecha, los perfiles de expresin gnica han sido ampliamente utilizados para la investigacin de
enfermedades complejas y se han propuesto una variedad de mtodos para identificar biomarcadores
moleculares o seleccionar caractersticas de los perfiles de expresin de genes [ 20 ]. Teniendo en cuenta el
gran volumen de los datos obtenidos a travs de tcnicas de alto rendimiento y la influencia negativa del
ruido, una estrategia natural es la de buscar los genes que son drsticamente diferentes en el estado de la
enfermedad y el estado normal.
Los sistemas basados en la biologa de red ofrece una descripcin cuantificable de las redes moleculares,
que caracterizan a las complejas interacciones y las relaciones entretejidas intrincados. Estas relaciones
gobiernan las funciones celulares entre los tejidos y genes relacionados con la enfermedad de explicar los
procesos moleculares durante el desarrollo y la progresin de la enfermedad [ 21 de - 24 de ]. Enfoques
basados en la red se han desarrollado para extraer genes informativos que dependen de las redes
biomoleculares (por ejemplo, la interaccin protena-protena (PPI) de la red y de la red de regulacin de
genes), en lugar de genes individuales. Red de expresin diferencial (DEN), desarrollado por Sun et
al. [ 25 ], es una nueva forma de red molecular, que se basa tanto en la red molecular (por ejemplo, la red
PPI) perfiles y de expresin gnica para caracterizar proceso biolgico, en contraste con los "genes
diferenciales 'tradicionales (DG) o" red diferencial' ( DN).DEN 'se compone de interacciones no
diferenciales y interacciones diferenciales. Desde el punto de vista de la red, el DEN realidad no slo
cubre la DG y DN, sino que tambin incluye relacionados con la enfermedad 'interacciones no diferenciales
", que se pierden en el DN.Mientras tanto, el esquema DEN proporciona una nueva manera de predecir
genes de enfermedades y otras interacciones entre enfermedades, puede cubrir 3-4 pliega genes de las
enfermedades ms conocidas de los genes expresados diferencialmente tradicionales (DEGs)
[ 25 ]. Tambin, DEN explora completamente todas las interacciones relacionadas con la enfermedad,
incluyendo interacciones no diferenciales entre las protenas, y por lo tanto es capaz de identificar genes de
la enfermedad y de las interacciones de la enfermedad de una manera exacta [ 25 ].
En este estudio, que tuvo como objetivo analizar los principales genes relacionados con los pacientes con
enfermedad coronaria en DS basndose en el enfoque DEN. En primer lugar, se obtuvieron los datos de
microarrays de los seres humanos sanos y DS con CC de la base de datos ArrayExpress. A continuacin, se
rastrearon DEGs entre los pacientes con cardiopata coronaria DS y los controles normales. A continuacin,
se identificaron las interacciones diferenciales mediante el coeficiente de correlacin de Spearman sobre la
base de los valores de expresin de genes en diferentes condiciones. Por ltimo, el DEN fue construido y
genes HUB fueron descubiertos por el anlisis de centralidad. Este estudio puede proporcionar informacin
para explorar los posibles genes clave y los mecanismos moleculares subyacentes de las enfermedades del
corazn en DS.
mtodos
reclutamiento de datos y preprocesamiento

El perfil de expresin gnica de E-geod-1789 que fue aportado por Conti et al. [ 26 ] se obtuvo de la base de
datos ArrayExpress (http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/). Los datos se obtuvo a partir de tejido cardiaco que
se obtuvo de fetos en 18-22 semanas de gestacin despus de un aborto teraputico. Se estudiaron diez
muestras de fetos trismicas para Hsa21 y 5 de fetos de control euploid [ 26 ]. Los archivos de datos y
anotacin de microarrays de los seres humanos sanos y CHD en DS fueron descargados para su posterior
anlisis.
Con el fin de eliminar la influencia de la hibridacin inespecfica, se llev a cabo la correccin de fondo y la
normalizacin por medio de mtodo robusto multichip (RMA) [ 27 ] y el algoritmo basado cuantil [ 28 ]. Y
utilizamos micro matriz suite 5.0 (MAS 5.0) algoritmo para revisar partido perfecto y valor de no
correspondencia [ 29 ], el valor de los cuales se seleccion a travs del mtodo de la mediana. El valor de la
expresin gnica se transform a un nivel comparable. A continuacin, se utiliz el mtodo de filtro
caracterstica del paquete genefilter proyectar los datos.Cada sonda fue asignada a un gen, donde la sonda
se descart si no poda igualar ningn gen. El valor de expresin promedio de ms de sondas se us como el
valor de la expresin gnica si el gen tena mltiples sondas.
La identificacin de DEGs

