CORSO DI RECUPERO IN BIOLOGIA

DOCENTE:

Prof. Claudio Pugliesi

Dott. Tommaso Giordani
Dipartimento di Scienze agrarie, Alimentari e Agro-Ambientali
e-mail: claudio.pugliesi@unipi.it
tommaso.giordani@unipi.it

OBIETTIVI
Fornire conoscenze di base su: biologia, fisiologia, genetica,
tassonomia, ecologia e diversit degli organismi viventi.

GLI ORGANISMI VIVENTI SONO

CARATTERIZZATI DA UNA ENORME
DIVERSITA
Finora sono state descritte circa
1.700.000 specie diverse di piante,
animali, invertebrati, microrganismi.
Molte di pi ne esistono in natura,
circa 13 milioni di specie

Per esempio,
il numero
stimato di
specie di
funghi di
1.500.000 e
ne sono state
descritte
finora solo
72.000, cio
solo il 4.8%

E necessario quindi
CLASSIFICARE LA
BIODIVERSITA
cio
organizzare linformazione sugli
Organismi Viventi

Questa una attivit che noi tutti

svolgiamo spontaneamente. Dopo aver
visto un certo numero di PIANTE
possiamo giudicare che cosa una
pianta ed una non-pianta.
Dato un nuovo Organismo, possiamo
decidere in base a questa idea se
appartiene o no al gruppo Piante, se
corrisponde cio allidea che ci siamo
fatti di pianta

CLASSIFICARE
significa anche
RAGGRUPPARE INSIEME COSE
SIMILI
Ci implica una definizione di
SIMILARITA

Definizioni diverse possono

portare a classificazioni diverse
dello stesso organismo

Dipende dalle propriet su cui

vogliamo basare la classificazione.
Ad es. per ordinare i libri in una
biblioteca: posso classificarli per
soggetto, per lingua in cui sono
scritti, per data di pubblicazione,
per colore, forma, per autore

Tassonomia (o sistematica)
La tassonomia uno schema classificativo per le specie.
1) Organizzazione degli organismi in gruppi basati sulla similarit;
2) Denominazione degli organismi & gruppi di organismi;
Parte delle scienze naturali relativa alla classificazione e alla nomenclatura degli
esseri viventi
I markers fenotipici sono quelli a cui pensa la maggior parte delle persone
quando compara differenti organismi.
Quale fonte di C usa? E mobile o no? E aerobio, anaerobio?
Quale la sua forma & dimensione? Qual la sua temperature di crescita
ottimale?
Le tassonomie sono costruzioni artificiali, metodi per strutturare & organizzare
le specie. Qualunque tassonomia coerente valida,.
Per esempio, molte guide di fiori di campo organizzano le specie usando
caratteri che sono facilmente osservati in campo ad es. il colore dei fiori. Ci
non implica che piante con gli stessi colori siano davvero correlate, n che
piante con differenti colori non lo siano. La guida tassonomica ai fiori di campo
fatta per identificare le specie, ed una buona tassonomia.

Gi nellantica Grecia il mondo era

diviso in tre REGNI: animale,
vegetale, minerale

Alla met del 1700 Linneo

conferm questo tipo di
classificazione, distribuendo gli
Organismi Viventi in due Regni:
Piante e Animali

Carl von Linn:

Systema naturae 1735
Species plantarum 1753
Ordinamento gerarchico
Sistema binomiale

Regole universali:
Il nome completo di una specie, vivente o fossile, si compone di
almeno 4 elementi anche se spesso troviamo solo i primi due
(nomenclatura binomia):
Genere specie, autore, anno.
Il nome del genere va scritto sempre con l'iniziale maiuscola e quello
della specie con l'iniziale minuscola, ed entrambi in corsivo. Genere
e specie sono in lingua latina. Questa regola indispensabile per
dare al nome scientifico un carattere unico, distinto ed universale.
Pinus sylvestris L. Dove L. sta per Carolus Linneaus (pino silvestre)
Balaena mysticetus Linneaus, 1758 (balena della Groenlandia)
Felis catus
Le categorie tassonomiche pi utilizzate sono:
Dominio; regno; phylum, tipo, divisione; classe; ordine; famiglia;
genere; specie.

