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Carolina Len

Juan Camilo Santana


Laura Camelo

1. . Por qu creen que utilizar otros programas podra ser importante? Qu


informacin adicional podran ofrecerles?
Es importante realizar la prediccin con otros programas porque la calidad de la misma
cambia con el programa, adicionalmente dependiendo del tipo de prediccin que se
quiera llevar a cabo se requieren diferentes requisitos, en este caso solamente es
aplicable a protenas con una similitud del 60% con la estructura conocida as como el
modelamiento de loops y cadenas laterales, por ello genera los mejores modelos si la
similitud es alta. De igual forma, es necesario usar otros programas pues SWISSMODEL utiliza el mtodo de similitud local y ensamblaje de fragmentos mientras que
otros programas como FoldX ofrecen el clculo de energa o BHAGEERATH-H que
usa una combinacin de los mtodos de plegamiento ab initio y homologa, tambin
encontramos programas como WHAT IF que utiliza la posicin especfica de rotmeros.
Toda esta informacin adicional es til a la hora de predecir una estructura proteica, por
ello es importante usar varios programas.
Estructura de la protena :

Modelo 1 (templado)

Modelo 3 (templado)

Imagen que revela la secuencia estudiada (verde) y los posibles templados (azul):

Inicialmente, ya que se conoce el templado podra hacerse un modelado comparativo por


homologa que puede ayudar a determinar el N-terminal de la protena, de igual manera debe
llevarse a cabo una prediccin de estructuras por ab initio ya que est tiene un xito en
prediccin de estructuras secundarias del 70% aproximadamente, esto se hace para contrarrestar
los errores que puedan presentarse durante la prediccin por homologa que estn asociados a
errores en el empaquetamiento de la cadena lateral, distorsiones o shifts en regiones

correctamente alineadas, errores en regiones sin templado, entre otros. Para ello, se pueden usar
programas como Phyre y Phyre 2 as como RaptorX.
2. De qu organismo viene el templado? Es 2.3A una buena resolucin?

Podran utilizar un templado mejor?


El organismo templado es de Toxoplasma gondii 47.55%, para el modelo 3 aunque presenta
una identidad del 49.04%, el primer templado presenta una resolucin de 2.18 mientras que
el segundo tiene una de 2.4 . Ya que la longitud del enlace H-H es de aproximadamente es de
2 todo lo que est por debajo de este nmero es una buena resolucin.
3. Creen ustedes que la prediccin en esta regin es tan fuerte como en otras

regiones del modelo?


Ya que no se tiene templado la prediccin en realidad no sera tan fuerte, pues
hay factores externos que pudieron afectar el hecho de que no apareciese un
templado.

4. Qu significa el color azul oscuro y que el azul claro?

El color azul claro representa el modelo humano mientras que el azul oscuro es el Modelo 1 que
gener Swiss-Model.

5. Cuntas y en posicin estn las laminas beta? Cuntas y en qu posicin


estn las alfa hlice?

La protena contiene 12 hlices alfa y 13 hojas beta ubicadas en la posicin que revelan las
imgenes.

6. Cuntos puentes de hidrogeno aparecen haciendo interaccin con el ORO?


Qu papel pueden cumplir el la catlisis de esta enzima? Cules son y en
qu posicin estn los aminocidos que interactan con el ORO?
Aparecen 11 puentes de hidrgenos en contacto con el oroato.

Los puentes de hidrgeno pueden servir para atrapar al sustrato y mantenerlo unido a la enzima
junto con fuerzas de Van der Waals.
7. Qu sucedera si se mutara por un aminocido como la histidina?

Ya que son aminocidos no sinnimos con propiedades qumicas diferentes, el sitio


activo se vera probablemente muy afectado, perdiendo su funcionalidad o generando
un resultado diferente.

8. Qu papel cumplen los puentes de hidrogeno?


Son importantes para mantener la estructura secundaria de una protena, le da
versatilidad durante el desarrollo de diferentes reacciones y determina hasta
cierto su funcionalidad.
9. Qu significa este movimiento?
El movimiento representa los ngulos y y muestra los aminocidos involucrados
mediante coordenadas.

10. Qu color creen que muestra la regin ms accesible de la protena?

Los colores que representan mayor accesibilidad son el naranja, verde y amarillo, siendo el
naranja el que colorea los puntos ms accesibles.