Bagian e dan f

Apa bedanya marka molekuler berbasis PCR dan non PCR ?

Penanda molekuler yang berdasarkan teknik PCR yaitu marka yang dikelompokkan dalam satu
primer pengamplikasi, antara lain RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) yaitu marka
yang mengamplifikasi genom dengan satu primer spesifik secara acak, AFLP (Amplified
Fragment Length Polymorphism) merupakan DNA fingerprinting yang berbasis pada amplifikasi
PCR pada suatu set fragmen retriksi yang telah diligasi dari suatu fragmen DNA dan SSR
(Simple Sequence Repeats). Sedangkan Penanda molekuler yang tidak berdasarkan teknik PCR
yaitu marka yang berdasarkan hibridisasi probe, hanya ada satu jenis yaitu RFLP (Restriction
Fragment Lenght Polymorphisme) yang mempunyai tingkat polimorfik yang disebabkan karena
penyisipan, penghilangan atau translokasi DNA dalam genom, marka ini bersifat kodominan
tetapi mempunyai keterbatasan dalam perakitannya yang hanya bisa dikontruksi dari klon cDNA
yang telah diketahui, kuanitas dan kualitas DNA yang dibutuhkan sangatlah tinggi serta
dibutuhkan laboratorium khusus dalam penangannya. Setiap penanda molekuler memiliki teknik
yang berbeda-beda baik dalam hal jumlah DNA yang dibutuhkan, dana, waktu, prosedur
pelaksanaan, tingkatan polimorfisme dan pengujian secara statistiknya.
Bagaimana cara mencari kandidat marka yang bersesuaian dengan karakter target ?
cara mencari kandidat marka yang bersesuaian dengan karakter target adalah dengan penelusuran
gen target pada pemuliaan backcross, jika fenotipe tetua yang mengandung gen target tidak
mudah diamati maka turunan backcross yang memiliki gen dari tetua odnor dapat diseleksi
dengan menggunakan marka yang lokasinya berdekatan atau didalam gen target sehingga
memiliki peluang keberhasilan yang besar, marka juga dapat digunakan untuk mempercepat dan
mengefisiensikan seleksi progeni backcross yang memiliki genom terbesar dan marka dapat
digunakan untuk menyeleksi turunan backcross sehingga gen yang tidak diinginkan tidak
terbawa meskipun terpaut dengan gen target.