In base alla loro organizzazione interna le cellule dei viventi si possono

distinguere in due grandi categorie:
Dominio: procarioti, eucarioti

Schaechter et al., MICROBIOLOGIA, Zanichelli editore S.p.A. Copyright 2007

1-5m. Materiale genetico libero

nel citoplasma.
Privi di organuli a parte i
ribosomi

10-50m. Materiale genetico

allinterno di un NUCLEO
circondato da membrana.
Numerosi organuli (mitocondri,
sistema di membrane ecc.)

DIVERSITA DI EUCARIOTI E PROCARIOTI

Eucarioti
20 - 100 microns
nucleo
molti cromosomi lineari
organelli
diploidi
mitosi
riproduzione sessuale o gemmazione
citoscheletro
aerobi
multicellulari
cicli vitali complessi
mRNA poliadenilati
geni con introni
DNA con istoni

Procarioti
1 - 5 microns
no nucleo
1 cromosoma circolare
no organelli
aploidi
no mitosi
fissione binaria
no citoscheletro
anaerobi o aerobi
unicellulari
no differentiazione
no poliadenilati
no introni
DNA senza istoni

Sedava at al. Biologia blu-Ed. Zanichelli

I rapporti di somiglianza tra le specie (o i gruppi di livello superiore)

sono esemplificabili da uno schema ad albero (o dendrogramma):
due specie che hanno in comune il Genere saranno pi simili e vicine
tra loro di due che l'hanno diverso, generi simili avranno un nome
comune di famiglia e cos via.

Tassonomia
E la branca della biologia che nomina e classifica le specie in un
ordine gerarchico.
Evoluzione
Tutte le specie esistenti derivano da progenitori comuni.
Le specie che possiedono i migliori meccanismi adattativi
sopravvivono.
Spesso tassonomia legata allevoluzione
Finora abbiamo parlato di tassonomia o sistematica, che mirano a
classificare.
Ebbene quando si classifica si cerca di tenere di conto anche
dellevoluzione

Evoluzione
Tutte le specie esistenti derivano da progenitori comuni.
La filogenesi o filogenetica o filogenia, (dal greco ("classe",
"specie") e ("nascita", "creazione", "origine")), il processo di
ramificazione delle linee di discendenza nellevoluzione della vita. La
sua ricostruzione fondamentale per la sistematica che si occupa di
ricostruire le relazioni ancestrali di parentela evolutiva, di gruppi
tassonomici di organismi vivi o estinti.
Specie B
Sp. ancestrale A
Specie C

B e C sono due specie

simili ma anche legate
dal p.v. evolutivo!

Tempo (mil. anni)

La filogenetica studia quindi l'origine e l'evoluzione di un insieme di

organismi.

Speciazione: creazione di nuove specie

Specie B

Sp. ancestrale A

Tempo (mil. anni)

Specie C

Si classifica per somiglianza tenendo conto anche delle relazioni

evolutive.
Idealmente la classificazione dovrebbe rispecchiare le relazioni
filogenetiche, ossia la topologia dell'albero evolutivo.
In realt ci non sempre vero perch spesso per classificare ci si basati su caratteri
fenotipici che possono portarci a classificare specie simili morfologicamente quando
dal punto di vista evolutivo sono specie lontane o viceversa.

Ogni gruppo naturale dovrebbe comprendere tutti e solo i

discendenti di una forma ancestrale.
Ma in questo modo Rettili, Uccelli e Mammiferi, derivando tutti da rettili estinti
(Dinosauri e Terapsidi) dovrebbero appartenere ad un unico gruppo (taxon)
monofiletico

Quindi classificazione ed evoluzione non vanno sempre daccordo!

