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Il nucleo e la sua

organizzazione

I PORI NUCLEARI

L involucro nucleare costituito da una
doppia membrana.
La membrana esterna in continuit con
quella del RE.
Le membrane sono permeabili solo a
piccole molecole apolari.
I pori nucleari regolano il passaggio
selettivo di proteine e RNA.

Le piccole molecole e le proteine con


massa inferiore a 20-40 kd attraversano il
poro che ha un diametro di 9 nm per
diffusione passiva (diffusione facilitata).
La maggior parte delle proteine e degli
RNA passano per trasporto attivo.

Le proteine che entrano nel nucleo presentano


segnali di localizzazione nucleare (NLS) per la
loro traslocazione (Lys-Arg e Lys-Lys-Lys-Lys)

Le proteine che escono dal nucleo presentano


segnali di esportazione nucleare (NES) per la
loro traslocazione nel citoplasma.

L entrata delle molecole nel nucleo avviene mediante


IMPORTINE, l uscita mediante ESPORTINE.

Il movimento delle
macromolecole regolato da
piccole proteine leganti il
GTP ( small GTP-binding
protein ) chiamate Ran.
Nel versante citoplasmatico
Ran stimola l idrolisi del
GTP (Ran GAP - proteina
attivante la Ran)
Nel versante nucleare Ran
scambia GDP con GTP
( Ran-GEF - fattore di
scambio del GTP)

Ran-GDP deve
essere riportato
nel nucleo dove
riconvertito in
Ran-GTP

Ran-GTP deve
essere alto nel
nucleo perch
promuove
al
dissociazione
proteinaimportina

Le proteine che escono dal nucleo presentano segnali di esportazione nucleare ( NES)

La lamina nucleare

La lamina nucleare costituita da filamenti intermedi formati


da proteina lamine.

Progeria di Hutchinson-Gilford

La distrofia muscolare EDMD2 un altra patologia rara dovuta


alla mutazione delle lamine nelle cellule muscolari

La matrice nucleare

Funzione del nucleo


DNA ed ereditariet

I geni contenuti nella molecola di DNA portano l informazione per
le proteine:



1 GENE
1 PROTEINA

Questo messaggio deve essere trasmesso di generazione in


generazione:

- il DNA rappresenta la molecola che trasmette l informazione genica

(ereditariet)

-la serie completa di informazioni contenute nel DNA di un organismo
si chiama GENOMA

Struttura del genoma



Frazione altamente ripetitiva

Almeno 105 copie IN TANDEM della stessa sequenza non codificante (DNA
satellite, DNA minisatellite, DNA microsatellite).

Rappresenta l1-10% del DNA totale.

Corti pezzi di DNA (qualche centinaia di nucleotidi):

- DNA satellite (soprattutto a livello centromerico e molto variabile)

- DNA minisatellite (molto variabile nelle popolazioni e variabile attraverso
le generazioni)

- DNA microsatellite (utilizzate per confrontare levoluzione delle
popolazioni)

Frazione moderatamente ripetitiva

Rappresenta il 20-80%del DNA totale.

Sia sequenze codificanti che non codificanti

Codificanti: RNA ribosomiali e istoni

Non codificanti: sequenze LINE (long interspersed elements) e SINE (short
interspersed element)

Frazione non ripetitiva

Sequenze a copia singola codificanti proteine :

GENI

Meno dell 1,5% del DNA


Struttura del genoma ed evoluzione



La maggior parte del DNA contiene quindi DNA intergenico.

All interno dei geni inoltre vi sono sequenze non codificanti (introni).

Tutte queste sequenze non codificanti tendono a cambiare durante
l evoluzione.

Le sequenze codificanti invece sono CONSERVATE durante
l evoluzione in quanto importanti

Nel genoma umano scoperti circa 30000 geni.


Stabilit del genoma



Duplicazione dellintero genoma (poliploidia)

Tutti i cromosomi vengono duplicati (anfibio Xenopus laevis)

Avviene raramente.

