Sveučilište u Splitu

Prirodoslovno-matematički fakultet
Odjel za kemiju
prof. dr. sc. Maja Pavela-Vrančič

Protein od 100 aminokiselinskih ostataka

broj mogućih konformacija:
10110

može ispitati 1023 konformacija
u sekundi

vrijeme potrebno da pronađe
optimalnu konformaciju: 1087 s
1 000 000 godina =
~ 3,2 x 1013 s

1

manjak kisika  obrću procese koji se odvijaju pri povišenim temperaturama (renaturacija proteina)  šaperonini  u prokariota  Hsp60 (GroEL u E. coli) i Hsp10 (GroES u E. hladnoća. coli) 2 . zvani molekulski pratioci     sprječavaju asocijaciju proteina u nakupine i taloženje proteina u stanici pomažu pri savijanju i uvijanju polipeptidnog lanca dostavljaju proteine u odgovarajuće stanične odjeljke dostavljaju oštećene proteine na razgradnju  stresni “heat shock” proteini (Hsp70)  u eukariota i prokariota  induciraju se u stresnim uvjetima: toplina. visoka slobodna energija) entropija slobodna energija nativni protein Energijski lijevak Uvijanje proteina u nativno stanje Neki proteini se ne mogu uviti bez pomoći “šaperona” Šaperoni: proteini.protein se može uvijati različitim putovima i pri tome prolaziti kroz različita međustanja  pravilno uvijanje proteina određuju unutrašnji aminokiselinski ostaci  uvijanje proteina pokreće se putem hidrofobnih interakcija  3D struktura određuje funkciju proteina  nativno stanje – biološki aktivni oblik proteina Konformacije iste energije (visoka entropija.Proteini se spontano uvijaju u termodinamski najpovoljniju konformaciju  model energijskog lijevka: uvijanje proteina ne odvija se jednim jedinim mehanizmom .

Heat-shock proteini (Hsp) stabiliziraju stanične proteine i sprječavaju njihovo ireverzibilno oštećenje mRNA  heat-shock proteini štite novonastali protein od interakcija s okolnim citoplazmatskim molekulama i od oštećenja  u šaperoninu je protein zaštićen od vanjskih utjecaja do potpunog uvijanja u nativnu strukturu Hsp70 b GroES GroEL nativni protein Uvijanje proteina pomoću šaperonina (GroEL/GroES)  GroEL: dvoslojni disk (2x7 podjedinica) bačvaste šaperonin strukture s unutrašnjim hidrofobnim skupinama  djelomično uvijeni protein svaka podjedinica vezuje jednu molekulu ATP uvijeni protein hidroliza ATP nativni protein  GroES je kapa koja zatvara unutrašnju šupljinu GroEL Šaperonin pokreće pravilno strukturiranje proteina hidrofobnim interakcijama Izvor energije: hiroliza ATP 3 .

engl. konformacija. stabilnost i aktivnost proteina. a samim time i funkcija proteina  150 vrsta posttranslacijskih modifikacija  proteolitičko cijepanje  kovalentna modifikacija  glikozilacija  metilacija  itd. iz neaktivne preteče nastaje aktivni protein Proinzulin  sadrži spojni peptid od 30 aminokiselinskih ostataka (C-peptid.Posttranslacijska modifikacija  modifikacija tijekom ili nakon sinteze polipeptidnog lanca  mijenjaju se fizikalna i kemijska svojstva. Proteolitičkim izrezivanjem dijela polipeptidnog lanca. connecting)  nastaje od perproinzulina u luminalnom prostoru ER  prenosi se u Golgijev aparat  proteoliza spojnog peptida (veza Arg-Arg na N-kraju i Lys-Arg na C-kraju cijepa se enzimom sličnim tripsinu) proinzulin (neaktivna preteča) A proteaza izrezuje spojni peptid C C B zreli protein: inzulin C 4 .

glikogen fosforilaza prelazi iz neaktivnog u aktivni oblik Razvrstavanje i prijenos proteina Proteini koji Proteini koji se prenose kroz se prenose kroz membranu organela jezgrine pore Proteini koji se prenose u mješinicama kloroplast ER mitohondrij jezgra Golgi 5 .Specifični aminokiselinski ostaci u polipeptidnom lancu mogu se kovalentno modificirati fosforilacijom glikogen fosforilaza  Ser14 je mjesto modifikacije glikogen fosforilaze. enzima koji katalizira razgradnju glikogena Ser14-O Pi kinaza Pi O-Ser14 fosfataza Ser14-OH HO-Ser14  fosforilacijom Ser14.