Despus de pre-procesamiento de datos, se utiliz el mtodo de Bayes emprica (prueba F) que se


implement en los modelos lineales para datos de microarrays (LIMMA) paquete [ 30 ] para identificar
DEGs entre CHD en DS y controles normales. Los valores de | registro de cambios Fold (FC) | > 2.0 y P valor <0,05 fueron seleccionados como los criterios de exclusin.
La identificacin de las interacciones disfuncionales

En este estudio, la red PPI original fue integrado desde Biolgica General de repositorio para la interaccin
de datos (BioGrid, http://thebiogrid.org/). En el BioGrid, se incluyeron un total de 15.750 genes y 248,584
interacciones de los seres humanos. Sobre la base de los datos de transcripcin de E-geod-1789, a
continuacin, se construy la red PPI incluyendo 10.630 genes y 184,940 interacciones.
El clculo de los coeficientes de correlacin de Spearman de pares de genes

Coeficiente de correlacin de Spearman se utiliz en este estudio es un mtodos populares para describir la
fuerza de interaccin entre los genes [31 ]. En la red, el coeficiente de correlacin de Spearman de cada
borde se calcul por separado sobre la base de los valores de expresin de genes en diferentes condiciones
(controles y CHD en DS), que designarse como A1 y A2, respectivamente.
La determinacin del umbral del valor de p

Con el fin de determinar cmo elegir las relaciones de genes para futuras investigaciones, hemos construido
dos modelos (uno para el grupo de control, y el otro para el grupo de casos) al azar, cada modelo contiene
200.000 relaciones genticas. Los coeficientes de correlacin de Spearman de bordes en dos modelos (A1,
A2) se calcularon, respectivamente, y el valor absoluto de los coeficientes de correlacin de ellas se
obtuvieron (| | A1-A2). Para obtener una ms potente y menos sujetos sesgo, mltiples ensayos se emplea en
este trabajo. El valor absoluto de los coeficientes de correlacin se estableci en orden descendente. Hemos
encontrado que cuando el umbral de P -valor se estableci en 0,05, el valor absoluto del coeficiente de
correlacin fue de 1,397. Por lo tanto, se realiz el valor de Spearman de los 184,940 relaciones que hemos
obtenido a partir BioGrid en orden descendente. Y a continuacin, hemos elegido estas relaciones de genes
que cuyo valor absoluto del coeficiente de correlacin era mayor de 1.397, as como al menos uno de los
coeficientes de correlacin de Spearman fue mayor que 0,7.

DEN la construccin

Una vez identificados los dos DEGs e interacciones diferenciales, el DEN A continuacin se construye
utilizando interacciones e interacciones diferenciales no diferenciales cuyos dos puntos finales fueron ambos
DEGs. La red se construy usando el software Cytoscape 2.1.
anlisis de centralidad