Per questo classificare non affatto banale!

LALBERO EVOLUTIVO DEGLI ORGANISMI VIVENTI

Il primo celebre albero

evolutivo veramente completo
nella storia della biologia fu
pubblicato dal tedesco Ernest
Haeckel nel 1864. Secondo
Haeckel, seguace di Darwin e
in pieno accordo con le teorie
evoluzionistiche, dalle monere
(procarioti) avevano avuto
origine i protisti (eucarioti
unicellulari Euglena) pi
complessi, dai quali poi
discesero i viventi pi evoluti,
cio le piante e gli animali.
Alla base dellalbero troviamo
perci i Protisti e nella parte
pi bassa le Monere.

Per circa 200 anni stata accettata questa divisione,

che per poneva problemi riguardo alla classificazione
dei procarioti, di molti microrganismi e dei funghi
Cinque regni:proposti da R.H. Whittaker (1969)
Divide le forme complesse di organismi in relazione al
modo di nutrizione
Regnum Plantae: fotosintetici
Regnum Animalia: ingeriscono cibi solidi
Regnum Fungi: assorbono nutrienti in soluzione
Divide i protisti (unicellulari) in base alla presenza o
assenza della membrana nucleare
Regnum Protista: unicellulari, eucarioti (protozoi, alghe,
mixomiceti)
Regnum Monera: unicellulari, procarioti

La classificazione degli Organismi Viventi in 5 REGNI di

Robert Whittaker

ANIMALI
Eterotrofi,
multicell.

PIANTE
Fotoautotrofe
multicell.

PROTISTI
Eucarioti
unicell.

FUNGHI
Eterotrofi,
multicell.

MONERE
Procarioti,
batteri

Successivamente Carl Woese-1978

TRE DOMINI: in base a rRNA 16S elev al
livello di Dominio le categorie in cui suddivise i
tipi cellulari fondamentali, che riteneva essere
tre:
Eucarioti=Eucarya (i protisti di Whittaker,
fungi, plantae, animalia)

Procarioti

Eubacteria
Archaea

ALCUNI SISTEMI DI CLASSIFICAZIONE DEI VIVENTI

TRADIZIONALE

PIANTE
Batteri
Alghe
Funghi
Piante
ANIMALI
Protozoi
Animali

3 REGNI

5 REGNI

3 DOMINI

Stanier 1970

Whittaker 1969 Woese 1990

PROTISTI
Batteri
Protozoi
Alghe
Funghi
PIANTE
ANIMALI

MONERA
Batteri
Alghe azz.
PROTISTI
Protozoi
Alghe unic.
PIANTE
Alghe plur.
Piante
FUNGHI
ANIMALI

BACTERIA

ARCHAEA
Metanogeni
Estremofili
(alofili,
termoacidofili)
EUCARYA
Ciliati
Flagellati
Piante
Funghi
Animali

Albero filogenetico della vita

(Woese 1990, tre domini)

(Woese 1990, tre domini)

Nel 2004 ultima versione? Si introducono i Chromista (unicellulari

eucarioti fotosintetici), ma di origine polifiletica e quindi non molti
sono daccordo ad attribuire il valore di Regno.
E i Virus ? Un 8 regno?

I caratteri grossolani fenotipici (forma, colore, altezza

ecc.) sono perfettamente validi per le tassonomie,
tuttavia sono influenzati dallambiente e soggettivi,
non universali.
Non sempre sono altrettanto utili per la filogenesi che
si occupa delle relazioni evolutive tra i viventi.

