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La replicacin del genoma es una de las tareas ms importantes llevadas a

cabo en la clula. Antes de que una clula pueda dividirse, debe replicar
primero su genoma de forma que cada una de las dos clulas hijas hereda su
propia copia. En 1953, James Watson y Francis Crick completaron su papel de
la seal de la doble hlice de ADN con una frase ya famosa:
"No se nos escapa que el apareamiento especfico que hemos postulado
sugiere inmediatamente un mecanismo de copia del material gentico."
Se conjetura que las dos cadenas de la molcula de ADN de los padres
relajarse durante la replicacin, y luego cada hebra matriz acta como una
plantilla para la sntesis de una nueva hebra. Como resultado, el proceso de
replicacin se inicia con un par de cadenas complementarias de ADN y termina
con dos pares de cadenas complementarias, como se muestra en la siguiente
figura.

Figura: Una visin ingenua de la replicacin del ADN. Los nucletidos de


adenina ( A ) y timina ( T ) son complementos el uno del otro, como lo son la
citosina ( C ) y guanina ( G ). Nucletidos complementarios se unen entre s en
el ADN.

Aunque esta figura modelos replicacin del ADN en un nivel simple, los detalles
de la replicacin result ser mucho ms complejo de lo que Watson y Crick

imaginaron; como veremos ms adelante, se requiere una cantidad asombrosa


de la logstica moleculares para asegurar la replicacin del ADN.
A primera vista, un informtico podra no imaginar que estos detalles tienen
ninguna relevancia computacional. Para imitar la replicacin de forma
algortmica, slo tenemos que tener una cadena que representa el genoma y
devolver una copia de ella! Sin embargo, si tomamos el tiempo para revisar el
proceso biolgico subyacente, seremos recompensados con nuevas ideas
algortmicas en el anlisis de la replicacin.
La replicacin se inicia en una regin genmica llama el origen de
replicacin (denotado ori ) y se realiza por medio de mquinas de copia
moleculares llamados ADN polimerasas . Localizacin de ori presenta una
tarea importante no slo para la comprensin de cmo se reproducen las
clulas, sino tambin para varios problemas biomdicos. Por ejemplo, algunos
mtodos de terapia gnica utilizan ingeniera gentica mini-genomas, que se
llamanvectores viralesporque son capaces de penetrar las paredes celulares
(al igual que los virus reales). Los vectores virales que portan genes artificiales
han sido ampliamente utilizados en la agricultura, como el ingeniero de tomate
resistentes a las heladas y maz resistentes a los pesticidas. En 1990, la terapia
gnica se realiz con xito la primera en los seres humanos cuando se salv la
vida de una nia de cuatro aos de edad que sufre de un trastorno de
inmunodeficiencia; la chica haba sido tan vulnerables a las infecciones que se
vio obligada a vivir en un ambiente estril.
La idea de la terapia gnica es infectar intencionalmente un paciente que
carece de un gen esencial con un vector viral que contiene un gen artificial que
codifica una protena teraputica. Una vez dentro de la clula, las repeticiones
de vector y, finalmente, produce muchas molculas de la protena teraputica,
que a su vez trata la enfermedad del paciente. Para asegurar que el vector se
replica en realidad dentro de la clula, los bilogos saben dnde deben ori es
en el genoma del vector y asegurar que las manipulaciones genticas que
llevan a cabo no afectan a la misma.

En el siguiente problema, suponemos que un genoma tiene un nico ori y se


representa como una cadena de ADN , o una secuencia de nucletidos a partir
de cuatro letras del alfabeto { A , C , G , T }.
Encontrar el origen de replicacin Problema: Entrada: Una cadena de
ADN del genoma . Salida: La ubicacin de ori en el genoma .

Detngase y piense: Este problema biolgico representan un problema de


clculo claramente establecido?
Nota: "parar y pensar" preguntas son oportunidades para que piensen en un
aspecto de la discusin antes de continuar. No es necesario para responder a
ellos en cualquier lugar, pero puede que quiera publicar sus pensamientos al
foro de discusin en la parte inferior de la pgina e interactuar con otros
estudiantes.
Aunque el origen de replicacin Finding Problema hace una pregunta biolgica
legtima, no presenta un problema computacional bien definido. De hecho, los
bilogos planificar inmediatamente un experimento para localizar ori : por
ejemplo, la supresin de varios segmentos cortos del genoma y, finalmente, la
bsqueda de un segmento cuya eliminacin se detiene la replicacin. Los
cientficos en computacin, por el contrario, se mueven la cabeza y la demanda
de ms informacin antes de pensar en el problema.
Por qu deberan los bilogos importa lo que piensen los
informticos? Mtodos computacionales son ahora la nica manera realista
para responder a muchas preguntas en la biologa moderna. En primer lugar,
estos mtodos son mucho ms rpidos que los enfoques
experimentales; segundo, los resultados de muchos experimentos no se
pueden interpretar sin anlisis computacional. En particular, los enfoques
experimentales existentes para ori prediccin son ms bien lento. Como
resultado, ori slo ha sido experimentalmente situado en un puado de
especies. Por lo tanto, nos gustara disear un enfoque computacional para
encontrar ori por lo que los bilogos son libres de gastar su tiempo y dinero en
otras tareas.

Prctica Python: Antes de seguir aprendiendo sobre la replicacin del ADN,


vamos a empezar con Python! Completar la leccin Python Sintaxis en la
Unidad 1 de Codecademy (13 ejercicios). Se aconseja registrarse en una
cuenta en caso de que est interesado en aprender habilidades adicionales all.
Nota: Completar ejercicios vinculados Codecademy es opcional, si ya sabe un
poco de Python o si desea utilizar otro recurso para el aprendizaje del
idioma. Por qu, entonces, qu nos vinculamos a Codecademy? La pista
Python en Codecademy es la experiencia de aprendizaje de Python de mayor
xito en el mundo, con ms de 2,5 millones de estudiantes matriculados y una
gran cantidad de inversin. Si usted elige para completar estos ejercicios, tenga
en cuenta que hemos seleccionado cuidadosamente los ejercicios
Codecademy en paralelo este texto para que usted ser capaz de aplicar
rpidamente lo que se aprende a resolver los problemas biolgicos que vamos
a encontrar.
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terminado este curso!" (Si ve la leccin calculadora de propinas, que ha ido
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