Duplicazione di singole sequenze di DNA

Si verifica molto facilmente. Il gene duplicato spesso va incontro a mutazioni e
genera geni solo parzialmente differenti che producono isoforme proteiche ( alfa e beta
tubulina nei microtubuli)




Sequenze mobili nel DNA

Alcune sequenze di DNA sono in grado di muoversi da un punto allaltro del genoma
attraverso il fenomeno della trasposizione.






Trasposizione

La trasposizione coinvolge elementi genici mobili del DNA o trasposoni.

Inizialmente evidenziati nei batteri, si poi scoperto che il 45% del genoma
umano costituito da elementi mobili (circa 300000 elementi).



A volte durante levoluzione hanno perso la capacit di muoversi, altre volte
derivano da virus integrati e mantengono la capacit di dare Trasposizione.

Gli elementi mobili o trasposoni codificano il macchinario per il loro spostamento
(enzima trasposasi).

La Trasposizione pu provocare mutagenesi.

Gli elementi trasponibili sono stati inseriti durante levoluzione in modo casuale e
stanno nel genoma sino a quando non conferiscono un danno allindividuo che li
porta, vengono quindi detti deposito dei rottami genetici (DNA spazzatura).



Altre volte vengono utilizzati per levoluzione di nuovi geni o porzioni regolatorie.



Per la scoperta dei trasposoni Barbara McClintocK ottenne il Nobel nel 1983 a
81 anni, dopo 35 anni dalla sua scoperta iniziale.

Trasposoni

Taglia -incolla

Copia -incolla

Trasposizione mediante un intermedio a RNA



( retrotrasposoni)

Esempi:

- elementi LINE ( L1) (long interspersed element)

- elementi SINE (Alu) (short interspersed element) nelluomo

Conservazione di geni

Variabilit genetica allinterno delle popolazioni umane



I polimorfismi genetici sono geni siti allinterno del genoma che variano tra
i diversi individui almeno nell1% della popolazione.

( Es. gruppi sanguigni)



Nella maggior parte di casi sono polimorfismi del singolo gene (SNP snip)
ovvero variazioni in un solo nucleotide con due forme alternative (es. A o G)



Ogni individuo umano presenta circa 3 milioni di differenze in singoli
nucleotidi, quindi gli individui umani hanno un genome uguale al 99,9%.



Le variabilit strutturali

Duplicazioni, delezioni, inserzioni, inversioni.

Molto spesso coinvolte in patologie genetiche.

Il DNA la sede dell informazione genica


Nel nucleo contenuta l informazione genica.




I principali eventi che coinvolgono il contenuto del nucleo sono:





1) la replicazione del DNA

2) la trascrizione del DNA nel formare lRNA

3) la maturazione degli RNA

3) lassemblamento dei ribosomi


Dal DNA alle proteine attraverso l RNA


DNA e CROMATINA

Ciascuna cellula umana contiene 2 metri di DNA ed il nucleo
presenta un diametro di 6 m.

Nonostante l elevato numero di nucleotidi, le molecole di DNA
occupano poco spazio perch sono compattate a vari livelli.

Il DNA per compattarsi si avvolge su proteine specializzate:

- proteine istoniche

L insieme del DNA e delle proteine istoniche e non istoniche
costituisce la CROMATINA.

La condensazione consente la concentrazione in uno spazio ridotto.



Il DNA pi decondensato nell interfase e si condensa nella mitosi
in cromosomi.

Il maggior grado di compattamento della cromatina nel
CROMOSOMA metafasico.


DNA, cromatina, cromosoma


La doppia elica del DNA



Il DNA strutturato in una doppia elica destrorsa (scoperta da Watson e Crick nel
1953).

L elica presenta un solco principale (maggiore) e un solco secondario (minore).

Ciascun giro dell elica composto da 10 coppie circa di nucleotidi (3,4 nm) Tra due
nucleotidi la distanza di 0.34 nm

Nucleotidi

Doppio filamento:

- Complementare

- Antiparallelo


Legame fosfodiesterico

Complementariet

La complementariet avviene fra le BASI.