Dopo la scoperta della struttura del DNA

sono stati messi a punto molti sistemi per
comparare lorganizzazione degli
Organismi Viventi a livello molecolare e
trovare le loro relazioni attraverso lo
studio del GENOMA
Il DNA non influenzato dallambiente per cui rispetto ai parametri
fenotipici risulta pi affidabile: due organismi sono simili se
simile il loro DNA
Inoltre il DNA pu funzionare da cronometro evolutivo, in
quanto la distanza evolutiva tra due specie pu essere
misurata dalle differenze nella sequenza dei loro
nucleotidi. Questo perch il numero di differenze nella
sequenza di un DNA proporzionale al tempo
intercorso dalla loro speciazione.

Nucleotide
Il DNA costituito da catene di nucleotidi ciascuno
costituiti da un gruppo fosfato, uno zucchero
(desossiribosio) e una delle 4 basi azotate , A (adenina),
T (timina), G (guanina), C (citosina)
Esempio di una sequenza di DNA: ...CGATGAACGTGA

Confrontando ad es. il DNA delle specie A, B, C si possono

ricavare le relazioni evolutive tra loro. Pi sono presenti differenze,
maggiore tempo passato dalla loro speciazione.
Esiste un tasso di mutazione. Ad es 1 sostituzione nucleotidica
ogni milione di anni. Se tra A e C trovo 3 sostituzioni nucleotidiche
posso supporre che si sono separate 3 miloni di anni fa a partire da
una specie ancestrale.
Specie
ATGGATCGAATT!
ancestrale!

Specie A
Specie B
Specie C

Tempo (mil. anni)

ATTGATCGAATT!
ATTGATCCAATT!
ATAGATCCAAAT!

A
B
C

Tempo (mil. anni)

E nata cos la FILOGENESI MOLECOLARE

che studia le variazioni (mutazioni) di geni specifici altamente
conservati.

Analisi filogenetica molecolare

Lanalsi filogenetica molecolare l uso di sequenze macromolecolari per

ricostruire le relazioni filogenetiche tra organismi. La grandezza
delle
differenze tra sequenze omologhe di DNA, RNA, o proteine in differenti
organismi usata come misura di quanto questi organismi hanno differito nell
evoluzione.

Tappe di una analisi filogenetica molecolare :

Decidere quale organismo/sequenza/gene/regione esaminare

Determinare le sequenze sperimentalmente

Allineare tra loro le sequenze per identificare le differenze di sequenza

Speciali algoritmi consentono di misurare le differenze di sequenza e

consentendo lanalisi filogenetica, rappresentata da alberi.

Specie
ATTGATCGAATT!
ancestrale!

Specie A
Specie B
Specie C

Tempo (mil. anni)

ATTGATCGAATT!
ATTGATCCAATT!
ATAGATCCAAAT!

A
B
C

Tempo (mil. anni)

PCR

PCR

La comparazione delle sequenze geniche fra diverse specie

permette di comprendere levoluzione in termini molecolari

Esempio di comparazione delle sequenze nucleotidiche di

uno stesso gene fra specie diverse

Le filogenie sono percorsi evolutivi, i.e. geneologie. Le Filogenie

rappresentano le relazioni naturali tra organismi. Non esisteva alcun modo
per determinare relazioni evolutive tra procarioti fino allo sviluppo della
filogenesi molecolare, che basata sulla analisi di sequenze genetiche.
Una rappresentazione dell
albero Filogenetico
Universale, basata sulla
comparazione dei geni che
codificano per la subunit
piccola (16S o 18S)
dellRNA ribosomale. Basata
su un diagramma di Carl
Woese (2000), mostra solo
pochi dei maggiori gruppi di
organismi. Le lunghezze delle
linee che uniscono gli
organismi al loro punto di
ramificazione pi vicino
rappresentano le distanze
evolutive calcolate (la
divergenza di sequenza del
gene rDNA).