En cualquier estructura de la red, el papel de un nodo depende, no slo de las caractersticas del propio nodo,
sino tambin de la estructura topolgica de la red y en las otras caractersticas nodos [ 32 ]. En el presente
estudio, el anlisis de centralidad, que era particularmente til para identificar los principales actores en los
procesos biolgicos se llev a cabo para estudiar el DEN. Formalmente, una centralidad es una funcin que
asigna cada vrtice de un grfico de un valor numrico.Medidas de centralidad contienen principalmente
centralidad de grado, proximidad central y la ruta ms corta entre centralidad, en el que el grado es el ndice
topolgico ms simple. Los nodos con alto grado (muy conectado) se llaman "centros", que interactan con
otros genes, lo que sugiere un papel central en la red de interaccin. Todo el genoma estudios muestran que
la supresin de una protena cubo es ms probable que sea letal que la supresin de una protena no-hub, un
fenmeno conocido como la regla centralidad de letalidad [ 33 ]. En este trabajo, el grado de los genes que
eran igual o mayor que 9 fueron considerados como genes de cubo. Una orden obvio de los vrtices de un
grfico puede ser establecida por clasificndolos segn su grado [ 32 ]. Redes que presentan un grado de
distribucin se aproxima a una ley de potencia se denominan redes libres de escala [ 34 ], que son
intrnsecamente robusto a ataques al azar. El grado de distribucin de la DEN Tambin se ha analizado en
este trabajo.
la determinacin de los genes de enfermedades incluidas en el DEN

GeneCards es una base de datos de genes humanos que ofrece transcriptmica, la informacin genmica,
protemica, gentica y funcional de todos los genes humanos conocidos y previstos [ 35 ]. En el presente
estudio, los genes de enfermedades que se relacionan con las enfermedades del corazn en DS se obtuvieron
de la base de datos GeneCards (http://www.genecards.org/). Hay 1614 genes de la enfermedad de las
enfermedades del corazn en DS en toda la base de datos. Hemos descargado todos los datos para futuras
investigaciones.Los genes de la enfermedad, incluyendo en el estudio se determin mediante anlisis
estadstico amplio.
El anlisis funcional de enriquecimiento de los nodos

Kyoto Enciclopedia de genes y la base de datos va Genomas (KEGG) es una base de datos reconocida y
completa que incluye todo tipo de vas bioqumica [ 36 ]. En este estudio, se aplic la base de datos KEGG
para investigar el enriquecimiento de anlisis de los nodos para encontrar las vas bioqumicas que podran
estar implicados en la aparicin y desarrollo de enfermedades del corazn en DS. La base de datos para
anotacin, y Visualizacin Integrada Discovery (DAVID) [ 37 ] se utiliz para realizar el anlisis de la va de
enriquecimiento KEGG con el p valor <0,05 y el gen contador> 5.
resultados
DEN la construccin

Como hemos diseado, el DEN debe construirse de manera complementaria considerando tanto DEGs y
pares de genes disfuncionales. Por desgracia, al identificar DEGs utilizando los criterios de | logFC | > 2.0
y P , se seleccionaron <0,05 por paquete LIMMA ninguno DEGs. Por lo que el DEN fue construido
simplemente basndose en las interacciones diferenciales. Hemos llevado a cabo el valor de Spearman de los

184,940 pares de genes, y los pares de genes a continuacin, seleccionados cuyo valor absoluto de los
coeficientes de correlacin de Spearman en dos condiciones fueron mayores que 1.397, as como al menos
uno de los coeficientes de correlacin de Spearman fue mayor que 0,7 para construir el GUARIDA. Por
ltimo, el DEN se construy usando 984 pares de genes. Sin embargo, hubo algunos pares de genes no
contienen en el estudio principal. Al llevar a cabo el anlisis estadstico en la red principal, como se muestra
en la Figura 1 , haba 398 genes, 405 bordes que contienen en el mismo.