A


G

T

C

Purine
Pirimidine

Antiparallelismo

Direzione 5
Direzione 3
-ossidrile

-gruppo fosfato

Struttura del nucleosoma



- DNA

- Istoni : H2A


H2B


H3


H4

- Istone H1

Nucleosoma

Il core istonico costituito da 8 istoni:

- 2 istoni H2A

- 2 istoni H2B

- 2 istoni H3

- 2 istoni H4



L istone H1 posiziona il DNA



Tra due istoni vi il DNA linker di 54 bp

Attorno al core istonico vi sono due giri di DNA lunghi 146 bp.

2 nm DNA

11 nm ( DNA + istoni)

30 nm

(fibra cromatinica)

Domini ad ansa

300 nm (solenoide)

Eterocromatina

700 nm

(supersolenoide)

1400 nm

(cromosoma

metafasico)

Domini ad ansa

300 nm (solenoide)

Eterocromatina ed eucromatina

Durante la vita cellulare il DNA pu presentare diversi gradi di
condensazione.



Nel corso dell interfase (ciclo cellulare) la cromatina presenta zone
meno
condensate
(eucromatina)
o
pi
condensate
(eterocromatina).



Le zone eucromatiche sono attive nella trascrizione (espressione
genica).






Eterocromatina costitutiva



Non subisce modificazioni strutturali ed sempre silente.

Ne fanno parte la zona centromerica e telomerica dei cromosomi.



Eterocromatina facoltativa



una zona di cromatina che pu essere attivata e disattivata nel
corso della vita cellulare:

- geni dello sviluppo

- cromosoma x

Il cromosoma X inattivo chiamato Corpo di Barr


Cromosoma metafasico

Telomeri
Centromero

Cromosoma
2 Cromatidi
1 m

Telomero

Metacentrico

Braccio P

Submetacentrico

Centromero

Acrocentrico

Braccio Q

Telomero

Cromatidio

fratello

Telocentrico

Il numero dei cromosomi tipico per ogni specie.



Specie umana: 46 cromosomi

I 46 cromosomi costituiti da 23 coppie che presentano le
stesse caratteristiche morfologiche (cromosomi omologhi).

Questo tipo di genoma detto Diploide ( 2n)

CARIOTIPO UMANO

22 coppie di autosomi (cariotipo diploide)

1 coppia di cromosomi sessuali ( x e y)

Colorazione Giemsa del cariotipo: Bandeggio G


Bande

Interbande

Struttura di ordine superiore della cromatina (1984)



I cromosomi nel nucleo si distribuiscono
in domini funzionali discreti che
comporta una differente espressione
genica.

I singoli cromosomi occupano territori
distinti che coincidono con zone
eucromatiche o eterocromatiche e che
regolano se devono o non devono essere
trascritti.

La maggior parte di geni trascritti si
trova nella zona adiacente al dominio
intercromosomico, canale dove vengono
rilasciati gli RNA, i geni eterocromatici
tendono ad addensarsi al di sotto della
lamina nucleare.

Sub-compartimenti all interno del nucleo



La maggior parte dei processi nucleari confinata in regioni distinte del
nucleo.

Si pu parlare di una sub-organizzazione del nucleo dove avvengono
distinte funzioni (replicazione del DNA, splicing dell mRNA dove si
trovano le snRNP)

Tra le diverse strutture distinte si possono notare:

- i nucleoli (sintesi dell RNA ribosomiale e assemblamento dei ribosomi)

- i corpi PLM (da 5 a 20 per nucleo ) rappresentano siti di accumulo di fattori
di trascrizione e proteine ( es. istone deacetilasi) che regolano la condensazione
della cromatina

- i corpi di Kajal o coiled bodies si ritiene abbiamo la funzione di
assemblare le RNP (ribonucleoparticelle) deputate allo splicing

Il nucleolo

Porzione non delimitata da membrana dove si trovato i geni che codificano per
gli RNA ribosomiali e dove avviene la trascrizione degli rRNA e
l assemblaggio dei ribosomi.



Presenta tre regioni :



-zona fibrillare al centro

-componente fibrillare densa

-componente granulare

Al termine della divisione cellulare i
nucleoli si associano alle zone del
DNA dove sono presenti i geni per
gli RNA ribosomiali.

Queste zone del DNA sono
chiamate regioni organizzatrici del
nucleolo.