PER DETERMINARE LE RELAZIONI EVOLUTIVE TRA SPECIE E

ESSENZIALE SCEGLIERE IL GIUSTO GENE DA SEQUENZIARE

SCELTA DEL GENE

Deve essere presente in TUTTI gli Organismi Viventi, quindi
essere un gene che
presiede a funzioni cellulari centrali ed
universali.
La sua sequenza deve essere conservata adeguatamente. Non
essere cio troppo variabile e troppo poco variabile: essere cio
pressoch identico tra individui della stessa specie e differire
tra organismi di specie differenti.
Il gene deve essere abbastanza lungo in modo da poter contenere
presentare sufficienti informazioni per le analisi filogenetiche.
Per esempio il tRNA presente in tutte le specie, fondamentale
per il funzionamento della cellula, ma troppo piccolo,
costituito da 75 nucleotidi e non fornisce informazioni sufficienti.

Per poter mettere in relazione tutti

gli Organismi Viventi bisogna quindi
cercare un gene conservato
attraverso i miliardi di anni di
divergenza evolutiva
In questa GARA i geni candidati
che sono risultati vincitori sono i geni
che codificano per l RNA ribosomale
ovvero gli rDNA, che sono molecole
antiche, estremamente conservate,
funzionalmente costanti

RIBOSOMI
I ribosomi sono degli organuli presenti nelle
cellule di tutti gli organismi, procarioti ed
eucarioti, formati da un complesso di proteine e
RNA (gli rRNA), dove vengono sintetizzate le
proteine.
Gli rRNA sono codificati da geni, rDNA, che sono
stati scelti per le comparazioni filogenetiche.

gg

La molecola 16S del rDNA ad es.

abbastanza grande da contenere le
informazioni sufficienti per un confronto
genetico ed abbastanza piccola da
permettere il suo sequenziamento,
stata utilizzata per costruire alberi
filogenetici dei procarioti e degli
eucarioti (usando la frazione 18S negli
eucarioti).
Esiste un database delle sequenze di
rDNA, il RDP (Ribosomal Database
Project) (http://rdpwww.life.uiuc.edu).

RNA ribosomale
Procarioti: 5S, 16S e 23S
Eucarioti: 5.8S, 18S, 25S

Gli rDNA contengono diverse regioni di sequenze altamente

conservate, adatte per ottenere un allineamento di esse, ma
anche variabilit sufficiente in altre regioni della molecola,
da utilizzare come eccellenti cronometri filogenetici
(0ROLOGI MOLECOLARI).
Stessa specie: ceppi che hanno almeno il 70% di allineamento DNADNA e il 97% di identit tra sequenze del gene 16S rRNA

Allineando sequenze geniche ottenute da varie specie di

Organismi Viventi se ne pu misurare la similarit
attraverso la conta dei cambiamenti:
Essere Umano
GTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGCTGCAGT

Lievito
GTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGT

Mais
GTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGT

E. coli
GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCG

Procarioti

Eucarioti

Fine

RIBOSOMI
I ribosomi sono degli organuli presenti nelle cellule di
tutti gli organismi, procarioti ed eucarioti, formati da un
complesso di proteine e RNA, dove vengono sintetizzate
le proteine.
Ci sono tre molecole di RNA ribosomale, che nei
procarioti hanno la grandezza di 5S, 16S e 23S. Le
frazioni pi grandi, 16S e 23S, rispettivamente di 1542 e
2904 nucleotidi, contengono diverse regioni di sequenze
altamente conservate, adatte per ottenere un
allineamento di esse, ma anche variabilit sufficiente in
altre regioni della molecola, da utilizzare come eccellenti
cronometri filogenetici (0ROLOGI MOLECOLARI).

Ottenimento delle sequenze sperimentalmente

Il metodo communemente usato la Polymerase Chain Reaction (PCR). La PCR
amplifica i geni esponenzialmente- una singola molecola di un gene, compresa nel
resto del DNA genomico, specificamente amplificata fino a un milione di
molecole in 30 cicli! In una reazione PCR, 3 tappe (denaturazione, primer
annealing, and DNA polimerizzazione) sono ripetute ciclicamente, ogni volta
raddoppiando la quantit del frammento specifico di DNA.
Il prodotto di PCR poi sequenziato.