Figura 1
La red principal expresin diferencial implicado en DS con las enfermedades del corazn. HUB genes
fueron marcados en prpura.
genes de enfermedades, incluyendo en el DEN

A travs del anlisis estadstico global, encontramos que entre los 1614 genes de enfermedades que hemos
obtenido de la base de datos GeneCards, 293 genes de la enfermedad se incluyeron en el estudio que hemos
construido anteriormente.
anlisis de centralidad para ganar genes HUB

Se ha introducido en el mtodo, se analizaron principalmente la centralidad grado de la red en este


estudio. Como se realiz un anlisis del grado nodos de la DEN principal que hemos construido
anteriormente, como se muestra en la Figura 2 , el grado de distribucin representada aproximar una ley de
potencia, lo que sugiere que el DEN era una red libre de escala. Mientras tanto, nos fijamos el grado de los
genes que contienen en el estudio principal en orden descendente, se obtuvieron ocho genes de cubo como el
siguiente: UBC, CUL1, Cul3, Elavl1, APP, HUWE1, SRC, ISG15. Por otra parte, UBC, APP, HUWE1 y
SRC fueron tambin los genes de enfermedades. Parmetros de estos genes de la enfermedad se muestran en
la Tabla 1 .

Figura 2
El diagrama de dispersin de grado de distribucin de genes en la red principal diferencial de expresin. El
grado de distribucin presenta una ley de potencia, lo que indica el carcter de la red libre de escala.

tabla 1
Los parmetros de los genes de la enfermedad HUB
KEGG vas de anlisis

Con el fin de obtener un mejor conocimiento de la funcin de nodos, se aplic DAVID identificar las vas
KEGG disregulados significativos. Al establecer el umbral de P -valor <0,05 y el recuento de genes> 5, se
obtuvieron 39 vas. Hubo 9 vas que contienen al menos un gen HUB ( Tabla 2 ). Se podra obviamente
observa en la tabla que estos genes enriquecidos principalmente en el ciclo celular, de unin adherente, va
de sealizacin de Wnt, mediada por ubiquitina protelisis, va RIG-I-como de sealizacin del receptor,
brecha de la salida, la meiosis de los ovocitos, la unin estrecha y la endocitosis. Y haba dos genes de la
enfermedad HUB, HUWE1 y SRC contenidas en las vas.

Tabla 2
Los genes KEGG vas HUB contenidos
Discusin
Un reto importante en el campo de las enfermedades del corazn en la investigacin DS es recapitular las
caractersticas de la enfermedad y para comprender los mecanismos moleculares por los cuales la copia
extra de genes conduce a una alteracin en las enfermedades del corazn en pacientes con DS
[ 38 ]. Extensos esfuerzos en los ltimos aos para obtener una mejor comprensin de la base gentica de las
enfermedades del corazn en DS usando raros casos de trisoma 21 parcial han conducido a la identificacin
de regiones genmicas en el cromosoma 21 que, cuando se triplic, estn consistentemente asociada con las
enfermedades del corazn. Un estudio inicial de los raros casos de trisoma 21 parcial sugiri una regin
mnima candidato CHD en 21q22.3 de ~ 5,27 Mb entre los marcadores D21S3 y PFKL [ 39 ]; y esta regin
fue posteriormente reducido a 1,77 Mb (DSCAM-ZBTB21) [ 40 ]. Sin embargo, los genes de la enfermedad
exactas que dan lugar a la aparicin y el desarrollo de la CHD en DS siguen sin estar claros.
La propensin de muchas enfermedades se puede reflejar en una diferencia de los niveles de expresin
gnica en tipos de clulas particulares haban sido bien confirmado [ 41 ]. Por esta razn, las relaciones de
genes que muestran un diferentes niveles de expresin en multitudes de control y cepas de casos estn
probablemente relacionados con la enfermedad. Sin embargo, en este estudio, cuando se utiliz el paquete
LIMMA a la pantalla DEGs bajo los criterios de | logFC | > 2,0 y P <0,05, no haba DEG. Para evitar la
interferencia artificial, el anlisis de la importancia microarrays (SAM) [ 42 ], otro mtodo para identificar
DEGs, y se llevaron a cabo ensayos repetidos, y se escrutaron no DEGs.Los mtodos tradicionales utilizan
tcnicas estadsticas, tales como t -test o doble cambio, para encontrar DEGs que muestran patrones
diferenciales significativamente expresadas entre las muestras de casos y un grupo de control [ 43 - 45 ]. En
este caso, estos mtodos tradicionales no eran adecuados, y el enfoque DEN como un complemento til para
el anlisis tradicional de anlisis de las interacciones de genes a partir de una nueva visin.
Puesto que los genes no suelen llevar a cabo sus funciones de forma aislada, con el fin de seleccionar a cabo
los principales genes de forma individual, que detectamos ms genes candidatos y las interacciones de la
perspectiva de la red. Los genes tienden a compartir caractersticas funcionales comunes que asocian con el
mismo trastorno, que se refleja en el hecho de que sus productos proteicos tienen una tendencia a interactuar
unos con otros. Aunque no hubo DEGs en los perfiles de expresin de genes, pero la co-expresin de
algunos nodos se modificaron significativamente. Tome los pares de genes de la UBC y ALPPL2 como