O vrsti sintetiziranog proteina ovisi hoće li ribosom ostati slobodan u citosolu. ili se vezati na membranu ER sinteza proteina započinje u citosolu  citoplazma jezgra  Na slobodnim ribosomima sintetiziraju se proteini jezgre i proteini koji se prenose kroz membranu organela  Ribosomi vezani za ER sintetiziraju proteine koji se prenose u mješinicama peroksisom mitohondrij kloroplast endoplazmatski retikulum Golgijevo tijelo lizosom sekretorne mješinice endosom plazma membrana Ribosomi vezani za ER  na ribosomima vezanim za endoplazmatski retikulum (ER) sintetiziraju se protein ER     proteini ER sekretorni proteini transmembranski proteini proteini organela (lizosoma) ostaci plazma membrana sekretorne mješinice lizosom 6 .

Signalni sljedovi omogućuju proteinima prolaz kroz membranu ER Signalni slijed Goveđi hormon rasta Mjesto izrezivanja signala peptidazom Goveđi proalbumin Humani proinzulin Humani -interferon Humani -fibrinogen Humani IgG teški lanac Amilaza štakora Mišji -fetoprotein Kokošji lizozim Sekretorni proteini sadrže amino-terminalne produžetke od 13-36 pretežno hidrofobnih aminokiselinskih ostataka Usmjeravanje proteina u ER SRP – čestica za prepoznavanje signalnog slijeda (eng. signal recognition particle) citosol GTP signalni slijed SRP membrana ER SRP receptor za ribosom signalni slijed GDP+Pi GTP GTP SRP receptor translokator (zatvoren) signalna proteaza translokator (otvoren) lumen ER protein SRP je ribonukleoprotein (protein-RNA kompleks) koji u eukariota prepoznaje i prenosi specifične proteine do ER 7 .

Pravilno uvijeni proteini prenose se u mješinicama lumen ER  nakupine šaperona s nepravilno uvijenim proteinima izlučuju se u citosol  neispravni proteini se obilježavaju ubikvitinom i proteolitički razgrađuju protein šaperoni asocijacija i uvijanje neispravno uvijeni protein disocijacija šaperona ispravno uvijeni protein prijenos u mješinicama razgradnja Nepravilno uvijanje proteina i prekomjerna razgradnja uzrok su na pr. cistične fibroze Ubikvitin obilježava proteine predodređene za razgradnju  protein od 76 aminokiselinskih ostataka  konzerviran u svim oblicima života  veže se na krajnju amino-skupinu lizinskog ostatka ciljnog proteina 8 .

Ubikvitinom obilježeni proteini proteolitički se razgrađuju u proteasomu  protein se razmota ATPaznom aktivnošću regulatorne čestice (RP) koristeći energiju ATP  proteasom razgrađuje endogene proteine:  transkripcijske faktore  proteine virusa i drugih unutarstaničnih parazita  nepravilno uvijene proteine. kao posljedica  greške u transkripciji  neispravnosti gena  oštećenja drugim molekulama u citosolu ubikvitin protein RP peptidi od ~8 aminokiselinskih ostataka ATP AMP + PPi RP 26S ptoteasom Tijekom translokacije. na mnoge proteine se u lumenu ER-a kovalentno vežu ugljikohidratni ostaci ugljikohidratni ostaci  glikozilacija  povećava hidrofilnost proteina  omogućuje vezanje na receptore  omogućuje šaperoninima prepoznavanje nepravilno uvijenih proteina  smanjuje dostupnost proteazama glikoprotein 9 .

izoprenska jedinica dolikol oligosaharid pirofosfatna veza osigurava energiju za glikozilaciju CH3 izopren CH2 C CH CH2 Dolikol sadrži dvadesetak izoprenskih podjedinica koje čine hidrofobno sidro 10 .N.i O-vezani glikoproteini N-glikozilacija se odvija u ER O CH2OH O C NH HH OH H H O H NH Jedinice ugljikohidrata vezane za asparagin (Asn) imaju zajedničku unutrašnju strukturu NH CH2 CH Asn C O C O CH3 O-glikozilacija se odvija u Golgijevom tijelu O CH2OH OH HO H NH OH H O CH2 CH H NH H C O C O Ser O-glikozilacija se odvija preko Ser ili Thr CH3 Dolikol pirofosfat: donor ugljikohidrata kod N-glikozilacije Lumen ER izoprenska jedinica zasićena .

Sinteza oligosaharidne preteče odvija se na lipidnom nosaču citosol okret 1. stupanj 3. stupanj: dodavanje ugljikohidratnih podjedinica na luminalnoj strani membrane ER okret dolikol 1. stupanj: postupno dodavanje ugljikohidratnih podjedinisa na citosolnoj strani membrane ER okret 3. stupanj okret 2. stupanj: flip-flop okret u membrani na luminalnu stranu ER lumen Endoplazmatski retikulum 2. stupanj glukoza N-acetilglukozamin manoza /\/\/\/\/-P dolikol fosfat Oligosaharil-transferaza prenosi oligosaharid na specifični ostatak Asn u rastućem polipeptidnom lancu ribosom citosol membrana ER ribosom membrana ER oligosaharil transferaza dolikol fosfat N-acetilglukozamin manoza glukoza oligosaharil transferaza lumen ER Asn može primiti oligosaharid samo ako je dio slijeda Asn-X-Ser/Thr 11 .

Krajnji oblik glikoproteini poprimaju u Golgijevu tijelu Golgijevo tijelo cis mješinice hrapavi ER mješinice medial N-acetilglukozamin manoza galaktoza glukoza sialinska kiselina L-fukoza mješinice trans Proteini se sortiraju u trans Golgijevom tijelu trans Golgijevo tijelo povrat u ER  prenose se do organele Proteini s različitim odredištem obilježavaju se različitim ugljikohidratnim biljezima xxx prenose se do plazma membrane xxx 12 .

vraćaju se iz Golgijevog tijela u ER vezanjem na KDEL receptor receptor za proteine ER-a proteini ER-a povrat cis-Golgi trans-Golgi Golgijevo tijeloi 13 .Sekretorni proteini prenose se iz Golgijevog tijela u mješinicama obloženim klatrinom ligand adaptin dinamin hrapavi ER klatrin cis Golgijevo tijelo Sekretorni proteini: hormoni enzimi toksini antibakterijski peptidi trans plazma membrana sekretorni protein Topljivi proteini ER-a sadrže C-terminalni KDEL ili MDEL slijed sekretorni protein  odbjegli proteini ER-a.

a N-terminalni dio proteina u lumenu ER Lumen ER TIP II unutrašnji “start-transfer” slijed koji započinje prijenos u ER i koji se trajno usidri u membranu ER-a unutrašnji “start-transfer” slijed Antigenske determinante krvnih grupa razlikuju se po ugljikohidratnim ostacima eritrocit N-acetilgalaktozamin N-acetilglukozamin fukoza galaktoza 14 .Transmembranski proteini sadrže signalni slijed koji zaustavlja translokaciju u ER CITOSOL “stop-transfer” slijed signalni slijed za ER prekid prijenosa peptidaza TIP I “ER signalni slijed” i “stop-transfer” slijed za prekid prijenosa u ER C-terminalni kraj proteina ostaje u citosolu.

2. Golgijevo tijelo 3. 3.Prijenos integralnih membranskih proteina mješinica ER 2. 1. ER: translacija i početna glikozilacija Golgijevo tijelo: nastavak glikozilacije stapanje s membranom ugljikohidrat plazma membrana zreli protein Unutrašnja strana membrane ER i ostalih organela odgovara vanjskoj površini plazma membrane Stapanje mješinice s membranom vanjska površina citosol  proteini plazma membrana  ugljikohidrati  odvija se tako da se očuva pravilna usmjerenost integralnih proteina luminalna površina mješinice postaje vanjska strana plazma membrane ugljikohidratne skupine glikoproteina u plazma membrani uvijek se nalaze na njezinoj vanjskoj površini Glikoproteini na površini stanice 15 . 1.

Proteini usidreni u membranu Proteini se kovalentno vežu na lipide preko  izoprenoidne skupine: farnezil ili geranilgeranil vezani na Cys  masne kiseline: miristoil vezan amidnom vezom na Gly ili palmitoil vezan na Cys  glikoinozitol fosfolipida izvanstanični prostor citosol protein protein miristoil sidro manoza manoza manoza N-acetilglukozamin farnezil sidro manoza N-acetilglukozamin protein S-farnezil GPI sidro S-geranilgeranil Na slobodnim ribosomima sintetiziraju se proteini      jezgre mitohondrija peroksisoma kloroplasta protein ostaje u citosolu protein se otpušta u citosol i zatim prolazi kroz membranu organele dostavlja se u organele preko jezgrinih pora peroksisom jezgra mitohondrij kloroplast 16 .

izrezivanje signalnog slijeda 2. djelonmično uvijeni protein Oktamerne jezgrine pore citoplazma proteini ovojnica jezgre jezgra jezgrina pora molekulska masa < 65 000 Da Omogućuju ulazak proteina namijenjenih jezgri 17 . receptor zreli protein 3. 1. odmatanje prekursor proteina 2. proteaza 4. uvijanje proteina 4.Usmjeravanje proteina u mitohondrij signalni slijed 1. razmotani protein veže se na receptor i prenosi kroz obje membrane 3.