ejemplo, el coeficiente de correlacin fue -1 en estado normal, mientras que se increment a 0.827 con la
condicin de CHD en DS, lo que significaba que la funcin de co-participado entre las correspondientes dos
disfunciones protenas, mientras que la interaccin entre ellos se consider como la interaccin
diferencial. En este trabajo, se opt por una nueva forma de red molecular llamado DEN, que se compone de
'interacciones no diferenciales y interacciones diferenciales', para obtener los genes clave de las
enfermedades del corazn en DS. Este era un mtodo salvado de nuevo para la investigacin de las
enfermedades del corazn en DS.
Despus de realizar los perfiles de expresin gentica de los seres humanos sanos y CHD en DS en el foso,
podramos encontrar que haba ocho genes, incluyendo cuatro genes de la enfermedad con mayor grado que
los otros. Dentro de esto, el gen de la enfermedad de la UBC tena el ms alto grado de 70. En eucariotas, la
UBC producto de protena de codificacin que se procesa para producir ubiquitina libre [ 46 ]. En los
mamferos, la UBC gen codifica para un precursor poliubiquitina con la cabeza a la cola exacta repite
[ 47 ]. El ARNm UBC tpicamente se aument ms de otros mRNAs ubiquitina cuando el sistema de la
ubiquitina-proteasoma se activa en el msculo de los pacientes catablicos [ 48 ]. Se inform de que
RCAN1 estaba estrechamente implicado con las caractersticas neuropatolgicas en el sndrome de Down
[ 49 ], por su parte, se encontr que la ubiquitina que se colocalized con agregados RCAN1 [ 50 ]. En otras
palabras, existe una estrecha relacin entre la ubiquitina y el sndrome de Down. Gardiner et al. [ 51 ]
compar el contenido de genes del cromosoma 21 humano con mdulos de ratones de DS, e indic que los
genes ortlogos componentes de varias vas celulares que incluyen la va ubiquitina codificados. En nuestro
estudio, hubo 9 vas enriquecidos que contienen al menos un gen HUB, y se incluy la va de la protelisis
mediada por ubiquitina. Se demostr adems la estrecha relacin entre la ubiquitina y las enfermedades del
corazn en DS.
Sin embargo, hay algunas deficiencias de nuestro estudio. En primer lugar, los datos de microarrays es de
matriz de base de datos Express, pero no generada por nosotros mismos. En segundo lugar, los datos sobre
las enfermedades del corazn en DS era tan limitada que slo nos permiti tomar ventaja de un conjunto de
datos de nuestro estudio, y el resultado de perfiles de expresin gnica pueden tener una alta tasa de falsos
positivos. Por lo tanto, ms estudios experimentales deben llevarse a cabo en base a una muestra de mayor
tamao con el fin de confirmar nuestros resultados.
Conclusin
DEN enfoque que analiza las interacciones de genes a partir de una nueva visin podra considerarse como
un complemento til a los enfoques tradicionales diferencial de genes. Con base en el anlisis del mtodo de
DEN, varios genes de enfermedades cubo (UBC, APP, HUWE1 y SRC) podra ser genes diana para el
diagnstico de la enfermedad coronaria en DS.

BIBLIOGRAFA:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4555736/